单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
61	2025-06-24	Toolkit for mapping the clonal landscape of tumor-infiltrating B cells 2024-03, Seminars in immunology IF:7.4Q1 DOI:10.1016/j.smim.2024.101864 PMID:38301345	review	本文综述了现有技术，总结了它们在B细胞研究中的应用，并提出了推进B细胞探索的未来方向	提出了一个工具包，用于绘制肿瘤浸润B细胞的克隆景观，并概述了现有技术在B细胞研究中的应用	未提及具体的实验验证或样本量，可能缺乏实证支持	理解和区分B细胞在肿瘤微环境中的不同作用	肿瘤浸润B细胞	digital pathology	NA	单细胞和空间转录组学、基因组学、蛋白质组学、B细胞受体库深度无错误分析	NA	转录组、基因组、蛋白质组数据	NA
62	2025-06-24	Spatial transcriptomics defines injury-specific microenvironments in the adult mouse kidney and novel cellular interactions in regeneration and disease 2023-Nov-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.11.22.568217 PMID:38045285	研究论文	应用单细胞空间转录组学技术研究小鼠肾脏缺血再灌注损伤，揭示损伤特异性和空间依赖性基因表达模式	首次在肾脏损伤研究中应用空间转录组学技术，揭示了损伤特异性微环境及细胞间相互作用	研究仅针对小鼠模型，结果可能不完全适用于人类	解析肾脏损伤后修复和疾病的分子机制	成年小鼠肾脏	空间转录组学	肾脏疾病	单细胞空间转录组学	NA	空间转录组数据	NA
63	2025-06-23	KHDC3 affects the lineage differentiation of early embryo by regulating the differential distribution of YAP signal 2025-Oct-01, Theriogenology IF:2.4Q1 DOI:10.1016/j.theriogenology.2025.117527 PMID:40493978	research paper	研究揭示了KHDC3通过调节YAP信号通路在早期胚胎细胞谱系分化中的作用	首次发现KHDC3通过影响YAP信号通路和皮层肌动蛋白帽的形成来调控早期胚胎细胞的内外分布和谱系分化	KHDC3如何通过肌动蛋白细胞骨架影响YAP信号通路的具体机制尚未完全阐明	探究KHDC3在早期胚胎发育中的作用机制	早期胚胎细胞	发育生物学	妊娠滋养细胞疾病	单细胞转录组分析、基因敲除	NA	基因表达数据	早期胚胎细胞（从2细胞期到囊胚期）
64	2025-06-23	Single-cell analysis of proximal tubular cells with different DNA content reveals functional heterogeneity in the acute kidney injury to chronic kidney disease transition 2025-Jul, Kidney international IF:14.8Q1 DOI:10.1016/j.kint.2025.03.025 PMID:40268163	研究论文	通过单细胞RNA测序分析不同DNA含量的近端肾小管上皮细胞，揭示其在急性肾损伤向慢性肾病转变中的功能异质性	发现不同DNA含量的近端肾小管上皮细胞具有独特的转录组特征，特别是多倍体细胞在促纤维化和促炎症簇中的富集，以及SPP1在促进肾纤维化中的关键作用	研究仅关注了缺血再灌注损伤后的特定时间点（第3天和第14天），可能未涵盖AKI-to-CKD转变的所有阶段	探究不同DNA含量的近端肾小管上皮细胞在急性肾损伤向慢性肾病转变中的异质性和功能	近端肾小管上皮细胞	单细胞分析	肾病	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	缺血再灌注损伤后第3天和第14天的近端肾小管上皮细胞
65	2025-06-23	Increased inflammation as well as decreased endoplasmic reticulum stress and translation differentiate pancreatic islets from donors with pre-symptomatic stage 1 type 1 diabetes and non-diabetic donors 2025-Jul, Diabetologia IF:8.4Q1 DOI:10.1007/s00125-025-06417-3 PMID:40457096	研究论文	本研究通过蛋白质组学方法比较了1型糖尿病前期患者与非糖尿病捐赠者的胰岛蛋白质变化，揭示了胰岛功能障碍的潜在机制	首次在人类胰岛素分泌β细胞中发现了1型糖尿病前期阶段的分子变化，包括免疫反应增强和内质网应激及蛋白质翻译减少	样本量较小（mAAb+组n=3，ND组n=3），且存在较大的个体间差异	识别1型糖尿病前期阶段胰岛β细胞功能障碍的分子通路	胰岛自身抗体阳性的器官捐赠者（AAb+）与非糖尿病（ND）对照捐赠者的胰岛组织	蛋白质组学	1型糖尿病	激光显微切割、质谱（MS）蛋白质组学、无标记定量分析	NA	蛋白质组数据	AAb+组5例（其中mAAb+亚组3例），ND对照组5例（匹配分析用3例）
66	2025-06-23	Deciphering the Regulatory Networks of the Migrasome-Associated Cell Subpopulation in Heterotopic Ossification via Multi-Omics Analysis 2025-Jun-30, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202500965R PMID:40540299	研究论文	通过多组学分析揭示异位骨化中迁移体相关细胞亚群的调控网络	首次鉴定出迁移体相关细胞亚群MLin及关键分子Ppib和Tagln，并构建了其调控网络和空间分布模式	研究主要基于生物信息学分析，实验验证部分有待进一步加强	阐明异位骨化的关键生物分子网络及其调控机制	异位骨化中的迁移体相关细胞亚群及其调控网络	多组学分析	异位骨化	单细胞转录组、批量转录组、空间转录组、hdWGCNA、机器学习	hdWGCNA	转录组数据	来自GEO数据库的多个数据集及临床样本
67	2025-06-23	Integrating Single-Cell and Experimental Analyses Uncover Macrophage Ferroptosis Is a Key Event in the Development of Chronic Obstructive Pulmonary Disease 2025-Jun-30, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202501120R PMID:40542598	研究论文	通过整合单细胞和实验分析，揭示了巨噬细胞铁死亡是慢性阻塞性肺疾病发展的关键事件	首次结合单细胞测序和实验分析，明确了巨噬细胞铁死亡在COPD发展中的关键作用	研究主要基于小鼠模型和细胞系，人类样本验证有限	探究巨噬细胞铁死亡在COPD发病机制中的作用	巨噬细胞、COPD患者和小鼠模型	生物医学研究	慢性阻塞性肺疾病	单细胞测序、免疫荧光、免疫组化、qRT-PCR、Western blotting	小鼠COPD模型	基因表达数据、蛋白质表达数据、单细胞测序数据	公共数据库GSE171541和GSE173896的单细胞数据、RAW264.7细胞系、BMDM细胞系和COPD小鼠模型
68	2025-06-23	TSC22 domain family member 3 links natural killer cells to CD8+ T cell-mediated drug hypersensitivity 2025-Jun-21, Signal transduction and targeted therapy IF:40.8Q1 DOI:10.1038/s41392-025-02300-0 PMID:40544157	research paper	该研究探讨了TSC22D3在自然杀伤细胞（NK细胞）与CD8+ T细胞介导的药物过敏反应中的关键作用	揭示了TSC22D3通过调控NK细胞功能，影响CD8+ T细胞介导的免疫反应，为药物过敏反应提供了新的机制解释	研究主要基于DHS患者和小鼠模型，结果在其他类型的SCARs中的普适性尚待验证	探索药物过敏反应（特别是DHS）的免疫学机制	DHS患者、dapsone耐受个体及小鼠模型	免疫学	药物过敏反应	单细胞RNA测序	小鼠模型	基因表达数据	DHS患者与dapsone耐受个体的比较研究
69	2025-06-23	Cytoskeletal-related genes function as checkpoints for the maintenance of VSMC contractile phenotype and prevent pathological remodeling in arterial diseases 2025-Jun-20, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2025.05.065 PMID:40516911	研究论文	本研究构建了一个跨物种整合模型，研究血管平滑肌细胞（VSMC）在动脉疾病中的表型转换，并验证了细胞骨架相关基因在维持VSMC收缩表型及防止病理重塑中的关键作用	首次揭示了细胞骨架相关基因（Fblim1、Tns1和Synpo2）作为VSMC表型转换的检查点，在动脉病理重塑中的关键作用	研究主要依赖于公共单细胞RNA-seq数据集和动物模型，尚未在人类临床样本中进行验证	探究VSMC表型转换的分子机制，为动脉疾病提供新的治疗策略	血管平滑肌细胞（VSMC）	分子生物学	动脉疾病（包括动脉粥样硬化和主动脉瘤）	单细胞RNA-seq、siRNA介导的基因敲除、腺病毒介导的基因过表达	跨物种整合模型	RNA-seq数据	公共单细胞RNA-seq数据集、实验动物动脉瘤样本和PDGF-BB处理的VSMCs
70	2025-06-23	Colorectal cancer cell line-derived organoid model with stem cell properties captures the regrowing state of residual cancer cells after neoadjuvant chemotherapy 2025-Jun-20, Cell death discovery IF:6.1Q1 DOI:10.1038/s41420-025-02567-w PMID:40537472	研究论文	本研究建立了一种具有干细胞特性的结直肠癌细胞系衍生的类器官模型，用于模拟新辅助化疗后残留癌细胞的再生状态	首次利用患者来源的细胞系建立了具有癌症干细胞特性的类器官再生模型，并揭示了残留癌细胞向再生状态转变的关键信号通路	研究仅基于单一患者来源的细胞系，可能需要更多样本验证结果的普适性	探索针对耐受药物的残留癌细胞的结直肠癌治疗新靶点	结直肠癌细胞系衍生的类器官模型	癌症研究	结直肠癌	单细胞RNA测序	类器官模型	基因表达数据	患者来源的细胞系
71	2025-06-23	Quantitative measurement of phenotype dynamics during cancer drug resistance evolution using genetic barcoding 2025-Jun-20, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-59479-7 PMID:40541962	研究论文	本文提出了一种数学框架，通过遗传谱系追踪和种群大小数据推断癌症耐药性动态，无需直接测量耐药表型	开发了一种无需直接测量耐药表型即可推断耐药性动态的数学框架，并通过实验验证了其准确性	未明确说明该框架在其他癌症类型或药物中的适用性	研究癌症耐药性演化的动态机制	结直肠癌细胞系SW620和HCT116	癌症研究	结直肠癌	遗传谱系追踪、scRNA-seq、scDNA-seq	数学框架	遗传数据、种群大小数据	两种结直肠癌细胞系（SW620和HCT116）
72	2025-06-23	ISCU-p53 axis orchestrates macrophage polarization to dictate immunotherapy response in esophageal squamous cell carcinoma 2025-Jun-20, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-025-07787-7 PMID:40541964	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了食管鳞状细胞癌（ESCC）中肿瘤微环境（TME）的异质性，并发现ISCU-p53轴在调控巨噬细胞极化中的关键作用	首次揭示了ISCU通过p53依赖的方式促进M2巨噬细胞极化，并提出了靶向ISCU作为改善ESCC免疫治疗疗效的新策略	研究主要基于单细胞RNA测序数据，需要进一步的体内外实验验证	探索ESCC肿瘤微环境中免疫异质性及其对免疫治疗反应的影响机制	食管鳞状细胞癌患者的肿瘤微环境和免疫细胞	肿瘤免疫学	食管鳞状细胞癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	接受PD-1抑制剂治疗的部分缓解（PR）、疾病稳定（SD）患者及未接受术前治疗的手术患者
73	2025-06-23	The critical role of PDGFRa + Sca1 + fibroblasts in angiogenesis and vascular repair in the corpus cavernosum 2025-Jun-20, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1 DOI:10.1186/s13287-025-04434-y PMID:40542354	research paper	该研究揭示了PDGFRa + Sca1 + 成纤维细胞在阴茎海绵体血管生成和修复中的关键作用	首次发现并证实PDGFRa + Sca1 + 成纤维细胞具有分化为内皮细胞和平滑肌细胞的潜能，并参与血管修复	研究主要基于动物模型，尚未在人体中进行验证	探索成纤维细胞在勃起功能障碍发病机制中的作用	糖尿病诱导和海绵体神经损伤诱导的勃起功能障碍动物模型	digital pathology	erectile dysfunction	scRNA-seq, spatial transcriptomics, multiplexed immunofluorescence	NA	RNA sequencing data, imaging data	动物模型样本（具体数量未提及）
74	2025-06-23	Human induced neural progenitor cells generated from three-dimensional aggregate-based culture significantly improve post-stroke recovery in tMCAO mice 2025-Jun-20, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1 DOI:10.1186/s13287-025-04433-z PMID:40542444	研究论文	本文开发了一种基于3D聚集体的高效诱导神经祖细胞（iNPCs）生产方法，并在小鼠模型中验证了其对脑缺血性卒中后恢复的治疗潜力	开发了一种可扩展、稳定且高效的3D聚集体培养方法，避免了有害的细胞解离和重铺过程，并通过单细胞RNA测序揭示了iNPCs的亚群及其多效性治疗潜力	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类临床试验中验证其效果	开发一种高效的iNPCs生产方法，并评估其在脑缺血性卒中治疗中的潜力	诱导神经祖细胞（iNPCs）和短暂性大脑中动脉闭塞（tMCAO）小鼠模型	再生医学	脑缺血性卒中	单细胞RNA测序	tMCAO小鼠模型	基因表达数据	三个iPSC细胞系
75	2025-06-23	Integrating multi-omics data to optimize immunotherapy in endometrial cancer: a comprehensive study 2025-Jun-20, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02978-2 PMID:40540226	研究论文	本研究通过整合多组学数据，探讨了影响子宫内膜癌患者免疫治疗反应的因素，并优化了免疫治疗策略	结合多组学数据和多种计算框架，揭示了基因组变异和肿瘤相关巨噬细胞对免疫治疗反应的影响	研究依赖于公开数据库的数据，可能受到数据质量和样本量的限制	优化子宫内膜癌患者的免疫治疗策略	子宫内膜癌患者	数字病理学	子宫内膜癌	多组学数据分析、scRNA-seq、体细胞突变分析、CNV分析	TIDE、EaSIeR、ImmunoPhenoScore、ESTIMATE、TIMER、EPIC、Scissor算法	多组学数据、单细胞RNA测序数据	公开数据库中的子宫内膜癌患者数据
76	2025-06-23	SOX11 and GLIS2: Novel Biomarkers for Understanding the Progression of Oral Leukoplakia 2025-Jun-20, International dental journal IF:3.2Q1 DOI:10.1016/j.identj.2025.100872 PMID:40543136	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和大块RNA测序数据，探讨口腔白斑病（LP）的转录调控机制，并鉴定SOX11和GLIS2作为LP特异性分子标记物	首次发现SOX11和GLIS2作为LP特异性分子标记物，并揭示其通过调节EMT和血管生成影响病变发展的机制	研究样本量有限，且未进行功能性实验验证SOX11和GLIS2的具体作用机制	探究口腔白斑病进展的分子机制并寻找潜在生物标志物	口腔白斑病组织和口腔鳞状细胞癌（OSCC）样本	数字病理学	口腔癌	单细胞RNA测序, 大块RNA测序, 免疫组化染色	NA	RNA测序数据, 临床生存数据	口腔白斑病组织和TCGA数据库中的OSCC样本
77	2025-06-23	Integrative multi-omics and machine-learning approaches uncover a novel metabolic-related signature associated with cancer-associated fibroblasts in gastric cancer development 2025-Jun-20, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.110653 PMID:40543274	研究论文	本研究通过整合多组学和机器学习方法，揭示了胃癌发展中与癌症相关成纤维细胞相关的新型代谢特征	首次将机器学习应用于胃癌代谢组学数据分析，发现与癌症相关成纤维细胞CAF_6簇相关的基因特征与患者较差生存率显著相关	研究主要基于回顾性数据分析，需要进一步实验验证CAF_6的具体作用机制	探索胃癌发展中与癌症相关成纤维细胞相关的代谢特征及其预后价值	胃癌组织和相关细胞类型（特别是癌症相关成纤维细胞CAF_6）	数字病理学	胃癌	微阵列、bulk RNA-seq、单细胞RNA测序(scRNA-seq)	机器学习	基因表达数据	使用GSE15459和GSE26253作为外部验证队列，TCGA-STAD患者数据用于预后分析
78	2025-06-23	Gap junction protein beta 5 interacts with Gαi3 to promote Akt activation and cervical cancer cell growth 2025-Jun-19, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-025-07768-w PMID:40537499	research paper	本研究探讨了间隙连接蛋白β5（GJB5）在宫颈癌中的表达及其功能意义，揭示了GJB5通过Gαi3促进Akt激活和宫颈癌细胞生长的机制	发现了GJB5与Gαi3之间的新型相互作用，揭示了GJB5通过Gαi3介导Akt激活的关键作用	研究主要基于体外和动物模型，临床转化仍需进一步验证	探索宫颈癌的新型治疗靶点	宫颈癌细胞和肿瘤组织	癌症生物学	宫颈癌	shRNA、CRISPR/Cas9基因敲除、单细胞RNA测序	xenograft模型	mRNA表达数据、蛋白质相互作用数据	TCGA数据库中的宫颈癌组织样本、原代人类宫颈癌细胞
79	2025-06-23	scExtract: leveraging large language models for fully automated single-cell RNA-seq data annotation and prior-informed multi-dataset integration 2025-Jun-19, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03639-x PMID:40537825	研究论文	介绍了一个名为scExtract的框架，利用大型语言模型自动化单细胞RNA测序数据分析，从预处理到注释和整合	利用大型语言模型自动化scRNA-seq数据分析，并引入scanorama-prior和cellhint-prior方法，整合先验注释信息以改进批次校正	NA	自动化单细胞RNA测序数据分析，提高公共未注释数据集的利用率	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	大型语言模型	单细胞RNA测序数据	440,000个细胞，整合了14个数据集
80	2025-06-23	Single-Cell RNA Sequencing Identifies a Unique ZEB2-Regulated Clec4d+ Macrophage State Contributing to Early Inflammatory Injury in Cardiac Hypertrophy 2025-Jun-19, European journal of pharmacology IF:4.2Q1 DOI:10.1016/j.ejphar.2025.177867 PMID:40543740	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，识别了一种由ZEB2调控的Clec4d+巨噬细胞状态，该状态在心脏肥大的早期炎症损伤中起关键作用	首次发现Clec4d+巨噬细胞状态在心脏肥大早期炎症中的作用，并确定ZEB2为其关键调控因子	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类样本中验证	探究巨噬细胞在心脏肥大早期炎症中的调控机制	心脏组织中的巨噬细胞	单细胞测序	心血管疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq), ChIP-seq	NA	单细胞RNA测序数据	25,328个单细胞来自横主动脉缩窄(TAC)诱导的心脏肥大小鼠模型