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当前共找到 32070 篇文献，本页显示第 61 - 80 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 61 | 2025-11-03 |
Spatia: Multimodal Model for Prediction and Generation of Spatial Cell Phenotypes
2025-Jul-07, ArXiv
PMID:40671942
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研究论文 | 开发了一个多尺度生成和预测模型Spatia，用于整合细胞形态、基因表达和空间背景信息 | 首个能够融合细胞形态、基因表达和空间背景的统一表示模型，并具备生成高分辨率细胞图像的能力 | 未明确说明模型在特定疾病类型或组织类型上的泛化能力限制 | 学习统一的空间感知表示，整合细胞形态、基因表达和空间背景信息 | 空间转录组学数据中的细胞、生态位和组织 | 数字病理学 | 多种疾病 | 空间转录组学 | Transformer, 扩散模型, 交叉注意力 | 图像, 基因表达数据 | 1700万细胞-基因对，100万生态位-基因对，1万组织-基因对，来自49名供体，17种组织类型，12种疾病状态 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 62 | 2025-11-03 |
Spatial Transcriptomics of Intraductal Papillary Mucinous Neoplasms Reveals Divergent Indolent and Malignant States
2025-May-01, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-1529
PMID:39969959
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研究论文 | 通过空间转录组学分析胰腺导管内乳头状黏液性肿瘤，揭示惰性和恶性状态的不同转录组特征 | 首次使用数字空间RNA分析技术识别IPMN中三种不同的上皮转录组状态，并发现这些状态与PDAC分子亚型的关联 | 样本量较小（仅10个IPMN标本），需要在更大队列中验证 | 开发准确预测IPMN恶性风险的方法，改善风险分层 | 胰腺导管内乳头状黏液性肿瘤（IPMN）患者组织标本 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 数字空间RNA分析（DSP-RNA），全转录组分析 | NA | 空间转录组数据，基因表达数据 | 10个IPMN标本，涵盖从正常导管到癌症的各级异型增生 | NA | 空间转录组学 | NA | 数字空间RNA分析（DSP-RNA） |
| 63 | 2025-11-03 |
CHOIR improves significance-based detection of cell types and states from single-cell data
2025-May, Nature genetics
IF:31.7Q1
DOI:10.1038/s41588-025-02148-8
PMID:40195561
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研究论文 | 提出CHOIR方法通过随机森林分类器和置换测试优化单细胞数据聚类，提高细胞类型和状态检测的统计显著性 | 首次将随机森林分类器和置换测试框架应用于层次聚类树，统计确定代表不同细胞群体的聚类 | NA | 解决单细胞数据聚类中过聚类或欠聚类的问题，提高细胞类型识别的有效性 | 单细胞RNA测序、ATAC测序、空间转录组和多组学数据集 | 单细胞分析 | NA | 单细胞RNA测序, ATAC测序, 空间转录组学, 多组学 | 随机森林, 层次聚类 | 单细胞数据 | 230个模拟数据集和5个真实数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, 空间转录组学, 单细胞多组学 | NA | NA |
| 64 | 2025-11-03 |
Immune checkpoint TIM-3 regulates microglia and Alzheimer's disease
2025-May, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-025-08852-z
PMID:40205047
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研究论文 | 本研究揭示了免疫检查点TIM-3通过TGFβ信号通路调控小胶质细胞稳态及其在阿尔茨海默病中的作用机制 | 首次发现TIM-3通过其羧基末端尾与SMAD2和TGFBR2相互作用，增强TGFβ信号通路并维持小胶质细胞稳态 | 研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性需进一步验证 | 探究TIM-3在小胶质细胞中的具体功能及其在阿尔茨海默病发病机制中的作用 | 小鼠小胶质细胞和5×FAD转基因阿尔茨海默病小鼠模型 | 神经科学 | 阿尔茨海默病 | 单核RNA测序，单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠模型 | NA | 单核RNA测序，单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 65 | 2025-11-03 |
Integrated single-cell and bulk RNA sequencing analysis reveals ACACA as a potential prognostic and immunotherapeutic biomarker across cancers
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1599223
PMID:41169354
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研究论文 | 通过整合单细胞和bulk RNA测序分析，揭示ACACA作为跨癌种潜在预后和免疫治疗生物标志物 | 首次在多癌种水平系统研究ACACA的表达模式及其与免疫微环境的关联 | 研究主要基于公共数据库数据，实验验证仅限于肺癌和肉瘤细胞 | 探索ACACA在癌症中的多组学特征和免疫学意义 | 多种癌症类型（重点关注肺癌和肉瘤） | 生物信息学 | 多癌种（重点关注肺癌和肉瘤） | 单细胞RNA测序,bulk RNA测序,转录组学,蛋白质组学 | NA | 基因表达数据,蛋白质表达数据,临床数据 | TCGA、CPTAC、HPA和GEO数据库中的多癌种样本 | NA | 单细胞RNA测序,bulk RNA测序 | NA | NA |
| 66 | 2025-11-03 |
ADAM8 in macrophages exacerbates sepsis-induced cardiomyopathy by impeding efferocytosis
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1654688
PMID:41169382
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研究论文 | 本研究揭示了ADAM8在巨噬细胞中通过阻碍胞葬作用加剧脓毒症诱发的心肌病 | 首次发现ADAM8在脓毒症心肌病中调控巨噬细胞胞葬作用的新机制 | 研究主要基于小鼠模型，尚未在人类临床样本中验证 | 探究ADAM8在脓毒症诱发心肌病中的具体作用机制 | 小鼠模型和RAW264.7巨噬细胞系 | 分子生物学 | 脓毒症心肌病 | 单细胞转录组测序，RNA转录组测序，免疫荧光 | 基因敲除小鼠模型 | 基因表达数据，蛋白质表达数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq，bulk RNA-seq | NA | NA |
| 67 | 2025-11-03 |
Multi-omics analysis and evidence of IL1R1 as a potential biomarker for diabetes-associated intervertebral disc degeneration
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1692185
PMID:41169383
|
研究论文 | 本研究通过多组学分析鉴定IL1R1作为糖尿病相关椎间盘退变的潜在生物标志物 | 首次将IL1R1确立为连接2型糖尿病和椎间盘退变的关键分子桥梁，揭示了中性粒细胞介导的炎症机制 | 研究主要基于生物信息学分析，需要进一步实验验证 | 探索2型糖尿病与椎间盘退变之间的共享分子机制 | 人类T2DM和IDD转录组数据集、糖尿病小鼠髓核组织 | 生物信息学 | 糖尿病相关椎间盘退变 | 转录组测序, 单细胞RNA测序, 分子对接 | LASSO, 随机森林, 人工神经网络 | 转录组数据, 单细胞数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 转录组测序 | NA | NA |
| 68 | 2025-11-03 |
Comprehensive analyses of single-cell and bulk RNA-seq reveal the biological and prognostic roles of BMP4 in pancreatic adenocarcinoma
2025, Frontiers in molecular biosciences
IF:3.9Q2
DOI:10.3389/fmolb.2025.1686938
PMID:41169612
|
研究论文 | 通过单细胞和bulk RNA-seq综合分析BMP4在胰腺腺癌中的生物学功能和预后作用 | 首次系统揭示BMP4在胰腺癌中的代谢调控功能及其作为独立预后因子的价值 | BMP4对免疫细胞浸润的影响有限，其预后作用主要独立于免疫调节机制 | 探究BMP4在胰腺腺癌中的生物学功能和临床预后意义 | 胰腺腺癌患者样本和细胞 | 生物信息学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | RNA-seq数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 69 | 2025-11-03 |
Deconvolution and phylogeny inference of diverse variant types integrating bulk DNA-seq with single-cell RNA-seq
2025, Bioinformatics advances
IF:2.4Q2
DOI:10.1093/bioadv/vbaf234
PMID:41169710
|
研究论文 | 提出TUSV-int方法，整合bulk DNA-seq和单细胞RNA-seq数据进行克隆谱系树重建和变异类型反卷积 | 首次将bulk DNA-seq与scRNA-seq整合到统一的系统发育推断框架中，同时处理SNV、CNA和SV多种变异类型 | 依赖于bulk DNA-seq和scRNA-seq数据的质量和匹配度，scDNA-seq数据仍然稀缺 | 开发整合多组学数据的肿瘤系统发育重建方法 | 癌症基因组变异和克隆进化 | 计算生物学 | 乳腺癌 | 整数线性规划(ILP) | 系统发育推断模型 | DNA测序数据, RNA测序数据 | 已发表的乳腺癌数据集 | NA | bulk DNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 70 | 2025-11-03 |
Opportunities and challenges in the application of spatiotemporal transcriptomics in plant research
2025, Frontiers in plant science
IF:4.1Q1
DOI:10.3389/fpls.2025.1684057
PMID:41169728
|
综述 | 探讨时空转录组学技术在植物研究中的应用机遇与挑战 | 系统阐述空间转录组技术如何整合高通量转录组学与高分辨率组织成像，突破传统转录组学局限 | NA | 为系统揭示生命过程的时空调控提供理论和方法学支持 | 植物组织 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据，组织图像 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 71 | 2025-11-03 |
Research advances of the establishment and characterization of Helicobacter pylori infection animal models
2025, Frontiers in microbiology
IF:4.0Q2
DOI:10.3389/fmicb.2025.1683366
PMID:41170432
|
综述 | 本文综述了幽门螺杆菌感染动物模型的建立与表征研究进展 | 探讨了空间转录组学在该领域的潜在应用，并系统总结了模型建立的关键要素 | 综述性文章，不包含原始实验数据 | 支持临床前研究，建立稳定可重复的动物模型以模拟人类感染和疾病进展 | 幽门螺杆菌感染动物模型 | NA | 胃部疾病 | 空间转录组学 | NA | NA | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 72 | 2025-11-03 |
Multiplets in scRNA-seq data: Extent of the problem and efficacy of methods for removal
2025, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0333687
PMID:41166377
|
研究论文 | 评估单细胞RNA测序数据中多重捕获问题的普遍程度及现有检测方法的有效性 | 通过细胞哈希数据确定真实多重捕获率的下限，揭示常用启发式估计系统性低估问题，并提出改进的泊松模型 | 大多数数据集缺乏多重标记技术验证，研究者只能依赖有限的工具和启发式方法 | 评估单细胞RNA测序中多重捕获问题的严重性和现有检测方法的效能 | 公共可用的单细胞RNA测序数据集 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序，细胞哈希技术 | 泊松模型 | 单细胞RNA测序数据 | 多个公共数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 液滴式单细胞RNA测序 |
| 73 | 2025-11-03 |
Construction of a prognostic prediction model for concurrent radiotherapy in cervical cancer using GEO and TCGA databases with preliminary validation analysis
2025, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0334281
PMID:41171827
|
研究论文 | 本研究利用GEO和TCGA数据库构建了宫颈癌同步放疗的预后预测模型，并通过初步验证分析确认了其预测价值 | 首次整合单细胞RNA测序和bulk RNA测序数据，识别出MPP5、SNX7、LSM12和GALNT3四个与宫颈癌放疗敏感性相关的预后标志基因 | 研究样本量相对有限，主要依赖公共数据库数据，需要更大规模的临床队列验证 | 开发宫颈癌同步放疗的预后预测模型，识别可靠的预后标志物 | 宫颈癌患者和细胞样本 | 生物信息学 | 宫颈癌 | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序, 免疫组织化学 | Cox回归模型 | 基因表达数据, 临床数据 | 144个TCGA宫颈癌样本，加上GSE236738和GSE56363数据集样本 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |
| 74 | 2025-11-03 |
In-Silico discovery of Pediatric Acute-Myeloid-Leukemia (pAML) causing druggable molecular signatures highlighting their pathogenetic processes and therapeutic agents through single-cell RNA-Seq profile analysis
2025, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0335410
PMID:41171828
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析发现儿童急性髓系白血病的可药物化分子特征和潜在治疗药物 | 首次通过整合单细胞RNA测序数据识别pAML关键细胞类型和核心基因，并结合计算生物学方法发现潜在治疗药物 | 研究基于计算模拟和体外数据分析，需要实验验证 | 发现儿童急性髓系白血病的致病分子特征和替代治疗药物 | 儿童急性髓系白血病患者和健康对照的单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | 白血病 | 单细胞RNA测序，分子对接，ADME/T分析，DFT分析，分子动力学模拟 | PPI网络分析，调控网络分析，GSEA分析 | 单细胞RNA测序数据 | 两个数据集(GSE154109和GSE235923) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 75 | 2025-11-03 |
Expression of novel androgen receptors in three GnRH neuron subtypes in the cichlid brain
2024-11, Journal of neuroendocrinology
IF:3.3Q2
DOI:10.1111/jne.13429
PMID:38986626
|
研究论文 | 本研究通过多种技术方法揭示了慈鲷鱼脑中三种GnRH神经元亚型表达新型雄激素受体的特异性模式 | 首次在慈鲷鱼中明确区分了ar1和ar2基因在三种GnRH神经元亚型中的差异表达，揭示了GnRH1神经元存在遗传学上不同的亚型 | 研究仅针对A. burtoni物种，结果在其他硬骨鱼中的普适性需要进一步验证 | 探究雄激素受体基因在GnRH神经元中的特异性表达模式 | 慈鲷鱼(A. burtoni)脑中的三种GnRH神经元亚型(GnRH1、GnRH2、GnRH3) | 神经科学 | NA | 免疫组织化学, 原位杂交链式反应(HCR), 空间转录组学 | NA | 图像, 基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 76 | 2025-11-03 |
In situ reprogramming of cardiac fibroblasts into cardiomyocytes in mouse heart with chemicals
2024-Nov, Acta pharmacologica Sinica
IF:6.9Q1
DOI:10.1038/s41401-024-01308-6
PMID:38890526
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研究论文 | 本研究通过化学混合物在小鼠心脏中原位将心脏成纤维细胞重编程为心肌细胞 | 首次在全心脏水平使用化学混合物CRFVPTM实现原位成纤维细胞向心肌细胞转分化，并采用组织透明化技术进行三维观察 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证 | 探索化学诱导原位心脏成纤维细胞向心肌细胞转分化的可行性 | 小鼠心脏成纤维细胞 | 再生医学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, 组织透明化技术, 3D成像 | NA | 基因表达数据, 图像数据 | 两种品系的基因示踪小鼠 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | CUBIC组织透明化技术 |
| 77 | 2025-11-03 |
Establishment of a conditionally reprogrammed primary eccrine sweat gland culture for evaluation of tissue-specific CFTR function
2024-Nov, Journal of cystic fibrosis : official journal of the European Cystic Fibrosis Society
IF:5.4Q1
DOI:10.1016/j.jcf.2024.06.013
PMID:38969603
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研究论文 | 建立条件性重编程的原代外泌汗腺培养体系，用于评估组织特异性CFTR功能 | 首次报道应用条件性重编程和单细胞RNA测序技术研究显微解剖的外泌汗腺 | 样本量有限，仅包含非CF供体和少数CF患者 | 表征外泌汗腺离子转运特性并评估CFTR调节剂疗效 | 外泌汗腺细胞和鼻上皮细胞 | 单细胞生物学 | 囊性纤维化 | 单细胞RNA测序, 短路电流测量, 条件性重编程培养 | 原代细胞培养模型 | 基因表达数据, 电生理数据 | 非CF皮肤供体和两名CF患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 78 | 2025-11-03 |
Macrophages in the infarcted heart acquire a fibrogenic phenotype, expressing matricellular proteins, but do not undergo fibroblast conversion
2024-Nov, Journal of molecular and cellular cardiology
IF:4.9Q2
DOI:10.1016/j.yjmcc.2024.07.010
PMID:39089570
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研究论文 | 本研究通过谱系追踪和单细胞转录组学方法，揭示心肌梗死中巨噬细胞不会转化为成纤维细胞，但会表达促纤维化的基质细胞蛋白 | 首次结合谱系追踪和单细胞RNA测序技术，明确证明心肌梗死中的巨噬细胞不会转分化为成纤维细胞，同时发现其表达多种促纤维化基质蛋白的新功能 | 研究主要基于小鼠模型，人类样本验证相对有限 | 探究心肌梗死中巨噬细胞是否会发生成纤维细胞转化及其在细胞外基质表达中的作用 | 心肌梗死小鼠模型中的巨噬细胞和成纤维细胞 | 单细胞生物学 | 心血管疾病 | 谱系追踪，单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 对照组和心肌梗死组小鼠的CSF1R+髓系细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 79 | 2025-11-03 |
Spatial transcriptomics reveals organized and distinct immune activation in cutaneous granulomatous disorders
2024-Nov, The Journal of allergy and clinical immunology
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jaci.2024.07.021
PMID:39098508
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研究论文 | 通过空间转录组学揭示皮肤肉芽肿性疾病中免疫激活的空间组织模式 | 首次在皮肤肉芽肿性疾病中应用空间转录组学技术，揭示了不同类型疾病特有的空间组织化免疫激活模式 | 样本量有限，仅包含四种皮肤肉芽肿性疾病 | 理解皮肤肉芽肿性疾病的空间基因表达特征 | 皮肤结节病、环状肉芽肿、脂质坏死病和坏死性黄色肉芽肿患者组织样本 | 空间转录组学 | 皮肤肉芽肿性疾病 | 空间转录组学 | NA | 空间基因表达数据 | CS、GA、NL、NXG病例组织样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 80 | 2025-11-03 |
Computational methods for allele-specific expression in single cells
2024-Nov, Trends in genetics : TIG
IF:13.6Q1
DOI:10.1016/j.tig.2024.07.003
PMID:39127549
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综述 | 本文综述了单细胞等位基因特异性表达数据的计算分析方法 | 系统梳理了单细胞ASE分析的计算方法，并强调了整合优化生物信息学流程的需求 | 作为综述文章，不包含原始实验数据和新方法开发 | 总结单细胞等位基因特异性表达分析的计算方法现状与未来方向 | 单细胞RNA测序数据中的等位基因特异性表达 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |