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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 61 | 2025-11-16 |
Human heart-macrophage assembloids mimic immune-cardiac interactions and enable arrhythmia disease modeling
2025-Nov-06, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2025.09.011
PMID:41151577
|
研究论文 | 开发人类心脏-巨噬细胞组装体模型以模拟免疫-心脏相互作用并实现心律失常疾病建模 | 首次构建人类心脏-巨噬细胞组装体模型,整合自体人多能干细胞来源的胚胎单核细胞生成生理相关的心脏组织驻留巨噬细胞 | NA | 研究免疫-心脏相互作用机制及炎症驱动的心律失常疾病建模 | 人类心脏-巨噬细胞组装体模型 | 疾病建模 | 心血管疾病 | 单细胞转录组学、活体成像、蛋白质组学 | 组装体模型 | 转录组数据、图像数据、蛋白质数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 62 | 2025-11-16 |
Distinct Tumor-Associated Macrophage Signatures Shape the Immune Microenvironment and Patient Prognosis in Renal Cell Carcinoma
2025-Nov-06, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells14211740
PMID:41227385
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序数据开发了肾细胞癌中肿瘤相关巨噬细胞特征,并建立了预后风险模型 | 首次在肾细胞癌中系统性地定义了8种不同的肿瘤相关巨噬细胞特征,并建立了27基因风险预测模型 | 研究基于回顾性数据,需要前瞻性研究验证模型的临床适用性 | 探讨肿瘤相关巨噬细胞特征对肾细胞癌免疫微环境和患者预后的影响 | 肾细胞癌患者及其肿瘤微环境中的肿瘤相关巨噬细胞 | 生物信息学 | 肾细胞癌 | 单细胞RNA测序 | LASSO Cox回归模型 | 基因表达数据 | 多个独立肾细胞癌队列数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 63 | 2025-11-16 |
scCausalVI disentangles single-cell perturbation responses with causality-aware generative model
2025-Nov-05, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2025.101443
PMID:41197632
|
研究论文 | 提出了一种因果感知生成模型scCausalVI,用于解耦单细胞RNA测序数据中的内在细胞状态和外部刺激效应 | 通过深度结构因果网络显式建模细胞状态特异性对外部扰动的响应机制,整合结构因果建模与跨条件计算机预测 | NA | 区分单细胞数据中固有细胞变异与外部刺激诱导的外在效应 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | 生成模型, 深度结构因果网络 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 64 | 2025-11-16 |
Integrated Multi-Omics Analysis Uncovers Immune-Metabolic Interplay in Hepatocellular Carcinoma Tumor Microenvironment
2025-Nov-03, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers17213565
PMID:41228357
|
研究论文 | 通过整合多组学分析揭示肝细胞癌肿瘤微环境中免疫与代谢的相互作用 | 首次结合多组学数据(基因表达、甲基化、单细胞RNA测序)系统解析HCC肿瘤微环境中免疫代谢互作机制 | 样本量有限(60例患者),需更大队列验证 | 解析肝细胞癌肿瘤微环境的免疫代谢特征及其临床意义 | 60例肝细胞癌患者的肿瘤样本 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | 多组学整合分析, 单细胞RNA测序, DNA甲基化分析 | NA | 基因表达数据, 甲基化数据, 单细胞转录组数据 | 60例肝细胞癌患者肿瘤样本 | NA | 单细胞RNA测序, 多组学分析 | NA | NA |
| 65 | 2025-11-16 |
Single-cell RNA sequencing revealed the role of the Th17 pathway in the development of anti- human leukocyte antigen antibodies in a highly sensitized mouse model
2025-Nov, Kidney research and clinical practice
IF:2.9Q1
DOI:10.23876/j.krcp.23.317
PMID:38934039
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析揭示了Th17通路在高度致敏小鼠模型中抗人类白细胞抗原抗体发展中的作用 | 首次结合单细胞RNA测序技术和HLA转基因小鼠模型,系统揭示了Th17细胞及其细胞因子IL-17在HLA致敏过程中的关键作用 | 研究仅使用小鼠模型,结果向人类临床应用的转化需要进一步验证 | 探究人类白细胞抗原致敏过程中的特异性信号通路 | HLA.A2转基因小鼠和野生型C57BL/6小鼠的脾细胞 | 单细胞组学 | 免疫排斥反应 | 单细胞RNA测序,流式细胞术 | NA | 单细胞转录组数据 | ALLO组9,190个细胞,SYN组8,890个细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 66 | 2025-11-16 |
Mechanical confinement governs phenotypic plasticity in melanoma
2025-Nov, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-025-09445-6
PMID:40866703
|
研究论文 | 本研究揭示了机械限制通过染色质重塑介导黑色素瘤表型可塑性转换的机制 | 首次证明机械限制通过HMGB2蛋白与染色质相互作用时间延长来驱动表型转换 | 研究主要基于斑马鱼模型,人类样本验证相对有限 | 探究黑色素瘤细胞表型可塑性的外部触发机制 | 黑色素瘤细胞(斑马鱼模型和人类样本) | 细胞生物学 | 黑色素瘤 | 空间转录组学,单细胞转录组学,定量建模 | 斑马鱼模型 | 转录组数据,形态学数据 | 斑马鱼模型和人类肿瘤样本 | NA | 空间转录组学,单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 67 | 2025-11-16 |
Single-cell transcriptomic atlas of human retina from Chinese donors reveals population-specific cellular diversity
2025-Nov, Experimental eye research
IF:3.0Q1
DOI:10.1016/j.exer.2025.110623
PMID:40914339
|
研究论文 | 构建了首个来自中国供体的人类视网膜单细胞转录组图谱,揭示了种群特异性细胞多样性 | 首次针对中国人群构建全面的人类视网膜单细胞转录组图谱,填补了亚洲人群视网膜转录组数据的空白 | 样本量相对有限(18个视网膜标本),仅代表中国人群特征 | 揭示中国人群视网膜细胞多样性及种群特异性生物学特征 | 人类视网膜组织 | 单细胞转录组学 | 眼科疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 约290,000个活细胞,来自18个新鲜视网膜标本(包括活体供体和死后标本) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 高通量单细胞RNA测序 |
| 68 | 2025-11-16 |
Brain tumors induce widespread disruption of calvarial bone and alteration of skull marrow immune landscape
2025-Nov, Nature neuroscience
IF:21.2Q1
DOI:10.1038/s41593-025-02064-4
PMID:41044343
|
研究论文 | 本研究揭示了胶质母细胞瘤如何导致颅骨骨异常并改变颅骨骨髓免疫景观 | 首次发现脑肿瘤会诱导颅骨骨异常并改变颅骨骨髓免疫环境,揭示了骨吸收抑制对肿瘤进展和免疫治疗效果的复杂影响 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证有限;骨吸收抑制治疗在不同肿瘤亚型中效果存在差异 | 探究脑肿瘤对颅骨骨结构和骨髓免疫环境的影响机制 | 胶质母细胞瘤小鼠模型和胶质母细胞瘤患者 | 癌症生物学 | 脑肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 69 | 2025-11-16 |
Integrating multi-modal omics to identify therapeutic atherosclerosis pathways for coronary heart disease
2025-Nov, EBioMedicine
IF:9.7Q1
DOI:10.1016/j.ebiom.2025.105966
PMID:41101252
|
研究论文 | 通过整合尿液代谢产物、血浆蛋白、动脉粥样斑块组织和单细胞表达数据,识别冠状动脉心脏病的可靶向代谢通路 | 首次将多组学数据(尿液代谢产物、血浆蛋白、斑块组织、单细胞表达)整合用于识别冠状动脉心脏病的治疗靶点 | 研究主要基于欧洲人群数据,可能限制结果的普适性 | 识别冠状动脉心脏病的可靶向代谢通路和潜在治疗靶点 | 冠状动脉心脏病患者及相关生物样本 | 生物信息学 | 冠状动脉心脏病 | 孟德尔随机化, 单细胞RNA测序, 全基因组关联分析 | NA | 基因组数据, 蛋白质组数据, 代谢组数据, 单细胞表达数据 | 181,522例冠状动脉心脏病病例,954种尿液代谢产物,1,562种独特蛋白质 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 70 | 2025-11-16 |
The cell as a token: high-dimensional geometry in language models and cell embeddings
2025-Nov-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf595
PMID:41165609
|
综述 | 探讨自然语言嵌入结构理解如何为单细胞数据集分析提供启示 | 将细胞视为语言模型中的token,探索高维几何在语言模型和细胞嵌入中的相似性 | NA | 分析单细胞数据集并构建虚拟细胞模型 | 单细胞测序数据和自然语言处理模型 | 自然语言处理, 单细胞分析 | NA | 单细胞测序 | 基础模型, 语言模型 | 单细胞数据, 文本数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 71 | 2025-11-16 |
Effect of the mitophagy inducer urolithin A on age-related immune decline: a randomized, placebo-controlled trial
2025-Nov, Nature aging
IF:17.0Q1
DOI:10.1038/s43587-025-00996-x
PMID:41174221
|
研究论文 | 一项随机双盲安慰剂对照试验,研究线粒体自噬诱导剂尿石素A对中年健康成年人免疫系统的影响 | 首次在人体临床试验中证明尿石素A能够通过调节线粒体功能和代谢重塑改善年龄相关的免疫衰退 | 样本量较小(50人),干预时间较短(4周),研究对象仅限于健康中年人群 | 评估尿石素A对年龄相关免疫衰退的改善作用 | 50名健康中年成年人 | 免疫学 | 老年性疾病 | 流式细胞术,单细胞RNA测序,代谢分析 | 随机对照试验 | 临床数据,分子数据,细胞表型数据 | 50名健康中年成年人 | NA | 单细胞RNA测序,流式细胞术 | NA | NA |
| 72 | 2025-11-16 |
Pancreatic hypersecretion of amyloid-forming human amylin dysregulates the neuro-immune axis and B cell development in a model of type-2 diabetes
2025-Nov, Neurobiology of disease
IF:5.1Q1
DOI:10.1016/j.nbd.2025.107153
PMID:41135632
|
研究论文 | 本研究探讨2型糖尿病中胰腺人胰淀素过度分泌如何通过CXCL12/CXCR4信号轴导致外周和神经免疫失调及B细胞发育缺陷 | 首次揭示胰腺人胰淀素沉积通过调控CXCL12/CXCR4信号轴导致B细胞发育缺陷和神经免疫失调的新机制 | 动物模型与人类疾病存在差异,慢性暴露效应的具体机制仍需进一步验证 | 阐明2型糖尿病中胰腺人胰淀素过度分泌对免疫系统和神经系统的影响机制 | 转基因大鼠和小鼠模型、野生型大鼠、2型糖尿病患者单细胞测序数据 | 免疫学 | 2型糖尿病 | 单细胞测序 | 转基因动物模型 | 基因表达数据、免疫细胞计数数据 | 转基因大鼠和小鼠、野生型大鼠、2型糖尿病患者单细胞数据 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 73 | 2025-11-16 |
Spatiotemporal dynamics of the cardioimmune niche during lesion repair
2025-Nov, Nature cardiovascular research
IF:9.4Q1
DOI:10.1038/s44161-025-00739-6
PMID:41184578
|
研究论文 | 通过整合单细胞RNA测序和高分辨率空间转录组学,重建小鼠心脏损伤后纤维化微环境的时空动态 | 首次揭示Trem2巨噬细胞通过沉默成纤维细胞增殖来防止过度纤维化的复杂多细胞网络,并发现损伤后罕见的祖细胞样心肌细胞群 | 研究仅限于小鼠模型,人类心脏组织的验证仍需进一步研究 | 理解心脏伤口愈合过程中的细胞和分子过程,以改善心肌组织损伤后的心脏功能 | 成年小鼠心脏组织、人类心脏组织 | 空间转录组学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 基因表达数据, 空间定位数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 74 | 2025-11-16 |
Decoding heart failure subtypes with neural networks via differential explanation analysis
2025-Nov-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf581
PMID:41222558
|
研究论文 | 提出一种基于神经网络和可解释AI的新方法,用于识别心力衰竭亚型特异性基因 | 开发了基于重要性评分的差异解释基因(DXGs)识别方法,能更有效识别心力衰竭亚型特异性通路 | 未提及具体样本量和数据来源限制 | 解码心力衰竭亚型并识别差异调控基因 | 心力衰竭患者的单细胞转录组数据 | 机器学习 | 心血管疾病 | 单细胞转录组测序 | 深度神经网络 | 单细胞基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 75 | 2025-11-16 |
CoCo-ST detects global and local biological structures in spatial transcriptomics datasets
2025-Nov, Nature cell biology
IF:17.3Q1
DOI:10.1038/s41556-025-01781-z
PMID:41083603
|
研究论文 | 介绍了一种名为CoCo-ST的空间转录组学分析方法,能够检测全局和局部生物结构 | 通过图对比特征表示框架,同时检测高方差和低方差的空间结构,解决了传统方法忽略低方差结构的问题 | NA | 开发能够检测空间转录组数据中高方差和低方差生物结构的分析方法 | 小鼠肺前癌样本 | 空间转录组学 | 肺癌 | 空间转录组学分析 | 图对比学习框架 | 空间转录组数据 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学 | Visium, Xenium Prime 5K, Visium HD | spot-level Visium数据, 单细胞Xenium Prime 5K数据, 亚细胞Visium HD数据 |
| 76 | 2025-11-16 |
Integration of Transcriptome Profiling and Single-Cell Sequencing Analysis to Establish a CD8+ T Cell-Related Prognostic Model for Patients With NSCLC: From Assessment to Therapy
2025-Nov, Cancer medicine
IF:2.9Q2
DOI:10.1002/cam4.71337
PMID:41223031
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研究论文 | 本研究通过整合转录组分析和单细胞测序技术,构建了一个基于CD8+ T细胞的非小细胞肺癌预后模型 | 首次结合转录组分析和单细胞测序技术构建CD8+ T细胞相关预后模型,并开发了临床预后列线图 | 研究基于三个公开数据集,需要进一步的前瞻性临床验证 | 开发CD8+ T细胞相关预后模型,改善NSCLC患者的预后评估和免疫治疗决策 | 非小细胞肺癌患者 | 生物信息学 | 肺癌 | 单细胞测序, 转录组分析, WGCNA, LASSO回归, Cox回归分析 | 风险预测模型, 预后列线图 | 基因表达数据, 单细胞测序数据, 临床数据 | 三个数据集(TCGA-NSCLC, GSE183219, GSE42127) | NA | 单细胞RNA测序, 转录组分析 | NA | NA |
| 77 | 2025-11-16 |
SpaMWGDA: Identifying spatial domains of spatial transcriptomes using multi-view weighted fusion graph convolutional network and data augmentation
2025-Nov, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1013667
PMID:41223185
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研究论文 | 提出一种基于多视图加权融合图卷积网络和数据增强的空间转录组空间域识别方法 | 使用多视图加权融合图卷积网络自适应整合空间信息和基因特征,结合数据增强和对比学习提取关键基因表达 | NA | 提高空间转录组数据中空间域识别的准确性和效率 | 空间转录组数据中的细胞空间域 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组技术 | 图卷积网络(GCN), 多视图学习, 对比学习 | 基因表达数据, 空间位置数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 78 | 2025-11-16 |
Identification of Disulfidptosis-Associated Hub Genes in Psoriasis via Integrated Transcriptomic and Experimental Validation Approaches
2025-Nov, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.70945
PMID:41224720
|
研究论文 | 通过整合转录组学和实验验证方法鉴定银屑病中与二硫化物死亡相关的枢纽基因 | 首次将新发现的细胞死亡方式——二硫化物死亡与银屑病发病机制联系起来,并识别出关键枢纽基因 | 研究主要基于生物信息学分析,实验验证仅限于小鼠模型,需要更多临床样本验证 | 探索二硫化物死亡在银屑病发病机制中的作用并识别相关生物标志物 | 银屑病患者皮肤组织样本和咪喹莫特诱导的银屑病样小鼠模型 | 生物信息学 | 银屑病 | RNA测序, 单细胞RNA测序, Western blotting | LASSO回归, 随机森林, WGCNA | 转录组数据, 单细胞RNA测序数据 | 多个数据集(GSE106992, GSE11239, GSE162183)和小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |
| 79 | 2025-11-16 |
Determining a Stability Prognostic Panel for 636 Patients With Melanoma Using a Machine Learning Computational Framework
2025-Nov, Experimental dermatology
IF:3.5Q1
DOI:10.1111/exd.70174
PMID:41229385
|
研究论文 | 本研究开发了一种基于机器学习的14基因预后特征模型,用于黑色素瘤患者的精准预后评估 | 首次系统整合101种机器学习算法开发共识预后特征,并在多个独立队列中验证其优于现有19种预后模型 | 研究样本量相对有限,且主要基于公共数据库数据 | 建立黑色素瘤精准预后评估框架并识别关键生物标志物 | 636例黑色素瘤患者的基因表达数据 | 机器学习 | 黑色素瘤 | RNA-seq, scRNA-seq | LASSO, RSF | 基因表达数据 | 636例黑色素瘤患者 | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 80 | 2025-11-16 |
Three-dimensional cell spheroid technology: Recent advances and emerging strategies in cartilage regeneration
2025-Nov, Acta biomaterialia
IF:9.4Q1
DOI:10.1016/j.actbio.2025.10.001
PMID:41046113
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综述 | 本文综述了三维细胞球体技术在软骨再生领域的最新进展、工程策略及临床应用 | 整合智能生物材料和机器学习技术推动个性化与标准化的3D细胞球体生物制造 | 细胞球体长期稳定性有限、大规模生产困难以及体内植入后的免疫排斥问题 | 探讨3D细胞球体技术在软骨再生医学中的转化潜力 | 软骨损伤修复、骨关节炎模型构建和软骨疾病治疗筛选平台 | 组织工程与再生医学 | 骨关节炎 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | 机器学习(ML) | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |