本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!


除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 61 | 2025-10-29 |
Liquid Biopsy-Multiomics Link Adhesion Pathway Dysregulation to Kidney Injury Severity
2025-Oct, Kidney international reports
IF:5.7Q1
DOI:10.1016/j.ekir.2025.07.021
PMID:41141506
|
研究论文 | 通过液体活检多组学技术研究细胞粘附通路失调与肾脏损伤严重程度的关系 | 首次结合尿液蛋白质组学、血浆蛋白质组学和尿液沉淀单细胞转录组学,识别严重急性肾损伤的细胞类型特异性机制 | 样本量相对有限,特别是单细胞转录组学样本仅40例 | 预测严重急性肾损伤结局并探索其分子机制 | COVID相关和非COVID相关的急性肾损伤患者 | 机器学习 | 肾脏疾病 | 蛋白质组学,单细胞转录组学,机器学习 | 随机森林 | 蛋白质组数据,转录组数据 | 169例尿液蛋白质组学样本,437例血浆蛋白质组学样本,40例尿液沉淀单细胞转录组学样本 | NA | 单细胞RNA-seq,蛋白质组学 | NA | NA |
| 62 | 2025-10-29 |
Single-Cell Transcriptomics Shows Cellular Heterogeneity, Intercellular Communication, and Extracellular Matrix Remodeling in Corneal Fibrosis In Vivo
2025-Oct-01, Investigative ophthalmology & visual science
IF:5.0Q1
DOI:10.1167/iovs.66.13.48
PMID:41147949
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序技术研究兔角膜纤维化过程中的细胞异质性、细胞间通讯和细胞外基质重塑 | 首次在体内建立角膜纤维化的整合转录组框架,揭示基质细胞异质性、细胞间信号传导和ECM重塑轨迹 | 研究仅使用新西兰白兔模型,未涉及人类样本 | 表征角膜纤维化过程中的成纤维细胞异质性、细胞轨迹、细胞间通讯和细胞外基质蛋白重塑 | 新西兰白兔的正常和碱损伤纤维化角膜 | 单细胞转录组学 | 角膜纤维化 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | 无监督聚类、轨迹推断、CellChat细胞通讯分析 | 单细胞转录组数据 | 新西兰白兔的正常和碱损伤角膜样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 63 | 2025-10-29 |
LncCE: Landscape of Cellularly-elevated lncRNAs in Single Cells Across Normal and Cancer Tissues
2025-Sep-22, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1093/gpbjnl/qzaf069
PMID:40833782
|
研究论文 | 开发了LncCE资源,系统探索正常和癌组织中单细胞水平细胞特异性高表达lncRNA | 首次在单细胞分辨率下系统构建跨正常和癌组织的细胞特异性高表达lncRNA图谱 | 基于已有单细胞RNA测序数据集的分析,未进行实验验证 | 构建lncRNA在单细胞水平的细胞特异性表达图谱 | 长链非编码RNA在正常和癌组织中的表达模式 | 生物信息学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 181个单细胞RNA测序数据集,涵盖20个胎儿正常组织、59个成人正常组织、32种成人癌症类型和5种儿童癌症类型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 64 | 2025-10-29 |
Neoplastic immune mimicry potentiates breast tumor progression
2025-Sep-21, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.17.633673
PMID:39896558
|
研究论文 | 本研究揭示了乳腺癌细胞通过表达白细胞表面受体蛋白进行免疫拟态,从而促进肿瘤进展的新机制 | 首次发现乳腺癌细胞能够表达典型白细胞表面受体蛋白,并将此细胞程序命名为“免疫拟态” | 需要在更多乳腺癌队列中验证其预后价值,并评估与远端转移、生存率和治疗反应的相关性 | 探究乳腺癌细胞免疫拟态现象及其在肿瘤进展中的作用 | 人类乳腺癌单细胞RNA-seq数据集、组织病理标本、乳腺癌细胞系、小鼠转基因和细胞系来源的乳腺肿瘤模型 | 癌症生物学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA-seq数据、组织病理图像 | 公共人类乳腺癌单细胞RNA-seq数据集、乳腺癌细胞系、小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 65 | 2025-10-29 |
Single-Cell RNA Sequencing Reveals Granzyme K+ CD8+ T Cells as a Target for Mitigating Plaque Instability Following Radiation
2025-Sep-16, Journal of the American Heart Association
IF:5.0Q1
DOI:10.1161/JAHA.124.040632
PMID:40913272
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了颗粒酶K+ CD8+ T细胞在放疗后斑块不稳定性中的关键作用 | 首次发现颗粒酶K+ CD8+ T细胞亚群在放疗诱导的动脉粥样硬化病变进展中的致病功能,并确定GZMB作为放射性心血管损伤的介质 | 研究基于动物模型(兔和小鼠),结果需要在人体中进一步验证 | 探究放疗诱导斑块不稳定性的机制及影像学特征变化 | 兔颈动脉斑块模型和ApoE-/-小鼠动脉粥样硬化病变 | 单细胞组学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序,光学相干断层扫描-血管内超声双模成像,生物信息学分析,病理染色,流式细胞术,基因敲除,抗体清除 | NA | 单细胞转录组数据,影像数据 | 兔模型和小鼠模型(ApoE-/-小鼠在未照射、早期照射和晚期照射三个阶段) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 66 | 2025-10-29 |
Single-Cell Transcriptome Profiling Reveals Dynamic Cell Populations and Immune Infiltration in Moyamoya Disease
2025-Sep-16, Journal of the American Heart Association
IF:5.0Q1
DOI:10.1161/JAHA.124.041168
PMID:40913267
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序揭示了烟雾病病理动脉中的细胞组成和免疫浸润动态 | 首次构建烟雾病浅表颞动脉的单细胞转录组图谱,发现自然杀伤T细胞在促进血管细胞增殖和迁移中的关键作用 | 样本量较小(2例患者和3例对照),仅使用浅表颞动脉样本 | 全面绘制烟雾病病理动脉的细胞组成和分子改变 | 烟雾病患者和健康对照者的浅表颞动脉样本 | 单细胞生物学 | 烟雾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 5个样本(2例患者,3例对照),共26,371个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 67 | 2025-10-29 |
Single-Cell Transcriptomics of Human Pericarotid Lymph Nodes Indicating Stability of Carotid Atherosclerotic Plaques
2025-Sep-16, Journal of the American Heart Association
IF:5.0Q1
DOI:10.1161/JAHA.124.039777
PMID:40932121
|
研究论文 | 通过单细胞转录组分析探索颈动脉周围淋巴结与动脉粥样硬化斑块稳定性之间的关系 | 首次在单细胞水平揭示颈动脉周围淋巴结与动脉粥样硬化斑块稳定性的关联,并发现淋巴结肿大可作为斑块不稳定的潜在生物标志物 | 样本仅来自严重颈动脉狭窄患者,结果可能不适用于早期或轻度病例 | 研究淋巴结功能与动脉粥样硬化的关系,特别关注斑块稳定性 | 106例接受颈动脉内膜切除术的严重颈内动脉狭窄患者及其颈动脉周围淋巴结 | 单细胞组学 | 心血管疾病 | 单细胞转录组测序,T/B细胞受体测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 106例患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 68 | 2025-10-29 |
Identification of shared pathogenetic mechanisms between endometriosis and RSA based on comprehensive bioinformatics analysis
2025-Sep, Journal of assisted reproduction and genetics
IF:3.2Q2
DOI:10.1007/s10815-025-03596-1
PMID:40705269
|
研究论文 | 通过生物信息学分析识别子宫内膜异位症和复发性流产之间的共享分子机制和关键基因 | 首次发现FXYD1作为连接子宫内膜异位症和复发性流产的关键枢纽基因,并通过单细胞RNA测序验证其在两种疾病中的表达模式 | 研究主要基于公共数据库的回顾性分析,需要进一步实验验证功能机制 | 探索子宫内膜异位症和复发性流产之间的共享分子机制 | 子宫内膜异位症和复发性流产患者样本 | 生物信息学 | 妇科疾病 | 生物信息学分析,单细胞RNA测序,加权基因共表达网络分析 | ROC分析,WGCNA | 基因表达数据 | 来自GSE7305和GSE165004数据集 | NA | 单细胞RNA测序,基因表达谱分析 | NA | NA |
| 69 | 2025-10-29 |
Identification of m5C-related genes and subclusters in recurrent pregnancy loss
2025-Sep, Journal of assisted reproduction and genetics
IF:3.2Q2
DOI:10.1007/s10815-025-03580-9
PMID:40751792
|
研究论文 | 本研究通过生物信息学方法识别复发性流产中m5C相关基因并分析其与免疫细胞的关联 | 首次将复发性流产患者分为两个亚群并分析其免疫微环境差异,开发了高精度的诊断模型 | 样本量较小(48例子宫内膜组织样本),需要进一步实验验证 | 阐明m5C相关基因与复发性流产发病机制的关系 | 复发性流产患者的子宫内膜组织样本 | 生物信息学 | 复发性流产 | 机器学习,单细胞RNA测序,基因集富集分析 | 多种机器学习方法 | 基因表达数据 | 48例子宫内膜组织样本(24例RPL样本进一步分为两个亚群) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 70 | 2025-10-29 |
Cancer stem cells: landscape, challenges and emerging therapeutic innovations
2025-Aug-05, Signal transduction and targeted therapy
IF:40.8Q1
DOI:10.1038/s41392-025-02360-2
PMID:40759634
|
综述 | 本文综述了癌症干细胞(CSCs)的特性、挑战及新兴治疗策略 | 整合单细胞测序、空间转录组学和多组学数据揭示CSCs异质性和代谢可塑性,提出双代谢抑制、合成生物学干预等创新疗法 | 缺乏普遍可靠的CSCs生物标志物,难以在不影响正常干细胞的前提下靶向CSCs | 探讨癌症干细胞生物学特性及开发靶向治疗策略 | 癌症干细胞及其与肿瘤微环境的相互作用 | 肿瘤生物学 | 癌症 | 单细胞测序, 空间转录组学, 多组学整合, 3D类器官模型, CRISPR筛选, AI驱动分析 | NA | 多组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 单细胞多组学 | NA | NA |
| 71 | 2025-10-29 |
Decoding Cellular Stress States for Toxicology Using Single-Cell Transcriptomics
2025-Aug-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.10.657506
PMID:40766395
|
研究论文 | 本研究利用单细胞转录组学技术解码HepaRG细胞在化学暴露下的应激状态 | 应用TempO-LINC平台系统分析多种化学物质诱导的细胞应激反应,揭示细胞亚群在应激状态下的异质性响应 | 研究仅针对HepaRG细胞系,未验证其他细胞类型;仅观察24小时暴露效果,缺乏更长时程的动态分析 | 解码细胞在毒理学相关化学暴露下的应激状态 | HepaRG肝细胞系 | 单细胞组学 | 毒理学 | 单细胞转录组测序 | 广义Jaccard度量聚类 | 单细胞转录组数据 | 约40,000个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | TempO-LINC | TempO-LINC单细胞转录组平台 |
| 72 | 2025-10-29 |
scooby: Modeling multi-modal genomic profiles from DNA sequence at single-cell resolution
2025-Jul-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.19.613754
PMID:39345504
|
研究论文 | 开发了首个从DNA序列建模单细胞多组学数据的框架scooby | 首个在单细胞分辨率下从序列建模scRNA-seq覆盖度和scATAC-seq插入谱的框架,利用预训练模型Borzoi作为基础模型并配备细胞特异性解码器 | NA | 理解调控DNA元件如何塑造单个细胞中的基因表达,构建跨基因表达步骤的统一基因调控模型 | 造血作用数据集中的单细胞多组学数据 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序, 多组学分析 | 深度学习, 基础模型, 序列嵌入 | 基因组序列, 单细胞多组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, 单细胞多组学 | NA | NA |
| 73 | 2025-10-29 |
Single-cell RNA sequencing identifies accumulation of Fcgr2b+ virtual memory like CD8 T cells with cytotoxic and inflammatory potential in aged mouse white adipose tissue
2025-Jun-30, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.27.661935
PMID:40631318
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序发现老年小鼠白色脂肪组织中积累具有细胞毒性和炎症潜能的Fcgr2b+虚拟记忆样CD8 T细胞 | 首次识别出老年小鼠脂肪组织中特定的Fcgr2b+CD49d-虚拟记忆样CD8 T细胞亚群,并证明其具有细胞毒性和炎症潜能 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类组织中验证 | 比较衰老和高脂饮食诱导的肥胖对脂肪组织免疫细胞组成的差异影响 | 年轻和老年小鼠的性腺白色脂肪组织基质血管组分 | 单细胞组学 | 衰老相关疾病 | 单细胞RNA测序,流式细胞术 | NA | 单细胞转录组数据 | 年轻正常饮食小鼠、年轻高脂饮食小鼠和老年正常饮食小鼠的脂肪组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 74 | 2025-10-29 |
Thymic DC2 are heterogenous and include a novel population of transitional dendritic cells
2025-Jun-18, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.13.659520
PMID:40666966
|
研究论文 | 通过单细胞转录组学揭示胸腺DC2细胞的异质性并鉴定出新型过渡性树突状细胞群体 | 发现传统认为的'DC2'实际上包含4个不同细胞谱系,并首次鉴定出CX3CR1过渡性树突状细胞这一新型胸腺细胞群体 | 研究主要基于小鼠模型,人类胸腺中这些细胞群体的存在和功能需要进一步验证 | 解析胸腺髓系细胞的起源、发育和稳态维持机制 | 胸腺髓系细胞,特别是树突状细胞DC2亚群 | 单细胞生物学 | 自身免疫疾病 | 单细胞转录组测序,谱系定义小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 75 | 2025-10-29 |
Mapping satellite glial cell heterogeneity reveals distinct spatial organization and signifies functional diversity in the dorsal root ganglion
2025-May-21, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.19.654813
PMID:40475507
|
研究论文 | 本研究首次全面表征了小鼠背根神经节中卫星胶质细胞的异质性,并通过整合单细胞RNA测序与免疫组化等技术识别了四个不同的SGC亚群 | 首次系统揭示背根神经节中卫星胶质细胞的异质性,发现四种具有不同空间分布和功能特征的SGC亚型,并在人类DRG中验证了分层结构 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证尚属初步探索 | 探究背根神经节中卫星胶质细胞的异质性及其功能多样性 | 小鼠和人类背根神经节中的卫星胶质细胞 | 单细胞生物学 | 神经系统疾病 | 单细胞RNA测序, 免疫组化, 原位杂交, 先进成像技术 | NA | 基因表达数据, 图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 76 | 2025-10-29 |
Stable isotope tracing in human plasma-like medium reveals metabolic and immune modulation of the glioblastoma microenvironment
2025-Apr-26, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.05.29.542774
PMID:37398280
|
研究论文 | 开发了一种结合人血浆样培养基的体外稳定同位素示踪方法,用于研究胶质母细胞瘤微环境中的代谢和免疫调控 | 首次将人血浆样培养基与稳定同位素示踪技术结合,在保留完整肿瘤微环境的情况下研究胶质瘤代谢 | 体外模型仍无法完全模拟体内肿瘤微环境的复杂性 | 研究胶质母细胞瘤在生理营养水平和完整肿瘤微环境下的代谢特征 | 人胶质瘤外植体和胶质瘤干细胞系 | 癌症代谢研究 | 胶质母细胞瘤 | 稳定同位素示踪,空间转录组学 | NA | 代谢数据,转录组数据 | 人IDH野生型胶质母细胞瘤外植体和胶质瘤干细胞系 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 77 | 2025-10-29 |
Whole-Genome Sequencing Reveals Individual and Cohort Level Insights into Chromosome 9p Syndromes
2025-Mar-30, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2025.03.28.25324850
PMID:40196253
|
研究论文 | 通过全基因组测序对100名9p相关综合征患者进行基因组分析,揭示了染色体9p综合征的个体和队列水平特征 | 首个大规模全基因组测序研究9p相关综合征,识别了两个新的晚复制区域,建立了基于机器学习的9p缺失综合征预测模型 | 样本量相对有限,需要进一步扩大研究队列 | 深入理解染色体9p缺失和重复综合征的基因组结构和发病机制 | 100名来自9p相关综合征家庭的个体,包括85名无关先证者 | 基因组学 | 染色体异常综合征 | 全基因组测序,空间转录组学,机器学习 | 机器学习模型 | 基因组序列数据,基因表达数据 | 100名个体(85名无关先证者) | NA | 全基因组测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 78 | 2025-10-29 |
Altered immune landscape of cervical lymph nodes reveals Epstein-Barr virus signature in multiple sclerosis
2025-02-21, Science immunology
IF:17.6Q1
DOI:10.1126/sciimmunol.adl3604
PMID:39982975
|
研究论文 | 通过单细胞测序分析多发性硬化症患者颈深淋巴结的免疫景观,揭示EB病毒在疾病发病机制中的作用 | 首次结合单细胞RNA测序和细胞转录组与表位索引技术,发现多发性硬化症患者颈深淋巴结中EB病毒特征性B细胞异常 | 样本量有限,仅针对新诊断未治疗患者,需要更大规模研究验证 | 探究EB病毒感染与多发性硬化症发病机制的关联 | 多发性硬化症患者的颈深淋巴结组织和唾液样本 | 单细胞测序分析 | 多发性硬化症 | 单细胞RNA测序, 细胞转录组与表位索引测序 | NA | 单细胞转录组数据, 表位数据, DNA数据 | 新诊断未治疗的多发性硬化症患者(具体数量未明确) | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞多组学 | NA | NA |
| 79 | 2025-01-23 |
Finding and Profiling Renal Cells with Spatial Transcriptomics
2025-Jan-22, Journal of the American Society of Nephrology : JASN
IF:10.3Q1
DOI:10.1681/ASN.0000000632
PMID:39836482
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 80 | 2025-10-29 |
Identification of a distinctive gene signature in granulomatous myositis
2025-Jan-02, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2024.12.27.24319708
PMID:40568658
|
研究论文 | 本研究通过转录组分析揭示了肉芽肿性肌炎的特异性基因特征 | 首次系统识别了肉芽肿性肌炎的特异性转录组特征,发现CHIT1基因表达与疾病严重程度密切相关 | 样本量相对有限(38例GM患者),需要更大规模研究验证 | 阐明肉芽肿性肌炎的病理生理机制 | 肌肉活检样本,包括肉芽肿性肌炎患者、其他肌病患者和健康对照 | 数字病理学 | 肉芽肿性肌炎 | RNA测序,空间转录组学,免疫组织化学 | 支持向量机 | RNA测序数据,空间转录组数据,蛋白质表达数据 | 722例肌肉活检(包括38例GM患者) | NA | bulk RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |