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序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
61 2026-04-01
Single-Cell Mitochondrial Lineage Tracing Decodes Fate Decision and Spatial Clonal Architecture in Human Hematopoietic Organoids
2026-Mar, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
研究论文 本研究开发了一种利用单细胞RNA测序中的线粒体转录本自然突变作为内源性遗传条形码的方法,以追踪人类多能干细胞在早期胚胎发生中的造血谱系命运决定和空间克隆结构 首次将线粒体转录本中的自然体细胞突变重新用作内源性遗传条形码,结合合成谱系追踪和空间转录组学,构建了一个可扩展、非侵入性的多模态框架,用于重建高分辨率时空克隆动态并解码生态位驱动的命运决定 方法依赖于线粒体读段的富集和稳健的计算流程,可能对测序深度和数据分析有较高要求;在人类干细胞衍生模型中的应用,其向体内系统或更复杂组织的推广效果尚需进一步验证 解码人类造血类器官中的命运决定和空间克隆结构,以解析发育和疾病中的组织自组织机制 人类多能干细胞(hPSCs)及其在早期胚胎发生中产生的造血谱系细胞 单细胞组学 NA 单细胞RNA测序(scRNA-seq),空间转录组学 动态系统模型 单细胞转录组数据,空间转录组数据 NA NA 单细胞RNA测序,空间转录组学 NA NA
62 2026-04-01
Atlas-guided discovery of transcription factors for T cell programming
2026-Mar, Nature IF:50.5Q1
研究论文 本研究通过构建CD8 T细胞状态的综合图谱,结合转录组和表观遗传数据,系统性地定义了驱动不同T细胞状态的转录因子,并利用体内CRISPR筛选和单细胞RNA测序技术,揭示了调控T细胞分化的关键因子,为细胞免疫疗法提供了新的设计思路 首次整合多组学数据构建了CD8 T细胞状态的综合图谱,并利用体内Perturb-seq技术系统性筛选和验证了调控T细胞分化的转录因子,发现了如ZSCAN20和JDP2等新的T细胞功能未知的转录因子 研究主要聚焦于CD8 T细胞,可能未涵盖其他T细胞亚型或免疫细胞类型的调控机制,且体内筛选模型可能无法完全模拟人类疾病环境的复杂性 系统性地定义调控CD8 T细胞不同分化状态的转录因子,以指导更精确的细胞免疫疗法设计 CD8 T细胞,特别是终末耗竭T细胞(TEX)和组织驻留记忆T细胞(TRM) 单细胞组学 癌症和慢性感染 单细胞RNA测序(scRNA-seq),表观遗传分析,体内CRISPR筛选(Perturb-seq) NA 转录组数据,表观遗传数据,单细胞RNA测序数据 涉及九种CD8 T细胞状态,具体样本数量未在摘要中明确说明 NA 单细胞RNA测序 NA NA
63 2026-04-01
Osteoarthritis and chondrosarcoma: Bioinformatics analysis based on single-cell RNA sequencing and molecular docking
2026-Mar, Advances in clinical and experimental medicine : official organ Wroclaw Medical University IF:2.1Q3
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序和分子对接技术,分析了骨关节炎和软骨肉瘤的细胞异质性及分子机制,以识别潜在治疗靶点 结合单细胞RNA测序与分子对接方法,首次在单细胞水平对比骨关节炎和软骨肉瘤的细胞亚群分布和基因表达差异,并探索天然化合物与DAP3蛋白的相互作用 研究基于公开数据集,可能受样本来源和技术限制;分子对接结果为计算模拟,需实验验证 探究骨关节炎和软骨肉瘤的细胞异质性、分子机制及潜在治疗靶点 骨关节炎和软骨肉瘤的细胞亚群,包括神经元、软骨细胞和免疫细胞 生物信息学 骨关节炎, 软骨肉瘤 单细胞RNA测序, 分子对接 t-SNE, UMAP 单细胞RNA测序数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
64 2026-04-01
Novel association of NAV3 with dilated cardiomyopathy and its role in cardiac fibrosis
2026-Mar-01, American journal of physiology. Heart and circulatory physiology
研究论文 本研究通过基因组关联分析发现NAV3基因与扩张型心肌病相关,并利用单细胞RNA-seq和体外实验揭示了NAV3在TGF-β1诱导的心脏成纤维细胞活化和纤维化中的新功能机制 首次将NAV3基因与扩张型心肌病的心脏纤维化联系起来,并发现其通过非经典信号通路(独立于SMAD2/3)和细胞周期调控来促进成纤维细胞向肌成纤维细胞转化 研究主要基于体外细胞实验,缺乏体内动物模型验证;机制研究尚未完全阐明NAV3调控的具体下游信号通路 探究NAV3基因在心脏病理生理学中的功能作用,特别是在扩张型心肌病相关心脏纤维化中的作用机制 人类心脏成纤维细胞(原代心室成纤维细胞) 基因组学与细胞生物学 扩张型心肌病 GWAS, 单细胞RNA-seq, RNA测序, Western blot, siRNA敲低 NA 基因组数据, 转录组数据, 蛋白质数据 未明确样本数量(使用已发表的人类心脏单细胞RNA-seq数据和原代细胞) NA 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq NA NA
65 2026-04-01
Single-cell profiling of HDAC inhibitor-induced EBV lytic heterogeneity defines abortive and refractory states in B lymphoblasts
2026-Mar, PLoS pathogens IF:5.5Q1
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序技术,分析了HDAC抑制剂在EBV阳性B淋巴母细胞中诱导的病毒裂解异质性,定义了流产和耐药状态 首次在单细胞水平上揭示了HDAC抑制剂诱导EBV裂解复制的异质性,并识别了NF-κB通路和CD137/CD137L信号轴在阻止成功裂解复制中的关键作用 研究仅基于四种EBV阳性细胞系,未在体内模型或临床样本中验证,且单细胞测序仅针对P3HR1-ZHT BL细胞系进行 探究HDAC抑制剂在EBV相关恶性肿瘤中诱导病毒裂解复制的机制,并识别影响治疗反应的宿主因素 四种EBV阳性细胞系:P3HR1-ZHT BL、Jijoye BL、IBL-1免疫母细胞淋巴瘤和新生感染衍生的淋巴母细胞样细胞系 单细胞组学 EBV相关恶性肿瘤 单细胞RNA测序,Cas9-RNP功能验证 NA 单细胞RNA测序数据 四种EBV阳性细胞系 NA 单细胞RNA-seq NA NA
66 2026-04-01
Deconvolving cell-type-specific gene expression profiles from bulk RNA-seq samples
2026-Mar, PLoS computational biology IF:3.8Q1
研究论文 本文开发了一种基于U-Net的深度学习算法BLUE,用于从bulk RNA-seq样本中解卷积细胞类型比例和细胞类型特异性基因表达谱 利用U-Net架构的强大特征提取和表示学习能力,首次实现了对细胞类型特异性基因表达谱的准确预测,并构建了一个整合框架用于癌症患者亚型分型和预后生物标志物识别 未明确提及算法在特定疾病或组织类型中的验证范围,可能受限于训练数据的质量和多样性 整合bulk RNA-seq和scRNA-seq的优势,利用现有bulk RNA-seq数据集进行细胞类型特异性基因表达分析 bulk RNA-seq样本中的细胞类型比例和细胞类型特异性基因表达谱 机器学习 癌症 bulk RNA-seq, scRNA-seq U-Net RNA-seq数据 NA NA bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq NA NA
67 2026-04-01
STGNET: extending panel coverage in imaging-based spatial transcriptomics using deep generative adversarial networks
2026-Mar-01, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1
研究论文 本研究提出了一种名为STGNET的深度学习框架,通过结合生成对抗网络和图神经网络来扩展成像空间转录组学的基因面板覆盖范围 首次将多阶段生成对抗网络与空间感知图卷积网络相结合,通过整合物理细胞邻近性和转录相似性来优化基因插补,从而突破现有成像空间转录组技术基因面板有限的瓶颈 方法性能依赖于单细胞RNA测序数据的质量,且在极稀疏或噪声较大的空间转录组数据中可能面临挑战 开发一种能够扩展成像空间转录组学基因覆盖范围的深度学习工具,以促进更全面的空间生物学发现 成像空间转录组数据 数字病理学 乳腺癌 成像空间转录组学,单细胞RNA测序 生成对抗网络,图卷积网络 空间基因表达数据 九个不同的空间转录组数据集 NA 成像空间转录组学,单细胞RNA-seq NA NA
68 2026-04-01
A hybrid neighborhood enhanced contrastive learning and self-knowledge distillation method for scRNA-seq data clustering analysis
2026-Feb-28, Bioinformatics (Oxford, England)
研究论文 本文提出了一种名为scKD的新方法,该方法结合了混合邻域增强对比学习和自知识蒸馏策略,用于提高单细胞RNA测序数据的聚类分析性能 首次将混合邻域增强对比学习模型与自知识蒸馏策略相结合,用于单细胞RNA测序数据分析,能够同时准确识别主要细胞类型和稀有细胞亚型 未明确说明方法在特定生物环境或疾病类型中的适用性限制,也未讨论计算资源需求 提高单细胞RNA测序数据的聚类分析准确性,解决细胞异质性分析中的高维度、复杂性和噪声问题 单细胞RNA测序数据 机器学习 NA 单细胞RNA测序 对比学习, 知识蒸馏 基因表达数据 多个真实世界数据集(具体数量未在摘要中说明) NA 单细胞RNA-seq NA NA
69 2026-04-01
Loss of miR-29a/b1 cluster reprograms the tumor microenvironment and contributes to immunosuppression in lung cancer
2026-Feb-25, Cancer immunology research IF:8.1Q1
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序发现,miR-29a/b1簇的缺失通过调控Enpp2/ATX等靶基因重塑肺癌肿瘤微环境,导致免疫抑制并影响PD-1抑制剂疗效 首次在Kras/p53驱动的肺癌模型中,通过单细胞RNA测序揭示miR-29缺失通过上调ATX等靶基因导致肿瘤微环境纤维化和免疫抑制,从而介导PD-1抑制剂耐药 研究主要基于小鼠模型,人类患者数据来自公共数据库的回顾性分析,需要进一步临床验证 探究肺癌对PD-1/PD-L1免疫检查点抑制剂产生耐药性的分子机制,并寻找克服耐药的新靶点 Kras/p53驱动的肺癌小鼠模型、抗PD-1耐药肿瘤、公共数据库中的肺腺癌患者RNA测序数据 肿瘤免疫学 肺癌 单细胞RNA测序、RNA测序 NA 基因表达数据 未明确样本数量,包括抗PD-1耐药和敏感的小鼠肺癌模型及公共数据库患者数据 NA 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq NA NA
70 2026-04-01
Integrating scRNA-seq and snRNA-seq with spatial transcriptomics to unlock the xylem puzzle
2026-Feb-23, Genome biology IF:10.1Q1
研究论文 本研究通过整合单细胞RNA测序(scRNA-seq)和单核RNA测序(snRNA-seq)与空间转录组学,重建了杨树木质部发育的完整轨迹 整合scRNA-seq和snRNA-seq数据,克服了scRNA-seq在捕获晚期木质部细胞方面的限制,首次全面解析了木质部发育的连续过程,包括次生细胞壁沉积和程序性细胞死亡等关键阶段 研究主要基于杨树,结果在其他木本植物中的普适性有待验证,且空间转录组学数据的整合深度可能有限 解析木质部发育的动态连续过程,特别是次生细胞壁沉积和程序性细胞死亡等关键阶段 杨树(Populus)茎发育中的木质部细胞 植物生物学 NA 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、单核RNA测序(snRNA-seq)、空间转录组学、激光捕获显微切割(LCM)、基因本体分析 支持向量机(SVM) RNA测序数据、空间转录组数据、图像数据(木质素自发荧光) 未明确指定样本数量,但涉及杨树茎发育木质部的scRNA-seq和snRNA-seq数据集整合 NA 单细胞RNA-seq, 单核RNA-seq, 空间转录组学 NA NA
71 2026-04-01
Multi-species integration, alignment and annotation of single-cell RNA-seq data with CAMEX
2026-Feb-21, Nature communications IF:14.7Q1
研究论文 本文介绍了一种名为CAMEX的异构图神经网络工具,用于整合、比对和注释来自多个物种的单细胞RNA测序数据 CAMEX利用多对多同源关系进行跨物种整合,在多种跨物种基准数据集上优于现有方法,并能促进不同发育阶段物种的比对 NA 解决多物种单细胞RNA测序数据整合与注释的挑战 多个物种的单细胞RNA测序数据 自然语言处理 NA 单细胞RNA测序 异构图神经网络 单细胞RNA测序数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
72 2026-04-01
Spatial transcriptomics maps early B-cell and T-cell activation in hidradenitis suppurativa
2026-Feb-19, The Journal of investigative dermatology IF:5.7Q1
研究论文 本研究通过整合空间转录组学和单细胞转录组学分析,揭示了化脓性汗腺炎早期阶段B细胞和T细胞的活化情况及其在疾病进展中的作用 首次在化脓性汗腺炎中揭示了早期免疫激活(包括B细胞富集、17型T细胞通路激活和中性粒细胞浸润)先于隧道或三级淋巴结构形成的时序关系,并发现早期病变中T细胞是B细胞趋化因子CXCL13的主要生产者 研究样本数量相对有限(156个感兴趣区域),且主要基于转录组学数据,缺乏蛋白质水平的验证 阐明化脓性汗腺炎中免疫激活的时间序列及其与晚期结构形成的关系 化脓性汗腺炎早期和晚期病变组织,并与聚合性痤疮和银屑病进行比较 数字病理学 皮肤炎症性疾病 空间转录组学,单细胞RNA测序 NA 转录组数据 156个感兴趣区域 NA 空间转录组学,单细胞RNA-seq NA NA
73 2026-04-01
Spatiotemporal histogenesis of the developing human cerebellum reveals dynamic layering of Bergmann glia
2026-Feb-17, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1
研究论文 本研究结合组织病理学分析、空间转录组学和单核RNA测序,揭示了人类小脑中Bergmann胶质细胞(BG)的时空发育图谱 挑战了先前认为BG在妊娠晚期出现的观点,发现BG在11周后即出现,并揭示了人类特有的三层组织结构及BG的多阶段起源 研究主要基于发育中的人类小脑样本,可能未完全涵盖所有发育阶段或疾病状态 阐明人类小脑中Bergmann胶质细胞的发育时间线、分子特征和空间组织 人类小脑发育过程中的Bergmann胶质细胞、Purkinje细胞及其他胶质细胞 数字病理学 神经发育障碍 组织病理学分析、空间转录组学、单核RNA测序 NA 图像、转录组数据 涉及多个发育阶段的人类小脑样本,具体数量未明确说明 NA 空间转录组学、单核RNA测序 NA NA
74 2026-04-01
Single-cell atlas of hepatic cellular plasticity and immune niche reprogramming in liver cirrhosis
2026-Feb-17, Journal of translational medicine IF:6.1Q1
研究论文 本研究利用公开的单细胞测序数据集,解析了肝硬化中疾病相关的免疫细胞亚型、基因表达谱和转录因子活性变化 整合多种生物信息学工具(Seurat、Monocle、CellChat)系统解析肝硬化中免疫细胞的动态变化、细胞间通讯网络和关键转录调控因子,并识别出三个关键的疾病相关免疫调控轴 研究基于公开数据集进行二次分析,缺乏独立的实验验证;样本来源和临床背景信息可能有限 解析肝硬化中免疫细胞的动态变化、细胞间通讯网络和关键转录调控机制,以理解其在疾病发生发展中的作用 肝硬化患者的肝脏免疫细胞 生物信息学 肝硬化 单细胞RNA测序 Seurat, Monocle, CellChat 单细胞RNA测序数据 35,017个细胞 NA 单细胞RNA-seq NA NA
75 2026-04-01
Single-cell atlas of the transcriptome and chromatin accessibility in the human retina
2026-Feb, Nature genetics IF:31.7Q1
研究论文 本研究构建了一个整合了转录组和染色质可及性数据的人类视网膜单细胞图谱 整合了多模态(转录组和染色质可及性)、多供体、多实验室数据,创建了全面的人类视网膜细胞图谱,并分析了跨细胞类型、年龄、祖先和组织的差异 未明确说明技术或分析的具体局限性 创建全面的人类视网膜细胞参考图谱,以促进对视网膜功能和病理的理解 人类视网膜细胞 单细胞组学 视网膜疾病 单细胞测序 NA 单细胞转录组数据,单细胞染色质可及性数据 约390万个细胞,来自125名具有不同祖先背景的供体 NA 单细胞RNA-seq,单细胞ATAC-seq NA NA
76 2026-04-01
Integrative microRNA and transcriptome analysis reveals sex-specific molecular divergence in human bladder cancer
2026-Jan-23, Biology of sex differences IF:4.9Q1
研究论文 本研究通过整合miRNA与转录组分析,揭示了膀胱癌中性别特异的分子差异及其对肿瘤生物学和预后的影响 首次结合bulk mRNA/miRNA表达、生存建模和单细胞转录组分析,系统识别了膀胱癌中性别特异的分子特征和调控网络,并强调了常染色体基因的转录后调控在性别差异中的主导作用 研究主要基于公共数据库的回顾性数据,缺乏前瞻性验证;单细胞分析样本量有限,可能影响细胞类型特异性结论的普适性 阐明膀胱癌性别差异的生物学机制,识别性别特异的分子特征和调控相互作用 人类膀胱癌组织样本,包括肿瘤和正常组织 生物信息学 膀胱癌 bulk mRNA测序, microRNA测序, 单细胞RNA测序 差异表达分析, 生存分析(Kaplan-Meier, Cox模型), 相关性分析 基因表达数据, 生存数据 数据来源于TCGA、GEO和GSA等公共数据库,具体样本数量未在摘要中明确说明 NA 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq NA NA
77 2026-01-23
Building consensus: construction of a juvenile and adult scRNA-seq meta-atlas for dataset comparisons and harmonizing transcriptomic definitions of enteric neuron subtypes
2026-Jan-22, BMC genomics IF:3.5Q2
NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
78 2026-04-01
Ovarian hormone deficiency enhances wood smoke-induced immune dysfunction via transcriptomic and metabolic alterations
2026-Jan-15, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究利用单细胞RNA测序技术,探究了卵巢激素缺乏如何加剧木材烟雾暴露诱导的骨髓免疫功能障碍,揭示了相关的转录组学和代谢改变机制 首次在卵巢激素缺乏背景下,结合单细胞RNA测序和功能验证,系统揭示了木材烟雾暴露对骨髓免疫细胞的特定影响,并发现了免疫-代谢解耦这一新机制 研究主要聚焦于卵巢切除小鼠模型,未涉及其他激素缺乏状态或人类样本;功能验证主要在骨髓来源巨噬细胞中进行,体内整体免疫表型验证有限 探究卵巢激素缺乏是否增加对木材烟雾诱导的免疫功能障碍的易感性,并阐明其分子机制 卵巢切除(OVX)小鼠和假手术(Sham)小鼠的骨髓免疫细胞及骨髓来源巨噬细胞 单细胞组学 免疫功能障碍 单细胞RNA测序,代谢功能测定,巨噬细胞极化分析 NA 单细胞转录组数据,功能测定数据 卵巢切除和假手术小鼠,暴露于过滤空气或木材烟雾 NA 单细胞RNA-seq NA NA
79 2026-04-01
Network Hypoactivity in ALG13-CDG: Disrupted Developmental Pathways and E/I Imbalance as Early Drivers of Neurological Features in CDG
2026-01-14, Cells IF:5.1Q2
研究论文 本研究通过iPSC来源的人皮质类器官模型,揭示了ALG13-CDG疾病中大脑特异性低糖基化如何破坏神经发育通路并导致皮质网络功能障碍 首次利用多组学整合分析揭示了ALG13-CDG中大脑特异性低糖基化的机制,发现了早期网络低活性、神经元成熟时序错乱以及兴奋/抑制失衡向代偿性过度兴奋演变的动态过程 研究基于体外类器官模型,可能无法完全模拟体内大脑的复杂环境;样本量相对有限 探究ALG13-CDG疾病中ALG13功能障碍对人类大脑糖基化和神经发育的影响机制 ALG13-CDG患者来源的iPSC诱导的人皮质类器官 神经科学 先天性糖基化障碍 单细胞RNA测序、蛋白质组学、糖蛋白质组学、N-聚糖成像、脂质组学、代谢组学、MEA记录 人皮质类器官模型 多组学数据(转录组、蛋白质组、糖基化组、脂质组、代谢组)、电生理数据 ALG13-CDG患者来源的iPSC诱导的皮质类器官 NA 单细胞RNA-seq NA NA
80 2026-04-01
Single-cell RNA sequencing reveals transcriptional profiles of endometrial epithelial remodeling and identifies candidate genes regulating glandular cell development in Chinese Meishan pigs
2026-Jan-08, Journal of animal science IF:2.7Q1
研究论文 本研究利用单细胞RNA测序技术,构建了中国梅山猪发情周期中子宫内膜上皮细胞的转录组图谱,揭示了上皮细胞异质性、分化轨迹以及调控腺体细胞发育的关键候选基因 首次在梅山猪中构建了涵盖卵泡期和黄体期的子宫内膜上皮单细胞转录组图谱,鉴定了包括ALDH1A3+LGR5+干细胞和ALDH1A1+祖细胞在内的新亚群,并解析了腺体上皮形成的连续分化轨迹及其相关的转录调控和代谢程序 研究聚焦于中国梅山猪这一特定品种,其发现是否普遍适用于其他猪种或哺乳动物尚需验证;单细胞测序技术本身可能无法捕获所有低丰度转录本或罕见的细胞状态 阐明猪子宫内膜在上皮细胞重塑过程中的细胞异质性、分化轨迹以及调控腺体细胞发育的分子机制 中国梅山猪的子宫内膜上皮细胞 单细胞组学 NA 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
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