单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
61	2025-07-05	An Efficient Organoid Cutting Method for Long-Term Culture and High-Throughput Analyses 2025-Jul, Tissue engineering and regenerative medicine IF:4.4Q2 DOI:10.1007/s13770-025-00731-y PMID:40522442	研究论文	本文介绍了一种高效的类器官切割方法，旨在改善长期培养和高通量分析	使用3D打印技术制造切割夹具，提高切割效率和一致性，同时减少培养污染	未明确说明该方法是否适用于所有类型的类器官	改善类器官长期培养的可行性和高通量分析	人类多能干细胞(hPSC)衍生的类器官	生物医学工程	NA	3D打印技术、GelMA或Geltrex包埋、OCT包埋	NA	NA	未明确说明具体样本数量
62	2025-07-05	Rhaponticin inhibits the proliferation, migration, and invasion of head and neck squamous cell carcinoma (HNSCC) cells through modulation of the IL6/STAT3 signaling pathway 2025-Jul-01, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03019-8 PMID:40591033	research paper	研究探讨了Rhaponticin通过调节IL6/STAT3信号通路抑制头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）细胞的增殖、迁移和侵袭	首次揭示了Rhaponticin在HNSCC中的抗肿瘤作用及其分子机制，特别是通过IL6/STAT3信号通路的作用	研究主要基于体外细胞实验和生物信息学分析，缺乏体内实验验证	探究Rhaponticin抑制HNSCC细胞侵袭和转移的具体分子机制	头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）细胞系CAL 27和SCC-9	肿瘤学	头颈部鳞状细胞癌	网络药理学、分子对接、生物信息学分析、细胞实验、scRNA-seq	机器学习算法（未具体说明）	基因表达数据、单细胞RNA测序数据	两种HNSCC细胞系（CAL 27和SCC-9）及TCGA数据库中的样本
63	2025-07-05	Pan-cancer analysis and validation of NT5DC2: emphasizing its prognostic significance and immunological role in TNBC 2025-Jul-01, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02995-1 PMID:40591089	研究论文	本研究通过泛癌分析和验证，探讨了NT5DC2在多种癌症中的预后意义及其在三阴性乳腺癌（TNBC）中的免疫学作用	首次全面评估NT5DC2在多种癌症中的表达模式及其与免疫微环境的关系，特别是在TNBC中验证了其致癌作用和免疫调节功能	研究主要基于生物信息学分析，虽然进行了体外实验验证，但缺乏体内实验和临床样本的直接验证	阐明NT5DC2在多种癌症中的预后价值和免疫学作用，特别是在TNBC中的致癌机制	多种癌症类型（重点是TNBC）和NT5DC2基因	癌症生物学	三阴性乳腺癌（TNBC）	基因表达谱分析、单细胞RNA测序、免疫浸润分析、GSEA、体外实验	NA	基因表达数据、单细胞RNA测序数据	多个公共数据库的癌症样本（具体数量未明确说明）和体外实验的TNBC细胞系
64	2025-07-05	Integrated single-cell and bulk RNA sequencing analysis establishes a cancer associated fibroblast-related signature for predicting prognosis and therapeutic responses in neuroblastoma 2025-Jul-01, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03023-y PMID:40591170	研究论文	本研究通过整合单细胞和批量RNA测序分析，建立了一个与癌症相关成纤维细胞相关的特征，用于预测神经母细胞瘤的预后和治疗反应	构建了一个八基因的CAF相关预后特征，并验证了其作为独立预后指标的潜力，为抗CAF免疫治疗策略提供了新的基因组证据	研究样本量较小，仅使用了8个神经母细胞瘤样本的单细胞RNA测序数据	预测神经母细胞瘤的预后和治疗反应	神经母细胞瘤患者	数字病理学	神经母细胞瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序（RNA-seq），免疫组织化学	LASSO回归分析	RNA测序数据	8个神经母细胞瘤样本的scRNA-seq数据，以及来自GEO、TCGA和ArrayExpress数据库的批量基因表达数据
65	2025-07-05	Integrating single-cell sequencing analysis, bioinformatics analysis, and Mendelian randomization analysis to explore FABP4 prediction of prognosis and immune microenvironment in patients with lung squamous cell carcinoma 2025-Jul-01, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02774-y PMID:40591173	研究论文	通过单细胞测序分析、生物信息学分析和孟德尔随机化分析，探索FABP4在肺鳞状细胞癌患者预后和免疫微环境中的预测作用	首次通过多种分析方法明确了FABP4在肺鳞状细胞癌发生和预后中的作用，为未来的预防和治疗提供了重要证据	未提及具体样本量或实验设计的局限性	寻找能预测肺鳞状细胞癌发病、患者预后及肿瘤微环境中巨噬细胞浸润的‘明星’分子FABP4	肺鳞状细胞癌患者	生物信息学	肺癌	单细胞测序分析、生物信息学分析、孟德尔随机化分析	NA	测序数据、生物信息数据	NA
66	2025-07-05	Cardiac fibroblasts regulate myocardium and coronary vasculature development in the murine heart via the collagen signaling pathway 2025-Jul-01, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.102305 PMID:40591485	研究论文	本研究探讨了心脏成纤维细胞（FBs）通过胶原信号通路在小鼠心脏中心肌和冠状血管发育中的调控作用	首次揭示了心脏成纤维细胞通过胶原信号通路调控心肌细胞和血管内皮细胞发育的分子机制	研究仅限于小鼠模型，未在人类或其他哺乳动物中进行验证	探究心脏成纤维细胞在心脏发育中的作用及其分子机制	小鼠心脏中的成纤维细胞、心肌细胞和血管内皮细胞	发育生物学	心血管疾病	RNA染色、单细胞mRNA测序（scRNA-seq）、白喉毒素A（DTA）系统	小鼠模型	基因表达数据	不同发育阶段的小鼠心脏样本
67	2025-07-05	Klf5-adjacent super-enhancer functions as a 3D genome structure-dependent transcriptional driver to safeguard ESC identity 2025-Jul-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-60389-x PMID:40592854	研究论文	本研究揭示了超级增强子K5aSE通过3D基因组结构依赖的转录驱动机制，协调转录因子相互作用和多基因调控，从而维护胚胎干细胞(ESC)的身份	首次发现K5aSE超级增强子通过染色质环化激活远端基因，并阐明CTCF介导的TAD结构对维持K5aSE活性的关键作用	研究主要聚焦于K5aSE在ESC中的功能，其在其他细胞类型或发育阶段的作用尚不明确	解析超级增强子与主转录因子在胚胎干细胞命运决定中的协同调控机制	小鼠胚胎干细胞(ESC)及类胚体	表观遗传学	NA	多组学数据整合(H3K27ac、Hi-C、scRNA-seq)、CRISPRa激活、3D基因组筛选	NA	基因组学数据、单细胞转录组数据、三维基因组数据	NA
68	2025-07-05	Identification of pyroptosis related genes and subtypes in atherosclerosis using multiomic and single cell analysis 2025-Jul-01, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-04398-2 PMID:40592922	研究论文	通过多组学和单细胞分析识别动脉粥样硬化中与细胞焦亡相关的基因和亚型	整合转录组学、单细胞RNA测序和机器学习，识别并优先排序动脉粥样硬化中与细胞焦亡相关的基因，特别是TREM2的双重作用	分子机制和治疗潜力尚未完全理解	研究动脉粥样硬化中细胞焦亡的分子机制及其治疗潜力	动脉粥样硬化患者和模型	生物信息学	心血管疾病	转录组学、单细胞RNA测序、机器学习	NA	基因表达数据	内部和外部数据集
69	2025-07-05	Integrated eQTL-pQTL Mendelian randomization and single-cell sequencing reveal therapeutic targets in ovarian clear cell cancer 2025-Jul-01, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03043-8 PMID:40593373	研究论文	本研究通过整合eQTL-pQTL孟德尔随机化和单细胞测序技术，探索卵巢透明细胞癌（OCCC）的治疗靶点	首次结合eQTL-pQTL孟德尔随机化和单细胞测序技术筛选OCCC治疗靶点，并通过药物预测和分子对接验证靶点成药性	需进一步研究验证靶点作用机制	寻找卵巢透明细胞癌的新型治疗靶点	卵巢透明细胞癌（OCCC）患者遗传数据与肿瘤样本	生物信息学	卵巢癌	GWAS、单细胞测序、孟德尔随机化、分子对接	NA	基因组数据、单细胞测序数据	eQTLGen联盟和deCODE数据库的大规模GWAS队列数据
70	2025-07-05	Spatially resolved C1QC+ macrophage-CD4+ T cell niche in colorectal cancer microenvironment: implications for immunotherapy response 2025-Jul-01, Cell discovery IF:13.0Q1 DOI:10.1038/s41421-025-00811-2 PMID:40593467	研究论文	本研究通过空间多组学技术揭示了结直肠癌微环境中C1QC+巨噬细胞与CD4+ T细胞的空间互作机制及其对免疫治疗响应的影响	首次构建了包含314,774个细胞的空间免疫图谱，揭示了C1QC+组织驻留巨噬细胞与CD4+ T细胞共定位对免疫治疗响应的关键作用	样本量相对有限（空间转录组仅9例），且主要针对转移性结直肠癌患者	解析结直肠癌微环境的空间拓扑结构及其与免疫治疗响应的关系	接受免疫治疗的转移性结直肠癌患者	数字病理学	结直肠癌	成像质谱流式细胞术、空间蛋白质组学、空间转录组学、scRNA-seq、bulk RNA-seq	NA	空间多组学数据、单细胞测序数据	成像质谱流式50例、空间蛋白质组50例、空间转录组9例
71	2025-07-05	Epitenon-derived progenitors drive fibrosis and regeneration after flexor tendon injury in a spatially-dependent manner 2025-Jul-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-60704-6 PMID:40593535	研究论文	本研究通过遗传谱系追踪和单细胞RNA测序技术，揭示了腱外膜细胞在肌腱损伤后对周围纤维化和肌腱再生的重要作用	首次确定腱外膜细胞是促进肌腱周围纤维化和再生的重要前体细胞群，并证明通过消除促纤维化腱外膜细胞可显著改善功能恢复	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证相对有限	探索肌腱损伤后纤维化和再生过程的细胞机制	小鼠和人类肌腱组织	组织再生医学	肌腱损伤	遗传谱系追踪, scRNA-seq, 免疫荧光染色	小鼠肌腱损伤模型	基因表达数据, 组织图像数据	小鼠模型和人类瘢痕组织样本
72	2025-07-05	Production of live monkeys and their genetically matched embryonic stem cells from single embryos 2025-Jul-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-60694-5 PMID:40593544	研究论文	本研究通过胚胎分割技术成功培育出三只活体猴子及其基因匹配的自体胚胎干细胞（aESCs），并探讨了其在再生医学中的应用潜力	首次通过胚胎分割技术同时获得活体猴子及其基因匹配的aESCs，并比较了aESCs、iPSCs和ntESCs的转录组差异	研究样本量较小（仅三只猴子），且人类胚胎干细胞的应用潜力尚未经过临床验证	开发基因匹配的胚胎干细胞用于解决再生医学中的免疫排斥问题	非人灵长类动物（猴子）和人类胚胎	再生医学	NA	胚胎分割技术、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	三只活体猴子及其衍生干细胞系
73	2025-07-05	An improved reference library and method for accurate cell-type deconvolution of bulk-tissue miRNA data 2025-Jul-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-60521-x PMID:40593558	研究论文	本文提出了一种改进的miRNA表达参考库和解卷积工具，用于复杂组织的细胞类型组成估计	开发了一种新的miRNA表达参考库和解卷积工具，提高了细胞类型比例估计的准确性和鲁棒性	当前单细胞RNA-Seq协议在miRNA表达定量方面仍存在不足，且大多数miRNA分析样本缺乏匹配的mRNA表达或DNA甲基化数据	开发计算方法来估计批量组织miRNA数据的细胞类型比例	miRNA表达数据	生物信息学	人类癌症、COVID-19等传染病	miRNA表达分析、单细胞RNA-Seq	NA	miRNA表达数据	NA
74	2025-07-05	Different tumour-resident memory T-cell subsets regulate responses to anti-PD-1 and anti-CTLA-4 cancer immunotherapies 2025-Jul-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-60657-w PMID:40593647	研究论文	探讨肿瘤驻留记忆T细胞亚群在抗PD-1和抗CTLA-4癌症免疫治疗中的作用	揭示了CD103+CD8+ T细胞和CD49a+CD4+ T细胞分别在抗PD-1和抗CTLA-4治疗中的关键作用，并发现CD49a+CD4+ T细胞可作为联合免疫治疗的预测生物标志物	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证仍需进一步扩大	阐明肿瘤驻留记忆T细胞亚群在免疫检查点抑制剂治疗中的调控机制	肿瘤驻留记忆T细胞亚群（CD103+CD8+ T细胞和CD49a+CD4+ T细胞）	癌症免疫治疗	黑色素瘤	单细胞RNA测序、多重免疫组化	NA	RNA测序数据、免疫组化数据	临床前小鼠模型和人类肿瘤浸润淋巴细胞样本
75	2025-07-05	Axon targeting of transcriptionally distinct pioneer neurons is regulated by retinoic acid signaling 2025-Jul-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-61044-1 PMID:40593691	research paper	该研究通过单细胞RNA测序技术揭示了斑马鱼后侧线感觉神经元中先驱神经元和跟随神经元在转录水平上的差异，并发现视黄酸信号在先驱神经元轴突正确靶向中起关键作用	首次证明先驱神经元和跟随神经元是转录不同的群体，并揭示视黄酸信号下调对先驱神经元轴突正确靶向的必要性	研究仅针对斑马鱼后侧线感觉神经元，结论在其他神经系统中的普适性需要进一步验证	探究神经系统发育过程中先驱神经元和跟随神经元的转录差异及其调控机制	斑马鱼后侧线(pLL)感觉神经元	神经生物学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据	斑马鱼后侧线感觉神经元样本
76	2025-07-05	α7 nicotinic acetylcholine receptors regulate radial glia fate in the developing human cortex 2025-Jul-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-61167-5 PMID:40593693	研究论文	本研究阐明了尼古丁乙酰胆碱受体（nAChRs）在人类皮质发育过程中对祖细胞和放射状胶质细胞（RG）的作用	发现CHRFAM7A在RG末端富集，并揭示nAChR激活通过YAP1信号通路调控RG增殖和神经元分化的机制	研究主要基于体外实验，未完全模拟体内复杂环境	探究尼古丁暴露对胎儿皮质发育的影响及其分子机制	人类皮质发育中的祖细胞和放射状胶质细胞	神经生物学	神经发育障碍	单细胞RNA测序、器官型切片培养、分散培养	NA	RNA测序数据、细胞培养数据	未明确提及具体样本数量
77	2025-07-05	Benchmarking metabolic RNA labeling techniques for high-throughput single-cell RNA sequencing 2025-Jul-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-61375-z PMID:40593761	研究论文	本文通过高通量单细胞RNA测序技术，对代谢RNA标记技术进行了基准测试，以优化基因表达动态的精确测量	首次对十种化学转化方法进行了全面比较，并优化了在斑马鱼胚胎细胞中的应用，提高了合子基因的检测能力	研究仅基于Drop-seq平台和斑马鱼胚胎细胞，可能不适用于其他平台或生物系统	优化代谢RNA标记技术，以提高单细胞RNA测序中基因表达动态的测量精度	52,529个细胞（Drop-seq平台）和9,883个斑马鱼胚胎细胞	单细胞RNA测序	NA	代谢RNA标记、高通量单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	52,529个细胞（Drop-seq平台）和9,883个斑马鱼胚胎细胞
78	2025-07-05	Dissecting crosstalk induced by cell-cell communication using single-cell transcriptomic data 2025-Jul-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-61149-7 PMID:40593827	研究论文	本文介绍了一种基于机器学习的SigXTalk方法，用于分析单细胞RNA测序数据中的细胞间通讯诱导的调控网络，特别关注通路间的串扰	提出了一种新的机器学习方法SigXTalk，首次系统地分析了细胞间通讯通路间的串扰，并通过超图学习方法编码受体、转录因子和靶基因间的高阶关系	方法主要依赖于scRNA-seq数据，可能受限于单细胞测序技术本身的局限性和数据噪声	研究细胞间通讯(CCC)过程中不同配体-受体对激活的通路间可能存在的串扰及其调控网络	细胞间通讯网络及其下游靶标	生物信息学	NA	scRNA-seq	超图学习	单细胞转录组数据	NA
79	2025-07-05	GPerturb: Gaussian process modelling of single-cell perturbation data 2025-Jul-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-61165-7 PMID:40593897	研究论文	介绍了一种基于高斯过程的稀疏扰动回归模型GPerturb，用于估计单细胞水平上的基因扰动效应	采用高斯过程模型分离信号与噪声，捕捉离散和连续响应的稀疏、可解释效应，并提供扰动效应存在及强度的不确定性估计	NA	揭示基因表达与扰动之间的复杂依赖关系，推进对单细胞水平基因调控的理解	单细胞RNA测序和CRISPR筛选数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序、CRISPR筛选	高斯过程模型	基因表达数据	模拟和真实数据集
80	2025-07-05	Systematic screening of metabolic pathways to identify two breast cancer subtypes with divergent immune characteristics 2025-Jul-01, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-05179-7 PMID:40594370	研究论文	通过系统筛选代谢途径，识别出两种具有不同免疫特征的乳腺癌亚型	建立了一种基于代谢途径分析的乳腺癌代谢分型系统（BCMSS），揭示了乳腺癌在代谢特征、免疫特性、临床预后和药物敏感性方面的异质性	研究依赖于公开数据集，可能受到数据质量和样本选择的限制	识别乳腺癌的代谢亚型，并探索其与免疫特征、临床预后和药物敏感性的关联	乳腺癌患者	数字病理	乳腺癌	RNA-seq, scRNA-seq, spRNA-seq	随机森林分类	转录组数据	TCGA BRCA发现队列（n=1094）和9个独立转录组队列（总n>4000）