单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
61	2025-06-10	Identification of maize genes that condition early systemic infection of sugarcane mosaic virus through single-cell transcriptomics 2025-May-12, Plant communications IF:9.4Q1 DOI:10.1016/j.xplc.2025.101297 PMID:40045576	研究论文	通过单细胞转录组学技术，研究甘蔗花叶病毒（SCMV）早期系统性感染玉米时，病毒积累与细胞内基因表达变化的共变模式	首次在单细胞水平上揭示了SCMV早期系统性感染玉米时的基因表达变化与病毒积累的关系，并鉴定了多个潜在的抗病毒或促病毒因子	研究仅关注早期系统性感染阶段（症状出现前），未涉及感染后期或症状表现阶段	探究植物病原体早期系统性感染过程中，病毒积累与宿主基因表达变化的关联	玉米叶片细胞与甘蔗花叶病毒（SCMV）	植物病理学	植物病毒感染	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	SCMV感染的玉米叶片细胞（具体数量未提及）
62	2025-06-10	Protocol for the imputation of stimulus-induced single-cell gene expression trajectories from time-series scRNA-seq data 2025-May-07, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2025.103811 PMID:40343799	研究论文	提出一种从时间序列单细胞RNA测序数据中推算单细胞基因表达轨迹的方法	通过降维、转移概率矩阵计算、样条插值和解卷积四个计算步骤，推算单细胞基因表达轨迹	方法依赖于时间序列scRNA-seq数据，可能无法完全捕捉细胞间的动态变化	研究单细胞基因表达轨迹的推算方法	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	基因表达数据	NA
63	2025-06-10	An unconventional T cell nexus drives HCK-mediated chronic obstructive pulmonary disease in mice 2025-May, EBioMedicine IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.ebiom.2025.105707 PMID:40245497	research paper	该研究揭示了HCK作为非传统T细胞轴顶端调节因子在慢性阻塞性肺疾病（COPD）中的作用，并探讨了其通过IL-17A/G-CSF/粒细胞介导的病理机制	发现了HCK作为COPD候选基因的新机制，即通过调节非传统T细胞轴（Vγ6Vδ1 T细胞和黏膜相关不变T细胞）驱动IL-17A/G-CSF/粒细胞介导的病理过程	研究主要基于基因靶向小鼠模型，人类COPD患者中的直接证据尚待进一步验证	探究HCK在COPD发病机制中的具体作用及其调控通路	基因靶向小鼠（HckF/F突变体）及其骨髓嵌合体	呼吸病学	慢性阻塞性肺疾病（COPD）	基因靶向技术、骨髓嵌合体构建、组织病理学、形态计量学、流式细胞术、单细胞测序	基因修饰小鼠模型	组织病理学数据、流式细胞数据、单细胞测序数据	未明确说明具体样本量，使用基因靶向小鼠模型进行研究
64	2025-06-10	The deubiquitinase OTUD3 plays a neuroprotective role by reducing ferroptosis induced by cerebral ischaemia reperfusion via stabilizing PLK1 via deubiquitination 2025-May, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70347 PMID:40462502	研究论文	研究OTUD3通过去泛素化PLK1在脑缺血再灌注损伤中的神经保护作用	首次阐明OTUD3通过去泛素化PLK1调节PI3K/AKT通路并抑制铁死亡，在脑缺血/再灌注损伤中发挥神经保护作用	NA	探讨OTUD3在脑缺血再灌注损伤中的神经保护机制	小鼠神经元及脑组织	神经科学	脑缺血	共免疫沉淀-质谱分析、单细胞测序、体外实验	氧糖剥夺模型(OGD/R)	实验数据	小鼠神经元及脑组织
65	2025-06-10	ScInfeR: an efficient method for annotating cell types and sub-types in single-cell RNA-seq, ATAC-seq, and spatial omics 2025-May-01, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf253 PMID:40471991	研究论文	提出了一种基于图的高效细胞类型注释方法ScInfeR，适用于单细胞RNA测序、ATAC测序和空间组学数据	结合scRNA-seq参考和标记集信息，采用图神经网络的消息传递层分层框架，支持跨多种单细胞和空间组学数据集的细胞注释	未明确提及具体局限性，但暗示现有高质量scRNA-seq参考和标记集的稀缺性可能影响性能	开发一种高效准确的细胞类型注释方法，解决现有工具在scATAC-seq和空间转录组数据中表现不佳的问题	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、单细胞ATAC测序(scATAC-seq)和空间组学数据集	生物信息学	NA	scRNA-seq, scATAC-seq, 空间组学	图神经网络	单细胞测序数据、空间组学数据	包含329种细胞类型、2497个基因标记、28种组织类型的人类和植物数据集
66	2025-06-10	Pan-cancer Analysis Identified Ectopic RUNX1T1 Associated with Lineage Plasticity 2025-Apr-23, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.04.18.649575 PMID:40488132	研究论文	通过泛癌分析发现异位RUNX1T1与谱系可塑性相关	首次利用HOX代码量化癌症细胞的谱系可塑性，并识别出RUNX1T1作为泛癌标记物和谱系可塑性的关键介质	研究依赖于生物信息学分析，需要进一步实验验证RUNX1T1的功能机制	研究癌症谱系可塑性的分子标记及其在肿瘤进展和治疗抵抗中的作用	114种癌症类型的80,000多个RNA测序样本	生物信息学	泛癌（包括前列腺癌、肺癌和急性髓系白血病）	RNA测序（包括批量RNA-seq和单细胞RNA-seq）	NA	RNA测序数据	超过80,000个RNA测序样本
67	2025-06-10	Identification of a liver fibrosis and disease progression-related transcriptome signature in non-alcoholic fatty liver disease 2025-03, The international journal of biochemistry & cell biology DOI:10.1016/j.biocel.2025.106751 PMID:39909111	研究论文	本研究旨在建立一个转录组特征来区分非酒精性脂肪性肝病（NAFLD）患者的轻度或晚期纤维化，并监测疾病进展	通过差异基因表达分析确定了11个枢纽基因的特征，这些基因能够帮助识别NAFLD患者的纤维化阶段和疾病进展	研究依赖于公共数据库中的转录组数据，可能受到样本量和数据质量的限制	建立转录组特征以区分NAFLD患者的纤维化阶段和监测疾病进展	非酒精性脂肪性肝病（NAFLD）患者	数字病理学	非酒精性脂肪性肝病	转录组分析	LASSO回归	转录组数据	六个批量转录组数据集和三个批量及一个单细胞转录组数据集
68	2025-06-10	The end of the genetic paradigm of cancer 2025-Mar, PLoS biology IF:7.8Q1 DOI:10.1371/journal.pbio.3003052 PMID:40100793	评论	本文探讨了癌症遗传范式面临的挑战，并提出了细胞状态动力学和组织场等非遗传因素在肿瘤发生中的作用	挑战了癌症作为‘遗传疾病’的传统观点，提出了细胞状态动力学和组织场等非遗传因素的重要性	未提供具体的实验数据或模型验证，更多是理论探讨	探讨癌症发生的非遗传因素，解决遗传范式与生物现实之间的不一致	癌症组织和正常组织的基因组测序及单细胞转录组数据	肿瘤生物学	癌症	基因组测序、单细胞转录组学	NA	基因组数据、转录组数据	NA
69	2025-06-10	Innate immune cell barrier-related genes inform precision prognosis in pancreatic cancer 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1559373 PMID:40486509	研究论文	本研究通过分析先天免疫细胞屏障相关基因，开发了一个预测胰腺癌预后的模型，并发现了新的治疗靶点	首次将先天免疫细胞屏障相关基因与胰腺癌预后关联，开发了CDRG-RSF预测模型，并鉴定出UBASH3B作为新的免疫抑制和耐药标志物	研究基于生物信息学分析，需要进一步的实验验证	识别胰腺癌预后生物标志物，开发预测模型，发现个性化治疗新靶点	胰腺癌患者	精准医学	胰腺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 机器学习算法	RSF模型	基因表达数据	TCGA和GTEx数据集中的胰腺癌样本
70	2025-06-10	TSLP pretreatment inhibits M1 macrophage polarization and attenuates LPS-induced iNKT cell-dependent acute lung injury 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1583235 PMID:40486522	research paper	研究TSLP预处理对M1巨噬细胞极化的抑制作用及其在LPS诱导的iNKT细胞依赖性急性肺损伤中的保护作用	首次揭示TSLP通过抑制M1巨噬细胞极化和减少iNKT细胞产生的IFN-γ来减轻脓毒症相关ARDS的机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探讨TSLP在脓毒症相关急性呼吸窘迫综合征(ARDS)中的作用及其潜在治疗价值	野生型小鼠和Jα18-/-小鼠的肺组织和免疫细胞	免疫学	急性呼吸窘迫综合征	转录组测序、单细胞转录组测序、流式细胞术	小鼠急性肺损伤模型	基因表达数据、细胞表型数据	未明确说明小鼠数量，但涉及野生型和Jα18-/-两种基因型小鼠
71	2025-06-10	Single-Cell Transcriptomic Profiling Reveals KRAS/TP53-Driven Neutrophil Reprogramming in Luad: A Multi-Gene Prognostic Model and Therapeutic Targeting of RHOV 2025, Oncology research IF:2.0Q3 DOI:10.32604/or.2025.062584 PMID:40486872	research paper	该研究通过单细胞转录组分析揭示了KRAS/TP53突变在肺腺癌（LUAD）中驱动中性粒细胞重编程的机制，并开发了一个基于中性粒细胞的预后模型，同时探讨了RHOV作为治疗靶点的潜力	首次揭示了KRAS/TP53突变通过OSM/CALCR/IL-1信号通路驱动中性粒细胞异质性，并建立了具有预测免疫治疗反应能力的五基因预后特征	研究主要基于生物信息学分析，实验验证仅限于体外细胞模型，缺乏体内动物实验验证	阐明KRAS/TP53突变对肿瘤微环境的影响并开发LUAD预后模型	肺腺癌（LUAD）肿瘤微环境中的中性粒细胞	digital pathology	lung cancer	single-cell RNA sequencing, hdWGCNA, LASSO回归分析	多基因预后模型	转录组数据	TCGA-LUAD队列及外部验证队列（IMvigor210, GSE78220）
72	2025-06-10	Gene set optimization for single cell transcriptomics 2025, Computational intelligence methods for bioinformatics and biostatistics : ... international meeting, CIBB ... : revised selected papers. CIBB (Meeting) DOI:10.1007/978-3-031-89704-7_14 PMID:40487192	研究论文	本文提出了一种针对单细胞转录组数据的基因集优化方法，旨在提高基因集测试的统计功效和可解释性	利用人类蛋白质图谱单细胞类型图谱中的信息，计算细胞类型特异性基因和基因集权重，从而定制适用于单细胞数据的基因集集合	方法依赖于人类蛋白质图谱单细胞类型图谱的数据，可能不适用于所有细胞类型或组织	优化单细胞转录组数据的基因集分析方法	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据	81种人类细胞类型
73	2025-06-10	Topology entropy: Enhancing graph partitioning for TAD identification and single-cell clustering 2025, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2025.04.037 PMID:40487196	研究论文	本文提出了一种名为拓扑熵的新方法，用于量化生物图的复杂性，并开发了两种方法TEC-O和TEC-U，分别用于有序和无序生物图的分割	引入了拓扑熵这一新指标来量化生物图的复杂性，并证明了最小化相关熵等同于最优图分割	NA	探索大规模图中复杂结构的量化方法，并优化生物图的分割	Hi-C接触图和单细胞测序数据	生物信息学	NA	Hi-C测序和单细胞测序	TEC-O和TEC-U	图数据和测序数据	五个细胞系的Hi-C数据和十个单细胞测序数据集
74	2025-06-10	Exploring the anti-gastric cancer mechanisms of Diosgenin through integrated network analysis, bioinformatics, single-cell sequencing, and cell experiments 2025, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2025.1600960 PMID:40487391	研究论文	本研究通过综合网络分析、生物信息学、单细胞测序和细胞实验，探讨了薯蓣皂苷元抗胃癌的机制	采用多方法策略（包括网络分析、生物信息学、单细胞RNA测序、孟德尔随机化和细胞实验）全面研究薯蓣皂苷元的抗胃癌机制，并识别了关键效应分子	未明确说明样本量及具体实验设计的细节	全面研究薯蓣皂苷元抗胃癌的作用机制	薯蓣皂苷元及其在胃癌中的作用靶点	生物信息学	胃癌	单细胞RNA测序、孟德尔随机化、Western blot分析	NA	基因表达数据、蛋白质数据	NA
75	2025-06-10	Single-cell and transcriptomic analyses reveal the role of PCDH17 in the non-inflammatory tumor microenvironment of pancreatic cancer 2025, Frontiers in endocrinology IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fendo.2025.1559909 PMID:40487760	研究论文	本研究通过单细胞和转录组分析揭示了PCDH17在胰腺癌非炎症性肿瘤微环境中的作用	首次揭示了PCDH17在胰腺癌内皮细胞中的主要表达及其与炎症基因和免疫细胞浸润的关联	PCDH17调控肿瘤微环境的具体分子机制尚未完全阐明	探究PCDH17在胰腺癌肿瘤微环境中的调控作用	胰腺癌组织和细胞	肿瘤学	胰腺癌	单细胞测序、转录组分析、免疫荧光技术	NA	单细胞数据、转录组数据	未明确说明样本数量
76	2025-06-10	A modified model of PANoptosisto identify prognosis and immunotherapy response in bladder cancer 2024-11, The international journal of biochemistry & cell biology DOI:10.1016/j.biocel.2024.106672 PMID:39368544	研究论文	本研究通过修改PANoptosis模型，识别膀胱癌的预后和免疫治疗反应	识别了与广泛凋亡相关的五个差异表达基因作为膀胱癌患者预后的预测特征，并构建了风险模型	研究依赖于临床基因组数据库的数据，可能存在数据偏差	研究广泛凋亡相关修饰模式在膀胱癌中的作用机制	膀胱癌患者	数字病理学	膀胱癌	转录组数据分析、单细胞测序分析	PANoptosis模型、最小绝对收缩分析	转录组数据、临床信息	NA
77	2025-06-10	Protocol to detect immune levels, abnormal metabolism, and signaling pathways in tumor tissue based on scRNA-seq obtained from patient databases 2024-06-21, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103065 PMID:38753488	研究论文	提出了一种基于患者数据库中的scRNA-seq数据检测肿瘤组织中免疫水平、异常代谢和信号通路的方案	利用单细胞测序数据评估肿瘤免疫微环境、肿瘤纯度及异常信号传导和代谢途径	未提及具体样本量或数据集的局限性	评估肿瘤组织中的免疫水平、异常代谢和信号通路	肿瘤组织	数字病理学	肿瘤	scRNA-seq	NA	单细胞测序数据	NA
78	2025-06-10	Protocol for high-quality single-cell RNA-seq from tissue sections with DRaqL 2024-06-21, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103050 PMID:38703368	研究论文	介绍了一种结合DRaqL和Smart-seq2的高质量单细胞RNA测序协议，适用于酒精固定的小鼠卵巢切片	提出了DRaqL-Smart-seq2协议，能够从酒精固定的组织切片中获取高质量的单细胞RNA测序数据，并提供了适用于福尔马林固定切片的可选方案	协议主要针对小鼠卵巢切片，未涉及其他组织或物种的验证	开发一种高质量的单细胞RNA测序方法，适用于不同类型的固定组织切片	酒精固定和福尔马林固定的小鼠卵巢切片	单细胞测序	NA	scRNA-seq, LCM, Smart-seq2	NA	RNA测序数据	未明确说明样本数量，仅提到使用小鼠卵巢切片
79	2025-06-10	Protocol for preparing formalin-fixed paraffin-embedded musculoskeletal tissue samples from mice for spatial transcriptomics 2024-06-21, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.102986 PMID:38555590	研究论文	本文提出了一种用于小鼠骨骼和多组织肌肉骨骼福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）样本的空间转录组学制备协议	详细描述了从组织采集到测序数据分析的完整流程，特别针对矿化组织的脱钙步骤进行了优化	整个流程耗时较长（约18天），其中超过50%的时间用于矿化组织的脱钙	开发适用于FFPE样本的空间转录组学分析流程	小鼠股骨及相邻肌肉组织	空间转录组学	NA	空间转录组学	NA	测序数据	小鼠股骨及相邻肌肉组织
80	2025-06-10	GoT-Splice protocol for multi-omics profiling of gene expression, cell-surface proteins, mutational status, and RNA splicing in human cells 2024-06-21, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.102966 PMID:38512867	研究论文	介绍了一种名为GoT-Splice的新协议，用于在人类细胞中进行基因表达、细胞表面蛋白、突变状态和RNA剪接的多组学分析	结合GoT与增强的长读长单细胞转录组和细胞表面蛋白质组分析，克服了区分野生型和突变型细胞以及从短读长测序数据重建剪接信号的困难	需要参考Cortés-López等人的详细协议来执行该技术	开发一种能够准确分析RNA剪接因子突变的多组学分析方法	人类细胞中的基因表达、细胞表面蛋白、突变状态和RNA剪接	基因组学	NA	长读长测序、单细胞转录组分析、细胞表面蛋白质组分析	NA	基因组数据、转录组数据、蛋白质组数据	NA