单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
61	2025-06-15	Showcasing the Comprehensive Understanding of Cellular Profiling and Human Neurophysiology 2025-May, Journal of pharmacy & bioallied sciences DOI:10.4103/jpbs.jpbs_46_25 PMID:40511047	research paper	本文系统性地探讨了细胞分析与人神经生理学的交叉领域，旨在揭示它们在理解神经过程、细胞反应及疾病中的相互作用	采用单细胞RNA测序和电生理学方法，探索人类样本中的细胞异质性和神经生理学表型，为设计高特异性治疗方案提供基础	NA	理解细胞分析与人神经生理学在神经过程和疾病中的相互作用	人类样本中的细胞异质性和神经生理学表型	分子生物学与神经科学	NA	单细胞RNA测序, 电生理学方法	NA	分子数据, 电生理数据	NA
62	2025-06-15	A tumor necrosis factor-α-responsive cryptic promoter drives overexpression of the human endogenous retrovirus ERVK-7 2025-Apr-30, The Journal of biological chemistry IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.jbc.2025.108568 PMID:40316021	研究论文	本文揭示了人类内源性逆转录病毒ERVK-7在肺腺癌中的复杂调控机制及其作为生物标志物和治疗靶点的潜力	发现了ERVK-7的两个新转录本ERVK-7.long和ERVK-7.short，并阐明了它们在肺腺癌中的细胞类型特异性起源和炎症信号调控机制	研究主要聚焦于肺腺癌，对其他癌症类型的适用性尚不明确	探究ERVK-7在肺腺癌中的表达调控机制及其临床意义	人类内源性逆转录病毒ERVK-7及其在肺腺癌中的表达	分子生物学	肺腺癌	单细胞转录组测序、表观遗传学图谱分析	NA	RNA-seq数据、表观遗传数据	NA
63	2025-06-15	Splenic CD169+Tim4+ Marginal Metallophilic Macrophages Are Essential for Wound Healing After Myocardial Infarction 2025-Apr-28, Circulation IF:35.5Q1 DOI:10.1161/CIRCULATIONAHA.124.071772 PMID:40289811	研究论文	本研究探讨了脾脏CD169+Tim4+边缘金属性巨噬细胞在心肌梗死后伤口愈合中的关键作用	首次揭示了脾脏CD169+Tim4+边缘金属性巨噬细胞在心肌梗死后伤口愈合中的必要性，并展示了通过肝X受体-α激动剂扩增这些细胞可改善心脏重塑	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	阐明心肌梗死后伤口愈合的细胞机制并探索潜在治疗靶点	脾脏CD169+Tim4+边缘金属性巨噬细胞及其在心肌梗死后伤口愈合中的作用	心血管疾病研究	心血管疾病	流式细胞术、单细胞RNA测序、谱系追踪、细胞追踪、脾切除术、联体共生、细胞过继转移	小鼠心肌梗死模型	流式细胞数据、单细胞RNA测序数据	小鼠模型和人类ST段抬高型心肌梗死患者及稳定型冠心病对照参与者
64	2025-06-15	Organ-specific microenvironments drive divergent T cell evolution in acute graft-versus-host disease 2025-Jan-29, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.ads1298 PMID:39879321	research paper	该研究探讨了在急性移植物抗宿主病（aGVHD）中，组织特异性微环境如何驱动T细胞在不同器官中的分化演变	揭示了肺和肝脏中T细胞在aGVHD期间的转录组差异及其与克隆扩增的关系，表明这种分化与抗原特异性无关	研究基于非人灵长类动物模型，结果在人类中的适用性尚需验证	探究组织特异性微环境在aGVHD中对T细胞编程的影响	非人灵长类动物模型中的T细胞	免疫学	急性移植物抗宿主病	多参数流式细胞术、群体转录组分析、单细胞RNA测序和TCR测序	NA	转录组数据、单细胞数据	NA
65	2025-06-15	Inonotus obliquus (chaga) ameliorates folic acid-induced renal fibrosis in mice: the crosstalk analysis among PT cells, macrophages and T cells based on single-cell sequencing 2025, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2025.1556739 PMID:40160460	research paper	研究探讨了桦褐孔菌（Chaga）对叶酸诱导的小鼠肾纤维化的改善作用，并通过单细胞测序技术分析了近端小管细胞、巨噬细胞和T细胞之间的相互作用	首次使用单细胞RNA测序技术研究Chaga在肾纤维化治疗中的作用，揭示了其通过调节免疫和纤维化途径减轻肾纤维化的潜在机制	需要进一步的实验验证以确定其临床应用	探讨Chaga对肾纤维化的治疗作用及其分子机制	小鼠模型中的肾纤维化	digital pathology	renal fibrosis	UPLC-MS, single-cell RNA sequencing, spatial transcriptomics	mouse model	RNA sequencing data, histological images	82,496个肾脏细胞
66	2025-06-15	Enhanced Spatial Transcriptomics Analysis of Mouse Lung Tissues Reveals Cell-Specific Gene Expression Changes Associated with Pulmonary Hypertension 2025, Journal of respiratory biology and translational medicine DOI:10.70322/jrbtm.2025.10004 PMID:40502298	研究论文	本文提出了一种高分辨率空间转录组学方法，用于分析小鼠肺组织中与肺动脉高压相关的细胞特异性基因表达变化	开发了一种固定冷冻小鼠肺组织切片的新方法，结合10X Genomics Xenium平台，实现了高保真空间转录组数据分析	仅使用了预设计的379基因小鼠面板，可能无法覆盖所有相关基因表达变化	研究肺动脉高压(PH)发病机制中的细胞特异性基因表达变化	小鼠肺组织	数字病理	肺动脉高压	空间转录组学, 荧光原位杂交(FISH), 高通量成像	NA	空间转录组数据, 图像数据	小鼠肺组织切片(未明确具体数量)
67	2025-06-15	From spots to cells: Cell segmentation in spatial transcriptomics with BOMS 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0311458 PMID:40504785	研究论文	本文提出了一种基于均值漂移的新方法BOMS，用于空间转录组学中的细胞分割，无需辅助图像	BOMS方法仅基于mRNA点的空间位置和基因标签进行细胞分割，无需辅助图像，简化了实现过程并显著提高了执行速度	未提及方法在特定组织类型或复杂组织中的性能表现	改进空间转录组学中的细胞分割准确性	空间转录组学数据中的细胞	数字病理学	NA	空间转录组学	均值漂移	空间转录组数据	多个公开数据集
68	2025-06-15	Single-cell transcriptomics for immune profiling of cerebrospinal fluid in neurological diseases 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1599303 PMID:40510352	综述	本文全面回顾了单细胞转录组学在脑脊液（CSF）中用于理解神经系统疾病的研究	整合了scRNA-seq、scTCR-seq和scBCR-seq技术，探索神经系统疾病的免疫细胞角色和相互作用	当前单细胞转录组学在CSF和神经系统疾病中的应用仍存在局限性	理解神经系统疾病的免疫学机制并探索新的治疗靶点	脑脊液中的免疫细胞	单细胞转录组学	神经系统疾病（多发性硬化症、阿尔茨海默病、帕金森病等）	scRNA-seq、scTCR-seq、scBCR-seq	NA	单细胞转录组数据	NA
69	2025-06-15	ReSort enhances reference-based cell type deconvolution for spatial transcriptomics through regional information integration 2025, Bioinformatics advances IF:2.4Q2 DOI:10.1093/bioadv/vbaf091 PMID:40510374	research paper	提出了一种名为ReSort的方法，通过整合区域信息增强基于参考的空间转录组细胞类型去卷积	ReSort利用空间转录组的区域级数据减少对参考数据的依赖，缓解批次/平台差异带来的技术问题	NA	提高空间转录组细胞类型去卷积的准确性	空间转录组数据	digital pathology	breast cancer	spatial transcriptomics	NA	gene expression data	mouse breast cancer model
70	2025-06-15	Integrative Analysis of Shared Pathogenic Genes and Potential Mechanisms in Gardnerella vaginalis and Persistent HPV16 Infection 2025, Mediators of inflammation IF:4.4Q2 DOI:10.1155/mi/2582989 PMID:40510586	研究论文	通过整合加德纳菌和持续性HPV16感染的转录组数据，揭示了共享的致病机制和潜在生物标志物	首次鉴定出RSAD2和IFIT1作为HPV相关宫颈病变的潜在生物标志物和治疗靶点，并建立了ceRNA网络	研究主要基于体外实验和公共数据集，需要进一步临床验证	阐明加德纳菌和HPV16持续性感染的共同致病机制	加德纳菌和HPV16感染的转录组数据	生物信息学	宫颈癌	转录组分析、单细胞转录组学、孟德尔随机化分析	Random Forest (RF)	转录组数据	GEO数据集GSE75132和体外感染实验数据
71	2025-06-15	Cell signaling characterization for spatial transcriptomics (ST) data using network analysis 2025, Complex networks & their applications XIII : proceedings of the thirteenth International Conference on Complex Networks and Their Applications: COMPLEX NETWORKS 2024. Volume 1. International Conference on Complex Networks and Their Appl... DOI:10.1007/978-3-031-82435-7_32 PMID:40510773	研究论文	本文提出了一种基于网络分析的细胞间通讯方法，用于空间转录组学（ST）数据	该方法通过构建完全连接、有向和加权的网络模型，量化目标配体-受体相互作用在每个位置的信号活动，并利用低维嵌入的基因级数据构建网络模型	方法仅在三个相互作用上进行了验证，且仅与五种不同的细胞间通讯策略进行了比较	开发一种新的网络分析方法，用于空间转录组学数据中的细胞间通讯研究	空间转录组学数据中的配体-受体相互作用	生物信息学	NA	空间转录组学（ST）	网络模型	基因表达数据	NA
72	2025-06-15	Randomized Spatial PCA (RASP): a computationally efficient method for dimensionality reduction of high-resolution spatial transcriptomics data 2024-Dec-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.20.629785 PMID:39763720	研究论文	提出了一种名为RASP的计算高效降维方法，用于处理高分辨率空间转录组数据	RASP是一种新型的空间感知降维方法，比现有技术快几个数量级，能够扩展到数十万个位置的空间转录组数据，并支持非转录组协变量的灵活整合	NA	开发一种计算高效的方法来降低高分辨率空间转录组数据的维度	空间转录组数据	空间转录组学	NA	随机两阶段主成分分析(PCA)	PCA	空间转录组数据	四个公开可用的空间转录组数据集（10x Visium, Stereo-Seq, MERFISH, 10x Xenium）
73	2025-06-15	Cell Simulation as Cell Segmentation 2024-Jul-09, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.25.591218 PMID:38712065	研究论文	本文提出了一种基于细胞模拟的细胞分割方法，以提高单细胞空间转录组学数据的准确性	采用从头细胞模拟方法快速推断形态学上合理的细胞边界，保持细胞类型异质性	NA	提高单细胞空间转录组学数据中细胞分割的准确性	单细胞空间转录组学数据中的细胞边界	数字病理学	肾细胞癌	单细胞空间转录组学	NA	转录组数据	三个商业平台生成的数据集
74	2025-06-15	Defining and targeting macrophage heterogeneity in the mammary gland and breast cancer 2024-02, Cancer medicine IF:2.9Q2 DOI:10.1002/cam4.7053 PMID:38426622	review	本文综述了乳腺和乳腺癌中巨噬细胞的异质性及其在正常发育和癌症进展中的作用	利用单细胞RNA测序技术揭示乳腺和乳腺癌中巨噬细胞亚群的异质性及其功能差异	NA	探讨乳腺和乳腺癌中巨噬细胞的异质性及其在疾病进展中的作用	乳腺组织中的组织驻留巨噬细胞和乳腺癌中的肿瘤相关巨噬细胞	NA	breast cancer	single-cell RNA sequencing	NA	RNA-seq data	NA
75	2025-06-15	Type 1 immunity enables neonatal thymic ILC1 production 2024-01-19, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adh5520 PMID:38232171	研究论文	该研究探讨了1型免疫对新生儿胸腺内固有淋巴细胞（ILCs）的影响，特别是1型ILCs（ILC1s）的扩增和外周归巢	揭示了新生儿胸腺内1型ILCs的独特性和未成熟性，以及1型免疫如何促进这些细胞的扩增和外周归巢	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚待验证	研究1型免疫对新生儿胸腺内固有淋巴细胞的影响	新生儿胸腺内的1型固有淋巴细胞（ILC1s）	免疫学	NA	单细胞RNA测序，活体成像	NA	RNA测序数据，成像数据	小鼠新生儿胸腺组织
76	2025-06-15	Tenascin-C expressing touch dome keratinocytes exhibit characteristics of all epidermal lineages 2024-01-19, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adi5791 PMID:38241368	研究论文	本研究探讨了触觉圆顶（TD）角质形成细胞的特性及其在皮肤稳态中的作用	发现TD角质形成细胞具有多种表皮谱系的分子特征，并能在损伤后产生Merkel细胞	未明确TD角质形成细胞维持稳态的具体分子机制	研究TD角质形成细胞在皮肤稳态中的维持机制及其多谱系特性	触觉圆顶（TD）角质形成细胞	细胞生物学	NA	scRNA-seq, 谱系追踪	NA	单细胞RNA测序数据	NA
77	2025-06-14	Anti-tumor effects on tumor-infiltrating natural killer cells by localized ablative immunotherapy and immune checkpoint inhibitors: An integrated and comparative study using scRNAseq analysis 2025-Sep-01, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2025.217825 PMID:40436260	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析局部消融免疫疗法（LAIT）和免疫检查点抑制剂（ICI）对肿瘤浸润自然杀伤细胞（TINK）的影响，并评估其临床相关性	揭示了LAIT和ICI通过不同但互补的机制增强NK细胞介导的抗肿瘤反应，并构建了基于基因特征的预后模型	研究主要基于小鼠乳腺癌模型，临床相关性需进一步验证	探究LAIT和ICI对肿瘤微环境中NK细胞的调控机制及其临床意义	肿瘤浸润自然杀伤细胞（TINK）	肿瘤免疫学	乳腺癌	scRNAseq, 单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠乳腺癌模型及TCGA数据库中的患者数据
78	2025-06-14	New insights into cancer immune checkpoints landscape from single-cell RNA sequencing 2025-07, Biochimica et biophysica acta. Reviews on cancer DOI:10.1016/j.bbcan.2025.189298 PMID:40088992	review	本文通过单细胞RNA测序技术深入探讨了癌症免疫检查点的异质性及其在免疫检查点阻断疗法中的作用	利用单细胞RNA测序技术高分辨率地描绘了免疫检查点之间以前未被认识的功能性相互作用，并识别了新的免疫检查点作为癌症免疫治疗的潜在靶点	未提及具体样本量或实验设计的局限性	探讨免疫检查点阻断疗法中肿瘤微环境的异质性及其对治疗效果的影响	肿瘤微环境中的免疫细胞和肿瘤细胞	肿瘤免疫学	癌症	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	NA
79	2025-06-14	Snail1 as a key prognostic biomarker of cancer-associated fibroblasts in breast tumors 2025-07, Biochimica et biophysica acta. Reviews on cancer DOI:10.1016/j.bbcan.2025.189316 PMID:40222423	综述	本文总结了乳腺癌患者样本和小鼠模型中癌症相关成纤维细胞（CAFs）的最新研究发现，重点关注通过单细胞RNA测序鉴定的CAF亚型及其对癌症预后的预测价值	揭示了Snail1在CAFs中的表达与恶性肿瘤的关联，并发现了一个新的与Snail1相关的基因特征，具有乳腺癌和其他实体瘤的预后潜力	主要基于现有研究的总结，缺乏新的实验数据验证	探讨CAFs在肿瘤进展中的作用及其作为预后生物标志物的潜力	乳腺癌患者样本和小鼠模型中的癌症相关成纤维细胞（CAFs）	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
80	2025-06-14	Patient phenotyping for molecular profiling of neck and low back pain - Study protocol 2025 Jul-Dec, Neurobiology of pain (Cambridge, Mass.) DOI:10.1016/j.ynpai.2025.100186 PMID:40501484	研究论文	本文概述了用于分子剖析颈部和腰部疼痛的患者表型研究的方案	应用批量、单细胞和空间转录组学技术研究颈部和腰部疼痛的分子神经生物学和神经免疫学机制	研究依赖于手术获取的组织样本，可能限制了样本的多样性和数量	通过分子剖析揭示颈部和腰部疼痛的机制，以发现治疗靶点	颈部和腰部疼痛患者的手术组织样本及器官捐赠者的对照组织	分子神经生物学	颈部和腰部疼痛	批量、单细胞和空间转录组学	NA	组织样本	颈部和腰部疼痛患者的手术组织样本及器官捐赠者的对照组织