单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
61	2025-09-21	scafari: exploring scDNA-seq data 2025-Sep-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf477 PMID:40891892	研究论文	介绍了一个名为scafari的R Bioconductor包，用于单细胞DNA测序数据的质量控制和探索性分析	提供了针对Mission Bio Tapestri平台单细胞DNA测序数据的用户友好型开源分析工具	NA	开发单细胞DNA测序数据处理和质量分析软件	单细胞DNA测序数据	生物信息学	NA	scDNA-seq	NA	基因组测序数据	NA
62	2025-09-21	Partial Compensation of IL-17 Production by Vγ1 T Cells in the Absence of Vγ4 and Vγ6 T Cells 2025-Sep, European journal of immunology IF:4.5Q2 DOI:10.1002/eji.70061 PMID:40974348	研究论文	本研究探讨了在缺乏Vγ4和Vγ6 γδ T细胞的小鼠中，Vγ1 T细胞对IL-17产生的部分补偿作用	揭示了Vγ1 T细胞在Vγ4和Vγ6缺失情况下对IL-17产生的非完全补偿机制，并明确了这些细胞在发育时间和组织分布上的特性	研究局限于小鼠模型，人类中的类似机制尚不清楚；未深入探讨补偿不足的具体分子机制	探究IL-17产生γδ T细胞中γδ TCR的生物学功能和重要性	缺乏Vγ4和Vγ6 γδ TCR的小鼠模型中的γδ T细胞	免疫学	NA	流式细胞术, TCR测序, 单细胞转录组学	NA	细胞表型数据, 基因表达数据	小鼠模型（具体数量未明确说明）
63	2025-09-21	Graph-based deep learning for integrating single-cell and bulk transcriptomic data to identify clinical cancer subtypes 2025-Aug-31, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf467 PMID:40966644	研究论文	提出一种基于图深度学习的scBGDL方法，整合单细胞和批量转录组数据以识别癌症临床亚型	首次构建样本特异性基因图建模基因互作关系，结合图注意力网络和Transformer模块捕捉高阶生物学依赖	方法在16种癌症类型中验证但未涉及所有癌种，临床队列样本量存在差异	整合多组学数据提升癌症亚型识别精度和临床预后预测	癌症患者转录组数据（TCGA和多中心队列）	生物信息学	癌症（多癌种）	scRNA-seq, bulk RNA-seq, 图深度学习	GAT, Transformer, MinCutPool	基因表达数据	TCGA 16种癌症类型 + 3个临床队列（肺腺癌1099例，卵巢癌762例，黑色素瘤305例）
64	2025-09-21	ISENICS: a model for identifying senescent immune cells and samples and characterization of their roles in tumor microenvironment 2025-Aug-31, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf469 PMID:40966646	研究论文	开发了一个名为ISENICS的模型，用于识别衰老免疫细胞及其在肿瘤微环境中的作用	首次构建了能够量化不同免疫细胞类型衰老水平的指标和识别模型	NA	探索衰老免疫细胞在肿瘤免疫微环境中的作用及其与免疫特征的关系	23种癌症类型的肿瘤样本和正常样本	生物信息学	癌症	RNA-seq，反卷积算法	ISENICS模型	基因表达数据	23种癌症类型的批量RNA-seq和单细胞RNA-seq数据
65	2025-09-21	A STAT3/integrin axis accelerates pancreatic cancer initiation and progression 2025-Aug-26, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.116010 PMID:40701148	研究论文	本研究揭示了STAT3通过调控ITGB3表达加速胰腺癌发生发展的新机制	发现STAT3通过染色质可及性调控ITGB3表达的塑性调控机制，并建立18基因特征用于生存分层	NA	探究STAT3信号通路在胰腺导管腺癌进展中的调控机制	胰腺导管腺癌细胞	肿瘤生物学	胰腺癌	ChIP-seq, 单细胞转录组学	NA	基因组数据, 转录组数据	NA
66	2025-09-21	Aggrecan protects against plaque accumulation and is essential for proper microglial responses to plaques 2025-Aug-26, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.116064 PMID:40748756	研究论文	本研究探讨了聚集蛋白聚糖（aggrecan）在阿尔茨海默病中对淀粉样斑块积累的抑制作用及其对小胶质细胞反应的关键调节作用	首次通过基因敲除方法证明聚集蛋白聚糖缺失会导致斑块沉积增加并损害小胶质细胞-斑块关联，同时发现增强的疾病相关小胶质细胞表型	研究基于5xFAD小鼠模型，结果向人类疾病的转化需进一步验证	探究神经元周围网络（PNNs）在阿尔茨海默病病理过程中的作用机制	5xFAD转基因小鼠模型及其ACAN条件性敲除变体	神经科学	阿尔茨海默病	基因敲除、单细胞空间转录组学	NA	基因表达数据、组织成像数据	转基因小鼠模型
67	2025-09-21	Enhanced hematopoietic stem cell self-renewal and engraftment through human lung exosomal communication 2025-Aug-11, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2025.08.020 PMID:40798884	研究论文	研究发现肺细胞通过外泌体通讯显著增强造血干细胞自我更新和移植能力	首次揭示肺细胞通过外泌体调控造血干细胞稳态，突破传统骨髓微环境独占调控的认知	研究主要基于实验模型，临床转化效果仍需进一步验证	探究肺细胞外泌体对造血干细胞功能的调控机制	人造血干细胞和肺小气道上皮细胞	细胞生物学	血液系统疾病（镰状细胞病和骨髓衰竭）	单细胞外泌体追踪、单细胞RNA测序、外泌体miRNA分析、蛋白质组学	NA	单细胞测序数据、miRNA数据、蛋白质数据	NA（未明确样本数量，但涉及原代细胞和移植实验）
68	2025-09-21	Overexpression of high affinity Type I adenosine receptors promotes the growth of uterine leiomyomas 2025-Jul-03, Molecular human reproduction IF:3.6Q1 DOI:10.1093/molehr/gaaf025 PMID:40489662	研究论文	本研究探讨了子宫肌瘤中高亲和力A1型腺苷受体（ADORA1）的过表达及其通过调控AKT1信号通路促进肿瘤生长的机制	首次在组织标本和单细胞转录组数据中系统证实ADORA1在子宫肌瘤中的过表达，并揭示其通过cAMP和AKT1信号通路影响细胞增殖的新机制	NA	阐明细胞外腺苷水平改变促进子宫肌瘤生长的分子机制	子宫肌瘤和平滑肌组织的匹配标本及原代培养细胞	分子病理学	子宫肌瘤	RT-qPCR, western blot, 免疫组化, 单细胞转录组学, siRNA干扰	NA	基因表达数据, 蛋白质数据, 单细胞转录组数据	来自匹配子宫肌层和肌瘤组织的系列标本及原代培养细胞
69	2025-09-21	Statistical significance of clustering for count data 2025-Jul-03, Biometrics IF:1.4Q2 DOI:10.1093/biomtc/ujaf120 PMID:40971569	研究论文	提出SigClust-DEV方法，用于评估计数数据中聚类的统计显著性	针对计数数据设计统计显著性检验方法，解决了传统SigClust在离散数据和非高斯高维数据中的局限性	方法主要针对计数数据设计，可能不适用于其他类型的数据分布	开发适用于计数数据的聚类统计显著性评估方法	基因组学计数数据和医疗记录数据	机器学习	癌症	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	SigClust-DEV	计数数据	通过大量模拟实验验证，并应用于Hydra单细胞RNA测序数据和癌症患者电子健康记录
70	2025-09-21	The glycolytic reaction PGAM restrains Th17 pathogenicity and Th17-dependent autoimmunity 2025-Jun-24, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115799 PMID:40482033	研究论文	本研究揭示糖酵解反应PGAM抑制Th17细胞的致病性及其相关自身免疫反应	发现PGAM酶（与其他糖酵解酶相反）作为Th17细胞致病性分化的负调控因子	NA	探究糖酵解反应如何决定Th17细胞的致病性	T辅助17细胞（Th17细胞）	免疫代谢	自身免疫性疾病	单细胞RNA测序，Compass算法	NA	基因表达数据	NA
71	2025-09-21	Simultaneous inference for generalized linear models with unmeasured confounders 2025-Jun-06, Journal of the American Statistical Association IF:3.0Q1 DOI:10.1080/01621459.2025.2485379 PMID:40964623	研究论文	提出一种针对存在未测量混杂因子的广义线性模型的大规模假设检验统一框架	利用正交结构和线性投影，通过三阶段方法在任意混杂机制下分离边际效应与混杂效应，并进行偏差校正	理论结果依赖于样本量和响应维度趋近于无穷的渐近条件	解决基因组学中大规模假设检验因未测量混杂因子导致的偏差问题	广义线性模型中的系数估计与假设检验	统计学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	广义线性模型，Lasso型优化	基因表达数据	两组样本的单细胞RNA测序计数数据
72	2025-09-21	HemaScope: A Tool for Analyzing Single-cell and Spatial Transcriptomics Data of Hematopoietic Cells 2025-May-30, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1093/gpbjnl/qzaf002 PMID:39862439	研究论文	介绍HemaScope，一个专为造血细胞单细胞和空间转录组数据设计的生物信息学分析工具包	首个针对造血细胞特性（如谱系归属评估、细胞周期预测）设计的集成化分析工具，提供多平台部署方式	NA	开发能够整合分析单细胞RNA测序和空间转录组数据的专用工具	造血细胞	生物信息学	血液疾病（如急性髓系白血病、淋巴瘤）	scRNA-seq, spatial transcriptomics	NA	单细胞RNA测序数据、空间转录组数据	人类骨髓和小鼠模型样本（具体数量未明确说明）
73	2025-09-21	Resolving Leukemia Heterogeneity and Lineage Aberrations with HematoMap 2025-May-30, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1093/gpbjnl/qzaf005 PMID:39945785	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序构建了正常造血系统的参考层级，并开发了HematoMap工具用于解析白血病异质性和谱系异常	开发了基于余弦距离算法的似然评分系统，能够将白血病细胞映射到正常造血层级，并创建了用户友好的R包工具	NA	精确绘制白血病细胞到已知造血层级的映射，以理解疾病起源和发展机制	急性髓系白血病(AML)和B细胞前体急性淋巴细胞白血病(BCP-ALL)患者样本	生物信息学	白血病	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 批量RNA测序(bulk RNA-seq)	LASSO回归模型	RNA测序数据	来自25名健康捐赠者的100,000多个骨髓单核细胞
74	2025-09-21	INLAomics for Scalable and Interpretable Spatial Multiomic Data Integration 2025-May-08, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.02.651831 PMID:40654897	研究论文	提出INLAomics框架，用于整合空间转录组和蛋白质组数据以分析组织架构内的生物调控	开发了一种基于多元层次贝叶斯的可解释框架，能够利用组织学特征和潜在空间因子建模蛋白质丰度，克服现有方法忽略空间背景和可扩展性差的限制	NA	实现可扩展且可解释的空间多组学数据整合分析	组织切片中的蛋白质表达和基因共表达程序	生物信息学	NA	空间转录组学、抗体蛋白质组学	多元层次贝叶斯模型	空间多组学数据	多个数据集（具体数量未明确说明）
75	2025-09-21	Distinct adipose progenitor cells emerging with age drive active adipogenesis 2025-Apr-25, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.adj0430 PMID:40273250	研究论文	研究揭示中年期小鼠内脏脂肪中一种独特的脂肪祖细胞亚群（CP-A）驱动活跃的脂肪生成	发现年龄富集的定向前脂肪细胞（CP-A）群体及其通过白血病抑制因子受体信号通路促进内脏脂肪扩张的机制	研究主要基于小鼠模型，人类中的适用性尚需验证	探究年龄依赖性脂肪重塑的细胞机制	小鼠内脏脂肪中的脂肪祖细胞（APCs）	细胞生物学	代谢性疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、谱系追踪、移植实验	NA	基因表达数据	小鼠模型（具体数量未明确说明）
76	2025-09-21	The immune checkpoint regulator CD40 potentiates myocardial inflammation 2025-Apr, Nature cardiovascular research IF:9.4Q1 DOI:10.1038/s44161-025-00633-1 PMID:40217124	研究论文	本研究揭示CD40激动剂通过激活CCR2巨噬细胞和招募CD8 T细胞促进心肌炎症的机制	首次发现CD40激动剂通过CCR2巨噬细胞与CD8 T细胞的正反馈环路驱动心肌炎症，并证明其会加速心室重构	研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性需进一步验证	探究CD40激动剂对心肌炎症的潜在影响及机制	遗传修饰小鼠模型的心脏免疫微环境	免疫学	心血管疾病	单细胞测序、细胞清除实验、遗传小鼠模型	NA	基因组数据、细胞表型数据	NA（未明确样本数量，但使用多组遗传小鼠模型）
77	2025-09-21	Dnmt3a-mediated hypermethylation of FoxO3 promotes redox imbalance during osteoclastogenesis 2025-Mar-25, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2418023122 PMID:40106360	研究论文	本研究揭示了Dnmt3a介导的FoxO3启动子高甲基化通过促进氧化还原失衡加剧破骨细胞生成和骨质疏松的机制	首次发现Dnmt3a通过调控FoxO3启动子甲基化影响氧化还原平衡，而非通过RANK-TRAF6解离途径调控破骨细胞生成	NA	探究FoxO3在破骨细胞生成和骨质疏松中的作用及表观遗传调控机制	人股骨头样本、Lysm-Cre;FoxO3 OVX小鼠模型	表观遗传学	骨质疏松症	scRNA-seq、基因敲低	NA	单细胞RNA测序数据、体内实验数据	NA
78	2025-09-21	Machine learning predictions from unpredictable chaos 2025-Mar-19, ArXiv PMID:40166748	研究论文	提出了一种名为混沌学习的新型多尺度拓扑范式，能够从混沌系统中实现准确预测	首次引入混沌学习范式，通过多尺度拓扑拉普拉斯算子将现实世界数据嵌入混沌系统并实现定量预测	NA	探索混沌系统的可预测性并开发新的预测方法	混沌动力系统（洛伦兹和罗斯勒吸引子）及多类别现实世界数据集	机器学习	NA	单细胞RNA测序	混沌学习范式	脑电波、蛋白质数据、单细胞RNA测序数据、图像数据	28个数据集（10个脑电波、4个蛋白质数据集、13个单细胞RNA测序数据集、1个图像数据集）
79	2025-09-21	scBSP: A fast and accurate tool for identifying spatially variable features from high-resolution spatial omics data 2025-Feb-07, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.02.636138 PMID:39974940	研究论文	介绍了一个名为scBSP的开源工具，用于高效识别高分辨率空间组学数据中的空间可变特征	利用稀疏矩阵运算显著提升计算效率，支持处理数百万细胞规模的二维和三维数据，是目前处理此类数据最快的工具	NA	开发快速准确识别空间组学数据中空间可变特征的计算方法	高分辨率空间组学数据	生物信息学	肾脏疾病	空间转录组学，10x Xenium	NA	空间组学数据	181,367个位点和19,950个基因的高清空间转录组数据
80	2025-09-21	Single Cell Transcriptome Signatures of Sarcoidosis in Lung Immune Cell Populations 2025-Jan-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.20.633917 PMID:39896662	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析肺免疫细胞，揭示了结节病相关的细胞组成、基因表达模式和细胞间互作变化	首次在结节病中鉴定出五种巨噬细胞亚群并揭示其特异性基因表达谱，以及疾病进展相关的细胞互作差异	样本量相对有限（16例患者和14例对照），且仅基于BAL细胞分析	识别与结节病风险和进展相关的细胞特异性分子变化	结节病患者（进行性和非进行性）和健康对照的支气管肺泡灌洗（BAL）细胞	单细胞转录组学	结节病	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	Seurat聚类分析，CellChat细胞通讯分析	单细胞基因表达数据	16例结节病患者（8例进行性，8例非进行性）和14例健康对照