单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 28846 篇文献，本页显示第 61 - 80 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 61 | 2025-06-16 |
Integrating spatial transcriptomics and single-cell RNA-seq dissects immune microenvironment in fatty liver regeneration
2025-Jun, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.70365
PMID:40515443
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 62 | 2025-06-18 |
Perinatal Exposure to Lead or Diethylhexyl Phthalate in Mice: Sex-Specific Effects on Cardiac DNA Methylation and Gene Expression across Time
2025-Jun, Environmental health perspectives
IF:10.1Q1
DOI:10.1289/EHP15503
PMID:40315424
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research paper | 研究围产期暴露于铅或邻苯二甲酸二乙基己酯对小鼠心脏DNA甲基化和基因表达的性别特异性影响 | 首次研究了围产期暴露于铅或DEHP对心脏转录组和表观基因组在生命周期中的性别特异性影响 | 需要进一步研究表观遗传和转录差异如何影响心血管健康，特别是在老年心血管疾病风险显著增加时 | 探究围产期暴露于铅或DEHP对心脏DNA甲基化和基因表达的影响 | 小鼠心脏 | 表观遗传学 | 心血管疾病 | ERRBS, RNA-Seq, MethylSig, edgeR, MuSiC算法 | NA | DNA甲基化数据, 基因表达数据 | 每组每性别至少5只小鼠，分别在3周、5个月和10个月龄时采集心脏样本 |
| 63 | 2025-06-18 |
[Single-cell transcriptomics combined with bioinformatics for comprehensive analysis of macrophage subpopulations and hub genes in ischemic stroke]
2025-Jun, Xi bao yu fen zi mian yi xue za zhi = Chinese journal of cellular and molecular immunology
PMID:40525338
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序和生物信息学方法分析缺血性卒中中巨噬细胞亚群及其关键基因 | 首次结合scRNA-seq和hdWGCNA技术鉴定缺血性卒中特异性巨噬细胞亚群(MSM)，并发现CCL6-CCR1信号轴在神经炎症中的潜在作用 | 未进行实验验证关键基因的功能机制，样本来源和数量未明确说明 | 探究缺血性卒中后巨噬细胞亚群的特征及其在疾病中的作用 | 缺血性卒中患者的巨噬细胞亚群 | 生物信息学 | 缺血性卒中 | scRNA-seq, hdWGCNA, 细胞间通讯分析, 伪时间轨迹分析 | NA | 单细胞转录组数据, 微阵列数据 | NA |
| 64 | 2025-06-18 |
Targeting caseinolytic mitochondrial matrix peptidase, a novel contributor to the pathobiology of high-risk multiple myeloma
2025-May-29, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood.2024024781
PMID:39912779
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研究论文 | 本文通过单细胞转录组学技术，识别出在多发性骨髓瘤中过表达的CLPP基因，并探讨其作为治疗靶点的潜力 | 首次将CLPP基因识别为高风险多发性骨髓瘤的关键致病因子，并验证其作为治疗靶点的有效性 | 研究主要基于体外实验和动物模型，临床转化效果需要进一步验证 | 探索多发性骨髓瘤进展的分子机制并寻找新的治疗靶点 | CD138+肿瘤性浆细胞 | 肿瘤生物学 | 多发性骨髓瘤 | 单细胞转录组学 | NA | 基因表达数据 | 未明确说明样本数量，但包含新诊断和复发/难治性病例样本 |
| 65 | 2025-06-18 |
Identification of an Immune-Related Gene Signature for Prognostic Prediction in Glioblastoma: Insights from Integrated Bulk and Single-Cell RNA Sequencing
2025-May-28, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers17111799
PMID:40507280
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研究论文 | 本研究通过整合批量和单细胞RNA测序数据，识别并表征了与胶质母细胞瘤预后和免疫调节相关的免疫相关基因特征 | 开发了一个五基因特征的Macrophage-Associated Prognostic Signature (MAPS)，为胶质母细胞瘤的免疫生物学提供了新的见解，并识别了潜在的生物标志物和治疗靶点 | 研究未明确说明样本量大小及具体基因名称，可能影响结果的普适性 | 识别与胶质母细胞瘤预后和免疫调节相关的免疫相关基因特征 | 胶质母细胞瘤的免疫微环境 | 数字病理学 | 胶质母细胞瘤 | 批量和单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA |
| 66 | 2025-06-18 |
Barcoded monoclonal embryoids are a potential solution to confounding bottlenecks in mosaic organoid screens
2025-May-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.23.655669
PMID:40475436
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研究论文 | 本文探讨了使用条形码标记的单克隆胚胎体（EBs）作为解决嵌合体器官筛选中的混杂瓶颈问题的潜在方案 | 开发了一种可扩展的方案，通过单克隆来源和遗传条形码技术，提高了转录因子（TF）扰动效果的量化能力，并减少了EB分化过程中的克隆复杂性损失 | 研究结果在生物重复中不可重现，表明存在细胞瓶颈效应，限制了统计功效和嵌合体筛选的解释 | 加速基因组学与发育生物学交叉领域的发现，改进嵌合体器官筛选方法 | 小鼠胚胎干细胞（mESCs）和胚胎体（EBs） | 发育生物学 | NA | CRISPR筛选、单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | NA |
| 67 | 2025-06-18 |
A Multimodal Spatial and Epigenomic Atlas of Human Adult Lung Topography
2025-May-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.23.655666
PMID:40475598
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研究论文 | 本文介绍了一种整合多模态单核人类肺图谱（snHLA），旨在开发高分辨率的人类成人肺地形和表观基因组图谱 | 通过整合snRNA-seq和SNARE-seq2技术，首次在单核水平上同时分析染色质可及性和基因表达，识别了70个分子上不同的细胞群和332,846个可及染色质区域，提出了新的肺细胞多样性转录调控因子 | 研究仅基于11名健康成年人的样本，可能无法完全代表肺疾病的多样性 | 开发高分辨率的肺空间和表观基因组图谱，以探究肺部疾病的起源 | 人类成人肺组织 | 数字病理学 | 肺疾病 | snRNA-seq, SNARE-seq2, MERFISH, 多重免疫荧光 | NA | 单核RNA测序数据、染色质可及性数据、空间转录组数据、免疫荧光图像 | 49个肺组织块，共746,047个细胞核，来自11名健康成年人 |
| 68 | 2025-06-18 |
TLR7 responses in glomerular macrophages accelerate the progression of glomerulonephritis in NZBWF1 mice
2025-05-21, International immunology
IF:4.8Q2
DOI:10.1093/intimm/dxaf005
PMID:40401698
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研究论文 | 本研究探讨了TLR7在肾小球巨噬细胞中的反应如何加速NZBWF1小鼠肾小球肾炎的进展 | 揭示了TLR7信号通过促进肾小球巨噬细胞中IL-1β的产生和狼疮相关基因的表达，加速肾小球肾炎的进展 | 研究仅限于NZBWF1小鼠模型，未在人类患者中进行验证 | 探究巨噬细胞TLR7反应在肾小球肾炎中的作用机制 | NZBWF1小鼠及其肾小球巨噬细胞 | 免疫学 | 系统性红斑狼疮 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NZBWF1小鼠及其肾小球巨噬细胞 |
| 69 | 2025-06-18 |
Single-cell transcriptome of retinal myeloid cells in response to transplantation of human neurons reveals reversibility of microglial activation
2025-May-21, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.16.654622
PMID:40475635
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析揭示了视网膜髓系细胞在人类神经元移植后的微胶质细胞激活可逆性 | 首次展示了视网膜髓系细胞在移植后的双向激活轨迹，揭示了微胶质细胞激活的可逆性 | 研究仅观察了移植后3天的短期反应，缺乏长期追踪数据 | 探究视网膜移植后宿主微胶质细胞/巨噬细胞的激活机制和异质性 | 人类胚胎干细胞分化的视网膜神经节细胞(RGC)和宿主视网膜髓系细胞 | 数字病理学 | 神经退行性疾病 | 单细胞RNA测序(scRNAseq)，10X Genomics Chromium平台，RNA Velocity分析 | NA | 单细胞转录组数据 | 每样本多达10,000个活细胞，使用3-6月龄knock-in小鼠 |
| 70 | 2025-06-18 |
Optimizing Single-Cell Long-Read Sequencing for Enhanced Isoform Detection in Pancreatic Islets
2025-May-20, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.04.30.651101
PMID:40475445
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研究论文 | 本研究优化了单细胞长读长测序协议，以增强胰腺胰岛中的异构体检测 | 优化了单细胞长读长测序协议，特别是5'端文库制备协议优于3'端协议，并通过靶向消耗胰岛素转录本增强了信息性读长的检测 | 技术挑战包括读长不足和较高的错误率，以及高表达单一转录本的细胞类型可能掩盖低丰度转录本的识别 | 优化单细胞长读长测序技术，以提高胰腺胰岛中异构体的检测能力 | 胰腺胰岛中的细胞类型及其转录组 | 基因组学 | 糖尿病 | 单细胞长读长测序 | NA | RNA序列数据 | NA |
| 71 | 2025-06-18 |
Tyrosinase in melanoma inhibits anti-tumor activity of PD-1 deficient T cells
2025-May-15, BMC biology
IF:4.4Q1
DOI:10.1186/s12915-025-02237-4
PMID:40375241
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研究论文 | 研究酪氨酸酶在黑色素瘤中如何抑制PD-1缺陷T细胞的抗肿瘤活性 | 首次发现酪氨酸酶在黑色素瘤中抑制T细胞的抗肿瘤活性，并通过CRISPR/Cas9技术敲除酪氨酸酶基因，揭示了其增强T细胞浸润和激活的机制 | 研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类临床试验中验证 | 探索黑色素瘤中抑制T细胞抗肿瘤活性的分子机制 | B16黑色素瘤模型和PD-1缺陷小鼠 | 肿瘤免疫学 | 黑色素瘤 | CRISPR/Cas9基因编辑、单细胞RNA测序 | 小鼠模型 | 基因表达数据 | 未明确说明具体样本数量，但使用了野生型小鼠和PD-1缺陷小鼠 |
| 72 | 2025-06-18 |
Circadian clock-gated cell renewal controls time-dependent changes in taste sensitivity
2025-May-13, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2421421122
PMID:40339128
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研究论文 | 研究探讨了生物钟调控细胞周期进程对小鼠舌头味觉细胞更新的影响 | 揭示了生物钟通过调控细胞周期影响味觉细胞更新的机制，并发现味觉敏感性的时间依赖性变化 | 研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证 | 探索生物钟调控细胞周期对味觉细胞更新的影响及其生理意义 | 小鼠舌头上皮细胞和味蕾类器官 | 细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 小鼠舌头上皮细胞和味蕾类器官 |
| 73 | 2025-06-18 |
scValue: value-based subsampling of large-scale single-cell transcriptomic data for machine and deep learning tasks
2025-May-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf279
PMID:40515392
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研究论文 | 本文介绍了一种名为scValue的新方法，用于大规模单细胞转录组数据的基于价值的子采样，以优化机器学习和深度学习任务的表现 | scValue通过随机森林模型的袋外估计对单个细胞进行'数据价值'排名，优先考虑高价值细胞，并更有效地保留子样本中的关键生物信号 | NA | 优化大规模单细胞RNA测序数据的子采样方法，以提高下游机器学习和深度学习任务的性能 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | scRNA-seq | 随机森林 | 单细胞转录组数据 | 16个公共数据集，从数万到数百万个细胞不等 |
| 74 | 2025-06-18 |
An Improved, High-Yield Method for Isolating Nuclei from Individual Zebrafish Embryos for Single-Nucleus RNA Sequencing
2025-Apr, Zebrafish
IF:1.4Q2
DOI:10.1089/zeb.2024.0175
PMID:40040474
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研究论文 | 本文提出了一种改进的高效方法，用于从单个斑马鱼胚胎中分离细胞核，以进行单核RNA测序 | 通过珠磨裂解法在96孔板中高效分离高质量细胞核，相比酶解方法有显著改进 | 未明确说明该方法是否适用于其他生物样本或更广泛的实验条件 | 开发一种高效的方法用于斑马鱼胚胎单核RNA测序 | 斑马鱼胚胎 | 基因组学 | NA | 单核RNA测序(snRNA-seq), 单细胞组合索引RNA测序(sci-RNA-seq) | NA | RNA测序数据 | 多个斑马鱼胚胎(具体数量未明确说明) |
| 75 | 2025-06-18 |
Cell states and neighborhoods in distinct clinical stages of primary and metastatic esophageal adenocarcinoma
2025-Mar-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.17.608386
PMID:39229240
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研究论文 | 通过多组学分析探讨食管腺癌（EAC）的疾病进展和治疗反应 | 识别了五种恶性细胞程序，并揭示了它们与微环境细胞类型的空间定位和相互作用 | 研究结果需要在更大规模的队列中进行验证 | 理解食管腺癌的异质性、疾病进展和治疗反应 | 原发性和转移性食管腺癌肿瘤 | 数字病理学 | 食管腺癌 | 单核转录组和染色质可及性测序，空间分析 | NA | 转录组数据，染色质可及性数据，空间数据 | 一组原发性和转移性EAC肿瘤样本 |
| 76 | 2025-06-18 |
An abnormal increase in CD26(-)CD28(-) cytotoxic effector CD4 and CD8 T cell populations in patients with systemic lupus erythematosus
2025-02-04, International immunology
IF:4.8Q2
DOI:10.1093/intimm/dxae062
PMID:39383111
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research paper | 该研究探讨了系统性红斑狼疮(SLE)患者中CD26(-)CD28(-)细胞毒性效应CD4和CD8 T细胞群体的异常增加 | 揭示了SLE患者中CD26(-)CD28(-)细胞毒性T细胞亚群的异常扩增及其与自然杀伤T细胞的相似性 | 样本量相对较小(57名SLE患者和31名健康志愿者)，且糖皮质激素治疗效果存在个体差异 | 阐明CD26 T细胞表面表达减少在SLE病理中的作用 | 系统性红斑狼疮(SLE)患者和健康成人的外周血单个核细胞 | 免疫学 | 系统性红斑狼疮 | 单细胞RNA测序分析 | NA | 细胞数据 | 57名SLE患者和31名健康成人志愿者 |
| 77 | 2025-06-18 |
SpatialSNV: A novel method for identifying and analyzing spatially resolved SNVs in tumor microenvironments
2025-Jan-06, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giaf065
PMID:40515555
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研究论文 | 本研究开发了一种名为SpatialSNV的新方法，用于在肿瘤微环境中识别和分析空间解析的单核苷酸变异（SNVs） | SpatialSNV方法首次利用空间转录组学平台在肿瘤切片中识别有效的SNVs，揭示了SNVs与肿瘤微环境动态的关系 | 未提及具体的技术限制或样本量不足的问题 | 探索SNVs在肿瘤微环境中的作用，并识别潜在的 therapeutic targets | 肿瘤微环境中的单核苷酸变异（SNVs） | 数字病理学 | 结直肠癌 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | NA |
| 78 | 2025-06-18 |
Enhanced Spatial Transcriptomics Analysis of Mouse Lung Tissues Reveals Cell-Specific Gene Expression Changes Associated with Pulmonary Hypertension
2025, Journal of respiratory biology and translational medicine
DOI:10.70322/jrbtm.2025.10004
PMID:40502298
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研究论文 | 本文提出了一种高分辨率空间转录组学协议，用于分析小鼠肺组织中的细胞特异性基因表达变化，特别是在肺动脉高压模型中 | 开发了一种固定冷冻小鼠肺组织切片的方法，结合10X Genomics Xenium平台，实现了高保真度的空间转录组学数据 | 仅使用了预设计的379基因小鼠面板，可能未涵盖所有相关基因 | 研究肺动脉高压（PH）模型中肺组织的细胞特异性基因表达变化 | 小鼠肺组织 | 数字病理学 | 肺动脉高压 | 空间转录组学、荧光原位杂交（FISH）、高通量成像 | NA | 空间转录组数据 | NA |
| 79 | 2025-06-18 |
Cell signaling characterization for spatial transcriptomics (ST) data using network analysis
2025, Complex networks & their applications XIII : proceedings of the thirteenth International Conference on Complex Networks and Their Applications: COMPLEX NETWORKS 2024. Volume 1. International Conference on Complex Networks and Their Appl...
DOI:10.1007/978-3-031-82435-7_32
PMID:40510773
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research paper | 提出了一种基于网络分析的空间转录组数据细胞间通讯方法 | 构建了一个全连接、有向且加权的网络模型来量化配体-受体相互作用的信号活性，并强调了使用低维基因数据嵌入构建网络模型的重要性 | 仅在三种相互作用上进行了验证，样本量有限 | 开发一种新的方法来表征空间转录组数据中的细胞信号传导 | 空间转录组数据中的配体-受体相互作用 | digital pathology | NA | Spatial Transcriptomics (ST) | network model | gene expression data | 一个真实ST数据集上的三种相互作用 |
| 80 | 2025-06-18 |
Survey of transcriptome analyses of hippocampal neurogenesis with focus on adult dentate gyrus stem cells
2025, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2025.1605116
PMID:40519263
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综述 | 本文综述了关于海马神经发生的转录组分析，重点关注成年齿状回干细胞的研究 | 通过单细胞RNA测序和克隆研究揭示了成年齿状回中神经干细胞异质性群体的存在，包括长寿命和早期快速耗竭的群体 | 关于人类成年神经发生的研究较少，且存在物种间神经发生过程动态差异的问题 | 探讨海马神经发生的分子机制及其在学习和记忆中的作用 | 成年齿状回神经干细胞及其发育轨迹 | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA |