单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
61	2025-10-01	Dual Therapeutic Impact of AXL Inhibitor AB-329: Chemotherapy Sensitization and Immune Microenvironment Reprogramming in TNBC 2025-Sep-12, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26188896 PMID:41009462	研究论文	本研究评估AXL抑制剂AB-329在三阴性乳腺癌中的双重治疗作用：化疗增敏和免疫微环境重编程	首次揭示AXL抑制剂AB-329兼具化疗增敏和免疫微环境调控的双重功能，通过单细胞RNA测序技术验证了AXL表达与免疫细胞浸润的负相关性	研究主要基于临床前模型，尚未进行人体临床试验验证	评估AXL抑制剂AB-329在三阴性乳腺癌中的抗肿瘤疗效和免疫调节潜力	三阴性乳腺癌临床前模型，包括小鼠同种移植模型和人源化小鼠模型	肿瘤免疫治疗	三阴性乳腺癌	转录组分析，单细胞RNA测序	NA	基因表达数据，单细胞测序数据	临床前动物模型和人类乳腺癌组织样本
62	2025-10-01	Identification of Key Genes Related to Both Lipid Metabolism Disorders and Inflammation in MAFLD 2025-Sep-09, Biomedicines IF:3.9Q1 DOI:10.3390/biomedicines13092211 PMID:41007773	研究论文	本研究通过整合分析识别了与MAFLD脂质代谢紊乱和炎症相关的关键基因	首次通过机器学习方法整合脂质代谢和炎症相关基因，识别出FADS1、FADS2、GLB1和PNPLA3四个关键基因，并验证了它们在MAFLD中的重要作用	研究主要基于公共数据库数据，需要进一步实验验证这些基因的具体功能机制	识别与代谢相关脂肪肝病中脂质代谢紊乱和炎症相关的关键基因	MAFLD患者和MAFLD小鼠模型	生物信息学	代谢相关脂肪肝病	机器学习、单细胞RNA测序、实时PCR	机器学习模型	基因表达数据	使用GSE135251和GSE89632数据集，以及GSE186328单细胞测序数据集
63	2025-10-01	Cancer Growth and Invasion Are Increased in the Tight Skin (TSK) Mouse 2025-Sep-09, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers17182943 PMID:41008788	研究论文	本研究通过比较TSK小鼠与野生型小鼠的肿瘤形成能力，揭示了TSK小鼠微环境对癌症进展的促进作用	首次将TSK小鼠确立为研究系统性硬化症与癌症关联的模型，并通过单细胞RNA测序揭示了肿瘤微环境中细胞组成的特异性变化	研究仅使用了三种癌症细胞系，且机制研究仍需进一步深入	探究TSK小鼠改变的微环境对癌症进展的影响	TSK小鼠和野生型小鼠，使用乳腺癌、黑色素瘤和卵巢癌细胞系	癌症生物学	系统性硬化症	bulk RNA测序、单细胞RNA测序	动物模型	基因表达数据	使用三种癌症细胞系在TSK和野生型小鼠中进行皮下和腹腔注射实验
64	2025-10-01	Heterogeneity of Tertiary Lymphoid Structures and Plasma Cells in PDAC with and Without Lymph Node Metastasis 2025-Sep-09, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers17182949 PMID:41008793	研究论文	本研究通过多色免疫荧光和AI病理图像分析探讨PDAC中三级淋巴结构与浆细胞的异质性及其与淋巴结转移的关系	发现N0 PDAC中存在IgG浆细胞相关免疫热点，并首次提出IgG浆细胞与最近IgG肿瘤细胞间的距离可作为新的预后生物标志物	三级淋巴结构形成机制及其对抗肿瘤体液免疫应答的具体贡献仍需进一步研究	探究PDAC中三级淋巴结构和浆细胞的异质性及其在淋巴结转移中的作用	胰腺导管腺癌(PDAC)患者组织样本，包括无淋巴结转移(N0)和有淋巴结转移(N1/2)两组	数字病理学	胰腺癌	多色免疫荧光(mIF)染色、AI病理图像分析、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、TCGA数据库分析	AI图像分析软件	病理图像、单细胞测序数据、基因组数据	利用三个scRNA-seq数据集和TCGA-PAAD数据库，具体样本数量未明确说明
65	2025-10-01	Identification of conserved gene expression changes across common glomerular diseases by spatial transcriptomics 2025-Sep, Journal of nephrology IF:2.7Q2 DOI:10.1007/s40620-025-02233-5 PMID:40067649	研究论文	通过空间转录组学分析识别多种肾小球疾病中保守的基因表达变化	首次使用空间转录组技术系统分析多种肾小球疾病的共同基因表达特征，发现35个一致下调基因	样本量有限，仅分析了五种肾小球疾病类型	探索不同肾小球疾病共有的分子机制	人类肾脏活检标本（包括对照组和五种肾小球疾病患者）	空间转录组学	肾小球疾病	GeoMx Digital Spatial Profiler空间转录组分析，Xenium验证，免疫荧光染色	NA	空间转录组数据，基因表达数据	肾小球疾病患者和肾脏捐赠者各若干例（平均年龄49.5岁）
66	2025-10-01	Single cell transcription revealing key transcription factors in embryonic kidney development 2025-Sep, Molecular and cellular biochemistry IF:3.5Q3 DOI:10.1007/s11010-025-05307-x PMID:40392427	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示胚胎肾脏发育中关键转录因子的作用	首次在单细胞分辨率下识别出肾脏祖细胞中的关键转录因子及其在分化为肾小管上皮细胞和足细胞中的作用	需要进一步研究验证这些发现及其治疗潜力	探索肾脏发育过程中肾脏祖细胞分化的分子机制	胚胎肾脏发育过程中的肾脏祖细胞	发育生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	NA
67	2025-10-01	Spatial omics enters the microscopic realm: opportunities and challenges 2025-Sep, Trends in genetics : TIG IF:13.6Q1 DOI:10.1016/j.tig.2025.05.002 PMID:40461389	综述	本文综述了微观分辨率空间转录组学(μST)的技术进展、面临挑战及未来发展方向	聚焦微观分辨率空间转录组学这一新兴领域，系统梳理了从实验技术到计算分析的最新突破	作为综述文章，主要总结现有研究而非提供原始实验数据	探讨微观分辨率空间转录组学的发展机遇和技术挑战	空间转录组学技术及其在微观尺度的应用	空间组学	NA	空间转录组学(ST)、测序和成像技术、多组学整合	人工智能(AI)驱动的空间分析	基因表达数据、空间位置信息	NA
68	2025-10-01	NAT10 regulates tumor progression and immune microenvironment in pancreatic ductal adenocarcinoma via the N4-acetylated LAMB3-mediated FAK/ERK pathway 2025-Sep, Cancer communications (London, England) DOI:10.1002/cac2.70045 PMID:40540648	研究论文	本研究揭示了NAT10通过N4-乙酰化修饰LAMB3激活FAK/ERK通路，促进胰腺导管腺癌进展并调控肿瘤免疫微环境的机制	首次发现NAT10在PDAC中通过乙酰化LAMB3调控FAK/ERK通路影响肿瘤进展和免疫微环境，并证实PD-1/PD-L1抑制剂可逆转NAT10介导的免疫抑制	研究主要基于临床样本分析和动物模型，尚未在更大人群中验证临床转化价值	阐明NAT10在胰腺导管腺癌肿瘤恶性进展和肿瘤微环境中的作用机制	胰腺导管腺癌组织、细胞系和小鼠模型	肿瘤免疫学	胰腺癌	生物信息学分析、乙酰化RNA免疫沉淀、qPCR、Western blot、单细胞RNA测序、多重免疫荧光、流式细胞术	小鼠皮下肿瘤模型	基因表达数据、蛋白质数据、单细胞测序数据、免疫细胞分型数据	PDAC组织样本和细胞系，具体数量未明确说明
69	2025-10-01	Immune mechanisms and signatures in lethal and non-lethal sepsis revealed by single-cell transcriptomics 2025-Sep-01, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950) DOI:10.1093/jimmun/vkaf140 PMID:40580488	研究论文	通过单细胞转录组学揭示致死性和非致死性脓毒症的免疫机制和特征	利用近交系小鼠建立致死/非致死脓毒症模型，首次通过单细胞RNA测序发现Mono2单核细胞亚群在脓毒症进展中的关键作用及其与炎症通路的关联	研究基于小鼠模型，需通过公共患者数据验证临床适用性	揭示脓毒症的免疫机制并识别诊断和预后生物标志物	近交系小鼠脓毒症模型及公共人类患者数据	单细胞转录组学	脓毒症	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	近交系小鼠脓毒症模型及公共患者数据集
70	2025-10-01	Single-dose cathepsin L CRISPR nanotherapy mitigates PASC-like lung damage in hamsters 2025-Sep, Nano research IF:9.5Q1 DOI:10.26599/NR.2025.94907695 PMID:41019839	研究论文	开发了一种靶向组织蛋白酶L的单剂量CRISPR纳米疗法，可减轻仓鼠的COVID-19长期肺损伤	首次使用CRISPR-CasRx纳米疗法同时实现宿主导向的病毒抑制和促进肺泡上皮修复的双重机制	目前仅在叙利亚仓鼠模型中验证，尚未进行人体临床试验	开发针对COVID-19长期肺后遗症(PASC)的特异性治疗方法	叙利亚仓鼠	基因治疗	COVID-19后遗症	CRISPR-CasRx基因编辑技术、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据、病理学数据	叙利亚仓鼠模型
71	2025-10-01	CX3CR1-TLR4 Axis as a Shared Neuroimmune Target in COVID-19 and Epilepsy: Integrative Transcriptomics and Gabapentin Repositioning 2025-Aug-31, Biomedicines IF:3.9Q1 DOI:10.3390/biomedicines13092133 PMID:41007696	研究论文	本研究通过整合转录组学分析发现COVID-19和癫痫存在共享的CX3CR1-TLR4-NF-κB炎症轴，并提出加巴喷丁作为潜在的双重作用免疫调节剂	首次揭示COVID-19和癫痫之间的共享免疫基因组机制，发现CX3CR1-TLR4轴作为共同神经免疫靶点，并提出加巴喷丁具有超越癫痫控制的免疫调节作用	研究基于公共数据库的转录组数据，需要进一步实验验证机制	探索COVID-19和癫痫的共享免疫炎症转录组特征，并识别潜在的药物重定位治疗方案	COVID-19患者的外周血单核细胞和颞叶癫痫伴海马硬化患者的脑组织	生物信息学	神经系统疾病	单细胞RNA-seq、bulk RNA-seq、GO/KEGG富集分析、PPI网络分析、LINCS L1000数据库	NA	转录组数据	来自GSE149689和GSE256068公共数据库的样本数据
72	2025-10-01	Bulk and Single-Cell Transcriptomes Reveal Exhausted Signature in Prognosis of Hepatocellular Carcinoma 2025-Aug-30, Genes IF:2.8Q2 DOI:10.3390/genes16091034 PMID:41009979	研究论文	本研究通过整合单细胞和批量RNA测序数据，揭示了肝细胞癌中T细胞耗竭特征的预后价值	首次结合单细胞和批量转录组数据系统分析肝细胞癌中的T细胞耗竭特征，并构建了26基因预后标志物	NA	研究肝细胞癌中T细胞耗竭相关的转录特征及其预后意义	肝细胞癌患者样本	生物信息学	肝细胞癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 批量RNA测序(RNA-seq)	LASSO回归分析, Cox回归分析	基因表达数据	NA
73	2025-10-01	APOBEC3B Promotes SARS-CoV-2 Through Activation of PKR/eIF2⍺ and AMPD2 Dysregulation 2025-Aug-28, Viruses DOI:10.3390/v17091176 PMID:41012606	研究论文	本研究揭示了APOBEC3B通过激活PKR/eIF2α通路和调控AMPD2表达促进SARS-CoV-2感染的机制	首次发现A3B在重症COVID-19患者中过表达并通过双重机制（PKR/eIF2α通路和AMPD2调控）促进病毒感染的分子机制	不同细胞系中A3B的作用机制存在差异，具体分子细节仍需进一步阐明	探究APOBEC3B在SARS-CoV-2感染过程中的作用机制	COVID-19患者支气管肺泡灌洗液细胞、Caco-2细胞、A549-ACE2细胞	分子生物学	COVID-19	单细胞RNA测序、bulk RNA-seq、Geneformer机器学习模型	transformer	基因表达数据	重症与轻症COVID-19患者的支气管肺泡灌洗液细胞样本
74	2025-10-01	Transcriptome Analysis Unravels CD4+ T-Cell and Treg-Cell Differentiation in Ovarian Cancer 2025-Aug-27, Biomolecules IF:4.8Q1 DOI:10.3390/biom15091241 PMID:41008548	研究论文	通过转录组分析揭示卵巢癌中CD4+ T细胞和调节性T细胞的分化特征	整合七个多中心单细胞RNA-seq数据集构建元数据资源，首次在卵巢癌中描绘CD4+ T细胞分化的两种终末状态	NA	研究卵巢癌肿瘤浸润T细胞的生物学特征及其在免疫治疗中的潜在价值	卵巢癌患者的肿瘤浸润CD4+ T细胞和调节性T细胞	生物信息学	卵巢癌	单细胞RNA-seq、批量RNA-seq、BayesPrism算法	NA	转录组数据	七个数据集共137,648个单细胞，五个独立批量RNA-seq队列
75	2025-10-01	Diagnosis of Periodontitis via Neutrophil Degranulation Signatures Identified by Integrated scRNA-Seq and Deep Learning 2025-Aug-26, Genes IF:2.8Q2 DOI:10.3390/genes16091005 PMID:41009952	研究论文	本研究通过整合单细胞转录组学和深度学习技术，识别了与牙周炎中性粒细胞脱颗粒相关的关键生物标志物，并建立了诊断模型	首次结合单细胞RNA测序、分层加权基因共表达网络分析和深度学习算法，识别牙周炎中致病性中性粒细胞亚群及其脱颗粒特征	NA	建立牙周炎的早期诊断和精准干预模型	人牙龈组织和中性粒细胞亚群	数字病理学	牙周炎	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、分层加权基因共表达网络分析(hdWGCNA)	卷积神经网络(CNN)、机器学习	基因表达数据、免疫细胞谱数据	多个队列的牙龈组织样本
76	2025-10-01	Population analysis and immunologic landscape of melanoma in people living with HIV 2025-Aug-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.04.17.648995 PMID:40313919	研究论文	本研究通过分析HIV感染者黑色素瘤的临床特征和免疫微环境，揭示其预后较差的免疫学机制	首次结合大规模电子健康记录分析与空间免疫转录组学，系统揭示HIV感染者黑色素瘤免疫微环境的独特特征	样本量相对有限（空间转录组学n=11，多重免疫荧光n=29），需要更大规模研究验证	探究HIV感染者黑色素瘤临床预后较差的免疫学基础	HIV感染者和非HIV感染者的黑色素瘤患者	数字病理学	黑色素瘤	空间免疫转录组学、多重免疫荧光	NA	电子健康记录、基因表达数据、免疫组织化学数据	电子健康记录：1,019例HIV感染者，373,121例非HIV感染者；空间转录组学：11例样本；多重免疫荧光：29例样本（15例HIV感染者，14例非感染者）
77	2025-10-01	Enhanced M2 Polarization of Retinal Microglia in Streptozotocin-Induced Diabetic Mice upon Autoimmune Stimulation 2025-Aug-22, Biomedicines IF:3.9Q1 DOI:10.3390/biomedicines13092049 PMID:41007615	研究论文	本研究探讨糖尿病环境对实验性自身免疫性葡萄膜视网膜炎发展的影响及视网膜小胶质细胞活化状态	首次在链脲佐菌素诱导的糖尿病小鼠模型中揭示小胶质细胞向抗炎M2表型极化的转变机制	研究仅使用小鼠模型，结果向人类糖尿病的转化需要进一步验证	研究糖尿病环境对自身免疫性疾病发展和免疫细胞功能的影响	野生型和链脲佐菌素诱导的糖尿病小鼠	免疫学研究	糖尿病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、流式细胞术、免疫组织化学、眼底检查、光学相干断层扫描	NA	基因表达数据、细胞计数数据、影像数据	野生型和糖尿病小鼠模型
78	2025-10-01	High-resolution spatial mapping of cell state and lineage dynamics in vivo with PEtracer 2025-Jul-24, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.adx3800 PMID:40705858	研究论文	开发并验证了PEtracer技术，用于在体内高分辨率绘制细胞状态和谱系动态	基于prime editing的进化谱系追踪技术，可同时分析细胞状态和谱系，兼容单细胞测序和多模态成像方法	NA	在发育和疾病中绘制细胞命运决定的时空动态	小鼠肿瘤转移模型中的肿瘤细胞	生物技术	肿瘤转移	prime editing、MERFISH空间转录组分析、单细胞测序、多模态成像	NA	空间转录组数据、成像数据	同源小鼠肿瘤转移模型
79	2025-10-01	Single-cell profiling of bone metastasis ecosystems from multiple cancer types reveals convergent and divergent mechanisms of bone colonization 2025-Jul-09, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2025.100888 PMID:40412393	研究论文	通过单细胞RNA测序分析多种癌症类型骨转移生态系统的细胞组成和特征	首次在多种癌症类型中系统识别骨转移的三种生态系统原型，并发现其与组织来源相关性较弱	样本数量相对有限（42个骨转移样本），需要进一步验证	探索不同癌症类型骨转移的细胞生态系统特征和机制	42个来自8种癌症类型的骨转移样本	单细胞生物学	多癌种骨转移	单细胞RNA测序，免疫组化，生物信息学分析	NA	单细胞RNA测序数据，组织切片图像，批量RNA测序/微阵列数据	42个骨转移样本（单细胞测序），158个骨转移样本（验证分析）
80	2025-10-01	[Application progress of single-cell RNA sequencing technology in breast development and related diseases] 2025-Jun-28, Zhong nan da xue xue bao. Yi xue ban = Journal of Central South University. Medical sciences DOI:10.11817/j.issn.1672-7347.2025.250039 PMID:41015567	综述	本文综述了单细胞RNA测序技术在乳腺发育及相关疾病研究中的应用进展	利用高分辨率的scRNA-seq技术解析乳腺细胞异质性，构建高精度细胞图谱并揭示细胞命运决定的转录调控网络	NA	揭示乳腺发育及相关疾病的分子机制	乳腺细胞亚群及其在生理发育和病理进程中的调控机制	单细胞测序技术	乳腺癌、巨乳症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间组学	NA	单细胞转录组数据、多模态数据	NA