单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
61	2025-05-29	Blood Biomarker-Based Predictive Indicator for Liver Metastasis in Alpha-Fetoprotein-Producing Gastric Cancer and Multi-Omics Tumor Microenvironment Insights 2025-May-28, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202503499 PMID:40433893	研究论文	本研究开发了一种基于血液生物标志物的预测指标（ANLiM评分），用于预测甲胎蛋白产生性胃癌（AFPGC）患者的肝转移风险，并通过多组学分析揭示了肝转移AFPGC的免疫抑制性肿瘤微环境特征	结合AFP和中性粒细胞-淋巴细胞比率（NLR）开发了新型预测指标ANLiM评分，并通过单细胞RNA测序等技术首次揭示了AFPGC肝转移的免疫微环境特征	回顾性研究设计可能引入选择偏倚，样本量相对有限（317例）	开发AFPGC肝转移预测工具并探索其肿瘤微环境特征	甲胎蛋白产生性胃癌（AFPGC）患者	肿瘤学	胃癌	全外显子组测序、蛋白质组学分析、单细胞RNA测序、多重免疫荧光	多变量逻辑回归模型、列线图	临床数据、基因组数据、蛋白质组数据、单细胞转录组数据	317例AFPGC患者
62	2025-05-29	Single-Cell Analysis Reveals that Vitamin C Inhibits Bone Metastasis of Renal Cancer via Cell Cycle Arrest and Microenvironment Remodeling 2025-May-28, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202501011 PMID:40433925	研究论文	本研究通过单细胞分析揭示了维生素C通过细胞周期阻滞和微环境重塑抑制肾癌骨转移的机制	首次使用单细胞RNA测序技术揭示了维生素C在骨转移微环境中的抗肿瘤作用，并提出了维生素C与CXCR2拮抗剂联合治疗的新策略	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体临床试验中验证	探索维生素C抑制肾癌骨转移的分子机制及其治疗潜力	肾癌细胞及其骨转移微环境	肿瘤学	肾癌	单细胞RNA测序	小鼠骨转移模型	基因表达数据	未明确说明样本数量，使用纤维蛋白凝胶诱导的3D肿瘤球体来源的肾癌细胞
63	2025-05-29	PROS1-MERTK Axis Drives Tumor Microenvironment Crosstalk and Progression in Papillary Thyroid Microcarcinoma 2025-May-28, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202413474 PMID:40433916	research paper	该研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学揭示了PROS1-MERTK轴在甲状腺微小乳头状癌（PTMC）进展中的关键作用	首次揭示了PROS1-MERTK信号通路通过旁分泌和自分泌机制加速PTMC进展，并鉴定出NFYB和FOXP2作为PROS1转录的激活剂	样本量较小（19个手术组织标本），且仅针对PTMC进行研究	探索甲状腺微小乳头状癌（PTMC）进展的分子机制和生物标志物	15名患者的19个手术组织标本，包括癌旁组织、非进展性PTMC、进展性PTMC和进展性PTC	肿瘤生物学	甲状腺癌	单细胞RNA测序、空间转录组学	NA	RNA测序数据	19个手术组织标本（来自15名患者）
64	2025-05-29	Single-cell targeted transcriptomics reveals subset-specific immune signatures differentiating asymptomatic and cardiac patients with chronic Chagas disease 2025-May-28, The Journal of infectious diseases IF:5.0Q1 DOI:10.1093/infdis/jiaf269 PMID:40434116	研究论文	通过单细胞靶向转录组学揭示了慢性查加斯病无症状患者和心脏病患者亚群特异性免疫特征	首次应用免疫基因靶向单细胞RNA测序技术，揭示了慢性查加斯病不同临床形式患者的免疫细胞亚群特异性基因表达模式	研究仅基于外周血单个核细胞(PBMCs)，未涉及其他组织或更广泛的样本	揭示慢性查加斯病不同临床形式(无症状和心脏病)患者的免疫特征差异	慢性查加斯病患者的外周血单个核细胞(PBMCs)	单细胞转录组学	查加斯病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	来自无症状(IND)和心脏病(CCC)患者的外周血单个核细胞样本
65	2025-05-29	Circadian Gene BMAL1 Regulation of Cellular Senescence in Thyroid Aging 2025-May-28, Aging cell IF:8.0Q1 DOI:10.1111/acel.70119 PMID:40434135	研究论文	研究昼夜节律基因BMAL1在甲状腺衰老过程中对细胞衰老的调控作用	揭示了BMAL1基因下调通过抑制NFKBIA表达加速甲状腺细胞衰老和损害激素合成的新机制	NA	探究甲状腺衰老的分子和功能特征及其与甲状腺激素合成的关系	人类甲状腺组织和小鼠模型	分子生物学	甲状腺疾病	scRNA-seq, 转录组测序	甲状腺特异性Bmal1敲除小鼠模型	基因表达数据	年轻、中年和老年组的人类甲状腺组织
66	2025-05-29	Potential of SPHK1 as a prognostic marker and therapeutic target in colorectal cancer: insights from bioinformatics and experimental analysis 2025-May-28, International journal of surgery (London, England) DOI:10.1097/JS9.0000000000002506 PMID:40434736	研究论文	本研究通过生物信息学和实验分析探讨了SPHK1在结直肠癌（CRC）进展中的作用及其作为预后标志物和治疗靶点的潜力	首次系统评估了SPHK1在CRC中的表达模式、分子机制及其与免疫浸润和肿瘤微环境的关联	样本量相对较小（90对CRC和正常组织），且主要依赖公共数据库数据	探究SPHK1在CRC进展中的分子机制及其作为预后标志物和治疗靶点的潜力	结直肠癌组织和细胞系	生物信息学与肿瘤学	结直肠癌	多组学分析、单细胞RNA测序、孟德尔随机化（MR）、多重荧光免疫组化	NA	基因组数据、转录组数据、蛋白质表达数据	90对CRC和正常组织样本
67	2025-05-29	Polyamine acetylation mediates crosstalk between cancer cells and myeloid cells to promote mesenchymal/plurimetabolic states in glioblastoma 2025-May-27, Neuro-oncology IF:16.4Q1 DOI:10.1093/neuonc/noaf128 PMID:40424600	研究论文	本研究探讨了多胺乙酰化在胶质母细胞瘤(GBM)中介导癌细胞与髓系细胞间的代谢串扰，促进间充质/多代谢状态的作用	首次揭示了SAT1及其产物N1-乙酰精胺在连接肿瘤细胞与肿瘤相关巨噬细胞/髓系细胞(TAMs)代谢活动中的新作用	研究主要基于体外实验和动物模型，人类临床样本验证仍需进一步研究	探究多胺代谢重编程如何影响GBM亚型分类的恶性细胞内在和微环境依赖的生物学过程	人类和小鼠GBM肿瘤及细胞系	肿瘤代谢	胶质母细胞瘤	液相色谱-串联质谱(LC-MS/MS)、单细胞RNA测序	NA	代谢组数据、转录组数据	人类和小鼠GBM肿瘤及细胞系(具体数量未明确说明)
68	2025-05-29	Longitudinal scRNA-seq of retinal organoids derived from Stargardt disease patient with ABCA4 mutation 2025-May-27, Scientific data IF:5.8Q1 DOI:10.1038/s41597-025-05079-5 PMID:40425564	research paper	利用携带ABCA4基因突变的Stargardt病患者来源的iPSCs生成视网膜类器官，并进行纵向单细胞RNA测序研究	首次使用中国STGD患者常见变异的iPSCs生成视网膜类器官，并通过纵向scRNA-seq分析揭示了ABCA4相关病理变化的发育机制	研究仅针对中国人群中常见的ABCA4变异，可能无法涵盖所有STGD病例的遗传多样性	研究Stargardt病的发病机制和视网膜发育过程	携带ABCA4突变的患者来源iPSCs生成的视网膜类器官	digital pathology	Stargardt病	scRNA-seq, iPSCs技术	视网膜类器官模型	单细胞转录组数据	多个发育阶段(40, 90, 150, 200和260天)的视网膜类器官样本
69	2025-05-29	Single cell RNA sequencing reveals the role of local renin-angiotensin system in regulating ovarian physiological cycle and promoting PCOS 2025-May-27, Cell death discovery IF:6.1Q1 DOI:10.1038/s41420-025-02531-8 PMID:40425574	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了卵巢局部肾素-血管紧张素系统（RAS）在调节卵巢生理周期及促进多囊卵巢综合征（PCOS）中的作用	首次在单细胞水平上揭示了卵巢局部RAS在发情周期中的动态变化，并提供了AngII与IRS1/PI3K/AKT通路交互作用导致胰岛素抵抗（IR）可能是PCOS潜在机制的初步证据	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探究卵巢局部RAS在生理周期调节及PCOS发病机制中的作用	小鼠卵巢细胞	单细胞测序	多囊卵巢综合征	scRNA-seq	PCOS小鼠模型	单细胞RNA测序数据	未明确说明样本数量
70	2025-05-29	Deep exploration of logical models of cell differentiation in human preimplantation embryos 2025-May-27, NPJ systems biology and applications IF:3.5Q1 DOI:10.1038/s41540-025-00537-7 PMID:40425601	研究论文	本文介绍了一种名为SCIBORG的计算工具，用于通过整合单细胞转录组数据和先验知识网络来推断基因调控的布尔网络	开发了SCIBORG工具，利用逻辑编程处理单细胞数据的高维搜索空间，并生成动态布尔网络模型，揭示滋养外胚层成熟过程中的关键基因	缺乏某些生物系统的可行扰动数据，限制了动态模型的验证或生成	研究人类胚胎滋养外胚层(TE)成熟过程中的基因调控网络	人类胚胎滋养外胚层细胞	计算生物学	NA	单细胞转录组测序(scRNA-seq)	布尔网络(BN)	单细胞转录组数据	NA
71	2025-05-29	Novel ribosome biogenesis-related biomarkers and therapeutic targets identified in psoriasis 2025-May-27, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-03833-8 PMID:40425712	研究论文	该研究通过转录组和单细胞RNA测序数据，鉴定了与银屑病发病机制相关的核糖体生物发生相关生物标志物，并探索了潜在的治疗靶点	首次将核糖体生物发生（RiboSis）与银屑病发病机制联系起来，并鉴定了11个候选生物标志物，其中MPHOSPH6和ISG20通过外部数据集验证和分子对接预测了潜在治疗化合物	研究机制尚不完全清楚，需要进一步的实验验证	探索核糖体生物发生在银屑病发病机制中的作用，并寻找潜在的治疗靶点	银屑病患者和相关的转录组数据	生物信息学	银屑病	RNA-seq, scRNA-seq, WGCNA, PPI分析, 分子对接	NA	转录组数据, 单细胞RNA测序数据	从GEO数据库获取的批量转录组和单细胞RNA测序数据集
72	2025-05-29	Author Correction: Single-cell transcriptomics analysis reveals dynamic changes and prognostic signature in tumor microenvironment of PDAC 2025-May-27, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-02747-9 PMID:40425739	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
73	2025-05-29	A robust multi-scale clustering framework for single-cell RNA-seq data analysis 2025-May-27, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-03603-6 PMID:40425750	research paper	提出了一种新的单细胞RNA测序数据分析方法scMSCF，通过结合多维PCA降维、K-means聚类和加权集成元聚类方法，以及自注意力驱动的Transformer模型，提高了聚类准确性	scMSCF方法通过多层降维策略构建初始聚类框架，并在元聚类过程中使用投票机制选择高置信度细胞，为Transformer模型提供精确训练标签，从而捕捉基因表达数据中的复杂依赖关系	NA	解决单细胞RNA测序数据高维度、稀疏性和噪声带来的聚类挑战，提高细胞类型识别的准确性	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	Transformer	基因表达数据	八个单细胞RNA测序数据集
74	2025-05-29	Optimized culturing yields high success rates and preserves molecular heterogeneity, enabling personalized screening for high-grade gliomas 2025-May-27, NPJ precision oncology IF:6.8Q1 DOI:10.1038/s41698-025-00946-1 PMID:40425813	research paper	该研究优化了高级别胶质瘤（HGG）体外培养方法，提高了培养成功率并保持了分子异质性，支持个性化药物筛选	结合超声抽吸和3D组织片段培养方法，将培养成功率提高到96%，并首次展示了超声抽吸来源培养物具有更高的转录组异质性	研究样本量相对有限（114例），且未探讨长期培养对分子特征的影响	开发可靠的高级别胶质瘤体外培养模型以支持精准医疗	高级别胶质瘤患者来源的胶质瘤干细胞样细胞（GSC）培养物	肿瘤生物学	高级别胶质瘤	单细胞测序、拷贝数分析	体外细胞培养模型	基因组数据、转录组数据	114例HGG标本（包含手术切除和超声抽吸样本）
75	2025-05-29	Interpretable niche-based cell‒cell communication inference using multi-view graph neural networks 2025-May-27, Nature computational science IF:12.0Q1 DOI:10.1038/s43588-025-00809-6 PMID:40425827	research paper	介绍了一种基于空间转录组学的工具STCase，用于在单细胞/斑点水平推断细胞间通讯事件，并探索细胞亚型	开发了STCase工具，利用可解释的多视图图神经网络通过CCC感知注意力识别细胞类型的生态位，并揭示生态位特异性CCC事件	NA	推断细胞间通讯事件并探索细胞亚型	细胞间通讯(CCC)	生物信息学	口腔鳞状细胞癌	空间转录组学(ST)	多视图图神经网络	空间转录组数据	NA
76	2025-05-29	Ligustrazine nano-drug delivery system ameliorates doxorubicin-mediated myocardial injury via piezo-type mechanosensitive ion channel component 1-prohibitin 2-mediated mitochondrial quality surveillance 2025-May-27, Journal of nanobiotechnology IF:10.6Q1 DOI:10.1186/s12951-025-03420-z PMID:40426179	研究论文	本研究探讨了川芎嗪纳米药物递送系统通过调节PIEZO1-TMBIM6-PHB2Ser91/Ser176磷酸化轴改善阿霉素诱导的心肌损伤和线粒体功能障碍	首次利用四面体骨架核酸分子作为川芎嗪的纳米载体，并通过基因修饰小鼠模型和单细胞测序分析揭示了PIEZO1-TMBIM6-PHB2Ser91/Ser176磷酸化轴的作用机制	研究主要基于动物模型和体外实验，尚未进行临床试验	探索川芎嗪纳米药物递送系统对阿霉素诱导心肌损伤的保护作用及其分子机制	阿霉素诱导的心肌病模型小鼠和基因修饰细胞系统	纳米药物递送	心血管疾病	单细胞测序、分子生物学技术、整合药理学	基因修饰小鼠模型	NA	NA
77	2025-05-29	Semaglultide targets Spp1+ microglia/macrophage to attenuate neuroinflammation following perioperative stroke 2025-May-27, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1 DOI:10.1186/s12974-025-03465-9 PMID:40426210	研究论文	本文研究了索马鲁肽通过靶向Spp1阳性小胶质细胞/巨噬细胞来减轻围手术期卒中后的神经炎症	发现了一种新的保护性Spp1阳性巨噬细胞/小胶质细胞亚群，并证明索马鲁肽可以上调这一亚群	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探索围手术期卒中后神经炎症的缓解策略	围手术期缺血性卒中(PIS)小鼠模型	神经科学	缺血性卒中	单细胞RNA测序、免疫荧光染色、高参数流式细胞术、RNA测序	小鼠模型	RNA测序数据、流式细胞数据、免疫荧光图像	未明确说明具体数量，但使用了小鼠模型
78	2025-05-29	scE2EGAE: enhancing single-cell RNA-Seq data analysis through an end-to-end cell-graph-learnable graph autoencoder with differentiable edge sampling 2025-May-27, Biology direct IF:5.7Q1 DOI:10.1186/s13062-025-00616-z PMID:40426257	research paper	提出了一种名为scE2EGAE的端到端可学习图自动编码器，用于增强单细胞RNA测序数据分析	通过可微分边缘采样学习细胞间关系图，避免了传统固定图构建方法的信息丢失问题	仅在8个公开scRNA-Seq数据集上进行了验证，需要更多数据集的广泛测试	改进单细胞RNA测序数据的降噪分析	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-Seq	图自动编码器(Graph Autoencoder)	基因表达数据	8个公开scRNA-Seq数据集
79	2025-05-29	Integrating AI/ML and multi-omics approaches to investigate the role of TNFRSF10A/TRAILR1 and its potential targets in pancreatic cancer 2025-May-26, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.110432 PMID:40424767	研究论文	该研究通过整合AI/ML和多组学方法，探讨了TNFRSF10A/TRAILR1在胰腺癌中的作用及其潜在靶点	研究创新性地结合了多组学分析和深度学习驱动的QSAR建模，预测并验证了TNFRSF10A作为胰腺癌的潜在治疗靶点，并发现了具有调节TRAILR1作用的FDA批准药物和天然化合物	研究结果需要在进一步的实验和临床研究中验证	探讨TNFRSF10A/TRAILR1在胰腺癌中的作用及其潜在治疗靶点	胰腺导管腺癌(PDAC)及其微环境	数字病理学	胰腺癌	多组学分析、单细胞空间转录组学、蛋白质组学、ceRNA网络分析、QSAR建模	SELFormer (基于transformer的深度学习模型)	基因组数据、转录组数据、蛋白质组数据	NA
80	2025-05-29	Epithelial cell dynamics: Key drivers of type 2 inflammation in eosinophilic chronic rhinosinusitis 2025-May-26, Auris, nasus, larynx DOI:10.1016/j.anl.2025.05.009 PMID:40424830	research paper	本文探讨了鼻窦黏膜上皮细胞在嗜酸性慢性鼻窦炎（ECRS）中作为2型炎症关键驱动因素的作用	强调了上皮细胞在ECRS发病机制中的关键作用，而非传统认为的免疫细胞，并探讨了针对IL-4/IL-13和IL-5信号通路的新型生物制剂的潜力	ECRS的发病机制在患者群体中存在异质性，这使得开发通用疗法变得复杂	探索上皮细胞亚群在维持组织修复和慢性炎症平衡中的作用，以开发针对性干预措施	嗜酸性慢性鼻窦炎（ECRS）患者的上皮细胞和免疫细胞	免疫学	慢性鼻窦炎	单细胞转录组学和空间转录组学技术	NA	NA	NA