单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
61	2025-06-26	Highly sensitive and scalable time-resolved RNA sequencing in single cells with scNT-seq2 2025-Jun-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.03.657745 PMID:40502146	研究论文	介绍了一种高灵敏度和可扩展的单细胞时间分辨RNA测序方法scNT-seq2	通过系统优化第二链cDNA合成步骤，显著提高了读取对齐率、减少了背景突变并增强了文库复杂性	NA	解析单细胞水平上新合成RNA与预存RNA池的基因表达动态	4sU标记的K562细胞	单细胞测序	NA	scNT-seq2, 时间分辨RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
62	2025-06-26	Single-cell transcriptomics reveals probiotic reversal of neonatal morphine-induced gene disruptions underlying adolescent pain hypersensitivity 2025-Jun-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.30.657034 PMID:40502161	研究论文	通过单细胞转录组学揭示益生菌逆转新生儿吗啡诱导的基因破坏，从而缓解青少年疼痛过敏	首次提供了新生儿吗啡暴露及益生菌干预后青少年中脑的单细胞RNA测序数据集，揭示了益生菌对转录组的影响	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	研究新生儿吗啡暴露对青少年疼痛通路的长期影响及益生菌的干预效果	青少年小鼠的中脑单细胞	神经科学	疼痛过敏	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	107,427个中脑单细胞
63	2025-06-26	Synthbar: A Lightweight Tool for Adding Synthetic Barcodes to Sequencing Reads 2025-Jun-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.30.657070 PMID:40502055	research paper	介绍了一种轻量级工具Synthbar，用于在测序读取中添加合成条形码，以便于使用期望存在细胞条形码的计算工具	填补了当前没有工具可以轻松添加合成细胞条形码以适配计算工具的空白	未提及具体性能评估或与其他工具的对比	开发一种工具，使没有细胞条形码的单细胞测序数据能够适配期望存在条形码的计算工具	单细胞测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	测序数据	NA
64	2025-06-26	Substrate stiffness dictates unique doxorubicin-induced senescence-associated secretory phenotypes and transcriptomic signatures in human pulmonary fibroblasts 2025-Jun, GeroScience IF:5.3Q1 DOI:10.1007/s11357-025-01507-x PMID:39826027	研究论文	研究探讨了机械张力如何通过细胞培养基质硬度影响衰老细胞标志物和分泌表型	揭示了高硬度驱动的独特分泌蛋白谱和转录组特征，特别是在胶原蛋白富集方面	研究主要基于体外细胞培养模型，可能无法完全反映体内复杂环境	探究物理刺激对细胞衰老和衰老相关分泌表型(SASP)的影响	人原代肺成纤维细胞(IMR-90)	细胞生物学	肺纤维化	质谱分析、单细胞RNA测序	NA	蛋白质组数据、转录组数据	人原代肺成纤维细胞在不同硬度基质(2 kPa, 50 kPa, ~3 GPa)上的培养
65	2025-06-26	A multi-omic single-cell landscape of the aging mouse ovary 2025-Jun, GeroScience IF:5.3Q1 DOI:10.1007/s11357-025-01556-2 PMID:39934558	研究论文	本研究通过结合scRNA-seq和scATAC-seq技术，描绘了小鼠年轻和年老卵巢的单细胞多组学景观，揭示了卵巢衰老过程中的细胞类型特异性转录变化及其调控元件	首次结合scRNA-seq和scATAC-seq技术系统描绘了小鼠卵巢衰老的单细胞多组学图谱，并识别了调控卵巢衰老的顺式/反式调控元件	研究仅针对小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探究卵巢衰老的分子机制，为理解女性年龄相关性生育功能障碍提供依据	年轻和年老小鼠的卵巢细胞	单细胞组学	生殖衰老	scRNA-seq, scATAC-seq	NA	单细胞转录组数据、染色质可及性数据	年轻和年老小鼠卵巢的七种主要细胞类型
66	2025-06-26	Transcriptomic profiling of senescence effects on blood-brain barrier-related gene expression in brain capillary endothelial cells in a mouse model of paclitaxel-induced chemobrain 2025-Jun, GeroScience IF:5.3Q1 DOI:10.1007/s11357-025-01561-5 PMID:39976844	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析，探讨了紫杉醇诱导的脑毛细血管内皮细胞衰老对血脑屏障相关基因表达的影响	首次在单细胞水平揭示了紫杉醇诱导的内皮细胞衰老通过转录组变化和细胞间信号改变导致血脑屏障功能障碍的机制	研究仅基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探究紫杉醇诱导的内皮细胞衰老如何通过基因表达变化影响血脑屏障功能	紫杉醇处理的小鼠脑毛细血管内皮细胞	生物医学	化疗相关认知障碍	scRNA-seq	小鼠模型	基因表达数据	紫杉醇处理组和对照组小鼠脑组织样本
67	2025-06-26	SenSkin™: a human skin-specific cellular senescence gene set 2025-Jun, GeroScience IF:5.3Q1 DOI:10.1007/s11357-025-01568-y PMID:39998731	research paper	该研究开发并验证了一个人类皮肤特异性衰老基因集SenSkin™，用于提高衰老细胞检测的敏感性和特异性	提出了首个针对人类皮肤的衰老特异性基因集SenSkin™，并通过多种RNA测序数据集验证其在时序衰老和光老化中的有效性	研究主要基于已有文献和RNA-seq数据，缺乏实验验证	开发一个皮肤特异性的衰老基因集以提高衰老细胞检测的准确性	人类皮肤细胞	生物信息学	皮肤衰老	RNA-seq, scRNA-seq	NA	基因表达数据	多个RNA-seq数据集（具体数量未明确说明）
68	2025-06-26	Recent Neuropathology Concepts 2025-Jun, Toxicologic pathology IF:1.4Q4 DOI:10.1177/01926233251320056 PMID:40079493	综述	本文总结了2024年欧洲毒理病理学会大会上关于神经病理学最新概念的讨论，涵盖了人工智能在毒理病理学中的应用、组织可视化与分析新技术以及特定病例报告	强调了人工智能和计算病理学在毒理病理学中的作用，以及新兴技术在药物筛选和开发中的当前和未来影响	NA	探讨神经病理学领域的最新概念和技术进展	毒理病理学家、神经病理学技术、药物筛选方法	数字病理学	NA	人工智能、冷冻荧光断层扫描、血脑屏障类器官、空间转录组学	NA	组织图像、转录组数据	NA
69	2025-06-26	Blocking ITGA5 potentiates the efficacy of anti-PD-1 therapy on glioblastoma by remodeling tumor-associated macrophages 2025-Jun, Cancer communications (London, England) DOI:10.1002/cac2.70016 PMID:40084746	研究论文	该研究探讨了阻断ITGA5如何通过重塑肿瘤相关巨噬细胞增强抗PD-1疗法对胶质母细胞瘤的疗效	揭示了circSDHAF2通过N-糖基化稳定ITGA5蛋白，促进MES-GBM细胞形成和SPP1+ MDMs的诱导，从而形成免疫抑制微环境的机制，并证明ITGA5阻断可增强抗PD-1疗法的抗肿瘤免疫	研究主要基于单细胞RNA测序和空间转录组学数据，需要进一步的临床验证	解析胶质母细胞瘤中特定免疫抑制亚群驱动抗PD-1耐药的分子机制，并探索增强免疫疗法疗效的策略	胶质母细胞瘤组织、MES-GBM细胞、SPP1+ MDMs和T细胞	肿瘤免疫学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序、空间转录组学、免疫共沉淀、RNA免疫沉淀和下拉实验	NA	RNA测序数据、空间转录组数据	NA
70	2025-06-26	Mini Review: Spatial Transcriptomics to Decode the Central Nervous System 2025-Jun, Toxicologic pathology IF:1.4Q4 DOI:10.1177/01926233251325204 PMID:40119776	review	这篇迷你综述探讨了空间转录组学（ST）在解码中枢神经系统（CNS）中的作用及其对神经退行性疾病研究的影响	综述了ST技术在提供空间分辨基因表达数据方面的革命性作用，特别是在神经退行性疾病中的应用	当前面临的挑战包括数据解释和分辨率限制	探索ST技术对CNS研究的贡献，特别是在神经退行性疾病中的应用	中枢神经系统（CNS）及神经退行性疾病（如阿尔茨海默病、帕金森病、多发性硬化症和肌萎缩侧索硬化症）	digital pathology	neurodegenerative disease	spatial transcriptomics (ST)	NA	gene expression data	NA
71	2025-06-26	New insights into the effects of PFOS exposure on rat lung development: morphological, functional, and single-cell sequencing analysis 2025-Jun, Archives of toxicology IF:4.8Q1 DOI:10.1007/s00204-025-04014-2 PMID:40128328	研究论文	本研究探讨了产前暴露于全氟辛烷磺酸（PFOS）对子代大鼠肺发育和功能的影响	首次结合形态学、功能学及单细胞RNA测序分析，揭示了PFOS暴露对肺发育的剂量依赖性影响及其分子机制	研究仅基于大鼠模型，结果外推到人类需谨慎	探究PFOS暴露对肺发育的毒性作用及其分子机制	子代大鼠的肺组织	毒理学	肺损伤	单细胞RNA测序	大鼠模型	基因表达数据、形态学数据、功能学数据	不同剂量组（0, 0.01, 0.1, 1 mg/kg/day）的怀孕大鼠及其子代，在出生后0、4、14、21和60天进行分析
72	2025-06-26	Uncovering somatic genetic drivers in prostate cancer through comprehensive genome-wide analysis 2025-Jun, GeroScience IF:5.3Q1 DOI:10.1007/s11357-025-01623-8 PMID:40156736	研究论文	通过全基因组分析揭示前列腺癌中的体细胞遗传驱动因素	识别了150个与前列腺癌有因果关联的基因，其中MSMB基因在所有四种评估方法中均表现出强一致性	仅44.67%的基因在TCGA数据集中与孟德尔随机化分析结果一致	探索散发性前列腺癌的体细胞遗传驱动因素	前列腺癌相关基因	基因组学	前列腺癌	eQTL分析、孟德尔随机化(MR)、单细胞RNA测序、共定位分析	NA	基因组数据、RNA测序数据	UK Biobank(9131病例和173,493对照)、PRACTICAL研究(79,148病例和61,106对照)、FinnGen队列(13,216病例和119,948对照)
73	2025-06-26	Bi-level identification of governing equations for nonlinear physical systems 2025-Jun, Nature computational science IF:12.0Q1 DOI:10.1038/s43588-025-00804-x PMID:40346196	研究论文	本文介绍了BILLIE框架，一种通过分层优化策略同时发现和验证非线性物理系统控制方程的方法	利用强化学习的策略梯度算法实现双层优化，同时发现和验证方程，提高了识别控制方程的准确性	未明确提及具体的数据规模或计算资源需求，可能在实际应用中存在限制	识别非线性物理系统的控制方程，以更好地理解这些系统	非线性物理系统，如湍流和三体系统，以及单细胞测序数据中的RNA和蛋白质速度方程	机器学习	NA	强化学习的策略梯度算法	BILLIE框架	观测数据和单细胞测序数据	NA
74	2025-06-26	Interpretable niche-based cell‒cell communication inference using multi-view graph neural networks 2025-Jun, Nature computational science IF:12.0Q1 DOI:10.1038/s43588-025-00809-6 PMID:40425827	research paper	介绍了一种基于空间转录组学的细胞间通信工具STCase，能够识别细胞类型的生态位并揭示生态位特异的细胞间通信事件	提出了一种可解释的多视图图神经网络，通过CCC感知注意力机制识别细胞类型的生态位并揭示生态位特异的细胞间通信事件	未提及具体的技术限制或样本量不足的问题	开发一种工具来识别细胞类型的生态位并揭示生态位特异的细胞间通信事件	细胞间通信（CCC）和空间转录组学数据	生物信息学	口腔鳞状细胞癌	空间转录组学（ST）	多视图图神经网络	空间转录组学数据	NA
75	2025-06-26	Sparse deconvolution of cell type medleys in spatial transcriptomics 2025-Jun, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1013169 PMID:40505018	研究论文	提出了一种名为WISpR的机器学习算法，用于在空间转录组学中准确预测细胞类型分布	WISpR算法整合了位点特异性超参数和稀疏驱动建模，克服了现有方法忽视生物学基础约束的缺点	未明确提及具体局限性	提高空间转录组学中细胞类型分布预测的准确性	正常和癌变组织中的细胞类型分布	空间转录组学	癌症	空间转录组学	WISpR（Weight-Induced Sparse Regression）	空间转录组数据	十个数据集
76	2025-06-26	Single cell sequencing and spatial multiomics of diabetic kidney segmentation insights zonation-specific therapeutic metabolic pathways 2025-Jun, Cell insight DOI:10.1016/j.cellin.2025.100252 PMID:40547113	研究论文	通过整合高分辨率空间多组学和单细胞转录组学，研究糖尿病肾病（DN）肾脏区域特异性代谢失调，并探索治疗代谢途径	首次绘制了糖尿病肾脏区域特异性代谢失调的空间图谱，并发现GPX3作为成纤维细胞富集的生物标志物与肾功能障碍密切相关	研究主要基于小鼠模型，临床验证仍需进一步扩展	探索糖尿病肾病肾脏区域特异性代谢失调及其治疗靶点	糖尿病肾病小鼠模型及临床患者样本	数字病理学	糖尿病肾病	单细胞测序、空间多组学、空间代谢组学、空间蛋白质组学	NA	空间多组学数据、单细胞转录组数据	糖尿病小鼠模型及临床DN患者样本
77	2025-06-26	MitoTracer facilitates the identification of informative mitochondrial mutations for precise lineage reconstruction 2025-Jun, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1013090 PMID:40549685	研究论文	介绍了一种名为MitoTracer的开源计算算法，用于从单细胞RNA测序或单细胞ATAC测序样本中准确识别克隆信息性线粒体突变并推断进化谱系	MitoTracer算法能够自动识别信息性线粒体突变，并在多种单细胞测序平台上表现出优于现有方法的性能	未提及具体局限性	开发一种工具，用于精确识别信息性线粒体突变并进行细胞谱系重建	单细胞RNA测序或单细胞ATAC测序样本	生物信息学	癌症	scRNA-seq, scATAC-seq	NA	测序数据	未提及具体样本数量
78	2025-06-26	Multinucleated giant cells are hallmarks of ovarian aging with unique immune and degradation-associated molecular signatures 2025-Jun, PLoS biology IF:7.8Q1 DOI:10.1371/journal.pbio.3003204 PMID:40550000	研究论文	本研究通过先进成像技术和激光捕获显微切割技术，定义了卵巢衰老中的多核巨细胞（MNGCs），揭示了其独特的转录组特征及其在衰老卵巢中的功能	首次详细描述了卵巢衰老中MNGCs的存在、分子特征及其与免疫细胞（如T细胞）的相互作用，揭示了MNGCs在卵巢衰老中的潜在作用	MNGCs的大尺寸限制了其通过单细胞RNA测序等技术的分离和分析，且其生物学活性高度依赖于上下文	探究卵巢衰老中MNGCs的功能和分子特征	小鼠和非人灵长类动物的卵巢	生物医学	卵巢衰老	激光捕获显微切割技术、先进成像技术	NA	图像、转录组数据	小鼠和非人灵长类动物的卵巢样本
79	2025-06-26	Single-cell and spatiotemporal profile of ovulation in the mouse ovary 2025-Jun, PLoS biology IF:7.8Q1 DOI:10.1371/journal.pbio.3003193 PMID:40554460	研究论文	通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，详细描绘了小鼠卵巢排卵过程中的时空细胞类型图谱	首次在单细胞分辨率下详细描绘了排卵的精确时间窗口，并鉴定了排卵依赖性细胞状态的基因标记	研究仅限于小鼠模型，人类卵巢排卵的时空特征可能有所不同	解析排卵过程中卵巢细胞类型的时空动态变化	小鼠卵巢	单细胞组学	NA	单细胞RNA-seq, 空间转录组学	NA	单细胞转录组数据, 空间转录组数据	配对小鼠卵巢样本（具体数量未明确说明）
80	2025-06-26	Secreted Phosphoprotein 1 in Lung Diseases 2025-May-30, Metabolites IF:3.4Q2 DOI:10.3390/metabo15060365 PMID:40559389	review	本文综述了分泌磷蛋白1（SPP1）在肺部疾病中的作用及其潜在的治疗靶点	重点探讨了SPP1在间质性肺疾病（ILDs）中的表达及其在纤维化过程中的作用，结合了单细胞RNA测序的最新数据	主要基于现有文献综述，缺乏新的实验数据支持	探讨SPP1在肺部疾病中的病理机制及其作为治疗靶点的潜力	SPP1及其在肺部疾病中的表达和作用	NA	lung cancer	单细胞RNA测序	NA	NA	NA