单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
61	2025-07-05	Ex vivo model of functioning human lymph node reveals role for innate lymphocytes and stroma in response to vaccine adjuvant 2025-Jul-02, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115938 PMID:40608517	研究论文	本文描述了一种精确切割的人类淋巴结切片模型，用于研究疫苗佐剂在淋巴组织中的免疫激活过程	开发了一种保留结构完整性的全器官横截面模型系统，结合单细胞转录组学和多路成像技术，揭示了疫苗佐剂激活免疫反应的机制	模型可能无法完全模拟体内复杂环境，且仅研究了早期炎症反应	阐明人类对疫苗佐剂等治疗成分的免疫反应机制	人类淋巴结组织	免疫学	NA	单细胞转录组学、多路成像	精确切割的人类淋巴结切片模型	转录组数据、图像数据	NA
62	2025-07-05	A novel subset of inflammation-related liver NK cells modulates immune responses in a murine model of primary biliary cholangitis 2025-Jul-02, Journal of autoimmunity IF:7.9Q1 DOI:10.1016/j.jaut.2025.103454 PMID:40609234	研究论文	本文发现了一种新型炎症相关自然杀伤细胞（irNK细胞）亚群，其在原发性胆汁性胆管炎（PBC）小鼠模型和患者肝脏中积累，并揭示了其在免疫调节中的关键作用	鉴定了一种新型CD49aCXCR6标记的炎症相关自然杀伤细胞（irNK细胞）亚群，并阐明了其从常规NK细胞（cNK细胞）分化、组织驻留特性及其通过TNF-α促进CD4 T细胞增殖的机制	研究主要基于小鼠模型，人类PBC患者中的验证数据有限	探究PBC发病机制中免疫失调的关键细胞亚群及其作用机制	原发性胆汁性胆管炎（PBC）小鼠模型（ARE-Del小鼠）和PBC患者的肝脏免疫细胞	免疫学	原发性胆汁性胆管炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量RNA测序	NA	基因表达数据	PBC小鼠模型和患者样本（具体数量未明确说明）
63	2025-07-05	Diminished SUV3 expression and its functional implications in the IFN-enriched monocyte subset of childhood Sjögren's disease 2025-Jul-01, Rheumatology (Oxford, England) DOI:10.1093/rheumatology/keaf193 PMID:40268748	研究论文	本研究探讨了儿童干燥综合征(cSjD)中干扰素富集的单核细胞亚群中SUV3表达减少的分子和功能影响	揭示了SUV3通过线粒体双链RNA介导的PKR激活导致先天免疫功能缺陷的新机制	研究主要基于体外实验，需要更多体内研究验证	阐明SUV3表达减少在cSjD发病机制中的作用	儿童干燥综合征患者的干扰素富集CD14+单核细胞	分子免疫学	干燥综合征	单细胞RNA测序, fCLIP-qPCR, TEM, J2抗dsRNA抗体检测	基因敲低模型	RNA测序数据, 显微镜图像	cSjD患者单核细胞样本(具体数量未明确说明)
64	2025-07-05	Harnessing agent-based frameworks in CellAgentChat to unravel cell-cell interactions from single-cell and spatial transcriptomics 2025-Jul-01, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.279771.124 PMID:40316422	研究论文	介绍了一种基于代理的模型CellAgentChat，用于从单细胞RNA测序和空间转录组数据中解析细胞间相互作用	采用基于代理的模型（ABM）模拟细胞间相互作用，能够捕捉个体细胞行为的细微差别，并提供动态可视化和灵活的代理行为规则修改功能	未提及具体的样本数量限制或模型在特定条件下的性能局限	深入理解细胞间相互作用，为基于细胞通讯的疗法提供计算机模拟研究支持	单细胞RNA测序和空间转录组数据中的细胞间相互作用	数字病理学	NA	单细胞RNA测序, 空间转录组学	ABM (基于代理的模型)	单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据	在八个不同的单细胞数据集上验证
65	2025-07-05	scCompass: An Integrated Multi-Species scRNA-seq Database for AI-Ready 2025-Jul, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202500870 PMID:40317650	研究论文	介绍了一个名为scCompass的综合多物种单细胞RNA测序数据库，旨在为AI研究提供标准化和易于使用的数据资源	提出了一个集成和标准化处理的大规模多物种单细胞转录组数据的数据库，支持AI模型训练和预训练检查点	未提及具体的技术限制或数据覆盖范围的不足	构建一个AI友好的大规模多物种单细胞转录组数据库，以促进单细胞生物学研究	来自13个物种的近1.05亿个单细胞的转录组数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	转录组数据	近1.05亿个单细胞，涵盖13个物种
66	2025-07-05	Single-cell transcriptomics reveals that human milk feeding shapes neonatal immune cell interleukin signaling pathways in a nonrandomized clinical trial 2025-Jul, The American journal of clinical nutrition DOI:10.1016/j.ajcnut.2025.04.024 PMID:40294751	研究论文	通过单细胞转录组学分析，研究母乳喂养与配方奶喂养对新生儿免疫细胞白细胞介素信号通路的影响	首次使用单细胞RNA测序技术比较母乳喂养和配方奶喂养婴儿的免疫细胞基因表达差异，揭示了母乳喂养下调免疫细胞细胞因子转录特征的机制	样本量较小（母乳喂养6例，配方奶喂养3例），且为非随机临床试验	探究母乳喂养对新生儿免疫系统发育的影响机制	3-3.5个月大的健康婴儿（母乳喂养6例，配方奶喂养3例）	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	母乳喂养6例，配方奶喂养3例
67	2025-07-05	Immunotyping the Tumor Microenvironment Reveals Molecular Heterogeneity for Personalized Immunotherapy in Cancer 2025-Jul, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202417593 PMID:40433880	研究论文	开发了一种名为TMEclassifier的机器学习工具，用于将肿瘤微环境分为三种亚型，以指导个性化免疫治疗	首次提出TMEclassifier工具，能够将肿瘤微环境分为三种亚型，并通过实验验证了不同亚型对免疫治疗的响应差异	研究主要基于RNA测序数据，可能未涵盖所有肿瘤微环境的复杂性	开发一种高可及性、高通量的方法来定义肿瘤微环境的异质性，以指导个性化免疫治疗	肿瘤微环境及其对免疫治疗的影响	机器学习	癌症	RNA测序（包括bulk RNA-seq和单细胞RNA-seq）	机器学习分类器	RNA测序数据	前瞻性胃癌队列（TIMES-001）及其他多样化队列
68	2025-07-05	Epigenetic regulation of neural stem cell aging in the mouse hippocampus by Setd8 downregulation 2025-Jul, The EMBO journal DOI:10.1038/s44318-025-00455-8 PMID:40461639	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序和ATAC测序技术，探索了小鼠海马神经干细胞（NSCs）在衰老过程中的表观遗传调控机制	揭示了Setd8基因下调通过影响组蛋白H4的单甲基化（H4K20me1）导致海马神经干细胞活性下降的新机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类样本中验证	阐明表观遗传重塑与转录调控在神经干细胞衰老过程中的关系	小鼠海马神经干细胞及其新生神经元	表观遗传学	老年性疾病	scRNA-seq, scATAC-seq	NA	单细胞转录组数据, 染色质可及性数据	不同发育阶段的小鼠海马神经干细胞和新生神经元
69	2025-07-05	The rules of different B cell subtypes in colorectal cancer: friends or foes? 2025-Jul, Future oncology (London, England) DOI:10.1080/14796694.2025.2511588 PMID:40491002	综述	本文总结了近年来基于单细胞RNA测序在结直肠癌中肿瘤浸润B细胞（TIBs）的研究进展，重点关注了不同B细胞亚群在结直肠癌肿瘤微环境中的特定效应或调节特性	聚焦于结直肠癌肿瘤微环境中不同B细胞亚群的特定效应或调节特性，利用单细胞RNA测序技术揭示其异质性	肿瘤浸润B细胞在肿瘤微环境中与非免疫细胞的相互作用及其影响仍不明确	探讨肿瘤浸润B细胞在结直肠癌肿瘤微环境中的作用及其与其他细胞的相互作用	结直肠癌中的肿瘤浸润B细胞（TIBs）	肿瘤免疫学	结直肠癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
70	2025-07-05	Triggering Mechanisms of Hepatocyte Repopulation during Liver Regeneration 2025-Jul-01, Biomolecules & therapeutics IF:3.0Q2 DOI:10.4062/biomolther.2025.035 PMID:40500106	综述	本文综述了肝再生过程中肝细胞再填充的触发机制及其分子和细胞机制	利用谱系追踪和空间转录组学等先进技术追踪细胞谱系并分析肝再生过程中的细胞组成变化	再生肝细胞的确切来源仍存在争议	阐明肝再生过程中肝细胞增殖的触发机制以及新肝细胞的来源	肝细胞、胆管上皮细胞和肝祖细胞	肝脏再生研究	肝损伤	谱系追踪、空间转录组学	NA	NA	NA
71	2025-07-05	An Efficient Organoid Cutting Method for Long-Term Culture and High-Throughput Analyses 2025-Jul, Tissue engineering and regenerative medicine IF:4.4Q2 DOI:10.1007/s13770-025-00731-y PMID:40522442	研究论文	本文介绍了一种高效的类器官切割方法，旨在改善长期培养和高通量分析	使用3D打印技术制造切割夹具，提高切割效率和一致性，同时减少培养污染	未明确说明该方法是否适用于所有类型的类器官	改善类器官长期培养的可行性和高通量分析	人类多能干细胞(hPSC)衍生的类器官	生物医学工程	NA	3D打印技术、GelMA或Geltrex包埋、OCT包埋	NA	NA	未明确说明具体样本数量
72	2025-07-05	Rhaponticin inhibits the proliferation, migration, and invasion of head and neck squamous cell carcinoma (HNSCC) cells through modulation of the IL6/STAT3 signaling pathway 2025-Jul-01, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03019-8 PMID:40591033	research paper	研究探讨了Rhaponticin通过调节IL6/STAT3信号通路抑制头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）细胞的增殖、迁移和侵袭	首次揭示了Rhaponticin在HNSCC中的抗肿瘤作用及其分子机制，特别是通过IL6/STAT3信号通路的作用	研究主要基于体外细胞实验和生物信息学分析，缺乏体内实验验证	探究Rhaponticin抑制HNSCC细胞侵袭和转移的具体分子机制	头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）细胞系CAL 27和SCC-9	肿瘤学	头颈部鳞状细胞癌	网络药理学、分子对接、生物信息学分析、细胞实验、scRNA-seq	机器学习算法（未具体说明）	基因表达数据、单细胞RNA测序数据	两种HNSCC细胞系（CAL 27和SCC-9）及TCGA数据库中的样本
73	2025-07-05	Pan-cancer analysis and validation of NT5DC2: emphasizing its prognostic significance and immunological role in TNBC 2025-Jul-01, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02995-1 PMID:40591089	研究论文	本研究通过泛癌分析和验证，探讨了NT5DC2在多种癌症中的预后意义及其在三阴性乳腺癌（TNBC）中的免疫学作用	首次全面评估NT5DC2在多种癌症中的表达模式及其与免疫微环境的关系，特别是在TNBC中验证了其致癌作用和免疫调节功能	研究主要基于生物信息学分析，虽然进行了体外实验验证，但缺乏体内实验和临床样本的直接验证	阐明NT5DC2在多种癌症中的预后价值和免疫学作用，特别是在TNBC中的致癌机制	多种癌症类型（重点是TNBC）和NT5DC2基因	癌症生物学	三阴性乳腺癌（TNBC）	基因表达谱分析、单细胞RNA测序、免疫浸润分析、GSEA、体外实验	NA	基因表达数据、单细胞RNA测序数据	多个公共数据库的癌症样本（具体数量未明确说明）和体外实验的TNBC细胞系
74	2025-07-05	Integrated single-cell and bulk RNA sequencing analysis establishes a cancer associated fibroblast-related signature for predicting prognosis and therapeutic responses in neuroblastoma 2025-Jul-01, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03023-y PMID:40591170	研究论文	本研究通过整合单细胞和批量RNA测序分析，建立了一个与癌症相关成纤维细胞相关的特征，用于预测神经母细胞瘤的预后和治疗反应	构建了一个八基因的CAF相关预后特征，并验证了其作为独立预后指标的潜力，为抗CAF免疫治疗策略提供了新的基因组证据	研究样本量较小，仅使用了8个神经母细胞瘤样本的单细胞RNA测序数据	预测神经母细胞瘤的预后和治疗反应	神经母细胞瘤患者	数字病理学	神经母细胞瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序（RNA-seq），免疫组织化学	LASSO回归分析	RNA测序数据	8个神经母细胞瘤样本的scRNA-seq数据，以及来自GEO、TCGA和ArrayExpress数据库的批量基因表达数据
75	2025-07-05	Integrating single-cell sequencing analysis, bioinformatics analysis, and Mendelian randomization analysis to explore FABP4 prediction of prognosis and immune microenvironment in patients with lung squamous cell carcinoma 2025-Jul-01, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02774-y PMID:40591173	研究论文	通过单细胞测序分析、生物信息学分析和孟德尔随机化分析，探索FABP4在肺鳞状细胞癌患者预后和免疫微环境中的预测作用	首次通过多种分析方法明确了FABP4在肺鳞状细胞癌发生和预后中的作用，为未来的预防和治疗提供了重要证据	未提及具体样本量或实验设计的局限性	寻找能预测肺鳞状细胞癌发病、患者预后及肿瘤微环境中巨噬细胞浸润的‘明星’分子FABP4	肺鳞状细胞癌患者	生物信息学	肺癌	单细胞测序分析、生物信息学分析、孟德尔随机化分析	NA	测序数据、生物信息数据	NA
76	2025-07-05	Cardiac fibroblasts regulate myocardium and coronary vasculature development in the murine heart via the collagen signaling pathway 2025-Jul-01, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.102305 PMID:40591485	研究论文	本研究探讨了心脏成纤维细胞（FBs）通过胶原信号通路在小鼠心脏中心肌和冠状血管发育中的调控作用	首次揭示了心脏成纤维细胞通过胶原信号通路调控心肌细胞和血管内皮细胞发育的分子机制	研究仅限于小鼠模型，未在人类或其他哺乳动物中进行验证	探究心脏成纤维细胞在心脏发育中的作用及其分子机制	小鼠心脏中的成纤维细胞、心肌细胞和血管内皮细胞	发育生物学	心血管疾病	RNA染色、单细胞mRNA测序（scRNA-seq）、白喉毒素A（DTA）系统	小鼠模型	基因表达数据	不同发育阶段的小鼠心脏样本
77	2025-07-05	Klf5-adjacent super-enhancer functions as a 3D genome structure-dependent transcriptional driver to safeguard ESC identity 2025-Jul-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-60389-x PMID:40592854	研究论文	本研究揭示了超级增强子K5aSE通过3D基因组结构依赖的转录驱动机制，协调转录因子相互作用和多基因调控，从而维护胚胎干细胞(ESC)的身份	首次发现K5aSE超级增强子通过染色质环化激活远端基因，并阐明CTCF介导的TAD结构对维持K5aSE活性的关键作用	研究主要聚焦于K5aSE在ESC中的功能，其在其他细胞类型或发育阶段的作用尚不明确	解析超级增强子与主转录因子在胚胎干细胞命运决定中的协同调控机制	小鼠胚胎干细胞(ESC)及类胚体	表观遗传学	NA	多组学数据整合(H3K27ac、Hi-C、scRNA-seq)、CRISPRa激活、3D基因组筛选	NA	基因组学数据、单细胞转录组数据、三维基因组数据	NA
78	2025-07-05	Identification of pyroptosis related genes and subtypes in atherosclerosis using multiomic and single cell analysis 2025-Jul-01, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-04398-2 PMID:40592922	研究论文	通过多组学和单细胞分析识别动脉粥样硬化中与细胞焦亡相关的基因和亚型	整合转录组学、单细胞RNA测序和机器学习，识别并优先排序动脉粥样硬化中与细胞焦亡相关的基因，特别是TREM2的双重作用	分子机制和治疗潜力尚未完全理解	研究动脉粥样硬化中细胞焦亡的分子机制及其治疗潜力	动脉粥样硬化患者和模型	生物信息学	心血管疾病	转录组学、单细胞RNA测序、机器学习	NA	基因表达数据	内部和外部数据集
79	2025-07-05	Integrated eQTL-pQTL Mendelian randomization and single-cell sequencing reveal therapeutic targets in ovarian clear cell cancer 2025-Jul-01, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03043-8 PMID:40593373	研究论文	本研究通过整合eQTL-pQTL孟德尔随机化和单细胞测序技术，探索卵巢透明细胞癌（OCCC）的治疗靶点	首次结合eQTL-pQTL孟德尔随机化和单细胞测序技术筛选OCCC治疗靶点，并通过药物预测和分子对接验证靶点成药性	需进一步研究验证靶点作用机制	寻找卵巢透明细胞癌的新型治疗靶点	卵巢透明细胞癌（OCCC）患者遗传数据与肿瘤样本	生物信息学	卵巢癌	GWAS、单细胞测序、孟德尔随机化、分子对接	NA	基因组数据、单细胞测序数据	eQTLGen联盟和deCODE数据库的大规模GWAS队列数据
80	2025-07-05	Spatially resolved C1QC+ macrophage-CD4+ T cell niche in colorectal cancer microenvironment: implications for immunotherapy response 2025-Jul-01, Cell discovery IF:13.0Q1 DOI:10.1038/s41421-025-00811-2 PMID:40593467	研究论文	本研究通过空间多组学技术揭示了结直肠癌微环境中C1QC+巨噬细胞与CD4+ T细胞的空间互作机制及其对免疫治疗响应的影响	首次构建了包含314,774个细胞的空间免疫图谱，揭示了C1QC+组织驻留巨噬细胞与CD4+ T细胞共定位对免疫治疗响应的关键作用	样本量相对有限（空间转录组仅9例），且主要针对转移性结直肠癌患者	解析结直肠癌微环境的空间拓扑结构及其与免疫治疗响应的关系	接受免疫治疗的转移性结直肠癌患者	数字病理学	结直肠癌	成像质谱流式细胞术、空间蛋白质组学、空间转录组学、scRNA-seq、bulk RNA-seq	NA	空间多组学数据、单细胞测序数据	成像质谱流式50例、空间蛋白质组50例、空间转录组9例