单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
61	2025-09-12	A Spatially Coordinated Keratinocyte-Fibroblast Circuit Recruits MMP9+ Myeloid Cells to Drive IFN-I-Driven Inflammation in Photosensitive Autoimmunity 2025-Aug-23, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.08.19.670635 PMID:40894544	研究论文	本研究揭示了一种由角质形成细胞、成纤维细胞和髓系细胞组成的空间协调炎症回路，驱动IFN-I介导的光敏性自身免疫皮肤病理	首次发现MMP9+ CD14+髓系细胞作为光敏性的关键效应细胞，并阐明角质形成细胞-成纤维细胞-髓系细胞轴的空间调控机制	研究主要基于人类样本和体外模型，体内功能验证仍需进一步深入	阐明紫外线B（UVB）暴露导致皮肤特异性自身免疫的分子和细胞机制	皮肤红斑狼疮（CLE）和皮肌炎（DM）患者皮肤组织及体外细胞模型	免疫学与皮肤病学	自身免疫性皮肤病	单细胞RNA测序、空间转录组学（seqFISH+）、UVB激发试验、体外建模	NA	基因表达数据、空间定位数据、临床样本数据	人类皮肤组织样本（包括病变和非病变组织）及体外细胞模型
62	2025-09-12	High-Resolution Spatial Transcriptomics Unveils Spatially Resolved Gene Modules and Fatty Acid Metabolism Dysregulation in Human Skin Aging 2025-Aug-23, The Journal of investigative dermatology IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.jid.2025.08.011 PMID:40850650	研究论文	利用高分辨率空间转录组技术揭示人类皮肤衰老中空间基因模块和脂肪酸代谢紊乱	首次通过高分辨率空间转录组技术构建人眼睑皮肤图谱，发现18个空间相关基因模块并揭示表皮脂肪酸合成减少等新衰老特征	研究主要聚焦眼睑皮肤，其他皮肤区域可能存在差异；功能验证仅基于体外模型	解析皮肤衰老的分子机制和空间细胞互作	人类眼睑皮肤组织、原代角质形成细胞、全层皮肤模型（T-Skin）	空间转录组学	皮肤衰老	空间增强分辨率组学测序（STeoM-seq）、多重FISH	NA	空间转录组数据、图像数据	人类眼睑皮肤样本（具体数量未明确说明）
63	2025-09-12	Integrated spatial and functional metabolic profiling identified the thick ascending limb as a mitochondrial vulnerability hub in acute kidney injury 2025-Aug-22, Kidney international IF:14.8Q1 DOI:10.1016/j.kint.2025.07.021 PMID:40850621	研究论文	本研究通过整合空间和功能代谢分析，发现肾小管厚壁升支是急性肾损伤中的线粒体脆弱性枢纽	首次结合空间转录组学、单细胞转录组学和同位素示踪成像技术，系统揭示肾外髓厚壁升支段的代谢特性及其在肾损伤中的关键作用	研究主要基于小鼠模型和人类肾移植样本，结果在更广泛人群中的普适性需进一步验证	探究急性肾损伤的代谢机制及其与临床麻醉药物使用的关联	小鼠模型和人类肾移植受者	代谢组学	急性肾损伤	空间转录组学、单细胞转录组学、免疫荧光、同位素示踪成像	NA	空间转录组数据、单细胞数据、成像数据	小鼠缺血再灌注模型及人类肾移植样本（具体数量未明确说明）
64	2025-09-12	Construction and differential analysis of testicular atlas between 10-week-old and 23-week-old ducks using single-cell RNA sequencing 2025-Aug-22, Poultry science IF:3.8Q1 DOI:10.1016/j.psj.2025.105715 PMID:40884870	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序构建了10周龄和23周龄鸭睾丸的细胞图谱，并进行了差异分析	首次建立了禽类精子发生的高分辨率细胞蓝图，鉴定了新的分子标记（如EXFABP、ARHGAP15等）和调控网络	研究仅针对鸭类，结果向其他禽类的推广性需进一步验证	探索禽类精子发生的分子机制和发育调控网络	鸭睾丸细胞（包括生殖细胞和体细胞）	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	54,702个细胞（来自10周龄未成熟和23周龄成熟鸭睾丸）
65	2025-09-12	Immune dysregulation in the prostates of C57BL/6Aire-/- mice mirrors that seen in human benign prostatic hyperplasia 2025-Aug-15, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.08.12.669857 PMID:40832162	研究论文	本研究通过建立C57BL/6 Aire-/-小鼠模型，模拟人类良性前列腺增生（BPH）中的免疫失调和慢性炎症	首次在C57BL/6背景中建立转录因子缺陷型非消退性炎症模型，并通过scRNA-seq数据证明该模型与人类BPH具有相似的免疫细胞表型和基质细胞相互作用	模型基于小鼠构建，与人类疾病存在物种差异；研究时间点有限（21天和35天）	研究前列腺慢性炎症在良性前列腺增生发病机制中的作用	C57BL/6小鼠前列腺组织及人类BPH样本	免疫学研究	前列腺疾病	组织学分析、流式细胞术、scRNA-seq	动物疾病模型	单细胞转录组数据、组织学图像	C57BL/6小鼠前列腺组织（21天和35天时间点），与人类BPH scRNA-seq数据对比
66	2025-09-12	FAHD1-mediated pyruvate metabolism in hepatocellular carcinoma: Multi-omics and causal genetic evidence 2025-Aug-14, HGG advances DOI:10.1016/j.xhgg.2025.100494 PMID:40814172	研究论文	本研究通过多组学与因果遗传证据揭示FAHD1介导的丙酮酸代谢在肝细胞癌中的作用机制	首次发现丙酮酸高活性上皮亚群(PyHighEpi)，并通过因果推断鉴定FAHD1为关键驱动因子，阐明其通过ITGB2介导的细胞互作机制	NA	探究肝细胞癌中丙酮酸代谢的因果调控因子及其空间互作机制	肝细胞癌肿瘤微环境中的上皮细胞亚群和癌症相关成纤维细胞	肿瘤代谢研究	肝细胞癌	单细胞转录组学、空间图谱、孟德尔随机化分析、分子对接	NA	基因组数据、转录组数据、空间转录组数据	NA
67	2025-09-12	Inhibition of astrocyte signaling leads to sex-specific changes in microglia phenotypes in a diet-based model of cerebral small vessel disease 2025-Aug-09, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1 DOI:10.1186/s12974-025-03523-2 PMID:40783543	研究论文	本研究探讨在高同型半胱氨酸血症诱导的脑小血管疾病模型中，星形胶质细胞信号对小鼠小胶质细胞表型的性别特异性影响	揭示了星形胶质细胞通过CN/NFAT信号通路对小胶质细胞表型调控存在性别二态性，首次在饮食诱导模型中系统分析这种性别差异	样本量较小，需要更多生物学重复和更严格的统计分析来验证结果	研究星形胶质细胞信号在高同型半胱氨酸血症背景下对小胶质细胞表型的调控机制	7-8周龄雌雄C57BL/6J小鼠	神经科学	脑小血管疾病	免疫组化、Western blot、单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据、蛋白质数据	雌雄C57BL/6J小鼠（具体数量未明确说明，但提及样本量较小）
68	2025-09-12	Microglia-neuron crosstalk through Hex-GM2-MGL2 maintains brain homeostasis 2025-Aug-06, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-09477-y PMID:40769205	研究论文	本研究揭示了一种新型的小胶质细胞-神经元交互模式，通过Hex-GM2-MGL2通路维持大脑稳态	首次发现小胶质细胞通过向神经元输送β-己糖胺酶来降解GM2神经节苷脂的双向通讯机制	研究主要基于小鼠模型，人类Sandhoff病的直接应用仍需进一步验证	探究小胶质细胞与神经元之间的新型交互机制及其在神经退行性疾病中的作用	小胶质细胞、神经元、GM2神经节苷脂、β-己糖胺酶	神经科学	神经退行性疾病	非靶向脂质组学、高分辨率空间脂质成像、深度单细胞转录组分析、细胞类型特异性突变体	NA	脂质组数据、空间成像数据、转录组数据	小鼠模型和人类Sandhoff病患者样本
69	2025-09-12	Identification of a unique subpopulation of mucosal fibroblasts in colorectal cancer with tumor-restraining characteristics 2025-Aug-05, Molecules and cells IF:3.7Q2 DOI:10.1016/j.mocell.2025.100263 PMID:40759242	研究论文	本研究通过多组学数据分析，在结直肠癌中鉴定出一类具有肿瘤抑制特性的独特黏膜成纤维细胞亚群	首次在结直肠癌中发现并表征ADAMDEC1/CXCL14/EDNRB/PROCR阳性的肿瘤抑制性癌症相关成纤维细胞(Tr-CAFs)，揭示其表观遗传特征和临床意义	NA	探究结直肠癌中肿瘤抑制性癌症相关成纤维细胞的存在、特征及临床相关性	结直肠癌样本中的成纤维细胞亚群	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, TCGA RNA-seq, 免疫组化	NA	基因组数据, 表观遗传数据, 组织学图像	多种结直肠癌数据集（包括单细胞测序数据、TCGA数据和病理样本）
70	2025-09-12	Analysis of individual patient pathway coordination in a cross-species single-cell kidney atlas 2025-Aug, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-025-02285-0 PMID:40775269	研究论文	通过构建跨物种单细胞肾脏图谱并开发计算工具CellSpectra，分析个体患者细胞通路协调性以推动精准医疗应用	开发了能量化基因表达协调性变化的计算工具CellSpectra，并创建了包含百万细胞、涵盖70多种保守细胞状态的跨物种肾脏图谱	NA	解决单细胞RNA测序在识别个体患者细胞类型特异性分子变化和跨物种差异方面的挑战	人类和啮齿类模型的肾脏细胞及肺癌数据	生物信息学	肾脏疾病	单细胞RNA测序	计算工具CellSpectra	单细胞基因表达数据	140个样本中的超过100万个细胞
71	2025-09-12	Loeys-Dietz syndrome subtypes exhibit distinct clinical behavior and aortic cellular transcriptomic profiles 2025-Aug, JTCVS open DOI:10.1016/j.xjon.2025.06.013 PMID:40923070	研究论文	本研究整合Loeys-Dietz综合征患者主动脉根部置换术后的纵向临床结果与主动脉平滑肌细胞转录组分析，探讨不同亚型特异性主动脉脆弱性的机制	首次通过单细胞RNA测序比较TGFBR1/2和SMAD3变异患者的平滑肌细胞表型，揭示亚型特异的基因调控模式	单中心研究，样本量有限（单细胞RNA测序仅n=8），随访时间中位数为6.16年	研究Loeys-Dietz综合征不同亚型的临床行为差异及主动脉细胞转录组特征	Loeys-Dietz综合征患者（n=62，其中59例基因确认）	医学遗传学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	临床数据和转录组数据	62例患者（36例TGFBR1/2变异，16例SMAD3变异，7例TGFB2/TGFB3变异），其中8例进行单细胞RNA测序分析
72	2025-09-12	CREB drives acinar cells to ductal reprogramming and promotes pancreatic cancer progression in preclinical models of alcoholic pancreatitis 2025-Jul-14, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.01.05.574376 PMID:38903082	研究论文	本研究探讨了CREB在酒精性胰腺炎背景下驱动腺泡细胞向导管重编程并促进胰腺癌进展的机制	揭示了CREB与致癌Kras在慢性炎症环境中协同促进胰腺癌进展的分子互作机制	研究基于小鼠模型，临床转化需进一步验证	阐明CREB在酒精性胰腺炎相关胰腺癌发展中的作用	转基因小鼠模型（Ptf1aCreERTM/+;LSL-KrasG12D/+）及其衍生品系	癌症生物学	胰腺癌	Western blotting、磷酸激酶阵列、qPCR、单细胞RNA测序、谱系追踪	NA	基因表达数据、组织学图像	多种遗传修饰小鼠模型（KC、KCC-/-等）
73	2025-09-12	Single-cell analysis of dup15q syndrome reveals developmental and postnatal molecular changes in autism 2025-Jul-04, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-61184-4 PMID:40615364	研究论文	通过单细胞和单核RNA测序分析dup15q综合征的皮质类器官和死后脑样本，揭示胎儿期和青少年-成人期的分子变化	首次在单细胞水平揭示dup15q综合征发育期和成年期的细胞类型特异性分子变化，并发现类器官与死后样本间高度保守的疾病相关模块	基于死后脑样本和类器官模型，可能无法完全反映活体大脑的动态过程	研究dup15q综合征与自闭症相关的分子机制	dup15q患者来源的iPSC皮质类器官和死后脑样本	数字病理学	自闭症谱系障碍	单细胞RNA测序, 单核RNA测序, 空间转录组学, 基因共表达网络分析	NA	RNA测序数据, 空间转录组数据	dup15q患者来源的iPSC皮质类器官和死后脑样本
74	2025-09-12	SpaceBF: Spatial coexpression analysis using Bayesian Fused approaches in spatial omics datasets 2025-Jun-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.29.646124 PMID:40236135	研究论文	提出一种基于贝叶斯融合模型的空间共表达分析方法SpaceBF，用于空间组学数据中分子对的空间共表达检测	首次将贝叶斯融合建模框架应用于空间共表达分析，能够同时估计局部和全局水平的分子共表达，相比现有基于地理空间指标的方法具有更高的特异性和效力	NA	开发稳健的空间共表达分析方法，以更好地理解细胞间通讯中的配体-受体等分子相互作用	空间转录组学和蛋白质组学数据集中的分子对（基因、肽段、脂质、N-聚糖等）	空间组学数据分析	多种癌症	空间转录组学、质谱成像	Bayesian fused modeling framework	空间组学数据	NA
75	2025-09-12	A Molecular, Spatial, and Regulatory Atlas of the Hydra vulgaris Nervous System 2025-Jun-11, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.03.15.531610 PMID:36993575	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和空间分析构建了Hydra vulgaris神经系统的分子和空间图谱	首次全面表征了Hydra神经系统的神经元类型、空间分布和基因调控网络	NA	揭示神经系统发育、稳态和再生的分子机制	Hydra vulgaris（水螅）的神经系统	发育神经科学	NA	单细胞RNA测序, ATAC-seq, 轨迹推断	NA	单细胞转录组数据, 染色质可及性数据	NA
76	2025-09-12	High-throughput differentiation of human blood vessel organoids reveals overlapping and distinct functions of the cerebral cavernous malformation proteins 2025-Jun-06, Angiogenesis IF:9.2Q1 DOI:10.1007/s10456-025-09985-5 PMID:40478324	研究论文	利用高通量人血管类器官分化技术揭示脑 cavernous 畸形蛋白的共享和独特功能	结合高通量血管类器官分化、单细胞RNA测序和高内涵成像，首次系统比较CCM1、CCM2和CCM3敲除后的细胞特异性基因表达和增殖差异	研究基于体外类器官模型，可能无法完全模拟体内复杂微环境	探究CCM3突变导致更侵袭性表型的分子机制	人诱导多能干细胞分化的血管类器官	生物医学研究	脑血管畸形	hiPSC分化、单细胞RNA测序、高内涵成像、基因敲除	类器官模型	基因表达数据、成像数据	96孔板格式的高通量类器官分化
77	2025-09-12	Resolving Leukemia Heterogeneity and Lineage Aberrations with HematoMap 2025-May-30, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1093/gpbjnl/qzaf005 PMID:39945785	研究论文	开发了一种基于单细胞RNA测序的工具HematoMap，用于解析白血病异质性和谱系异常	构建了正常造血系统的综合参考层次结构，并开发了基于余弦距离算法的似然评分系统来映射白血病细胞	NA	精确映射白血病细胞到已知造血层次，以理解疾病起源和发展机制	急性髓系白血病(AML)和B细胞前体急性淋巴细胞白血病(BCP-ALL)样本	生物信息学	白血病	单细胞RNA测序(scRNA-seq), bulk RNA测序(RNA-seq)	LASSO回归模型	单细胞RNA测序数据, 批量RNA测序数据	来自25名健康捐赠者的超过100,000个骨髓单核细胞
78	2025-09-12	An engineered viral protein activates STAT5 to prevent T cell suppression 2025-05-23, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.adn9633 PMID:40408430	研究论文	研究通过工程化病毒蛋白激活STAT5以增强T细胞功能并防止抑制	利用改造的疱疹病毒TIP蛋白非经典方式招募LCK激酶直接激活STAT蛋白，实现细胞因子非依赖的T细胞功能维持	NA	增强T细胞疗法在实体瘤中的持久性和功能性	T细胞（特别是CD8+ T细胞）	生物医学工程	肿瘤	单细胞转录组学、蛋白质工程	NA	基因表达数据、功能实验数据	NA
79	2025-09-12	scDILT: A Model-Based and Constrained Deep Learning Framework for Single-Cell Data Integration, Label Transferring, and Clustering 2025 May-Jun, IEEE transactions on computational biology and bioinformatics DOI:10.1109/TCBBIO.2025.3553068 PMID:40811359	研究论文	提出一种基于条件自编码器和深度嵌入聚类的工具scDILT，用于单细胞数据整合、标签转移和聚类	首次结合条件自编码器与深度嵌入聚类，并利用同质和异质约束同时实现数据整合与参考数据集聚类结构保持	NA	开发能够同时实现单细胞数据整合、标签转移和聚类的计算工具	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	条件自编码器, 深度嵌入聚类	单细胞基因表达数据	模拟和真实数据集（具体数量未说明）
80	2025-09-12	Stable isotope tracing in human plasma-like medium reveals metabolic and immune modulation of the glioblastoma microenvironment 2025-Apr-26, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.05.29.542774 PMID:37398280	研究论文	开发了一种使用人血浆样培养基（HPLM）的体外稳定同位素示踪方法，用于研究胶质母细胞瘤微环境中的代谢和免疫调控	整合HPLM优化了体外稳定同位素示踪方法，能够在生理营养水平和完整肿瘤微环境下研究胶质瘤代谢	NA	评估胶质瘤在生理营养水平和完整肿瘤微环境下的代谢特征	人胶质瘤外植体和胶质瘤干细胞样细胞系	肿瘤代谢研究	胶质母细胞瘤	稳定同位素示踪（15N2-谷氨酰胺）、空间转录组学	NA	代谢数据、转录组数据	人IDH野生型胶质母细胞瘤外植体和GSC单培养体系