单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
61	2025-05-21	Selective inhibition of stromal mechanosensing suppresses cardiac fibrosis 2025-Apr-30, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-08945-9 PMID:40307543	研究论文	研究通过抑制基质机械感知和TGFβ信号通路，探索治疗心血管纤维化的新策略	首次证明在持续激活的心脏成纤维细胞中抑制基质机械感知，与TGFβ通路可溶性调节剂协同作用，能显著促使细胞向静息状态转变	研究主要基于小鼠模型和工程化心脏组织，尚未在人体临床试验中验证	探索治疗心血管纤维化的新方法	心脏成纤维细胞和心肌组织	心血管疾病	心血管疾病	单细胞测序、药物抑制实验	小鼠心脏衰竭模型、工程化心脏组织模型	基因表达数据、组织形态数据	公共人类和小鼠单细胞测序数据集
62	2025-05-21	Single-cell transcriptomics reveal how root tissues adapt to soil stress 2025-Apr-30, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-08941-z PMID:40307555	研究论文	利用单细胞RNA测序和空间转录组学方法，研究水稻根部在不同土壤条件下细胞水平的适应性变化	首次在单细胞分辨率下揭示了根部组织如何通过细胞间的通讯和适应性变化来应对不同土壤条件	研究仅针对水稻，未涉及其他植物种类	探究根部组织在单细胞尺度上如何适应不同的土壤条件和压力	水稻根部细胞	植物生物学	NA	单细胞RNA测序, 空间转录组学	NA	RNA测序数据	未明确提及样本数量，但涉及水稻根部细胞在凝胶和土壤条件下的比较
63	2025-05-21	Single-cell RNA sequencing for characterizing the immune communication and iron metabolism roles in CD31+ glioma cells 2025-Apr-30, Translational cancer research IF:1.5Q4 DOI:10.21037/tcr-2025-377 PMID:40386270	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，探讨了CD31+免疫细胞在胶质瘤微环境中的作用，特别是巨噬细胞和T细胞的功能	揭示了CD31+细胞中铁蛋白在铁代谢和免疫调节中的双重作用，并识别了SPP1和MHC-II等关键通路	研究仅关注CD31+细胞，可能忽略了其他细胞类型在胶质瘤微环境中的作用	探讨CD31+免疫细胞在胶质瘤微环境中的功能及其潜在治疗靶点	CD31+免疫细胞（巨噬细胞和T细胞）	数字病理学	胶质瘤	scRNA-seq	CellChat, Monocle3	RNA测序数据	NA
64	2025-05-21	scRNA-seq reveals chemotherapy-induced tumor microenvironment changes in pancreatic ductal adenocarcinoma 2025-Apr-30, Translational cancer research IF:1.5Q4 DOI:10.21037/tcr-2025-103 PMID:40386264	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了化疗对胰腺导管腺癌肿瘤微环境的影响，并探讨了优化免疫治疗反应的策略	发现化疗后LYZ在肿瘤细胞中的显著增加，揭示了化疗对肿瘤微环境中抗原呈递机制和PVR信号通路的改变	研究基于公开可用的单细胞RNA测序数据，可能受限于原始数据的样本量和质量	研究化疗诱导的肿瘤微环境变化并优化胰腺导管腺癌的免疫治疗反应	胰腺导管腺癌（PDAC）的肿瘤微环境	数字病理学	胰腺癌	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	公开可用的PDAC单细胞RNA测序数据集（含化疗与未化疗样本）
65	2025-05-21	Single cell sequencing technology reveals the correlation between B lymphocytes and vascular inflammatory symptoms of Kawasaki disease 2025-Apr-30, Translational pediatrics IF:1.5Q2 DOI:10.21037/tp-2025-19 PMID:40386362	研究论文	本研究通过单细胞测序技术揭示了B淋巴细胞与川崎病血管炎症症状之间的相关性	首次利用单细胞测序技术分析川崎病患者免疫细胞激活状态，并发现CD19+ B细胞与血管炎症持续时间的关系	样本量相对较小（10例单细胞测序样本），且对照组设计存在一定局限性	探索川崎病早期血管炎症症状期间的免疫细胞激活情况，寻找潜在诊断标志物并指导IVIG治疗时机	川崎病患儿（95例）和对照组儿童（182例）	数字病理学	川崎病	单细胞测序（SCS）、流式细胞术、定量PCR（qPCR）	NA	单细胞RNA测序数据、流式细胞数据、PCR数据	单细胞测序：10例（7例KD+3对照）；验证队列：277例（95KD+12健康对照+170发热患儿）
66	2025-05-21	Identification and Exploration of Pyroptosis-Related Genes in Macrophage Cells Reveal Necrotizing Enterocolitis Heterogeneity Through Single-Cell and Bulk-Sequencing 2025-Apr-24, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26094036 PMID:40362275	研究论文	本研究通过单细胞和批量测序技术，识别和探索了巨噬细胞中与细胞焦亡相关的基因，揭示了坏死性小肠结肠炎的异质性	发现了一种新的巨噬细胞亚群，并证实了TREM1在细胞焦亡中的关键作用及其作为潜在治疗靶点的可能性	研究中提到的五个潜在诊断标记基因未具体命名，可能影响结果的明确性	探究坏死性小肠结肠炎中细胞焦亡的遗传和分子机制，并寻找潜在的治疗靶点	巨噬细胞和坏死性小肠结肠炎相关基因	数字病理学	坏死性小肠结肠炎	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 批量RNA测序, 加权基因共表达网络分析(WGCNA), 免疫荧光染色, PCR, Western blot	NA	RNA测序数据, 图像数据	未明确提及具体样本数量
67	2025-05-21	Correlative analysis of metallomic gene expression and metal ion content within the mouse hippocampus 2025-Mar-28, Metallomics : integrated biometal science IF:2.9Q3 DOI:10.1093/mtomcs/mfaf009 PMID:40175292	研究论文	本研究通过多模态模板结合X射线荧光显微镜和空间转录组学，揭示了小鼠海马区内金属离子含量与金属相关基因表达的相关性	首次将元素映射与空间转录组学结合，揭示了海马区金属离子富集与特定转录本区域富集的关联	研究仅局限于小鼠海马区，未涉及其他脑区或物种	探究大脑金属稳态的分子基础及其在神经发育和认知功能中的作用	小鼠海马区及其亚区的金属离子含量和基因表达	神经科学	NA	X射线荧光显微镜, 空间转录组学	NA	元素映射数据, 转录组数据	小鼠海马区样本
68	2025-05-21	scVAEDer: integrating deep diffusion models and variational autoencoders for single-cell transcriptomics analysis 2025-Mar-21, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03519-4 PMID:40119479	研究论文	介绍了一种名为scVAEDer的深度学习模型，结合变分自编码器和深度扩散模型，用于单细胞转录组数据分析	结合变分自编码器和深度扩散模型，学习保留全局结构和局部变化的低维表示	未提及具体局限性	改进单细胞数据的下游分析	单细胞转录组数据	机器学习	NA	scRNA-seq	变分自编码器(VAE)和深度扩散模型	单细胞转录组数据	NA
69	2025-05-21	CellPie: a scalable spatial transcriptomics factor discovery method via joint non-negative matrix factorization 2025-Mar-20, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkaf251 PMID:40167331	研究论文	介绍了一种名为CellPie的快速无监督因子发现方法，通过联合非负矩阵分解空间RNA转录本和组织学图像特征来研究空间转录组学	CellPie采用加速分层最小二乘法显著减少计算时间，使其能够高效应用于高维空间转录组数据集	NA	开发一种可扩展的空间转录组学因子发现方法	人类癌症组织的空间转录组数据	数字病理学	癌症	空间转录组学	非负矩阵分解(NMF)	空间RNA转录本和组织学图像特征	三种不同空间分辨率的人类癌症类型数据集，包括高分辨率的Visium HD数据集
70	2025-05-21	Histological signatures map anti-fibrotic factors in mouse and human lungs 2025-Mar-19, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-08727-3 PMID:40108456	研究论文	该研究通过分析小鼠和人类肺部的组织学特征，揭示了抗纤维化因子在纤维化过程中的作用	首次绘制了纤维化与消退过程中基质变化的时空图谱，并鉴定了促进消退的成纤维细胞亚型及其功能	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证仍需进一步扩大	揭示肺纤维化进程中促纤维化与抗纤维化因子的作用机制	小鼠和人类肺部组织	数字病理学	肺纤维化	单细胞测序、空间转录组分析	小鼠纤维化模型	组织学图像、转录组数据	未明确说明具体样本数量，包含小鼠模型和人类特发性肺纤维化样本
71	2025-05-21	Genomic determinants of antigen expression hierarchy in African trypanosomes 2025-Mar-12, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-08720-w PMID:40074895	研究论文	本研究通过建立高灵敏度的单细胞RNA测序方法，揭示了非洲锥虫抗原表达层次性的基因组决定因素	首次在单细胞水平上追踪了锥虫抗原转换过程中的转录组变化和基因组重排，揭示了修复序列可用性在抗原选择机制中的关键作用	研究仅限于模型原生动物寄生虫Trypanosoma brucei，结果在其他病原体中的普适性尚待验证	揭示非洲锥虫抗原表达层次性的分子机制	Trypanosoma brucei寄生虫	基因组学	寄生虫病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	单个锥虫细胞
72	2025-05-21	Divergence in cellular markers observed in single-cell transcriptomics datasets between cultured primary trabecular meshwork cells and tissues 2025-Feb-14, Scientific data IF:5.8Q1 DOI:10.1038/s41597-025-04528-5 PMID:39952952	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序比较了原代人类小梁网细胞培养物与小梁网组织的细胞标记差异	首次报道了原代人类小梁网细胞培养物与组织的单细胞RNA测序比较研究	研究样本量相对较小(14个样本)，且仅包含4个青光眼患者样本	探究原代人类小梁网细胞培养物与组织在细胞标记上的差异	人类小梁网细胞和组织	单细胞转录组学	青光眼	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	转录组数据	14个原代人类小梁网细胞培养样本(包含4个青光眼患者样本)
73	2025-05-21	Single-Cell RNA Sequencing on Formalin-Fixed and Paraffin-Embedded (FFPE) Tissue Identified Multi-Ciliary Cells in Breast Cancer 2025-01-29, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells14030197 PMID:39936988	研究论文	评估福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）样本和新鲜固定（FF）样本在单细胞RNA测序（scRNAseq）中的适用性	首次在乳腺癌中鉴定并验证了多纤毛肿瘤细胞（MCCs）这一先前认知不足的亚群	仅分析了两种乳腺癌亚型（IDC和ILC）的四个样本，样本量有限	评估FFPE和FF样本在scRNAseq中的适用性，并探索乳腺癌细胞亚群	乳腺癌组织样本（包括IDC和ILC）	数字病理学	乳腺癌	scRNAseq, IHC, FISH, 电子显微镜	NA	RNA测序数据, 图像数据	4个乳腺癌样本（2种亚型）用于主要分析，214个ER阳性浸润性癌用于FOXJ1验证
74	2025-05-21	Smooth Muscle Cells and Fibroblasts in the Proximal Thoracic Aorta Exhibit Minor Differences Between Embryonic Origins in Angiotensin II-driven Transcriptional Alterations 2025-Jan-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.23.610985 PMID:39896657	研究论文	研究探讨了血管紧张素II（AngII）对近端胸主动脉中平滑肌细胞和成纤维细胞的转录组影响，并比较了不同胚胎起源细胞的差异	揭示了AngII诱导的转录组变化在不同胚胎起源的平滑肌细胞和成纤维细胞中的差异，并发现了一个新的成纤维细胞亚群	研究仅关注了AngII诱导的胸主动脉病变的病理前期阶段，未涉及更长期的病理变化	探究AngII对不同胚胎起源的平滑肌细胞和成纤维细胞转录组的影响	近端胸主动脉中的平滑肌细胞和成纤维细胞	心血管疾病	胸主动脉病变	单细胞RNA测序	Mef2c-Cre R26R mT/mG小鼠模型	转录组数据	未明确提及具体样本数量，但使用了Mef2c-Cre R26R mT/mG小鼠
75	2025-05-21	A panoramic view of cell population dynamics in mammalian aging 2025-Jan-17, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.adn3949 PMID:39607904	研究论文	本文通过单细胞转录组图谱PanSci，揭示了哺乳动物衰老过程中细胞群体动力学的全景视图	提出了PanSci单细胞转录组图谱，分析了超过2000万细胞，揭示了3000多种细胞状态和200多个与衰老相关的细胞群体，发现了器官、谱系和性别特异性的细胞动力学变化	研究主要基于小鼠模型，可能不完全适用于人类衰老过程	阐明衰老相关的细胞群体动力学	小鼠组织中的细胞群体	单细胞组学	衰老相关疾病	单细胞转录组测序	NA	单细胞转录组数据	超过2000万细胞，来自623个小鼠组织样本
76	2025-05-21	Cholecystokinin (CCK) Is a Mediator Between Nutritional Intake and Gonadal Development in Teleosts 2025-01-08, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells14020078 PMID:39851506	research paper	该研究探讨了胆囊收缩素（CCK）在鱼类营养摄入与性腺发育之间的中介作用	首次发现CCK通过下丘脑-垂体-性腺（HPG）轴调控鱼类繁殖，并揭示了CCK对GnRH3和FSH的刺激作用	研究主要基于草鱼模型，结果在其他鱼类中的普适性尚需验证	阐明营养摄入影响性腺发育的分子机制	草鱼的下丘脑-垂体-性腺轴	NA	NA	单细胞RNA测序、原代细胞培养	NA	基因表达数据	NA
77	2025-05-21	Comprehensive Analysis Identifies THEMIS2 as a Potential Prognostic and Immunological Biomarker in Glioblastoma 2025-01-07, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells14020066 PMID:39851494	research paper	该研究首次将THEMIS2鉴定为胶质母细胞瘤中肿瘤相关巨噬细胞介导的免疫抑制的关键调控因子	首次发现THEMIS2在胶质母细胞瘤免疫抑制中的关键作用，并证实其与患者预后不良和免疫细胞浸润增加相关	未提及研究样本量大小，且需要进一步实验验证THEMIS2作为治疗靶点的可行性	探索胶质母细胞瘤免疫逃逸机制并寻找新的预后标志物和治疗靶点	胶质母细胞瘤患者样本和肿瘤微环境中的免疫细胞	肿瘤免疫学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
78	2025-05-21	Characterisation of macrophages in healthy and diseased livers in mice: identification of necrotic lesion-associated macrophages 2025-Jan, eGastroenterology DOI:10.1136/egastro-2025-100189 PMID:40212045	研究论文	本研究通过多重免疫荧光染色、高级图像分析和单细胞RNA测序技术，对健康和小鼠肝脏疾病中的巨噬细胞进行了特征分析	识别了坏死病变相关巨噬细胞，并揭示了它们在坏死病变清除中的关键作用	研究仅限于小鼠模型，结果可能不完全适用于人类	研究肝脏巨噬细胞的异质性、空间分布及其在肝脏损伤和修复中的作用	健康和小鼠肝脏疾病中的巨噬细胞	数字病理学	肝脏疾病	多重免疫荧光染色、高级图像分析、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	图像、基因表达数据	健康和小鼠肝脏疾病模型
79	2025-05-21	Skeletal stem/progenitor cell-derived rather than osteoblast-derived IGF2 supports the development and homeostasis of skeletal system via STAT3 2025, International journal of biological sciences IF:8.2Q1 DOI:10.7150/ijbs.112605 PMID:40384861	research paper	该研究揭示了骨骼干细胞/祖细胞（SSPCs）而非成骨细胞来源的IGF2通过STAT3信号支持骨骼系统的发育和稳态	首次明确了SSPCs来源的IGF2在骨骼发育中的作用机制，并发现STAT3的药理激活可逆转骨骼畸形	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类临床中验证	探究IGF2基因在骨骼发育和稳态中的作用机制	小鼠模型和骨髓间充质干细胞（BMSCs）	分子生物学	骨骼畸形（Silver-Russell Syndrome）	scRNA-seq, RNA-seq	基因敲除小鼠模型	基因表达数据	多种基因敲除小鼠模型及其BMSCs
80	2025-05-21	Single-cell RNA sequencing of adult primate neocortex reveals the regulatory dynamics of neural plasticity 2025, American journal of translational research IF:1.7Q4 DOI:10.62347/ZEOR5569 PMID:40385068	研究论文	通过单细胞RNA测序研究成年灵长类动物新皮质的基因表达动态，揭示神经可塑性的分子基础	揭示了SST+和PVALB+神经元的不同谱系及与神经可塑性和轴突生长相关的关键基因	研究仅关注了视觉皮层中的抑制性神经元，可能无法全面反映整个新皮质的基因表达动态	研究成年灵长类动物新皮质的基因表达动态及其分子机制	成年食蟹猴的初级视觉皮层（V1）中的抑制性神经元	神经科学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、RNA velocity、scVelo算法	NA	单细胞转录组数据	食蟹猴的初级视觉皮层（V1）中的抑制性神经元