单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
61	2025-05-12	E3 ubiquitin ligase RNF128 promotes Lys63-linked polyubiquitination on SRB1 in macrophages and aggravates atherosclerosis 2025-Mar-04, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-57404-6 PMID:40038329	research paper	该研究揭示了E3泛素连接酶RNF128通过促进SRB1的Lys63-linked多泛素化，加剧巨噬细胞泡沫细胞形成和动脉粥样硬化	首次发现RNF128在巨噬细胞中的特异性表达及其通过SRB1的Lys63-linked多泛素化调控泡沫细胞形成的新机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类样本中验证	探究RNF128在动脉粥样硬化中的作用机制	巨噬细胞和动脉粥样硬化小鼠模型	心血管疾病	动脉粥样硬化	单细胞RNA测序	ApoE和LDLR缺陷小鼠模型	RNA测序数据	NA
62	2025-05-12	Investigation of cell development and tissue structure network based on natural Language processing of scRNA-seq data 2025-Mar-04, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06263-2 PMID:40038714	研究论文	提出了一种基于自然语言处理（NLP）的单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据分析方法，用于研究细胞发育和组织结构网络	将基因类比为单词，利用word2vec方法生成基因、细胞和组织的向量表示，从而进行多尺度分析	未提及该方法在复杂疾病或大规模数据集上的验证效果	研究细胞命运决定、分化过程、细胞发育及疾病机制	单细胞RNA测序数据	自然语言处理	NA	scRNA-seq	word2vec	基因表达数据	未明确提及样本数量
63	2025-05-12	Single-cell lineage tracing techniques in hematology: unraveling the cellular narrative 2025-Mar-04, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06318-4 PMID:40038725	review	本文综述了单细胞谱系追踪技术在血液学中的应用及其优势	重点介绍了Integration barcodes、CRISPR barcoding和碱基编辑器等新兴单细胞谱系追踪技术的优越性	未提及具体的技术限制或应用中的挑战	探索单细胞谱系追踪技术在血液学系统中的应用潜力	血液系统中的造血干细胞和恶性肿瘤细胞	生物医学	血液系统疾病	单细胞测序技术、Integration barcodes、CRISPR barcoding、碱基编辑器	NA	单细胞数据	NA
64	2025-05-12	Histidine metabolism drives liver cancer progression via immune microenvironment modulation through metabolic reprogramming 2025-Mar-04, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06267-y PMID:40038727	研究论文	本研究探讨了组氨酸代谢在肝细胞癌（HCC）进展中的作用，特别是通过代谢重编程和免疫微环境调节的机制	揭示了组氨酸代谢如何通过调节免疫微环境促进肝癌进展，并鉴定出关键基因BUD23作为预后标志物	具体机制仍需进一步研究，且样本来源可能限制了结果的普适性	探究组氨酸代谢在肝细胞癌中的作用及其对免疫微环境的影响	肝细胞癌（HCC）样本中的组氨酸代谢相关基因表达模式	肿瘤生物学	肝癌	单细胞RNA测序，TCGA数据库分析，体内外共培养实验	多变量Cox回归预后模型	RNA测序数据，临床数据	未明确提及具体样本数量，但使用了TCGA数据库和HCC样本
65	2025-05-12	Benchmarking single-cell cross-omics imputation methods for surface protein expression 2025-Mar-04, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03514-9 PMID:40038818	research paper	该研究对12种最先进的单细胞跨组学表面蛋白表达插补方法进行了全面基准测试	首次在11个数据集和6种场景下对多种插补方法进行综合性能评估	研究结果可能受限于所选数据集和评估场景的代表性	评估单细胞RNA测序数据预测表面蛋白丰度的插补方法性能	12种表面蛋白数据插补方法	单细胞组学	NA	CITE-seq, REAP-seq, scRNA-seq	多种插补方法(包括Seurat v3/v4 PCA)	单细胞转录组和表面蛋白组数据	11个单细胞数据集
66	2025-05-12	Apolipoprotein E is a marker of all chondrocytes in the growth plate resting zone 2025-Mar-03, Bone research IF:14.3Q1 DOI:10.1038/s41413-025-00407-2 PMID:40025030	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和荧光原位杂交技术，发现载脂蛋白E（Apoe）是小鼠和人类生长板静息区软骨细胞的全面标记物	首次发现Apoe作为生长板静息区软骨细胞的全面标记物，解决了该领域缺乏全面标记物的问题	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证相对有限	寻找生长板静息区软骨细胞的全面标记物	小鼠和人类生长板静息区软骨细胞	细胞生物学	骨骼发育疾病	单细胞RNA测序（scRNAseq）、荧光原位杂交（FISH）	Apoe敲入小鼠模型	基因表达数据、图像数据	小鼠生长板软骨细胞、人类生长板样本
67	2025-05-12	Multimodal single-cell analyses reveal molecular markers of neuronal senescence in human drug-resistant epilepsy 2025-Mar-03, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI188942 PMID:40026248	研究论文	通过多模态单细胞分析揭示了人类耐药性癫痫中神经元衰老的分子标记	整合全细胞膜片钳记录和单细胞RNA-seq方法，识别了转录独特的皮层锥体神经元亚群，并发现了与mTOR通路、炎症反应和细胞衰老相关的基因表达	研究主要聚焦于皮层锥体神经元，可能忽略了其他神经元类型或脑区的贡献	探究耐药性癫痫中神经元的基因表达变化及其分子机制	耐药性癫痫患者的脑组织及小鼠模型中的神经元	神经科学	耐药性癫痫	全细胞膜片钳记录、单细胞RNA-seq	NA	基因表达数据、电生理数据	耐药性癫痫患者脑组织及小鼠模型中的神经元样本
68	2025-05-12	Identification of intratumoral microbiome-driven immune modulation and therapeutic implications in diffuse large B-cell lymphoma 2025-Mar-03, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-025-03972-x PMID:40029433	研究论文	本研究通过分析弥漫大B细胞淋巴瘤(DLBCL)患者肿瘤内微生物组数据，识别了与预后相关的微生物组亚型，并探讨了其对免疫浸润和治疗的潜在影响	首次在DLBCL中建立了肿瘤内微生物组与免疫微环境调控的直接联系，发现了9个微生物组驱动的B细胞分化关键基因	样本量较小(48例)，且为回顾性研究，需要更大规模的前瞻性研究验证	探索肿瘤内微生物组对DLBCL免疫微环境调控及临床预后的影响	48例DLBCL患者的转录组和微生物组数据	数字病理学	弥漫大B细胞淋巴瘤	转录组测序，单细胞RNA测序，微生物组分析	共识聚类(consensus clustering)	基因表达数据，微生物组数据	48例DLBCL患者样本
69	2025-05-12	Blood TCTP as a potential biomarker associated with immunosuppressive features and poor clinical outcomes in metastatic gastric cancer 2025-Mar-03, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-010455 PMID:40032602	research paper	探讨血浆翻译控制肿瘤蛋白（TCTP）在晚期胃癌患者中的预后和免疫学意义	首次将血浆TCTP作为与免疫抑制特征和不良临床结果相关的潜在生物标志物进行研究	研究样本量有限，且仅针对特定治疗方案的胃癌患者	探索血浆TCTP在胃癌患者中的预后和免疫学相关性	晚期胃癌患者	肿瘤免疫学	胃癌	ELISA, 多重蛋白质组学分析（Olink）, 单细胞RNA测序（scRNA-seq）, 空间转录组学	NA	血浆样本, 蛋白质表达数据, RNA测序数据	308名胃癌患者（143名接受一线化疗，165名接受三线nivolumab治疗）
70	2025-05-12	Cellular interactions within the immune microenvironment underpins resistance to cell cycle inhibition in breast cancers 2025-Mar-03, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-56279-x PMID:40032842	研究论文	研究乳腺癌中免疫微环境细胞间的相互作用如何导致对细胞周期抑制剂的耐药性	揭示了在治疗过程中，癌细胞通过上调细胞因子和生长因子刺激免疫抑制性髓系分化，从而减少髓系细胞与CD8+T细胞间的IL-15/18信号传导，导致T细胞活化和招募减少的机制	研究样本仅限于II期和III期高风险ER+乳腺癌患者，可能不适用于其他类型乳腺癌或癌症	探究乳腺癌对CDK4/6抑制剂产生耐药性的免疫微环境机制	II期和III期高风险雌激素受体阳性(ER+)乳腺癌患者	肿瘤免疫学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	纵向收集的II期和III期高风险ER+乳腺癌患者样本
71	2025-05-12	The Hydractinia cell atlas reveals cellular and molecular principles of cnidarian coloniality 2025-Mar-03, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-57168-z PMID:40032860	研究论文	该研究通过单细胞转录组学分析了约20万个Hydractinia细胞，揭示了刺胞动物群体性的细胞和分子机制	发现了与生物矿化和几丁质合成相关的新型匍匐茎特异性细胞类型，以及介导自我/非自我识别的新细胞类型	研究仅针对Hydractinia symbiolongicarpus这一特定物种，结论在其他群体性生物中的普适性有待验证	探究刺胞动物群体性结构的细胞和分子基础	Hydractinia symbiolongicarpus的匍匐茎和两种水螅体类型	单细胞转录组学	NA	单细胞转录组测序	NA	单细胞RNA测序数据	约200,000个Hydractinia细胞
72	2025-05-12	The role of senescence-related genes in major depressive disorder: insights from machine learning and single cell analysis 2025-Mar-03, BMC psychiatry IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12888-025-06542-8 PMID:40033248	研究论文	本研究探讨了衰老相关基因（SRGs）在重度抑郁症（MDD）中的作用，通过机器学习和单细胞分析揭示了SRGs与MDD的关系	首次使用机器学习和单细胞RNA测序技术分析SRGs在MDD中的作用，并发现Notch信号通路在介导衰老效应中的重要性	样本量相对较小，仅来自GEO数据库，可能影响结果的普遍性	探讨衰老相关基因与重度抑郁症的关系	144例MDD患者和72例健康对照	机器学习	重度抑郁症	单细胞RNA测序，WGCNA	Random Forest (RF), Support Vector Machine-Recursive Feature Elimination (SVM-RFE), 逻辑回归模型	基因表达数据	216例（144例MDD患者和72例健康对照）
73	2025-05-12	Integrated transcriptomic profiling reveals a STING-mediated Type II Interferon signature in SOD1-mutant amyotrophic lateral sclerosis models 2025-Mar-02, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-07790-w PMID:40025162	研究论文	通过整合转录组学分析，揭示了SOD1突变型肌萎缩侧索硬化症（ALS）模型中STING介导的II型干扰素特征	发现了ALS模型和患者中保守的干扰素刺激基因（ISGs）特征，并确定了STING-TBK1轴在II型ISGs诱导中的关键作用	研究主要基于小鼠模型和有限的人类样本，可能无法完全反映人类ALS的复杂性	探究ALS中炎症反应的分子机制，特别是干扰素信号通路的作用	SOD1突变型ALS小鼠模型、人类诱导多能干细胞（hiPSCs）和ALS患者死后脊髓组织	分子生物学	肌萎缩侧索硬化症	整合转录组学分析、单细胞转录组学	小鼠模型、hiPSCs模型	基因表达数据	未明确说明具体样本数量，包括小鼠模型、hiPSCs和人类ALS患者组织样本
74	2025-05-12	Comprehensive biomarker profiles in hematological malignancies: improving diagnosis, prognosis, and treatment 2025-Mar, Biomarkers in medicine IF:1.9Q3 DOI:10.1080/17520363.2025.2471745 PMID:40015744	review	本文综述了血液系统恶性肿瘤中生物标志物的最新进展及其在诊断、预后和治疗中的应用	介绍了新兴生物标志物如PCR、NGS、质谱和单细胞RNA测序技术在血液系统恶性肿瘤中的应用，提高了诊断准确性和治疗效果	未提及具体研究样本量或实验数据，主要基于文献综述	提供血液系统恶性肿瘤中生物标志物的全面概述，探讨其诊断和治疗应用及未来发展方向	血液系统恶性肿瘤及其相关生物标志物	digital pathology	hematological malignancies	PCR, NGS, mass spectrometry, single-cell RNA sequencing	NA	molecular data	NA
75	2025-05-12	Data-Driven Molecular Typing: A New Frontier in Esophageal Cancer Management 2025-Mar, Cancer medicine IF:2.9Q2 DOI:10.1002/cam4.70730 PMID:40018789	review	本文系统综述了基于大数据的食管鳞状细胞癌分子分型现状，总结了具有不同治疗反应和预后结果的独特亚型	整合多组学数据识别食管鳞状细胞癌的分子亚型，为个性化治疗提供新的生物标志物和治疗靶点	未提及具体样本量或数据集的局限性	探讨食管鳞状细胞癌的分子分型及其在治疗策略中的应用	食管鳞状细胞癌（ESCC）	digital pathology	esophageal cancer	multi-omics integration (genomic, transcriptomics, proteomics, metabolomics, single-cell sequencing)	NA	multi-omics data	NA
76	2025-05-12	The role and mechanism of JAK2 inhibitor in endothelial mesenchymal transition in systemic sclerosis 2025-Mar, Journal of dermatological science IF:3.8Q1 DOI:10.1016/j.jdermsci.2025.02.001 PMID:40023747	研究论文	本文研究了JAK2抑制剂在系统性硬化症（SSc）中内皮间质转化（EndoMT）的作用及机制	首次探讨了JAK2抑制剂对SSc皮肤中EndoMT的潜在治疗效果及其分子机制	研究主要基于小鼠模型和体外培养的HUVECs，尚未在人体临床试验中验证	研究JAK2抑制剂对SSc皮肤EndoMT的影响并阐明相关分子机制	野生型雌性C57BL/6小鼠和人脐静脉内皮细胞（HUVECs）	分子生物学	系统性硬化症	H&E染色、Masson染色、免疫荧光、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、定量RT-PCR、RNA测序、Western blot	小鼠模型	分子生物学数据、细胞学数据	未明确说明具体样本数量，使用了多组野生型雌性C57BL/6小鼠和培养的HUVECs
77	2025-05-12	Glomerular CD68+ macrophages infiltration at initial biopsy predicts response to standard immunosuppression in proliferative lupus nephritis: CD68+ Mø predicts LN treatment response 2025-Mar, Journal of autoimmunity IF:7.9Q1 DOI:10.1016/j.jaut.2025.103392 PMID:40024206	研究论文	本研究探讨了初始活检中肾小球CD68+巨噬细胞浸润对增殖性狼疮性肾炎标准免疫抑制治疗反应的预测作用	首次发现肾小球CD68+巨噬细胞浸润程度可预测治疗反应，并开发了结合临床参数的智能预测模型	样本量相对有限，且需要在更大人群中验证模型的普适性	建立预测增殖性狼疮性肾炎对标准免疫抑制治疗反应的模型	247例新诊断的增殖性狼疮性肾炎患者	数字病理学	狼疮性肾炎	单细胞RNA测序和免疫染色分析	机器学习算法	组织图像和临床数据	247例患者（分为推导队列和验证队列），其中10例进行了重复活检
78	2025-05-12	Single-cell transcriptome sequencing reveals the immune microenvironment in bronchoalveolar lavage fluid of checkpoint inhibitor-related pneumonitis 2025-Mar-01, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-025-03983-8 PMID:40024929	研究论文	通过单细胞转录组测序技术，揭示了检查点抑制剂相关肺炎（CIP）患者支气管肺泡灌洗液中的免疫微环境	首次在严重CIP患者中发现了一类未报道的上皮细胞——异常基底样细胞，并揭示了其通过SOX9上调及CXCL3/5-CXCR2通路招募和激活中性粒细胞的机制	样本量较小（仅11例患者），且未探讨其他潜在免疫细胞亚群或分子机制对CIP进展的影响	阐明不同严重程度CIP的细胞和分子水平免疫微环境特征及发病机制	检查点抑制剂相关肺炎（CIP）患者的支气管肺泡灌洗液（BALF）	数字病理	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	11例CIP患者的121,409个高质量细胞
79	2025-05-12	Dissecting tumor cell programs through group biology estimation in clinical single-cell transcriptomics 2025-Mar-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-57377-6 PMID:40025015	研究论文	介绍了一种名为BEANIE的非参数统计方法，用于临床相关组间基因特征的差异表达分析	BEANIE方法解决了现有方法在临床单细胞RNA测序数据分析中产生大量假阳性、无法充分代表患者特异性层次结构或未考虑样本驱动混杂因素的问题	未明确提及方法在更广泛癌症类型或更大规模数据集中的适用性	开发一种更稳健的差异表达分析方法，用于临床癌症单细胞RNA测序研究	乳腺癌、肺癌和黑色素瘤的临床单细胞RNA测序数据	生物信息学	乳腺癌、肺癌、黑色素瘤	单细胞RNA测序	非参数统计方法(BEANIE)	基因表达数据	模拟和真实临床数据集（具体数量未提及）
80	2025-05-12	Chenodeoxycholic acid modulates cholestatic niche through FXR/Myc/P-selectin axis in liver endothelial cells 2025-Mar-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-57351-2 PMID:40025016	研究论文	本研究探讨了鹅去氧胆酸（CDCA）通过FXR/Myc/P-selectin轴在肝内皮细胞中调节胆汁淤积微环境的作用	揭示了肝内皮细胞在胆汁淤积性肝损伤中的关键作用，并提出了CDCA/FXR/Myc/P-selectin轴作为潜在治疗靶点	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	探究胆汁淤积性肝病的发病机制及潜在治疗策略	肝内皮细胞和胆汁淤积性肝损伤	肝脏病理学	胆汁淤积性肝病	单细胞RNA测序	小鼠胆汁淤积模型（胆管结扎模型）	RNA测序数据	多种小鼠肝损伤模型及胆汁淤积患者肝组织样本