单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
61	2025-09-25	A comparative transcriptomic analysis at single-cell resolution reveals acral melanoma features distinct from cutaneous melanoma 2025-Aug-30, Chinese journal of cancer research = Chung-kuo yen cheng yen chiu DOI:10.21147/j.issn.1000-9604.2025.04.09 PMID:40979667	研究论文	通过单细胞转录组分析比较肢端黑色素瘤和皮肤黑色素瘤的分子差异	首次在单细胞分辨率下系统比较AM与CM的转录组特征，发现具有施万细胞特性的MPZ+黑色素瘤细胞亚群在AM中的关键作用	样本量相对有限（39例AM和18例CM），需要更大规模验证	揭示肢端黑色素瘤与皮肤黑色素瘤在分子水平的差异特征	肢端黑色素瘤和皮肤黑色素瘤患者组织样本	生物信息学	黑色素瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	生物信息学分析工具（细胞聚类、差异表达分析、细胞通讯网络推断）	单细胞转录组数据	39例肢端黑色素瘤患者和18例皮肤黑色素瘤病例
62	2025-09-25	SMOC2 high myofibroblastic cancer-associated fibroblast drives primary cilia-associated tumor microenvironment remodeling and poor prognosis in gastric cancer 2025-Aug-30, Chinese journal of cancer research = Chung-kuo yen cheng yen chiu DOI:10.21147/j.issn.1000-9604.2025.04.12 PMID:40979668	研究论文	本研究通过整合多组学数据定义了胃癌原纤毛亚型，并建立了预后标志物PCS，发现SMOC2高表达肌成纤维癌相关成纤维细胞是驱动肿瘤微环境重塑的关键因素	首次系统鉴定胃癌原纤毛亚型，建立多机器学习算法融合的预后标志物，并通过单细胞测序发现SMOC2高表达mCAF新亚群	研究主要基于回顾性数据，需要前瞻性临床试验验证治疗策略的有效性	建立胃癌原纤毛相关预后标志物并探索肿瘤微环境调控机制	胃癌患者样本和细胞系模型	数字病理学	胃癌	批量转录组测序、单细胞RNA测序、WGCNA分析、细胞培养实验、异种移植模型	多机器学习生存分析框架（包含10种算法）	转录组数据、单细胞测序数据	超过1500例胃癌样本的多队列数据
63	2025-09-25	Integration of phospho-signaling and transcriptomics in single cells reveals distinct Th17 cell fates 2025-Aug-26, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.116006 PMID:40674215	研究论文	开发了Vivo-seq单细胞多组学平台，整合转录组和磷酸化信号检测揭示Th17细胞命运决定机制	首创能够同时捕获单细胞转录组和磷酸化信号状态的Vivo-seq技术平台	技术平台尚未在其他细胞类型或疾病模型中验证	解析Th17细胞分化过程中信号传导与转录调控的协同机制	T辅助17细胞（Th17细胞）	单细胞多组学	自身免疫性疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、磷酸化信号检测、Vivo-seq平台	NA	单细胞转录组数据、磷酸化蛋白数据	未明确样本数量（Th17细胞单细胞水平分析）
64	2025-09-25	Population analysis and immunologic landscape of melanoma in people living with HIV 2025-Aug-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.04.17.648995 PMID:40313919	研究论文	本研究通过分析HIV感染者黑色素瘤的临床特征和免疫微环境，揭示其预后较差的内在机制	首次结合电子健康记录大数据与空间免疫转录组学技术，系统揭示HIV感染者黑色素瘤特有的免疫抑制微环境特征	样本量相对有限（空间转录组n=11，多重免疫荧光n=29），需要更大规模验证	解析HIV感染者黑色素瘤的临床预后差异及其免疫学机制	HIV感染者（PLWH）与HIV阴性者（PLw/oH）的黑色素瘤患者	数字病理学	黑色素瘤	空间免疫转录组学、多重免疫荧光、电子健康记录分析	NA	临床记录、基因表达数据、免疫组织化学数据	电子健康记录：1,019例PLWH，373,121例PLw/oH；空间转录组：11例样本；多重免疫荧光：15例PLWH，14例PLw/oH
65	2025-09-25	Single-cell transcriptomic analysis highlights specific cell types manipulated by Fusarium head blight fungus leading to wheat susceptibility 2025-Aug-21, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2025.07.022 PMID:40845857	研究论文	通过单细胞转录组测序技术分析小麦胚芽鞘对不同镰刀菌感染的细胞类型特异性响应机制	首次应用单细胞RNA测序技术揭示小麦对适应性和非适应性镰刀菌感染的细胞类型特异性防御策略	研究仅聚焦于小麦胚芽鞘组织，未涵盖其他组织器官的响应机制	解析小麦细胞类型特异性免疫响应在真菌侵染过程中的动态变化	小麦胚芽鞘细胞	植物病理学	小麦赤霉病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	超过90,000个细胞
66	2025-09-25	Poor Collateralization in T2DM: Role of SLC4A10+ MAIT Cells 2025-Aug-14, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.125.322718 PMID:40808651	研究论文	本研究探讨2型糖尿病慢性完全闭塞患者中MAIT细胞通过CCL3L1-CCR5轴调控巨噬细胞极化从而影响侧支循环形成的机制	首次发现SLC4A10+ MAIT细胞在糖尿病侧支循环不良中的关键作用，并揭示其通过CCL3L1-CCR5信号通路驱动巨噬细胞向促炎表型极化的新机制	样本量有限，机制研究主要基于动物模型和体外实验，需要更大规模临床验证	探究2型糖尿病慢性完全闭塞患者免疫细胞动态变化及其对侧支循环形成的影响	2型糖尿病慢性完全闭塞患者外周血单个核细胞和糖尿病小鼠缺血模型	免疫学与心血管疾病	2型糖尿病与心血管疾病	单细胞RNA测序、共培养实验、小鼠后肢和心肌缺血模型	动物疾病模型	基因表达数据、临床数据	两组不同侧支循环状态的2型糖尿病慢性完全闭塞患者外周血样本，独立验证队列，糖尿病小鼠缺血模型
67	2025-09-25	SMAD1/5-mediated recruitment of the histone demethylase KDM1A controls cell fate programs in embryonic stem cells 2025-Aug-12, The Journal of biological chemistry IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.jbc.2025.110591 PMID:40812426	研究论文	本研究揭示了SMAD1/5通过招募组蛋白去甲基化酶KDM1A调控胚胎干细胞命运程序的新机制	首次发现SMAD1/5通过招募KDM1A介导H3K4me1/2去甲基化，从而抑制细胞类型特异性基因表达的转录抑制机制	研究主要基于小鼠胚胎干细胞模型，在人类细胞中的适用性需要进一步验证	探究SMAD1/5在胚胎干细胞命运决定中的分子机制	小鼠胚胎干细胞（mESCs）	表观遗传学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、染色质免疫沉淀测序（ChIP-seq）	基因敲除模型（Smad1/5双敲除）	基因组学数据、表观遗传学数据	野生型和Smad1/5双敲除小鼠胚胎干细胞
68	2025-09-25	Precision T cell correction platform for inborn errors of immunity 2025-Aug-12, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2025.08.018 PMID:40808259	研究论文	开发基于CRISPR-Cas9和同源定向修复的T细胞单核苷酸变异精准校正平台，用于治疗先天性免疫缺陷病	首次建立高效T细胞SNV校正平台，实现高达80%的校正效率，并通过多组学分析验证安全性	不适用于晚期疾病、存在炎症或急性感染的患者	开发精准基因编辑平台用于先天性免疫缺陷病的自体T细胞治疗	T细胞和四种先天性免疫缺陷病模型（STAT1功能增益、软骨毛发发育不全、ADA2缺乏症、自身免疫性多内分泌病-念珠菌病-外胚层营养不良）	基因治疗	先天性免疫缺陷病	CRISPR-Cas9基因编辑、同源定向修复、GUIDE-seq、单细胞RNA测序、长读长基因组测序、蛋白质组学分析	NA	基因组数据、转录组数据、蛋白质组数据	四种先天性免疫缺陷病模型
69	2025-09-25	Evolutionary trends in the emergence of skeletal cell types 2025-Aug, Evolution letters IF:3.4Q2 DOI:10.1093/evlett/qraf012 PMID:40980705	研究论文	通过整合基因组系统发育地层学和单细胞转录组学，探索骨骼细胞类型特异性基因表达程序组装中的进化趋势	首次将基因组系统发育地层学与单细胞转录组学结合，挑战了关于脊椎动物骨骼结构进化的传统观点	NA	探索骨骼细胞类型特异性基因表达程序的进化组装趋势	成骨细胞、肥大软骨细胞和未成熟软骨细胞	进化生物学	NA	基因组系统发育地层学、单细胞转录组学	NA	基因组数据、单细胞转录组数据	NA
70	2025-09-25	TREM2-Mediated Myeloid Cells Protect Against Pathological Choroidal Neovascularization 2025-Jul-31, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202501793R PMID:40716081	研究论文	本研究通过多组学方法揭示TREM2在病理性脉络膜新生血管形成中的保护作用机制	首次系统阐明TREM2通过调节髓系细胞功能抑制脉络膜新生血管的分子机制，并发现TREM2与SOCS3协同作用的抗血管生成新通路	研究主要基于激光诱导的动物模型，人类临床相关性需进一步验证	探究TREM2在脉络膜新生血管病理过程中的功能作用机制	激光诱导脉络膜新生血管小鼠模型及其髓系细胞	眼科疾病机制研究	年龄相关性黄斑变性	单细胞RNA测序、免疫染色、转录组分析、基因工程小鼠模型	动物疾病模型	基因表达数据、蛋白质表达数据、病理图像数据	未明确具体样本数量，使用基因工程小鼠进行实验
71	2025-09-25	Single Cell Profiling in the Sox10Dom Hirschsprung Mouse Implicates Hox Genes in Enteric Neuron Trajectory Allocation 2025-Jul-21, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101590 PMID:40701368	研究论文	通过单细胞RNA测序研究Sox10Dom突变对肠道神经系统发育中神经元轨迹分配的影响	首次发现Hox基因（特别是Hoxa6）表达变化与肠道神经元轨迹改变相关	研究局限于小鼠模型，未在人类样本中验证	探究Sox10缺陷如何改变肠道神经元比例和发育轨迹	小鼠肠道神经嵴来源的祖细胞和发育中的神经元	发育生物学	先天性巨结肠症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、免疫组化、杂交链式反应（HCR）	NA	单细胞转录组数据、蛋白质表达数据	Sox10+/+和Sox10Dom/+同窝小鼠的肠道神经系统细胞
72	2025-07-23	SMURF Reconstructs Single-Cells from Visium HD Data to Reveal Zonation of Transcriptional Programs in the Intestine 2025-Jul-15, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.28.656357 PMID:40502153	研究论文	本文介绍了一种名为SMURF的新型软分割算法，用于将空间转录组学数据中的mRNA映射到单个细胞，并揭示了肠道中基因表达程序的区域化	开发了SMURF算法，能够将mRNA从条形码捕获点映射到附近的细胞核，并将复杂组织结构中的细胞展开到标准笛卡尔坐标系中	未明确提及算法的适用范围或与其他方法的比较	研究肠道中基因表达程序的区域化及其调控机制	肠道中的细胞及其基因表达程序	空间转录组学	NA	空间转录组学	SMURF算法	空间转录组数据	未明确提及具体样本数量
73	2025-09-25	Single-Cell and Spatial Transcriptomics Identified Fatty Acid-Binding Proteins Controlling Endothelial Glycolytic and Arterial Programming in Pulmonary Hypertension 2025-Jul, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.124.321173 PMID:40401371	研究论文	本研究通过单细胞和空间转录组学技术揭示了脂肪酸结合蛋白FABP4/5在肺动脉高压中调控内皮细胞糖代谢和动脉编程的关键作用	首次发现内皮细胞FABP4/5通过调控糖酵解和动脉编程促进肺动脉高压的血管重构，并证实双基因敲除可缓解疾病表型	研究主要基于基因工程小鼠模型，人类临床样本的验证仍需进一步扩大	探究内皮细胞FABP4/5在肺动脉高压发病机制中的具体作用	肺动脉内皮细胞、基因敲除小鼠模型、特发性肺动脉高压患者样本	分子病理学	肺动脉高压	单细胞RNA测序、空间转录组学、RNA-seq、蛋白质组学分析	基因敲除小鼠模型	转录组数据、蛋白质组数据、影像学数据	包含人类PAH样本、PH大鼠模型和多种基因工程小鼠模型
74	2025-09-25	The glycolytic reaction PGAM restrains Th17 pathogenicity and Th17-dependent autoimmunity 2025-Jun-24, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115799 PMID:40482033	研究论文	本研究通过代谢算法Compass发现糖酵解酶PGAM负向调控Th17细胞的致病性分化	首次揭示PGAM酶（而非其他糖酵解酶）对Th17细胞致病性具有抑制作用，颠覆了糖代谢普遍促进T细胞活化的传统认知	研究主要基于实验性自身免疫性脑脊髓炎模型，临床相关性需进一步验证	探究糖酵解反应对Th17细胞致病性的调控机制	T辅助17细胞（Th17细胞）及其代谢通路	免疫代谢学	自身免疫性疾病	单细胞RNA测序、Compass代谢算法、酶活性扰动实验	实验性自身免疫性脑脊髓炎（EAE）过继转移模型	基因表达数据	NA
75	2025-09-25	Prehabilitation during neoadjuvant chemotherapy results in an enhanced immune response in esophageal adenocarcinoma tumors: A randomized controlled trial 2025-Jun-09, Journal of sport and health science IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.jshs.2025.101063 PMID:40499717	研究论文	通过随机对照试验验证新辅助化疗期间预康复运动对食管腺癌患者肿瘤免疫反应的增强作用	首次在随机对照试验中证明预康复运动能显著增加肿瘤浸润淋巴细胞（CD8+ T细胞、NK细胞）密度和三级淋巴结构成熟度	样本量较小（n=22），未观察到临床结局（生存率、治疗耐受性）的组间差异	探究预康复运动是否增强新辅助化疗期间食管癌患者的肿瘤免疫浸润	局部晚期食管腺癌患者（22例随机分组）	肿瘤免疫学	食管癌	多光谱免疫组化、NanoString空间转录组学、心肺功能测试	随机对照试验	组织切片、生理指标、临床数据	22例患者（预康复组11例 vs 对照组11例）
76	2025-09-25	WFDC3 identified as a prognostic and immune biomarker in pancreatic cancer 2025-May-08, Biomolecules & biomedicine DOI:10.17305/bb.2025.12444 PMID:40350979	研究论文	本研究通过生物信息学分析和实验验证，发现WFDC3是胰腺癌的预后和免疫生物标志物	首次系统研究WFDC家族在胰腺癌中的作用，并明确WFDC3通过诱导上皮间质转化和抑制T细胞毒性促进肿瘤进展	WFDCs在肿瘤进展中的背景依赖性角色仍需进一步研究	探究WFDC家族特别是WFDC3在胰腺癌发生发展中的作用机制	胰腺癌（PAAD）组织和细胞	生物信息学	胰腺癌	RNA测序（单细胞和批量）、功能富集分析、免疫浸润评估、CCK-8、EdU、transwell、免疫荧光、流式细胞术、Western blot、qPCR、LASSO回归	LASSO回归模型	基因表达数据、实验数据	TCGA和GEO数据库中的胰腺癌数据集
77	2025-09-25	distQTL: Distribution Quantitative Trait Loci Identification by Population-Scale Single-Cell Data 2025-Apr-10, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.04.04.647121 PMID:40291679	研究论文	本研究开发了基于群体规模单细胞数据的分布数量性状基因座识别方法distQTL	首次将Fréchet回归应用于单细胞数据，利用完整经验分布而非简单汇总统计量来识别调控异质性	方法验证主要基于外周血单核细胞数据，在其他组织类型中的普适性有待进一步验证	开发更精确的基因表达数量性状基因座识别方法	982名捐赠者的外周血单核细胞单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	Fréchet回归	单细胞基因表达数据	982名捐赠者的外周血单核细胞
78	2025-09-25	Single-cell-guided identification of logic-gated antigen combinations for designing effective and safe CAR therapy 2025-Mar-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.19.644074 PMID:40568068	研究论文	开发了一种基于单细胞转录组数据的计算方法，用于设计具有逻辑门控抗原组合的CAR疗法	首次系统量化所有可能CAR电路的疗效和安全性，提出个性化CAR电路设计方法	即使优化后的共享电路对部分患者仍显不足	设计针对实体瘤的安全有效的CAR-T细胞疗法	乳腺癌患者肿瘤细胞和正常细胞	计算生物学	乳腺癌	单细胞转录组测序	逻辑门电路模型（AND/OR/NOT）	单细胞RNA测序数据	342例临床患者样本，约200万个细胞（含62万以上肿瘤细胞）
79	2025-09-25	AEnet: a practical tool to construct the splicing-associated phenotype atlas at a single cell level 2025-Jan-06, GigaScience IF:11.8Q1 DOI:10.1093/gigascience/giaf110 PMID:40990037	研究论文	提出一种名为AEnet的新方法，通过结合基因表达水平和可变剪接模式在单细胞水平构建剪接相关表型图谱	首次将基因表达与可变剪接模式整合用于定义细胞亚群，克服了传统聚类方法忽视两者相互作用的局限	单细胞测序技术固有的测序深度浅、高丢失率和批次效应等问题	开发能够更精确解析细胞异质性的计算方法	肿瘤细胞、泛癌免疫细胞和胚胎细胞	生物信息学	肿瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	AEnet网络模型	单细胞RNA测序数据	NA
80	2025-09-25	Cellular heterogeneity in metabolism and associated microbiome of a non-model phytoflagellate 2025-Jan-02, The ISME journal DOI:10.1093/ismejo/wraf046 PMID:40057978	研究论文	本研究利用单细胞转录组学技术分析非模式微真核生物Ochromonas triangulata的代谢异质性和相关微生物组	首次在没有参考基因组的情况下对非模式微真核生物进行单细胞转录组分析，发现了与生长阶段相关的第三种转录状态	研究对象为单一非模式物种，结果可能不具有普遍代表性	探索微真核生物的代谢异质性和微生物组相互作用	Ochromonas triangulata（一种微真核生物）及其共培养细菌群落	单细胞生物学	NA	Smart-seq2单细胞转录组测序	NA	单细胞转录组数据	单个微真核生物细胞的转录组分析