单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
61	2025-05-19	Peripartum dapagliflozin improves late-life maternal cardiovascular outcomes in a murine model of superimposed preeclampsia 2025-Mar-29, American journal of obstetrics and gynecology IF:8.7Q1 DOI:10.1016/j.ajog.2025.03.035 PMID:40164294	研究论文	本研究探讨了在妊娠期和产后立即使用SGLT2抑制剂达格列净对叠加子痫前期小鼠模型的短期和长期心血管及产科效果的影响	首次在叠加子痫前期的BPH/2J小鼠模型中测试了SGLT2抑制剂达格列净在妊娠期和产后立即使用对心血管参数的改善作用，并揭示了其分子机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类临床试验中验证	评估SGLT2抑制剂达格列净在妊娠期和产后立即使用对叠加子痫前期小鼠心血管和产科结局的影响	BPH/2J小鼠模型	心血管疾病研究	子痫前期	连续超声心动图、空间转录组学、Masson三色染色	BPH/2J小鼠模型	生理参数、组织病理学、转录组数据	BPH/2J怀孕小鼠，具体数量未明确说明
62	2025-05-19	Co-regulator activity of Mediator of DNA Damage Checkpoint 1 (MDC1) is associated with DNA repair dysfunction and PARP inhibitor sensitivity in lobular carcinoma of the breast 2025-Mar-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.10.29.564555 PMID:39677775	研究论文	本文研究了乳腺浸润性小叶癌(ILC)中DNA损伤检查点中介蛋白1(MDC1)的共调节活性与其DNA修复功能障碍及PARP抑制剂敏感性的关联	发现MDC1在ILC细胞中具有独特的共调节活性，导致同源重组(HR)功能障碍但不伴随典型的DNA修复缺陷特征，并证实这种HR功能障碍可通过PARP抑制剂靶向治疗	未明确MDC1共调节ER的具体分子机制	探究ILC中MDC1的共调节活性与DNA修复功能障碍的关系及其治疗潜力	乳腺浸润性小叶癌(ILC)细胞	癌症生物学	乳腺癌	单细胞转录组分析、DNA修复活性分析、互作组分析	NA	转录组数据、功能实验数据	多个ILC异种移植模型
63	2025-05-19	Disruption of GPSM1/CSF1 signaling reprograms tumor-associated macrophages to overcome anti-PD-1 resistance in colorectal cancer 2025-Feb-25, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-010826 PMID:40010765	研究论文	该研究揭示了GPSM1/CSF1信号在调节结直肠癌肿瘤微环境中的作用，并提出了克服抗PD-1耐药的新策略	首次发现GPSM1通过驱动巨噬细胞向免疫抑制性M2表型极化促进抗PD-1耐药，并鉴定出USP9X作为稳定GPSM1的关键因子	研究主要基于小鼠模型和体外实验，临床转化效果尚需进一步验证	探究GPSM1在结直肠癌抗PD-1耐药中的作用机制并寻找新的治疗靶点	结直肠癌患者样本和小鼠模型	肿瘤免疫学	结直肠癌	单细胞RNA测序、多重免疫荧光、质谱流式细胞术、流式细胞术、ChIP-PCR、免疫共沉淀	原位结直肠癌异种移植小鼠模型	RNA测序数据、蛋白质组数据、细胞图像数据	抗PD-1耐药结直肠癌患者肿瘤样本及C57BL/6小鼠模型
64	2025-05-19	Infants display reduced NK cell responses in RSV and increased inflammatory responses in SARS-CoV-2 infections 2025-Jan-13, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-5640872/v1 PMID:39877087	研究论文	该研究通过单细胞转录组学、表观基因组学和细胞因子分析，比较了婴儿在RSV和SARS-CoV-2感染中的免疫反应差异	揭示了RSV和SARS-CoV-2感染在婴儿中引发的不同免疫反应模式，特别是NK细胞反应和炎症反应的差异	样本量相对较小（RSV 19例，SARS-CoV-2 30例，健康对照17例），且仅分析了血液样本	比较婴儿在RSV和SARS-CoV-2感染中的免疫反应差异	婴儿（中位年龄2.3个月）的血液样本	免疫学	呼吸道感染	单细胞转录组学、表观基因组学、细胞因子分析	NA	单细胞转录组数据、表观基因组数据、细胞因子数据	RSV感染19例，SARS-CoV-2感染30例，健康对照17例
65	2025-05-19	Randomized Spatial PCA (RASP): a computationally efficient method for dimensionality reduction of high-resolution spatial transcriptomics data 2024-Dec-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.20.629785 PMID:39763720	research paper	本文提出了一种名为随机空间PCA（RASP）的计算高效降维方法，用于处理高分辨率空间转录组数据	RASP是一种新型的空间感知降维方法，计算速度比现有技术快几个数量级，能够处理数十万个位置的空间转录组数据，并支持非转录组协变量的灵活整合	NA	开发一种高效的空间转录组数据降维方法，以促进对高分辨率亚细胞空间转录组数据的分析	空间转录组数据	digital pathology	NA	空间转录组技术（ST）	PCA	空间转录组数据	四个公开可用的ST数据集（10x Visium, Stereo-Seq, MERFISH, 和 10x Xenium）
66	2025-05-19	Spatio-temporal transcriptomics of chromothriptic SHH-medulloblastoma identifies multiple genetic clones that resist treatment and drive relapse 2024-11-29, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54709-w PMID:39609432	研究论文	本研究通过空间转录组学分析了13例染色体碎裂与非染色体碎裂的儿童髓母细胞瘤，揭示了染色体碎裂肿瘤的空间瘤内异质性更高，并识别出多个遗传克隆在治疗抵抗和复发中的作用	首次应用空间转录组学技术揭示染色体碎裂髓母细胞瘤的空间瘤内异质性及其与治疗抵抗和复发的关系	样本量较小（13例肿瘤和11例患者来源的异种移植样本）	探究染色体碎裂髓母细胞瘤的分子构成和侵袭性决定因素	儿童髓母细胞瘤（染色体碎裂与非染色体碎裂）	数字病理学	髓母细胞瘤	空间转录组学	NA	转录组数据	13例肿瘤样本（染色体碎裂与非染色体碎裂）和11例患者来源的异种移植样本
67	2025-05-19	Human single cell RNA-sequencing reveals a targetable CD8+ exhausted T cell population that maintains mouse low-grade glioma growth 2024-11-28, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54569-4 PMID:39609412	research paper	该研究通过单细胞RNA测序揭示了CD8+耗竭T细胞在低级别胶质瘤中的新功能，并探索了免疫检查点抑制治疗的效果	发现了CD8+耗竭T细胞在低级别胶质瘤中作为肿瘤生长调节者的新功能，并揭示了免疫检查点抑制治疗通过非细胞毒性机制抑制肿瘤生长的机制	研究主要基于小鼠模型，人类样本的应用和验证可能有限	探索CD8+耗竭T细胞在低级别胶质瘤中的作用及免疫检查点抑制治疗的潜在机制	人类和小鼠的低级别胶质瘤样本	digital pathology	low-grade glioma	single-cell RNA sequencing	Nf1-OPG mouse model	RNA-seq data	多个单细胞RNA测序数据集和小鼠模型样本
68	2025-05-19	C/EBPβ-dependent autophagy inhibition hinders NK cell function in cancer 2024-11-28, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54355-2 PMID:39609420	研究论文	该研究揭示了自噬在NK细胞抗肿瘤功能中的核心调控作用，并提出了通过调节自噬增强NK细胞免疫疗法的新策略	首次将自噬识别为NK细胞内的一个细胞内检查点，并证明通过基因和药物激活自噬可以改善NK细胞的效应和细胞毒功能	研究主要基于前列腺癌模型和小鼠实验，结果在人类其他癌症类型中的普适性需要进一步验证	探索癌症如何使NK细胞功能失调以及如何克服这种抵抗，以增强基于NK细胞的免疫治疗效果	NK细胞（自然杀伤细胞）及其在肿瘤微环境中的功能变化	免疫肿瘤学	前列腺癌	scRNA-seq（单细胞RNA测序）、流式细胞术	NA	基因表达数据、流式细胞数据	晚期人类前列腺癌患者的肿瘤浸润和非肿瘤NK细胞，以及多种小鼠癌症模型
69	2025-05-19	Transcription factors ASCL1 and OLIG2 drive glioblastoma initiation and co-regulate tumor cell types and migration 2024-11-28, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54750-9 PMID:39609428	研究论文	研究探讨了转录因子ASCL1和OLIG2在胶质母细胞瘤（GBM）起始过程中的作用及其对肿瘤细胞类型和迁移的共调控	揭示了ASCL1和OLIG2在GBM形成中的冗余功能及其通过相互结合和调控下游靶基因决定肿瘤细胞类型和迁移程度的新机制	研究主要基于小鼠模型，结果在人类GBM中的适用性尚需进一步验证	探究ASCL1和OLIG2在GBM起始和肿瘤细胞异质性调控中的作用	胶质母细胞瘤（GBM）细胞和小鼠模型中的SVZ祖细胞	肿瘤生物学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	小鼠GBM模型	基因表达数据	NA
70	2025-05-19	Spatial Pathomics Toolkit for Quantitative Analysis of Podocyte Nuclei with Histology and Spatial Transcriptomics Data in Renal Pathology 2024-Feb, Proceedings of SPIE--the International Society for Optical Engineering DOI:10.1117/12.3006318 PMID:40375953	research paper	介绍了一种名为空间病理组学工具包（SPT）的新工具，用于定量分析肾脏病理学中的足细胞核与组织学和空间转录组学数据	开发了SPT工具包，能够精确识别足细胞核、提取定量特征并分析空间关系，为肾脏病理学研究提供了创新方法	未提及具体样本量或工具在更广泛病理学应用中的验证情况	推进肾脏病理学中的细胞空间病理组学研究	足细胞核的形态和纹理特征及其空间分布	digital pathology	renal pathology	spatial transcriptomics, Whole Slide Images (WSIs)	NA	image, spatial transcriptomics data	NA
71	2025-05-19	Underrepresentation of activating KIR gene expression in single-cell RNA-seq data is due to KIR gene misassignment 2024-Jan, European journal of immunology IF:4.5Q2 DOI:10.1002/eji.202350590 PMID:37944995	research paper	该文章探讨了标准单细胞RNA测序比对流程在杀伤免疫球蛋白样受体(KIR)转录本分配上的错误倾向及其对KIR表达量化的影响	揭示了标准单细胞RNA测序比对流程在KIR转录本分配上的系统性错误，特别是将激活型KIR错误归类为抑制型KIR的问题	仅关注KIR基因的错误分配问题，未提出具体的解决方案或改进方法	研究单细胞RNA测序数据分析中KIR基因表达的准确性问题	杀伤免疫球蛋白样受体(KIR)基因的转录本	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	RNA测序数据	NA
72	2025-05-19	Glioblastoma initiation, migration, and cell types are regulated by core bHLH transcription factors ASCL1 and OLIG2 2023-Oct-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.09.30.560206 PMID:37873200	research paper	该研究探讨了核心bHLH转录因子ASCL1和OLIG2在胶质母细胞瘤（GBM）起始、迁移和细胞类型调控中的作用	揭示了ASCL1和OLIG2在GBM肿瘤细胞异质性和层级结构中的调控机制，以及它们在肿瘤形成和迁移中的动态作用	研究主要基于小鼠模型，人类GBM中的具体机制仍需进一步验证	探究ASCL1和OLIG2在GBM肿瘤发生和发展中的功能	胶质母细胞瘤（GBM）和胶质瘤干细胞（GSCs）	肿瘤生物学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	小鼠GBM模型	基因表达数据	NA
73	2025-05-18	Faecalibacterium prausnitzii prevents age-related heart failure by suppressing ferroptosis in cardiomyocytes through butyrate-mediated LCN2 regulation 2025-Dec, Gut microbes IF:12.2Q1 DOI:10.1080/19490976.2025.2505119 PMID:40364435	研究论文	本研究探讨了老年肠道微生物群变化与心力衰竭（HF）之间的潜在联系，发现Faecalibacterium prausnitzii及其代谢产物丁酸盐通过抑制心肌细胞铁死亡来预防老年相关心力衰竭	首次揭示了老年肠道微生物群通过铁死亡机制影响心力衰竭，并提出Faecalibacterium prausnitzii和丁酸盐作为潜在治疗靶点	研究主要基于动物模型和体外实验，尚未在人类临床试验中验证	探索老年肠道微生物群变化与心力衰竭之间的关系及其潜在机制	老年心力衰竭患者、大鼠模型、心肌细胞	微生物组学与心血管疾病	心血管疾病	16S rRNA测序、PCR定量、单细胞测序、基因编辑技术	动物模型（大鼠）	测序数据、PCR数据、单细胞数据	老年心力衰竭患者和健康老年人的肠道微生物样本、大鼠模型
74	2025-05-18	Integrating scRNA-seq to explore offspring neurodevelopmental toxicity induced by Cyfluthrin exposure during pregnancy: A fate decision for NSCs 2025-Jul-15, Journal of hazardous materials IF:12.2Q1 DOI:10.1016/j.jhazmat.2025.138205 PMID:40209410	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术探索孕期暴露于Cyfluthrin对后代神经发育的毒性机制	首次构建了孕期暴露于Cyfluthrin的后代大脑海马单细胞图谱，揭示了神经干细胞命运改变是发育毒性的主要原因	研究仅针对大鼠模型，人类相关性尚需进一步验证	探究孕期Cyfluthrin暴露导致后代神经发育毒性的分子机制	孕期暴露于Cyfluthrin的大鼠后代海马组织	神经毒理学	神经发育障碍	scRNA-seq	NA	单细胞转录组数据	不同年龄段的孕期暴露大鼠后代
75	2025-05-18	Aboral cell types of Clytia and coral larvae have shared features and link taurine to the regulation of settlement 2025-May-16, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adv1159 PMID:40378222	research paper	该研究通过比较三种刺胞动物幼虫的前端转录组和单细胞RNA测序数据，定义了幼虫前端细胞的共同特征，并发现了与牛磺酸摄取和分解代谢相关的基因在调节幼虫定居中的作用	首次整合多种刺胞动物幼虫的单细胞RNA测序数据，揭示了前端细胞的共同分子特征，并发现牛磺酸在调节幼虫定居中的新功能	研究仅针对三种刺胞动物物种，可能无法完全代表整个刺胞动物门的多样性	理解刺胞动物幼虫定居的细胞和分子调控机制	刺胞动物（水母、珊瑚、海葵和水螅）的幼虫	进化生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	三种刺胞动物物种的幼虫
76	2025-05-18	Intratumoral Fusobacterium nucleatum Recruits Tumor-Associated Neutrophils to Promote Gastric Cancer Progression and Immune Evasion 2025-May-15, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-2580 PMID:39992708	研究论文	研究探讨了瘤内微生物群对胃癌进展和免疫逃逸的影响，特别是梭杆菌属（Fusobacterium nucleatum）如何通过招募肿瘤相关中性粒细胞（TAN）重塑肿瘤免疫微环境	揭示了F. nucleatum通过激活IL17/NF-κB/RelB信号通路诱导TAN招募，并促进TAN向促肿瘤亚型分化，进而增强PD-L1表达和免疫逃逸的机制	研究主要基于小鼠模型和人类胃癌组织样本，尚未在更广泛的临床环境中验证	探究瘤内微生物群对胃癌免疫微环境的影响及其在免疫逃逸中的作用	胃癌组织和瘤内微生物群，特别是Fusobacterium nucleatum	肿瘤免疫学	胃癌	16S rRNA扩增子测序，单细胞RNA测序	小鼠模型	基因测序数据，组织样本	人类胃癌组织样本和小鼠模型
77	2025-05-18	Fenofibrate inhibits activation of cGAS-STING pathway by alleviating mitochondrial damage to attenuate inflammatory response in diabetic dry eye 2025-May-15, Free radical biology & medicine DOI:10.1016/j.freeradbiomed.2025.05.383 PMID:40339725	研究论文	本研究探讨了cGAS-STING信号通路在糖尿病干眼症(DDE)中的作用，并研究了非诺贝特在DDE中的治疗效果及机制	首次揭示了cGAS-STING信号通路在DDE发病机制中的关键作用，并发现非诺贝特通过减轻线粒体损伤抑制该通路	研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验，尚未进行人体临床试验	探究cGAS-STING信号通路在DDE中的作用及非诺贝特的治疗机制	糖尿病干眼症(DDE)小鼠模型和永生化人角膜上皮细胞(HCE-T)	分子生物学	糖尿病干眼症	单细胞RNA测序(scRNA-Seq)	STZ诱导的DDE小鼠模型	基因表达数据	未明确说明具体样本量，使用了GEO数据库数据和小鼠模型
78	2025-05-18	Single-Cell RNA Sequencing of Ewing Sarcoma Tumors Demonstrates Transcriptional Heterogeneity and Clonal Evolution 2025-May-15, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-2040 PMID:40029262	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了尤文肉瘤肿瘤的转录异质性和克隆进化	首次在尤文肉瘤中应用单细胞RNA测序揭示转录异质性和克隆进化，并鉴定出TSPAN8作为潜在治疗靶点	样本量较小（7例未治疗患者），需要更大规模研究验证发现	探究尤文肉瘤肿瘤的转录异质性和克隆进化特征，寻找新的治疗靶点	尤文肉瘤肿瘤组织、循环肿瘤细胞(CTC)及其微环境	癌症基因组学	尤文肉瘤	单细胞RNA测序、免疫荧光	NA	RNA测序数据、免疫荧光图像	7例未治疗尤文肉瘤患者的肿瘤样本及循环肿瘤细胞
79	2025-05-18	IGFBP3 enhances adipose-derived stem cell function in soft tissue injury repair via ITGB1 and ERK pathway activation 2025-May-15, Cell biology and toxicology IF:5.3Q1 DOI:10.1007/s10565-025-10024-8 PMID:40369223	研究论文	本研究探讨了IGFBP3蛋白在脂肪来源干细胞（ADSCs）中对软组织损伤修复的作用及其分子机制	利用单细胞多组学技术和3D生物打印模型揭示了IGFBP3通过ITGB1和ERK通路激活促进ADSCs功能的新机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	阐明IGFBP3在ADSCs中介导软组织损伤修复的分子机制	脂肪来源干细胞（ADSCs）和软组织损伤修复	组织工程与再生医学	软组织损伤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、3D生物打印、高通量转录组学	小鼠软组织损伤模型	单细胞转录组数据、图像数据	NA
80	2025-05-18	scRNA-seq and scATAC-seq reveal that Sertoli cell mediates spermatogenesis disorders through stage-specific communications in non-obstructive azoospermia 2025-May-15, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.97958 PMID:40371706	research paper	该研究通过单细胞RNA测序和单细胞染色质可及性测序揭示了非梗阻性无精子症中Sertoli细胞通过阶段特异性通讯介导精子发生障碍的机制	鉴定了三种新的Sertoli细胞亚型表型(SC4/未成熟型、SC7/成熟型和SC8/进一步成熟型)，并发现了生殖细胞与Sertoli细胞亚型之间存在阶段特异性匹配的相互作用模式	样本量相对有限，且仅针对特定类型的无精子症患者进行研究	探究非梗阻性无精子症中精子发生障碍的细胞类型特异性异常	梗阻性无精子症和非梗阻性无精子症患者的睾丸组织	生殖医学	男性不育症	scRNA-seq, scATAC-seq, 免疫荧光	NA	单细胞转录组数据、染色质可及性数据	梗阻性无精子症和非梗阻性无精子症患者的睾丸组织样本