单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
61	2025-05-15	scSDNE: A semi-supervised method for inferring cell-cell interactions based on graph embedding 2025-May, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1013027 PMID:40333631	research paper	该研究开发了一种名为scSDNE的半监督图嵌入模型，用于推断由配体-受体（L-R）相互作用介导的细胞间通讯	利用深度学习将相互作用细胞中的基因映射到共享潜在空间，并结合基因调控信息提高推断的准确性和生物学可解释性	NA	全面理解细胞间复杂的相互作用机制	细胞间通讯中的配体-受体（L-R）相互作用	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	半监督图嵌入模型（scSDNE）	基因表达数据	NA
62	2025-05-15	Single-cell transcription reveals hepatocyte-to-cholangiocyte reprogramming and biliary gene profile in biliary atresia 2025-May-01, Hepatology communications IF:5.6Q1 DOI:10.1097/HC9.0000000000000710 PMID:40366121	research paper	该研究通过单细胞RNA测序揭示了胆道闭锁中肝细胞向胆管细胞的重新编程过程及其基因特征	首次在胆道闭锁中发现肝细胞向胆管细胞的重新编程现象，并鉴定了胆管特异性标记物和转录因子	样本量较小（4例BA患者和3例正常对照）	解析胆道闭锁中胆管反应的细胞来源和功能	胆道闭锁患者的肝组织	digital pathology	biliary atresia	scRNA-seq	NA	RNA-seq数据	4例BA患者和3例正常对照的肝脏样本
63	2025-05-15	Supplementation of Forskolin and Linoleic Acid During IVC Improved the Developmental and Vitrification Efficiency of Bovine Embryos 2025-Apr-27, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26094151 PMID:40362390	研究论文	本研究评估了在体外培养过程中添加福斯高林和亚油酸对牛胚胎冷冻保存效率、脂质含量和存活率的影响	首次结合脂质代谢组学和单细胞RNA测序技术，揭示了福斯高林和亚油酸通过调节脂质代谢提高牛胚胎冷冻存活率的分子机制	研究仅针对牛胚胎，结果是否适用于其他物种尚不明确	提高体外培养牛胚胎的冷冻保存效率	牛胚胎	生殖生物学	NA	脂质代谢组学, 单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	脂质组数据, 转录组数据	未明确说明具体胚胎数量，但分析了726种脂质和1079个差异表达基因
64	2025-05-15	Single-cell transcriptomics reveals that human milk feeding shapes neonatal immune cell interleukin signaling pathways in a nonrandomized clinical trial 2025-Apr-26, The American journal of clinical nutrition DOI:10.1016/j.ajcnut.2025.04.024 PMID:40294751	研究论文	通过单细胞转录组学分析，比较母乳喂养和配方奶喂养对新生儿免疫细胞白细胞介素信号通路的影响	首次使用单细胞RNA测序技术，揭示了母乳喂养与配方奶喂养在新生儿免疫细胞基因表达和信号通路上的差异	样本量较小（母乳喂养6例，配方奶喂养3例），且为非随机临床试验	探究母乳喂养与配方奶喂养对新生儿免疫细胞基因表达的影响	健康新生儿的外周血单个核细胞（PBMCs）	免疫学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	母乳喂养婴儿6例，配方奶喂养婴儿3例
65	2025-05-15	Deciphering Anticancer Mechanisms of Calycosin in Lung Adenocarcinoma Through Multi-Omics: Targeting SMAD3-Mediated NOTCH Signaling in the Tumor Microenvironment 2025-Apr-26, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers17091455 PMID:40361382	research paper	本研究通过多组学方法探讨了黄芪异黄酮类化合物calycosin在肺腺癌中的抗癌机制，特别是通过靶向SMAD3介导的NOTCH信号通路在肿瘤微环境中的作用	首次揭示了calycosin通过调节SMAD3-NOTCH信号轴在单核/巨噬细胞中的作用机制，为肺腺癌治疗提供了新的靶点	研究主要基于体外和计算分析，缺乏临床前动物模型验证	探究calycosin在肺腺癌中的抗癌机制及其对肿瘤免疫微环境的调控作用	肺腺癌细胞及肿瘤微环境中的单核/巨噬细胞	digital pathology	lung cancer	bulk RNA测序、单细胞RNA测序、网络药理学、分子对接	NA	RNA测序数据	未明确说明样本数量
66	2025-05-15	Identification and Exploration of Pyroptosis-Related Genes in Macrophage Cells Reveal Necrotizing Enterocolitis Heterogeneity Through Single-Cell and Bulk-Sequencing 2025-Apr-24, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26094036 PMID:40362275	research paper	本研究通过单细胞和批量测序技术，识别和探索了巨噬细胞中与细胞焦亡相关的基因，揭示了坏死性小肠结肠炎的异质性	发现了一种新的巨噬细胞亚群，并揭示了TREM1在细胞焦亡中的关键作用及其作为潜在治疗靶点的可能性	研究中提到的五个潜在诊断标记基因未具体命名，可能影响结果的复现性	探究坏死性小肠结肠炎中细胞焦亡的遗传和分子机制，并寻找潜在的治疗靶点	巨噬细胞及坏死性小肠结肠炎相关基因	digital pathology	necrotizing enterocolitis	scRNA-seq, WGCNA, GSEA, PCR, Western blot	NA	RNA-seq数据	未明确提及具体样本数量
67	2025-05-15	USP14-IMP2-CXCL2 axis in tumor-associated macrophages facilitates resistance to anti-PD-1 therapy in gastric cancer by recruiting myeloid-derived suppressor cells 2025-04-23, Oncogene IF:6.9Q1 DOI:10.1038/s41388-025-03425-w PMID:40269263	研究论文	该研究揭示了USP14-IMP2-CXCL2轴在肿瘤相关巨噬细胞中通过招募髓源性抑制细胞促进胃癌抗PD-1治疗耐药性的机制	首次揭示了USP14-IMP2-CXCL2信号轴在TAMs中驱动抗PD-1治疗耐药性的分子机制，并提出通过抑制该轴增强治疗敏感性的新策略	研究主要基于临床样本和动物模型，尚未在更大规模临床试验中验证	探究胃癌抗PD-1治疗耐药性的分子机制并寻找潜在治疗靶点	胃癌患者的肿瘤相关巨噬细胞和髓源性抑制细胞	肿瘤免疫学	胃癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据	来自无法手术胃癌患者的内镜活检样本
68	2025-05-15	New Insights and Implications of Cell-Cell Interactions in Developmental Biology 2025-Apr-23, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26093997 PMID:40362237	review	本文综述了2008年至2023年间与发育生物学相关的细胞间相互作用(CCIs)研究，全面收集并分类了93种分析工具和39个数据库，并通过案例研究展示了其实际应用	利用scRNA-seq和空间转录组学(ST)等高通量技术系统解析细胞间调控网络，构建了全面的数据库和分析框架	当前分析框架在空间定位和单细胞分辨率下跨膜状态验证方面存在复杂性，且解释性有限	推动发育生物学中细胞间相互作用(CCIs)的研究和应用，促进临床转化	细胞间相互作用(CCIs)及其在胚胎发育中的调控网络	发育生物学	NA	scRNA-seq, 空间转录组学(ST)	NA	单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据	93种分析工具和39个数据库
69	2025-05-15	Exploring the Role of Circadian Rhythm-Related Genes in the Identification of Sepsis Subtypes and the Construction of Diagnostic Models Based on RNA-seq and scRNA-seq 2025-Apr-23, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26093993 PMID:40362233	研究论文	探讨昼夜节律相关基因在脓毒症亚型识别中的作用，并基于RNA-seq和scRNA-seq构建诊断模型	首次基于昼夜节律相关基因识别脓毒症亚型，并利用多种机器学习算法构建高预测性能的诊断模型	研究依赖于公开数据库的数据，未进行独立队列验证	探索昼夜节律相关基因在脓毒症中的作用并构建诊断模型	脓毒症患者和对照组的基因表达数据	生物信息学	脓毒症	RNA-seq, scRNA-seq, RT-qPCR	随机森林, 支持向量机, 广义线性模型, xgboost	基因表达数据	来自GEO数据库的脓毒症和对照组RNA-seq数据集
70	2025-05-15	Cold-Induced DHRS4 Promotes Thermogenesis via Enhanced Fatty Acid β-Oxidation in Porcine Subcutaneous Adipocytes 2025-Apr-22, Animals : an open access journal from MDPI IF:2.7Q1 DOI:10.3390/ani15091190 PMID:40362005	研究论文	研究通过猪的冷暴露模型，探讨了皮下脂肪组织适应冷环境的机制，发现DHRS4基因在冷诱导的产热脂肪细胞亚群中表达上调，促进脂肪酸β-氧化和产热能力	首次在缺乏经典棕色脂肪组织的大型哺乳动物（猪）中，揭示了DHRS4作为表观遗传-代谢开关调控冷适应的机制	研究仅针对猪的皮下脂肪组织，未涉及其他脂肪组织或其他物种的验证	探究大型哺乳动物脂肪组织对冷适应的表观遗传调控机制	猪的皮下脂肪组织	表观遗传学	NA	单细胞RNA测序和批量转录组分析	NA	转录组数据	未明确说明样本数量，但使用了猪的冷暴露模型
71	2025-05-15	Dual Disruption of EGFR/PI3K Signaling: IGF2BP2 Targeting Reverses Anti-EGFR Resistance in CAFs-Infiltrated Oral Squamous Cell Carcinoma 2025-Apr-22, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26093941 PMID:40362183	研究论文	本研究探讨了RNA结合蛋白IGF2BP2在口腔鳞状细胞癌(OSCC)中的致癌作用及其作为治疗靶点的潜力	首次发现IGF2BP2通过m6A依赖的方式稳定EGFR和PIK3R1 mRNA，同时靶向EGFR/PI3K信号通路克服抗EGFR耐药性	研究主要基于体外和动物模型，尚未进行临床试验验证	探索OSCC中RNA结合蛋白的作用机制并开发新的治疗策略	口腔鳞状细胞癌细胞和癌症相关成纤维细胞(CAFs)	癌症研究	口腔鳞状细胞癌	RNA-seq, 单细胞RNA-seq, RIP-seq, RIP/MeRIP-qPCR, 双荧光素酶报告基因检测	小鼠异种移植模型和舌鳞癌缺陷小鼠模型	RNA测序数据	未明确说明具体样本数量，但使用了组织微阵列和小鼠模型
72	2025-05-15	Spatial Omics in Clinical Research: A Comprehensive Review of Technologies and Guidelines for Applications 2025-Apr-22, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26093949 PMID:40362187	review	本文全面综述了空间组学技术在临床研究中的应用及其相关指南	整合了分子分析与空间组织背景，为疾病机制和治疗反应提供高分辨率分析	数据复杂性和整合方面存在挑战，需进一步提高标准化和可重复性	探讨空间组学技术在临床和转化研究中的潜力	基因表达、蛋白质相互作用和表观遗传修饰	digital pathology	cancer, neurology, immunology	spatial transcriptomics, proteomics, epigenomics	NA	molecular profiling data	NA
73	2025-05-15	Paeonol Relieves Chronic Neuropathic Pain by Reducing Communication Between Schwann Cells and Macrophages in the Dorsal Root Ganglia After Injury 2025-Apr-22, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26093964 PMID:40362205	研究论文	本研究探讨了芍药苷通过减少损伤后背根神经节中雪旺细胞与巨噬细胞之间的通讯来缓解慢性神经性疼痛的机制	揭示了芍药苷通过抑制IL-34-CSF1R相互作用来减轻神经性疼痛的新机制	研究仅使用SD大鼠和体外细胞实验，未涉及人类样本	探索芍药苷治疗神经性疼痛的分子机制	雪旺细胞、巨噬细胞和SD大鼠	神经科学	神经性疼痛	scRNA-seq、ELISA、PCR、western blot、免疫组化、免疫荧光	慢性压迫性损伤(CCI)大鼠模型	基因表达数据、蛋白质数据、行为数据	32只SD大鼠
74	2025-05-15	A cohort of highly activated CD99- CD72+ B cells promoting autoimmune progression in juvenile systemic lupus erythematosus 2025-Apr-16, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.114466 PMID:40090085	研究论文	研究发现了一类在青少年系统性红斑狼疮中高度激活的CD99- CD72+ B细胞亚群，这些细胞表达高水平的TLR7，并促进自身免疫反应	首次在青少年系统性红斑狼疮中鉴定出CD72 BCs这一关键过渡细胞群，揭示了其在自身抗体分泌细胞生成中的作用	研究主要基于青少年SLE患者，结果在成人SLE中的适用性需要进一步验证	探究CD72+ B细胞在系统性红斑狼疮自身免疫反应中的作用机制	青少年系统性红斑狼疮患者的B细胞亚群	免疫学	系统性红斑狼疮	单细胞RNA测序(scRNA-seq)，批量RNA测序(RNA-seq)，多组学整合分析	NA	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量，研究对象为青少年SLE患者的B细胞
75	2025-05-15	Morphogenic, molecular and cellular adaptations for unidirectional airflow in the chicken lung 2025-Apr-15, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.204346 PMID:40177910	研究论文	本研究通过多尺度3D成像和单细胞转录组学技术，揭示了鸡肺中单向气流的形态发生、分子和细胞适应机制	发现了鸡肺特有的KRT14表达的新型肺泡细胞类型（命名为管腔细胞），并阐明了其与肺泡2型和1型细胞在同心区域的分布模式	研究仅聚焦于鸡肺发育过程，未与其他鸟类物种进行比较分析	探索鸟类肺脏单向气流适应的发育机制及其与哺乳动物双向气流肺脏的差异	鸡肺发育过程中的形态发生、分子特征和细胞类型	发育生物学	NA	多尺度3D成像、单细胞转录组学、Stereo-seq空间转录组学	NA	3D图像数据、转录组数据	鸡肺发育关键阶段样本
76	2025-05-15	Integration of Transcriptomic and Single-Cell Data to Uncover Senescence- and Ferroptosis-Associated Biomarkers in Sepsis 2025-Apr-11, Biomedicines IF:3.9Q1 DOI:10.3390/biomedicines13040942 PMID:40299574	research paper	该研究通过整合转录组学和单细胞数据，揭示了脓毒症中与衰老和铁死亡相关的生物标志物	首次结合WGCNA和scRNA-seq技术，识别脓毒症中铁死亡和衰老相关的关键基因，并评估其诊断潜力及药物相互作用	需要进一步的临床验证和精准医学应用研究	探索脓毒症的病理生理机制，并寻找诊断和靶向治疗的生物标志物	脓毒症患者	生物信息学	脓毒症	WGCNA, scRNA-seq, 分子对接	NA	转录组数据, 单细胞RNA测序数据	公共数据集(GSE57065, GSE65682, GSE26378)
77	2025-05-15	Biology and Pathophysiology of Placenta Accreta Spectrum Disorder 2025-Apr-10, Obstetrics and gynecology IF:5.7Q1 DOI:10.1097/AOG.0000000000005903 PMID:40209229	综述	本文综述了胎盘植入谱系障碍（PAS）的生物学和病理生理学，探讨了其发病机制、诊断和预防策略	整合了单细胞RNA测序和蛋白质组学分析等新兴技术，为PAS的生物标志物和干预途径提供了新见解	未提及具体临床研究样本量或实验验证数据	理解PAS的病理生理学以指导临床管理和预防策略	胎盘植入谱系障碍（PAS）	病理生理学	产科疾病	单细胞RNA测序、蛋白质组学分析	NA	NA	NA
78	2025-05-15	Radiotherapy promotes cuproptosis and synergizes with cuproptosis inducers to overcome tumor radioresistance 2025-Apr-10, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2025.03.031 PMID:40215978	研究论文	本研究揭示了放疗通过诱导铜依赖性细胞死亡（铜死亡）来克服肿瘤放射抗性的机制	首次发现放疗可诱导铜死亡，并揭示了铜死亡与放射抗性之间的分子机制	研究主要基于食管癌模型，其他癌症类型的适用性尚需验证	探索放疗诱导铜死亡的机制及其在克服肿瘤放射抗性中的应用	癌细胞、患者肿瘤组织、细胞系和患者来源的异种移植模型	肿瘤学	食管癌	RNA-seq、单细胞RNA-seq	NA	基因表达数据	包括放射抗性食管癌细胞、患者肿瘤组织及异种移植模型
79	2025-05-15	Revealing tumor microenvironment communication through m6A single-cell analysis and elucidating immunotherapeutic potentials for cutaneous melanoma (CM) 2025-Apr-09, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-025-06176-z PMID:40205154	研究论文	通过m6A单细胞分析揭示皮肤黑色素瘤肿瘤微环境中的通讯机制，并探讨其免疫治疗潜力	首次在皮肤黑色素瘤中研究m6A修饰的作用，并发现COL3A1基因作为黑色素瘤-成纤维细胞相互作用的关键调节因子	研究仅基于三个皮肤黑色素瘤样本的公开数据，样本量较小	探索m6A RNA甲基化在皮肤黑色素瘤肿瘤微环境中的作用及其免疫治疗潜力	皮肤黑色素瘤的肿瘤微环境细胞	肿瘤微环境分析	皮肤黑色素瘤	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 非负矩阵分解(NMF)分析	NMF聚类模型	单细胞RNA测序数据	3个皮肤黑色素瘤样本(来自公共数据库GSE215121)
80	2025-05-15	Comprehensive Integrated Analysis Reveals the Spatiotemporal Microevolution of Cancer Cells in Patients with Bone-Metastatic Prostate Cancer 2025-Apr-09, Biomedicines IF:3.9Q1 DOI:10.3390/biomedicines13040909 PMID:40299503	研究论文	本研究通过单细胞转录组学系统分析了前列腺癌骨转移的异质性和微环境适应性	整合了迄今为止最大的单细胞转录组数据集，揭示了上皮癌细胞在转移过程中的关键进化轨迹，并鉴定了一个新的上皮亚群NEndoCs	传统聚类方法在面对癌症上皮细胞显著异质性时存在挑战	系统表征前列腺癌骨转移的异质性和微环境适应性	前列腺癌骨转移患者	数字病理学	前列腺癌	单细胞转录组学	无监督聚类	单细胞转录组数据	124个样本（包括原发前列腺肿瘤、不同骨转移部位和非恶性组织），602,497个高质量单细胞转录组