单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
61	2025-08-11	Multimodal associations between brain morphology, immune-inflammatory markers, spatial transcriptomics, and behavioural symptoms in autism spectrum disorder 2025-Jul-26, Brain, behavior, and immunity DOI:10.1016/j.bbi.2025.07.021 PMID:40721173	研究论文	本研究探讨了自闭症谱系障碍（ASD）中攻击行为的神经生物学机制，结合了神经内分泌、炎症标志物、脑结构差异和空间转录组学分析	首次在ASD攻击行为研究中整合多模态数据（行为学、神经影像、分子生物学），揭示了前额叶-边缘系统-纹状体网络失衡与神经炎症的关联	样本量较小（n=42），仅纳入男性患者，缺乏纵向数据，未考虑环境因素影响	阐明ASD攻击行为的神经生物学机制并为治疗策略提供依据	11-38岁男性ASD患者（攻击组n=21 vs 非攻击组n=21）	神经科学	自闭症谱系障碍	多重检测（细胞因子/神经肽）、变形形态测量学（DBM）、空间转录组学、MRI	NA	行为量表数据、血浆生物标志物、神经影像数据、基因表达数据	42例男性ASD患者（21例攻击组+21例对照组），其中13例攻击组完成MRI扫描
62	2025-08-11	Single Cell Profiling in the Sox10Dom Hirschsprung Mouse Implicates Hox Genes in Enteric Neuron Trajectory Allocation 2025-Jul-21, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101590 PMID:40701368	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术探究了Sox10Dom突变对肠神经系统发育中神经元轨迹分配的影响，并发现Hox基因在此过程中的关键作用	首次将Hox基因表达变化（特别是Hoxa6）与肠神经元轨迹改变相关联	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类样本中验证	探究Sox10缺乏如何改变肠神经元比例及其在早期肠神经系统发育中的作用	Sox10+/+和Sox10Dom/+同窝小鼠的肠神经系统前体细胞、发育中的神经元和肠胶质细胞	发育生物学	先天性巨结肠症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、免疫组化、杂交链式反应（HCR）	小鼠模型	单细胞转录组数据	Sox10+/+和Sox10Dom/+同窝小鼠的肠神经系统细胞
63	2025-08-11	Resolving the design principles that control post-natal vascular growth and scaling 2025-Jul-16, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2025.101324 PMID:40628258	研究论文	本文通过多尺度实验和计算方法，揭示了主动脉在出生后生长和缩放的设计原则	发现了主动脉扩张遵循独特的生长原则，与脊柱成比例，并通过两个时间协调、空间随机的增殖波进行，揭示了内皮细胞挤出对维持主动脉稳态尺寸的重要性	研究主要关注主动脉的生长机制，可能不适用于其他器官的生长过程	探索出生后血管生长和缩放的设计原则	主动脉	生物医学工程	NA	单细胞RNA测序、数学建模	NA	实验数据、计算模型	NA
64	2025-08-11	Long-read RNA sequencing of transposable elements from single cells using CELLO-seq 2025-Jul-16, Nature protocols IF:13.1Q1 DOI:10.1038/s41596-025-01203-2 PMID:40670609	研究论文	介绍了一种名为CELLO-seq的单细胞长读RNA测序协议，用于将转座元件（TEs）来源的读数映射到独特的基因组位点	CELLO-seq通过整合长50核苷酸独特分子标识符和高PCR重复数，实现了对长读的错误校正，从而能够高保真地将表达数据映射到高度序列相似的年轻TEs以及基因和TE异构体	需要具备分子生物学和转录组分析经验的用户，且完成从细胞分离到定量的整个过程需要一周时间	开发一种高保真映射转座元件（TEs）表达数据的方法	转座元件（TEs）和基因	基因组学	NA	长读RNA测序（CELLO-seq）	NA	RNA序列数据	单细胞
65	2025-08-11	Chemical Perturbations Impacting Histone Acetylation Govern Colorectal Cancer Differentiation 2025-Jul-07, Gastroenterology IF:25.7Q1 DOI:10.1053/j.gastro.2025.07.003 PMID:40633623	research paper	该研究通过筛选靶向表观遗传调控因子的小分子库，揭示了组蛋白去乙酰化酶HDAC1/2抑制促进结直肠癌分化的分子机制	发现HDAC1/2催化域抑制可促进CRC分化并抑制肿瘤生长，鉴定H3K27ac和H3K9ac为关键调控标记，揭示死亡相关蛋白激酶3参与HDAC1/2抑制诱导的H3K27ac介导的CRC分化	研究主要基于体外模型和患者来源的类器官，临床转化效果需进一步验证	鉴定和表征结直肠癌分化的表观遗传调控因子，揭示重编程癌细胞状态的机制	结直肠癌细胞和小鼠模型、患者来源的CRC类器官	表观遗传学	结直肠癌	小分子筛选、单细胞RNA测序、基于质谱的组蛋白修饰分析、靶向降解	小鼠和人类CRC模型	表观遗传数据、基因表达数据	未明确说明具体样本数量，涉及小鼠模型和患者来源的类器官
66	2025-08-11	Platelet-Rich Plasma in Cardiovascular Regeneration: Mechanistic Insights, Technological Innovations, and Future Directions 2025-Jul, Reviews in cardiovascular medicine IF:1.9Q3 DOI:10.31083/RCM39383 PMID:40776966	综述	本文探讨了富含血小板血浆（PRP）在心血管再生医学中的生物学机制、临床应用及未来发展方向	提出了利用纳米技术、CRISPR编辑的外泌体和AI驱动的个性化治疗策略等创新方法来优化PRP疗法	PRP成分因制备方法不同而存在变异性，且存在安全性问题	探索PRP在心血管再生医学中的治疗潜力及优化策略	富含血小板血浆（PRP）及其在心血管疾病中的应用	心血管再生医学	缺血性心脏病、外周动脉疾病、炎症性心脏病	纳米技术、CRISPR编辑、单细胞RNA测序、AI	NA	NA	NA
67	2025-08-11	Stem cell-derived small extracellular vesicles containing miR-27b-3p attenuated osteoarthritis through inhibition of leukaemia inhibitory factor 2025-Jul, Fundamental research IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.fmre.2023.02.005 PMID:40777809	研究论文	研究发现源自间充质干细胞的小细胞外囊泡（sEVs）通过携带miR-27b-3p抑制白血病抑制因子（LIF）的表达，从而缓解骨关节炎（OA）	首次揭示U-sEVs中的miR-27b-3p通过靶向LIF在FLSs和SFCs中发挥抗OA作用	研究未涉及miR-27b-3p在其他细胞类型中的作用及长期治疗效果	探索MSC-derived sEVs在治疗OA中的具体作用机制	小鼠OA模型中的成纤维样滑膜细胞（FLSs）和软骨表层细胞（SFCs）	细胞治疗	骨关节炎	miRNA测序、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、RNA测序	NA	RNA测序数据	小鼠OA模型
68	2025-08-11	The revelation of UCHL1 in malignant epithelial cells of TNBC reinforcing cisplatin resistance by modulating ferroptosis based on single-cell transcriptome data 2025-Jul, Journal of clinical biochemistry and nutrition IF:2.0Q3 DOI:10.3164/jcbn.24-206 PMID:40777820	research paper	该研究基于单细胞转录组数据揭示了UCHL1在TNBC恶性上皮细胞中通过调节铁死亡增强顺铂耐药性的机制	首次发现UCHL1通过抑制铁死亡途径增强TNBC对顺铂的耐药性	研究仅基于9个TNBC样本，样本量较小	探索TNBC化疗耐药性的分子机制	三阴性乳腺癌(TNBC)恶性上皮细胞	digital pathology	breast cancer	scRNA-seq	NA	single-cell transcriptome data	9个TNBC样本
69	2025-08-11	Elucidating brain transport pathways and cell type-dependent gene silencing of a durable lipid-siRNA conjugate administered into cerebrospinal fluid 2025-Jun-20, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkaf600 PMID:40598893	研究论文	本文研究了脂质-siRNA共轭物（L2-siRNA）在脑脊液中注射后在大脑中的运输途径及细胞类型依赖性基因沉默效果	开发了一种新型脂质-siRNA共轭物（L2-siRNA），能够在脑脊液中有效运输并在大脑中实现长期基因沉默，且无毒性	研究主要基于小鼠和大鼠模型，尚未在人类中进行验证	探索脂质-siRNA共轭物在大脑中的运输途径和基因沉默效果，为中枢神经系统疾病的治疗提供新方法	小鼠和大鼠的大脑组织	神经科学	中枢神经系统疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠和大鼠的大脑组织样本
70	2025-08-11	Neuroprotectin D1 and GPR37 protect against chemotherapy-induced peripheral neuropathy and the transition from acute to chronic pain 2025-Jun, Pharmacological research IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.phrs.2025.107746 PMID:40287118	research paper	研究神经保护素D1（NPD1）和GPR37在化疗引起的周围神经病变（CIPN）及急性疼痛向慢性疼痛转变中的保护作用	揭示了GPR37在感觉神经元和巨噬细胞中的表达及其在CIPN中的作用，以及NPD1通过GPR37依赖性机制保护感觉神经元免受化疗药物损伤	研究主要基于小鼠模型，人类DRG样本的数据有限，需要进一步验证	探究NPD1和GPR37在化疗引起的周围神经病变和疼痛慢性化中的作用	小鼠背根神经节（DRG）神经元和巨噬细胞，人类DRG样本	神经科学	化疗引起的周围神经病变（CIPN）	空间转录组学分析	Gpr37敲除小鼠模型	mRNA表达数据，行为学数据，组织学数据	小鼠DRG神经元和巨噬细胞，人类DRG样本
71	2025-08-11	Integrative spatial omics reveals distinct tumor-promoting multicellular niches and immunosuppressive mechanisms in Black American and White American patients with TNBC 2025-Mar-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.03.17.585428 PMID:38562769	研究论文	本研究通过整合空间组学技术，揭示了非裔美国人和白种美国人三阴性乳腺癌患者中不同的肿瘤促进多细胞生态位和免疫抑制机制	首次使用成像质谱流式和空间转录组学相结合的多组学方法，系统比较了不同种族TNBC患者的肿瘤微环境差异	样本量可能有限，且未探讨这些差异的具体分子机制	探究三阴性乳腺癌临床结果种族差异的生物学机制	自我认定为非裔美国人(BA)和白种美国人(WA)的三阴性乳腺癌患者	数字病理学	乳腺癌	成像质谱流式, 空间转录组学	NA	空间多组学数据	未明确说明具体样本数量(BA和WA TNBC患者)
72	2025-08-11	Immunotherapy enhances the risk of tumor oxidative stress and metastasis in lung cancer with radiation pneumonitis 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1629170 PMID:40777001	研究论文	本研究探讨了放射性肺炎（RP）对肺癌免疫治疗的影响及其生物学机制，发现免疫治疗在RP背景下增强了肺癌的肝转移，并揭示了RP与免疫治疗协同加剧脂质代谢失调和氧化应激的机制	揭示了RP不仅是毒性反应，而且是肿瘤-免疫-代谢景观的主动调节者，通过解析RP-ICB-代谢轴，阐明了免疫治疗耐药的新机制	研究主要基于小鼠模型和单中心临床数据，需要在更广泛的人群中进行验证	探讨放射性肺炎对肺癌免疫治疗的影响及其生物学机制	小鼠RP模型和原位肺癌模型，以及多中心肺腺癌队列的临床数据	肿瘤免疫学	肺癌	单细胞RNA测序	小鼠模型	基因表达数据和临床数据	多中心肺腺癌队列的临床数据和单细胞RNA测序数据
73	2025-08-11	Themis differentially regulates T follicular helper cell differentiation during early and late stages of chronic viral infection 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1638178 PMID:40777021	研究论文	本研究揭示了Themis在慢性病毒感染期间对T滤泡辅助细胞（TFH）分化的双阶段调控作用	发现Themis在慢性病毒感染早期促进TFH细胞分化，而在后期抑制其分化，揭示了其功能具有时间和上下文依赖性	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类系统中验证	阐明Themis在慢性抗原刺激下对外周CD4⁺ T细胞分化的调控机制	野生型和Themis条件性敲除小鼠中的CD4⁺ T细胞	免疫学	慢性病毒感染	流式细胞术、组织学分析、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	小鼠慢性淋巴细胞性脉络丛脑膜炎病毒（LCMV）感染模型	细胞表型数据、基因表达数据	野生型和Themis条件性敲除小鼠
74	2025-08-11	Revolutionizing cervical cancer treatment: single-cell sequencing of TSPAN1+ tumor EPCs and immune checkpoints to assess drug sensitivity and optimize therapy 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1574174 PMID:40777026	研究论文	本研究利用多组学和单细胞测序技术探索宫颈癌的免疫景观、细胞异质性和药物敏感性，重点关注肿瘤亚型及其与免疫细胞的相互作用，以理解治疗反应	通过单细胞测序鉴定出宫颈癌中不同的肿瘤上皮细胞亚型，并探索其在肿瘤进展、免疫逃逸和治疗反应中的作用，强调了肿瘤上皮细胞作为预后生物标志物和个性化治疗靶点的潜力	NA	理解宫颈癌肿瘤微环境的免疫景观和细胞异质性，以优化治疗策略	宫颈癌肿瘤微环境中的肿瘤上皮细胞和免疫细胞	数字病理学	宫颈癌	多组学和单细胞测序	NA	单细胞测序数据	NA
75	2025-08-11	Blood samples collected under anesthesia can be used as a source of non-diseased controls for immune-based assays 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1618080 PMID:40777034	研究论文	探讨在全身麻醉下采集的血液样本是否可作为健康儿童免疫检测的非疾病对照	首次评估吸入麻醉诱导对儿童免疫系统组成和转录谱的即时影响，并提出此类样本作为研究健康儿童免疫反应的可行来源	研究仅针对特定麻醉组合（一氧化二氮和七氟烷）的影响，未评估其他麻醉方案或长期免疫效应	解决健康儿童年龄匹配对照样本获取的伦理和实践难题	接受择期牙科手术的麻醉儿童血液样本	免疫学研究	NA	多参数流式细胞术、批量RNA测序、单细胞RNA测序（10x Genomics平台）	NA	血液免疫细胞组成数据、转录组数据	未明确提及具体样本量，研究对象为择期牙科手术儿童群体
76	2025-08-11	Single-cell sequencing combined with machine learning to identify glioma biomarkers and therapeutic targets 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1629102 PMID:40777122	研究论文	本研究结合单细胞测序和机器学习技术，探索胶质瘤异质性并识别与胶质母细胞瘤复发相关的关键生物标志物	首次结合单细胞测序和机器学习方法构建基于分化相关基因的预后模型，并发现泛素化在胶质母细胞瘤中的重要作用	研究样本量有限，且仅基于公共数据库数据，需要进一步实验验证	探索胶质瘤异质性并识别关键生物标志物和治疗靶点	胶质瘤组织和细胞	数字病理学	胶质母细胞瘤	单细胞测序，RNA-seq	LASSO，SVM-RFE	转录组数据	来自GEO（GSE159416、GSE159605和GSE186057）和TCGA数据库的数据
77	2025-08-11	Dual Roles of SIRT7 Inhibition by Oroxylin A Reprogram HSCs Fate: PRMT5 Succinylation-Driven Senescence and Ecto-Calreticulin-Dependent NK Cell Immune Clearance in Liver Fibrosis 2025, Research (Washington, D.C.) DOI:10.34133/research.0808 PMID:40777599	research paper	该研究揭示了Oroxylin A通过抑制SIRT7的双重作用，重编程肝星状细胞命运，从而在肝纤维化中发挥治疗作用	发现Oroxylin A通过抑制SIRT7的双重作用，触发PRMT5的琥珀酰化依赖性降解和ecto-CRT依赖的NK细胞免疫清除机制	研究中使用的酶失活突变体SIRT7 (H187Y) 仍能抑制OA促进的ecto-CRT表达，表明该机制不依赖于其去琥珀酰化活性	探究肝纤维化中肝星状细胞活化的分子机制及潜在治疗策略	肝星状细胞(HSCs)、自然杀伤细胞(NK cells)	分子生物学	肝纤维化	单细胞转录组测序、生物信息学分析、Western blotting、免疫荧光、共免疫沉淀	NA	分子生物学实验数据、单细胞转录组数据	人类样本、动物模型和原代培养细胞
78	2025-08-11	PCLDA: An interpretable cell annotation tool for single-cell RNA-sequencing data based on simple statistical methods 2025, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2025.07.019 PMID:40778314	research paper	提出了一种基于简单统计方法的可解释单细胞RNA测序数据注释工具PCLDA	PCLDA通过三个模块（基于t检验的基因筛选、PCA和LDA）结合简单统计方法，提高了注释的准确性和鲁棒性，并在跨数据集和跨平台条件下表现优异	模型保留了原始假设，可能在某些复杂情况下表现不如更复杂的机器学习方法	开发一种准确、可靠且可解释的单细胞RNA测序数据细胞类型注释工具	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	PCA, LDA	基因表达数据	22个公共scRNA-seq数据集和35个不同的评估场景
79	2025-08-11	Randomized Spatial PCA (RASP): a computationally efficient method for dimensionality reduction of high-resolution spatial transcriptomics data 2024-Dec-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.20.629785 PMID:39763720	研究论文	介绍了一种名为RASP的计算高效降维方法，用于高分辨率空间转录组学数据分析	RASP是一种新颖的空间感知降维方法，计算速度比现有技术快几个数量级，并能扩展到具有数十万个位置的空间转录组数据	NA	开发一种计算高效的降维方法，用于分析高分辨率空间转录组数据	空间转录组学数据	生物信息学	NA	随机化两阶段主成分分析(PCA)框架	PCA	空间转录组数据	四个公开可用的ST数据集(10x Visium, Stereo-Seq, MERFISH和10x Xenium)，涉及人类和小鼠组织
80	2025-08-11	Thrombopoietin mimetic reduces mouse lung inflammation and fibrosis after radiation by attenuating activated endothelial phenotypes 2024-Nov-08, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.181330 PMID:39513364	研究论文	研究血小板生成素模拟物（TPOm）在小鼠放射诱导的肺损伤（RILI）中的保护作用及机制	首次发现TPOm通过抑制内皮细胞活化减轻RILI，并改善肺血管结构和功能	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体中验证	探索TPOm在预防和治疗放射诱导的肺损伤中的效果及机制	小鼠模型和原代肺微血管内皮细胞	放射生物学	肺癌	单细胞RNA测序	小鼠全胸照射（WTI）模型	基因表达数据和组织学数据	未明确说明小鼠数量，但涉及多个时间点的分析