单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
61	2025-09-29	Single-cell splicing QTL analysis in pancreatic islets 2025, Frontiers in bioinformatics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fbinf.2025.1657895 PMID:41000275	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析胰腺胰岛中的剪接数量性状位点	首次在单细胞水平识别胰腺胰岛α和β细胞特异性剪接QTL，发现四个影响CDC42基因的新变异位点	样本量有限，统计功效有待提升	探索遗传变异对单细胞水平选择性剪接的调控机制	胰腺胰岛中的α和β细胞	生物信息学	NA	单细胞RNA测序、CTAT基因分型流程、Streka2、RSEM、sQTLseeker2	NA	单细胞RNA测序数据	8个全长单细胞RNA测序胰腺胰岛数据集
62	2025-09-29	Novel diagnostic biomarkers associated with macrophage-microglia in spinal cord injury 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1634014 PMID:41000385	研究论文	本研究通过生物信息学分析和机器学习方法识别脊髓损伤中与巨噬细胞-小胶质细胞相关的潜在诊断生物标志物	首次结合单细胞RNA测序和多种机器学习算法筛选出EMP3、GNGT2和SGPL1作为脊髓损伤的新型诊断标志物	研究主要基于生物信息学分析，实验验证仅限于体外模型，需要进一步体内实验确认	探索脊髓损伤中巨噬细胞-小胶质细胞相关的诊断生物标志物	脊髓损伤相关的基因表达数据和巨噬细胞-小胶质细胞	生物信息学	脊髓损伤	单细胞RNA测序、机器学习算法、qPCR、WGCNA分析	多种机器学习算法	基因表达数据	基于GEO数据库的多个数据集，包含损伤前后样本对比
63	2025-09-29	Integrated analysis of single-cell and bulk transcriptomics reveals the prognostic value and underlying mechanisms of crotonylation in ovarian cancer 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1596080 PMID:41000388	研究论文	通过整合单细胞和批量转录组数据分析，揭示巴豆酰化在卵巢癌中的预后价值及作用机制	首次系统研究巴豆酰化在卵巢癌肿瘤微环境中的作用，构建基于巴豆酰化的预后模型并发现其与免疫治疗敏感性的关联	研究基于回顾性数据分析，需要进一步实验验证巴豆酰化的具体分子机制	开发基于巴豆酰化的卵巢癌预后模型并探索其靶向治疗潜力	卵巢癌患者	生物信息学	卵巢癌	单细胞RNA测序，批量转录组测序，AUCell算法，WGCNA，GSEA，机器学习算法	机器学习预后模型	转录组数据	卵巢癌患者的单细胞和批量转录组数据集
64	2025-09-29	Integrating single-cell omics and materials science for uveal melanoma: from mechanistic insights to precision therapeutics 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1661889 PMID:41001023	综述	整合单细胞组学与材料科学前沿技术，探索葡萄膜黑色素瘤从机制研究到精准治疗的新范式	首次系统整合单细胞多组学技术与智能生物材料，提出跨越机制发现与转化工程的跨学科治疗新范式	NA	通过多学科交叉方法解决葡萄膜黑色素瘤的治疗挑战	葡萄膜黑色素瘤及其肿瘤微环境	数字病理学	葡萄膜黑色素瘤	scRNA-seq, scATAC-seq, 空间转录组学, CRISPR-Cas9系统	NA	单细胞组学数据	NA
65	2025-09-29	Multi-omics analysis of parthanatos related molecular subgroup and prognostic model development in stomach adenocarcinoma 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0332988 PMID:41004487	研究论文	通过多组学分析揭示胃腺癌中parthanatos相关分子亚型并开发预后模型	首次系统研究parthanatos相关基因在胃腺癌中的作用，建立新型预后特征并验证其预测性能	研究主要基于公共数据库数据，需要进一步实验验证	探索parthanatos相关基因在胃腺癌中的分子特征和预后价值	胃腺癌患者样本和细胞系	生物信息学	胃腺癌	多组学分析、单细胞RNA测序、Western blot、集落形成、CCK-8、Transwell实验	机器学习算法	转录组、基因组、临床数据	公共数据库中的胃腺癌患者数据
66	2025-09-29	Positional information modulates transient regeneration-activated cell states during vertebrate appendage regeneration 2024-Sep-20, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.110737 PMID:39286507	研究论文	本研究揭示了非洲鳉鱼尾部鳍再生过程中位置信息通过瞬时再生激活细胞状态调控再生速度的机制	首次发现基底表皮中的瞬时再生激活细胞状态能够传递位置信息，并通过CRISPR-Cas9技术证明ECM修饰因子可解耦截肢位置与再生生长速率的关系	研究仅限于非洲鳉鱼尾部鳍再生模型，尚未验证在其他脊椎动物或组织中的普适性	探究脊椎动物附肢再生过程中位置信息传递的分子机制	非洲鳉鱼的尾部鳍再生过程	发育生物学	组织再生	单细胞RNA测序、CRISPR-Cas9基因编辑	NA	基因表达数据、组织形态数据	非洲鳉鱼尾部鳍再生样本
67	2025-09-29	KRT17high/CXCL8+ Tumor Cells Display Both Classical and Basal Features and Regulate Myeloid Infiltration in the Pancreatic Cancer Microenvironment 2024-Jun-03, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-23-1421 PMID:37851080	研究论文	通过单细胞RNA测序识别胰腺导管腺癌中KRT17high/CXCL8+中间亚型肿瘤细胞及其对肿瘤微环境的影响	首次发现KRT17high/CXCL8+中间亚型癌细胞具有独特细胞因子谱，能局部和系统性调节髓系细胞浸润	样本量相对有限（18例PDAC样本），需要更大规模研究验证	表征胰腺导管腺癌中间亚型肿瘤细胞的特性及其在肿瘤微环境中的作用	人类PDAC样本、患者来源的PDAC类器官、匹配的血液和肿瘤样本	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序、患者来源类器官培养、纵向血液分析	NA	单细胞RNA测序数据、类器官功能数据、血液免疫分析数据	18例人类PDAC样本，匹配的血液和肿瘤样本，患者来源PDAC类器官
68	2025-09-29	Analysis of Donor Pancreata Defines the Transcriptomic Signature and Microenvironment of Early Neoplastic Lesions 2023-06-02, Cancer discovery IF:29.7Q1 DOI:10.1158/2159-8290.CD-23-0013 PMID:37021392	研究论文	本研究首次通过脑死亡供体胰腺组织揭示了早期胰腺肿瘤病变的转录组特征和微环境	首次利用无热缺血时间的供体胰腺组织，结合多重免疫组化、单细胞RNA测序和空间转录组学技术，系统表征了健康成人胰腺和早期胰腺上皮内瘤变的微环境特征	样本量相对有限（30例供体），且仅针对脑死亡供体组织，可能存在选择偏倚	探究健康成人胰腺和早期胰腺肿瘤病变的转录组特征及微环境差异	30例不同年龄和种族的脑死亡供体胰腺组织，包含胰腺上皮内瘤变（PanIN）病变	数字病理	胰腺癌	多重免疫组化（multiplex IHC）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学	NA	组织样本、转录组数据、空间转录组数据	30例脑死亡供体胰腺组织
69	2025-09-29	It is better to light a candle than to curse the darkness: single-cell transcriptomics sheds new light on pancreas biology and disease 2023-06, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2022-329313 PMID:36997301	综述	本文综述单细胞转录组学技术如何革新我们对胰腺生物学和疾病进展的理解	利用单细胞RNA测序技术首次发现胰腺中未被描述的上皮和基质细胞类型及状态，揭示疾病进展中细胞群体变化	NA	探讨单细胞转录组学技术对胰腺生物学和疾病研究的推动作用	胰腺组织及其在疾病状态下的细胞组成	生物信息学	胰腺导管腺癌	单细胞RNA测序，空间转录组学	NA	单细胞转录组数据	NA
70	2025-09-29	Uncovering the spatial landscape of molecular interactions within the tumor microenvironment through latent spaces 2023-04-19, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2023.03.004 PMID:37080163	研究论文	开发了一种名为SpaceMarkers的生物信息学算法，通过空间转录组数据的潜在空间分析推断细胞间相互作用引起的分子变化	提出首个通过潜在空间分析从空间转录组数据中推断细胞间相互作用分子变化的算法	NA	揭示肿瘤微环境中分子相互作用的空间景观	转移性、侵袭性和前驱性病变以及免疫治疗处理的组织样本	生物信息学	肿瘤	空间转录组学，scRNA-seq	潜在空间分析，迁移学习	空间转录组数据，单细胞RNA测序数据	NA
71	2024-08-09	The Transcriptome of Hepatic Fibrosis Revealed by Single-Cell RNA Sequencing 2020-05, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1002/hep.31155 PMID:32017148	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
72	2025-09-28	Glycoprotein Ib-CD11b + monocyte-derived macrophages mediate atherosclerosis-exacerbated psoriatic inflammation 2025-Nov-01, Life sciences IF:5.2Q1 DOI:10.1016/j.lfs.2025.123960 PMID:40945652	研究论文	本研究揭示了动脉粥样硬化加剧银屑病炎症的新机制，发现CD11b+单核细胞来源的巨噬细胞通过GPIb-CD11b轴在两种疾病相互作用中起核心作用	首次发现血小板来源的GPIb通过GPIb-CD11b轴促进巨噬细胞M1极化，揭示了动脉粥样硬化与银屑病共病的共享炎症机制	样本量有限，机制研究主要在动物模型和体外实验中进行验证	阐明动脉粥样硬化与银屑病共病的分子机制	银屑病合并动脉粥样硬化患者、小鼠模型、巨噬细胞和血小板	免疫学	银屑病和动脉粥样硬化	单细胞RNA测序、免疫组化、免疫荧光、体外功能实验、小鼠模型	咪喹莫特诱导的银屑病小鼠模型	单细胞转录组数据、临床样本数据	初治银屑病合并动脉粥样硬化患者的皮肤活检样本（具体数量未明确说明）
73	2025-09-28	Single-cell RNA sequencing reveals early cell dynamics of MSC-based therapy in long bone critical-size defects in mice 2025-Nov, Journal of orthopaedic translation IF:5.9Q1 DOI:10.1016/j.jot.2025.08.007 PMID:40995603	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示小鼠长骨临界尺寸缺损中MSC疗法早期的细胞动态变化	首次在临界尺寸骨缺损模型中应用scRNA-seq技术解析MSC治疗早期（1周）的局部微环境细胞组成和互作网络	研究仅观察治疗后1周时间点，缺乏长期疗效评估；样本来源于小鼠模型，临床转化需进一步验证	阐明MSC在骨缺损愈合早期调控局部微环境的分子机制	BALB/c雄性小鼠的股骨临界尺寸缺损模型	单细胞组学	骨缺损	单细胞RNA测序（scRNA-seq），UMAP降维分析，Louvain聚类	NA	单细胞转录组数据	小鼠随机分为三组（空白组/支架组/支架+MSC组），每组样本量未明确说明
74	2025-09-28	Integrated multi-omics profiling identifies Cmpk1 as a monocyte-specific therapeutic target for renal ischemia-reperfusion injury 2025-Nov-01, Life sciences IF:5.2Q1 DOI:10.1016/j.lfs.2025.123924 PMID:40848967	研究论文	本研究通过整合多组学分析发现Cmpk1是肾脏缺血再灌注损伤中单核细胞特异的治疗靶点	首次揭示单核细胞特异性核苷酸代谢重编程在肾缺血再灌注损伤中的核心作用，并确定Cmpk1为关键调控因子	研究主要聚焦于单核细胞，其他免疫细胞类型的贡献尚未完全阐明	解析肾脏缺血再灌注损伤中细胞特异性代谢重编程机制并识别治疗靶点	肾脏缺血再灌注损伤模型中的单核细胞	生物医学研究	急性肾损伤	多组学整合分析（批量转录组学、代谢组学、单细胞RNA测序、空间转录组学）、体外缺氧复氧模型、体内基因敲低	机器学习优先排序	组学数据、功能验证数据	未明确说明具体样本数量，但包含体外和体内实验验证
75	2025-09-28	Tectorigenin could alleviate SA-AKI via reducing M1-like polarization of macrophages through KLF4/NF-κB pathway 2025-Oct-30, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.115300 PMID:40829320	研究论文	本研究探讨鸢尾素通过KLF4/NF-κB通路调控巨噬细胞M1型极化缓解脓毒症相关急性肾损伤的作用机制	首次揭示鸢尾素通过KLF4/NF-κB信号通路调控巨噬细胞极化状态在SA-AKI中的治疗作用	研究主要基于小鼠模型和细胞实验，尚未进行临床验证	探究鸢尾素对脓毒症相关急性肾损伤的治疗潜力及分子机制	LPS诱导的SA-AKI小鼠模型、RAW264.7巨噬细胞系、原代腹膜巨噬细胞和HK-2肾小管上皮细胞	病理机制研究	脓毒症相关急性肾损伤	流式细胞术、单细胞测序分析、Transwell共培养、HE染色、透射电镜、siRNA转染	动物疾病模型	实验数据	未明确样本数量的小鼠模型和细胞系
76	2025-09-28	Novel role of splicing factor U2AF2 in the tumour microenvironment and its clinical prognostic value: a comprehensive pan-cancer analysis and experimental validation with a focus on COAD 2025-Oct-30, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.115410 PMID:40854264	研究论文	通过多组学分析和实验验证揭示剪接因子U2AF2在结肠腺癌中的致癌机制及其临床预后价值	首次系统性阐明U2AF2通过异常RNA剪接驱动恶性转化和重塑肿瘤免疫微环境的双重致癌机制	研究主要聚焦结肠腺癌，其他癌症类型的普适性需进一步验证	阐明U2AF2在结肠腺癌中的致癌机制和临床预后价值	结肠腺癌患者组织样本、HCT116和HCT8细胞系	肿瘤生物学	结肠癌	单细胞RNA测序、多重免疫荧光、转录组分析	细胞系敲低模型	转录组数据、临床数据、单细胞测序数据	公共数据库结肠腺癌数据集及实验细胞系
77	2025-09-28	VCPIP1 ameliorates sepsis-associated encephalopathy by promoting microglia autophagy via the PI3K/AKT/mTOR pathway 2025-Oct-30, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.115417 PMID:40865405	研究论文	本研究揭示VCPIP1通过PI3K/AKT/mTOR通路调控小胶质细胞自噬改善脓毒症相关脑病的作用机制	首次发现VCPIP1在SAE海马小胶质细胞中的关键调控作用及其通过PI3K/AKT/mTOR通路调节自噬的新机制	研究基于小鼠CLP模型，临床转化价值需进一步验证	探讨VCPIP1在脓毒症相关脑病发病机制中的作用及治疗靶点潜力	小鼠脓毒症模型海马组织及小胶质细胞	神经科学	脓毒症相关脑病	生物信息学分析、单细胞RNA测序、小鼠CLP模型	动物疾病模型	基因表达数据、行为学数据、分子生物学数据	小鼠模型实验样本
78	2025-09-28	Single-cell RNA Sequencing Demonstrates the Heterogeneity of Different Molecular Subtypes in Gastric Cancer 2025-Oct, Biochemical genetics IF:2.1Q3 DOI:10.1007/s10528-024-10922-2 PMID:39311993	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示胃癌不同分子亚型的细胞异质性并鉴定亚型特异性lncRNA	首次在单细胞水平系统解析胃癌TCGA分子亚型的异质性，构建亚型特异性lncRNA-基因调控网络并鉴定预后相关标志物	NA	探究胃癌不同分子亚型的细胞组成异质性和分子特征	119,878个来自不同分子亚型胃癌的细胞	生物信息学	胃癌	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	119,878个细胞
79	2025-09-28	Tumor necrosis facilitates perihilar cholangiocarcinoma metastasis by ANGPTL6-augmented vessel permeability and tumor dissemination 2025-Oct, JHEP reports : innovation in hepatology IF:9.5Q1 DOI:10.1016/j.jhepr.2025.101514 PMID:40995437	研究论文	本研究探讨肿瘤坏死对肝门部胆管癌预后的影响及其通过ANGPTL6增强血管通透性促进转移的机制	首次通过空间蛋白质组学发现坏死周边区域pCCA细胞特异性高表达ANGPTL6，并证实其通过增加血管通透性促进肿瘤扩散	研究样本仅限肝门部胆管癌患者，机制研究主要依赖体外和动物模型	探究肿瘤坏死在pCCA中的预后意义、分子调控机制及微环境改变	306例pCCA患者组织样本及细胞/动物模型	数字病理学	胆管癌	激光捕获显微切割、高分辨率质谱、单细胞RNA测序	NA	组织病理图像、蛋白质组数据、转录组数据	306例pCCA患者（其中162例存在肿瘤坏死）
80	2025-09-28	Human deep subcutaneous adipose tissue is enriched for inflammatory and tissue remodeling pathways 2025-Oct-01, American journal of physiology. Cell physiology DOI:10.1152/ajpcell.00463.2025 PMID:40833844	研究论文	通过批量RNA测序和单细胞RNA测序比较人体皮下浅层脂肪组织与深层脂肪组织的转录组差异	首次在单细胞水平揭示深层脂肪组织具有促炎症和组织重塑倾向的独特基因表达特征	NA	比较皮下浅层与深层脂肪组织的分子和细胞差异	人体皮下浅层脂肪组织和深层脂肪组织	转录组学	代谢疾病	批量RNA测序、单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA