单细胞与空转测序相关文章

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序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
61 2026-06-15
scSCCNIA: similarity matrix based contrastive clustering with neighbor information aggregation for single-cell RNA sequencing data
2026-Mar-01, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1
研究论文 提出一种基于相似性矩阵的对比聚类框架scSCCNIA,用于从单细胞RNA测序数据中准确识别细胞簇 采用拉普拉斯滤波器进行邻域信息聚合,通过特殊非共享参数孪生编码器构建不同图视图进行数据增强,并基于相似性矩阵的对比学习学习低维嵌入表示 未明确指出局限性 开发一种有效的单细胞RNA测序数据细胞聚类算法,提高细胞类型识别准确率并促进下游分析 多个不同平台和细胞数量的单细胞RNA测序数据集 机器学习 NA 单细胞RNA测序 对比聚类神经网络 单细胞RNA测序数据 多个不同平台和细胞数量的数据集 NA 单细胞RNA测序 NA NA
62 2026-06-15
The Interaction Between Mitophagy Dysregulation and the Diabetic Bladder Microenvironment
2026-Mar, Journal of diabetes IF:3.0Q2
综述 探讨线粒体自噬失调与糖尿病膀胱微环境之间的双向相互作用及其在糖尿病膀胱功能障碍进展中的作用 提出了一个以线粒体自噬失调与膀胱微环境损伤为核心的自增强反馈环路,并建议通过联合恢复线粒体自噬和调节微环境的策略实现治疗突破 所讨论的干预措施(如尿石素A、MCC950、纳米颗粒介导的PINK1 mRNA递送和CRISPR/Cas9基因编辑)仍处于探索阶段,缺乏充分的临床验证 阐明线粒体自噬失调与糖尿病膀胱微环境相互作用的机制,并提出靶向该反馈环路的潜在治疗策略 糖尿病膀胱功能障碍中的线粒体自噬、膀胱微环境及相关分子机制 数字病理学 糖尿病 CRISPR/Cas9 NA 文本 NA 10x Genomics 空间转录组学 10x Visium 10x Visium 空间转录组学技术
63 2026-06-15
Assessment of dispersion metrics for estimating single-cell transcriptional variability
2026-Mar, PLoS computational biology IF:3.8Q1
研究论文 系统比较了用于估算单细胞转录变异性的各种离散度指标 首次系统性评估多种统计指标对单细胞RNA测序数据中转录噪声的响应性,并发现方差均值比(Fano因子)在测量单细胞转录变异性方面具有线性关系和规模不变性 未提及具体局限性 评估并比较不同统计指标在测量单细胞转录变异性中的效果,以揭示生物学相关信息 单细胞RNA测序数据中的基因转录变异性 机器学习 NA RNA-seq NA 数值数据 模拟数据在不同离散度和计数大小下生成,以及来自不同复杂系统和跨平台测量的单细胞数据集 NA 单细胞RNA测序 NA NA
64 2026-06-15
A hybrid neighborhood enhanced contrastive learning and self-knowledge distillation method for scRNA-seq data clustering analysis
2026-Feb-28, Bioinformatics (Oxford, England)
研究论文 提出一种整合混合邻域增强对比学习与自知识蒸馏的单细胞RNA测序数据聚类分析方法 创新性地结合混合邻域增强对比学习和自知识蒸馏策略,提升scRNA-seq数据的聚类精度以及对主要细胞类型和稀有亚型的识别能力 未明确指出局限性 提高单细胞RNA-seq数据聚类分析的准确性和鲁棒性,解决高维度、复杂性和噪声带来的挑战 单细胞RNA测序数据中的细胞类型及亚群 机器学习 NA scRNA-seq 混合邻域增强对比学习与自知识蒸馏模型 单细胞转录组数据 多个公开数据集(具体数量未提及) NA 单细胞RNA测序 NA NA
65 2026-06-15
Identification of GLDN+ odontogenic stem cells as crucial for human tooth development and regeneration
2026-Feb-28, International journal of oral science IF:10.8Q1
研究论文 利用单细胞测序分析人类牙乳头细胞异质性,鉴定出GLDN+成牙干细胞在牙齿发育与再生中发挥关键作用 首次鉴定出GLDN+成牙干细胞(OSCs)作为牙髓和牙本质发育的关键前体细胞,揭示了其通过BMP5信号维持自我更新和促进血管化的机制 研究主要基于体外和异位再生模型,尚未在人类体内自然环境中验证这些干细胞的功能 阐明人类牙乳头中关键细胞类型在牙齿发育和再生中的作用 人类牙乳头细胞及GLDN+成牙干细胞 数字病理学 牙科疾病 单细胞测序 NA 单细胞测序数据 人类牙乳头细胞样本 10x Genomics 单细胞RNA测序 10x Chromium 10x Chromium Single Cell 3' 平台
66 2026-06-15
A beneficial environment promotes immune resilience through epigenetic regulation
2026-Feb-27, Science advances IF:11.7Q1
研究论文 通过单细胞RNA测序等技术,探究农场粉尘提取物如何通过表观遗传重编程增强免疫弹性,减轻过敏性肺部炎症 揭示了有益环境暴露(农场粉尘)通过PPARγ信号依赖的组蛋白去乙酰化酶活性,诱导单核细胞来源巨噬细胞的表观遗传重编程,从而抑制过敏反应的新机制 未明确在人类体内的长期效果及可转化性,且主要基于小鼠模型和体外实验验证 研究有益环境(农场粉尘)如何通过表观遗传调控增强免疫弹性,为过敏性疾病预防提供新策略 卵清蛋白诱导的过敏小鼠模型以及人类和鼠源骨髓来源巨噬细胞 数字病理学 哮喘 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, ATAC-seq NA 基因表达数据, 染色质可及性数据 小鼠模型(具体数量未提及)和体外培养的人类及小鼠巨噬细胞 NA 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, ATAC-seq NA NA
67 2026-06-15
The ubiquitin-proteasome system is an important driver of EBV-associated nasopharyngeal carcinoma progression: a meta-analysis of transcriptomic data
2026-Feb-24, Scientific reports IF:3.8Q1
meta分析 本文通过整合转录组数据进行荟萃分析,揭示泛素-蛋白酶体系统在EB病毒相关鼻咽癌进展中的重要作用 首次在单细胞分辨率下系统分析泛素-蛋白酶体系统与EB病毒裂解期蛋白的相互作用及其对肿瘤免疫逃逸的影响 缺乏功能性实验验证,且鼻咽癌数据集样本量较小,可能导致预后关联的统计显著性不足 阐释泛素-蛋白酶体系统在EB病毒相关鼻咽癌进展中的驱动机制,并评估其作为生物标志物和治疗靶点的潜力 EB病毒相关鼻咽癌患者的转录组数据及单细胞RNA测序数据 数字病理学 鼻咽癌 基因表达荟萃分析、单细胞RNA测序 NA 转录组数据、单细胞表达谱 多个公开数据集的转录组数据,包括鼻咽癌(样本量较小)及泛癌、头颈鳞状细胞癌等数据集 NA 单细胞RNA测序 NA 使用GEPIA2平台进行预后关联分析
68 2026-06-15
Integrating scRNA-seq and snRNA-seq with spatial transcriptomics to unlock the xylem puzzle
2026-Feb-23, Genome biology IF:10.1Q1
研究论文 整合单细胞RNA测序和单核RNA测序与空间转录组学,以解开木质部发育的谜题 通过整合单细胞RNA测序和单核RNA测序数据,克服了单细胞RNA测序无法捕获晚期细胞(如具有次生细胞壁的细胞)的限制,重建了杨树茎部木质部发育的完整连续体,并验证了两种技术的互补性和兼容性 未明确提及局限性 重建杨树茎部木质部发育的完整连续体,揭示次生细胞壁形成和程序性细胞死亡的转录协调机制 杨树(Populus)茎部发育中的木质部细胞 数字病理学 NA 单细胞RNA测序、单核RNA测序、激光显微切割、支持向量机 支持向量机 基因表达数据 NA NA 单细胞RNA测序, 单核RNA测序, 空间转录组学 NA NA
69 2026-06-15
Human microglia in brain assembloids display region-specific diversity and respond to hyperexcitable neurons carrying SCN2A mutation
2026-Feb-20, Science advances IF:11.7Q1
研究论文 本研究生成了包含人源小胶质细胞的区域特异性脑类器官(皮质、纹状体和中脑),通过单细胞RNA测序发现六种小胶质细胞亚型及其区域特异性特征,并利用纹状体-中脑组装体模型揭示了小胶质细胞在SCN2A突变介导的神经元过度活跃中的病理反应 首次在脑类器官中系统整合人源小胶质细胞以研究其区域特异性;构建了纹状体-中脑组装体模型用于解析神经免疫互作;发现小胶质细胞GABA受体在调控神经元过度活跃和突触修剪中的新机制 类器官模型可能无法完全模拟体内复杂微环境;研究中仅针对SCN2A无义突变,未涵盖其他基因变异;化学遗传学激活可能引入人为干扰 解析人源小胶质细胞在脑不同区域的特异性特征及其在神经环路发育和疾病中的作用 人诱导多能干细胞衍生的小胶质细胞和脑类器官(皮质、纹状体、中脑) 数字病理学 自闭症 单细胞RNA测序, 化学遗传学 脑类器官, 组装体 单细胞转录组数据 多种区域特异性脑类器官与组装体,具体样本量未明确 NA 单细胞RNA测序 NA NA
70 2026-06-15
Single-cell RNA sequencing identifies M2-like macrophage polarization associated with mesenchymal stem cell treatment in a murine sepsis model
2026-Feb-20, Biomolecules & biomedicine
研究论文 利用单细胞RNA测序揭示间充质干细胞治疗通过促进M2型巨噬细胞极化改善小鼠脓毒症模型生存率的免疫调节机制 首次通过单细胞RNA测序技术系统解析间充质干细胞在脓毒症模型中对免疫细胞亚群转录组变化的影响,特别是揭示了M2型巨噬细胞极化在炎症消退中的关键作用 仅基于小鼠模型,且研究时间点局限于术后6小时,未探讨长期效应及临床转化可行性 阐明间充质干细胞在脓毒症病理生理中的免疫调节机制,特别是与巨噬细胞亚群的相互作用 小鼠脓毒症模型中的CD45阳性免疫细胞,重点关注巨噬细胞亚群 数字病理学 脓毒症 单细胞RNA测序(scRNA-seq) NA 转录组数据 小鼠脓毒症模型,具体样本量未明确说明 NA 单细胞RNA测序 NA NA
71 2026-06-15
SCMO: a deep learning model integrating the single-cell resolution TME ecosystem and multi-omics for survival prediction in CRC patients
2026-Feb-19, Journal of translational medicine IF:6.1Q1
研究论文 开发了一种整合单细胞分辨率肿瘤微环境生态系统与多组学数据的深度学习模型SCMO,用于结直肠癌患者的生存预测 首次将单细胞RNA测序解析的肿瘤微环境特征与组织多组学数据通过自归一化神经网络深度融合,提高了生存预测精度并增强了模型可解释性 未提及模型在外部独立队列中的验证结果,且简化模型SCMO-Lite的12个高权重多组学特征的普适性需进一步验证 构建结直肠癌生存预测模型,整合单细胞分辨率肿瘤微环境与多组学数据,提升预测精度和生物学可解释性 结直肠癌患者 机器学习 结直肠癌 单细胞RNA测序, 空间转录组学 自归一化神经网络 基因表达数据, 临床数据, 基因组数据, 微生物组数据 213例结直肠癌单细胞RNA测序样本(339,060个细胞) 未明确提及 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 NA NA
72 2026-06-15
Single-Cell Transcriptomic Analysis of Macaque LGN Neurons Reveals Novel Subpopulations
2026-Feb-18, Molecular neurobiology IF:4.6Q1
研究论文 通过单细胞转录组分析猕猴外侧膝状体神经元,发现新的亚群 揭示了经典M、P、K三类细胞之外的新亚群,并暗示其功能差异,强调转录组与功能评估的结合 仅基于公共数据库的原始数据进行分析,未进行功能验证实验 探索猕猴外侧膝状体神经元的异质性,发现新的细胞亚群 猕猴外侧膝状体神经元 机器学习和单细胞转录组学 NA 单细胞转录组测序 统计分析方法 基因表达数据 未具体说明样本数量,基于公共数据库中的猕猴外侧膝状体细胞 NA 单细胞RNA测序 NA 基于公共数据库的原始单细胞转录组数据
73 2026-06-15
Nonsense Mutation in USH2A Exon-13 Activates the Innate Immune Response in Müller Glial Cells
2026-Feb-07, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2
研究论文 本研究利用人诱导多能干细胞衍生视网膜类器官,探究USH2A基因外显子13无义突变引发视网膜色素变性的细胞机制,发现Müller胶质细胞出现显著转录变化并激活先天免疫反应 首次通过单细胞RNA测序揭示USH2A突变导致Müller胶质细胞而非感光细胞发生主要转录变化,提出先天免疫反应和溶酶体系统紊乱的新致病机制 未提供明确局限性信息 探究USH2A基因外显子13无义突变导致视网膜变性的细胞机制 人诱导多能干细胞衍生的视网膜类器官及其中Müller胶质细胞和感光细胞 数字病理学 视网膜色素变性 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 多个hiPSC衍生视网膜类器官(具体数量未详述) 10x Genomics 单细胞RNA测序 10x Chromium 10x Chromium单细胞RNA测序平台
74 2026-06-15
Single-Cell Mapping Reveals MIF-Centered Immunoregulatory Networks in Colorectal Cancer
2026-Feb-03, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2
研究论文 通过单细胞测序揭示结直肠癌中MIF为中心的免疫调控网络 首次在单细胞分辨率下绘制结直肠癌中MIF-CD74-CXCR4和MIF-CD74-CD44信号轴主导的细胞间通讯图谱,并识别出CMS3上皮细胞与SPP1巨噬细胞及细胞毒性淋巴细胞间的强连接 研究基于已有数据集分析,缺乏实验验证;样本量信息未明确;未探讨MIF信号的分子机制和治疗干预效果 解析结直肠癌肿瘤微环境中细胞间相互作用,鉴定关键免疫调控枢纽 结直肠癌肿瘤微环境中的上皮细胞、免疫细胞和基质细胞 数字病理学 结直肠癌 单细胞RNA测序、数据整合、配体-受体推断 NA 单细胞转录组数据 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
75 2026-06-15
Spatial transcriptomics uncovers hybrid, proinflammatory, and profibrotic cellular niches in pulmonary granuloma of patients with chronic sarcoidosis
2026-Feb-01, American journal of respiratory and critical care medicine IF:19.3Q1
研究论文 利用空间转录组学揭示慢性结节病患者肺肉芽肿中的混合型促炎和促纤维化细胞微环境 首次通过空间转录组学技术定位并解析了慢性结节病肺肉芽肿中巨噬细胞、T细胞、B细胞和成纤维细胞的空间分布及其促炎和促纤维化分子特征,尤其是中央巨噬细胞微环境呈现混合型促炎和促纤维化表型 样本量较小(9例肺组织),且仅基于空间转录组学分析,功能验证需进一步开展 利用空间转录组学揭示慢性结节病患者肺肉芽肿内的细胞微环境特征 慢性结节病患者的肺肉芽肿组织 数字病理学 结节病 空间转录组学, RNA原位杂交, 免疫组织荧光染色 NA 基因表达数据, 组织图像 9例含肉芽肿的肺组织切片,包含173个肉芽肿和30,587个基因表达点位 10x Genomics 空间转录组学 10x Visium 10x Visium FFPE空间转录组平台
76 2026-06-15
Testis Molecular Pathways in CAIS Unveil Testosterone/Estradiol on Germ Cell Tumor Risk in Non-Obstructive Azoospermia
2026-01-21, The Journal of clinical endocrinology and metabolism
研究论文 通过单细胞RNA测序分析完全性雄激素不敏感综合征(CAIS)患者的睾丸体细胞分子通路,揭示睾酮/雌二醇比值对非梗阻性无精子症(NOA)患者生殖细胞肿瘤风险的预测作用 首次利用单细胞RNA测序整合分析CAIS、NOA、克氏综合征及正常睾丸组织数据,发现非遗传性NOA患者间质细胞中与精原细胞瘤微环境相关的转录特征,并证明血清睾酮/雌二醇比值对睾丸生殖细胞癌具有预后价值 研究仅基于单个CAIS患者的睾丸样本,可能无法完全代表该疾病的分子异质性;且未进行功能验证实验来确认关键分子通路的因果作用 建立非遗传性和遗传性NOA(如CAIS和克氏综合征)睾丸体细胞中共享或特异性的分子通路,并探索其与睾丸生殖细胞癌风险的关系 完全性雄激素不敏感综合征患者、非梗阻性无精子症患者、克氏综合征患者及正常生精功能男性的睾丸体细胞 数字病理学 男性不育症, 睾丸生殖细胞癌 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据, 临床数据 1例CAIS患者睾丸样本;120名可育、155名不育、116名NOA、18名KS、343名TGCC男性的血清睾酮和雌二醇水平数据 10x Genomics 单细胞RNA测序 10x Chromium 10x Chromium单细胞RNA测序平台
77 2026-06-15
FKBP10 promotes M2 polarization of macrophage via MEK/ERK/CXCL8 axis and facilitates tumor progression in clear cell renal cell carcinoma
2026, International journal of biological sciences IF:8.2Q1
研究论文 整合单细胞转录组数据构建透明细胞肾细胞癌免疫生态系统图谱,揭示FKBP10通过MEK/ERK/CXCL8轴促进巨噬细胞M2极化及肿瘤进展的机制 首次基于大规模单细胞RNA测序数据对ccRCC生态系统进行分型,识别出四种TIME亚型和六种肿瘤细胞功能状态,并揭示FKBP10介导的免疫抑制新机制 缺乏功能验证实验及前瞻性临床队列数据支持 解析透明细胞肾细胞癌肿瘤微环境异质性及寻找新的免疫治疗靶点 透明细胞肾细胞癌患者肿瘤微环境中的恶性细胞和免疫细胞 数字病理学 肾癌 单细胞RNA测序,机器学习 NA 单细胞转录组数据 来自118例ccRCC患者的194份样本共计1,172,154个细胞 NA 单细胞RNA测序 NA NA
78 2026-06-15
The immunopathological crosstalk of diabetic periodontitis: Single-cell insights into monocyte dysregulation
2026, PloS one IF:2.9Q1
研究论文 通过单细胞RNA测序分析糖尿病牙周炎患者外周血单核细胞的异质性和功能改变,揭示糖尿病加剧牙周炎症的免疫病理机制 首次系统描绘糖尿病牙周炎患者单核细胞亚群的功能重编程和信号通路失调,鉴定关键转录因子PBX1、TAL1、IRF9调控单核细胞分化缺陷和过度炎症表型 仅分析外周血单核细胞,未涉及牙周组织局部免疫微环境,且样本量较小可能限制单核细胞亚群多样性发现 阐明糖尿病如何通过单核细胞重编程和信号通路失调加剧牙周炎症的免疫病理机制 健康对照、牙周炎患者、糖尿病牙周炎患者的外周血单核细胞 数字病理学, 机器学习 糖尿病, 牙周炎 单细胞RNA测序 NA 基因表达数据 健康对照组、牙周炎组、糖尿病牙周炎组共三组样本 10x Genomics 单细胞RNA测序 10x Chromium 10x Chromium单细胞3'测序平台
79 2026-06-15
A multi-dimensional omics framework identifies GPR35 as a driver of M2 macrophage activation and poor prognosis in colorectal cancer
2026, Frontiers in immunology IF:5.7Q1
研究论文 通过构建结直肠癌肿瘤微环境的多维单细胞组学图谱,鉴定GPR35为M2巨噬细胞活化和不良预后的驱动因子 首次整合多队列单细胞RNA测序数据构建CRC肿瘤微环境综合图谱,通过非负矩阵分解鉴定出与M2巨噬细胞活化相关的MP8元程序,并发现GPR35作为肿瘤细胞内在的免疫逃逸驱动因子和免疫治疗耐药的关键调节因子 研究主要基于公共数据库分析,缺乏大规模前瞻性临床队列验证;GPR35促进免疫逃逸的具体分子机制尚需进一步实验阐明;体外功能实验未在体内模型中进行验证 阐明结直肠癌肿瘤微环境中免疫逃逸的分子机制,鉴定新的治疗靶点以改善免疫治疗效果 结直肠癌肿瘤微环境中的单细胞转录组、肿瘤细胞功能与免疫细胞互作 机器学习 结直肠癌 单细胞RNA测序 非负矩阵分解、高维WGCNA 单细胞转录组数据 多队列结直肠癌患者单细胞RNA测序数据(具体样本量未在摘要中明确) NA 单细胞RNA测序 NA NA
80 2026-06-15
scCNMF: an integrated analysis model for paired single-cell RNA sequencing and assay for transposase-accessible chromatin sequencing data leveraging cell similarity and cis-regulatory potential
2026, PeerJ IF:2.3Q2
研究论文 提出scCNMF模型,整合单细胞RNA测序和ATAC测序数据,利用细胞相似性和顺式调控潜力提升分析准确性 首次同时考虑scATAC-seq数据的高稀疏性和细胞水平的调控相互作用,并基于非负矩阵分解整合细胞相似结构和先验调控信息 未明确说明,但可能受限于先验调控信息的完整性和数据集规模 实现配对单细胞RNA-seq和scATAC-seq数据的整合分析,提升细胞嵌入和聚类准确性 单细胞RNA-seq和scATAC-seq配对数据 机器学习 NA 单细胞RNA测序(scRNA-seq), 单细胞ATAC测序(scATAC-seq) 非负矩阵分解(NMF) 单细胞基因表达数据, 单细胞染色质可及性数据 多个真实数据集(具体数量未说明) NA 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 NA NA
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