单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
61	2025-07-04	Epigenetic regulation of neural stem cell aging in the mouse hippocampus by Setd8 downregulation 2025-Jul, The EMBO journal DOI:10.1038/s44318-025-00455-8 PMID:40461639	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序技术，探索了小鼠海马神经干细胞（NSCs）在衰老过程中的表观遗传调控机制	揭示了Setd8基因下调通过影响组蛋白H4K20me1甲基化，导致神经干细胞活性下降和海马记忆功能缺陷的新机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类样本中验证	探究表观遗传重塑与转录调控在神经干细胞衰老过程中的作用	小鼠海马神经干细胞及其新生神经元	神经科学	老年性疾病	scRNA-seq, scATAC-seq	NA	单细胞转录组数据、染色质可及性数据	不同发育阶段的小鼠海马神经干细胞和新生神经元
62	2025-07-04	The rules of different B cell subtypes in colorectal cancer: friends or foes? 2025-Jul, Future oncology (London, England) DOI:10.1080/14796694.2025.2511588 PMID:40491002	综述	本文总结了近年来基于单细胞RNA测序在结直肠癌中肿瘤浸润B细胞（TIBs）的研究进展，重点关注了不同B细胞亚群在结直肠癌肿瘤微环境中的特定效应或调节特性	聚焦于结直肠癌肿瘤微环境中不同B细胞亚群的异质性及其在免疫反应中的双重作用，揭示了TIBs在肿瘤免疫治疗中的潜在预测价值	TIBs在肿瘤微环境中的具体作用机制及其与非免疫细胞的相互作用仍不明确	探讨结直肠癌中不同B细胞亚型的作用及其在肿瘤微环境中的功能	肿瘤浸润B细胞（TIBs）及其在结直肠癌肿瘤微环境中的亚群	肿瘤免疫学	结直肠癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
63	2025-07-04	Triggering Mechanisms of Hepatocyte Repopulation during Liver Regeneration 2025-Jul-01, Biomolecules & therapeutics IF:3.0Q2 DOI:10.4062/biomolther.2025.035 PMID:40500106	综述	本文综述了肝再生过程中肝细胞再殖的触发机制及其细胞和分子机制	总结了肝细胞再殖的最新研究进展，包括细胞来源争议和先进技术如谱系追踪和空间转录组学的应用	肝细胞再殖的确切来源仍存在争议，不同损伤条件下细胞贡献机制尚未完全阐明	阐明肝再生过程中肝细胞再殖的触发机制和细胞来源	肝细胞、胆管上皮细胞和肝祖细胞	肝脏再生生物学	肝损伤	谱系追踪、空间转录组学	NA	NA	NA
64	2025-07-04	Differentiable graph clustering with structural grouping for single-cell RNA-seq data 2025-Jul-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf347 PMID:40511990	研究论文	提出了一种名为DGCSG的新型可微分图聚类方法，用于单细胞RNA测序数据分析，通过结合图聚类信息优化细胞亚群划分	设计了可微分聚类机制，将K-way归一化割从离散优化问题转化为可微分学习目标，并通过谱松弛联合优化GATE	未明确提及方法在大规模数据集上的计算效率或可扩展性	改进单细胞RNA测序数据中的细胞亚群聚类效果	单细胞RNA测序数据中的细胞亚群	生物信息学	NA	scRNA-seq	GATE (图注意力自编码器), AE (自编码器)	单细胞RNA测序数据	14个scRNA-seq基准数据集
65	2025-07-04	An Efficient Organoid Cutting Method for Long-Term Culture and High-Throughput Analyses 2025-Jul, Tissue engineering and regenerative medicine IF:4.4Q2 DOI:10.1007/s13770-025-00731-y PMID:40522442	研究论文	本文介绍了一种高效的类器官切割方法，旨在改善长期培养并实现高通量分析	使用3D打印技术制作切割夹具，提高了切割效率和一致性，同时设计了模具方法用于创建密集排列的类器官阵列	未明确说明该方法是否适用于所有类型的类器官，以及长期培养中的具体效果数据	解决类器官长期培养中的缺氧和营养限制问题，提高培养效率和样本制备一致性	人类多能干细胞(hPSC)衍生的类器官	生物医学工程	NA	3D打印技术，类器官培养技术	NA	生物样本数据	未明确说明具体样本数量，但涉及多种3D打印夹具的比较和优化
66	2025-07-04	Putting AML Differentiation States on the BoneMarrowMap 2025-Jul-01, Blood cancer discovery IF:11.5Q1 DOI:10.1158/2643-3230.BCD-25-0083 PMID:40294281	研究论文	本文介绍了一种名为'BoneMarrowMap'的新型计算工具，用于将白血病单细胞RNA测序数据集映射到造血分化状态	开发了BoneMarrowMap工具，发现了12种与预后和治疗相关的急性髓系白血病分化模式，并解析了患者个体内的白血病克隆结构	NA	研究急性髓系白血病的分化状态及其与预后和治疗的关系	白血病单细胞RNA测序数据集	数字病理学	急性髓系白血病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
67	2025-07-04	T-cell differentiation stage block bias confers hypermethylation and mediastinal preference in T-cell lymphoblastic lymphoma 2025-Jul, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70380 PMID:40579780	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和单细胞T细胞受体测序，揭示了T-LBL中恶性T细胞主要阻滞在DN和DP阶段，并探讨了这种阻滞模式如何导致免疫抑制微环境和纵隔偏好	首次从分化阻滞的角度揭示T-LBL与T-ALL的异质性，并发现E2F2上调UHRF1表达导致肿瘤抑制基因高甲基化的新机制	研究样本量有限，且主要基于单中心数据	重新评估T-LBL和T-ALL之间的差异，并探索其分子机制	T细胞淋巴母细胞淋巴瘤（T-LBL）和T细胞急性淋巴细胞白血病（T-ALL）	肿瘤学	淋巴瘤	单细胞RNA测序，单细胞T细胞受体测序，流式细胞术	NA	单细胞测序数据，表达阵列数据，流式细胞数据	NCH-TALL-LBL队列（具体样本数量未明确说明）
68	2025-07-04	Spatial Transcriptome Analysis Reveals Diverse Human Burn Wound Microenvironment 2025 Jul-Aug, Wound repair and regeneration : official publication of the Wound Healing Society [and] the European Tissue Repair Society IF:3.8Q1 DOI:10.1111/wrr.70061 PMID:40579885	研究论文	本研究利用空间转录组技术揭示了人类烧伤伤口微环境中的基因表达空间模式	首次在烧伤组织中应用空间转录组技术，识别了不同烧伤深度区域的独特基因表达模式	提供了该技术在烧伤组织应用中的注意事项，需要未来研究进一步验证	探索烧伤伤口微环境的分子特征和再生潜力区域	人类烧伤组织	数字病理学	烧伤	空间转录组分析	NA	空间转录组数据	未明确说明样本数量
69	2025-07-04	Technologies for Decoding Cancer Metabolism with Spatial Resolution 2025-Jul-01, Cold Spring Harbor perspectives in medicine IF:7.8Q1 DOI:10.1101/cshperspect.a041553 PMID:39284668	review	本文讨论了三种新兴的代谢组学技术在解码癌症代谢空间分辨率中的应用	介绍了空间代谢组学、单细胞代谢组学和细胞器代谢组学三种新兴技术	未提及具体实验数据或案例研究	研究癌症细胞代谢途径的适应性和重编程	癌症细胞及其代谢物	癌症代谢研究	癌症	质谱技术、空间代谢组学、单细胞代谢组学、细胞器代谢组学	NA	代谢物数据	NA
70	2025-07-04	Rhaponticin inhibits the proliferation, migration, and invasion of head and neck squamous cell carcinoma (HNSCC) cells through modulation of the IL6/STAT3 signaling pathway 2025-Jul-01, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03019-8 PMID:40591033	研究论文	本研究探讨了Rhaponticin通过调节IL6/STAT3信号通路抑制头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）细胞增殖、迁移和侵袭的分子机制	首次揭示了Rhaponticin在HNSCC中的抗肿瘤作用及其通过IL6/STAT3信号通路的分子机制	研究主要基于体外细胞实验和生物信息学分析，缺乏体内动物实验验证	探究Rhaponticin抑制HNSCC侵袭和转移的具体分子机制	头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）细胞系CAL 27和SCC-9	肿瘤学	头颈部鳞状细胞癌	网络药理学、分子对接、生物信息学分析、细胞实验、scRNA-seq	四种机器学习算法、CIBERSORT算法	基因表达数据、单细胞RNA测序数据	TCGA数据库中的HNSCC样本、GEO数据库中的scRNA-seq数据、两种HNSCC细胞系
71	2025-07-04	Pan-cancer analysis and validation of NT5DC2: emphasizing its prognostic significance and immunological role in TNBC 2025-Jul-01, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02995-1 PMID:40591089	研究论文	本研究通过泛癌分析和验证，探讨了NT5DC2在多种癌症中的预后意义及其在三阴性乳腺癌（TNBC）中的免疫学作用	首次全面评估NT5DC2在多种癌症中的表达模式及其预后价值，特别是在TNBC中揭示了其通过MIF信号通路调控免疫细胞行为的机制	研究主要依赖于生物信息学分析，实验验证仅限于体外实验，缺乏体内实验数据	阐明NT5DC2在多种癌症中的作用，并确认其在TNBC中的致癌意义	多种癌症类型，特别是三阴性乳腺癌（TNBC）	肿瘤学	三阴性乳腺癌	基因表达谱分析、单细胞RNA测序、免疫浸润分析、基因集富集分析（GSEA）	NA	基因表达数据、单细胞RNA测序数据	多个数据库中的癌症样本，具体数量未明确说明
72	2025-07-04	Integrated single-cell and bulk RNA sequencing analysis establishes a cancer associated fibroblast-related signature for predicting prognosis and therapeutic responses in neuroblastoma 2025-Jul-01, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03023-y PMID:40591170	研究论文	通过整合单细胞和批量RNA测序分析，建立了一个与癌症相关成纤维细胞相关的特征，用于预测神经母细胞瘤的预后和治疗反应	首次构建了一个基于CAF的八基因预后特征模型，并验证了其作为独立预后指标的潜力	样本量较小（仅8个NB样本的scRNA-seq数据），且需要进一步实验验证	构建CAF相关的预后模型并识别NB患者的免疫状态	神经母细胞瘤（NB）患者	数字病理学	神经母细胞瘤	scRNA-seq, bulk RNA-seq, 免疫组化	LASSO回归分析, Cox回归分析	基因表达数据	8个NB样本的scRNA-seq数据，以及来自GEO、TCGA和ArrayExpress的批量基因表达数据
73	2025-07-04	Integrating single-cell sequencing analysis, bioinformatics analysis, and Mendelian randomization analysis to explore FABP4 prediction of prognosis and immune microenvironment in patients with lung squamous cell carcinoma 2025-Jul-01, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02774-y PMID:40591173	研究论文	通过单细胞测序分析、生物信息学分析和孟德尔随机化分析，探索FABP4在肺鳞状细胞癌患者预后和免疫微环境中的预测作用	首次通过多方法联合分析明确了FABP4在肺鳞状细胞癌发生和预后中的作用，并发现其作为巨噬细胞浸润的介质在肿瘤微环境中的重要性	未提及具体样本量大小和研究人群特征	寻找能预测肺鳞状细胞癌发病、患者预后及肿瘤微环境的关键分子	肺鳞状细胞癌患者及其肿瘤微环境	数字病理学	肺癌	单细胞测序分析, 生物信息学分析, 孟德尔随机化分析	NA	测序数据	NA
74	2025-07-04	Cardiac fibroblasts regulate myocardium and coronary vasculature development in the murine heart via the collagen signaling pathway 2025-Jul-01, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.102305 PMID:40591485	研究论文	本研究通过RNA染色和单细胞mRNA测序技术，揭示了心脏成纤维细胞通过胶原信号通路调控心肌和冠状血管发育的机制	首次系统性地研究了心脏成纤维细胞、心肌细胞和血管内皮细胞在发育过程中的相互作用，并确定了胶原作为关键信号分子	研究仅限于小鼠模型，结果是否适用于人类尚需验证	探究心脏成纤维细胞在心脏发育中的作用机制	小鼠心脏发育过程中的成纤维细胞、心肌细胞和血管内皮细胞	发育生物学	心血管疾病	RNA染色、单细胞mRNA测序(scRNA-seq)、白喉毒素A(DTA)消融系统	NA	基因表达数据	不同发育阶段的小鼠心脏组织
75	2025-07-04	Klf5-adjacent super-enhancer functions as a 3D genome structure-dependent transcriptional driver to safeguard ESC identity 2025-Jul-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-60389-x PMID:40592854	研究论文	本研究揭示了Klf5相邻超级增强子（K5aSE）通过3D基因组结构依赖的转录驱动机制，维持胚胎干细胞（ESC）身份的分子机制	首次发现K5aSE通过染色质环激活远端基因，并揭示CTCF介导的TAD结构对K5aSE活性的维持作用	研究主要基于体外ESC模型，未验证在体内发育过程中的功能	解析超级增强子与主转录因子在胚胎干细胞命运决定中的协同调控机制	小鼠胚胎干细胞（ESC）及类胚体（embryoid bodies）	表观遗传学	NA	多组学整合分析（H3K27ac、Hi-C、scRNA-seq）、CRISPRa、3D基因组筛选	基因敲除（KO）模型	表观基因组数据、三维基因组数据、单细胞转录组数据	未明确说明具体样本数量，涉及多种基因编辑的ESC细胞系
76	2025-07-04	Identification of pyroptosis related genes and subtypes in atherosclerosis using multiomic and single cell analysis 2025-Jul-01, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-04398-2 PMID:40592922	研究论文	通过多组学和单细胞分析识别动脉粥样硬化中与细胞焦亡相关的基因和亚型	整合转录组学、单细胞RNA测序和机器学习，识别并优先排序与细胞焦亡相关的基因，揭示了TREM2在动脉粥样硬化中的双重作用	未明确指出研究的局限性	研究动脉粥样硬化中细胞焦亡的分子机制及其治疗潜力	动脉粥样硬化患者样本和实验模型	生物信息学	心血管疾病	转录组学、单细胞RNA测序、机器学习	NA	转录组数据、单细胞数据	未明确说明样本数量
77	2025-07-04	Spatially resolved C1QC+ macrophage-CD4+ T cell niche in colorectal cancer microenvironment: implications for immunotherapy response 2025-Jul-01, Cell discovery IF:13.0Q1 DOI:10.1038/s41421-025-00811-2 PMID:40593467	研究论文	本研究通过空间多组学技术揭示了结直肠癌微环境中C1QC+巨噬细胞与CD4+ T细胞的空间分布及其对免疫治疗反应的影响	首次构建了包含314,774个细胞的空间免疫图谱，揭示了C1QC+驻留组织巨噬细胞与CD4+ T细胞共定位对免疫治疗反应的关键作用	样本量相对有限（空间转录组仅9例），且仅针对转移性结直肠癌患者	探究结直肠癌微环境空间特征与免疫治疗反应的关系	接受免疫治疗的转移性结直肠癌（mCRC）患者	数字病理学	结直肠癌	成像质谱流式细胞术、空间蛋白质组学、空间转录组学、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、全基因组筛选	NA	空间多组学数据、单细胞RNA测序数据、批量RNA测序数据、蛋白质组学数据	成像质谱流式细胞术50例、空间蛋白质组学50例、空间转录组学9例
78	2025-07-04	Epitenon-derived progenitors drive fibrosis and regeneration after flexor tendon injury in a spatially-dependent manner 2025-Jul-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-60704-6 PMID:40593535	研究论文	本文通过遗传谱系追踪和单细胞RNA测序技术，揭示了腱外膜细胞在肌腱损伤后纤维化和再生过程中的重要作用	首次明确腱外膜细胞是肌腱损伤后纤维化和再生过程中关键的前体细胞来源	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证相对有限	探究肌腱损伤后纤维化和再生过程中的关键细胞群体	小鼠和人类肌腱组织	组织再生	肌腱损伤	遗传谱系追踪、scRNA-seq、免疫荧光染色	NA	基因表达数据、组织图像	小鼠肌腱损伤模型和人类肌腱瘢痕组织样本
79	2025-07-04	An improved reference library and method for accurate cell-type deconvolution of bulk-tissue miRNA data 2025-Jul-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-60521-x PMID:40593558	研究论文	本文提出了一种改进的miRNA表达参考库和解卷积工具，用于复杂组织的细胞类型组成估计	开发了一种新的miRNA表达参考库和解卷积工具，能够准确估计复杂组织中的细胞类型比例	当前单细胞RNA-Seq协议在miRNA表达定量方面滞后，且大多数miRNA分析样本缺乏匹配的mRNA表达或DNA甲基化数据	开发计算方法来估计批量组织miRNA数据的细胞类型比例	miRNA表达数据	生物信息学	人类癌症	RNA-Seq	NA	miRNA表达数据	NA
80	2025-07-04	Different tumour-resident memory T-cell subsets regulate responses to anti-PD-1 and anti-CTLA-4 cancer immunotherapies 2025-Jul-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-60657-w PMID:40593647	研究论文	研究肿瘤驻留记忆T细胞亚群在抗PD-1和抗CTLA-4癌症免疫治疗中的作用	揭示了CD103+CD8+ T细胞和CD49a+CD4+ T细胞分别在抗PD-1和抗CTLA-4治疗中的关键作用，并发现CD49a+CD4+ T细胞可能是联合免疫治疗的预测性生物标志物	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	探索肿瘤驻留记忆T细胞亚群在免疫检查点抑制剂治疗中的作用机制	肿瘤驻留记忆T细胞亚群（CD103+CD8+ T细胞和CD49a+CD4+ T细胞）	癌症免疫治疗	黑色素瘤	单细胞RNA测序、多重免疫组化	NA	RNA测序数据、免疫组化数据	临床前小鼠模型和人类肿瘤浸润淋巴细胞样本