单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
61	2025-08-04	Integrative network pharmacology and multi-omics reveal anisodamine hydrobromide's multi-target mechanisms in sepsis 2025-Jul-31, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-13187-w PMID:40744980	研究论文	本文通过整合网络药理学、机器学习、免疫学分析、分子模拟和单细胞转录组学，揭示了氢溴酸山莨菪碱在脓毒症中的多靶点作用机制	首次整合多种技术方法揭示氢溴酸山莨菪碱在脓毒症中的多靶点作用机制，并发现ELANE和CCL5作为核心调控因子	研究结果需要进一步的临床验证	阐明氢溴酸山莨菪碱在脓毒症治疗中的作用机制	氢溴酸山莨菪碱及其在脓毒症中的作用靶点	网络药理学与多组学分析	脓毒症	网络药理学、机器学习、免疫学分析、分子模拟、单细胞转录组学	生存模型（AUC: 0.72-0.95）	多组学数据（转录组、蛋白质相互作用网络等）	NA
62	2025-08-04	Deciphering antigen-specific T cell navigation tactics and cancer immune evasion in co-cultures 2025-Jul-31, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-08568-w PMID:40745217	research paper	本研究通过定量细胞轨迹分析、计算建模和RNA测序，揭示了在2.5D共培养系统中，癌症特异性T细胞的运动行为及其与癌细胞的相互作用	首次系统性地描述了T细胞在共培养后的运动行为演变，并揭示了癌细胞亚群在相互作用后表现出的免疫抑制特性	研究基于2.5D共培养系统，可能与体内实际情况存在差异	探究T细胞在肿瘤微环境中的运动行为及其与癌细胞的相互作用机制	癌症特异性T细胞和癌细胞	癌症免疫治疗	癌症	定量细胞轨迹分析, 计算建模, bulk/single-cell RNA测序	NA	细胞轨迹数据, RNA测序数据	NA
63	2025-08-04	Multi-omics analysis unveiled fibroblast-mediated pathogenesis in male genital lichen sclerosus 2025-Jul-31, Cell & bioscience DOI:10.1186/s13578-025-01453-3 PMID:40745572	研究论文	本研究通过多组学分析揭示了成纤维细胞在男性生殖器硬化性苔藓发病机制中的关键作用	首次构建了男性生殖器硬化性苔藓的全面细胞图谱，揭示了成纤维细胞通过胶原-CD44轴和APP-CD74信号通路与T细胞及角质形成细胞的相互作用机制	研究样本量未明确说明，且机制研究仍需进一步功能验证	阐明男性生殖器硬化性苔藓的发病机制和潜在组织学生物标志物	男性生殖器硬化性苔藓患者组织样本	数字病理学	皮肤病/硬化性苔藓	多组学分析（包括单细胞RNA测序和全基因组关联研究）	NA	基因组数据/转录组数据	NA
64	2025-08-04	Single-cell sequencing-based study of ferroptosis mechanisms in heat stroke: identification of key biomarkers and dynamic analysis of the immune microenvironment 2025-Jul-31, BMC medical genomics IF:2.1Q3 DOI:10.1186/s12920-025-02188-3 PMID:40745616	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
65	2025-08-04	A lipid metabolism-related gene signature predicts prognosis after tamoxifen treatment in ER + breast cancer and reflects tumor microenvironment heterogeneity through single-cell analysis 2025-Jul-31, BMC medical genomics IF:2.1Q3 DOI:10.1186/s12920-025-02194-5 PMID:40745642	研究论文	本研究通过整合脂质代谢基因表达和机器学习数据，开发了一个基于基因表达的预后模型，用于预测ER阳性乳腺癌患者接受他莫昔芬治疗后的预后	首次结合脂质代谢基因表达和机器学习技术，构建了一个能够预测ER阳性乳腺癌患者预后的模型，并通过单细胞分析揭示了肿瘤微环境的异质性	研究样本量相对有限，且仅针对ER阳性乳腺癌患者，可能不适用于其他类型的乳腺癌	开发一个能够预测ER阳性乳腺癌患者接受他莫昔芬治疗后预后的基因表达模型	ER阳性乳腺癌患者	机器学习	乳腺癌	基因表达分析，单细胞测序	机器学习模型	基因表达数据	TCGA-ER+BRCA数据集（N=183），GSE17705（N=298），GSE22219（N=134），GSE42568（N=70），GSE58644（N=147）
66	2025-08-04	G protein-coupled estrogen receptor promotes human extravillous trophoblast invasion via YAP-Snail-mediated CYR61 expression 2025-Jul-29, Cellular signalling IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.cellsig.2025.112033 PMID:40744331	研究论文	本研究探讨了G蛋白偶联雌激素受体（GPER）通过YAP-Snail介导的CYR61表达促进人类绒毛外滋养细胞（EVT）侵袭的分子机制	发现了一个新的GPER-YAP-Snail-CYR61信号轴，该轴调控EVT侵袭，并提示该通路的失调可能与子痫前期（PE）中滋养细胞侵袭缺陷有关	未明确GPER-YAP-Snail-CYR61信号轴在PE患者中的具体调控机制及其临床应用潜力	探究GPER如何通过调控CYR61表达来促进EVT细胞的侵袭	人类绒毛外滋养细胞（EVT）	分子生物学	子痫前期	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	HTR-8/SVneo细胞和原代人类EVT细胞
67	2025-08-04	Comprehensive single-cell transcriptomic analysis reveals fibroblast subpopulations and the prognostic association of COMT in prostate cancer progression， COMT ， COMT 2025-Jul-28, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-10624-8 PMID:40721434	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示前列腺癌中成纤维细胞亚群及COMT在癌症进展中的预后关联	首次在前列腺癌中通过单细胞RNA测序鉴定出三种不同的成纤维细胞亚群，并发现COMT作为肿瘤微环境的关键调节因子和预后标志物	需要进一步研究验证COMT在前列腺癌进展和治疗抵抗中的机制作用	探索前列腺癌中成纤维细胞的分子特征及COMT表达的预后意义	前列腺癌样本中的成纤维细胞	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 免疫荧光检测	Cox回归模型	RNA测序数据, 临床数据	来自GEO数据库和TCGA数据库的前列腺癌样本
68	2025-08-04	Negative pressure mechanical signal increases the phosphorylation of eNOS Ser1177 by upregulating HSP90 expression to promote wound angiogenesis 2025-Jul-26, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2025.07.041 PMID:40721022	研究论文	本研究探讨了负压伤口治疗（NPWT）通过上调HSP90表达促进伤口血管生成的生物力学机制	揭示了GNAS/CREB1/HSP90轴在NPWT诱导的机械刺激中的作用机制，为治疗干预提供了新靶点	研究主要在体外和动物模型中进行，尚未在人体临床试验中验证	阐明负压伤口治疗促进血管生成的生物力学机制	伤口血管生成过程及相关分子机制	生物医学工程	慢性伤口	单细胞测序、Ch-IP、Co-IP、分子对接	大鼠背部伤口模型	分子生物学数据	未明确说明
69	2025-08-04	Lung Single-Cell Transcriptomics Reveal Diverging Pathobiology and Opportunities for Precision Targeting in Scleroderma-Associated Versus Idiopathic Pulmonary Arterial Hypertension 2025-Jul-21, Circulation. Genomic and precision medicine DOI:10.1161/CIRCGEN.124.004936 PMID:40686216	研究论文	通过单细胞转录组学分析系统性硬化症相关肺动脉高压（SSc-PAH）与特发性肺动脉高压（IPAH）的肺部组织，揭示其病理生物学差异及精准靶向治疗机会	首次在单细胞水平比较SSc-PAH与IPAH的基因表达模式，发现独特的致病机制和潜在治疗靶点	样本量较小（每组仅4例），需更大规模研究验证	探究SSc-PAH与IPAH的分子差异以开发精准治疗方案	肺动脉高压患者的肺部组织（SSc-PAH、IPAH及失败供体对照）	单细胞转录组学	肺动脉高压	单细胞RNA测序（10X Genomics Chromium Flex平台）	Seurat（数据标准化/聚类/差异表达分析）	单细胞转录组数据	12例（4 SSc-PAH、4 IPAH、4失败供体）
70	2025-08-04	TET2-mutant myeloid cells mitigate Alzheimer's disease progression via CNS infiltration and enhanced phagocytosis in mice 2025-Jul-02, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2025.06.006 PMID:40609533	research paper	研究发现TET2突变的髓系细胞通过中枢神经系统浸润和增强吞噬作用减缓小鼠阿尔茨海默病进展	揭示了TET2特异性突变在克隆造血中对阿尔茨海默病的保护作用及其机制	研究主要基于小鼠模型和UK Biobank数据，人类样本验证有限	探究克隆造血与阿尔茨海默病的相互作用及TET2突变的具体影响	TET2突变的髓系细胞、阿尔茨海默病小鼠模型、人类诱导多能干细胞来源的小胶质细胞	生物医学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、骨髓移植实验	小鼠阿尔茨海默病模型	基因测序数据、行为学数据、病理学数据	UK Biobank人群数据、实验小鼠群体
71	2025-08-04	Artifacts in spatial transcriptomics data: their detection, importance, prevalence, and prevention 2025-Jul-02, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf306 PMID:40748322	研究论文	本文开发了一种名为BLADE的自动化统计方法，用于检测和消除空间转录组数据中的三种伪影	BLADE是一种新颖的跨平台统计方法集合，能够检测和消除空间转录组数据中的边界效应、组织边缘效应和位置批次故障	NA	提高空间转录组数据的质量，防止伪影导致的错误发现	人类和小鼠的肝脏及脂肪组织的空间转录组数据	空间转录组学	NA	空间转录组学技术（Visium和CosMx）	统计方法	空间转录组数据	37个10x Visium样本（人类和小鼠的肝脏及脂肪组织）
72	2025-08-04	PoweREST: Statistical power estimation for spatial transcriptomics experiments to detect differentially expressed genes between two conditions 2025-Jul, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1013293 PMID:40729405	研究论文	开发了一个名为PoweREST的统计功效估计工具，用于空间转录组学实验中的差异表达基因检测	首次提出了针对10X Genomics Visium数据的差异表达基因检测的统计功效估计工具，填补了该领域在功效计算方面的空白	仅适用于10X Genomics Visium数据，未涵盖其他空间转录组学技术	解决空间转录组学实验中差异表达基因检测的统计功效估计问题	空间转录组学数据	生物信息学	NA	空间转录组学	NA	空间转录组数据	NA
73	2025-08-04	DNFE: Directed network flow entropy for detecting tipping points during biological processes 2025-Jul, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1013336 PMID:40729372	research paper	提出了一种名为DNFE的方法，用于在生物过程中检测临界点及其驱动网络	开发了基于有向网络的流熵方法（DNFE），能够处理高维小样本数据，特别是单细胞数据，并在识别临界状态和动态网络生物标志物方面表现出色	未明确提及方法的计算复杂度或在大规模数据集上的实际应用限制	识别生物过程中的临界点及其驱动网络，以预防或延迟灾难性结果	单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据和批量数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	DNFE	omics数据	六个真实数据集，包括三个单细胞数据集、两个批量肿瘤数据集和一个血液数据集
74	2025-08-04	Phenotypic Analysis of Nasal CD69+ CD4+ Tissue-Resident Memory T Cells in Eosinophilic Chronic Rhinosinusitis With Nasal Polyps 2025-Jul, Journal of rhinology : official journal of the Korean Rhinologic Society DOI:10.18787/jr.2025.00025 PMID:40744699	研究论文	本研究分析了嗜酸性慢性鼻窦炎伴鼻息肉患者鼻腔CD69+ CD4+组织驻留记忆T细胞的表型和功能特征	首次详细描述了嗜酸性慢性鼻窦炎患者鼻腔CD69+ CD103- CD4+ T细胞的表型特征及其与疾病严重程度的关系	样本来源仅限于接受内窥镜鼻窦手术的患者，可能无法代表所有患者群体	阐明嗜酸性慢性鼻窦炎发病机制中组织驻留记忆T细胞的作用	嗜酸性慢性鼻窦炎伴鼻息肉患者的鼻腔组织和外周血样本	免疫学	慢性鼻窦炎	流式细胞术、单细胞RNA测序	NA	流式细胞数据、RNA测序数据	接受内窥镜鼻窦手术的嗜酸性慢性鼻窦炎患者样本
75	2025-08-04	Multiomics identifies tumor-intrinsic SREBP1 driving immune exclusion in hepatocellular carcinoma 2025-Jun-15, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2025-011537 PMID:40518290	研究论文	通过多组学分析鉴定出肝细胞癌中驱动免疫排斥的肿瘤内源性SREBP1	发现SREBP1作为免疫排斥的中心调控因子，并通过实验验证其在调节肿瘤微环境中的关键作用	研究样本量虽大，但实验验证主要基于体外模型，需进一步体内验证	鉴定肝细胞癌中导致免疫检查点抑制剂耐药的肿瘤内源性驱动因子	肝细胞癌患者样本及体外培养的肿瘤细胞	肿瘤免疫学	肝细胞癌	RNA-seq, 蛋白质组学, 单细胞RNA-seq, 成像质谱细胞术, MALDI空间脂质组学, 3D共培养模型	3D肿瘤-免疫共培养系统	多组学数据（转录组、蛋白质组、单细胞转录组、空间脂质组）	900+人类样本（RNA-seq, 蛋白质组学）和31个肿瘤单细胞RNA-seq样本
76	2025-08-04	A Reflux Linked GATA Factor Fulcrum Dictates Lineage Commitment Through GPRC5B During the Esophageal Dysplastic Transition 2025-Jun-07, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101552 PMID:40490196	研究论文	本研究探讨了GATA家族转录因子在食管腺癌（EAC）和Barrett食管（BE）化生-异型增生转变过程中的作用机制	发现了GATA因子在食管腺癌发展中的关键作用，并识别了GATA诱导的GPRC5B作为功能性标记物和可能的驱动因子	研究主要基于体外实验和芯片器官模型，需要进一步的体内验证	阐明GATA家族成员在Barrett食管向食管腺癌转变过程中的分子机制	食管细胞系、病变来源的成体干细胞（ASCs）和癌症基因组图谱数据	癌症生物学	食管腺癌	RNA测序、shRNA或CRISPR介导的基因沉默、空间转录组学、芯片器官研究	NA	基因表达数据、空间转录组数据	癌症基因组图谱中的EAC病例、食管细胞系和病变来源的ASCs
77	2025-08-04	Identifying Immunomodulatory Subpopulations of Adipose Stromal Vascular Fraction and Stem/Stromal Cells Through Single-Cell Transcriptomics and Bulk Proteomics 2025-Jun, Stem cell reviews and reports IF:4.5Q2 DOI:10.1007/s12015-025-10889-6 PMID:40366552	研究论文	通过单细胞转录组学和批量蛋白质组学识别脂肪基质血管组分和干细胞/基质细胞中的免疫调节亚群	整合单细胞RNA测序和批量蛋白质组学数据，识别出脂肪基质血管组分中具有不同免疫调节表型的干细胞亚群	研究主要基于体外实验，未涉及体内验证	探究脂肪来源干细胞/基质细胞的异质性免疫调节潜力	脂肪基质血管组分和脂肪来源干细胞/基质细胞	单细胞组学	NA	scRNA-seq, 批量蛋白质组学	Scissor算法	转录组数据, 蛋白质组数据	未明确说明样本数量
78	2025-08-04	Distinct single-cell transcriptional profile in CD4+ T-lymphocytes among obese children with asthma 2025-Mar-01, American journal of physiology. Lung cellular and molecular physiology DOI:10.1152/ajplung.00270.2024 PMID:39868576	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，比较了肥胖哮喘儿童与正常体重哮喘儿童CD4+ T细胞的转录组差异	首次在单细胞水平揭示了肥胖哮喘儿童CD4+ T细胞的独特转录特征，发现了与严重哮喘相关的新通路	样本量较小（仅8名参与者），需要在更大队列中验证发现	探究肥胖哮喘儿童CD4+ T细胞的分子特征及其与哮喘严重程度的关系	肥胖哮喘儿童与正常体重哮喘儿童的CD4+ T细胞	免疫学	哮喘	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	8名参与者（4名肥胖哮喘儿童和4名正常体重哮喘儿童）
79	2025-08-04	STANCE: a unified statistical model to detect cell-type-specific spatially variable genes in spatial transcriptomics 2025-Feb-20, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-57117-w PMID:39979358	research paper	提出了一种名为STANCE的统一统计模型，用于在空间转录组学中检测细胞类型特异性空间可变基因（SVGs）	STANCE模型在线性混合效应模型框架下整合基因表达、空间位置和细胞类型组成信息，确保组织旋转不变的结果，并通过两阶段方法进行SVG/ctSVG检测	未提及具体局限性	检测空间转录组学中的细胞类型特异性空间可变基因（ctSVGs）	空间转录组学数据中的基因表达模式	空间转录组学	NA	空间转录组学技术	线性混合效应模型	基因表达数据	公共数据集和广泛模拟
80	2025-08-04	Uncovering the molecular mechanisms of Qingdu Zengye Decoction in the treatment of nasopharyngeal carcinoma: an integrative investigation 2025, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2025.1648294 PMID:40746726	研究论文	本研究通过整合计算药理学、功能实验和单细胞转录组分析，揭示了清毒增液汤（QZD）在治疗鼻咽癌中的分子机制	首次采用单细胞转录组测序（scRNA-seq）技术解析QZD在鼻咽癌肿瘤微环境中的空间靶向定位，并发现其通过多靶点调控发挥抗肿瘤作用	研究主要基于体外实验和计算模拟，缺乏临床疗效验证	阐明清毒增液汤治疗鼻咽癌的作用机制	鼻咽癌细胞及肿瘤微环境	计算药理学	鼻咽癌	网络药理学、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、分子对接	NA	转录组数据、蛋白质相互作用数据	未明确说明样本量（基于体外实验和计算分析）