单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 29092 篇文献，本页显示第 61 - 80 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 61 | 2025-06-27 |
Spatial Transcriptomics in Lung Cancer and Pulmonary Diseases: A Comprehensive Review
2025-Jun-09, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers17121912
PMID:40563563
|
综述 | 本文综述了空间转录组学在肺癌和肺部疾病研究中的应用及其最新进展 | 空间转录组学技术保留了基因表达的空间分布，揭示了传统测序方法无法捕捉的局部免疫微环境、基质-上皮细胞互作及疾病相关转录热点 | NA | 探讨空间转录组学在呼吸系统疾病研究中的潜在应用 | 肺癌、慢性阻塞性肺疾病、哮喘和特发性肺纤维化等肺部疾病 | 数字病理 | 肺癌 | 空间转录组学(ST) | NA | 基因表达空间数据 | NA |
| 62 | 2025-06-27 |
Identifying CDCA4 as a Radiotherapy Resistance-Associated Gene in Colorectal Cancer by an Integrated Bioinformatics Analysis Approach
2025-Jun-09, Genes
IF:2.8Q2
DOI:10.3390/genes16060696
PMID:40565588
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研究论文 | 通过整合生物信息学分析方法，识别出CDCA4作为结直肠癌放疗耐药相关基因 | 首次通过整合生殖系突变、转录组数据和免疫微环境特征，揭示CDCA4在结直肠癌放疗耐药中的关键作用 | 样本量较小（12例LARC患者），需进一步大样本验证 | 探索结直肠癌放疗耐药的遗传和分子机制 | 局部晚期直肠癌（LARC）患者 | 生物信息学 | 结直肠癌 | 全外显子测序（WES）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、随机森林算法 | 随机森林 | 基因组数据、转录组数据 | 12例LARC患者（WES）、TCGA-READ和GSE150082队列（转录组）、GSE190826验证队列 |
| 63 | 2025-06-27 |
Chromoanagenesis in Osteosarcoma
2025-Jun-07, Biomolecules
IF:4.8Q1
DOI:10.3390/biom15060833
PMID:40563473
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综述 | 本文综述了染色体灾难性事件（chromoanagenesis）在骨肉瘤中的作用及其对基因组不稳定性的影响 | 阐明了染色体灾难性事件（如染色体碎裂和染色体再合成）如何通过复制应激和DNA修复途径受损导致骨肉瘤的基因组不稳定性 | 针对骨肉瘤的靶向治疗仍难以实现，且研究依赖于新兴技术的应用 | 探讨染色体灾难性事件在骨肉瘤中的作用及其对肿瘤进展的影响 | 骨肉瘤及其基因组不稳定性 | 基因组学 | 骨肉瘤 | NGS, 光学基因组图谱, 单细胞测序 | NA | 基因组数据 | NA |
| 64 | 2025-06-27 |
Uridine, a Therapeutic Nucleoside, Exacerbates Alcoholic Liver Disease via SRC Kinase Activation: A Network Toxicology and Molecular Dynamics Perspective
2025-Jun-07, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms26125473
PMID:40564937
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研究论文 | 本研究通过多种分析方法探讨了酒精性肝病(ALD)与血液代谢物尿苷之间的潜在机制和因果关系 | 首次发现尿苷可能通过SRC激酶激活加剧酒精性肝病，并提供了分子动力学模拟证据 | 研究主要基于计算模拟和关联分析，需要进一步实验验证 | 阐明尿苷在酒精性肝病进展中的作用机制 | 酒精性肝病患者(1416例)和对照人群(217376例)的基因组数据，以及1091种血液代谢物 | 系统生物学 | 酒精性肝病 | Mendelian随机化分析、分子动力学模拟、单细胞RNA测序、分子对接 | NA | 基因组数据、代谢组数据、单细胞转录组数据 | 1416例ALD患者和217376例对照的GWAS数据，1091种血液代谢物 |
| 65 | 2025-06-27 |
Dynamic Transcriptomic and Cellular Remodeling Underlie Cuprizone-Induced Demyelination and Endogenous Repair in the CNS
2025-Jun-06, Antioxidants (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/antiox14060692
PMID:40563324
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研究论文 | 本研究探讨了铜宗诱导的中枢神经系统脱髓鞘和再髓鞘化过程中的动态细胞和分子变化 | 揭示了胶质细胞反应、血脑屏障完整性和神经免疫相互作用的动态变化，以及Psap-Gpr37l1信号通路的调控作用 | 研究仅基于小鼠模型，人类疾病中的情况可能有所不同 | 探索脱髓鞘和再髓鞘化的分子机制 | 铜宗诱导的小鼠脱髓鞘模型 | 神经科学 | 脱髓鞘疾病 | 单细胞RNA测序、组织学和免疫荧光分析 | 小鼠模型 | 转录组数据、组织学数据 | 未明确说明小鼠数量 |
| 66 | 2025-06-27 |
Angiogenesis in Atrial Fibrillation: A Literature Review
2025-Jun-06, Biomedicines
IF:3.9Q1
DOI:10.3390/biomedicines13061399
PMID:40564118
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review | 本文综述了血管生成在心房颤动（AF）进展中的双重作用及其治疗潜力 | 强调了血管生成在AF发病机制中的双重作用，并探讨了靶向血管生成途径的治疗策略 | 临床验证仍有限，需要进一步研究机制复杂性和生物标志物优化 | 阐明血管生成在AF发病机制中的作用并探索治疗策略 | 心房颤动（AF）及其与血管生成的关系 | 心血管疾病 | 心房颤动 | 单细胞测序 | NA | 文献数据 | NA |
| 67 | 2025-06-27 |
Integrated Single-Cell Transcriptome Analysis Reveals Novel Insights into the Role of Opioid Signaling in the Pathophysiology of Inflammatory Bowel Disease
2025-Jun-06, Biomedicines
IF:3.9Q1
DOI:10.3390/biomedicines13061398
PMID:40564117
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析探索阿片信号在炎症性肠病(IBD)病理生理学中的作用 | 在单细胞水平上鉴定了高表达阿片信号相关基因的新型单核细胞亚群(OpiHi单核细胞)，并揭示了其在IBD组织中的关键作用 | 研究主要基于转录组数据，需要进一步的实验验证 | 阐明阿片信号在IBD发病机制中的作用 | 炎症性肠病(IBD)患者组织样本 | 数字病理学 | 炎症性肠病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq), 批量RNA测序, CellChat分析, 转录因子活性评估 | 预测模型 | RNA测序数据 | 未明确说明样本数量 |
| 68 | 2025-06-27 |
Cell-surface proteomic profiling identifies CD72 as a regulator of microglial tiling
2025-Jun-05, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.02.657480
PMID:40501958
|
research paper | 该研究通过细胞表面蛋白质组学分析，发现CD72作为调节小胶质细胞平铺现象的关键分子 | 首次鉴定出CD72作为调控小胶质细胞平铺现象的细胞表面蛋白，并揭示了其通过细胞粘附、排斥受体等通路发挥作用 | 研究主要基于体外模型，体内验证仍需进一步开展 | 探究小胶质细胞平铺现象的分子调控机制 | 小胶质细胞 | 细胞生物学 | NA | 细胞表面邻近标记技术、质谱分析、单细胞RNA测序 | NA | 蛋白质组数据、转录组数据、影像数据 | NA |
| 69 | 2025-06-27 |
NOTCH3 Drives Fatty Acid Oxidation and Ferroptosis Resistance in Aggressive Meningiomas
2025-Jun-04, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-6779386/v1
PMID:40502769
|
研究论文 | 本研究揭示了NOTCH3在侵袭性脑膜瘤中通过驱动脂肪酸氧化和铁死亡抵抗的代谢重编程机制 | 首次发现NOTCH3通过调控脂肪酸氧化代谢途径导致铁死亡抵抗，为侵袭性脑膜瘤的恶性行为提供了新解释 | 研究主要基于细胞系模型，需要进一步在动物模型和临床样本中验证 | 探究NOTCH3在脑膜瘤代谢重编程中的作用机制 | NOTCH3阳性人脑膜瘤细胞系和患者来源的原代脑膜瘤细胞 | 肿瘤代谢 | 脑膜瘤 | 单细胞RNA测序、非靶向代谢组学、脂质组学、批量RNA测序 | 细胞模型 | 转录组数据、代谢组数据、脂质组数据 | 人类脑膜瘤细胞系和患者来源的原代细胞系 |
| 70 | 2025-06-27 |
Integrative Analysis of Plasma Proteomics and Transcriptomics Reveals Potential Therapeutic Targets for Psoriasis
2025-Jun-04, Biomedicines
IF:3.9Q1
DOI:10.3390/biomedicines13061380
PMID:40564099
|
研究论文 | 通过整合血浆蛋白质组学和转录组学分析，揭示了银屑病潜在的治疗靶点 | 首次采用蛋白质组范围的孟德尔随机化(MR)分析结合单细胞RNA测序技术，鉴定出与银屑病风险显著相关的13种蛋白质，并发现IFNLR1和IFNGR2等干扰素家族蛋白具有成药潜力 | 研究主要基于欧洲人群数据，可能限制结果在其他种族的普适性 | 探索银屑病的新型治疗靶点 | 银屑病患者与健康对照组的血浆蛋白质和转录组数据 | 生物医学研究 | 银屑病 | 孟德尔随机化(MR)、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)分析、分子对接 | NA | 蛋白质组数据、转录组数据 | 发现阶段：UK Biobank 54,219人(2923种蛋白质)+FinnGen 10,312病例/397,564对照；验证阶段：冰岛和诺福克队列蛋白质数据+多数据库表型数据 |
| 71 | 2025-06-27 |
Novel mouse model reveals neurodevelopmental origin of PMM2-CDG brain pathology
2025-Jun-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.01.657261
PMID:40501776
|
研究论文 | 该研究通过新型小鼠模型揭示了PMM2-CDG脑病理的神经发育起源 | 通过配对flox等位基因和催化失活的敲入等位基因，克服了胚胎致死性，并模拟了患者相关的复合杂合致病变异 | 研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性仍需进一步验证 | 探究PMM2-CDG脑病理的神经发育机制 | 小鼠模型和PMM2-CDG患者 | 神经遗传学 | 先天性糖基化障碍(PMM2-CDG) | 多组学分析(代谢组学、糖组学、单细胞转录组学、蛋白质组学、糖蛋白组学) | 基因修饰小鼠模型 | 多组学数据 | 小鼠模型和患者死后小脑组织 |
| 72 | 2025-06-27 |
Deciphering the combinatorial expression pattern and genetic regulatory mechanisms of Beats and Sides in the olfactory circuits of Drosophila
2025-Jun-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.31.657193
PMID:40502011
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序数据集和转基因驱动线，研究果蝇嗅觉电路中Beat和Side基因家族的空间表达模式及其遗传调控机制 | 揭示了ORNs和PNs中Beat和Side基因家族的类特异性组合表达模式，并探索了其在嗅觉电路组装中的潜在作用 | 虽然扰动了Beat-IIa-Side-IV的相互作用，但在两个检查的肾小球中未观察到显著的错靶现象 | 探究Beat和Side基因家族在果蝇嗅觉电路组装中的组合表达模式和遗传调控机制 | 果蝇的嗅觉受体神经元（ORNs）及其突触目标投射神经元（PNs） | 神经生物学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），转基因驱动线 | NA | RNA-seq数据 | 公开可用的单细胞RNA-seq数据集和新生成的转基因驱动线 |
| 73 | 2025-06-27 |
Single-cell transcriptomics reveals probiotic reversal of neonatal morphine-induced gene disruptions underlying adolescent pain hypersensitivity
2025-Jun-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.30.657034
PMID:40502161
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研究论文 | 该研究通过单细胞转录组学揭示了益生菌逆转新生儿吗啡暴露引起的青少年疼痛过敏的基因表达变化 | 首次提供了新生儿吗啡暴露和益生菌干预后青少年中脑的单细胞RNA测序数据集，揭示了益生菌对转录组变化的缓解作用 | 研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证 | 探究新生儿吗啡暴露对青少年疼痛通路的长期神经发育影响及益生菌的干预效果 | 青少年小鼠的中脑细胞 | 神经科学 | 疼痛过敏 | 单细胞RNA测序 | 小鼠模型 | 基因表达数据 | 107,427个中脑单细胞 |
| 74 | 2025-06-27 |
Synthbar: A Lightweight Tool for Adding Synthetic Barcodes to Sequencing Reads
2025-Jun-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.30.657070
PMID:40502055
|
研究论文 | 介绍了一种轻量级工具Synthbar，用于在测序读取中添加合成条形码，以便与期望存在细胞条形码的计算工具兼容 | 填补了现有工具无法轻松添加合成细胞条形码的空白，支持用户自定义条形码并修改读取结构 | 未提及具体性能指标或与其他工具的对比结果 | 开发一种工具，使不包含细胞条形码的单细胞测序数据能够与需要细胞条形码的计算工具兼容 | 单细胞测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 测序数据 | NA |
| 75 | 2025-06-27 |
Plin2 Coordinates Immune and Metabolic Reprogramming in Lacrimal Gland Aging
2025-Jun-02, Investigative ophthalmology & visual science
IF:5.0Q1
DOI:10.1167/iovs.66.6.79
PMID:40569117
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研究论文 | 本研究通过转录组分析和单细胞RNA测序技术，识别了泪腺衰老的核心分子调控因子Plin2，并阐明了其在免疫失衡和代谢功能障碍中的作用 | 首次将Plin2确定为泪腺免疫代谢衰老的主调控因子，揭示了其与炎症衰老和代谢重编程的关联 | 研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类样本中验证 | 识别泪腺衰老的核心分子调控因子并阐明其作用机制 | 年轻和老年C57BL/6小鼠的泪腺组织 | 生物医学研究 | 老年性疾病 | 批量转录组分析、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、CIBERSORT算法 | 最小绝对收缩和选择算子回归、支持向量机-递归特征消除 | RNA测序数据 | 年轻和老年C57BL/6小鼠的泪腺组织样本 |
| 76 | 2025-06-27 |
Spatially separated epithelium-associated and lamina propria neutrophils present distinct functional identities in the inflamed colon mucosa
2025-Jun, Mucosal immunology
IF:7.9Q1
DOI:10.1016/j.mucimm.2025.02.008
PMID:40057307
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研究论文 | 本文研究了炎症性肠病（IBD）中结肠黏膜内不同空间位置的中性粒细胞（PMNs）的功能差异 | 首次揭示了结肠黏膜中不同空间位置的中性粒细胞（LPNs和EANs）具有不同的功能特性，并指出EANs可能是疾病驱动的关键因素 | 研究主要基于小鼠模型和有限的人类样本，可能无法完全反映人类IBD的复杂性 | 探讨IBD中不同空间位置中性粒细胞的功能特性和临床意义 | 结肠黏膜中的中性粒细胞（LPNs和EANs） | 免疫学 | 炎症性肠病 | 单细胞RNA测序、空间RNA转录组学、实时活体成像 | NA | RNA测序数据、影像数据 | UC缓解期患者和小鼠结肠炎模型 |
| 77 | 2025-06-27 |
NOTCH1 Mutation and Survival Analysis of Tislelizumab in Advanced or Metastatic Esophageal Squamous Cell Carcinoma: A Biomarker Analysis From the Randomized, Phase III, RATIONALE-302 Trial
2025-Jun, Journal of clinical oncology : official journal of the American Society of Clinical Oncology
IF:42.1Q1
DOI:10.1200/JCO-24-01818
PMID:40179324
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research paper | 该研究通过基因组分析和转录组测序，探索了NOTCH1突变作为替雷利珠单抗在晚期或转移性食管鳞状细胞癌中生存获益的预测生物标志物 | 首次发现NOTCH1突变与替雷利珠单抗治疗的长期生存显著相关，并揭示了其潜在的分子机制 | 研究样本来源于单一临床试验，需进一步验证 | 寻找食管鳞状细胞癌免疫治疗的预测生物标志物 | 晚期或转移性食管鳞状细胞癌患者 | digital pathology | esophageal squamous cell carcinoma | 肿瘤基因组分析、转录组测序、单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据、转录组数据 | RATIONALE-302研究中的患者样本 |
| 78 | 2025-06-27 |
RIDDEN: Data-driven inference of receptor activity from transcriptomic data
2025-Jun, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1013188
PMID:40522999
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研究论文 | 本文介绍了一种名为RIDDEN的计算工具，用于从受体调节的基因表达谱中预测受体活性，而非基于配体和受体基因的表达 | RIDDEN是首个直接从受体调节的基因表达谱预测受体活性的计算工具，避免了传统方法依赖配体和受体基因共表达的局限性 | NA | 开发一种能够准确推断受体活性的计算工具，以促进细胞间通讯的研究 | 受体活性的系统水平分析 | 生物信息学 | NA | 转录组数据分析 | RIDDEN模型 | 转录组数据 | 14463个扰动基因表达谱，涉及229种不同受体 |
| 79 | 2025-06-27 |
Single-Cell RNA Sequencing and Spatial Transcriptomics Reveal a Novel Mechanism of Oligodendrocyte-Neuron Interaction in Cognitive Decline After High-Altitude Cerebral Edema
2025-Jun, CNS neuroscience & therapeutics
IF:4.8Q1
DOI:10.1111/cns.70485
PMID:40546220
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research paper | 该研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学揭示了高原脑水肿后认知下降中少突胶质细胞与神经元相互作用的新机制 | 发现了PI3K/mTOR动态变化、Rps29-bax轴和Tnfrsf21-App作为新型调节因子，为潜在治疗靶点提供了新见解 | 研究仅基于小鼠模型，人类相关性尚需进一步验证 | 探究高原脑水肿导致认知下降的细胞和分子机制 | 高原脑水肿小鼠模型中的海马组织 | digital pathology | geriatric disease | scRNA-seq, ST | mouse model | RNA sequencing data, spatial transcriptomics data | 未明确说明样本数量，但包含3天和7天两个时间点的分析 |
| 80 | 2025-06-27 |
MitoTracer facilitates the identification of informative mitochondrial mutations for precise lineage reconstruction
2025-Jun, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1013090
PMID:40549685
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research paper | 介绍了一种名为MitoTracer的开源计算算法，用于准确识别克隆信息性线粒体突变并从单细胞RNA-seq或ATAC-seq样本中推断进化谱系 | MitoTracer算法能够自动识别信息性线粒体突变，并在多种单细胞测序平台上表现出优于现有方法的性能 | 未提及具体局限性 | 开发一种工具，用于精确识别信息性线粒体突变并进行细胞谱系重建 | 单细胞RNA-seq或ATAC-seq样本中的线粒体突变 | computational biology | cancer | scRNA-seq, scATAC-seq | NA | genomic sequencing data | 未提及具体样本数量 |