单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
61	2025-06-20	Selective inhibition of stromal mechanosensing suppresses cardiac fibrosis 2025-Jun, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-08945-9 PMID:40307543	研究论文	本文研究了通过抑制基质机械感知来抑制心脏纤维化的方法	发现SRC激酶作为纤维化细胞富集的机械传感器，可通过药物抑制SRC和TGFβ信号通路协同抑制纤维化	研究主要基于小鼠模型和工程心脏组织，人类临床应用的可行性尚需验证	探索治疗心血管纤维化的新策略	心脏成纤维细胞和肌成纤维细胞	心血管疾病	心血管疾病	单细胞测序、药物抑制	小鼠模型和工程心脏组织	基因表达数据、生理功能数据	公共人类和小鼠单细胞测序数据集
62	2025-06-20	Single-cell transcriptomics reveal how root tissues adapt to soil stress 2025-Jun, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-08941-z PMID:40307555	研究论文	通过单细胞转录组学和空间转录组学方法，研究水稻根部细胞如何适应不同的土壤条件	首次在单细胞分辨率下揭示了根部组织如何通过细胞间通讯适应不同的土壤条件	研究仅针对水稻，其他植物物种的适应性机制可能不同	探究根部组织在单细胞尺度上如何适应不同的土壤条件和压力	水稻根部细胞	植物生物学	NA	单细胞RNA测序, 空间转录组学	NA	转录组数据	NA
63	2025-06-20	Multigenerational cell tracking of DNA replication and heritable DNA damage 2025-Jun, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-08986-0 PMID:40399682	研究论文	该研究通过多代单细胞追踪技术，结合内源性标记蛋白和定制计算工具，探讨了致癌扰动如何诱导姐妹细胞不对称性和表型异质性	使用双CRISPR基因组编辑技术同时追踪DNA复制模式和可遗传的内源性DNA损伤，结合单细胞转录组学揭示了致癌事件如何触发多倍体化的多种途径	研究仅追踪了最多四代细胞，可能无法完全反映长期细胞异质性的发展过程	解析细胞异质性的来源及其在癌症发展早期的作用	异步生长的细胞系	基因组学	癌症	双CRISPR基因组编辑、单细胞转录组学、迭代染色	NA	基因组数据、转录组数据	多代细胞系（最多四代）
64	2025-06-20	Low-dose interleukin-2 induces clonal expansion of BACH2-repressed effector regulatory T cells following acute coronary syndrome 2025-Jun, Nature cardiovascular research IF:9.4Q1 DOI:10.1038/s44161-025-00652-y PMID:40461772	研究论文	该研究探讨了低剂量白细胞介素-2（IL-2）在急性冠状动脉综合征患者中诱导效应调节性T细胞克隆扩张的作用	结合单细胞转录组学和T细胞受体分析，揭示了IL-2如何克隆扩张效应T细胞，并发现这些细胞上调了关键的免疫抑制和代谢途径	研究主要关注急性冠状动脉综合征患者，结果可能不适用于其他心血管疾病或免疫介导的疾病	研究IL-2在调节T细胞反应中的作用及其对心血管疾病的治疗潜力	急性冠状动脉综合征患者的T细胞	免疫学	心血管疾病	单细胞转录组学、T细胞受体分析	NA	基因表达数据、T细胞受体序列	急性冠状动脉综合征患者样本（具体数量未提及）
65	2025-06-20	Perinatal Exposure to Lead or Diethylhexyl Phthalate in Mice: Sex-Specific Effects on Cardiac DNA Methylation and Gene Expression across Time 2025-Jun, Environmental health perspectives IF:10.1Q1 DOI:10.1289/EHP15503 PMID:40315424	研究论文	研究围产期暴露于铅或邻苯二甲酸二乙基己酯对小鼠心脏DNA甲基化和基因表达的性别特异性影响	首次研究了心脏转录组和表观基因组在雄性和雌性小鼠生命周期中的变化，以及早期化学暴露对这种编程的影响	需要进一步研究表观遗传和转录差异如何影响心血管健康，特别是在老年心血管疾病风险显著增加时	研究围产期暴露于铅或DEHP对小鼠心脏DNA甲基化和基因表达的影响	小鼠心脏	表观遗传学	心血管疾病	ERRBS, RNA-Seq, MuSiC算法	NA	DNA甲基化数据, 基因表达数据	每组至少5只雄性和5只雌性小鼠，分别在3周、5个月和10个月龄时采集心脏样本
66	2025-06-20	Narrowing Down Key Players in Autoimmunity via Single-Cell Multiomics 2025-Jun, European journal of immunology IF:4.5Q2 DOI:10.1002/eji.202451233 PMID:40534591	综述	本文探讨了单细胞多组学技术在自身免疫性疾病研究中的应用及其对疾病机制的揭示	利用单细胞多组学技术识别疾病相关细胞状态和细胞通讯网络，包括与特定自身免疫易感基因位点相关的网络	未提及具体的技术瓶颈或样本限制	研究自身免疫性疾病的分子机制和效应细胞	T细胞和B细胞及其抗原受体	生物医学	自身免疫性疾病	单细胞多组学技术	NA	单细胞数据	NA
67	2025-06-20	Single-Cell Profiling of the Microenvironment in High-Risk Neuroblastoma 2025-Jun, IUBMB life IF:3.7Q2 DOI:10.1002/iub.70029 PMID:40536225	研究论文	通过单细胞RNA测序分析高风险神经母细胞瘤（HR-NB）的肿瘤微环境（TME），揭示了特定的免疫抑制细胞群和潜在的治疗靶点	首次在单细胞水平上揭示了HR-NB的TME景观，并确定了多个具有免疫抑制或促进肿瘤进展作用的TME细胞群	样本量较小（16个NB样本），可能影响结果的普遍性	深入理解HR-NB的复杂TME，寻找新的免疫治疗靶点和预后标志物	高风险神经母细胞瘤（HR-NB）患者的肿瘤微环境	数字病理学	神经母细胞瘤	单细胞RNA测序	SCENIC分析	RNA测序数据	16个神经母细胞瘤样本（11例HR-NB患者和5例中/低风险NB患者）
68	2025-06-20	Spatial transcriptomics from pancreas and local draining lymph node tissue reveals a lymphotoxin-β signature in human type 1 diabetes 2025-May-30, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.19.654940 PMID:40475580	研究论文	本研究利用空间转录组学技术探索了1型糖尿病自然病程中胰腺和胰腺淋巴结的炎症反应	首次在1型糖尿病中揭示了胰腺和区域淋巴结中独特的淋巴毒素-β特征	样本来源仅限于人类组织，未进行功能验证实验	解析1型糖尿病发病机制中的组织特异性炎症特征	人类胰腺和胰腺淋巴结组织	数字病理学	1型糖尿病	空间转录组学(ST)和单细胞RNA测序	NA	转录组数据	包含非糖尿病患者和高易感性非糖尿病自身抗体阳性个体的样本
69	2025-06-20	Compromised efferocytosis during aging is related to COVID-19 severity in mice 2025-May-24, Virologica Sinica IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.virs.2025.05.008 PMID:40419113	研究论文	本研究通过建立老年小鼠COVID-19模型，揭示了衰老过程中细胞吞噬功能受损与COVID-19严重程度的关系	首次在老年小鼠模型中证实细胞吞噬功能受损与COVID-19严重程度相关，并揭示了相关分子机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类患者中验证	探究衰老如何影响COVID-19严重程度的免疫学机制	老年和年轻小鼠的肺部免疫反应	免疫学	COVID-19	单细胞转录组分析	小鼠疾病模型	基因表达数据	老年和年轻小鼠的肺部组织样本
70	2025-06-20	Exploring the immune environment of glioblastoma through single-cell RNA sequencing in humanized mouse models 2025-May-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.17.654526 PMID:40475625	研究论文	通过在人源化小鼠模型中进行单细胞RNA测序，探索胶质母细胞瘤的免疫环境	建立了一种独特的人源化胶质母细胞瘤小鼠模型，该模型利用患者来源的异种移植物（PDXs），并展示了与复发性人类胶质母细胞瘤相似的免疫细胞特征	模型仅使用了两种免疫缺陷小鼠模型，可能无法完全代表所有人类免疫反应	研究胶质母细胞瘤的免疫环境，并评估新疗法，特别是免疫疗法	人源化小鼠模型中的胶质母细胞瘤患者来源的异种移植物（PDXs）	数字病理学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、流式细胞术、免疫组织化学	人源化小鼠模型	RNA测序数据、流式细胞数据、免疫组织化学数据	使用了两种免疫缺陷小鼠模型，并进行了人源化处理
71	2025-06-20	3D organoids containing endothelial and neural cells generation by serial inductions of differentiation on human iPSC-derived embryoid bodies 2025-May-21, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.20.653559 PMID:40475416	研究论文	通过在人iPSC衍生的胚胎体上连续诱导分化，生成包含内皮细胞和神经细胞的3D器官样体	开发了一种新型3D器官样体，同时包含神经细胞和内皮细胞，模拟了体内神经和内皮细胞的发育过程	NA	研究大脑发育和神经感染性疾病中内皮细胞与神经细胞的相互作用	人iPSC衍生的胚胎体	数字病理学	神经疾病	scRNA-Seq, RNA-Seq	3D器官样体模型	基因表达数据	NA
72	2025-06-20	Efficient profiling of total RNA in single cells with STORM-seq 2025-May-20, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2022.03.14.484332 PMID:40475517	研究论文	介绍了一种名为STORM-seq的单细胞总RNA测序技术，该技术能够高效检测非编码转录本、实现全长RNA覆盖并解析转录本水平的复杂性	STORM-seq是目前复杂度最高的scRNA-seq文库构建方法，能够稳健地测量单细胞中的转录异构体和临床相关基因融合，并首次实现了对转座元件和增强子RNA的高分辨率分析	未明确提及具体局限性，但暗示现有scRNA-seq技术在检测非编码转录本和实现全长覆盖方面存在普遍挑战	开发一种更高效、更全面的单细胞总RNA测序技术	单细胞中的总RNA，包括编码和非编码转录本	基因组学	NA	单细胞总RNA测序(sc-total-RNA-seq)，STORM-seq技术	NA	RNA测序数据	人类输卵管上皮细胞(具体数量未提及)
73	2025-06-20	Pseudoassembly of k-mers 2025-May-13, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.11.653354 PMID:40463286	研究论文	介绍了一种通过彩色de Bruijn图识别基因组序列变异的方法	提出了一种名为klue的程序，能够将k-mer组装成与变异感知的伪对齐扩展兼容的序列	NA	识别基因组序列中的变异	小鼠黑色素瘤模型中的单细胞RNA-seq数据	基因组学	黑色素瘤	单细胞RNA-seq	NA	基因组序列数据	NA
74	2025-06-20	Multi-omics approaches for identifying the PANoptosis signature and prognostic model via a multimachine-learning computational framework for intrahepatic cholangiocarcinoma 2025-Apr-15, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000001352 PMID:40233411	研究论文	本研究通过多组学方法识别肝内胆管癌(ICC)的PANoptosis特征，并利用多机器学习计算框架构建预后模型	整合Cox回归分析和5种机器学习算法识别出5个核心基因，构建的PANoptosis风险评分在预测预后和临床转化方面表现出色	样本量相对有限(85个PANoptosis相关基因)，需要更多临床验证	表征ICC患者的PANoptosis特征，构建临床诊断和治疗指导模型，探索耐药相关分子机制	肝内胆管癌(ICC)患者	机器学习	肝内胆管癌	转录组学、蛋白质组学测序、单细胞转录组分析	Cox回归分析+5种机器学习算法	多组学数据(转录组、蛋白质组)	OEP001105公共队列和重庆医科大学附属第一医院的多组学数据
75	2025-06-20	Tumor-derived CD109 orchestrates reprogramming of tumor-associated macrophages to dampen immune response 2025-Apr-11, Journal of hepatology IF:26.8Q1 DOI:10.1016/j.jhep.2025.03.035 PMID:40220905	研究论文	该研究揭示了肿瘤源性可溶性CD109（sCD109）在免疫抑制性肿瘤微环境中的作用及其调控机制	发现sCD109作为'分泌性免疫检查点'通过双重机制（激活FcγRI/SYK/NF-κB信号通路上调CD73转录，同时竞争性结合E3连接酶TRIM21抑制CD73蛋白降解）重编程肿瘤相关巨噬细胞	研究主要基于临床前小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证	探索iCCA中免疫抑制性分泌蛋白及其调控机制，开发提高免疫治疗疗效的新靶点	肝内胆管癌（iCCA）的肿瘤微环境	肿瘤免疫学	肝内胆管癌	蛋白质组学分析、单细胞转录组学、飞行时间质谱流式细胞术、RNA测序、质谱分析	NA	多组学数据（蛋白质组、转录组等）	NA（未明确说明样本数量）
76	2025-06-20	Cell states and neighborhoods in distinct clinical stages of primary and metastatic esophageal adenocarcinoma 2025-Mar-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.17.608386 PMID:39229240	研究论文	通过多组学分析探讨食管腺癌的疾病进展和治疗反应	识别了五种恶性细胞程序，并揭示了它们与表观遗传可塑性和临床结果的关联，以及预测了它们与微环境细胞类型的显著相互作用	研究结果需要在外部队列中进行进一步验证	解密食管腺癌的疾病进展和治疗反应	原发性和转移性食管腺癌肿瘤	数字病理学	食管腺癌	单核转录组和染色质可及性测序，空间分析	NA	转录组数据，染色质可及性数据，空间数据	一组原发性和转移性食管腺癌肿瘤样本
77	2025-06-20	Platelet-mediated circulating tumor cell evasion from natural killer cell killing through immune checkpoint CD155-TIGIT 2025-Mar-01, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000000934 PMID:38779918	研究论文	研究揭示了循环肿瘤细胞（CTCs）如何通过与血小板结合上调CD155-TIGIT免疫检查点逃避免疫监视的机制	首次发现CTC-血小板粘附通过CD155-TIGIT通路逃逸NK细胞杀伤的机制，并证实阻断该通路可恢复免疫监视功能	研究主要关注CD155-TIGIT通路，未全面评估其他潜在逃逸机制	探究循环肿瘤细胞在血液传播过程中逃避免疫监视的分子机制	多种癌症患者的循环肿瘤细胞（CTCs）和血小板	肿瘤免疫学	肝癌（HCC）及其他多种癌症	单细胞RNA测序、多重免疫荧光、体外/离体/体内实验	NA	基因表达数据、临床生存数据	多种癌症患者的血液样本（具体数量未说明）
78	2025-06-20	scFTAT: a novel cell annotation method integrating FFT and transformer 2025-Feb-25, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-025-06061-z PMID:39994539	研究论文	提出了一种名为scFTAT的新型细胞注释方法，该方法整合了FFT和Transformer技术，用于单细胞RNA测序数据的自动注释	整合FFT和增强型Transformer进行自动特征学习，解决了单细胞数据高稀疏性和大规模数据手动注释繁琐的挑战	NA	开发一种高效、准确的单细胞RNA测序数据自动注释方法	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	Transformer	基因表达数据	六个典型数据集（包括人类和小鼠组织）
79	2025-06-20	Telomemore enables single-cell analysis of cell cycle and chromatin condensation 2025-Jan-24, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkaf031 PMID:39878215	研究论文	该论文介绍了Telomemore工具，用于单细胞分析细胞周期和染色质凝聚状态	揭示了ATAC-seq端粒样读段不能用于推断端粒长度，但可作为染色质凝聚的生物标志物，并开发了Telomemore工具来量化非对齐的亚端粒读段	未明确提及具体局限性	开发新工具以增强单细胞数据分析能力	单细胞ATAC-seq和RNA-seq数据	生物信息学	NA	单细胞ATAC-seq, 单细胞RNA-seq, 长读长测序	NA	基因组数据	多个公共数据集和新生成的多组纤维母细胞和B细胞图谱
80	2025-06-20	Congestion Enriches Intra-hepatic Macrophages Through Reverse Zonation of CXCL9 in Liver Sinusoidal Endothelial Cells 2025, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101475 PMID:39923846	research paper	研究探讨了肝脏窦状隙微环境中免疫细胞的空间变化及其对充血性纤维化和门静脉高压的影响	揭示了CXCL9在肝脏窦状隙内皮细胞中的反向分区现象及其在巨噬细胞募集中的作用	研究主要基于小鼠模型和有限的人类样本，可能不完全反映人类疾病的全部情况	探究充血性肝病中免疫细胞分布的变化及其对疾病进展的影响	肝脏窦状隙内皮细胞和肝内巨噬细胞	digital pathology	liver disease	imaging mass cytometry (IMC), single-cell RNA-sequencing (scRNA-seq), RNA in situ hybridization (RNAish)	NA	image, RNA-seq data	患者组织样本（CH、FALD和对照组）和小鼠模型