单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
61	2025-09-10	scPlantLLM: A Foundation Model for Exploring Single-cell Expression Atlases in Plants 2025-Jul-11, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1093/gpbjnl/qzaf024 PMID:40094454	研究论文	开发了一个基于Transformer的基础模型scPlantLLM，用于处理植物单细胞RNA测序数据，以解决批次整合、细胞类型注释和基因调控网络推断等挑战	首个专门针对植物单细胞数据的大规模预训练模型，采用序列预训练策略结合掩码语言建模和细胞类型注释任务，在零样本学习场景中达到0.91的准确率	NA	开发先进的计算方法来解决植物单细胞RNA测序数据分析中的复杂挑战	植物单细胞表达图谱，特别是拟南芥数据集	自然语言处理	NA	scRNA-seq，Transformer模型，掩码语言建模	Transformer	单细胞基因表达数据	数百万个植物单细胞数据点
62	2025-09-10	Synovial tissue atlas in juvenile idiopathic arthritis reveals pathogenic niches associated with disease severity 2025-Jul-02, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adt6050 PMID:40601776	研究论文	通过单细胞RNA测序等技术构建幼年特发性关节炎滑膜组织图谱，揭示与疾病严重程度相关的致病微环境	首次结合单细胞RNA测序、多重免疫荧光和空间转录组学分析初治JIA患儿滑膜组织，识别出与关节炎严重程度相关的空间组织微环境和特定细胞群体	研究样本限于疾病早期未接受治疗的患儿，可能无法代表所有JIA亚型或疾病阶段	解析幼年特发性关节炎滑膜组织的细胞组成和空间结构，指导精准靶向治疗	初治幼年特发性关节炎患儿的滑膜组织活检样本、滑液及外周血	数字病理学	幼年特发性关节炎	单细胞RNA测序、多重免疫荧光、空间转录组学	NA	基因表达数据、空间转录组数据、免疫荧光图像	未明确样本数量的初治JIA患儿滑膜组织活检
63	2025-09-10	Single-cell RNA sequencing identifies accumulation of Fcgr2b+ virtual memory like CD8 T cells with cytotoxic and inflammatory potential in aged mouse white adipose tissue 2025-Jun-30, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.27.661935 PMID:40631318	研究论文	通过单细胞RNA测序鉴定老年小鼠白色脂肪组织中具有细胞毒性和炎症潜能的Fcgr2b+虚拟记忆样CD8 T细胞的积累	首次比较生理性衰老与高脂饮食诱导的肥胖，发现衰老特异性积累Fcgr2b+CD49d-虚拟记忆样CD8 T细胞，并揭示其表达颗粒酶M的炎症诱导功能	研究局限于小鼠模型，尚未在人类组织中验证；功能机制需进一步深入探索	比较衰老与肥胖状态下脂肪组织炎症机制的差异，识别特异性调控靶点	年轻正常饮食小鼠、年轻高脂饮食小鼠及老年正常饮食小鼠的性腺白色脂肪组织基质血管组分	单细胞组学	老年性疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、流式细胞术	NA	单细胞转录组数据	三组小鼠（年轻正常饮食、年轻高脂饮食、老年正常饮食）的脂肪组织样本
64	2025-09-10	Chikungunya virus persists in joint-associated macrophages and promotes chronic disease 2025-Jun-25, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-6917990/v1 PMID:40678223	研究论文	本研究通过单细胞测序和空间转录组学技术，发现基孔肯雅病毒在关节相关巨噬细胞中持续存在并促进慢性疾病	首次证实关节相关巨噬细胞中存有复制性病毒RNA，并揭示CD4 T细胞在慢性关节炎症中的潜在作用	研究基于小鼠模型，人类临床相关性尚需进一步验证	探究甲病毒引起慢性关节疾病的机制	甲病毒感染小鼠的关节相关组织	病毒学与免疫学	病毒性关节炎	scRNA-seq, spatial transcriptomics, flow cytometry	NA	基因表达数据、细胞表型数据	甲病毒感染小鼠的关节组织样本
65	2025-09-10	Human brain cell types shape host-rabies virus transcriptional interactions revealing a preexisting pro-viral astrocyte subpopulation 2025-Jun-12, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.18.629263 PMID:40661514	研究论文	通过单细胞RNA测序研究狂犬病毒与人类脑细胞类型的转录互作，揭示了一个预先存在的促病毒星形胶质细胞亚群	发现先天免疫信号解除抑制反而增强狂犬病毒转录，并鉴定出人脑中罕见的促病毒样星形胶质细胞亚型	研究基于体外共培养模型，可能无法完全模拟体内复杂环境	揭示病毒-宿主细胞互作和先天免疫拮抗如何影响神经嗜性病毒感染动力学	人类脑细胞共培养体系中的不同细胞类型	单细胞基因组学	病毒感染	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	转录组数据	人类脑细胞共培养样本
66	2025-09-10	Pan-cancer landscape of basement membrane: multi-omics research and single-cell sequencing validation 2025 May-Jun, Cell cycle (Georgetown, Tex.) DOI:10.1080/15384101.2025.2539645 PMID:40799172	研究论文	通过多组学分析和单细胞测序验证，研究基底膜在泛癌中的调控基因表达、免疫检查点关联及免疫耐药机制	首次整合33种癌症的多组学数据与单细胞测序验证，揭示基底膜调控基因与免疫检查点表达的癌症特异性关联	依赖TCGA数据库的回顾性数据，需进一步实验验证功能机制	探究基底膜调控基因在癌症进展和免疫微环境中的作用	33种癌症类型的肿瘤组织及免疫微环境	癌症基因组学	泛癌（多种癌症类型）	多组学分析、单细胞转录组测序、免疫组化、ssGSEA	NA	基因表达数据、拷贝数变异数据、单细胞转录组数据	TCGA数据库中33种癌症的泛癌数据集（未提供具体样本数）
67	2025-09-10	Plasma exosomes from individuals with type 2 diabetes drive breast cancer aggression in patient-derived organoids 2025-Apr-30, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.13.612950 PMID:39345362	研究论文	研究2型糖尿病患者血浆外泌体通过调控肿瘤微环境免疫细胞驱动乳腺癌侵袭性的机制	首次开发保留肿瘤浸润淋巴细胞的患者来源类器官模型，揭示糖尿病外泌体通过免疫抑制和肿瘤异质性增强促进癌症进展的新通路	研究基于体外类器官模型，需进一步体内验证；样本量未明确说明	探究2型糖尿病代谢异常如何通过外泌体影响乳腺癌进展和免疫微环境	2型糖尿病患者血浆外泌体及乳腺癌患者来源类器官	肿瘤免疫学	乳腺癌	单细胞RNA测序，患者来源类器官培养	NA	分子生物学数据，基因表达数据	NA
68	2025-09-10	Large-scale single-cell profiling of stem cells uncovers redundant regulators of shoot development and yield trait variation 2025-Apr-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.03.04.583414 PMID:38496543	研究论文	通过大规模单细胞分析揭示植物茎尖干细胞调控因子及其与产量性状的关联	首次在玉米和拟南芥中高效捕获茎尖干细胞并进行跨物种保守调控因子鉴定，发现核糖体相关RNA结合蛋白和糖激酶基因家族等新型候选调控因子	NA	挖掘植物茎尖干细胞调控因子以指导作物工程化提高产量	玉米和拟南芥的茎尖干细胞	植物单细胞生物学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、空间转录组学	NA	单细胞转录组数据	数千个干细胞表达细胞（包含野生型和突变体）
69	2025-09-10	Precision and Accuracy in Quantitative Measurement of Gene Expression from Single-Cell/Nuclei RNA Sequencing Data 2025-Apr-14, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.12.589216 PMID:38659857	研究论文	本研究系统评估了单细胞/核RNA测序数据中基因表达定量测量的精确性与准确性，并提出了优化实验设计的实用指南	首次基于大规模数据（23个数据集，超过360万个细胞）系统评估sc/snRNA-Seq的定量性能，开发了VICE工具用于数据质量评估，并建立了基于证据的实验设计阈值	研究主要基于技术重复和样本匹配数据评估性能，可能未涵盖所有生物学变异来源	评估单细胞/核RNA测序技术在基因表达定量测量中的精确性和准确性，并制定可靠的实验设计指南	单细胞和单核RNA测序数据，来自339个样本的3,682,576个细胞，特别是单核吞噬细胞的跨物种数据	生物信息学	NA	scRNA-Seq, snRNA-Seq, RNA测序	NA	基因表达数据，测序数据	23个数据集，包含3,682,576个细胞，来自339个样本
70	2025-09-10	Intercellular signaling reinforces single-cell level phenotypic transitions and facilitates robust re-equilibrium of heterogeneous cancer cell populations 2025-Mar-26, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.03.631250 PMID:39803530	研究论文	通过单细胞RNA测序数据和数学模型探讨细胞间信号如何影响癌细胞表型动态和肿瘤异质性	采用多尺度推断方法揭示细胞间通信强化表型转换并维持群体水平肿瘤异质性的机制	NA	探索细胞间通信在癌症表型可塑性中的作用	小细胞肺癌(SCLC)及其他多种癌症类型的癌细胞	计算生物学	肺癌	scRNA-seq, 数学建模	基于动力系统的数学模型	单细胞RNA测序数据	NA
71	2025-09-10	Comparative single cell analysis of transcriptional bursting reveals the role of genome organization on de novo transcript origination 2025-Mar-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.29.591771 PMID:38746255	研究论文	通过比较单细胞转录爆发分析揭示基因组组织对新生转录本起源的作用	开发新统计方法识别跨物种细胞类型核心基因集，并首次揭示X染色体转录爆发动力学的进化保守性降低	仅针对三种近缘物种进行研究，时间跨度2500-3000万年	探究基因组组织对精子发生过程中转录爆发和新生基因起源的调控机制	三种近缘物种的精子发生过程细胞	单细胞基因组学	NA	scRNA-Seq, RNA FISH, 成像技术	统计模型	单细胞转录组数据	三种近缘物种的精子发生细胞
72	2025-09-10	Integrated 'omics analysis reveals human milk oligosaccharide biosynthesis programs in human lactocytes 2025-Mar-18, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.17.643803 PMID:40166160	研究论文	通过整合单细胞RNA测序数据和HMO浓度测量，揭示人类乳腺细胞中母乳低聚糖生物合成的基因调控程序	首次在单细胞水平识别HMO合成基因的差异表达模式，并提名与HMO浓度相关的候选基因及潜在转录调控因子	研究基于相关性分析，需要后续功能实验验证候选基因的具体作用机制	解析人类乳腺中母乳低聚糖生物合成的细胞和分子机制	人类乳腺上皮细胞亚群	单细胞组学	NA	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	NA	基因表达数据、浓度测量数据	NA
73	2025-09-10	Response to anti-angiogenic therapy is affected by AIMP protein family activity in glioblastoma and lower-grade gliomas 2025-Mar-14, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.13.643116 PMID:40161601	研究论文	本研究探讨AIMP蛋白家族在胶质瘤血管生成中的作用及其作为抗血管生成治疗反应预测生物标志物的价值	首次揭示AIMP1/2/3表达与胶质瘤血管生成的关联，并发现AIMP2高表达亚组对抗血管生成治疗具有更好反应	回顾性研究设计，需要前瞻性验证	研究AIMP蛋白在胶质瘤血管生成中的作用及其作为治疗预测标志物的潜力	胶质母细胞瘤和低级别胶质瘤患者样本	数字病理学	胶质瘤	转录组分析、表观遗传分析、蛋白质组学、单细胞转录组测序	Cox比例风险模型	基因组数据、转录组数据、表观遗传数据、蛋白质组数据	来自TCGA、CGGA、Rembrandt、Gravendeel、BELOB和REGOMA试验的多队列胶质瘤样本，以及四个单细胞转录组数据集
74	2025-09-10	NAD+ prevents chronic kidney disease by activating renal tubular metabolism 2025-Mar-10, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.181443 PMID:40059824	研究论文	本研究通过小鼠模型揭示NAD+补充通过激活肾近端小管代谢（特别是脂肪酸氧化）延缓慢性肾脏病进展的机制	首次在Alport综合征模型中结合单核RNA测序和空间转录组学技术，发现NAD+补充对近端小管细胞的特异性保护作用并揭示性别差异	研究基于小鼠模型，人类临床应用效果仍需进一步验证	探究NAD+补充防治慢性肾脏病的分子机制及作用细胞类型	Alport综合征模型小鼠的肾组织及近端小管细胞	代谢组学	慢性肾脏病	RNA测序（bulk RNA-seq、单核RNA-seq）、空间转录组学、正交成像技术、生化检测	NA	转录组数据、空间基因表达数据、生化指标	Alport综合征模型小鼠（未注明具体数量，含两性样本）
75	2025-09-10	Metabolic stress and age drive inflammation and cognitive decline in mice and humans 2025-Mar, Alzheimer's & dementia : the journal of the Alzheimer's Association DOI:10.1002/alz.70060 PMID:40110679	研究论文	本研究探讨代谢应激和年龄如何通过炎症机制导致小鼠和人类认知功能下降	结合小鼠高脂饮食模型和人类尸检样本的空间转录组学与单细胞RNA测序，揭示了代谢应激诱导认知障碍的炎症机制，并发现SPP1基因作为潜在治疗靶点	研究主要基于动物模型和有限的人类尸检样本，可能需要更大样本量验证	阐明代谢应激因素（肥胖、代谢综合征、糖尿病）导致认知障碍的免疫炎症机制	高脂饮食喂养的小鼠模型以及阿尔茨海默病和2型糖尿病患者的死后脑组织	神经科学	阿尔茨海默病和2型糖尿病	空间转录组学、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠模型和人类尸检脑组织样本（具体数量未明确说明）
76	2025-09-10	mTOR signaling regulates multiple metabolic pathways in human lung fibroblasts after TGF-β and in pulmonary fibrosis 2025-Feb-01, American journal of physiology. Lung cellular and molecular physiology DOI:10.1152/ajplung.00189.2024 PMID:39745695	研究论文	本研究探讨mTOR和ATF4在TGF-β处理后的人肺成纤维细胞中调控多种代谢通路的机制及其在肺纤维化中的作用	首次全面揭示mTOR和ATF4不仅调控氨基酸稳态，还影响糖酵解和线粒体电子传递链等代谢途径，并通过单细胞RNA-seq数据验证其在患者肺中的病理相关性	研究主要基于体外细胞模型和公共数据集分析，缺乏直接体内功能验证	阐明mTOR信号通路在肺成纤维细胞代谢重编程中的作用机制	人肺成纤维细胞和特发性肺纤维化(IPF)患者肺组织	分子生物学	肺纤维化	RNA测序(RNA-seq)、代谢组学分析、单细胞RNA-seq数据分析	NA	转录组数据、代谢物数据、单细胞测序数据	人肺成纤维细胞系及公共IPF患者单细胞RNA-seq数据集
77	2025-09-10	CD226 identifies effector CD8+ T cells during tuberculosis and costimulates recognition of Mycobacterium tuberculosis-infected macrophages 2025-Jan-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.22.634303 PMID:39896604	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析揭示了CD226在结核病期间效应CD8+ T细胞识别结核分枝杆菌感染巨噬细胞中的关键共刺激作用	首次发现CD226是区分功能性和耗竭性CD8+ T细胞谱系的最显著差异表达基因，并证实其对抗原识别和效应功能的关键作用	研究仅限于C57BL/6J小鼠模型，未涉及人类样本或其他动物模型	探究慢性结核感染期间肺实质CD8+ T细胞多样性变化及其识别机制	C57BL/6J小鼠的肺实质CD8+ T细胞和结核分枝杆菌感染的巨噬细胞	免疫学	结核病	scRNA-seq, IFNγ-eYFP报告基因系统	NA	单细胞转录组数据	感染6周和41周的C57BL/6J小鼠肺组织样本
78	2025-09-10	Isotope Encoded Spatial Biology Identifies Amyloid Plaque-Age-Dependent Structural Maturation, Synaptic Loss, and Increased Toxicity 2025-Jan-22, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-5829037/v1 PMID:39975899	研究论文	通过同位素编码空间生物学技术研究Aβ斑块年龄依赖性结构成熟、突触损失及毒性增加	结合质谱成像与稳定同位素标记实现Aβ斑块时间戳记，首次实现斑块衰老的空间追踪并与单斑块空间转录组学关联	研究基于Aβ敲入小鼠模型，结果向人类阿尔茨海默病的直接推广需谨慎	阐明阿尔茨海默病中Aβ斑块形成、成熟及神经毒性发展的过程	Aβ敲入小鼠模型中的淀粉样斑块	空间生物学	阿尔茨海默病	质谱成像、稳定同位素标记、空间转录组学、高光谱共聚焦显微镜	NA	质谱成像数据、转录组数据、显微镜图像	10至18月龄个体小鼠脑切片
79	2025-09-10	Rethinking large scale phylogenomics with EukPhylo v1.0, a flexible toolkit to enable phylogeny-informed data curation and analyses of diverse eukaryotic lineages 2025-Jan-21, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.19.607962 PMID:39416055	研究论文	介绍EukPhylo v1.0工具包，用于系统发育信息的数据筛选和真核生物谱系分析	提供模块化、用户友好的流程，通过系统发育信息去除污染并改进真核生命树估计	NA	解决微生物真核生物系统基因组学分析中的挑战，特别是不可培养谱系	真核生物、细菌和古菌的多样物种	生物信息学	NA	单细胞测序、组学分析	NA	基因组序列数据	来自1,000种不同物种的500个保守基因家族
80	2025-09-10	Marker Gene-Guided Graph Neural Networks for Enhanced Spatial Transcriptomics Clustering 2025, AI medicine DOI:10.53941/aim.2025.100001 PMID:40918416	研究论文	提出一种基于标记基因引导的图神经网络方法MGGNN，用于增强空间转录组数据的聚类分析	首次将标记基因的领域知识融入图神经网络框架，通过对比学习和微调策略提升细胞嵌入学习效果	NA	改进空间转录组数据的聚类分析方法	空间转录组数据中的细胞点（spots）	生物信息学	NA	空间转录组技术（Spatial Transcriptomics）	图神经网络（GNN），对比学习框架	基因表达数据，空间位置数据	两个真实数据集（具体数量未说明）