单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
61	2025-08-09	Molecular Subtypes and Risk Prediction Model Based on Malignant Cell Differentiation Trajectories in Breast Cancer 2025-Aug, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70680 PMID:40778650	研究论文	基于乳腺癌恶性细胞分化轨迹的分子亚型和风险预测模型	整合单细胞RNA-seq、空间转录组和大批量RNA-seq数据，识别了11种分化状态，并构建了一个新的乳腺癌分层系统（四种亚型）和预后模型	预后模型的准确性中等（AUC=0.708），可能需要在更大样本中验证	解析乳腺癌的分子景观，构建分子分层系统和预后模型以指导治疗策略	乳腺癌（BRCA）患者及其恶性细胞	数字病理	乳腺癌	单细胞RNA-seq、空间转录组、批量RNA-seq、UMAP分析、Monocle 2伪时间分析、LASSO回归	LASSO回归模型	RNA-seq数据、空间转录组数据	1097个TCGA-BRCA队列的批量RNA-seq样本和2493个恶性斑点
62	2025-08-09	CXCR4-Mediated Chemokine Signaling Orchestrates the Progression of Conjunctival Melanocytic Lesions 2025-Aug-01, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1 DOI:10.1167/iovs.66.11.23 PMID:40778698	研究论文	本研究探讨了CXCR4介导的趋化因子信号在结膜黑色素瘤病变进展中的作用	揭示了CXCR4在结膜黑色素瘤恶性病变中的显著上调及其通过PI3K/Akt和MEK/ERK通路的作用机制	研究样本量有限，且未涉及CXCR4靶向治疗的长期效果评估	阐明结膜黑色素瘤病变微环境差异及CXCR4信号通路的调控作用	结膜黑色素瘤细胞系(CRMM1、CRMM2、CM2005.1)及PIG1黑色素细胞	肿瘤微环境研究	结膜黑色素瘤	RNA测序（bulk和单细胞）、定量实时PCR、Western blotting、免疫组化、免疫荧光	体外细胞模型和体内肿瘤模型	RNA测序数据、蛋白质表达数据	多个结膜黑色素瘤细胞系和黑色素细胞系
63	2025-08-09	Innate Immune Remodeling Drives Therapy Resistance via Macrophage-NK Cell Crosstalk 2025-Jul-26, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.07.22.666055 PMID:40777338	研究论文	研究探讨了靶向治疗过程中肿瘤免疫微环境（TME）的动态演变及其对治疗反应和耐药性的影响	发现了一个之前未被识别的转折点，即在肿瘤消退期间炎症性TME（以NK细胞浸润为特征）转变为药物耐受残留疾病时的免疫排斥状态，并揭示了一种独特的巨噬细胞亚群（F4/80+CCL5⁺MHCII⁺CD63⁺）通过CCR2/5信号在消退期间调控NK细胞招募	研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证仍需进一步扩展	探究靶向治疗过程中免疫微环境的动态变化及其对治疗耐药性的影响	小鼠黑色素瘤模型和人类黑色素瘤及肺癌患者样本	肿瘤免疫学	黑色素瘤, 肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	小鼠模型	RNA测序数据	小鼠模型和人类黑色素瘤及肺癌患者样本
64	2025-08-09	Spatial transcriptomic profiling uncovers the molecular effects of the neurotoxicant polychlorinated biphenyls (PCBs) in the brains of adult mice 2025-Jul-26, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.07.24.665575 PMID:40777386	研究论文	本研究通过空间转录组学技术探讨了多氯联苯（PCBs）对成年小鼠大脑功能和认知的分子影响	首次使用空间转录组学技术揭示PCBs对小鼠大脑多个区域的基因表达影响及其与血脑屏障完整性的关联	研究仅使用雄性小鼠，未考虑性别差异；样本量未明确说明	评估与人类相关的PCB混合物如何影响大脑功能和认知	成年雄性C57BL/6J小鼠	神经科学	神经退行性疾病	空间转录组学	NA	基因表达数据	NA
65	2025-08-09	Integrated single-nuclei and spatial transcriptomic profiling of human sacrococcygeal teratomas reveals heterogeneity in cellular composition and X-chromosome inactivation 2025-Jul-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.07.21.665156 PMID:40777431	研究论文	通过单核RNA测序和空间转录组学技术，研究人类骶尾部畸胎瘤的细胞组成异质性和X染色体失活现象	首次揭示了骶尾部畸胎瘤中X染色体失活失败或重新激活与细胞身份及免疫景观的关联	样本量较小（仅8例），且未检测到假定的多能细胞群	探究骶尾部畸胎瘤的细胞起源、临床分层及性别偏好的分子机制	人类骶尾部畸胎瘤（6例产后和2例产前样本）	数字病理学	畸胎瘤	单核RNA-seq, 空间转录组学	NA	转录组数据	8例骶尾部畸胎瘤样本（1例男性，7例女性）
66	2025-08-09	Programmable microparticles rewire CAR signaling to enable super-physiological expansion of human T cells in vitro 2025-Jul-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.07.17.665438 PMID:40777491	research paper	该研究利用可编程PLGA微粒（CAREp）重新连接CAR信号，实现人类T细胞在体外的超生理扩增	首次证明通过纳米级控制的细胞外信号可重新编程CAR-T细胞的增殖能力，实现持续100天以上的扩增和10^5倍的累积扩增	研究仅限于体外实验，尚未进行体内疗效验证	探索如何通过外部编程最大化人类CAR-T细胞的增殖能力	人类CD8 CAR-T细胞	免疫治疗	NA	单细胞测序、转录组分析	NA	基因表达数据	NA
67	2025-08-09	Mapping mesenchymal diversity in the developing human intestine and organoids 2025-Jul-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.07.22.665939 PMID:40777494	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和Xenium空间转录组学技术，构建了人类小肠发育过程中间充质细胞的全面组织尺度图谱	首次定义了人类小肠发育中的5种主要间充质细胞群，并揭示了它们在发育过程中的动态空间重构	研究主要关注发育阶段，对成年组织的适用性尚不明确	解析人类肠道发育过程中间充质细胞的多样性及其空间分布	人类小肠发育过程中的间充质细胞群	发育生物学	NA	单细胞RNA测序，Xenium空间转录组学	NA	基因表达数据	未明确提及具体样本数量，但包含人类小肠发育不同阶段的组织样本
68	2025-08-09	Activation of IL-17+ ILC subsets in IL-18R-deficient mice during fungal allergen exposure 2025-Jul-21, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.07.17.665289 PMID:40777291	research paper	该研究探讨了IL-18/IL-18R在真菌过敏原暴露期间对ILC2s反应的影响	揭示了IL-18信号如何防止ILC2s产生IL-17A及其后续的嗜酸性粒细胞增多	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	研究IL-18/IL-18R对肺部ILC2s反应的调控机制	ILC2s和IL-18受体缺陷小鼠	免疫学	哮喘	单细胞RNA测序	IL-18受体敲除小鼠模型	基因表达数据	小鼠肺部细胞
69	2025-08-09	ETS1 Orchestrates a Hybrid EMT Program Driving in vivo Metastasis and Immune Evasion 2025-Jul-21, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.07.17.665404 PMID:40777467	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析揭示了ETS1作为上呼吸道鳞状细胞癌（UASCC）中转移和免疫逃逸的双重驱动因子	发现ETS1作为hEMT程序的主调控因子，同时促进肿瘤远端转移和免疫逃逸，并提出了HSP90抑制剂作为针对ETS1驱动肿瘤的定制治疗策略	研究主要基于UASCC，结果在其他癌症类型中的普适性需要进一步验证	探究转录异质性程序如何驱动肿瘤转移和免疫逃逸	上呼吸道鳞状细胞癌（UASCC）细胞和患者肿瘤	肿瘤学	上呼吸道鳞状细胞癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	多个队列的UASCC患者肿瘤样本
70	2025-08-09	Disruption of E-cadherin in the airway led to dysplastic stressed cells and asthma-like phenotypes 2025-Jul-18, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2025.06.030 PMID:40683251	research paper	研究揭示了E-cadherin在气道细胞命运调控中的作用及其缺失如何导致气道重塑和类似哮喘的表型	首次展示了E-cadherin在气道上皮祖细胞中的特异性缺失如何独立于过敏原暴露引发哮喘样表型，并揭示了上皮细胞内在的免疫防御机制	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类样本中验证	探究E-cadherin在气道细胞命运调控和气道重塑中的作用机制	小鼠气道上皮细胞（特别是club细胞）	分子生物学	哮喘	单细胞RNA测序	基因敲除小鼠模型	基因表达数据	NA
71	2025-08-09	Long-read RNA sequencing of transposable elements from single cells using CELLO-seq 2025-Jul-16, Nature protocols IF:13.1Q1 DOI:10.1038/s41596-025-01203-2 PMID:40670609	研究论文	介绍了一种名为CELLO-seq的单细胞长读RNA测序协议，用于将转座元件(TE)衍生的读数映射到独特的基因组位点	CELLO-seq通过整合长50核苷酸独特分子标识符和高PCR重复数，实现了对长读的错误校正，从而能够高保真地将表达数据映射到高度序列相似的年轻TE以及基因和TE异构体	该协议需要用户在分子生物学和转录组分析方面有经验，且可能受限于单细胞测序技术的固有局限性	开发一种能够高保真映射TE表达数据到独特基因组位点的单细胞长读RNA测序方法	转座元件(TE)及其与基因的相互作用	基因组学	NA	长读RNA测序(CELLO-seq)	NA	RNA序列数据	单细胞水平
72	2025-08-09	Pan-cancer human brain metastases atlas at single-cell resolution 2025-Jul-14, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2025.03.025 PMID:40215980	研究论文	通过单细胞RNA测序分析108个脑转移样本和111个原发肿瘤样本，研究跨癌症谱系和亚群的细胞状态和组成的特征及重塑	首次在单细胞分辨率下构建了泛癌人类脑转移图谱，揭示了恶性细胞的染色体不稳定性、增殖和血管生成特征，以及神经样脑转移相关元程序	样本量虽较以往研究有所增加，但仍可能不足以涵盖所有癌症类型的脑转移特征	探索脑转移生物学特征及其与临床特征的关系	108个脑转移样本和111个原发肿瘤样本	癌症生物学	脑转移	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	108个脑转移样本和111个原发肿瘤样本
73	2025-08-09	Concerted changes in Epithelium and Stroma: a multi-scale, multi-omics analysis of progression from Barrett's Esophagus to adenocarcinoma 2025-Jul-14, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2025.06.034 PMID:40695287	研究论文	通过多尺度、多组学分析，研究了从巴雷特食管到腺癌的进展过程中的上皮和间质协同变化	整合单细胞转录组学、细胞外基质蛋白质组学、组织力学和空间蛋白质组学，揭示了巴雷特食管进展为腺癌过程中的共享和患者特异性特征	样本量相对较小（107个样本来自26名患者），且仅基于两个独立队列	探索巴雷特食管进展为食管腺癌的分子和细胞机制	巴雷特食管患者的上皮和间质组织	数字病理学	食管腺癌	单细胞转录组学、细胞外基质蛋白质组学、组织力学分析、空间蛋白质组学	NA	多组学数据	107个样本来自26名患者
74	2025-08-09	Spatial transcriptomic applications in orthopedics 2025-Jul, Connective tissue research IF:2.8Q1 DOI:10.1080/03008207.2025.2501703 PMID:40347072	综述	本文综述了空间转录组学在骨科研究中的应用，特别是在解析肌肉骨骼组织中复杂基因表达模式方面的作用	强调了空间转录组学在识别新的细胞群体和细胞信号通路方面的创新应用	未明确提及具体限制，但暗示不同方法在分辨率和基因测序数量上存在权衡	探讨空间转录组学在骨科研究中的应用及其潜力	肌肉骨骼组织（软骨、关节、骨、肌腱、韧带和滑膜）	数字病理	骨科疾病	10X Visium, 10X Xenium, seqFISH+, MERFISH, NanoString GeoMx DSP	NA	空间转录组数据	29篇已发表的手稿，涉及软骨、骨、肌腱、滑膜和椎间盘
75	2025-08-09	Gland- and cell-level heterogeneity in the prostate: A narrative review of related diseases 2025-Jul, Current urology IF:0.9Q4 DOI:10.1097/CU9.0000000000000269 PMID:40765528	review	本文综述了前列腺在腺体和细胞水平上的异质性及其与良性前列腺增生(BPH)和前列腺癌(PCa)的关系	探讨了新发现的细胞类型对BPH和PCa治疗的意义，以及单细胞测序技术在解析前列腺不同区域细胞类型和基因表达模式中的应用	当前研究尚无法精确回答前列腺异质性的相关问题	研究前列腺异质性及其与疾病分布、表现和特征的关系	前列腺腺体和细胞	digital pathology	prostate cancer	单细胞测序技术	NA	NA	NA
76	2025-08-09	Platelet-Rich Plasma in Cardiovascular Regeneration: Mechanistic Insights, Technological Innovations, and Future Directions 2025-Jul, Reviews in cardiovascular medicine IF:1.9Q3 DOI:10.31083/RCM39383 PMID:40776966	综述	本文探讨了富血小板血浆（PRP）在心血管再生医学中的生物学机制、临床应用及未来发展方向	提出了利用纳米技术靶向递送系统、CRISPR编辑的外泌体以及AI驱动的个性化治疗策略等创新方法	PRP成分因制备方法不同存在变异性，且存在安全性问题	探索PRP在心血管再生医学中的治疗潜力及未来发展方向	富血小板血浆（PRP）及其在心血管疾病中的应用	心血管再生医学	心血管疾病	纳米技术、CRISPR、单细胞RNA测序、AI	NA	NA	NA
77	2025-08-09	Stem cell-derived small extracellular vesicles containing miR-27b-3p attenuated osteoarthritis through inhibition of leukaemia inhibitory factor 2025-Jul, Fundamental research IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.fmre.2023.02.005 PMID:40777809	研究论文	该研究揭示了间充质干细胞来源的小细胞外囊泡通过miR-27b-3p抑制白血病抑制因子，从而缓解骨关节炎的机制	首次发现U-sEVs中的miR-27b-3p通过靶向LIF表达在FLSs和SFCs中发挥缓解OA的主导作用	研究未明确miR-27b-3p在其他细胞类型中的作用及长期治疗效果	探究间充质干细胞来源的小细胞外囊泡在治疗骨关节炎中的具体作用机制	人脐带间充质干细胞来源的小细胞外囊泡(U-sEVs)、成纤维样滑膜细胞(FLSs)和软骨表层细胞(SFCs)	干细胞治疗	骨关节炎	miRNA测序、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、RNA测序、荧光素酶报告基因检测	NA	RNA测序数据、荧光素酶报告数据	小鼠OA模型
78	2025-08-09	The revelation of UCHL1 in malignant epithelial cells of TNBC reinforcing cisplatin resistance by modulating ferroptosis based on single-cell transcriptome data 2025-Jul, Journal of clinical biochemistry and nutrition IF:2.0Q3 DOI:10.3164/jcbn.24-206 PMID:40777820	研究论文	基于单细胞转录组数据揭示UCHL1在三阴性乳腺癌恶性上皮细胞中通过调控铁死亡增强顺铂耐药性	首次发现UCHL1通过抑制铁死亡途径增强三阴性乳腺癌对顺铂的耐药性	研究样本量较小（仅9例TNBC样本），且未进行体内实验验证	探索三阴性乳腺癌化疗耐药分子机制	三阴性乳腺癌恶性上皮细胞	数字病理学	乳腺癌	scRNA-seq	CDDP耐药细胞系模型	单细胞转录组数据	9例TNBC样本（GSE176078数据集）
79	2025-08-09	Mosaic loss of chromosome Y in blood is associated with male susceptibility for idiopathic pulmonary fibrosis 2025-Jun-28, Communications medicine IF:5.4Q1 DOI:10.1038/s43856-025-00966-9 PMID:40581694	研究论文	该研究探讨了男性血液中Y染色体嵌合缺失（mLOY）与特发性肺纤维化（IPF）易感性之间的关系	首次在人类中证实mLOY通过上调促纤维化基因和增强TGF-β信号传导加剧IPF的疾病机制	研究主要基于观察性数据，需要进一步实验验证mLOY与IPF之间的因果关系	探究mLOY是否是人类纤维化疾病的危险因素	男性特发性肺纤维化患者	医学遗传学	特发性肺纤维化	单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	基因组数据和临床数据	UK Biobank数据库和两个队列研究的数据
80	2025-08-09	Lineage-resolved analysis of embryonic gene expression evolution in C. elegans and C. briggsae 2025-Jun-19, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.adu8249 PMID:40536976	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，比较秀丽隐杆线虫和布氏隐杆线虫胚胎发育过程中基因表达的进化约束	首次在两种线虫中系统地比较了胚胎发育过程中细胞类型特异性基因表达的进化差异	研究仅针对两种线虫，结果可能不适用于其他物种	探究发育过程中基因表达模式的进化约束	秀丽隐杆线虫(C. elegans)和布氏隐杆线虫(C. briggsae)的胚胎发育过程	发育生物学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据	两种线虫的胚胎发育过程