单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
61	2025-04-29	Response of Astrocytes and Their Interaction with Surrounding Brain Cells after Acute Ischemia-Reperfusion Analyzed by Single-Cell Transcriptome Sequencing 2025-Apr-24, Brain research bulletin IF:3.5Q2 DOI:10.1016/j.brainresbull.2025.111355 PMID:40286940	研究论文	通过单细胞转录组测序分析急性缺血再灌注后星形胶质细胞的反应及其与周围脑细胞的相互作用	揭示了星形胶质细胞在缺血再灌注后12小时的异质性及其与周围脑细胞的通讯机制，并鉴定了9个潜在的治疗靶点基因和6个特异性抵抗缺血再灌注损伤的基因	研究仅关注缺血再灌注后12小时的时间点，未涵盖其他时间段的动态变化	揭示星形胶质细胞在缺血性中风中的抗损伤反应机制	小鼠星形胶质细胞及其与周围脑细胞的相互作用	单细胞转录组学	缺血性中风	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和逆转录聚合酶链反应（RT-PCR）	NA	转录组数据	未明确说明样本数量，但研究对象为小鼠脑组织
62	2025-04-29	C-COUNT: a Convolutional Neural Network-Based Tool for Automated Scoring of Erythroid Colonies 2025-Apr-24, Experimental hematology IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.exphem.2025.104786 PMID:40287006	research paper	介绍了一种基于卷积神经网络的工具C-COUNT，用于自动评分红细胞集落	开发了一个自动化工具C-COUNT，通过CNN技术可靠地从自动显微镜采集的图像中识别CFU-e集落，并输出其数量和大小，提高了传统手动评分的效率和准确性	未明确提及工具的适用范围是否仅限于CFU-e集落，或其他类型的集落是否适用	改进红细胞和造血祖细胞的集落形成实验的评分方法，提高其效率和准确性	CFU-e集落	digital pathology	hematologic disease	automated microscopy, convolutional neural network	CNN	image	未明确提及具体样本数量，但涉及CFU-e祖细胞对不同浓度促红细胞生成素和基因毒性剂的反应
63	2025-04-29	Neuroprotectin D1 and GPR37 Protect Against Chemotherapy-Induced Peripheral Neuropathy and the Transition from Acute to Chronic Pain 2025-Apr-24, Pharmacological research IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.phrs.2025.107746 PMID:40287118	research paper	该研究探讨了Neuroprotectin D1 (NPD1)和GPR37在化疗引起的周围神经病变(CIPN)及急性疼痛向慢性疼痛转变中的保护作用	揭示了GPR37在感觉神经元中的表达及其在CIPN中的作用，以及NPD1通过GPR37依赖的方式保护感觉神经元免受化疗药物损伤	研究主要基于小鼠模型，人类DRG样本的数据较少，临床转化需进一步验证	探究NPD1和GPR37在化疗引起的周围神经病变及疼痛慢性化中的作用机制	小鼠背根神经节(DRG)神经元、巨噬细胞及人类DRG样本	神经科学	化疗引起的周围神经病变	空间转录组学分析、基因敲除模型、原代DRG神经元培养	Gpr37敲除小鼠模型	mRNA表达数据、行为学数据、组织学数据	野生型小鼠和Gpr37敲除小鼠，人类DRG样本
64	2025-04-29	Identification of KANK1 as a tumor suppressor gene in pancreatic ductal adenocarcinoma 2025-Apr-24, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2025.151885 PMID:40288262	研究论文	本研究通过整合mRNA-蛋白质丰度相关性分析，鉴定出KANK1作为胰腺导管腺癌（PDAC）中的一个新型肿瘤抑制基因	首次将KANK1鉴定为胰腺导管腺癌的肿瘤抑制基因，并揭示了其通过拷贝数缺失和肿瘤缺氧驱动的下调机制	未进行体内实验验证KANK1的肿瘤抑制功能，临床转化潜力需进一步研究	探索胰腺导管腺癌的关键肿瘤抑制基因以开发有效治疗策略	胰腺导管腺癌（PDAC）	肿瘤生物学	胰腺癌	mRNA-蛋白质丰度相关性分析、单细胞RNA测序、免疫印迹分析	NA	mRNA表达数据、蛋白质表达数据、单细胞RNA测序数据	多个数据集（包括TCGA和CCLE数据库）的胰腺癌样本
65	2025-04-29	Checkpoint kinase 1 as a promising target in colorectal cancer management 2025-Apr-24, World journal of clinical oncology IF:2.6Q3 DOI:10.5306/wjco.v16.i4.104213 PMID:40290692	评论	本文探讨了检查点激酶1（CHEK1）在结直肠癌（CRC）中作为生物标志物和治疗靶点的重要作用	研究发现CHEK1在CRC组织中显著过表达，并鉴定出氯化硝基苯作为有效的CHEK1抑制剂，可破坏DNA损伤修复途径	需要进一步研究以解决CRC治疗中的空白	探讨CHEK1在CRC管理中的潜在作用	结直肠癌（CRC）	NA	结直肠癌	单细胞RNA测序和免疫组织化学	NA	NA	NA
66	2025-04-29	Candida albicans and colorectal cancer: A paradoxical role revealed through metabolite profiling and prognostic modeling 2025-Apr-24, World journal of clinical oncology IF:2.6Q3 DOI:10.5306/wjco.v16.i4.104182 PMID:40290696	研究论文	本研究通过代谢物分析和预后模型探讨了白色念珠菌在结直肠癌中的双重作用	揭示了白色念珠菌代谢物混合物对结直肠癌细胞的抑制作用，并建立了一个基于特定mRNA标志物的预后模型	研究主要基于体外实验，需要进一步的体内实验验证	探讨白色念珠菌在结直肠癌发展和进展中的双重作用，并建立预后模型	白色念珠菌及其代谢物与结直肠癌细胞	肿瘤学	结直肠癌	液相色谱-质谱、单细胞测序、空间转录组学	预后模型	代谢组数据、基因表达数据	涉及HT29、HCT116和NCM460细胞系
67	2025-04-29	Stratifin is necessary for spasmolytic polypeptide-expressing metaplasia development after acute gastric injury 2025-Apr-23, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101521 PMID:40280276	研究论文	研究Stratifin（SFN）在急性胃损伤后主细胞转分化为表达解痉多肽的化生（SPEM）过程中的作用	首次揭示了SFN通过调节EGFR/ERK信号通路在主细胞转分化为SPEM过程中的关键作用	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类组织中验证	探究SFN在胃黏膜损伤后主细胞转分化和SPEM形成中的作用机制	Mist1CreERT2; LSL-tdTomato小鼠和Mist1CreERT2; Sfnflox/flox小鼠模型中的主细胞	分子生物学	胃疾病	单细胞RNA测序（scRNAseq），免疫染色	小鼠模型	基因表达数据，组织学图像	使用两种转基因小鼠品系进行研究
68	2025-04-29	Proteomic Profiling of Nasal Fluids and Serum for Type 2 Nasal Polyps Diagnosis 2025-Apr-23, Annals of allergy, asthma & immunology : official publication of the American College of Allergy, Asthma, & Immunology DOI:10.1016/j.anai.2025.04.007 PMID:40280274	研究论文	通过蛋白质组学分析和机器学习框架，识别鼻息肉中的炎症内型和复发模式，为T2型慢性鼻窦炎伴鼻息肉提供简单无创的诊断方法	首次结合蛋白质组学与机器学习，利用鼻腔液体和血清中的蛋白质表达预测T2型慢性鼻窦炎伴鼻息肉，并验证了四种生物标志物的诊断价值	样本量较小（82例患者），且需要进一步验证生物标志物在更广泛人群中的适用性	评估鼻腔液体和血清中蛋白质表达对T2型慢性鼻窦炎伴鼻息肉的预测价值	T2型和非T2型慢性鼻窦炎伴鼻息肉患者	数字病理学	慢性鼻窦炎伴鼻息肉	邻近延伸分析、免疫组织化学（IHC）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、RT-qPCR	机器学习（ML）	蛋白质表达数据	82例患者
69	2025-04-29	Atlas of temporal molecular pathological alterations after traumatic brain injury based on RNA-Seq 2025-Apr-21, Experimental neurology IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.expneurol.2025.115270 PMID:40268159	研究论文	该研究通过RNA测序技术，全面揭示了创伤性脑损伤（TBI）后时间动态变化的分子病理学改变	首次在10个时间点对TBI后的分子病理学改变进行系统分析，并深入探讨了细胞焦亡在神经炎症过程中的关键作用	研究仅基于小鼠模型，人类TBI的分子病理学改变可能有所不同	揭示TBI后时间动态变化的分子病理学机制	C57/BL6小鼠的脑组织	生物信息学	创伤性脑损伤	RNA-seq, WGCNA, RT-qPCR, Western blot, Immunofluorescence, 单细胞RNA测序	WGCNA, Mfuzz	RNA测序数据	C57/BL6小鼠在10个时间点（0h至7d）的脑组织样本
70	2025-04-29	Single-Cell Profiling Reveals Global Immune Responses During the Progression of Murine Epidermal Neoplasms 2025-Apr-21, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers17081379 PMID:40282557	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，全面表征了小鼠皮肤肿瘤进展过程中的免疫细胞反应	首次在单细胞水平上揭示了皮肤肿瘤微环境中免疫细胞的全局响应模式，并发现巨噬细胞在肿瘤进展中的关键通信枢纽作用	研究仅限于小鼠模型，人类皮肤肿瘤的免疫反应可能存在差异	阐明表皮肿瘤进展过程中的免疫细胞动态变化	小鼠皮肤肿瘤微环境中的免疫细胞	肿瘤免疫学	皮肤肿瘤	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	对照小鼠皮肤和皮肤肿瘤样本
71	2025-04-29	CKAP5 deficiency induces premature ovarian insufficiency 2025-Apr-18, EBioMedicine IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.ebiom.2025.105718 PMID:40252251	研究论文	本研究探讨了CKAP5在卵巢功能和生育调控中的作用，发现CKAP5缺乏会导致人类和小鼠的早发性卵巢功能不全	首次发现CKAP5是卵巢衰老的关键枢纽基因，并揭示了其通过ATG7促进自噬和通过ATM支持DNA损伤修复的双重调控机制	研究样本量有限，且在小鼠模型中的发现需要进一步在人类中进行验证	阐明CKAP5在卵巢功能调控和生育中的作用	颗粒细胞、小鼠卵巢和卵母细胞、POI患者	生殖医学	早发性卵巢功能不全	RNA测序、下一代测序、单细胞转录组分析	Ckap5杂合敲除小鼠模型	RNA测序数据、单细胞转录组数据	未明确说明患者数量，使用小鼠模型进行研究
72	2025-04-29	Discovery of Genomic Targets and Therapeutic Candidates for Liver Cancer Using Single-Cell RNA Sequencing and Molecular Docking 2025-Apr-17, Biology DOI:10.3390/biology14040431 PMID:40282296	研究论文	利用单细胞RNA测序和分子对接技术发现肝癌的基因组靶点和治疗候选药物	结合单细胞RNA测序和分子对接技术，识别了36个与肝癌密切相关的hub-of-hub基因，并提出了10种潜在的治疗药物	研究依赖于有限的单细胞RNA测序数据集，且分子对接结果的临床有效性需进一步验证	揭示肝癌的基因组特征并发现潜在的治疗药物	肝癌的基因组特征和治疗药物	基因组学	肝癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、分子对接	NA	单细胞RNA测序数据	四个单细胞RNA测序数据集
73	2025-04-29	Persistent and progressive acute lung allograft dysfunction is linked to cell compositional and transcriptional changes in small airways 2025-Apr-16, The Journal of heart and lung transplantation : the official publication of the International Society for Heart Transplantation DOI:10.1016/j.healun.2025.03.010 PMID:40293382	研究论文	本研究探讨了急性肺移植物功能障碍（ALAD）与小气道细胞组成及转录变化的关系	首次将ALAD的进展与小气道细胞组成及转录变化联系起来，并提出了分子表型分析作为诊断工具	样本量较小（n=20），且为初步研究，需要更大规模的验证	识别ALAD患者中可能进展为慢性肺移植物功能障碍（CLAD）的个体，并寻找适当的治疗方法	肺移植受者，包括ALAD患者和功能稳定的对照组	数字病理学	肺移植相关疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	20例（8例对照，4例恢复，5例持续，3例进展）
74	2025-04-29	Protocol for deep-learning-driven cell type label transfer in single-cell RNA sequencing data 2025-Apr-14, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2025.103768 PMID:40232935	研究论文	提出了一种使用SIMS在单细胞RNA测序数据中进行细胞类型标签转移的深度学习协议	开发了SIMS协议，用于单细胞RNA测序数据中的细胞类型标签转移，具有可扩展性和可解释性	未提及具体性能指标或与其他方法的比较	开发一种用于单细胞RNA测序数据分析的深度学习协议	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	单细胞RNA测序	SIMS	单细胞RNA测序数据	NA
75	2025-04-29	Protocol for characterizing craniopharyngioma subtypes and their microenvironments using single-cell RNA sequencing and immunohistochemistry 2025-Apr-14, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2025.103760 PMID:40238632	研究论文	本文提出了一种全面的单细胞RNA测序和免疫组织化学分析颅咽管瘤亚型及其微环境的方案	使用单细胞分辨率分析颅咽管瘤亚型及其微环境，详细描述肿瘤组织解离、单细胞分离、RNA测序文库制备和生物信息学分析流程	未提及样本量或实验验证的具体限制	区分颅咽管瘤的两种亚型（造釉细胞型和乳头型）及其微环境特征	颅咽管瘤及其微环境	数字病理学	颅咽管瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、免疫组织化学	NA	RNA测序数据、免疫组织化学图像	NA
76	2025-04-29	Regulatory T Cell Mimicry by a Subset of Mesenchymal GBM Stem Cells Suppresses CD4 and CD8 Cells 2025-Apr-14, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells14080592 PMID:40277917	research paper	该研究揭示了胶质母细胞瘤中一类具有免疫抑制特性的间充质胶质瘤干细胞（GSC）通过模仿调节性T细胞（Tregs）抑制CD4+和CD8+T细胞的机制	首次发现间充质GSC亚群通过表达Treg样免疫抑制效应分子形成免疫抑制状态，并明确该状态由TGFβ II型受体（TGFBR2）特异性驱动	研究主要基于体外实验和生物信息学分析，需进一步体内验证TGFBR2靶向治疗的临床效果	阐明胶质母细胞瘤免疫抑制微环境中GSC的分子机制并探索治疗靶点	患者来源的胶质瘤干细胞（GSC）和T细胞	肿瘤免疫学	胶质母细胞瘤	单细胞测序、生物信息学分析、转基因表达、shRNA干扰	NA	测序数据、临床样本数据	患者来源的GBM神经球和临床GBM标本（具体数量未明确说明）
77	2025-04-29	The integration of scRNA-seq with microarray and in-vivo experiments facilitates a comprehensive elucidation of the molecular mechanisms underlying endothelial cell involvement in myocardial infarction 2025-Apr-14, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2025.151820 PMID:40288264	研究论文	本研究通过整合scRNA-seq、微阵列数据和体内实验，全面阐明了内皮细胞在心肌梗死中的分子机制	结合scRNA-seq、微阵列数据和体内实验，首次鉴定并验证了内皮细胞中DBP、NR1D1和TEF基因在心肌梗死发展中的关键作用	研究主要依赖于公开数据库的数据，体内实验样本量可能有限	阐明内皮细胞在心肌梗死发展中的分子机制	内皮细胞及其与成纤维细胞的相互作用	生物信息学	心血管疾病	scRNA-seq, 微阵列, WB, qPCR, 免疫荧光	hdWGCNA, scCODE, FindMarkers, PPI分析	基因表达数据	16个不同的细胞簇，包含7种独特的细胞类型
78	2025-04-29	G0S2 Promotes PD-L1 Expression in Monocytes and Influences the Efficacy of PD-1 Inhibitors in Hepatocellular Carcinoma 2025-Apr-13, Genes IF:2.8Q2 DOI:10.3390/genes16040448 PMID:40282408	研究论文	本研究探讨了G0S2在肝细胞癌（HCC）肿瘤微环境中调控单核细胞PD-L1表达的作用及其对PD-1抑制剂疗效的影响	首次揭示了G0S2通过上调单核细胞中的PD-L1表达抑制T细胞活性，从而导致HCC患者对PD-1抑制剂产生耐药性的机制	研究主要基于体外实验和单细胞测序数据，缺乏大规模临床样本验证	阐明G0S2在HCC免疫治疗耐药中的作用机制	肝细胞癌患者和THP-1单核细胞系	肿瘤免疫学	肝细胞癌	单细胞测序、免疫组化、流式细胞术	NA	基因表达数据、蛋白质表达数据	HCC患者单细胞测序数据库样本、肝癌组织及癌旁组织样本、PBMCs样本
79	2025-04-29	Reduction in Liver Cancer Risk by Quercetin via Modulation of Urate Levels: Insights from Drug-Target Mendelian Randomization 2025-Apr-13, Genes IF:2.8Q2 DOI:10.3390/genes16040449 PMID:40282409	研究论文	通过药物靶点孟德尔随机化方法，研究槲皮素通过调节尿酸水平降低肝癌风险的机制	首次利用药物靶点孟德尔随机化方法揭示槲皮素通过ABCG2介导的尿酸调节降低肝癌风险的分子机制	研究主要基于公共数据库的GWAS汇总数据，缺乏实验验证	探究槲皮素作为膳食补充剂预防肝脏疾病的潜在机制	肝癌（肝细胞癌和胆管癌）及肝纤维化	生物信息学	肝癌	药物靶点孟德尔随机化、单细胞转录组分析、免疫浸润分析	孟德尔随机化模型	GWAS汇总数据、单细胞RNA测序数据	公共数据库GWAS数据（如MRC-IEU）和GEO数据集（GSE138709、GSE179443）
80	2025-04-29	The effect of TIGIT and PD1 expression on T cell function and prognosis in adult patients with acute myeloid leukemia at diagnosis 2025-Apr-11, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-025-04024-0 PMID:40214805	research paper	研究TIGIT和PD1在急性髓系白血病（AML）患者T细胞中的表达对T细胞功能及预后的影响	首次探讨了TIGIT在新诊断AML患者骨髓T细胞中的预后意义，并揭示了TIGIT+PD1+ CD8+ T细胞的高耗竭状态与不良预后的关联	样本量较小（71例AML患者和31例健康供者），且仅进行了体外T细胞活化实验	评估TIGIT和PD1在AML患者T细胞中的表达及其对T细胞功能和预后的影响	71例新诊断AML患者和31例健康供者的骨髓样本	肿瘤免疫学	急性髓系白血病	流式细胞术、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	流式细胞数据、scRNA-seq数据	71例AML患者和31例健康供者的骨髓样本，其中15例AML患者和6例健康供者进行了体外T细胞活化实验，3例AML患者进行了scRNA-seq