单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
61	2025-08-10	Mouse lemur cell atlas informs primate genes, physiology and disease 2025-Aug, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-09114-8 PMID:40739355	研究论文	该研究通过大规模单细胞RNA测序构建了鼠狐猴细胞图谱，揭示了其基因、生理和疾病特征	首次构建了鼠狐猴的细胞图谱，发现了数千个新基因和剪接位点，系统探索了免疫系统特征，并鉴定了与人类疾病相关的灵长类基因	研究主要基于转录组数据，缺乏蛋白质组和功能验证数据	建立鼠狐猴分子遗传分析基础并优先研究灵长类基因、异构体、生理和疾病	鼠狐猴(Microcebus spp.)的27个器官	基因组学	子宫内膜癌	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	27个器官的细胞样本
62	2025-08-10	Multi-omics profiling identifies TNFRSF18 as a novel marker of exhausted CD8⁺ T cells and reveals tumour-immune dynamics in colorectal cancer 2025-Aug, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70425 PMID:40770837	研究论文	通过多组学分析揭示结直肠癌中CD8⁺ T细胞耗竭的动态模式及其与肿瘤免疫逃逸的关系	发现TNFRSF18作为CD8⁺ T细胞耗竭的新标记物，并揭示肿瘤细胞核糖体干性介导的免疫逃逸机制	样本量较小（6例患者，20个样本），需进一步扩大验证	探究结直肠癌中CD8⁺ T细胞耗竭的动态演变及其对临床预后的影响	结直肠癌患者肿瘤及癌旁组织中的CD8⁺ T细胞	肿瘤免疫学	结直肠癌	scRNA-seq, scVDJ-seq, 空间转录组学, 免疫荧光	NA	单细胞转录组数据, 空间转录组数据, 公共数据集	6例结直肠癌患者的20个肿瘤及癌旁组织样本
63	2025-08-10	scCOSMIX: A Mixed-Effects Framework for Differential Coexpression and Transcriptional Interactions Modeling in Single-Cell RNA-Seq 2025-Aug, Statistics in medicine IF:1.8Q1 DOI:10.1002/sim.70213 PMID:40772737	研究论文	提出了一种名为scCOSMIX的混合效应框架，用于在单细胞RNA测序数据中建模差异共表达和转录相互作用	scCOSMIX框架考虑了单细胞实验中常见的多主体分层设计，通过基于copula的方法允许零膨胀、边缘和关联参数作为协变量的函数建模，并包含主体级随机效应	NA	研究单细胞RNA测序数据中的基因-基因相互作用	单细胞RNA测序数据中的基因共表达和转录相互作用	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	混合效应模型	基因表达数据	两个scRNA-seq数据集(GSE266919和GSE108989)
64	2025-08-10	Tranquillyzer: A Flexible Neural Network Framework for Structural Annotation and Demultiplexing of Long-Read Transcriptomes 2025-Jul-31, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.07.25.666829 PMID:40766630	research paper	介绍了一种名为Tranquillyzer的灵活神经网络框架，用于长读长转录组的结构注释和解复用	采用混合神经网络架构和全局上下文感知设计，能够精确识别结构元素，即使元素因测序噪声或文库构建变异性而发生移位、部分降解或重复	未提及具体性能比较或实际应用中的限制	开发一个灵活、可扩展的框架，用于处理长读长单细胞RNA测序数据	长读长单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	Oxford Nanopore Technologies (ONT) 长读长单细胞RNA测序	混合神经网络	RNA测序数据	NA
65	2025-08-10	Tumor-resident probiotic Clostridium butyricum improves aPD-1 efficacy in colorectal cancer models by inhibiting IL-6-mediated immunosuppression 2025-Jul-29, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2025.07.012 PMID:40780216	研究论文	研究发现益生菌Clostridium butyricum通过抑制IL-6介导的免疫抑制增强抗PD-1疗法在结直肠癌模型中的疗效	首次发现C. butyricum通过结合GRP78受体并抑制PI3K-AKT-NF-κB通路来减少IL-6分泌，从而增强抗PD-1疗法的效果	研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未在人体临床试验中验证	探索增强结直肠癌免疫检查点阻断疗法效果的策略	结直肠癌模型（包括MSI-H和MSS亚型）和免疫细胞	肿瘤免疫治疗	结直肠癌	单细胞RNA测序、人源化小鼠模型、患者来源类器官-CTLs共培养系统	NA	基因表达数据、细胞功能数据	多种结直肠癌小鼠模型（包括AOM/DSS诱导模型和无菌小鼠）和患者来源类器官
66	2025-08-10	Amlodipine as an immunomodulator to enhance dendritic cell activation in cancer therapy with tumor-associated antigens 2025-Jul-23, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2025.07.030 PMID:40702728	研究论文	本研究探讨了氨氯地平作为免疫调节剂在增强树突状细胞活化和抗肿瘤免疫中的作用	揭示了氨氯地平通过促进树突状细胞成熟和增强CD8 T细胞活化来增强抗肿瘤免疫的新机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未进行临床试验	探索氨氯地平在癌症免疫治疗中的潜在应用	树突状细胞和肿瘤相关抗原	癌症免疫治疗	乳腺癌和结肠癌	流式细胞术、ELISA、单细胞RNA测序	小鼠模型（4T1乳腺癌和CT26结肠癌）	细胞和分子数据	NA
67	2025-08-10	Single-Cell Sequencing Reveals Circadian Sensitivity of Noise-Induced Hearing Loss Mediated by Macrophage-Driven NLRP3 Inflammasome Activation 2025-Jul-20, Neuroscience bulletin IF:5.9Q1 DOI:10.1007/s12264-025-01440-1 PMID:40684422	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序揭示了噪声性听力损失的昼夜节律敏感性，主要由巨噬细胞驱动的NLRP3炎症小体激活介导	首次在单细胞水平上揭示了巨噬细胞在噪声性听力损失中的昼夜节律敏感性及其通过NLRP3炎症小体激活的机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探究噪声性听力损失的昼夜节律敏感性机制	小鼠耳蜗细胞	生物医学	听力损失	单细胞RNA测序，多重免疫组化	小鼠模型	RNA测序数据，免疫荧光数据	97,043个耳蜗细胞
68	2025-08-10	Discovery of protein lactylation-associated biomarkers and their potential pathogenic mechanisms in recurrent spontaneous abortion 2025-Jul-18, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.146004 PMID:40685048	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，结合机器学习方法，鉴定了与复发性自然流产(RSA)相关的蛋白质乳酸化生物标志物及其潜在致病机制	首次揭示了乳酸化修饰在RSA中的调控作用，并鉴定了四个乳酸化相关枢纽基因，阐明了S100A11通过p38 MAPK-TGF-β1-SMAD-IL-10信号通路调控免疫和滋养细胞功能的机制	研究样本量有限，且未在独立队列中进行验证	探索蛋白质乳酸化修饰在复发性自然流产中的分子机制	复发性自然流产患者	生物信息学	复发性自然流产	scRNA-seq, bulk RNA-seq, 机器学习	NA	RNA测序数据	三个公共数据集(GSE214607, GSE26787, GSE165004)
69	2025-08-10	Resolving the design principles that control post-natal vascular growth and scaling 2025-Jul-16, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2025.101324 PMID:40628258	研究论文	研究探讨了出生后血管生长的设计原则，特别是主动脉如何随着脊柱的延长而扩大	揭示了主动脉扩张的独特生长原则，包括两个时间协调、空间随机的增殖波，以及内皮细胞挤出对维持主动脉稳态大小的重要性	研究主要关注主动脉，可能不适用于其他血管或组织的生长机制	解析出生后血管生长的设计原则和控制机制	主动脉的生长和比例调整	生物医学工程	NA	单细胞RNA测序、数学建模	NA	基因表达数据、实验数据	NA
70	2025-08-10	Long-read RNA sequencing of transposable elements from single cells using CELLO-seq 2025-Jul-16, Nature protocols IF:13.1Q1 DOI:10.1038/s41596-025-01203-2 PMID:40670609	研究论文	介绍了一种名为CELLO-seq的单细胞长读RNA测序协议，用于将转座子元件(TEs)的表达数据映射到独特的基因组位点	开发了CELLO-seq协议，通过整合长50核苷酸独特分子标识符和高PCR重复数，实现对高度序列相似的年轻TEs以及基因和TE异构体的高保真映射	需要具备分子生物学和转录组分析经验的用户操作，且未提及大规模样本验证	探索单细胞中转座子元件(TEs)与基因的相互作用	哺乳动物基因组中的转座子元件(TEs)	基因组学	NA	长读RNA测序(CELLO-seq), PCR	NA	RNA序列数据	单细胞水平，具体数量未提及
71	2025-08-10	Integrative scATAC-seq and mtDNA mutation analysis reveals disease-driven regulatory aberrations in AML 2025-Jul-16, Science bulletin IF:18.8Q1 DOI:10.1016/j.scib.2025.07.009 PMID:40781032	研究论文	该研究通过整合scATAC-seq和mtDNA突变分析，揭示了急性髓系白血病(AML)中疾病驱动的调控异常	开发了线粒体单细胞ATAC-seq(mtscATAC-seq)方法，结合单细胞RNA-seq，全面表征AML细胞，并发现WT1锌指结构域突变与染色质可及性降低及靶基因下调相关	NA	理解AML的进展机制并识别预后生物标志物以改善治疗结果	急性髓系白血病(AML)细胞	数字病理学	急性髓系白血病	mtscATAC-seq, 单细胞RNA-seq, 线粒体DNA追踪, 机器学习建模	机器学习模型	单细胞测序数据	NA
72	2025-08-10	Concerted changes in Epithelium and Stroma: a multi-scale, multi-omics analysis of progression from Barrett's Esophagus to adenocarcinoma 2025-Jul-14, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2025.06.034 PMID:40695287	research paper	通过多组学分析研究巴雷特食管向腺癌发展的多尺度变化	整合单细胞转录组学、细胞外基质蛋白质组学、组织力学和空间蛋白质组学，揭示了巴雷特食管向腺癌发展过程中的共享和患者特异性特征	样本量相对较小（107个样本来自26名患者），且仅基于两个独立队列	研究巴雷特食管向食管腺癌发展的多尺度变化机制	巴雷特食管患者样本（从鳞状上皮到化生、不典型增生至腺癌的进展路径）	digital pathology	esophageal adenocarcinoma	single-cell transcriptomics, extracellular matrix proteomics, spatial proteomics	NA	multi-omics data	107个样本来自26名患者
73	2025-08-10	Immunosuppressive JAG2+ tumor-associated neutrophils hamper PD-1 blockade response in ovarian cancer by mediating the differentiation of effector regulatory T cells 2025-Jul, Cancer communications (London, England) DOI:10.1002/cac2.70021 PMID:40120139	研究论文	本研究探讨了JAG2+肿瘤相关中性粒细胞（TANs）在高级别浆液性卵巢癌（HGSOC）免疫抑制微环境中的作用及其机制	揭示了JAG2+ TANs通过Notch信号通路促进效应调节性T细胞（eTregs）分化，从而导致免疫逃逸和抗PD-1治疗抵抗的新机制	研究主要基于HGSOC样本，结果在其他类型癌症中的普适性需要进一步验证	阐明JAG2+ TANs在HGSOC肿瘤免疫抑制微环境中的作用机制	高级别浆液性卵巢癌（HGSOC）患者样本和肿瘤模型	肿瘤免疫学	卵巢癌	多重免疫组化、流式细胞术、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	患者来源肿瘤类器官（PDTOs）模型和异种移植小鼠模型	组织样本、流式数据、测序数据	304个HGSOC样本（274个构成两个独立队列，30个用于建立PDTOs）
74	2025-08-10	Spatial transcriptomic applications in orthopedics 2025-Jul, Connective tissue research IF:2.8Q1 DOI:10.1080/03008207.2025.2501703 PMID:40347072	综述	本文综述了空间转录组学在骨科研究中的变革性影响，重点介绍了其在解析肌肉骨骼组织中复杂基因表达模式的应用	空间转录组学方法用于识别新的细胞群体和细胞信号通路，调控发育和疾病	NA	探讨空间转录组学在骨科研究中的应用及其潜力	肌肉骨骼组织（软骨、关节、骨、肌腱、韧带和滑膜）	数字病理学	骨科疾病	空间转录组学方法（10X Visium, 10X Xenium, seqFISH+, MERFISH, NanoString GeoMx DSP）	NA	基因表达数据	29篇已发表的论文涉及软骨、骨、肌腱、滑膜和椎间盘
75	2025-08-10	Identification of matrix stiffness-related molecular subtypes in HCC via integrating multi-omics analysis and machine learning algorithms 2025-Jul-01, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06733-7 PMID:40598539	研究论文	通过整合多组学分析和机器学习算法，识别与基质硬度相关的HCC分子亚型	构建了一个包含57个基因的基质硬度相关特征，并通过多种机器学习算法验证了PPARG在HCC中的关键作用	研究依赖于公开的多组学数据，可能受到数据质量和样本量的限制	研究基质硬度在肝细胞癌（HCC）中的分子机制及其对预后和治疗反应的影响	肝细胞癌（HCC）患者的多组学数据和单细胞RNA测序数据	机器学习	肝癌	多组学分析、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学（ST）	多种机器学习算法组合	多组学数据、单细胞RNA测序数据、空间转录组数据	未明确提及具体样本数量，但使用了公开的LIHC数据集
76	2025-08-10	Single-cell RNA sequencing reveals anterograde trans-synaptic degeneration and exacerbated synaptic remodeling in myopia 2025-Jul, Experimental & molecular medicine DOI:10.1038/s12276-025-01489-y PMID:40610752	research paper	该研究通过单细胞RNA测序揭示了近视中视网膜神经节细胞的凋亡信号激活及视觉皮层突触重塑	首次发现近视可加剧视网膜神经节细胞凋亡，诱导顺行性跨突触变性并加重突触重塑	未明确说明样本量及具体实验模型	探究跨突触变性在近视发病机制中的作用	视网膜神经节细胞(RGCs)和视觉皮层	digital pathology	myopia	single-cell RNA sequencing	NA	RNA-seq数据	NA
77	2025-08-10	Bile acids engage the SIPR-STAT3 signaling axis to modulate regulatory T cell responses in fibrosing cholangiopathies 2025-Jun-20, Journal of hepatology IF:26.8Q1 DOI:10.1016/j.jhep.2025.05.032 PMID:40545044	研究论文	该研究探讨了胆汁酸如何通过SIPR-STAT3信号轴调节调节性T细胞（Tregs）在纤维化胆管病中的反应	揭示了胆汁酸通过促进Th17样表型抑制Tregs的调节功能，并提出了恢复Treg功能和amphiregulin表达作为新的治疗策略	研究主要基于小鼠模型和有限的人类样本，需要在更广泛的人类临床试验中验证	研究胆汁酸在纤维化胆管病中对调节性T细胞反应的影响及其潜在治疗策略	调节性T细胞（Tregs）、胆汁酸、纤维化胆管病（如胆道闭锁和原发性硬化性胆管炎）	免疫学	胆管疾病	单细胞RNA测序、ATAC-seq、功能验证实验	小鼠模型（Abcb4-/-等）	基因表达数据、转录组数据	130名胆道闭锁婴儿的肝组织样本及多个小鼠模型
78	2025-08-10	A multi-omics resource of B cell activation reveals genetic mechanisms for immune-mediated diseases 2025-Jun-14, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2025.05.22.25328104 PMID:40475139	研究论文	本研究通过多组学方法分析B细胞激活状态，揭示了免疫介导疾病的遗传机制	首次全面表征了多种B细胞激活状态下的基因调控动态，并发现与免疫介导疾病相关的遗传风险变异	样本量相对较小（26名健康女性捐赠者），且仅关注B细胞而未考虑其他免疫细胞类型	阐明B细胞激活状态在免疫介导疾病中的遗传机制	来自26名健康女性捐赠者的B细胞	免疫基因组学	自身免疫性疾病	RNA-seq, 单细胞RNA-seq (CITE-seq), ATAC-seq	NA	基因组数据、转录组数据、表观遗传数据	26名健康女性捐赠者的B细胞，在6种激活条件下分析24种B细胞激活状态和5种对照条件
79	2025-08-10	Perturb-Multimodal: A platform for pooled genetic screens with imaging and sequencing in intact mammalian tissue 2025-Jun-11, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2025.05.022 PMID:40513557	研究论文	介绍Perturb-Multimodal（Perturb-Multi）平台，用于在完整哺乳动物组织中进行成像和测序的集合遗传筛选	开发了一种配对成像和测序方法，用于构建大规模、多模态的基因型-表型图谱	NA	解析遗传控制对多样细胞和组织表型的基础	小鼠肝脏中的数百种遗传扰动	数字病理学	NA	成像和单细胞测序	NA	图像和转录组数据	数百种遗传扰动的小鼠肝脏样本
80	2025-08-10	Evidence for Transcriptomic Conservation Between the Main Cells of the Drosophila Prostate-Like Accessory Gland and Basal Cells of the Mammalian Prostate 2025-Jun-08, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.05.658085 PMID:40501690	research paper	该研究通过单细胞RNA测序数据比较了果蝇前列腺样附腺与哺乳动物前列腺基底细胞的转录组相似性	提供了果蝇前列腺样附腺与哺乳动物前列腺基底细胞转录组相似性的新证据	无法确定这些相似性是源于共同的进化同源性还是由于组织功能相似而独立衍生的特征	探索果蝇前列腺样附腺与哺乳动物前列腺之间的转录组保守性	果蝇前列腺样附腺和哺乳动物前列腺的细胞	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	来自Fly Cell Atlas和哺乳动物成人前列腺单细胞数据集的数据