单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
61	2025-05-24	Single-cell RNA-seq identifies protracted mouse germline X chromosome reactivation dynamics directed by a PRC2-dependent mechanism 2025-05-05, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.12.028 PMID:39798575	研究论文	通过单细胞RNA测序和染色质分析，研究了小鼠原始生殖细胞中X染色体再激活的动态过程及其机制	首次在单细胞水平上精确评估了X染色体再激活的动力学，并揭示了PRC2依赖的机制在促进女性减数分裂中的作用	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类或其他哺乳动物中验证	探究女性原始生殖细胞中X染色体再激活的分子机制及其与生殖细胞性别二态性的关系	小鼠胚胎中的原始生殖细胞和性腺生殖细胞	基因组学	NA	单细胞RNA测序、染色质分析	NA	RNA-seq数据、染色质数据	从小鼠胚胎的迁移期原始生殖细胞到性腺生殖细胞
62	2025-05-24	Stemness in flux: Dissecting intestinal crypt organization with multimodal approaches 2025-05-05, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2025.04.003 PMID:40328226	research paper	通过整合谱系追踪、单细胞RNA测序和数学模型，揭示了隐窝基底干细胞在分泌和吸收谱系决定中的核心作用	结合多种方法揭示隐窝基底Lgr5细胞在维持肠道上皮稳态中的核心作用	NA	研究隐窝组织中干细胞在谱系决定中的作用	肠道隐窝基底干细胞	developmental biology	NA	lineage tracing, single-cell RNA sequencing, mathematical modeling	NA	RNA-seq data	NA
63	2025-05-24	Single-Cell Transcriptomics Uncovers Core Signature for Regulating Mitochondrial Homeostasis During Testicular Ageing 2025-May, Cell proliferation IF:5.9Q2 DOI:10.1111/cpr.13797 PMID:39731228	research paper	该研究通过单细胞转录组学揭示了睾丸衰老过程中线粒体稳态调控的核心特征	首次在果蝇模型中利用单细胞RNA测序技术揭示了睾丸衰老过程中线粒体功能失调的特征及其调控机制	研究仅基于果蝇模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探索睾丸衰老过程中线粒体稳态的调控机制	年轻和年老果蝇的睾丸组织	单细胞转录组学	生殖系统衰老	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	年轻和年老果蝇睾丸样本
64	2025-05-24	Microglial mechanisms drive amyloid-β clearance in immunized patients with Alzheimer's disease 2025-May, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/s41591-025-03574-1 PMID:40050704	研究论文	本文利用空间转录组学探究了阿尔茨海默病（AD）患者中淀粉样蛋白-β（Aβ）免疫治疗后的清除机制	揭示了不同免疫方法下小胶质细胞状态的差异及其与Aβ清除的关系，并发现了TREM2和APOE的上调与抗体反应及Aβ清除的正相关性	研究样本量有限，且仅针对特定免疫治疗方法（如lecanemab）	探究Aβ免疫治疗后AD患者脑中Aβ清除的分子机制	AD患者（免疫治疗与非免疫治疗）及神经健康对照者	神经科学	阿尔茨海默病	空间转录组学、单细胞RNA测序	NA	转录组数据	免疫治疗AD患者、非免疫治疗AD患者及健康对照者
65	2025-05-24	Spatially resolved mapping of cells associated with human complex traits 2025-May, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-08757-x PMID:40108460	research paper	该研究提出了一种名为gsMap的方法，通过整合空间转录组数据和全基因组关联研究的摘要统计，以空间分辨率的方式将细胞与人类复杂性状（包括疾病）进行映射	提出了一种新的方法gsMap，能够将空间转录组数据与GWAS摘要统计相结合，实现复杂性状相关细胞的空间定位	研究主要基于胚胎空间转录组数据集，可能无法完全反映成人组织的复杂性	开发一种能够在空间分辨率下定位与人类复杂性状相关细胞的方法	人类复杂性状相关细胞的空间分布	基因组学	精神分裂症, 抑郁症	空间转录组学, GWAS	NA	空间转录组数据, GWAS摘要统计	覆盖25个器官的胚胎空间转录组数据集
66	2025-05-24	Single-Cell and Spatial Transcriptomics Reveals a Stereoscopic Response of Rice Leaf Cells to Magnaporthe oryzae Infection 2025-May, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202416846 PMID:40123572	研究论文	通过单细胞和空间转录组学技术，揭示了水稻叶片细胞对稻瘟病菌感染的三维响应	首次利用单细胞和空间转录组学技术，构建了水稻叶片的全面图谱，揭示了细胞特异性和多维度的免疫响应	研究仅针对水稻叶片细胞，未涉及其他组织或植物种类	探究水稻叶片细胞对稻瘟病菌感染的免疫响应机制	水稻叶片细胞	植物病理学	稻瘟病	单细胞转录组学、空间转录组学	NA	转录组数据	236708个单细胞转录组
67	2025-05-24	Halofuginone Disrupted Collagen Deposition via mTOR-eIF2α-ATF4 Axis to Enhance Chemosensitivity in Ovarian Cancer 2025-May, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202416523 PMID:40126173	research paper	该研究探讨了癌症相关成纤维细胞（CAFs）与细胞外基质（ECM）的相互作用如何影响卵巢癌的进展、转移和治疗抵抗，并发现Halofuginone（HF）通过mTOR-eIF2α-ATF4轴抑制COL1A1产生，从而增强化疗敏感性	首次发现HF通过mTOR-eIF2α-ATF4轴抑制COL1A1产生，并揭示其通过破坏胶原沉积和促进CD8+ T细胞浸润增强化疗敏感性的机制	研究主要基于单细胞RNA-seq数据，可能需要在更多临床样本中验证HF的治疗效果	探索靶向ECM重塑以增强卵巢癌化疗敏感性的策略	卵巢癌中的癌症相关成纤维细胞（CAFs）和细胞外基质（ECM）	癌症研究	卵巢癌	单细胞RNA-seq（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	NA
68	2025-05-24	PRMT1 Ablation in Endothelial Cells Causes Endothelial Dysfunction and Aggravates COPD Attributable to Dysregulated NF-κB Signaling 2025-May, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202411514 PMID:40135804	研究论文	本研究探讨了PRMT1在内皮细胞中的作用，特别是在慢性阻塞性肺病（COPD）发病机制中的角色	揭示了PRMT1作为肺内皮细胞功能的关键调节因子，防止NF-κB驱动的内皮功能障碍和衰老	研究主要基于小鼠模型，人类内皮细胞中的PRMT1作用仍需进一步验证	探究PRMT1在内皮细胞中的功能及其在COPD发病机制中的作用	内皮细胞和慢性阻塞性肺病（COPD）模型	分子生物学	慢性阻塞性肺病（COPD）	RNA测序（bulk RNA sequencing和single-cell RNA sequencing）	内皮特异性PRMT1敲除小鼠	基因表达数据	未明确说明样本数量，使用了小鼠模型和肺内皮细胞
69	2025-05-24	KLRG1 identifies regulatory T cells with mitochondrial alterations that accumulate with aging 2025-May, Nature aging IF:17.0Q1 DOI:10.1038/s43587-025-00855-9 PMID:40307497	研究论文	本文基于单细胞RNA测序数据，提出了一种流式细胞术面板，用于识别小鼠中与年龄相关的T细胞亚群，并评估了这些亚群的线粒体和衰老标志	发现了一种表达KLRG1的调节性T细胞亚群，该亚群随衰老在人类和小鼠中积累，并表现出线粒体改变等衰老特征	研究主要基于小鼠模型，人类数据的验证可能有限	探究与年龄相关的T细胞亚群在衰老过程中的作用	CD4 T细胞亚群，特别是表达KLRG1的调节性T细胞	免疫学	衰老相关疾病	单细胞RNA测序，流式细胞术	NA	单细胞RNA测序数据，流式细胞术数据	小鼠和人类样本（具体数量未提及）
70	2025-05-24	Single-Cell RNA and Transcriptome Sequencing to Analyze the Role of Lactate Metabolism in Traumatic Brain Injury Astrocytes 2025-May, Brain and behavior IF:2.6Q3 DOI:10.1002/brb3.70428 PMID:40395067	research paper	通过单细胞RNA和转录组测序分析乳酸代谢在创伤性脑损伤（TBI）星形胶质细胞中的作用	首次在单细胞水平上探索TBI后乳酸代谢在脑细胞中的角色，并鉴定出与TBI相关的乳酸代谢关键基因Ndufb9和Cox8a	研究仅使用小鼠模型，结果是否适用于人类仍需进一步验证	探索创伤性脑损伤后乳酸代谢在脑细胞中的作用	10周龄雄性C57BL/6J小鼠的额叶皮层组织	digital pathology	traumatic brain injury	scRNA-seq, transcriptome sequencing	NA	single-cell RNA sequencing data	C57BL/6J小鼠（具体数量未明确说明）
71	2025-05-24	Optineurin Cooperates With NRF2 to Regulate Tooth Root Morphogenesis by Controlling Mitochondrial Dynamics and Apoptosis 2025-May, Cell proliferation IF:5.9Q2 DOI:10.1111/cpr.13799 PMID:39762159	research paper	研究OPTN与NRF2在牙齿根部形态发生中的作用，特别是通过调控线粒体动力学和细胞凋亡来影响牙本质发育	首次揭示了OPTN通过与NRF2合作调控线粒体分裂和细胞凋亡，从而在牙齿根部发育中发挥关键作用	研究主要基于小鼠模型，人类牙齿样本的应用仍需进一步验证	探究OPTN在牙齿根部发育中的具体作用机制	小鼠和人类的牙齿组织，特别是根尖乳头干细胞（SCAPs）	发育生物学	牙齿发育异常	单细胞测序、RNA-seq分析、体外和离体器官培养	小鼠模型	基因表达数据、细胞表型数据	胚胎期16.5天（E16.5）、出生后1天（P1）和P7的小鼠牙齿，以及胚胎和成人的人类牙齿样本
72	2025-05-24	Single-Cell RNA Sequencing of the Primary Visual Cortex in Mice With Optic Nerve Injury 2025-May-01, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1 DOI:10.1167/iovs.66.5.31 PMID:40408096	research paper	通过单细胞RNA测序研究小鼠视神经损伤后初级视皮层（V1区）的损伤变化及胶质细胞异质性	首次利用scRNA-seq技术揭示视神经损伤后V1区胶质细胞的异质性及其在神经炎症中的关键分支	研究仅针对小鼠模型，结果是否适用于人类尚需进一步验证	探究视神经损伤后V1区的损伤机制及胶质细胞的作用	小鼠初级视皮层（V1区）的胶质细胞（星形胶质细胞和小胶质细胞）	digital pathology	optic nerve injury	scRNA-seq, H&E染色, 免疫荧光染色, qPCR, Western blot	NA	RNA测序数据, 图像数据	小鼠V1区单细胞悬液
73	2025-05-24	An integrated analysis of scRNA-seq and RNA-seq data revealed metastasis-related regulators as prognostic indicators in lung adenocarcinoma 2025-Apr-30, Journal of thoracic disease IF:2.1Q3 DOI:10.21037/jtd-2025-482 PMID:40400936	research paper	通过整合单细胞RNA测序(scRNA-seq)和批量RNA测序(RNA-seq)数据，开发了一个预测肺腺癌(LUAD)患者预后的创新模型	整合scRNA-seq和RNA-seq数据，识别与转移相关的调控基因作为预后指标	未提及样本量是否足够大以验证模型的普遍适用性	开发预测肺腺癌(LUAD)患者预后的列线图	肺腺癌(LUAD)患者	digital pathology	lung cancer	scRNA-seq, RNA-seq, WGCNA	prognostic model	RNA sequencing data	NA
74	2025-05-24	Single-cell analysis and machine learning-based integration develop an immune-responsive signature of antigen-presenting cancer-associated fibroblasts in lung adenocarcinoma 2025-Apr-30, Journal of thoracic disease IF:2.1Q3 DOI:10.21037/jtd-2024-2015 PMID:40400942	研究论文	本研究通过单细胞分析和机器学习整合，开发了一种与抗原呈递癌症相关成纤维细胞（apCAFs）相关的免疫反应特征，用于预测肺腺癌（LUAD）中免疫检查点抑制剂（ICIs）的疗效	发现了一种新型的具有巨噬细胞样特征的apCAFs亚群，其特征是表达MHC II类分子、CD74和共刺激分子（CD80、CD86、CD83和CD40），这一亚群与ICIs的疗效显著相关	apCAFs的丰度在个体间存在差异，可能影响预测模型的普适性	识别与ICIs疗效相关的CAF亚群，并开发预测模型以指导肺腺癌患者的治疗策略	肺腺癌（LUAD）样本中的癌症相关成纤维细胞（CAFs）	数字病理学	肺腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、机器学习	机器学习驱动的方法	RNA测序数据	多个肺腺癌数据集中的样本
75	2025-05-24	Rigor and Reproducibility of Spatial Transcriptomics Performed on Clinically Sourced Human Tissues 2025-Apr-29, Laboratory investigation; a journal of technical methods and pathology DOI:10.1016/j.labinv.2025.104190 PMID:40311874	研究论文	本研究评估了空间转录组学技术在临床来源的人类组织中的严谨性和可重复性，重点关注数字空间分析和单分子成像平台的性能	首次系统评估数字空间分析技术在临床样本中的表现，并与新型单细胞分辨率平台进行性能比较	研究主要集中于肾脏组织，可能不适用于其他组织类型	评估空间转录组学技术在临床研究和诊断中的应用潜力	临床来源的人类肾脏组织和活检样本	空间转录组学	肾脏疾病	数字空间分析(DSP)和单分子成像	NA	基因表达数据	临床来源的人类肾脏组织和活检样本(具体数量未提及)
76	2025-05-24	Glutathione accelerates the cell cycle and cellular reprogramming in plant regeneration 2025-04-21, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.12.019 PMID:39755116	研究论文	研究谷胱甘肽在植物再生过程中加速细胞周期和细胞重编程的作用	发现谷胱甘肽在G1期细胞中短暂核内积累，促进细胞快速进入S期并加速细胞重编程	研究主要基于拟南芥根部细胞，在其他植物组织中的普适性有待验证	探究细胞周期动态在细胞重编程中的作用机制	拟南芥根部细胞	植物细胞生物学	NA	单细胞RNA测序、活体成像	NA	基因表达数据、影像数据	拟南芥根部细胞(具体数量未说明)
77	2025-05-24	Unlocking plant regeneration: The role for glutathione 2025-04-21, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2025.03.012 PMID:40262524	research paper	本文揭示了谷胱甘肽（GSH）在植物再生中的关键作用，通过促进细胞周期转换加速器官再生	首次发现GSH在植物组织损伤后释放，并通过缩短G1期加速细胞周期，从而促进器官再生	NA	探究植物再生过程中GSH的作用机制	植物再生过程中的细胞周期调控	植物发育生物学	NA	scRNA-seq, 活体成像	NA	RNA序列数据, 图像数据	NA
78	2025-05-24	[Public Database-based Study to Explore the Expression and Role of DDB1  in Lung Adenocarcinoma] 2025-Apr-20, Zhongguo fei ai za zhi = Chinese journal of lung cancer DOI:10.3779/j.issn.1009-3419.2025.102.12 PMID:40404474	research paper	本研究通过公共数据库分析探讨了DDB1在肺腺癌中的表达及其作用	首次系统分析了DDB1在肺腺癌中的表达模式、临床意义及免疫微环境调控作用	研究主要基于公共数据库数据，需要更多实验验证DDB1的具体作用机制	探究DDB1在肺腺癌中的表达特征及其临床意义	肺腺癌患者样本及公共数据库数据	digital pathology	lung cancer	基因表达分析、单细胞测序、组织微阵列	NA	基因表达数据、临床数据	公共数据库中的肺腺癌样本及组织微阵列验证样本
79	2025-05-24	Evaluating genetic-ancestry inference from single-cell RNA-seq data 2025-Mar-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.25.645175 PMID:40196550	research paper	该研究提出了一个评估从单细胞RNA测序数据推断遗传祖先方法的框架	提出了一个评估遗传祖先推断方法的框架，并验证了现有工具在单细胞RNA测序数据中的准确性	研究中使用的遗传多态性数量有限，且单细胞RNA测序的变异检测不完美	评估从单细胞RNA测序数据推断遗传祖先的方法，以确保数据集的遗传同质性和人类遗传多样性的代表性	196名来自人类细胞图谱四个单细胞RNA测序数据集的捐赠者	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	ADMIXTURE	RNA测序数据	196名捐赠者
80	2025-05-24	Mucosal Macrophages Govern Intestinal Regeneration in Response to Injury 2025-Mar-12, Gastroenterology IF:25.7Q1 DOI:10.1053/j.gastro.2025.01.252 PMID:40086603	研究论文	本研究揭示了巨噬细胞在辐射诱导的肠炎中促进肠道再生的关键作用	首次发现巨噬细胞通过分泌neuregulin 1和osteopontin等关键分子促进肠道干细胞区室周围的上皮细胞胎儿样重编程和增殖	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证仍需进一步扩展	阐明辐射性肠炎中肠道再生程序的激活机制	小鼠和人类肠道类器官与巨噬细胞的互作	免疫学与再生医学	辐射性肠炎	RNA-seq、单细胞RNA-seq、细胞轨迹分析	小鼠辐射损伤模型、人源类器官共培养系统	基因表达数据、影像数据	NA