单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 30257 篇文献，本页显示第 61 - 80 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 61 | 2025-08-03 |
Cross-tissue gene expression interactions from bulk, single cell and spatial transcriptomics with crossWGCNA
2025-Jul-01, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-025-11747-y
PMID:40597567
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研究论文 | 提出了一种基于共表达的跨组织基因表达相互作用分析方法crossWGCNA，用于研究乳腺癌中基质-上皮细胞的通讯 | 开发了crossWGCNA方法，能够无偏地识别高度相互作用的基因，适用于批量、单细胞和空间转录组数据 | 未明确提及具体局限性 | 研究生物系统中细胞、组织或器官间的分子相互作用 | 乳腺癌中的基质-上皮细胞通讯 | 生物信息学 | 乳腺癌 | bulk, single cell和spatial transcriptomics | crossWGCNA | 转录组数据 | NA |
| 62 | 2025-08-03 |
cytoKernel: robust kernel embeddings for assessing differential expression of single-cell data
2025-Jul-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf399
PMID:40658464
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研究论文 | 提出了一种基于核嵌入的稳健方法cytoKernel，用于评估单细胞数据的差异表达 | cytoKernel利用单细胞数据的全概率分布模式，能够检测到传统方法忽略的多模态特征变化 | 方法主要针对单细胞RNA测序和高维流式或质谱细胞术数据，可能不适用于其他类型的数据 | 开发一种更全面的单细胞数据差异表达分析方法 | 单细胞RNA测序数据和高维流式或质谱细胞术数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序, 高维流式细胞术, 质谱细胞术 | 核嵌入方法 | 单细胞数据 | 多个公开可用的单细胞RNAseq和质谱细胞术数据集 |
| 63 | 2025-08-03 |
Single-cell analysis of gene regulatory networks in the mammary glands of P4HA1-knockout mice
2025-Jul, PLoS genetics
IF:4.0Q1
DOI:10.1371/journal.pgen.1011505
PMID:40694594
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研究论文 | 通过单细胞分析研究P4HA1基因敲除小鼠乳腺中基因调控网络的作用 | 采用单细胞网络推断方法整合单细胞RNA测序与SCENIC流程，构建了基底上皮细胞的基因调控网络，并识别了与癌症起始和进展相关的独特亚群 | 单细胞数据固有的挑战性可能影响结果的可靠性 | 探究P4HA1在小鼠乳腺中的作用及其在乳腺癌治疗中的潜在应用 | P4HA1敲除小鼠和对照小鼠的基底上皮细胞 | 基因调控网络分析 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序, SCENIC流程 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 两组小鼠（5Ht对照和6Ho P4HA1敲除） |
| 64 | 2025-08-03 |
PoweREST: Statistical power estimation for spatial transcriptomics experiments to detect differentially expressed genes between two conditions
2025-Jul, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1013293
PMID:40729405
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research paper | 开发了一个名为PoweREST的统计功效估计工具，用于空间转录组学实验中的差异表达基因检测 | 提出了首个针对10X Genomics Visium数据的统计功效估计工具，支持实验前和初步数据收集后的功效分析 | 仅适用于10X Genomics Visium数据，未涵盖其他空间转录组学技术 | 解决空间转录组学研究中差异表达基因检测的统计功效计算问题 | 空间转录组学数据 | 生物信息学 | NA | 空间转录组学(10X Genomics Visium) | NA | 空间转录组数据 | NA |
| 65 | 2025-08-03 |
DNFE: Directed network flow entropy for detecting tipping points during biological processes
2025-Jul, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1013336
PMID:40729372
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research paper | 提出了一种名为DNFE的方法，用于检测生物过程中的临界点及其驱动网络 | 开发了基于有向网络流熵的DNFE方法，能够有效处理高维小样本数据，特别是单细胞数据，并识别临界状态及其动态网络生物标志物 | 未明确提及具体局限性，但可能在大规模数据应用时面临计算效率挑战 | 识别生物过程中的临界点及其驱动网络，以预防或延迟灾难性结果 | 单细胞RNA测序数据、批量肿瘤数据和血液数据 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq | DNFE | omics数据 | 六个真实数据集（三个单细胞数据集、两个批量肿瘤数据集和一个血液数据集） |
| 66 | 2025-08-03 |
Bridging the Gap in Breast Cancer Dormancy: Models, Mechanisms, and Translational Challenges
2025-Jun-26, Pharmaceuticals (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/ph18070961
PMID:40732251
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综述 | 本文综述了乳腺癌休眠领域的研究现状，强调了解决肿瘤休眠以减少转移复发的紧迫性 | 提出了整合单细胞多组学、空间转录组学和人源化长期模型的新方法，以揭示休眠机制 | 当前研究存在数据矛盾、模型不足和缺乏生物标志物等问题 | 减少乳腺癌转移复发，提高临床治疗效果 | 乳腺癌休眠中的播散性肿瘤细胞(DTCs) | 肿瘤学 | 乳腺癌 | 单细胞多组学、空间转录组学 | 人源化长期模型 | 多组学数据 | NA |
| 67 | 2025-08-03 |
Chikungunya virus persists in joint associated macrophages and promotes chronic disease
2025-Jun-25, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-6917990/v1
PMID:40678223
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研究论文 | 该研究探讨了基孔肯雅病毒在关节相关巨噬细胞中的持久性及其对慢性疾病的促进作用 | 揭示了关节相关巨噬细胞中基孔肯雅病毒RNA的持续存在及其与慢性关节炎症的关联 | 研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需进一步验证 | 探究基孔肯雅病毒等关节致病性甲病毒导致慢性疾病的机制 | 基孔肯雅病毒感染的关节相关组织 | 病毒学 | 关节炎 | scRNA-seq, 空间转录组学, 流式细胞术 | 小鼠感染模型 | RNA-seq数据, 流式细胞数据 | 基孔肯雅病毒感染小鼠的关节相关组织 |
| 68 | 2025-08-03 |
Exact Expectation of Complete Spatial Randomness for Nearest Neighbor G ( r ): A Scalable Alternative to Permutations
2025-Jun-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.11.659088
PMID:40666920
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研究论文 | 本文提出了一种无需置换的闭式解析解方法，用于快速计算最近邻G(r)的完全空间随机性(CSR)的期望值和方差 | 提出了闭式解析解替代计算密集型的置换方法，显著提高了计算效率和可重复性 | 方法假设样本点之间相互独立，可能不适用于高度相关的空间模式 | 开发一种快速计算空间分析中最近邻G(r)统计量的CSR期望值的方法 | 空间点模式数据，特别是生物医学图像中的细胞分布 | 空间统计分析 | 肾透明细胞癌 | 多重免疫荧光成像 | NA | 空间点模式数据 | 模拟样本30个点，真实肾癌样本未明确数量 |
| 69 | 2025-08-03 |
Non-disruptive 3D profiling of combinations of epigenetic marks in single cells
2025-Jun-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.13.659535
PMID:40666962
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研究论文 | 开发了一种名为Epi-PHR的非破坏性图像单细胞空间表观遗传分析技术，用于在单细胞水平上检测表观遗传标记组合并保留基因组的三维结构 | Epi-PHR技术首次实现了在单细胞水平上高分辨率、位点特异性地检测表观遗传标记组合，同时保留基因组的三维结构 | 技术尚未在其他组织或疾病模型中广泛验证 | 研究单细胞三维表观基因组组织及其与染色质构象的关系 | 海马体组织切片中的单细胞 | 表观遗传学 | NA | Epi-PHR（表观遗传邻近杂交反应） | NA | 图像 | 数百个单基因目标在相同单个细胞内 |
| 70 | 2025-08-03 |
Spatially-distinct programming of macrophage diversity within the granulomas of Mycobacterium tuberculosis infected nonhuman primates
2025-Jun-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.12.659348
PMID:40667206
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研究论文 | 该研究通过单细胞RNA测序和免疫荧光技术，分析了非人灵长类动物早期结核病模型中肺组织和肉芽肿内巨噬细胞的表型和功能多样性 | 揭示了巨噬细胞在结核病肉芽肿中的空间分布多样性，并识别了胚胎来源的组织驻留肺泡巨噬细胞和单核细胞来源的巨噬细胞亚群 | 研究仅针对非人灵长类动物模型，结果可能不完全适用于人类结核病 | 探究结核病肉芽肿中巨噬细胞的表型和功能多样性及其在结核病发病机制中的作用 | 非人灵长类动物早期结核病模型中的肺组织和肉芽肿 | 免疫学 | 结核病 | 单细胞RNA测序, 免疫荧光 | NA | RNA序列数据, 图像数据 | 非人灵长类动物模型中的肺组织和肉芽肿样本 |
| 71 | 2025-08-03 |
Plasma Proteomics Reveals Dysregulated Pathways Across the Spectrum LMNA Cardiomyopathy
2025-Jun-13, Circulation. Genomic and precision medicine
DOI:10.1161/CIRCGEN.124.004924
PMID:40509996
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研究论文 | 通过血浆蛋白质组学揭示LMNA心肌病谱系中失调的途径 | 发现了与LMNA DCM相关的多个新蛋白质，并确定了这些蛋白质在心肌细胞中的差异基因表达 | 样本量相对较小，且仅针对特定遗传背景的群体 | 探索LMNA DCM的发病机制和进展途径 | 携带可能致病/致病性LMNA变异的个体及其家族成员 | 蛋白质组学 | 心血管疾病 | OLINK平台蛋白质组学分析 | NA | 血浆蛋白质数据 | LMNA DCM患者41例，肌节蛋白DCM患者18例，表型阴性家族成员55例 |
| 72 | 2025-08-03 |
MIF-mediated crosstalk between THRSP + hepatocytes and CD74 + lipid-associated macrophages in hepatic periportal zone drives MASH
2025-Jun-12, Hepatology (Baltimore, Md.)
DOI:10.1097/HEP.0000000000001429
PMID:40590856
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研究论文 | 本研究揭示了THRSP通过MIF介导的CD74+脂质相关巨噬细胞（LAMs）在肝脏门静脉区（PP区）的募集驱动代谢功能障碍相关脂肪性肝炎（MASH）进展的机制 | 首次揭示了THRSP通过MIF介导的CD74+LAMs在肝脏PP区的募集驱动MASH进展的空间分区机制，并发现THRSP抑制剂C6可显著改善MASH | 研究主要基于小鼠模型，人类MASH患者样本验证仍需进一步开展 | 探究MASH进展中肝脏门静脉区空间分区的分子机制 | MASH小鼠模型和患者肝脏组织 | 肝脏病理学 | 代谢功能障碍相关脂肪性肝炎（MASH） | 空间转录组学（ST）、CellPhoneDB分析、基因过表达/敲除实验 | NA | 空间转录组数据、基因表达数据 | MASH小鼠模型和患者肝脏组织（具体数量未明确说明） |
| 73 | 2025-08-03 |
A Reflux Linked GATA Factor Fulcrum Dictates Lineage Commitment Through GPRC5B During the Esophageal Dysplastic Transition
2025-Jun-07, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101552
PMID:40490196
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research paper | 本研究探讨了GATA家族转录因子在食管腺癌（EAC）和Barrett食管（BE）化生-异型增生过渡过程中的作用机制 | 发现了GATA因子在BE-HGD-EAC过渡中的关键作用，并确定了GATA诱导的GPRC5B作为HGD向EAC进展的功能标记和潜在驱动因素 | 研究主要基于体外实验和TCGA数据分析，需要进一步的体内实验验证 | 阐明GATA家族成员在食管腺癌发生过程中的作用机制 | 食管腺癌（EAC）和Barrett食管（BE）化生-异型增生过渡过程 | 分子生物学 | 食管腺癌 | RNAseq分析、shRNA/CRISPR基因沉默、空间转录组学、器官芯片技术 | NA | 基因表达数据、转录组数据 | 食管细胞系、病变来源的成体干细胞（ASCs）和TCGA数据 |
| 74 | 2025-08-03 |
MACanalyzeR scRNAseq analysis tool reveals PPARγHIGH/GDF15HIGH lipid-associated macrophages facilitate thermogenic expansion in BAT
2025-May-31, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-60295-2
PMID:40450001
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研究论文 | 介绍了一种名为MACanalyzeR的单细胞RNA测序工具，用于全面分析单核细胞/巨噬细胞的代谢特征，并揭示了PPARγHIGH/GDF15HIGH脂质相关巨噬细胞在棕色脂肪组织热生成扩展中的作用 | 开发了MACanalyzeR工具，首次识别出PPARγHIGH/GDF15HIGH脂质相关巨噬细胞亚群在棕色脂肪组织热生成中的关键作用 | 研究仅基于肥胖雄性小鼠模型，未涉及人类或其他性别样本 | 探究巨噬细胞在棕色脂肪组织功能调节中的作用机制 | 肥胖雄性小鼠模型(db/db和高脂饮食喂养小鼠)的棕色脂肪组织 | 免疫代谢 | 肥胖 | scRNAseq | NA | 单细胞RNA测序数据 | 肥胖雄性小鼠模型(db/db和高脂饮食喂养小鼠) |
| 75 | 2025-08-03 |
High throughput identification of genetic regulators of microglial inflammatory processes in Alzheimer's disease
2025-Mar-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.09.642133
PMID:40161839
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研究论文 | 通过CRISPR抑制筛选和单细胞RNA测序技术，研究阿尔茨海默病(AD)GWAS变异如何影响人类小胶质细胞的炎症反应 | 首次系统性地将CRISPRi筛选与scRNA-seq技术结合，揭示了AD GWAS变异如何调控小胶质细胞状态和炎症反应 | 研究主要基于hiPSC衍生的小胶质细胞模型，可能与体内真实情况存在差异 | 阐明AD遗传风险因素对小胶质细胞炎症反应的调控机制 | 人类诱导多能干细胞(hiPSC)衍生的小胶质细胞(iMGLs) | 基因组学 | 阿尔茨海默病 | CRISPRi, CROP-seq, scRNA-seq | hiPSC衍生的小胶质细胞模型 | 基因组数据, 转录组数据 | 119个AD GWAS位点的CRISPRi筛选 |
| 76 | 2025-08-03 |
Distinct single-cell transcriptional profile in CD4+ T-lymphocytes among obese children with asthma
2025-Mar-01, American journal of physiology. Lung cellular and molecular physiology
DOI:10.1152/ajplung.00270.2024
PMID:39868576
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，比较了肥胖与正常体重哮喘儿童的CD4+ T细胞转录组差异 | 首次在肥胖哮喘儿童中发现了独特的CD4+ T细胞转录特征，并揭示了与更严重哮喘相关的新信号通路 | 样本量较小(仅8名参与者)，需要在更大队列中验证发现 | 探究肥胖哮喘儿童CD4+ T细胞的分子特征及其与哮喘严重程度的关系 | 肥胖与正常体重哮喘儿童的CD4+ T细胞 | 免疫学 | 哮喘 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 转录组数据 | 8名哮喘儿童(肥胖与正常体重各半) |
| 77 | 2025-08-03 |
Chronic alcohol consumption enhances the differentiation capacity of hematopoietic stem and progenitor cells into osteoclast precursors
2025-Feb-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.05.636743
PMID:39975302
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研究论文 | 该研究探讨了长期酒精摄入如何增强造血干细胞和祖细胞向破骨细胞前体的分化能力 | 揭示了长期酒精摄入通过改变造血干细胞和祖细胞的功能、转录组和表观基因组，增强其向破骨细胞前体分化的能力 | 研究基于恒河猴模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证 | 研究长期酒精摄入对造血干细胞和祖细胞分化能力的影响及其与骨质疏松的关系 | 造血干细胞和祖细胞（HSPCs）及其分化的破骨细胞前体 | 生物医学 | 骨质疏松 | 光谱流式细胞术、单细胞RNA测序 | NA | 细胞数据、基因表达数据 | 恒河猴模型 |
| 78 | 2025-08-03 |
Comparative transcriptomic and genomic analysis of tumor cells in the marginal and center regions of tumor nests in human hepatocellular carcinoma
2025, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2025.1611951
PMID:40741331
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研究论文 | 通过比较人类肝细胞癌肿瘤巢边缘和中心区域的肿瘤细胞的转录组和基因组分析，揭示了肿瘤巢的空间异质性 | 首次在空间转录组学水平上揭示了肝细胞癌肿瘤巢边缘和中心区域的基因表达差异及功能分化 | 样本量较小（8例患者），且仅针对肝细胞癌 | 探究肝细胞癌肿瘤巢边缘和中心区域的生物学特性及异质性 | 肝细胞癌肿瘤巢边缘和中心区域的肿瘤细胞 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 空间转录组学（ST）、基因本体（GO）富集分析、inferCNV | NA | 空间转录组数据、基因组数据 | 8例HCC患者的19个空间转录组样本（包含24个肿瘤巢和15个肝纤维化结节） |
| 79 | 2025-08-03 |
Bioinformatics-based analysis of the relationship between STC1 expression and immune infiltration in gastric cancer
2025, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2025.1499121
PMID:40741411
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研究论文 | 本研究通过生物信息学方法分析了STC1在胃癌中的表达及其与免疫浸润的关系 | 首次揭示了STC1表达与胃癌免疫浸润及T细胞耗竭的关联，并验证了其作为免疫治疗靶点的潜力 | 研究主要基于公开数据库的回顾性分析，缺乏实验验证 | 评估STC1作为胃癌免疫治疗靶点的潜力 | 胃癌组织样本和公共数据库中的RNAseq数据 | 生物信息学 | 胃癌 | RNAseq, ssGSEA, TIMER, scRNA-seq, GSEA | Cox回归分析 | RNA测序数据和微阵列数据 | 来自TCGA_STAD项目、TCGA-GTEx项目和GEO数据库(GSE66229)的样本 |
| 80 | 2025-08-03 |
Uncovering plaque-glia niches in human Alzheimer's disease brains using spatial transcriptomics
2025, Molecular neurodegeneration advances
DOI:10.1186/s44477-025-00002-z
PMID:40740481
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研究论文 | 利用空间转录组学揭示人类阿尔茨海默病脑中斑块-胶质细胞微环境的特征 | 结合空间转录组学、单核RNA测序和人类多细胞模型，首次系统描绘了斑块-胶质细胞微环境中的细胞状态和分子事件 | 研究样本来自死后脑组织，可能无法完全反映活体状态下的动态变化 | 解析阿尔茨海默病中斑块与胶质细胞相互作用的分子机制 | 人类阿尔茨海默病脑组织中的斑块-胶质细胞微环境 | 神经科学 | 阿尔茨海默病 | 空间转录组学(ST), 免疫组化(IHC), 单核RNA测序(snRNA-seq), 单细胞RNA测序(scRNA-seq), 基因集富集分析(GSEA) | iPSC来源的多细胞培养模型 | 空间转录组数据, 单细胞转录组数据, 组织学数据 | 来自21名个体的78个死后脑切片(ROSMAP队列) |