单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
61	2025-06-16	Identification of an Immune-Related Gene Signature for Prognostic Prediction in Glioblastoma: Insights from Integrated Bulk and Single-Cell RNA Sequencing 2025-May-28, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers17111799 PMID:40507280	研究论文	本研究通过整合批量及单细胞RNA测序数据，识别并表征了与胶质母细胞瘤预后和免疫调节相关的免疫相关基因特征	开发了一个与巨噬细胞相关的五基因预后特征（MAPS），为胶质母细胞瘤的免疫生物学提供了新见解，并识别了潜在的生物标志物和治疗靶点	未提及具体样本量，可能影响结果的普遍性	识别与胶质母细胞瘤预后和免疫调节相关的免疫相关基因特征	胶质母细胞瘤	数字病理学	胶质母细胞瘤	批量及单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
62	2025-06-16	Single-Cell Sequencing: An Emerging Tool for Biomarker Development in Nuclear Emergencies and Radiation Oncology 2025-May-28, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers17111801 PMID:40507282	综述	本文探讨了单细胞测序技术在核紧急情况和放射肿瘤学中作为生物标志物开发新兴工具的应用	强调了单细胞测序技术在提供高分辨率细胞多样性和异质性视图方面的创新性，特别是在识别辐射暴露相关生物标志物方面的潜力	单细胞RNA测序技术在辐射研究领域仍处于新兴阶段	探讨辐射剂量测定的当前方法及与辐射暴露相关的生物标志物，并关注NGS技术在放射治疗和紧急事件中的发展	辐射暴露后的细胞和生物标志物	生物信息学	放射肿瘤学	NGS, 单细胞测序, scRNA-seq	NA	基因序列数据	NA
63	2025-06-16	Potential Role of SESN3 in Linking Heart Failure with Preserved Ejection Fraction and Chronic Obstructive Pulmonary Disease via Autophagy Dysregulation 2025-May-28, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26115174 PMID:40507985	研究论文	本研究探讨了SESN3通过自噬失调在心力衰竭伴保留射血分数（HFpEF）和慢性阻塞性肺疾病（COPD）之间的潜在联系	首次提出SESN3介导的自噬可能是HFpEF和COPD的共同机制，并验证了其在心脏和肺组织中的系统性作用	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证不足	识别HFpEF和COPD的共同致病机制并验证其系统性作用	HFpEF心脏组织和COPD肺组织	分子病理学	心血管疾病	转录组分析、WGCNA、LASSO回归、scRNA-seq、qPCR、Western blotting	HFpEF小鼠模型	基因表达数据	未明确说明样本数量
64	2025-06-16	Molecular Characterization of Atypical Fibroxanthoma and Pleomorphic Dermal Sarcoma 2025-May-27, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers17111785 PMID:40507266	综述	本文综述了非典型纤维黄色瘤（AFX）和多形性真皮肉瘤（PDS）的分子特征，包括它们的分子组成、基因表达和预后生物标志物	首次整合了包括单细胞RNA测序在内的多种分子数据集，讨论了这些肿瘤的分子驱动因素和预后生物标志物	由于这些肿瘤的罕见性，相关研究较少，分子特征的全面理解仍有待深入	探讨AFX和PDS的分子特征及其预后生物标志物	非典型纤维黄色瘤（AFX）和多形性真皮肉瘤（PDS）	分子病理学	皮肤肉瘤	外显子测序、批量RNA测序、靶向DNA测序、DNA甲基化分析、拷贝数分析、scRNA-seq	NA	分子数据	NA
65	2025-06-16	Longitudinal single-cell analysis reveals RUNX1T1 as an early driver in treatment-induced neuroendocrine transdifferentiation 2025-May-18, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.14.653660 PMID:40463134	研究论文	通过纵向单细胞分析揭示RUNX1T1作为治疗诱导神经内分泌转分化的早期驱动因子	首次在患者来源的异种移植模型中发现了神经内分泌前列腺癌发展过程中的早期中间过渡细胞状态，并确定了RUNX1T1作为关键的转录调控因子	研究仅基于单一患者来源的异种移植模型，可能无法完全反映人类肿瘤的复杂性	探究治疗诱导神经内分泌前列腺癌的分子机制和动态过程	前列腺癌患者来源的异种移植模型(LTL331/331R)	数字病理学	前列腺癌	单细胞转录组测序(scRNA-seq)	NA	转录组数据	7个时间点的单细胞数据
66	2025-06-16	PRRX1 is a key regulator in the phenotypic transition between human normal dermal and keloid fibroblasts 2025-May-16, Journal of dermatological science IF:3.8Q1 DOI:10.1016/j.jdermsci.2025.05.002 PMID:40517126	research paper	该研究探讨了人类胎儿皮肤、产后皮肤和瘢痕疙瘩组织之间的差异，以找出影响伤口愈合结果的关键因素	发现了PRRX1在调节正常和瘢痕疙瘩成纤维细胞表型转变中的关键作用，并利用三维人类瘢痕疙瘩模型在组织水平上进一步验证了这一作用	研究主要聚焦于PRRX1的作用，可能忽略了其他潜在的关键因素	理解人类胎儿皮肤、产后皮肤和瘢痕疙瘩组织之间的差异，以促进无疤痕伤口愈合的临床治疗	人类胎儿皮肤、产后皮肤和瘢痕疙瘩组织	digital pathology	scarring	spatial transcriptomics (ST), histological imaging	three-dimensional human keloid model	transcriptomics data, histological images	人类胎儿皮肤、产后皮肤和瘢痕疙瘩组织样本
67	2025-06-16	Clinical efficacy and chemoresistance analysis of precision neoadjuvant chemotherapy for borderline resectable pancreatic cancer: a prospective, single-arm pilot study 2025-May-01, International journal of surgery (London, England) DOI:10.1097/JS9.0000000000002342 PMID:40146255	研究论文	本研究评估了基于患者来源类器官（PDOs）的新辅助化疗（NAC）在临界可切除胰腺癌（BRPC）中的临床疗效和安全性	利用PDOs进行药物敏感性测试，调整NAC方案，并探索了吉西他滨耐药的潜在机制	单臂试点研究，样本量较小（19例患者）	评估PDOs指导的NAC在BRPC中的临床疗效和安全性，并探索吉西他滨耐药的分子机制	临界可切除胰腺癌（BRPC）患者	数字病理学	胰腺癌	scRNA-seq分析	NA	临床数据和单细胞转录组数据	19例BRPC患者
68	2025-06-16	scValue: value-based subsampling of large-scale single-cell transcriptomic data for machine and deep learning tasks 2025-May-01, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf279 PMID:40515392	研究论文	介绍了一种名为scValue的新方法，用于大规模单细胞转录组数据的基于价值的子采样，以优化机器学习和深度学习任务	使用随机森林模型的袋外估计对单个细胞进行'数据价值'排名，优先考虑高价值细胞，并更有效地保留子样本中的关键生物信号	未明确提及具体限制	优化大规模单细胞RNA测序数据在机器学习和深度学习任务中的子采样方法	单细胞转录组数据	机器学习	NA	scRNA-seq	随机森林	单细胞RNA测序数据	16个公共数据集，从数万到数百万个细胞不等
69	2025-06-16	Splenic CD169+Tim4+ Marginal Metallophilic Macrophages Are Essential for Wound Healing After Myocardial Infarction 2025-Apr-28, Circulation IF:35.5Q1 DOI:10.1161/CIRCULATIONAHA.124.071772 PMID:40289811	研究论文	该研究揭示了脾脏CD169+Tim4+边缘金属性巨噬细胞在心肌梗死后伤口愈合中的关键作用	首次发现脾脏CD169+Tim4+边缘金属性巨噬细胞通过循环进入心脏，对心肌梗死后炎症调节和组织修复起决定性作用	研究主要基于小鼠模型，人类数据仅涉及循环单核细胞的表型分析	阐明心肌梗死后伤口愈合的细胞机制	脾脏CD169+Tim4+边缘金属性巨噬细胞及其在心肌梗死后的功能	心血管病理学	心血管疾病	流式细胞术、单细胞RNA测序、谱系追踪、细胞移植	小鼠心肌梗死模型	流式细胞数据、单细胞转录组数据	小鼠模型及人类ST段抬高型心肌梗死患者样本
70	2025-06-16	Sequencing-free whole genome spatial transcriptomics at molecular resolution in intact tissue 2025-Mar-29, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.06.641951 PMID:40161724	研究论文	开发了一种名为RAEFISH的新型图像空间转录组技术，能够在完整组织中实现全基因组水平的覆盖和单分子空间分辨率	RAEFISH技术结合了全转录组覆盖和高空间分辨率的优势，克服了现有技术在覆盖范围或分辨率上的限制	尽管技术先进，但可能仍存在样本处理复杂性和成本较高的问题	开发一种能够在完整组织中实现高覆盖和高分辨率空间转录组分析的技术	人类和小鼠的转录组，包括几乎所有蛋白质编码转录本和数千种长链非编码RNA	空间转录组学	NA	RAEFISH（Reverse-padlock Amplicon Encoding FISH）	NA	图像数据	针对23,000种人类转录本和22,000种小鼠转录本进行了分析
71	2025-06-16	A comparative study of statistical methods for identifying differentially expressed genes in spatial transcriptomics 2025-Feb-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.17.638726 PMID:40027680	研究论文	本研究比较了空间转录组学中识别差异表达基因的统计方法，提出了一种新的广义评分检验（GST）方法	提出了一种在广义估计方程（GEEs）框架下的广义评分检验（GST）方法，有效整合空间相关性，提高了差异基因表达的准确性	研究主要针对空间转录组数据，可能不适用于其他类型的转录组数据	开发一种更稳健的统计方法，用于空间转录组数据中的差异基因表达分析	空间转录组数据中的差异表达基因	生物信息学	乳腺癌, 前列腺癌	空间转录组学（ST）	广义估计方程（GEEs）, 广义评分检验（GST）	基因表达数据	NA
72	2025-06-16	SpatialSNV: A novel method for identifying and analyzing spatially resolved SNVs in tumor microenvironments 2025-Jan-06, GigaScience IF:11.8Q1 DOI:10.1093/gigascience/giaf065 PMID:40515555	研究论文	开发了一种名为SpatialSNV的新方法，用于识别和分析肿瘤微环境中的空间解析单核苷酸变异(SNVs)	首次利用空间转录组学平台识别肿瘤切片中的有效SNVs，并揭示SNVs与肿瘤微环境动态的关系	NA	探索SNVs在肿瘤微环境中的作用及其与肿瘤-免疫系统互作的机制	肿瘤微环境中的单核苷酸变异(SNVs)	数字病理学	结直肠癌	空间转录组学	NA	空间转录组数据	NA
73	2025-06-16	Enhanced Spatial Transcriptomics Analysis of Mouse Lung Tissues Reveals Cell-Specific Gene Expression Changes Associated with Pulmonary Hypertension 2025, Journal of respiratory biology and translational medicine DOI:10.70322/jrbtm.2025.10004 PMID:40502298	研究论文	本文提出了一种高分辨率空间转录组学协议，用于分析小鼠肺组织中的细胞特异性基因表达变化，特别是在肺动脉高压模型中	开发了一种固定冷冻小鼠肺组织切片的方法，结合多重荧光原位杂交和高通量成像技术，保留了组织完整性并最大化成像区域	仅使用了预设计的379基因小鼠面板，可能未涵盖所有相关基因	研究肺动脉高压模型中肺组织的细胞特异性基因表达变化	小鼠肺组织	数字病理学	肺动脉高压	空间转录组学、荧光原位杂交(FISH)、高通量成像	NA	空间转录组数据、图像数据	未明确说明样本数量，但使用了固定冷冻和新鲜冷冻两种组织制备方法
74	2025-06-16	Cell signaling characterization for spatial transcriptomics (ST) data using network analysis 2025, Complex networks & their applications XIII : proceedings of the thirteenth International Conference on Complex Networks and Their Applications: COMPLEX NETWORKS 2024. Volume 1. International Conference on Complex Networks and Their Appl... DOI:10.1007/978-3-031-82435-7_32 PMID:40510773	research paper	提出了一种基于网络分析的细胞间通讯方法，用于空间转录组学数据	构建了一个全连接、有向且加权的网络模型，用于量化配体-受体相互作用的信号活性	仅在三个相互作用上进行了验证，样本量有限	开发一种新的方法来表征空间转录组学数据中的细胞信号传导	空间转录组学数据中的配体-受体相互作用	digital pathology	NA	spatial transcriptomics (ST)	network model	gene expression data	一个真实ST数据集上的三个相互作用
75	2025-06-16	Viral Circuit Tracing in Biomedical Pain Research: Methods, Protocols, and Applications 2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-4615-1_3 PMID:40515898	研究论文	本文综述了病毒回路追踪技术在疼痛研究中的方法、协议和应用	详细介绍了AAV、狂犬病毒和HSV等病毒追踪工具在疼痛相关神经回路研究中的应用，并探索了与光遗传学、化学遗传学和单细胞RNA测序的新兴整合	NA	解析疼痛处理和调制的神经回路，为疼痛管理开发精准干预措施	疼痛相关神经回路，如PAG-DR通路和杏仁核中心回路	生物医学研究	疼痛相关疾病	病毒追踪技术（AAV、狂犬病毒、HSV）、光遗传学、化学遗传学、单细胞RNA测序	NA	神经回路数据	NA
76	2025-06-16	Application of Single-Cell RNA Sequencing in Investigating Virus-Host Interactions 2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-4615-1_9 PMID:40515904	研究论文	本文探讨了单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术在研究病毒与宿主相互作用中的应用	利用scRNA-seq技术在单细胞水平上分析宿主和病毒转录本及宿主-病毒相互作用，揭示了病毒感染过程中宿主细胞的分子变化机制	NA	深入研究病毒与宿主之间的相互作用，为病毒感染的诊断和治疗提供新思路和方法	宿主细胞和病毒	基因组学	病毒感染	scRNA-seq	NA	RNA序列数据	NA
77	2025-06-15	Biomarkers Related to Interferon-γ Pathway in Myocardial Ischemia-Reperfusion Injury and the Potential Molecular Mechanisms 2025-Jul, Cardiovascular toxicology IF:3.4Q2 DOI:10.1007/s12012-025-09999-x PMID:40346414	研究论文	研究干扰素-γ通路在心肌缺血再灌注损伤（MIRI）中的分子机制及其潜在生物标志物	通过挖掘转录组和单细胞测序数据，鉴定了与干扰素-γ通路相关的两个关键基因Myd88和Trp53作为MIRI的生物标志物，并揭示了其在细胞通讯和伪时间分析中的作用	研究依赖于公开数据集，未进行实验验证	阐明干扰素-γ通路在心肌缺血再灌注损伤中的分子机制	心肌缺血再灌注损伤（MIRI）	生物信息学	心血管疾病	转录组测序、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	三个数据集（GSE160516、GSE83472、GSE227088）和182个干扰素-γ通路相关基因
78	2025-06-15	From cells to clinic: Single-cell transcriptomics shaping the future of orthopedics 2025-Jul, Journal of orthopaedic translation IF:5.9Q1 DOI:10.1016/j.jot.2025.05.001 PMID:40510239	review	探讨单细胞RNA测序技术（scRNA-seq）在骨科研究和临床实践中的潜在影响	scRNA-seq技术能够精细表征细胞亚群的变化及其在疾病进展中的作用，为骨科疾病研究提供新视角	NA	评估scRNA-seq技术在骨科研究和临床实践中的应用前景	骨关节炎、类风湿性关节炎、椎间盘退变和骨肉瘤等骨科疾病	digital pathology	geriatric disease	scRNA-seq	NA	RNA-seq数据	NA
79	2025-06-15	Antlers on does: An unexpected role of macrophages in deer biology 2025-Jun-17, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2424448122 PMID:40512783	研究论文	该研究揭示了雄激素通过巨噬细胞调控鹿角生长的分子机制	首次发现巨噬细胞在鹿角生成中的关键作用，并证明通过局部注射CCL2、自体巨噬细胞或LPS可诱导雌鹿长角	雄激素调控巨噬细胞募集的具体信号通路尚未完全阐明	探索雄激素调控鹿角再生的分子机制	梅花鹿（雄性和雌性）及裸鼠移植模型	发育生物学	NA	bulk RNA测序、单细胞RNA测序、组织学分析	NA	RNA测序数据、组织学图像	梅花鹿样本及裸鼠移植模型（具体数量未说明）
80	2025-06-15	Refinement of histologic subtypes and identification of biomarkers linked to unfavorable prognosis in cholangiocarcinoma: The ENSCCA registries' framework for digital twin advancement 2025-Jun-16, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000001425 PMID:40513068	研究论文	研究胆管癌的组织学亚型细化及与不良预后相关的生物标志物，通过建立欧洲胆管癌组织学注册表框架推进数字孪生技术	通过多中心数字化欧洲胆管癌组织学注册表，识别了PASHIGH LBD iCCA亚型作为独立的不良预后预测因子，并展示了该亚型在空间转录组学和免疫组化中的特定分子特征	样本量相对有限（293例患者），且仅选择了18例进行空间转录组学分析	研究胆管癌的组织学异质性及其临床相关性，识别与不良预后相关的组织生物标志物	胆管癌患者（293例）及其组织样本、CT扫描数据和血清学数据	数字病理学	胆管癌	免疫组化、CT扫描、形态学和放射组学技术、空间转录组学分析	NA	组织样本、CT图像、血清学数据	293例胆管癌患者（其中112例有CT扫描数据，18例进行空间转录组学分析）