单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
61	2025-08-08	Targeting the HNRNPA2B1/HDGF/PTN Axis to Overcome Radioresistance in Non-Small Cell Lung Cancer 2025-Aug, Antioxidants & redox signaling IF:5.9Q1 DOI:10.1089/ars.2024.0808 PMID:40643435	研究论文	本研究探讨了非小细胞肺癌(NSCLC)中放射抗性的分子机制，聚焦于HNRNPA2B1/HDGF/PTN信号通路及其在自噬依赖性铁死亡调控中的作用	揭示了HNRNPA2B1/HDGF/PTN通路通过影响自噬依赖性铁死亡来促进放射抗性的新机制	研究主要基于细胞系和小鼠模型，尚未在临床患者中进行验证	探索克服非小细胞肺癌放射抗性的潜在治疗靶点	非小细胞肺癌细胞系和小鼠肿瘤模型	癌症生物学	肺癌	单细胞RNA测序、免疫荧光、流式细胞术、生化染色、RT-qPCR、Western blot、MeRIP-qPCR	小鼠肿瘤模型	基因表达数据、蛋白质相互作用数据	放射抗性和放射敏感性细胞系
62	2025-08-08	Gene regulatory networks and essential transcription factors for de novo-originated genes 2025-Aug, Nature ecology & evolution IF:13.9Q1 DOI:10.1038/s41559-025-02747-y PMID:40659874	研究论文	本研究通过计算方法和单细胞RNA测序数据，识别了调控新生基因表达的关键转录因子	首次揭示了新生基因表达的调控程序，并识别了关键转录因子achintya和vismay的作用	研究主要基于果蝇数据，可能在其他物种中的适用性有待验证	探索新生基因表达的调控机制	新生基因及其调控转录因子	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
63	2025-08-08	Defining the Ovarian Cancer Precancerous Landscape through Modeling Fallopian Tube Epithelium Reprogramming Driven by Extracellular Vesicles 2025-Aug-01, Cancer research communications IF:2.0Q3 DOI:10.1158/2767-9764.CRC-25-0064 PMID:40689422	研究论文	本研究通过微流体组织培养平台结合空间转录组学和蛋白质组学，探索卵巢癌来源的小细胞外囊泡（sEV）对人类输卵管上皮（hFTE）重编程的影响	开发了一种新型微流体组织培养平台，结合空间转录组学和蛋白质组学技术，首次系统研究了sEV对hFTE的短期和长期影响	研究仅针对体外培养系统，未涉及体内环境的复杂性	探索卵巢癌前病变的分子机制，特别是sEV在其中的作用	人类输卵管上皮（hFTE）和卵巢癌来源的小细胞外囊泡（sEV）	癌症生物学	卵巢癌	空间转录组学、蛋白质组学、微流体组织培养	微流体组织培养模型	转录组数据、蛋白质组数据	NA
64	2025-08-08	Integrative Single-Cell Analysis Reveals Iron Overload-Induced Senescence and Metabolic Reprogramming in Ovarian Endometriosis-Associated Infertility 2025-Aug, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202417528 PMID:40693455	研究论文	该研究通过单细胞分析揭示了铁过载在卵巢子宫内膜异位症相关不孕症中诱导衰老和代谢重编程的作用	首次整合单细胞图谱和空间转录组学技术，揭示了铁过载在卵巢子宫内膜异位症相关不孕症中的具体作用机制	研究主要基于小鼠模型和有限的人类卵巢样本，可能需要更大规模的临床验证	探究铁过载对卵巢子宫内膜异位症相关不孕症患者卵泡功能的影响	卵巢子宫内膜异位症相关不孕症患者的排卵前卵泡液和铁过载小鼠卵巢	数字病理学	卵巢子宫内膜异位症	单细胞分析, Stereo-seq空间转录组学	NA	单细胞数据, 空间转录组数据	OEI患者的排卵前卵泡液样本和铁过载小鼠卵巢样本
65	2025-08-08	SCENE: Signature Collection for Endometrial Cancer Prognosis 2025-Aug, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70762 PMID:40754672	研究论文	创建了一个名为SCENE的数据库，用于收集子宫内膜癌(EC)转录组特征与患者预后的关联信息	首次整合了EC转录组特征与多种预后指标的关联，并提供了详细的注释	仅基于PubMed文献综述，可能遗漏未发表或非英文研究	提高子宫内膜癌预后预测的准确性	子宫内膜癌患者的转录组特征	数字病理学	子宫内膜癌	scRNA-seq	NA	转录组数据	约200项研究中的700个mRNA特征、60个miRNA和150个lncRNA
66	2025-08-08	Causal Association Between Immune Cell Traits and Risk of Multiple Malignant and Nonmalignant CNS Diseases: A Mendelian Randomization and Single-Cell Transcriptomic Analysis 2025-Aug, Brain and behavior IF:2.6Q3 DOI:10.1002/brb3.70632 PMID:40760788	研究论文	通过孟德尔随机化和单细胞转录组分析，研究免疫细胞特征与多种中枢神经系统疾病风险的因果关系	结合eQTL和scRNA-seq数据，首次系统评估了免疫细胞特征对多种脑部疾病的因果影响，并建立了胶质母细胞瘤风险标志物	样本量可能限制某些关联的检测效力，部分结果需要进一步实验验证	阐明免疫细胞特征与脑部疾病的因果关系，并开发胶质母细胞瘤的生物标志物	731种免疫细胞特征与13种脑部疾病（包括胶质母细胞瘤、阿尔茨海默病等）	生物信息学	中枢神经系统疾病（包括胶质母细胞瘤、阿尔茨海默病、肌萎缩侧索硬化症等）	孟德尔随机化(MR)、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、表达数量性状位点(eQTL)分析、非负矩阵分解(NMF)	NA	基因组数据、单细胞转录组数据	涉及731种免疫细胞特征和13种脑部疾病的大规模数据分析
67	2025-08-08	Nanoparticle-Delivered siRNA Targeting NSUN4 Relieves Systemic Lupus Erythematosus through Declining Mitophagy-Mediated CD8+T Cell Exhaustion 2025-Aug, MedComm IF:10.7Q1 DOI:10.1002/mco2.70311 PMID:40761479	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序和m5C表观转录组测序，发现NSUN4通过调控CD74表达和CD8+T细胞耗竭在系统性红斑狼疮（SLE）发病机制中的关键作用，并验证了纳米颗粒递送siRNA靶向NSUN4的治疗潜力	首次发现CD7CD74 CD8+T细胞亚群在SLE患者中显著扩增，并揭示NSUN4通过m5C修饰调控CD74表达和CD8+T细胞耗竭的新机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证NSUN4靶向治疗的安全性和有效性	探究m5C修饰在系统性红斑狼疮发病机制中的作用，并寻找潜在治疗靶点	系统性红斑狼疮患者和小鼠模型中的CD8+T细胞	表观遗传学	系统性红斑狼疮	scRNA-seq, m5C-seq, siRNA纳米颗粒递送	自发性和普里斯特烷诱导的SLE小鼠模型	单细胞转录组数据、表观转录组数据	SLE患者和小鼠模型的CD8+T细胞样本
68	2025-08-08	A molecular cell atlas of mouse lemur, an emerging model primate 2025-Aug, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-09113-9 PMID:40739356	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术创建了小鼠狐猴的转录组图谱，定义了超过750种分子细胞类型及其基因表达谱	首次创建了小鼠狐猴的单细胞转录组图谱，定义了多种新的细胞类型，并比较了与人类、小鼠和猕猴的转录组差异	样本量较小，仅来自4个供体	研究小鼠狐猴作为新兴灵长类模式生物的细胞和分子生物学基础	小鼠狐猴的27个器官中的226,000个细胞	分子生物学	NA	单细胞RNA测序（droplet-based和plate-based）	NA	转录组数据	4个供体的27个器官中的226,000个细胞
69	2025-08-08	Mouse lemur cell atlas informs primate genes, physiology and disease 2025-Aug, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-09114-8 PMID:40739355	research paper	该研究通过大规模单细胞RNA测序构建了鼠狐猴细胞图谱，揭示了其基因、生理和疾病特征	首次构建了鼠狐猴的细胞图谱，发现了数千个新基因和剪接位点，并揭示了灵长类特有的生理和疾病特征	研究仅基于鼠狐猴这一种灵长类动物模型，结果向其他灵长类或人类的推广性有待验证	探索鼠狐猴作为新兴灵长类模型生物的遗传学、细胞和分子生物学特征	鼠狐猴(Microcebus spp.)的27个器官	基因组学	子宫内膜癌	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	27个器官的单细胞数据
70	2025-08-08	Multi-omics profiling identifies TNFRSF18 as a novel marker of exhausted CD8⁺ T cells and reveals tumour-immune dynamics in colorectal cancer 2025-Aug, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70425 PMID:40770837	研究论文	通过多组学分析揭示了结直肠癌中CD8⁺ T细胞耗竭的动态模式及其与肿瘤免疫逃逸的关系	发现TNFRSF18作为CD8⁺ T细胞耗竭的新标志物，并揭示了肿瘤细胞核糖体干性在免疫逃逸中的作用	样本量较小（6名患者，20个样本），需要在更大队列中验证	探究结直肠癌中CD8⁺ T细胞耗竭的动态演变及其对临床预后的影响	结直肠癌患者肿瘤及癌旁组织中的CD8⁺ T细胞	肿瘤免疫学	结直肠癌	scRNA-seq, scVDJ-seq, 空间转录组学, 免疫荧光	NA	单细胞转录组数据, 空间转录组数据, 免疫组化数据	6名结直肠癌患者的20个肿瘤及癌旁组织样本
71	2025-08-08	Anatomical Region-Specific Transcriptomic Signatures and the Role of Epithelial Cells in Pterygium Inflammation: A Multi-Omics Analysis 2025-Aug-01, Translational vision science & technology IF:2.6Q2 DOI:10.1167/tvst.14.8.13 PMID:40772680	研究论文	通过多组学分析研究翼状胬肉组织中主区和副区的细胞和分子模式差异，重点关注炎症和线粒体能量代谢	首次在翼状胬肉研究中区分解剖区域（主区和副区），并发现上皮细胞在炎症中的关键作用	样本量较小（6例批量RNA-seq和2例单细胞RNA-seq数据）	识别翼状胬肉的特定生物标志物以实现更高效的诊断和治疗	翼状胬肉患者组织样本	数字病理学	眼科疾病	RNA-seq（批量及单细胞）	NA	转录组数据	6例批量RNA-seq样本和2例单细胞RNA-seq样本
72	2025-08-08	scCOSMIX: A Mixed-Effects Framework for Differential Coexpression and Transcriptional Interactions Modeling in Single-Cell RNA-Seq 2025-Aug, Statistics in medicine IF:1.8Q1 DOI:10.1002/sim.70213 PMID:40772737	研究论文	本文提出了一种名为scCOSMIX的混合效应框架，用于在单细胞RNA测序数据中建模差异共表达和转录相互作用	scCOSMIX框架能够考虑单细胞实验中常见的多主体层次设计，并通过基于copula的方法对零膨胀、边缘和关联参数进行建模，使其能够适应不同数据的需求	未明确提及具体限制，但可能受限于单细胞RNA测序数据的质量和复杂性	研究单细胞RNA测序数据中的基因-基因相互作用动态变化	单细胞RNA测序数据中的基因共表达和转录相互作用	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	混合效应模型	基因表达数据	使用了GSE266919和GSE108989两个数据集，具体样本数量未明确说明
73	2025-08-08	CYCLONE: recycle contrastive learning for integrating single-cell gene expression data 2025-Jul-30, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-025-06214-0 PMID:40739171	research paper	本文介绍了一种名为CYCLONE的新方法，用于通过循环对比学习网络整合单细胞基因表达数据	CYCLONE通过循环更新MNN对和结合KNN对来识别批次特异性细胞类型，避免了批次效应过度校正的问题	NA	整合单细胞转录组测序数据以减少批次效应，提高对细胞身份和功能的理解	单细胞基因表达数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	对比学习网络和VAE模型	基因表达数据	模拟和真实的scRNA-seq数据集
74	2025-08-08	Bacterial Infections Shape Cardiac Macrophages' Response to Ischemia 2025-Jul-30, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.124.325147 PMID:40735767	研究论文	探讨细菌感染对心脏髓系细胞的长期影响及其对后续心肌缺血的潜在影响	发现细菌感染后心脏巨噬细胞的两个新亚群，并揭示它们在后续缺血性损伤中的不同作用	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	研究细菌感染如何通过影响先天免疫细胞来增加心血管事件的风险	心脏髓系细胞、外周白细胞、造血干细胞和祖细胞	心血管疾病	心血管疾病	流式细胞术、单细胞RNA测序、纳米颗粒介导的RNA干扰	遗传命运映射模型	细胞数据、RNA测序数据	NA
75	2025-08-08	Columbianadin targets TRIM7 to maintain P2X7 palmitoylation, inhibiting cuproptosis in synovial M2 macrophages 2025-Jul-30, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology IF:6.7Q1 DOI:10.1016/j.phymed.2025.157091 PMID:40768810	研究论文	本研究探讨了天然植物化学物质Columbianadin (CBN)通过靶向TRIM7维持P2X7棕榈酰化，抑制滑膜M2巨噬细胞铜死亡的分子机制	首次将TRIM7鉴定为铜死亡警报蛋白，并揭示了CBN通过TRIM7-ZDHHC5-P2X7轴调控铜流出的新机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未进行人体临床试验	阐明CBN治疗创伤性滑膜炎的分子机制，为其临床转化提供理论基础	创伤性滑膜炎小鼠模型和TRIM7条件性敲除小鼠	分子病理学	创伤性滑膜炎	单细胞测序、生物信息学分析、荧光共定位、电感耦合等离子体质谱、酰基生物素交换实验	小鼠前交叉韧带非破坏性撕裂模型	基因表达数据、蛋白质互作数据、金属离子浓度数据	未明确说明具体样本数量，使用基因工程小鼠模型
76	2025-08-08	Exploration and Application of Malignant Cell Heterogeneity Analysis with Single-Cell Transcriptome Sequencing Technology 2025-Jul-25, Aging and disease IF:7.0Q1 DOI:10.14336/AD.2025.0836 PMID:40768639	研究论文	本文探讨了利用单细胞转录组测序技术分析恶性肿瘤细胞异质性及其应用	强调了单细胞RNA测序技术在解析肿瘤细胞异质性方面的创新应用，尤其是在肿瘤细胞本身的研究上，而不仅限于免疫和基质细胞群	当前单细胞RNA测序技术的应用仍主要集中于免疫和基质细胞群体，对肿瘤细胞本身的研究相对较少	阐明肿瘤的生物学机制，以提高诊断精度和治疗效果	恶性肿瘤细胞及其异质性	数字病理学	癌症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	NA
77	2025-08-08	Role of APE1 redox function in chronic rhinosinusitis pathogenesis: Implications for targeted therapy 2025-Jul-17, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2025.07.004 PMID:40683569	研究论文	本文探讨了APE1氧化还原功能在慢性鼻窦炎发病机制中的作用及其靶向治疗的潜力	揭示了APE1氧化还原功能在慢性鼻窦炎中驱动2型炎症、线粒体氧化应激、黏液产生和上皮屏障功能障碍的新机制，并评估了APE1氧化还原抑制剂C10的治疗潜力	研究主要基于动物模型和体外细胞实验，需要进一步临床验证	阐明APE1氧化还原功能在慢性鼻窦炎发病机制中的作用并评估其靶向治疗的潜力	人类鼻组织、CRS小鼠模型、气液界面培养的人鼻上皮细胞和BEAS-2B细胞	病理生理学	慢性鼻窦炎	单细胞RNA测序、免疫组化、Western blot、定量RT-PCR	CRS小鼠模型	RNA测序数据、蛋白质表达数据	未明确说明样本数量，涉及人类鼻组织、小鼠模型和细胞系
78	2025-08-08	Pan-cancer human brain metastases atlas at single-cell resolution 2025-Jul-14, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2025.03.025 PMID:40215980	research paper	该研究通过单细胞RNA测序分析了108个脑转移样本和111个原发肿瘤样本，揭示了跨癌症谱系的细胞状态和组成特征	首次在单细胞分辨率下构建了泛癌症人类脑转移图谱，并识别了脑转移相关的恶性细胞特征和肿瘤微环境	样本量虽然较之前研究有所增加，但对于某些罕见癌症类型的脑转移可能仍不足	探究脑转移的生物学特征及其与临床特征的关系	脑转移样本和原发肿瘤样本	digital pathology	brain metastases	single-cell RNA sequencing	NA	RNA-seq数据	108个脑转移样本和111个原发肿瘤样本
79	2025-08-08	Single-cell and spatial transcriptomics map senescent vascular cells in arterial remodeling during atherosclerosis in mice 2025-Jul-14, Nature aging IF:17.0Q1 DOI:10.1038/s43587-025-00889-z PMID:40660002	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，系统性地研究了小鼠动脉粥样硬化中衰老血管细胞的异质性	发现了动脉粥样硬化中血管特异性衰老转录组特征，包括Spp1、Ctsb和Tnfrsf11b mRNAs的富集	研究主要基于小鼠模型，人类VSMC衰老的体外模型验证有限	探究动脉粥样硬化中衰老血管细胞的异质性及其转录组特征	小鼠主动脉中的血管平滑肌细胞(VSMCs)、成纤维细胞和T细胞	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、空间转录组学	p16-tdTomato和Ldlr; p16-3MR小鼠模型	RNA序列数据	使用两种小鼠动脉粥样硬化模型和人类VSMC体外模型
80	2025-08-08	Concerted changes in Epithelium and Stroma: a multi-scale, multi-omics analysis of progression from Barrett's Esophagus to adenocarcinoma 2025-Jul-14, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2025.06.034 PMID:40695287	research paper	该研究通过多组学分析，整合单细胞转录组学、细胞外基质蛋白质组学、组织力学和空间蛋白质组学，探索了从Barrett食管到腺癌的进展过程	揭示了Barrett食管进展为一个协调的多组分系统，包括上皮细胞、基质细胞、细胞外基质和组织硬度的变化，并发现了具有免疫抑制特性的成纤维细胞	样本量相对较小（107个样本来自26名患者），且仅基于两个独立队列	研究Barrett食管向腺癌进展的分子和细胞机制	Barrett食管患者样本（从鳞状上皮到化生、不典型增生再到腺癌的进展路径）	digital pathology	esophageal adenocarcinoma	单细胞转录组学、细胞外基质蛋白质组学、组织力学分析、空间蛋白质组学	NA	multi-omics数据（转录组、蛋白质组、力学数据）	107个样本来自26名患者