单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
61	2025-08-07	KMT2D Regulates Tooth Enamel Development 2025-Jul, Journal of dental research IF:5.7Q1 DOI:10.1177/00220345251320922 PMID:40103013	研究论文	本研究探讨了KMT2D基因在牙釉质发育中的具体作用及其机制	首次通过条件性敲除小鼠模型揭示了KMT2D在牙釉质形成中的关键作用，并鉴定了其直接调控的8个靶基因	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类样本中验证	阐明KMT2D在牙釉质发育过程中的分子机制	KMT2D基因及其在牙釉质形成中的作用	发育生物学	牙釉质发育不全	条件性基因敲除、micro-CT、扫描电镜、RNA测序、CUT&RUN测序、单细胞RNA测序	条件性敲除小鼠模型	基因表达数据、影像数据	KMT2D条件性敲除小鼠及其对照组
62	2025-08-07	Gland- and cell-level heterogeneity in the prostate: A narrative review of related diseases 2025-Jul, Current urology IF:0.9Q4 DOI:10.1097/CU9.0000000000000269 PMID:40765528	review	本文综述了前列腺在腺体和细胞水平上的异质性及其与相关疾病的关系	探讨了新发现的细胞类型对BPH和PCa治疗的意义，以及单细胞测序技术在解析前列腺不同区域细胞类型和基因表达模式中的应用	当前研究尚无法精确回答前列腺异质性的相关问题	研究前列腺异质性与腺体发育、疾病区域分布的关系	前列腺的腺体和细胞水平异质性	digital pathology	prostate cancer	single-cell sequencing, molecular omics	NA	NA	NA
63	2025-08-07	Mechanism and Efficacy of Etanercept in Treating Autoimmune-like Manifestations of Coronavirus Disease 2019 in elderly individuals 2025-05, Immunobiology IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.imbio.2025.152898 PMID:40168796	研究论文	本研究评估了TNF抑制剂依那西普在老年COVID-19患者中的治疗效果及其机制	首次通过单细胞测序和分子对接技术，揭示了依那西普在老年COVID-19患者中缓解自身免疫样表现的机制及其对SARS-CoV-2 Omicron变体刺突蛋白的强亲和力	样本量较小（7名接受依那西普治疗的患者和2名未感染个体），且为观察性研究，缺乏随机对照试验	评估依那西普在老年COVID-19患者中的治疗效果及其作用机制	老年COVID-19患者	医学研究	COVID-19	单细胞测序、分子对接	NA	临床指标数据、单细胞测序数据	7名接受依那西普治疗的老年COVID-19患者和2名未感染个体
64	2025-08-07	Novel diagnostic biomarkers regulating macrophages autophagy in ischemic cardiomyopathy: An analysis integrating bulk RNA sequencing with single-cell RNA sequencing 2025-05, Immunobiology IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.imbio.2025.152907 PMID:40300424	研究论文	本研究通过整合批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，探索了缺血性心肌病(ICM)中巨噬细胞自噬相关的新型诊断生物标志物	首次整合批量RNA测序和单细胞RNA测序技术，系统探索了ICM中巨噬细胞自噬相关生物标志物及其作用通路	研究主要基于生物信息学分析，实验验证仅限于大鼠模型，尚未进行临床样本验证	探索缺血性心肌病中巨噬细胞自噬相关的诊断生物标志物及其作用机制	缺血性心肌病患者组织样本和大鼠模型	生物信息学	心血管疾病	批量RNA测序(bulk RNA-seq), 单细胞RNA测序(scRNA-seq), RT-qPCR	WGCNA, PPI网络分析	基因表达数据	两个GEO数据集(GSE46224和GSE116250)及ICM大鼠模型
65	2025-08-07	Single-cell RNA and TCR repertoire analysis identify markers of virus-specific T cells 2025-05, Immunobiology IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.imbio.2025.152904 PMID:40305898	研究论文	通过单细胞RNA和TCR库分析识别病毒特异性T细胞的标记物	发现了一组上调基因作为增殖抗原特异性T细胞的标记物，有助于早期分离病毒抗原反应性T细胞	研究样本来自健康供体，未在患者群体中验证	识别抗原特异性T细胞的生物标志物，以改进过继性细胞疗法	健康供体的外周血单个核细胞	免疫学	病毒感染	单细胞RNA测序、TCR库分析	NA	单细胞RNA测序数据、TCR序列数据	健康供体的外周血单个核细胞
66	2025-08-07	Interpretable Machine Learning reveals the Role of PANoptosis in the Diagnosis and Subtyping of NAFLD 2025-05, Immunobiology IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.imbio.2025.152909 PMID:40311345	研究论文	本研究通过可解释机器学习揭示了PANoptosis在非酒精性脂肪肝病(NAFLD)诊断和分型中的作用	首次整合多组数据集和可解释机器学习方法，揭示PANoptosis在NAFLD中的关键作用，并构建了高精度的诊断模型	研究结果需要进一步实验验证，且样本来源和数量可能存在限制	探索PANoptosis在NAFLD诊断、分型和免疫微环境重塑中的作用	非酒精性脂肪肝病(NAFLD)患者	机器学习	非酒精性脂肪肝病	可解释机器学习、单细胞测序、分子对接	SHAP分析、列线图	基因表达数据	多个数据集(具体数量未明确说明)
67	2025-08-07	Single-cell and spatial genomic landscape of non-small cell lung cancer brain metastases 2025-Apr, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/s41591-025-03530-z PMID:40016452	研究论文	本研究通过多模式单核RNA和T细胞受体测序、单细胞空间转录组及全基因组测序，探索了非小细胞肺癌脑转移的基因组景观	揭示了脑转移瘤中染色体不稳定性（CIN）的显著特征，并发现了一个在脑转移中高度富集的具有神经样特征的癌细胞亚群	研究主要基于治疗初期的患者样本，未涉及治疗后复发的脑转移瘤	深入理解非小细胞肺癌脑转移的生物学机制	非小细胞肺癌患者的脑转移瘤和原发肿瘤	基因组学	非小细胞肺癌	单核RNA测序、T细胞受体测序、单细胞空间转录组、全基因组测序、多重免疫荧光	NA	基因组数据、转录组数据、空间转录组数据	初治NSCLC患者的脑转移和原发肿瘤样本（独立验证队列：4,869例和12,275例患者）
68	2025-08-07	Exploring the Expanded Role of Astrocytes in Primate Brain Evolution via Changes in Gene Expression 2025-Feb-05, Brain, behavior and evolution DOI:10.1159/000544004 PMID:39907990	review	探讨灵长类大脑进化中星形胶质细胞基因表达变化的作用	聚焦于灵长类进化中星形胶质细胞的基因表达和调控变化，结合新技术如诱导多能干细胞和单细胞RNA测序	主要基于文献综述，缺乏原始实验数据支持	理解星形胶质细胞在灵长类进化中的角色及其与神经退行性疾病的关联	灵长类大脑中的星形胶质细胞	神经科学	阿尔茨海默病, 帕金森病	诱导多能干细胞, 单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
69	2025-08-07	Epitope Tagging with Genome Editing in Mice Reveals That the Proton Channel OTOP1 Is Apically Localized and Not Restricted to Type III "Sour" Taste Receptor Cells 2025-Feb-05, The Journal of neuroscience : the official journal of the Society for Neuroscience DOI:10.1523/JNEUROSCI.1560-24.2024 PMID:39592233	研究论文	通过在小鼠中进行基因组编辑和表位标记，研究发现质子通道OTOP1位于味觉细胞的顶端，且不仅限于III型'酸'味觉受体细胞	揭示了OTOP1在味觉细胞中的精确定位，并发现其不仅存在于III型味觉受体细胞中，还存在于I型味觉受体细胞中	研究仅在小鼠中进行，尚未在人类或其他动物模型中验证	探究质子通道OTOP1在味觉系统中的细胞和亚细胞定位	小鼠味觉系统中的OTOP1蛋白	分子生物学	NA	基因组编辑、高分辨率成像、scRNA-seq	NA	图像数据、基因表达数据	雄性和雌性HA-OTOP1小鼠
70	2025-08-07	Brain aging and rejuvenation at single-cell resolution 2025-Jan-08, Neuron IF:14.7Q1 DOI:10.1016/j.neuron.2024.12.007 PMID:39788089	综述	本文综述了单细胞组学技术在脑衰老和年轻化研究中的应用及发现	采用单细胞组学技术对脑衰老进行高维解析，并提出组合年轻化干预策略的新思路	主要基于现有单细胞组学研究进行综述，缺乏原创性实验数据	探讨脑衰老的细胞机制及年轻化干预策略	大脑细胞（特别是神经干细胞）及其相互作用	单细胞组学	阿尔茨海默病,帕金森病	单细胞转录组学	NA	单细胞组学数据	NA
71	2025-08-07	Resolving Resident Colonic Muscularis Macrophage Diversity and Plasticity During Colitis 2025-01-06, Inflammatory bowel diseases IF:4.5Q1 DOI:10.1093/ibd/izae155 PMID:39102823	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术解析了结肠炎期间结肠肌层巨噬细胞的多样性和可塑性	首次在单细胞水平揭示了正常和炎症状态下结肠肌层巨噬细胞的异质性，并发现Lyve1+ MMφ亚群在结肠炎期间消失的现象	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证相对有限	阐明结肠炎期间结肠肌层免疫细胞群的动态变化	结肠肌层巨噬细胞(MMφ)	免疫学	炎症性肠病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、免疫组化、流式细胞术、细胞谱系追踪	NA	单细胞转录组数据	小鼠模型和人类溃疡性结肠炎患者样本
72	2025-08-07	FlyRNAi.org 2025 update-expanded resources for new technologies and species 2025-Jan-06, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkae917 PMID:39435987	研究论文	本文介绍了FlyRNAi数据库2025年更新，扩展了支持新技术和物种的资源	新增单细胞转录组学数据挖掘和分析资源，并将CRISPR试剂和基因中心生物信息学方法应用于传染病媒介节肢动物	未明确提及具体限制	支持功能基因组学研究，促进生物和生物医学理解	果蝇和其他节肢动物，包括传染病媒介	生物信息学	NA	单细胞转录组学、CRISPR	NA	组学数据	NA
73	2025-08-07	Construction of a New Ferroptosis-related Prognosis Model for Survival Prediction in Colorectal Cancer 2025, Current medicinal chemistry IF:3.5Q2 DOI:10.2174/0109298673296767240116215814 PMID:38362684	研究论文	本研究构建了一个与铁死亡相关的基因特征模型，用于预测结直肠癌患者的预后	基于11个铁死亡相关基因构建的分子特征模型在评估结直肠癌预后方面表现良好，为结直肠癌管理提供了新方向	研究依赖于公开数据库的数据，可能受到数据质量和样本量的限制	开发结直肠癌的铁死亡相关基因特征模型，探索其潜在分子功能	结直肠癌患者	生物信息学	结直肠癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 转录组测序, ssGSEA, WGCNA, Lasso分析	基因特征模型	基因表达数据	来自GSE161277、GSE17537和TCGA-CRC数据库的数据
74	2025-08-07	Role of pericytes in regulating penile angiogenesis and nerve regeneration 2025-01-01, Asian journal of andrology IF:3.0Q1 DOI:10.4103/aja202455 PMID:39162179	综述	本文综述了周细胞在阴茎血管生成和神经再生中的作用，特别是在糖尿病性和神经性勃起功能障碍中的具体机制	聚焦于周细胞在勃起功能障碍中的具体作用，尤其是在糖尿病性和神经性勃起功能障碍中的研究	对周细胞在勃起功能障碍中的具体机制理解仍不充分	分析周细胞在勃起功能障碍中的具体作用	周细胞及其在勃起功能障碍中的作用	血管生物学	勃起功能障碍	单细胞RNA测序	NA	文献数据	NA
75	2025-08-07	Uncovering plaque-glia niches in human Alzheimer's disease brains using spatial transcriptomics 2025, Molecular neurodegeneration advances DOI:10.1186/s44477-025-00002-z PMID:40740481	研究论文	利用空间转录组学揭示人类阿尔茨海默病大脑中的斑块-胶质细胞微环境	结合空间转录组学、单核RNA测序和人类多细胞模型，首次在人类AD大脑中绘制了斑块-胶质细胞微环境的细胞状态和分子事件	研究样本量相对较小（21名个体），且仅使用死后脑组织，可能无法完全反映活体动态过程	解析阿尔茨海默病中斑块-胶质细胞相互作用的分子机制	人类阿尔茨海默病死后脑组织	神经科学	阿尔茨海默病	空间转录组学(ST)、免疫组化(IHC)、单核RNA测序(snRNA-seq)、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、基因集富集分析(GSEA)	iPSC来源的多细胞培养模型	空间转录组数据、RNA测序数据、免疫组化图像数据	21名个体的78个死后脑切片（来自ROSMAP研究）
76	2025-08-07	Deciphering the role of SEMA4A/MAPK signaling in sepsis: insights from Mendelian randomization, transcriptomic, single-cell sequencing analyses, and vitro experiments 2025, Frontiers in cellular and infection microbiology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcimb.2025.1606509 PMID:40756031	研究论文	本研究通过多种分析方法揭示了SEMA4A/MAPK信号在脓毒症中的关键作用，并提出了潜在的治疗靶点	结合孟德尔随机化、转录组学、单细胞测序分析和体外实验，首次系统性地鉴定了SEMA4A等核心脓毒症基因及其在单核细胞中的功能机制	研究主要基于体外细胞实验，缺乏动物模型或临床样本的验证	揭示脓毒症的新治疗靶点	脓毒症患者基因数据和THP-1人单核细胞系	生物医学	脓毒症	转录组测序、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、孟德尔随机化(MR)分析	THP-1细胞模型	基因表达数据	3个独立转录组数据集（来自GEO数据库）
77	2025-08-07	To explore the potential of LOXL2 as a biomarker in glioma and construct a genomic integrated clinical prognostic model 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1602475 PMID:40756111	研究论文	本研究通过生物信息学技术分析LOXL2在胶质瘤发生发展中的生物学功能，并系统评估该分子标志物与患者预后的潜在关联	首次系统评估LOXL2作为胶质瘤生物标志物的潜力，并构建基于临床数据和分子机制研究的预后模型	研究主要基于生物信息学分析，缺乏实验验证	为改善胶质瘤诊疗策略提供新的理论基础	胶质瘤患者和LOXL2基因	生物信息学	胶质瘤	生物信息学分析、scRNA-seq、COX回归分析	预后模型（KM生存分析、COX回归、nomogram、DCA）	基因组数据、临床数据	CCGA（探索性队列）和TCGA（验证性队列）数据集
78	2025-08-07	Single-cell RNA sequencing using split-pool barcoding reveals transcriptional heterogeneity in Porphyromonas gingivalis with implications for periodontal pathogenesis 2025, Journal of oral microbiology IF:3.7Q2 DOI:10.1080/20002297.2025.2540827 PMID:40756339	研究论文	本研究通过split-pool barcoding单细胞RNA测序技术，揭示了Porphyromonas gingivalis在单细胞水平的转录异质性及其与牙周病发病机制的关系	首次绘制了Porphyromonas gingivalis的单细胞转录组图谱，揭示了其转录异质性及与牙周病发病机制相关的罕见亚群	研究仅基于实验室培养的W83菌株，未考虑临床样本或不同菌株间的异质性	探索Porphyromonas gingivalis在单细胞水平的转录异质性及其在牙周病发病机制中的作用	Porphyromonas gingivalis W83菌株的1,942个单细胞	微生物组学	牙周病	split-pool barcoding单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	1,942个Porphyromonas gingivalis W83单细胞
79	2025-08-07	New insights into acute ischemic stroke from the perspective of spatial omics 2025, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.113396 PMID:40756344	综述	本文从空间组学的角度总结了急性缺血性卒中后不同时间点和空间分布下小胶质细胞、星形胶质细胞、少突胶质细胞及其亚群与浸润的外周免疫细胞的生物学功能及相互作用机制	首次从空间单细胞组学的角度总结了急性缺血性卒中后不同细胞亚群的空间分布和动态互作	NA	理解急性缺血性卒中后复杂的细胞间相互作用，为精准干预和靶向治疗奠定基础	小胶质细胞、星形胶质细胞、少突胶质细胞及其亚群与浸润的外周免疫细胞	空间组学	急性缺血性卒中	空间转录组技术	NA	基因表达信息与组织空间结构	NA
80	2025-08-07	Single-cell RNA sequencing uncovers intestinal immune alterations and cellular diversity from chronic fluoride exposure in mice 2025, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.116567 PMID:40756359	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，研究长期氟化物暴露对小鼠肠道免疫和细胞多样性的影响	首次使用单细胞RNA测序揭示氟化物暴露对肠道细胞异质性和细胞间通讯模式的影响，并发现新的风险基因	研究仅基于小鼠模型，结果可能无法完全适用于人类	探究长期氟化物暴露对肠道细胞和免疫系统的影响及其机制	小鼠回肠细胞	生物医学	肠道疾病	单细胞RNA测序, 荧光杂交	NA	RNA测序数据, 荧光图像	小鼠经过56周50ppm氟化物暴露