单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
61	2025-05-23	Brain tumors induce immunoregulatory dendritic cells in draining lymph nodes that can be targeted by OX40 agonist treatment 2025-May-19, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2025-011548 PMID:40389372	research paper	该研究探讨了脑肿瘤引流淋巴结中免疫调节性树突状细胞的作用及其通过OX40激动剂治疗的潜在靶向性	揭示了脑肿瘤引流淋巴结中树突状细胞（DC-c）独特的免疫调节功能，并发现OX40信号通路在调节这些细胞功能中的关键作用	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需进一步验证	研究脑肿瘤免疫微环境中树突状细胞的免疫调节功能及其治疗潜力	小鼠模型中的胶质瘤和淋巴瘤	免疫学	脑肿瘤	高分辨率流式细胞术、单细胞RNA测序	小鼠模型	细胞和分子数据	NA
62	2025-05-23	Single-cell RNA-sequencing reveals early mitochondrial dysfunction unique to motor neurons shared across FUS- and TARDBP-ALS 2025-May-19, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-59679-1 PMID:40389397	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，研究了FUS和TARDBP基因突变导致的肌萎缩侧索硬化症（ALS）中运动神经元特异性线粒体功能障碍的共享机制	揭示了FUS和TARDBP突变导致的ALS中运动神经元特异性线粒体功能障碍的共享机制，并发现这些机制与蛋白质错误定位无关	研究基于诱导多能干细胞衍生的神经元模型，可能与体内真实情况存在差异	探究FUS和TARDBP基因突变导致ALS的选择性运动神经元退化的共同病理机制	携带FUS P525L、FUS R495X、TARDBP M337V突变或FUS敲除的诱导多能干细胞衍生的神经元	分子生物学	肌萎缩侧索硬化症	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	多种基因编辑的诱导多能干细胞系
63	2025-05-23	A CRISPR/Cas9-based enhancement of high-throughput single-cell transcriptomics 2025-May-19, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-59880-2 PMID:40389438	研究论文	介绍了一种名为scCLEAN的分子方法，利用CRISPR/Cas9技术优化单细胞RNA测序（scRNAseq），以提高对低丰度转录本的检测能力	首次将CRISPR/Cas9技术应用于单细胞RNA测序文库的全局重组，显著提高了对低丰度转录本的检测能力	在某些生物背景下应用可能不理想，具体适用范围需要进一步验证	解决单细胞RNA测序中高丰度转录本掩盖低丰度转录本检测的问题	异质性免疫细胞和同质性血管平滑肌细胞	基因组学	NA	CRISPR/Cas9, scRNAseq, 单细胞MAS-Seq	NA	RNA测序数据	多种人类组织和细胞类型
64	2025-05-23	Focusing on DC cells to optimize the prediction of prognosis and innovative treatment strategies for colon cancer 2025-May-19, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-01792-8 PMID:40389562	研究论文	本研究通过识别树突状细胞相关基因（DCRGs），构建风险评分系统（DCRI），并评估其在结肠癌预后和治疗中的意义	开发了一种新的DCRI评分系统，能够准确预测结肠癌的预后和免疫治疗反应，并发现PPP2CB作为潜在的治疗靶点	DCRGs在结肠癌中的预后意义尚未充分探索，研究可能受限于样本量和数据来源	优化结肠癌的预后预测和创新治疗策略	结肠腺癌（COAD）患者	数字病理学	结肠癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、WGCNA、差异表达分析、单变量Cox回归、LASSO-Cox分析	风险评分系统（DCRI）	转录组数据、临床数据	来自TCGA和GEO数据库的结肠癌组织样本
65	2025-05-23	Single-cell transcriptomic landscape reveals complex cellular heterogeneity and dysregulated signaling pathways in nasopharyngeal carcinoma 2025-May-19, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02506-2 PMID:40389670	研究论文	通过单细胞转录组学分析鼻咽癌肿瘤微环境的复杂细胞异质性和失调信号通路	首次系统性地分析了鼻咽癌中不同细胞类型的转录特征及其在肿瘤发展中的作用	未提及样本量的具体限制或技术上的局限性	揭示鼻咽癌肿瘤微环境的细胞组成和信号通路失调	鼻咽癌组织和正常组织样本	数字病理学	鼻咽癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	未提及具体样本数量
66	2025-05-23	Novel marker genes and small molecule drugs for radiotherapy resistance in cervical cancer identified based on single-cell multi-omics analysis 2025-May-19, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02532-0 PMID:40389794	研究论文	通过单细胞多组学分析和机器学习方法，识别宫颈癌放疗抗性的新标记基因和小分子药物	结合多组学数据和机器学习构建稳健的预后模型，识别与放疗抗性相关的分子标记和潜在治疗药物	研究依赖于公共数据库数据，未进行实验验证	探究宫颈癌放疗抗性的分子和细胞机制	宫颈癌患者	数字病理学	宫颈癌	单细胞测序、转录组测序、甲基化分析	Cox回归	测序数据	43,475个细胞和13种细胞类型
67	2025-05-23	Integrating single-cell and bulk RNA profiles to uncover glutamine metabolism's role in prognosis and immune dynamics in multiple myeloma 2025-May-19, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-025-14239-0 PMID:40389878	研究论文	本研究通过整合单细胞和批量RNA测序数据，揭示了谷氨酰胺代谢相关基因在多发性骨髓瘤预后和免疫动态中的作用	首次系统性地鉴定了谷氨酰胺代谢相关基因在多发性骨髓瘤中的预后和免疫调控作用，并验证了其作为预后生物标志物和治疗靶点的潜力	研究主要基于公共数据库数据，需要进一步实验验证	探索谷氨酰胺代谢相关基因在多发性骨髓瘤中的预后价值和治疗意义	多发性骨髓瘤患者样本和谷氨酰胺代谢相关基因	生物信息学	多发性骨髓瘤	单细胞测序，批量转录组测序，加权共表达网络分析，Cox比例风险模型	NA	RNA测序数据	多个公共多组学队列数据集
68	2025-05-23	The gene regulatory mechanisms shaping the heterogeneity of venom production in the Cape coral snake 2025-May-19, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03602-w PMID:40390047	research paper	该研究通过生成高质量的开普珊瑚蛇基因组草图，并结合毒腺单细胞RNA-seq数据和空间毒腺毒素分布分析，揭示了毒素调控的变异性和毒腺中异质性毒素产生的分子机制	揭示了不同毒素家族由不同的细胞群体产生，且毒素表达通过调控模块进一步精细调节，以及调控元件的进化与其相关毒素基因的进化密切相关	研究未明确探讨这些非适应性特征状态如何具体促进进化创新和新颖性	研究蛇毒腺中异质性毒素产生的分子机制及其进化意义	开普珊瑚蛇（Aspidelaps lubricus）及其毒腺	分子生物学	NA	单细胞RNA-seq, 空间毒腺毒素分布分析	NA	基因组数据, RNA-seq数据, 空间分布数据	NA
69	2025-05-23	FK506 prolongs corneal allograft survival and prevents dendritic cell infiltration in an MDSC-dependent manner 2025-May-19, American journal of transplantation : official journal of the American Society of Transplantation and the American Society of Transplant Surgeons IF:8.9Q1 DOI:10.1016/j.ajt.2025.05.018 PMID:40398562	研究论文	本文研究了FK506通过诱导MDSC介导的早期DC激活抑制来延长角膜同种异体移植物存活的细胞机制	揭示了FK506通过MDSC依赖性和时间性方式减少免疫细胞浸润的新机制	研究仅在小鼠模型中进行，未涉及人类临床试验	探究FK506抑制免疫激活和延长同种异体移植物存活的细胞机制	小鼠角膜穿透性角膜移植模型	免疫学	角膜移植排斥	单细胞RNA测序分析、免疫荧光染色	小鼠模型	基因表达数据、图像数据	未明确说明具体样本数量，使用小鼠模型
70	2025-05-23	Crosstalk between kidney and bones: New perspective for modulating osteoporosis 2025-May-17, Ageing research reviews IF:12.5Q1 DOI:10.1016/j.arr.2025.102776 PMID:40389172	review	本文综述了肾脏与骨骼之间的相互作用及其在骨质疏松症中的调控作用	提出了肾脏与骨骼之间相互作用的新视角，并强调了创新方法在研究器官间相互作用中的重要性	NA	探讨肾脏与骨骼之间的相互作用及其在骨质疏松症中的调控机制	肾脏与骨骼的相互作用及其相关疾病（如慢性肾病伴骨密度异常、肾性骨营养不良和骨质疏松症）	NA	骨质疏松症	细胞共培养、器官芯片、单细胞测序、空间转录组学	NA	NA	NA
71	2025-05-23	Astrocytic AEG-1 drives neuroinflammation and enhances seizure susceptibility 2025-May-16, Neurobiology of disease IF:5.1Q1 DOI:10.1016/j.nbd.2025.106957 PMID:40383165	研究论文	本研究探讨了星形胶质细胞中AEG-1基因在神经炎症和癫痫易感性中的作用	首次揭示了AEG-1通过NF-κB信号通路介导神经炎症和癫痫易感性的机制	研究主要基于小鼠模型和体外培养的星形胶质细胞，人类临床相关性尚需进一步验证	探究AEG-1在神经炎症和癫痫易感性中的分子机制	小鼠模型和体外培养的星形胶质细胞	神经科学	癫痫	单细胞RNA测序	小鼠炎症模型	基因表达数据	NA
72	2025-05-23	The battle within: Discovering new insights into phytopathogen interactions and effector dynamics 2025-May-15, Microbiological research IF:6.1Q1 DOI:10.1016/j.micres.2025.128220 PMID:40398012	综述	本文全面回顾了植物病原体相互作用中的效应子动态及其在宿主免疫防御和病原体毒力策略中的作用	强调了元种群动态和快速适应在效应子与植物抗性蛋白互作中的作用，以及环境变化对宿主-病原体互作的影响	NA	探讨植物病原体相互作用机制及效应子动态，为疾病管理策略提供理论基础	植物病原体效应子与宿主免疫系统的相互作用	植物病理学	植物病害	生物信息学、单细胞转录组学	NA	NA	NA
73	2025-05-23	NanoCRISPR-assisted biomimetic tissue-equivalent patch regenerates the intervertebral disc by inhibiting endothelial-to-mesenchymal transition 2025-May-14, Biomaterials IF:12.8Q1 DOI:10.1016/j.biomaterials.2025.123404 PMID:40398216	研究论文	该研究提出了一种纳米CRISPR辅助的生物仿生组织等效补片，通过抑制内皮-间质转化来再生椎间盘	使用纳米CRISPR系统靶向消除VEGF介导的血管生成因子，并结合仿生纳米纤维支架促进椎间盘修复	NA	解决椎间盘纤维环损伤后的生物修复和血管生成问题	椎间盘纤维环(AF)和血管内皮生长因子(VEGF)	生物医学工程	椎间盘退行性疾病	单细胞RNA测序、纳米CRISPR系统	NA	NA	NA
74	2025-05-23	Integrating HiTOP and RDoC frameworks part II: shared and distinct biological mechanisms of externalizing and internalizing psychopathology 2025-May-09, Psychological medicine IF:5.9Q1 DOI:10.1017/S0033291725000819 PMID:40340892	research paper	该研究通过多组学方法探讨了HiTOP心理病理学谱系（外化[EXT]、内化[INT]及共享EXT+INT）如何映射到RDoC的分析单元上	整合HiTOP和RDoC框架，利用多组学方法揭示心理病理学的共享和独特生物学机制	研究依赖于已有的基因组关联研究和影像数据，可能受限于样本量和数据质量	探讨心理病理学谱系与RDoC分析单元之间的生物学机制	外化和内化心理病理学谱系	psychiatry	mental disorder	multi-omics approach, genome-wide association studies, drug repurposing analyses, single-cell RNA sequencing, magnetic resonance imaging	NA	genomic data, imaging data	NA
75	2025-05-23	Single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) and its insights into cellular heterogeneity in atherosclerosis 2025-May-07, Vascular pharmacology IF:3.5Q2 DOI:10.1016/j.vph.2025.107499 PMID:40345606	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在动脉粥样硬化（AS）中揭示细胞异质性的应用及其对疾病机制的深入理解	通过scRNA-seq技术重新定义了动脉粥样硬化斑块病理学，识别了多种细胞类型及其在斑块稳定性和炎症中的特定作用	综述性文章，未涉及具体实验数据或新发现	探讨scRNA-seq在心血管疾病（CVD）特别是动脉粥样硬化（AS）研究中的应用及其对疾病机制的贡献	小鼠和人类组织中的非病变和动脉粥样硬化主动脉的细胞群体	生物医学研究	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	NA
76	2025-05-23	OLS4: a new Ontology Lookup Service for a growing interdisciplinary knowledge ecosystem 2025-May-06, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf279 PMID:40323307	research paper	介绍了一个新的本体查找服务OLS4，用于支持日益增长的跨学科知识生态系统	实现了完整的OWL2规范，支持多语言国际化，并提供了新的用户界面和用户体验增强功能	NA	开发一个支持当前本体定义范围的新工具，以应对生物知识规模和复杂性的增加	生物信息学和化学社区中的生物和生物医学数据	生物信息学	NA	本体查找服务	NA	本体数据	NA
77	2025-05-23	Multi-Omics Biomarkers for Predicting Efficacy of Biologic and Small-Molecule Therapies in Adults With Inflammatory Bowel Disease: A Systematic Review 2025-May, United European gastroenterology journal IF:5.8Q1 DOI:10.1002/ueg2.12720 PMID:39656426	综述	本文系统回顾了用于预测炎症性肠病成人患者对生物制剂和小分子药物治疗效果的多组学生物标志物	重点评估了整合多组学数据的模型对预测治疗反应的影响，并探讨了可能对多种治疗干预反应产生不同影响的特定生物标志物	NA	推进精准医学领域，提高炎症性肠病治疗的精确性	炎症性肠病成人患者	精准医学	炎症性肠病	多组学方法（包括基因组学、转录组学、蛋白质组学、微生物组学和代谢组学）	整合多组学数据的模型	多组学数据	NA
78	2025-05-23	A STT3A-dependent PD-L1 glycosylation modification mediated by GMPS drives tumor immune evasion in hepatocellular carcinoma 2025-May, Cell death and differentiation IF:13.7Q1 DOI:10.1038/s41418-024-01432-0 PMID:39690246	研究论文	本文探讨了GMPS通过调控PD-L1的糖基化修饰促进肝细胞癌免疫逃逸的机制	首次揭示了GMPS通过STT3A依赖的PD-L1糖基化修饰驱动肿瘤免疫逃逸的新机制，并验证了GMPS抑制剂angustmycin A的治疗潜力	研究主要基于体外实验和动物模型，临床转化效果仍需进一步验证	探究肝细胞癌免疫逃逸的分子机制并寻找潜在治疗靶点	肝细胞癌组织和CD8+T细胞	肿瘤免疫学	肝细胞癌	蛋白质组学分析、scRNA-Seq	NA	蛋白质组数据、单细胞转录组数据	晚期肝细胞癌组织样本（具体数量未说明）
79	2025-05-23	Optimized inner ear organoids for efficient hair cell generation and ototoxicity response modeling 2025-May, Science China. Life sciences DOI:10.1007/s11427-024-2803-1 PMID:39862345	研究论文	本文介绍了一种新型的一步自组织内耳类器官系统，用于高效生成毛细胞并模拟耳毒性反应	开发了一种优化的小分子一步自组织内耳类器官系统，绕过多步扩增和强制分化协议的需求	未提及样本量大小或实验重复次数	开发高效的内耳毛细胞生成模型用于药物发现和毛细胞保护机制研究	哺乳动物耳蜗毛细胞	生物医学工程	听力损失	单细胞RNA测序	内耳类器官系统	基因表达数据	NA
80	2025-05-23	Spatial transcriptomics of Glomerulo-centric antibody mediated rejection in renal transplants 2025-May, Clinical immunology (Orlando, Fla.) DOI:10.1016/j.clim.2025.110460 PMID:39993695	研究论文	使用数字空间分析技术对肾移植中抗体介导的排斥反应进行空间转录组学研究	通过数字空间分析技术定位了急性抗体介导排斥反应期间肾小球中的分子特征，揭示了天然免疫细胞和HLA II类抗原的转录上调以及足细胞特征基因的下调	研究仅基于单一患者的4次活检样本，样本量较小	研究肾移植中抗体介导排斥反应的分子机制	肾移植患者的活检样本	数字病理学	肾脏疾病	Digital Spatial Profiling	NA	空间转录组数据	4份来自同一患者的活检样本