单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
61	2025-09-11	A hybrid 1DCNN-GRU deep learning framework for classifying caprine granulosa cell fertility potential using single-cell transcriptomics 2025-Jul, Veterinary world IF:1.7Q2 DOI:10.14202/vetworld.2025.1922-1935 PMID:40926859	研究论文	本研究开发了一种混合1DCNN-GRU深度学习模型，利用单细胞转录组数据对山羊颗粒细胞的生育潜力进行分类	首次将深度学习应用于山羊颗粒细胞的生育潜力分类，并创新性地结合1DCNN和GRU网络处理scRNA-seq数据	需要在更大数据集和跨物种中进行进一步验证以确认模型的通用性	开发基于深度学习的量化方法评估颗粒细胞生育潜力，以促进畜牧繁殖选择	山羊颗粒细胞（GCs）	机器学习	NA	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	1DCNN-GRU混合模型	基因表达数据	来自单胎和多胎山羊的公开scRNA-seq数据集
62	2025-09-11	Single-cell RNA profiling identifies immune cell population shifts in diabetes associated mucosal inflammation 2025-Jun-27, Mucosal immunology IF:7.9Q1 DOI:10.1016/j.mucimm.2025.06.008 PMID:40582570	研究论文	通过单细胞RNA测序分析糖尿病牙周组织，揭示免疫细胞群体变化在糖尿病相关黏膜炎症中的作用	首次在单细胞水平鉴定糖尿病导致γ T细胞增加、Tregs减少和中性粒细胞极化增强作为牙周炎恶化的关键介质	NA	探究糖尿病加重牙周病的免疫机制	糖尿病牙周组织（小鼠和人类样本）	生物信息学	糖尿病并发症	scRNA-seq（单细胞RNA测序）, 流式细胞术	NA	单细胞转录组数据	小鼠和人类糖尿病牙周标本
63	2025-09-11	Innate immunity and the NF-κB pathway control prostate stem cell plasticity, reprogramming and tumor initiation 2025-Jun-23, Nature cancer IF:23.5Q1 DOI:10.1038/s43018-025-00994-3 PMID:40550901	研究论文	研究先天免疫和NF-κB通路在前列腺干细胞可塑性、重编程和肿瘤起始中的调控作用	揭示了Pten缺失后基底细胞以区域化方式重编程为hillock样状态并激活先天免疫通路的机制	NA	探索前列腺基底细胞可塑性和肿瘤起始的分子调控机制	前列腺基底细胞	分子生物学	前列腺癌	单细胞RNA测序, ATAC-seq, 原位表征	NA	基因组数据, 表观遗传数据	NA
64	2025-09-11	SpaceBF: Spatial coexpression analysis using Bayesian Fused approaches in spatial omics datasets 2025-Jun-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.29.646124 PMID:40236135	研究论文	提出一种基于贝叶斯融合建模框架的空间共表达分析方法SpaceBF，用于在空间组学数据中检测分子对的局部和全局共表达	采用贝叶斯融合方法估计分子共表达，相比主要依赖地理空间指标（如双变量莫兰指数和李氏指数）的现有方法，在特异性和功效方面表现更优	NA	开发稳健的方法学来检测空间组学数据中分子对的空间变化共表达	空间转录组学和蛋白质组学数据集中的分子对（包括基因、肽段、脂质或N-聚糖）	空间组学数据分析	多种癌症	空间转录组学、质谱成像	贝叶斯融合建模框架	空间组学数据	NA
65	2025-09-11	A multi-omics resource of B cell activation reveals genetic mechanisms for immune-mediated diseases 2025-Jun-14, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2025.05.22.25328104 PMID:40475139	研究论文	本研究通过多组学方法系统解析B细胞激活状态，揭示免疫介导疾病的遗传机制	首次构建了涵盖24种B细胞激活状态的多组学资源，并发现激活依赖性开放染色质区域与疾病遗传风险的关联	样本仅来自26名健康女性供体，可能限制结果的普适性	阐明B细胞激活状态在免疫介导疾病中的作用机制	人源B细胞	功能基因组学	免疫介导疾病	RNA-seq, scRNA-seq (CITE-seq), ATAC-seq	NA	基因组学数据、转录组数据、表观遗传数据	26名健康女性供体的B细胞样本
66	2025-09-11	Spatial and multiomics analysis of human and mouse lung adenocarcinoma precursors reveals TIM-3 as a putative target for precancer interception 2025-Jun-09, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2025.04.003 PMID:40345189	研究论文	通过空间免疫分析和多组学研究，揭示TIM-3作为肺腺癌前病变潜在拦截靶点	首次系统描绘肺腺癌前病变免疫微环境演变规律，并验证TIM-3阻断在癌前阶段的治疗潜力	研究样本量有限（人类114例，小鼠5个模型），且主要基于观察性数据	探究肿瘤微环境如何影响肺腺癌前病变演化过程	人类和小鼠的肺腺癌及癌前病变组织	数字病理	肺癌	空间免疫分析、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、空间转录组学	NA	空间多组学数据、单细胞测序数据	114例人类样本，5个小鼠模型
67	2025-09-11	Enhanced Production of Lipid Mediators in Plasma and Activation of DNA Damage Pathways in PBMCs Are Correlated With the Severity of Ancestral SARS-CoV-2 Infection 2025-May-15, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202403195R PMID:40322970	研究论文	本研究通过分析PBMCs和血浆样本，揭示了特定脂质介质和DNA损伤通路激活与SARS-CoV-2感染严重程度的相关性	首次将脂质代谢物（如AA、EPA）与WHO疾病严重程度评分及DNA损伤通路关联，并跨细胞类型和病毒变异验证类花生酸合成基因的上调	样本量较小（仅10例感染和10例未感染患者），且主要聚焦祖先毒株，未全面覆盖所有变异株	探索遗传因素和脂质代谢物在重症SARS-CoV-2感染中的作用机制	人类PBMCs、血浆及鼻咽拭子样本（感染与未感染个体）	生物医学	COVID-19	bulk RNA-seq、脂肪酸组分析、scRNA-seq数据分析	NA	转录组数据、脂质代谢数据	20例（10感染+10未感染）PBMCs/血浆样本；58例鼻咽拭子样本（含健康与感染者）
68	2025-09-11	Defining the host dependencies and the transcriptional landscape of RSV infection and bystander activation 2025-Mar-26, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.26.645108 PMID:40196489	研究论文	利用全基因组CRISPR敲除筛选和单细胞RNA测序技术研究RSV感染的宿主决定因素及宿主反应	首次结合全基因组CRISPR筛选和单细胞RNA测序揭示RSV感染细胞与旁观者激活细胞的转录差异，并对比了17种其他病毒的29项已发表筛选结果	NA	阐明RSV感染的宿主依赖性和转录景观	RSV感染细胞和未感染的旁观者细胞	基因组学	呼吸道感染	全基因组CRISPR敲除筛选, 单细胞RNA测序	NA	基因组数据, 转录组数据	NA
69	2025-01-23	Finding and Profiling Renal Cells with Spatial Transcriptomics 2025-Jan-22, Journal of the American Society of Nephrology : JASN IF:10.3Q1 DOI:10.1681/ASN.0000000632 PMID:39836482	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
70	2025-09-11	Serine supplementation suppresses hypoxia-induced pathological retinal angiogenesis 2025, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.105299 PMID:40303351	研究论文	本研究探讨丝氨酸补充通过增强视网膜线粒体代谢和脂质利用来抑制缺氧诱导的病理性视网膜血管生成	首次揭示丝氨酸代谢通过促进脂肪酸氧化和氧化磷酸化来抑制病理性视网膜新生血管的机制，并鉴定HMGB1为关键介质	研究基于小鼠OIR模型，人类临床应用效果仍需进一步验证	研究丝氨酸代谢在抑制缺氧驱动视网膜新生血管中的作用及机制	C57BL/6J小鼠OIR模型幼崽	眼科疾病研究	视网膜病变	代谢组学、脂质组学、蛋白质组学、单细胞RNA测序、western blotting	动物模型	分子生物学数据	未明确样本数量的C57BL/6J小鼠OIR模型
71	2025-09-11	New insights into liver injury and regeneration from single-cell transcriptomics 2025, eGastroenterology DOI:10.1136/egastro-2025-100202 PMID:40735115	综述	本文综述了单细胞转录组学在急性肝损伤和再生研究中的最新进展与应用	揭示了损伤修复界面中的胎儿样和迁移性肝细胞、不同激活状态的肝星状细胞以及区域特异性内皮细胞反应等新发现	NA	总结单细胞转录组学在肝损伤与再生机制研究中的平台、分析方法及应用价值	肝细胞、肝星状细胞、内皮细胞、巨噬细胞等肝脏细胞类型	生物信息学	急性肝病	scRNA-seq, 空间转录组学	NA	单细胞转录组数据	NA
72	2025-09-11	A drug response prediction method for single-cell tumors combining attention networks and transfer learning 2025, Frontiers in medicine IF:3.1Q1 DOI:10.3389/fmed.2025.1631898 PMID:40917838	研究论文	提出一种结合注意力网络和迁移学习的单细胞肿瘤药物反应预测方法ATSDP-NET	首次整合批量细胞和单细胞数据，利用迁移学习和多头注意力机制增强单细胞水平药物反应预测的准确性和可解释性	NA	提高肿瘤细胞系对治疗药物反应的预测精度，支持个性化癌症治疗	小鼠急性髓系白血病细胞和人口腔鳞状细胞癌细胞	生物信息学	癌症	单细胞RNA测序	注意力网络结合迁移学习	基因表达数据	四个单细胞RNA测序数据集
73	2025-09-11	Integrative scRNA-seq and transcriptomic analysis initially reveals monocyte/macrophage activation drives EV-A71-induced immune dysregulation and neural injury in severe HFMD 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1620633 PMID:40918094	研究论文	通过整合单细胞RNA测序和转录组分析，揭示单核/巨噬细胞激活在EV-A71引起的严重手足口病免疫失调和神经损伤中的作用	首次结合scRNA-seq和转录组动态分析，阐明巨噬细胞早期激活驱动EV-A71感染后免疫应答时序及神经损伤通路	样本量较小（一名重症患者与一名健康对照），机制验证主要基于体外实验	探究EV-A71导致重症手足口病的免疫机制，重点关注巨噬细胞的作用	外周血单核细胞（PBMCs）、巨噬细胞、神经细胞系SH-SY5Y	生物信息学	手足口病	scRNA-seq, 转录组测序, GO/KEGG富集分析, 细胞共培养	NA	单细胞转录组数据, 批量转录组数据	1例EV-A71重症HFMD患者与1例健康对照的PBMCs样本，体外感染实验包含不同病毒滴度组
74	2025-09-11	Exploring research trends in cancer immunotherapy via single-cell technologies: a scientometric perspective 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1640224 PMID:40918118	综述	本文通过科学计量学方法分析单细胞技术在癌症免疫治疗领域的研究趋势	首次采用多工具联合（Bibliometrix、CiteSpace等）对Web of Science中4856篇文献进行量化分析与可视化，揭示研究热点与趋势	仅基于文献计量分析，未涉及原始实验数据验证	探索单细胞技术在癌症免疫治疗中的研究动态与发展趋势	Web of Science核心合集中关于单细胞测序在癌症免疫治疗应用的学术文献	生物信息学	癌症	单细胞测序、空间转录组学	NA	文献元数据	4856篇文献
75	2025-09-11	Gzmk+ CD8 T cells in inflammatory diseases 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1661755 PMID:40918115	综述	本文综述了Gzmk+ CD8 T细胞在炎症性疾病中的调控、功能作用及机制	聚焦于新发现的Gzmk+ CD8 T细胞亚群，强调其独立于细胞毒功能的促炎作用	NA	阐明Gzmk+ CD8 T细胞在炎症性疾病中的作用机制，探索潜在治疗靶点	Gzmk+ CD8 T细胞	免疫学	炎症性疾病	scRNA-seq	NA	NA	NA
76	2025-09-11	Prognostic model construction and immune microenvironment analysis of pyroptosis-related genes in hepatocellular carcinoma based on single-cell RNA sequencing 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1595539 PMID:40918134	研究论文	基于单细胞RNA测序构建肝细胞癌焦亡相关基因的预后模型并分析免疫微环境	首次在单细胞分辨率下系统研究焦亡相关基因在肝细胞癌中的预后意义，并开发结合肿瘤分期和焦亡特征的临床预测工具	样本量相对有限（10个肿瘤样本），外部验证仅使用ICGC数据库	构建肝细胞癌的预后预测模型并探索免疫微环境特征	肝细胞癌患者组织样本（TCGA和ICGC数据库）及HCC细胞系	生物信息学	肝细胞癌	scRNA-seq, LASSO-Cox回归, RT-PCR, 免疫组化分析	LASSO-Cox预后模型	单细胞RNA测序数据，临床数据	10个HCC肿瘤及配对癌旁组织（60,496个细胞），TCGA队列365例，ICGC验证队列231例
77	2025-09-11	Spatial transcriptomics uncovers immune-cell plasticity and dedifferentiation signatures in aggressive lung adenocarcinoma subtypes 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1620886 PMID:40918135	研究论文	本研究利用空间转录组学技术解析了肺腺癌亚型中的免疫细胞可塑性和去分化特征	首次在肺腺癌中通过空间转录组学揭示亚型转换的分子特征及去分化状态与肿瘤侵袭性的关联	样本仅来源于单一医疗中心，需更大规模验证	解析肺腺癌进展过程中亚型转换的分子特征并为治疗策略提供新见解	肺腺癌患者手术切除的肿瘤样本	空间转录组学	肺腺癌	空间转录组学测序（Illumina NovaSeq 6000）	NA	空间转录组数据	2022年河北医科大学第四医院肺腺癌手术样本（具体数量未明确）
78	2025-09-11	Exploring the biological functions and immune regulatory roles of IRAK3, TNFRSF1A, CX3CR1, and JUNB in T2DM combined with MAFLD: integrated bioinformatics and single-cell analysis 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1587225 PMID:40918148	研究论文	本研究通过整合生物信息学和单细胞分析，探索IRAK3、TNFRSF1A、CX3CR1和JUNB在2型糖尿病合并代谢相关脂肪性肝病中的生物学功能及免疫调节作用	首次结合多组学数据识别并验证了四个自噬相关诊断生物标志物，并利用单细胞测序揭示肝组织细胞多样性及细胞通讯机制	研究主要基于公共数据库和动物模型，尚未进行大规模临床样本验证	识别和验证与T2DM相关MAFLD的自噬相关诊断生物标志物，探究疾病进展中的调控机制	2型糖尿病合并代谢相关脂肪性肝病大鼠模型及人类基因表达数据	生物信息学	2型糖尿病合并代谢相关脂肪性肝病	基因表达分析、WGCNA、PPI网络、机器学习、单细胞测序、实时荧光定量PCR、免疫组化	机器学习算法（未指定具体模型）	基因表达数据、单细胞转录组数据	四个GEO数据集（GSE15653、GSE89632、GSE24807、GSE23343）及动物实验样本
79	2025-09-11	Multiomics Integration and Machine Learning Reveal Colony Stimulating Factor 3 Receptor as a Key Gene and Therapeutic Target in Crohn's Disease 2025, Mediators of inflammation IF:4.4Q2 DOI:10.1155/mi/1619237 PMID:40918404	研究论文	通过多组学整合与机器学习识别CSF3R作为克罗恩病的关键基因和治疗靶点	首次整合多队列转录组数据并应用三种机器学习算法（随机森林、SVM-RFE、LASSO）联合孟德尔随机化分析，系统性验证CSF3R在克罗恩病中的因果作用和治疗潜力	NA	识别克罗恩病的关键分子驱动因素以推动诊断和治疗方法发展	克罗恩病患者和健康对照者的肠道组织样本	生物医学信息学	克罗恩病	转录组测序、单细胞RNA测序、qPCR、蛋白质印迹、免疫组化、免疫荧光、分子对接	随机森林, SVM-RFE, LASSO	基因表达数据、蛋白质数据	多队列人类肠道组织样本（具体数量未明确说明）
80	2025-09-11	Marker Gene-Guided Graph Neural Networks for Enhanced Spatial Transcriptomics Clustering 2025, AI medicine DOI:10.53941/aim.2025.100001 PMID:40918416	研究论文	提出一种基于标记基因引导图神经网络的空间转录组学聚类增强方法	首次将标记基因的领域知识融入图神经网络框架，通过对比学习和微调策略提升聚类效果	NA	提升空间转录组学数据的聚类分析性能	组织中的细胞空间分布与基因表达数据	生物信息学	NA	空间转录组学(ST)	图神经网络(GNN)	基因表达数据与空间位置信息	两个真实数据集（具体样本量未说明）