单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
61	2025-05-02	Unraveling the immune activation mechanisms of DAMPs in coronary artery disease through transcriptomic and single-cell analyses 2025-Apr-28, Cytokine IF:3.7Q2 DOI:10.1016/j.cyto.2025.156952 PMID:40306092	research paper	本研究通过转录组学和单细胞分析探讨了损伤相关分子模式（DAMPs）在冠状动脉疾病（CAD）中触发免疫激活的机制	揭示了P2RY14和IFIH1基因在CAD中的显著表达差异，以及免疫细胞（特别是T细胞和巨噬细胞）在CAD患者中的显著浸润和激活	研究依赖于公开数据库的数据，可能受到样本来源和数量的限制	探讨DAMPs在CAD中触发免疫激活的机制	冠状动脉疾病（CAD）患者和健康对照的RNA-seq和单细胞RNA-seq数据	生物信息学	心血管疾病	RNA-seq, 单细胞RNA-seq	NA	RNA-seq数据, 单细胞RNA-seq数据	来自GSE202625、GSE242046和GSE159677数据集的数据
62	2025-05-02	Deciphering immune cell heterogeneity in vascular diseases: Insights from single-cell sequencing 2025-Apr-28, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.114719 PMID:40306113	review	本文综述了单细胞测序技术在血管疾病中免疫细胞异质性研究的最新应用	系统总结了单细胞测序在血管疾病中的最新应用，突出了新发现的免疫细胞亚群及其相互作用和对血管病理的影响	文献中关于免疫细胞功能可塑性和时间动态的现有空白尚未完全解决	研究免疫细胞在血管疾病中的动态变化、功能状态和细胞间相互作用	血管疾病中的免疫细胞	digital pathology	cardiovascular disease	single-cell sequencing (SCS)	NA	NA	NA
63	2025-05-02	Novel biomarkers related to mitochondrial permeability transition driven-necrosis in hypertrophic cardiomyopathy 2025-Apr-28, Journal of cardiology IF:2.5Q2 DOI:10.1016/j.jjcc.2025.04.008 PMID:40306461	research paper	本研究通过转录组学和孟德尔随机化分析，探索了与线粒体通透性转换驱动的坏死相关基因在肥厚型心肌病中的作用	首次结合转录组学和孟德尔随机化分析，识别出与肥厚型心肌病中线粒体通透性转换驱动坏死相关的两个关键基因ITGB2和STAT3	研究依赖于公开数据库的数据，可能受到样本来源和数量的限制	探索线粒体通透性转换驱动坏死相关基因与肥厚型心肌病的关联	肥厚型心肌病患者相关基因表达数据	生物信息学	心血管疾病	scRNA-seq, mRNA-seq, 孟德尔随机化分析	NA	基因表达数据	三个GEO数据集(GSE36961, GSE141910, GSE174691)
64	2025-05-02	Distinct adipose progenitor cells emerging with age drive active adipogenesis 2025-Apr-25, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.adj0430 PMID:40273250	研究论文	研究揭示了中年时期脂肪祖细胞（APCs）在促进内脏脂肪生成中的关键作用	发现了一种新型的脂肪祖细胞亚群CP-A，其在中年时期显著增加并驱动活跃的脂肪生成	研究主要基于小鼠模型，人类相关性尚需进一步验证	探究年龄依赖性脂肪重塑的分子机制及其与代谢疾病的关联	小鼠脂肪祖细胞（APCs）	细胞生物学	代谢疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	NA
65	2025-05-02	Prunella vulgaris: A potential molecule for the treatment of hepatocellular carcinoma 2025-Apr-25, Medicine IF:1.3Q2 DOI:10.1097/MD.0000000000042267 PMID:40295240	研究论文	本研究评估了夏枯草（PV）在肝细胞癌（HCC）治疗中的潜力及其分子机制	首次系统性地识别了PV在HCC治疗中的关键生物活性成分及其分子机制，并提出了这些靶点作为新型生物标志物的潜力	研究主要基于体外实验，未来需要在体内实验和临床研究中进一步验证	探索夏枯草（PV）在肝细胞癌（HCC）治疗中的潜力及其分子机制	夏枯草（PV）的活性成分及其对HCC的作用靶点	药物发现	肝细胞癌	单细胞RNA测序、分子对接、体外实验	NA	基因表达数据	185个药物靶点和635个HCC相关靶点
66	2025-05-02	scRNA-seq reveals an immune microenvironment and JUN-mediated NK cell exhaustion in relapsed T-ALL 2025-Apr-25, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2025.102098 PMID:40306275	research paper	通过单细胞转录组分析揭示T细胞急性淋巴细胞白血病（T-ALL）复发患者的骨髓免疫微环境及JUN介导的NK细胞耗竭	首次在复发性T-ALL患者中鉴定出13种主要细胞簇，发现JUN作为维持T-ALL增殖的关键因子，并证实JUN抑制剂可有效杀伤白血病细胞并改善NK细胞耗竭	研究主要基于细胞系和小鼠模型，临床样本验证仍需进一步扩大	探究T-ALL复发的免疫微环境机制及潜在治疗靶点	T-ALL患者骨髓免疫微环境中的细胞亚群（特别是HSCs、GMPs、CD4 T、CD8 T和NK细胞）	digital pathology	leukemia	scRNA-seq	CDX/PDX/NOTCH1突变小鼠模型	单细胞转录组数据	T-ALL患者样本（未明确数量）+ 三种动物模型
67	2025-05-02	Ferroptosis and low-grade Glioma: The breakthrough potential of NUAK2 2025-Apr-24, Free radical biology & medicine DOI:10.1016/j.freeradbiomed.2025.04.035 PMID:40286882	研究论文	本研究探讨了铁死亡相关基因（FRGs）在低级别胶质瘤（LGG）预后和肿瘤微环境调控中的作用，特别关注NUAK2基因的关键作用	首次全面分析了FRGs在LGG中的预后价值，并发现NUAK2基因在肿瘤进展和免疫逃逸中的关键调控作用	研究结果需要在更大的队列中进行验证，NUAK2的临床应用潜力有待进一步探索	探索铁死亡相关基因在低级别胶质瘤预后和治疗中的作用	低级别胶质瘤患者和肿瘤微环境	肿瘤基因组学	低级别胶质瘤	多组学数据分析、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、伪时间轨迹分析	NA	基因组数据、转录组数据	来自TCGA、CGGA和GEO数据库的多组学数据
68	2025-05-02	Response of astrocytes and their interaction with surrounding brain cells after acute ischemia-reperfusion analyzed by single-cell transcriptome sequencing 2025-Apr-24, Brain research bulletin IF:3.5Q2 DOI:10.1016/j.brainresbull.2025.111355 PMID:40286940	研究论文	通过单细胞转录组测序分析急性缺血再灌注后星形胶质细胞的反应及其与周围脑细胞的相互作用	揭示了星形胶质细胞在缺血再灌注后的异质性及其与周围脑细胞的通讯机制，并识别了潜在的9个治疗靶点基因和6个特异性抵抗缺血再灌注损伤的基因	研究仅关注了缺血再灌注后12小时的时间点，未涵盖其他时间段的动态变化	揭示星形胶质细胞在缺血性中风中的抗损伤反应机制	小鼠星形胶质细胞及其与周围脑细胞的相互作用	单细胞转录组学	缺血性中风	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、逆转录聚合酶链反应（RT-PCR）	NA	转录组数据	NA
69	2025-05-02	Single-cell RNA and TCR repertoire analysis identify markers of virus-specific T cells 2025-Apr-23, Immunobiology IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.imbio.2025.152904 PMID:40305898	研究论文	通过单细胞RNA和TCR库分析识别病毒特异性T细胞的标记物	发现了七个上调基因作为增殖抗原特异性T细胞的标记物，用于早期识别病毒抗原反应性T细胞	研究仅针对CMV和EBV肽，可能不适用于其他病毒或抗原	识别抗原特异性T细胞的生物标记物，以改进过继性细胞疗法	健康供体的外周血单个核细胞和CD3/CD8 T细胞	免疫学	病毒感染	单细胞RNA测序、TCR库分析、CFSE染色	NA	RNA-seq数据、TCR序列数据	健康供体的外周血单个核细胞
70	2025-05-02	Vitamin A treatment restores vision failures arising from Leber's hereditary optic neuropathy-linked mtDNA mutation 2025-Apr-22, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.188962 PMID:40036074	research paper	该研究探讨了维生素A治疗对Leber遗传性视神经病变（LHON）相关mtDNA突变引起的视力障碍的恢复作用	揭示了LHON相关mtDNA突变导致视网膜细胞特异性缺陷的机制，并首次证明维生素A补充能显著改善视网膜功能和结构	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类患者中验证	探索LHON相关mtDNA突变的视网膜细胞特异性效应机制并寻找有效治疗方法	携带LHON相关ND6P25L突变的小鼠模型	mitochondrial retinopathy	Leber hereditary optic neuropathy (LHON)	single-cell RNA sequencing, electrophysiological analysis	mouse model	RNA sequencing data, electrophysiological data, morphological data	未明确说明小鼠数量
71	2025-05-02	SGTB: A graph representation learning model combining transformer and BERT for optimizing gene expression analysis in spatial transcriptomics data 2025-Apr-21, Computational biology and chemistry IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.compbiolchem.2025.108482 PMID:40306096	研究论文	提出了一种结合Transformer和BERT的图表示学习模型SGTB，用于优化空间转录组学数据中的基因表达分析	整合了图卷积网络（GCN）、Transformer和BERT语言模型，以优化空间转录组学数据的表示能力	未提及具体的数据集或实验规模限制	优化空间转录组学数据的表示能力，提高细胞类型分类和基因调控网络构建等任务的准确性	空间转录组学数据	数字病理学	NA	空间转录组学（ST）	GCN, Transformer, BERT	基因表达矩阵	NA
72	2025-05-02	Spatial transcriptomics delineates potential differences in intestinal phenotypes of cardiac and classical necrotizing enterocolitis 2025-Apr-18, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.112166 PMID:40201118	研究论文	通过空间转录组学比较心脏性和经典坏死性小肠结肠炎（NEC）的肠道表型差异	首次使用空间转录组学揭示心脏性和经典NEC在免疫和上皮细胞层面的通路和网络差异	样本量较小，未明确说明具体样本数量	探究心脏性和经典坏死性小肠结肠炎的潜在病理机制差异	坏死性小肠结肠炎患者的回肠组织	数字病理学	坏死性小肠结肠炎	空间转录组学	NA	转录组数据	NA
73	2025-05-02	Regulatory T Cell Mimicry by a Subset of Mesenchymal GBM Stem Cells Suppresses CD4 and CD8 Cells 2025-04-14, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells14080592 PMID:40277917	研究论文	本研究揭示了胶质母细胞瘤（GBM）中一类具有免疫抑制特性的间充质胶质瘤干细胞（GSCs）通过模仿调节性T细胞（Tregs）抑制CD4+和CD8+T细胞的机制	首次发现间充质GSCs通过TGFBR2依赖的机制模仿Tregs，形成免疫抑制性Treg样（ITL）状态，并鉴定出六基因ITL特征	研究主要基于体外实验和患者来源的细胞模型，临床样本验证仍需进一步扩展	阐明GBM免疫抑制微环境中GSCs的分子机制及其对T细胞功能的抑制作用	胶质母细胞瘤干细胞（GSCs）、CD4+和CD8+T细胞	肿瘤免疫学	胶质母细胞瘤	单细胞测序、生物信息学分析、转基因表达、shRNA干扰	患者来源的GBM神经球模型	测序数据、临床数据、实验数据	患者来源的GSCs和临床GBM标本
74	2025-05-02	Integration of Transcriptomic and Single-Cell Data to Uncover Senescence- and Ferroptosis-Associated Biomarkers in Sepsis 2025-Apr-11, Biomedicines IF:3.9Q1 DOI:10.3390/biomedicines13040942 PMID:40299574	研究论文	该研究通过整合转录组学和单细胞数据，揭示了脓毒症中与衰老和铁死亡相关的生物标志物	首次结合WGCNA和scRNA-seq技术，识别脓毒症中铁死亡和衰老相关的关键基因，并评估其诊断潜力及药物相互作用	需要进一步的临床验证和精准医学应用研究	揭示脓毒症的病理生理机制，并寻找诊断和靶向治疗的生物标志物	脓毒症患者	生物信息学	脓毒症	WGCNA, scRNA-seq, 分子对接	ROC分析	转录组数据, 单细胞RNA测序数据	公共数据集（GSE57065, GSE65682, GSE26378）
75	2025-05-02	Comprehensive Integrated Analysis Reveals the Spatiotemporal Microevolution of Cancer Cells in Patients with Bone-Metastatic Prostate Cancer 2025-Apr-09, Biomedicines IF:3.9Q1 DOI:10.3390/biomedicines13040909 PMID:40299503	研究论文	该研究通过单细胞转录组学系统性地分析了前列腺癌骨转移的异质性和微环境适应性	整合了迄今为止最大的单细胞转录组数据集，揭示了前列腺癌骨转移的关键进化轨迹和新型上皮亚群NEndoCs	传统聚类方法在处理癌症上皮细胞显著异质性时面临挑战	系统表征前列腺癌骨转移的异质性和微环境适应性	前列腺癌骨转移患者的癌细胞	数字病理学	前列腺癌	单细胞转录组学	无监督聚类	单细胞转录组数据	124个样本（包括原发前列腺肿瘤、骨转移部位和非恶性组织），602,497个高质量单细胞转录组
76	2025-05-02	Immune Regulation and Disulfidptosis in Atherosclerosis Influence Disease Progression and Therapy 2025-Apr-09, Biomedicines IF:3.9Q1 DOI:10.3390/biomedicines13040926 PMID:40299531	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和生物信息学方法，探讨了免疫调节和二硫键死亡在动脉粥样硬化中的作用及其对疾病进展和治疗的影响	首次全面绘制了动脉粥样硬化斑块中免疫细胞的富集和相互作用图谱，并鉴定了CTSC、TGFBI和GMFG作为关键生物标志物	研究主要基于单细胞RNA测序数据，可能忽略了其他潜在的分子机制	研究动脉粥样硬化的分子机制及其潜在治疗靶点	动脉粥样硬化斑块中的平滑肌细胞和巨噬细胞亚型	生物信息学	心血管疾病	scRNA-seq, WGCNA, 机器学习	诊断风险评分模型	单细胞RNA测序数据	未明确说明样本数量
77	2025-05-02	Exploring Immune-Related Ferroptosis Genes in Thyroid Cancer: A Comprehensive Analysis 2025-Apr-08, Biomedicines IF:3.9Q1 DOI:10.3390/biomedicines13040903 PMID:40299520	research paper	该研究探索了甲状腺癌中免疫相关铁死亡基因（IRFGs），以发现新的治疗靶点	整合了bulk和单细胞RNA测序数据，构建了一个稳健的预后模型，为甲状腺癌患者提供了新的治疗靶点和预后评估方法	NA	探索甲状腺癌中免疫相关铁死亡基因（IRFGs），以发现新的治疗靶点	甲状腺癌样本	digital pathology	thyroid cancer	CIBERSORTx, WGCNA, LASSO Cox regression, scRNA-seq, qRT-PCR	prognostic risk score model	RNA sequencing data	甲状腺癌样本（具体数量未提及）
78	2025-05-02	Integrative bioinformatics analysis reveals mitochondrial-Immune crosstalk in depression and stroke: a multi-omics mechanistic exploration 2025-Apr-02, Progress in neuro-psychopharmacology & biological psychiatry IF:5.3Q1 DOI:10.1016/j.pnpbp.2025.111308 PMID:40058518	research paper	该研究通过生物信息学分析揭示了线粒体代谢与免疫微环境在抑郁症和中风发病机制中的相互作用	首次整合多组学数据探索线粒体-免疫串扰在抑郁症和中风中的作用机制，并识别了10个潜在治疗靶点药物	研究主要基于生物信息学分析，需要后续实验验证	阐明线粒体代谢和免疫微环境在抑郁症和中风发病机制中的相互作用	抑郁症和中风患者的基因表达数据	生物信息学	抑郁症,中风	基因表达分析,单细胞RNA测序	蛋白-蛋白相互作用网络分析	基因表达数据	来自抑郁症和中风数据集的多个基因表达谱
79	2025-05-02	Integrated genetic analysis and single cell-RNA sequencing for brain image-derived phenotypes and Parkinson's disease 2025-Apr-02, Progress in neuro-psychopharmacology & biological psychiatry IF:5.3Q1 DOI:10.1016/j.pnpbp.2025.111317 PMID:40081564	研究论文	通过整合遗传分析和单细胞RNA测序技术，研究脑影像衍生表型与帕金森病之间的遗传和生物学联系	首次全面分析了624个脑影像衍生表型与帕金森病之间的遗传相关性，并确定了56个独特的多效性基因	研究结果需要在更大样本和更广泛人群中进一步验证	揭示脑影像衍生表型与帕金森病之间的遗传和生物学联系	帕金森病患者和脑影像衍生表型	生物信息学	帕金森病	GWAS, scRNA-seq, LDSC, Mendelian randomization, MAGMA, PLACO, FUMA, Metascape	NA	基因组数据和单细胞RNA测序数据	624个脑影像衍生表型和帕金森病GWAS汇总统计数据
80	2025-05-02	Application of bioinformatic tools in cell type classification for single-cell RNA-seq data 2025-Apr, Computational biology and chemistry IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.compbiolchem.2024.108332 PMID:39793515	研究论文	本文比较和评估了支持向量机（SVM）四种不同核函数在单细胞RNA测序数据细胞类型分类中的性能	通过实验证明SVM的线性和sigmoid核函数在细胞分类中具有高准确率（约99%），且线性核函数计算速度显著快于其他核函数	仅测试了三种标准scRNA-seq数据集，可能无法代表所有情况	评估不同SVM核函数在单细胞RNA测序数据细胞类型分类中的性能	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	支持向量机（SVM）	基因表达数据	三种标准scRNA-seq数据集