单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
61	2025-07-29	Adverse effects of progestin-primed ovarian stimulation: combination of clinical study and single-cell analysis 2025-Aug, Reproductive biomedicine online IF:3.7Q1 DOI:10.1016/j.rbmo.2025.104833 PMID:40467355	研究论文	本研究通过临床研究和单细胞分析探讨了孕激素引发的卵巢刺激（PPOS）对生殖结果的负面影响	结合临床数据和单细胞RNA测序（scRNA-seq）分析，首次揭示了PPOS与线粒体DNA基因表达增加及卵母细胞质量下降的关联	研究为回顾性队列设计，样本量有限，且单细胞分析仅基于16名患者的数据	比较PPOS与GnRH拮抗剂方案在体外受精（IVF）中的生殖结局差异	907名卵巢储备正常的IVF患者（PPOS组299人，GnRH拮抗剂组608人）及16名患者的卵泡壁颗粒细胞（mGC）	生殖医学	不孕症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、逆概率处理加权（IPTW）	NA	临床数据、单细胞基因表达数据	临床研究907人（PPOS组299人，GnRH拮抗剂组608人），单细胞分析16人（每组8人）
62	2025-07-29	Combined angiogenic and hypertrophic gene therapy enhances skeletal muscle growth 2025-Aug-01, American journal of physiology. Cell physiology DOI:10.1152/ajpcell.00966.2024 PMID:40622896	研究论文	本研究探讨了联合血管生成和肌肉肥大基因疗法对促进骨骼肌生理性生长和改善肌肉功能的效果	联合使用myostatin前肽(Pro-MSTN)和血管内皮生长因子B(VEGF-B)基因疗法，克服了当前肌肉肥大治疗的局限性	研究主要在健康和小鼠糖尿病模型中进行，人类应用效果尚需验证	探索联合诱导血管生成和肌肉肥大是否能促进生理性肌肉生长并改善肌肉功能	健康小鼠和糖尿病小鼠的骨骼肌	基因治疗	肌肉萎缩	腺相关病毒载体(AAV)基因递送、单细胞RNA测序	小鼠模型	基因表达数据	健康小鼠和糖尿病小鼠
63	2025-07-29	Comprehensive Insights into APOBEC Mutations in Thyroid Cancer: Prognostic and Therapeutic Discoveries 2025-Jul-26, Biological procedures online IF:3.7Q1 DOI:10.1186/s12575-025-00288-z PMID:40713522	研究论文	本研究全面探讨了APOBEC家族突变在甲状腺癌中的分布、临床意义及其作为预后和治疗靶点的潜力	首次系统性地描述了APOBEC突变在甲状腺癌中的特征，开发了基于机器学习的预后模型，并通过实验验证了APOBEC2抑制的治疗效果	研究主要聚焦于甲状腺癌，其他癌症类型的数据可能不够全面	探究APOBEC家族成员在多种癌症中的分布和临床意义，特别关注甲状腺癌	甲状腺癌(THCA)患者样本和动物模型	生物信息学	甲状腺癌	全外显子测序(WES)、靶向NGS、RNA-seq、scRNA-seq、Western blot、药物敏感性分析	机器学习模型	基因组数据、转录组数据、蛋白质数据	多个甲状腺癌队列(具体数量未明确说明)
64	2025-07-29	Spatial mutual nearest neighbors for spatial transcriptomics data 2025-Jul-26, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf403 PMID:40713795	research paper	该论文提出了一种名为spatialMNN的算法，用于整合多个空间转录组样本并识别空间域	spatialMNN算法首次在互近邻（MNN）方法中整合了2D空间信息，改进了传统MNN在空间转录组学中的应用	未明确提及算法的局限性	开发一种能够整合空间转录组数据并识别空间域的算法	空间转录组数据	生物信息学	NA	空间转录组学	k-Nearest Neighbors (kNN), Louvain算法	空间转录组数据	31个10x Genomics Visium样本
65	2025-07-29	Extracellular vesicles from ovarian cancer cells induce senescent lipid-laden macrophages to facilitate omental metastasis 2025-Jul-26, Journal of nanobiotechnology IF:10.6Q1 DOI:10.1186/s12951-025-03612-7 PMID:40713812	研究论文	本研究揭示了卵巢癌细胞通过细胞外囊泡（EVs）诱导脂肪富集的巨噬细胞衰老，从而促进网膜转移的机制	首次发现卵巢癌细胞通过EVs调控巨噬细胞和脂肪细胞的相互作用，促进网膜转移，并提出了针对CD36和衰老细胞的治疗策略	研究主要基于体外和动物模型，临床样本验证仍需进一步扩大	探索卵巢癌细胞如何通过EVs调控巨噬细胞和脂肪细胞，促进网膜转移的机制	卵巢癌细胞、巨噬细胞、脂肪细胞	癌症生物学	卵巢癌	单细胞转录组学、蛋白质组学、定量脂质组学、免疫组织化学	NA	转录组数据、蛋白质组数据、脂质组数据、临床样本数据	临床标本和体外实验数据
66	2025-07-29	Comparing Xenium 5K and Visium HD data from identical tissue slide at a pathological perspective 2025-Jul-26, Journal of experimental & clinical cancer research : CR IF:11.4Q1 DOI:10.1186/s13046-025-03479-4 PMID:40713820	research paper	比较Xenium 5K和Visium HD在相同组织切片上的数据，从病理学角度进行技术对比	首次在相同组织切片上对比Visium-HD和Xenium-5K两种高分辨率空间转录组技术的性能	研究依赖于公开数据集，可能无法涵盖所有组织类型和应用场景	评估和比较两种空间转录组技术在病理学应用中的优缺点	肺组织样本	digital pathology	lung cancer	Visium-HD, Xenium-5K	NA	spatial transcriptomics data	公开可用的肺数据集
67	2025-07-29	Single-cell transcriptomics of ventral forebrain progenitors identifies Evf2 enhancer lncRNA-enhancer gene guidance through direct RNA binding and RNP recruitment domains 2025-Jul-26, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-62205-y PMID:40715144	研究论文	本研究通过单细胞转录组学揭示了Evf2增强子lncRNA在小鼠胚胎大脑发育中通过直接RNA结合和RNP招募域对基因的远距离调控作用	发现Evf2将chr6分为短程激活基因和长程/超长程抑制基因区域，并鉴定出与成年表型相关的癫痫调控基因	研究仅聚焦于chr6上的基因调控，未全面评估其他染色体上的类似机制	阐明Evf2 lncRNA在增强子-基因引导和转录调控中的直接作用机制	小鼠胚胎大脑腹侧前脑祖细胞	基因组学	神经系统疾病	单细胞转录组学	NA	RNA-seq数据	NA
68	2025-07-29	In vivo efficacy of NRL knockdown with cell-penetrating siRNA in retinal degeneration 2025-Jul-26, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-07299-6 PMID:40715177	研究论文	研究探讨了细胞穿透性不对称小干扰RNA靶向NRL（cp-asiNRL）在视网膜退化疾病中的治疗潜力	首次使用cp-asiNRL诱导杆状细胞向锥状细胞转化，以减轻视网膜退化	在RP小鼠模型中功能改善相对有限，可能反映了疾病晚期阶段	探索NRL基因沉默对视网膜退化疾病的治疗效果	C57BL/6J野生型、新生血管性AMD和RP（Rho）小鼠模型	视网膜疾病治疗	视网膜退化疾病（如视网膜色素变性和年龄相关性黄斑变性）	细胞穿透性不对称小干扰RNA（cp-asiNRL）技术	小鼠模型	基因表达水平、电生理评估和单细胞RNA测序数据	C57BL/6J野生型、nAMD和RP小鼠模型
69	2025-07-29	Single-cell antigen receptor sequencing in pigs with influenza 2025-Jul-26, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-08507-9 PMID:40715353	研究论文	本研究开发了猪特异性T细胞受体（TCR）和B细胞受体（BCR）富集引物，用于单细胞RNA测序（scRNAseq）和免疫受体分析，以研究猪在流感病毒感染后的免疫反应	开发了与10× Genomics VDJ测序协议兼容的猪特异性TCR和BCR富集引物，首次在猪中实现了高通量单细胞TCR和BCR测序	研究仅针对流感病毒感染后的猪免疫反应，可能不适用于其他疾病或物种	研究自然杀伤T（NKT）细胞对猪肺部TCR和BCR受体库的影响，并追踪流感病毒感染后T细胞的克隆扩增	表达CD1D和CD1D缺陷的猪在流感A病毒（IAV）感染后的肺部细胞，以及IAV疫苗接种和感染后猪的肺液T细胞	免疫学	流感	单细胞RNA测序（scRNAseq），10× Genomics VDJ测序	NA	单细胞RNA测序数据	冷冻保存的猪肺部细胞和纵向采样的肺液T细胞
70	2025-07-29	Methyl CpG Binding Domain as a Protein Interaction Partner in Promoter Regulation and Neurodevelopment Through Evolutionary Expanded Entanglement 2025-Jul-25, American journal of physiology. Cell physiology DOI:10.1152/ajpcell.00749.2024 PMID:40712661	研究论文	本文探讨了甲基结合域（MBD）作为蛋白质-蛋白质相互作用基序在启动子调控和神经发育中的作用	揭示了MBD在非甲基化DNA结合情况下的蛋白质相互作用功能及其在神经发育中的保守性	研究主要基于计算分析和细胞系数据，缺乏直接的功能验证实验	探索MBD作为蛋白质相互作用基序在基因调控和神经发育中的功能	MBD蛋白家族成员及其相互作用蛋白	分子生物学	智力障碍综合征	ChIP-seq, 单细胞RNA-seq	NA	基因组数据, 转录组数据	超过1.15亿个单细胞RNA-seq数据及数千个批量组织样本
71	2025-07-29	Soft graph clustering for single-cell RNA sequencing data 2025-Jul-25, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-025-06231-z PMID:40713495	研究论文	本文提出了一种名为scSGC的软图聚类方法，用于单细胞RNA测序数据，旨在通过非二值边权重更准确地描述细胞间的连续相似性	scSGC通过整合双通道切割信息软图表示学习、基于ZINB的特征自编码器和最优传输驱动的聚类优化，克服了传统GNN方法中硬图构建的局限性	NA	提高单细胞RNA测序数据聚类分析的准确性和效率	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	GNN, 自编码器	基因表达数据	十个数据集
72	2025-07-29	ACACA depletion activates the cPLA2-arachidonic acid-NF-κB axis to drive inflammatory reprogramming in androgen receptor-independent prostate cancer 2025-Jul-25, Cell communication and signaling : CCS IF:8.2Q1 DOI:10.1186/s12964-025-02363-0 PMID:40713618	研究论文	本研究探讨了ACACA在雄激素受体非依赖性前列腺癌(ARIPC)中的作用，揭示了ACACA缺失通过cPLA2-花生四烯酸-NF-κB轴驱动炎症重编程的机制	首次揭示了ACACA缺失在ARIPC中的促肿瘤作用及其通过花生四烯酸介导的NF-κB信号通路激活的机制	研究主要基于细胞系和小鼠模型，临床相关性有待进一步验证	探究ACACA在雄激素受体非依赖性前列腺癌中的作用机制	雄激素受体非依赖性前列腺癌细胞系和小鼠模型	癌症研究	前列腺癌	shRNA基因沉默、转录组学、代谢组学、单细胞RNA测序、qPCR、Western blotting、免疫荧光	小鼠尾静脉注射转移模型	组学数据、分子生物学数据、细胞功能实验数据	多个转移性去势抵抗性前列腺癌数据集和ARIPC细胞系
73	2025-07-29	FCGBP promotes ovarian cancer progression via activation of IL-6/JAK-STAT signaling pathway 2025-Jul-25, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06854-z PMID:40713656	研究论文	本研究探讨了FCGBP在卵巢癌进展中的临床相关性、功能作用及其潜在机制	首次揭示了FCGBP通过激活IL-6/JAK-STAT信号通路促进卵巢癌进展的分子机制	研究主要基于体外和动物模型，临床样本验证仍需扩大	探索FCGBP在卵巢癌中的生物学功能及其作为诊断标志物和治疗靶点的潜力	卵巢癌组织和SKOV3、ES-2卵巢癌细胞系	癌症生物学	卵巢癌	定量PCR、Western blotting、免疫组化、双荧光素酶报告基因检测、共免疫沉淀、ELISA	小鼠异种移植模型	基因表达谱、单细胞RNA测序数据、蛋白质数据	多个公共数据集和临床组织样本
74	2025-07-29	Functional Diversity of Two Novel Embryonic Microglial Subpopulations and Their Developmental Trajectories in Developing Mouse Brains 2025-Jul-25, Glia IF:5.4Q1 DOI:10.1002/glia.70064 PMID:40714978	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析揭示了小鼠胚胎大脑中两种新型胚胎小胶质细胞亚群的功能多样性及其发育轨迹	发现了两种新型胚胎小胶质细胞亚群（EM1和EM2），并阐明了它们的功能差异和发育轨迹	研究仅基于小鼠模型，未在人类样本中验证	探索胚胎小胶质细胞的功能多样性和发育轨迹	小鼠胚胎大脑中的小胶质细胞	神经科学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、免疫荧光染色	NA	基因表达数据、图像数据	胚胎第14天（E14）小鼠大脑细胞，以及出生后第1、14和90天的小鼠大脑
75	2025-07-29	Biomarkers of pediatric Epstein-Barr virus-associated hemophagocytic lymphohistiocytosis through single-cell transcriptomics 2025-Jul-25, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-62090-5 PMID:40715093	研究论文	通过单细胞转录组学识别儿童EB病毒相关噬血细胞性淋巴组织细胞增多症的生物标志物	首次在单细胞分辨率下绘制了儿童EBV-HLH的免疫景观，揭示了IDO1单核细胞和L-犬尿氨酸作为潜在生物标志物的作用	研究样本量较小，且仅针对儿童患者，未涵盖成人病例	探究EBV-HLH与良性EBV感染之间的免疫学机制差异	儿童EBV-HLH患者、IM患者及健康志愿者	单细胞转录组学	噬血细胞性淋巴组织细胞增多症	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	儿童EBV-HLH患者、IM患者及健康志愿者（具体数量未提及）
76	2025-07-29	Triple-effect correction for Cell Painting data with contrastive and domain-adversarial learning 2025-Jul-25, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-62193-z PMID:40715122	研究论文	本文提出了一种名为cpDistiller的三重效应校正方法，专门用于处理Cell Painting数据，结合对比学习和领域对抗学习技术	提出了一种新型的三重效应校正方法cpDistiller，结合了预训练分割模型、半监督高斯混合变分自编码器以及对比学习和领域对抗学习技术	未提及具体局限性	开发一种能够有效校正Cell Painting数据中三重技术效应的方法，以提高数据可靠性	Cell Painting数据中的三重技术效应（批次效应、梯度影响的行列效应）	数字病理学	NA	对比学习、领域对抗学习	高斯混合变分自编码器	图像	未提及具体样本数量
77	2025-07-29	The mechanotransducer Piezo1 coordinates metabolism and inflammation to promote skin growth 2025-Jul-25, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-62270-3 PMID:40715139	研究论文	本研究探讨了机械感受器Piezo1在皮肤拉伸生长过程中协调代谢和炎症的作用	首次揭示了Piezo1在张力诱导的皮肤生长中协调代谢变化和免疫细胞浸润的关键作用	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类皮肤中得到验证	探究机械拉伸条件下皮肤生长的分子机制	小鼠皮肤组织	细胞生物学	NA	单细胞RNA测序、流式细胞术、空间转录组学	Piezo1功能缺失和功能获得小鼠模型	基因表达数据、细胞表型数据	小鼠皮肤组织样本（具体数量未明确说明）
78	2025-07-29	Immune dysfunction during S. aureus biofilm-associated implant infections: opportunities for novel therapeutic strategies 2025-Jul-25, NPJ biofilms and microbiomes IF:7.8Q1 DOI:10.1038/s41522-025-00782-y PMID:40715142	review	探讨金黄色葡萄球菌生物膜相关植入物感染期间的免疫功能障碍及其新型治疗策略	通过细菌单细胞测序研究揭示了生物膜如何通过改变细菌代谢和毒素产生诱导免疫功能障碍，并探讨了免疫识别和代谢在生物膜控制中的作用	未提及具体治疗策略的实验验证或临床效果	研究金黄色葡萄球菌生物膜感染期间的免疫功能障碍机制及潜在治疗策略	金黄色葡萄球菌生物膜及其与宿主免疫系统的相互作用	微生物学与免疫学	细菌感染	单细胞测序	NA	NA	NA
79	2025-07-29	Exploration of potential therapeutic target genes for preeclampsia through genetic analysis 2025-Jul-25, Journal of human hypertension IF:2.7Q2 DOI:10.1038/s41371-025-01054-0 PMID:40715499	研究论文	通过遗传分析探索先兆子痫的潜在治疗靶基因	利用cis-eQTL和孟德尔随机化分析识别与先兆子痫显著相关的17个可药物基因，并通过功能富集分析、SMR和共定位分析验证了其中5个基因的因果关系	研究主要基于血液样本的eQTL数据，可能未完全反映胎盘或其他相关组织中的基因表达情况	从基因组角度识别可能降低先兆子痫风险的潜在遗传靶点	先兆子痫患者及健康对照	遗传学	先兆子痫	cis-eQTL分析、孟德尔随机化(MR)、功能富集分析、SMR、共定位分析、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	eQTLGen联盟提供的血液样本数据
80	2025-07-29	Spatial transcriptomics reveals macrophage domestication by epithelial cells promotes immunotherapy resistance in small cell lung cancer 2025-Jul-24, NPJ precision oncology IF:6.8Q1 DOI:10.1038/s41698-025-01005-5 PMID:40702109	研究论文	通过空间单细胞转录组学揭示上皮细胞驯化巨噬细胞促进小细胞肺癌免疫治疗耐药性的机制	发现Epi-I和Epi-II两种上皮细胞亚型及其在免疫化疗耐药性中的作用，揭示了MIF-SPP1-PI3K-AKT信号轴在细胞转化中的关键作用	样本量较小（18例患者），需要在更大规模队列中验证发现	阐明小细胞肺癌肿瘤微环境中免疫化疗耐药性的机制	广泛期小细胞肺癌患者肿瘤组织	数字病理学	肺癌	空间单细胞转录组学	NA	转录组数据	18例广泛期小细胞肺癌患者样本