单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
61	2025-07-08	Decoding cellular plasticity and niche regulation of limbal stem cells during corneal wound healing 2024-07-06, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1 DOI:10.1186/s13287-024-03816-y PMID:38971839	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和生物信息学分析，揭示了角膜缘干细胞（LSCs）及其微环境细胞在角膜损伤修复中的分子特征和功能响应	首次定义了LSCs的分子特征，重建了角膜上皮细胞的伪时间轨迹，并发现转录因子Creb5和Arg1+巨噬细胞分泌的OSM在角膜上皮伤口愈合中的关键作用	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类样本中验证	探索角膜缘干细胞及其微环境在角膜伤口愈合中的分子机制	小鼠角膜组织和角膜上皮缺损模型	单细胞组学	角膜疾病	单细胞RNA测序, 生物信息学分析, 基因敲除实验	NA	单细胞转录组数据	未明确说明样本数量的小鼠角膜组织
62	2025-07-08	Thrombopoietin mimetic stimulates bone marrow vascular and stromal niches to mitigate acute radiation syndrome 2024-04-29, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1 DOI:10.1186/s13287-024-03734-z PMID:38679747	研究论文	研究探讨了PEG化血小板生成素模拟肽JNJ-26366821在促进骨髓血管和基质微环境再生以缓解急性辐射综合征中的作用	首次阐明了TPOm通过调节骨髓血管和基质微环境支持造血干细胞和祖细胞再生的机制	研究仅限于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探索TPOm作为治疗急性辐射综合征的潜在医疗对策	C57BL/6J小鼠的骨髓造血干细胞、内皮细胞和间充质基质细胞	放射医学	急性辐射综合征	流式细胞术、全组织共聚焦显微镜、单细胞RNA测序	小鼠急性辐射综合征模型	组织学数据、流式细胞数据、RNA测序数据	9-14周龄C57BL/6J小鼠，具体数量未明确说明
63	2025-07-08	DPSCs regulate epithelial-T cell interactions in oral submucous fibrosis 2024-04-23, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1 DOI:10.1186/s13287-024-03720-5 PMID:38650025	研究论文	本研究探讨了口腔黏膜下纤维化(OSF)的致病机制，并探索了牙髓干细胞(DPSCs)作为治疗手段的潜力	发现了一个具有促炎和促纤维化功能的上皮细胞亚群Epi1.2，揭示了其通过MIF-CD74和CXCR4途径与T细胞互作的机制，并首次评估了DPSCs在OSF治疗中的应用效果	OSF的动物模型可能无法完全模拟人类疾病，DPSCs的治疗机制仍需进一步验证	探索OSF的致病机制并开发新的治疗方法	口腔黏膜下纤维化(OSF)患者组织样本、大鼠模型	口腔医学	口腔黏膜下纤维化	单细胞RNA测序、组织染色、免疫组化、扫描电镜、原子力显微镜	动物模型	基因表达数据、组织图像	未明确说明样本数量，涉及人类组织样本和大鼠模型
64	2025-07-08	An integrated toolkit for human microglia functional genomics 2024-04-10, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1 DOI:10.1186/s13287-024-03700-9 PMID:38600587	研究论文	本文介绍了一个集成的工具包，用于人类小胶质细胞的功能基因组学研究，优化了iPSC向iMG的分化过程，并提供了多组学数据分析平台	开发了一个优化的两步骤、20天的iPSC分化流程，结合了CRISPR-ON/OFF系统和多组学数据平台，显著提高了iMG的生成效率和研究能力	未提及在体内环境中的验证，可能限制了其在真实生理条件下的应用	开发一个高效的工具包，用于人类小胶质细胞的功能基因组学研究	人类诱导多能干细胞(iPSC)衍生的小胶质细胞(iMG)	功能基因组学	阿尔茨海默病(AD)	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、染色质可及性分析(ATAC-Seq)、蛋白质组学、CRISPR-Cas9	iPSC-derived Microglia (iMG)模型	多组学数据(转录组、蛋白质组、表观基因组)	未明确提及具体样本数量，但强调了可重复收获iMG的能力
65	2025-07-08	Improved therapeutic consistency and efficacy of CD317+ MSCs through stabilizing TSG6 by PTX3 2024-03-27, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1 DOI:10.1186/s13287-024-03706-3 PMID:38539221	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析，探讨了不同批次培养基对MSCs亚群组成和异质性的影响，并发现CD317+ MSCs具有增强的免疫抑制活性	发现CD317+ MSCs亚群通过PTX3稳定TSG6蛋白，从而提高治疗效果，并提出了减少MSCs异质性和提高治疗一致性的新策略	研究未涉及CD317+ MSCs在其他疾病模型中的应用效果	提高间充质干细胞（MSCs）的治疗一致性和效果	间充质干细胞（MSCs）及其CD317+亚群	细胞治疗	NA	scRNA-seq分析	NA	转录组数据	NA
66	2025-07-08	Short cell cycle duration is a phenotype of human epidermal stem cells 2024-03-13, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1 DOI:10.1186/s13287-024-03670-y PMID:38475896	研究论文	本文研究了人类表皮干细胞（SCs）的细胞周期持续时间（CCD），发现与传统观点相反，SCs的细胞周期比更分化的祖细胞（CPs）更短	挑战了干细胞分裂缓慢的传统观点，揭示了人类表皮干细胞具有更短的细胞周期持续时间	研究仅限于体外培养的人类角质形成细胞，未涉及体内环境或其他类型的干细胞	探究人类表皮干细胞的细胞周期特性及其与分化祖细胞的差异	人类角质形成细胞（包括干细胞和分化祖细胞）	细胞生物学	NA	活细胞成像、单细胞RNA测序	NA	图像数据、基因表达数据	初始传代的人类角质形成细胞
67	2025-07-08	Thrombopoietin mimetic stimulates bone marrow vascular and stromal niches to mitigate acute radiation syndrome 2024-Feb-19, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-3946910/v1 PMID:38463959	研究论文	研究探讨了PEG化血小板生成素模拟肽JNJ-26366821（TPOm）如何通过刺激骨髓血管和基质微环境来缓解急性辐射综合征（ARS）	首次阐明了TPOm通过调节骨髓血管和基质微环境支持造血干细胞和祖细胞（HSPCs）再生的机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体中验证	探索TPOm作为治疗急性辐射综合征（ARS）的潜在医疗对策	C57BL/6J小鼠的骨髓造血干细胞和祖细胞（HSPCs）、内皮细胞（ECs）和间充质基质细胞（MSCs）	放射医学	急性辐射综合征	流式细胞术、全组织共聚焦显微镜、单细胞RNA测序	小鼠模型	实验数据	C57BL/6J小鼠（9-14周龄）
68	2025-07-08	Signature morphoelectric properties of diverse GABAergic interneurons in the human neocortex 2023-10-13, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.adf6484 PMID:37824669	研究论文	该研究通过快速GABA能神经元病毒遗传标记和Patch-seq技术，分析了人类大脑切片中GABA能神经元的亚类和转录组类型	揭示了PVALB和SST亚类之间的过渡，发现了丰富的转录组类型中的形态异质性，并鉴定了灵长类特有的双束细胞(DBCs)的多个空间不同类型	研究局限于人类大脑切片样本，可能无法完全反映体内情况	理解人类大脑细胞类型的保守和特化细胞特性	人类新皮质中的GABA能神经元	神经科学	NA	Patch-seq（膜片钳电生理学加单细胞RNA测序）	NA	电生理数据和转录组数据	人类大脑切片样本
69	2025-07-08	Epithelial Endoplasmic Reticulum Stress Enhances the Risk of Muc5b-associated Lung Fibrosis 2023-01, American journal of respiratory cell and molecular biology IF:5.9Q1 DOI:10.1165/rcmb.2022-0252OC PMID:36108173	研究论文	本文研究了MUC5B基因启动子变异与特发性肺纤维化(IPF)风险增加的关系，以及内质网应激在其中的作用	首次揭示了MUC5B过表达通过内质网应激途径加剧肺纤维化的机制，并证明ISRIB药物可缓解这一过程	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	探究MUC5B基因变异导致肺纤维化的分子机制	MUC5B基因、内质网应激通路、特发性肺纤维化	分子病理学	肺纤维化	RNA测序(单细胞和批量)、转基因小鼠模型	转基因小鼠模型	基因表达数据	转基因小鼠与野生型小鼠的比较研究
70	2025-07-07	Single-cell RNA sequencing identifies a unique ZEB2-Regulated Clec4d+ macrophage state contributing to early inflammatory injury in cardiac hypertrophy 2025-Sep-05, European journal of pharmacology IF:4.2Q1 DOI:10.1016/j.ejphar.2025.177867 PMID:40543740	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，鉴定了一种独特的ZEB2调控的Clec4d+巨噬细胞状态，该状态在心脏肥大的早期炎症损伤中起重要作用	首次在心脏肥大模型中鉴定出Clec4d+巨噬细胞状态，并揭示ZEB2作为其炎症激活的关键调控因子	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证不足	探究巨噬细胞介导的炎症在心脏肥大早期的作用机制	横向主动脉缩窄(TAC)诱导的心脏肥大小鼠模型中的巨噬细胞	单细胞组学	心血管疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq), ChIP-seq	NA	单细胞转录组数据	25,328个来自心脏组织的单细胞
71	2025-07-07	Tissue-origin transcriptomic interactions as indicators of inflammatory aging and aging gene discovery 2025-Sep, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.110534 PMID:40527241	研究论文	该研究提出了一种名为'genomap'的图像表示方法，通过空间编码转录组相互作用来揭示与衰老相关的相互作用模式变化，并构建了一个高精度的组织特异性炎症衰老时钟	创新性地将scRNA-seq数据转换为语义丰富的图像表示（genomap），并利用这种表示揭示衰老相关的相互作用模式变化，而非仅关注基因表达谱的变化	未明确提及具体样本量或实验验证的局限性	开发有效的方法从高维转录组数据中识别精确的免疫遗传衰老标志物	衰老过程中的基因-基因相互作用模式	生物信息学	衰老相关疾病	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	NA
72	2025-07-07	Integrative multi-omics and machine-learning approaches uncover a novel metabolic-related signature associated with cancer-associated fibroblasts in gastric cancer development 2025-Sep, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.110653 PMID:40543274	研究论文	本研究通过整合多组学和机器学习方法，揭示了胃癌发展中与癌症相关成纤维细胞相关的新型代谢特征	首次整合多种数据类型（微阵列、批量RNA-seq和单细胞RNA-seq）并结合机器学习策略，识别出与癌症相关成纤维细胞（CAF_6）相关的代谢特征，该特征与胃癌患者预后显著相关	研究主要基于公开数据集，缺乏独立的前瞻性队列验证	探索胃癌发展中癌症相关成纤维细胞的分子和功能异质性，并开发预后相关的代谢特征	胃癌组织和相关细胞类型（特别是癌症相关成纤维细胞）	数字病理学	胃癌	微阵列、批量RNA-seq、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	机器学习	基因表达数据	使用GSE15459、GSE26253和GSE183904数据集，具体样本数量未明确说明
73	2025-07-07	Single-cell multi-omics analysis reveals the plasticity of isthmus stem cells in gastric carcinogenesis 2025-Sep, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.110662 PMID:40580616	研究论文	通过单细胞多组学分析揭示胃峡部干细胞在胃癌发生中的可塑性	整合单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序数据，识别了胃癌中的三种主要上皮成分，并揭示了胃峡部干细胞在胃癌中的三种不同状态	研究样本量有限，未涉及不同胃癌亚型的比较	探究胃癌发生过程中细胞组成和发育轨迹	胃癌患者的配对肿瘤和邻近组织样本	单细胞多组学	胃癌	scRNA-seq, scATAC-seq	NA	单细胞测序数据	胃癌患者的配对肿瘤和邻近组织样本（具体数量未提及）
74	2025-07-07	Glioma promotes macrophage immunosuppressive phenotype through ANXA1 in a methionine metabolism-dependent manner 2025-Jul-06, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03112-y PMID:40618309	研究论文	本研究探讨了胶质瘤中甲硫氨酸代谢的特征及其与肿瘤免疫微环境的关系，揭示了甲硫氨酸代谢在胶质瘤免疫抑制微环境形成中的作用	首次揭示了胶质瘤细胞通过甲硫氨酸代谢依赖的方式上调ANXA1表达，激活ANNEXIN通路，从而促进巨噬细胞向免疫抑制表型极化	研究主要基于体外实验和生物信息学分析，需要更多体内实验验证	探究甲硫氨酸代谢在胶质瘤免疫抑制微环境形成中的作用机制	胶质瘤患者样本和胶质母细胞瘤(GBM)细胞	肿瘤免疫学	胶质瘤/胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 体外实验	NA	基因表达数据, 单细胞测序数据	胶质瘤患者队列(具体数量未明确)
75	2025-07-07	Cmpk2 Protects Against Acute Lung Injury in Mice 2025-Jul-05, Lung IF:4.6Q1 DOI:10.1007/s00408-025-00829-z PMID:40616692	research paper	该研究探讨了线粒体代谢酶Cmpk2在急性肺损伤（ALI）中的作用及其保护机制	首次揭示了Cmpk2通过STING依赖的机制调节中性粒细胞募集和细菌吞噬功能，从而对抗肺炎	研究主要基于小鼠模型和斑马鱼胚胎，人类样本验证有限	阐明Cmpk2在细菌性肺炎诱发的急性肺损伤中的保护作用机制	Cmpk2基因敲除小鼠、斑马鱼胚胎、ARDS患者样本	分子生物学	急性肺损伤/急性呼吸窘迫综合征	scRNA-seq、流式细胞术、ELISA、GO/KEGG分析	基因敲除动物模型	基因表达数据、细胞表型数据	未明确样本量（使用基因敲除小鼠模型和斑马鱼胚胎）
76	2025-07-07	Lactate-related gene signatures predict prognosis and immune profiles in esophageal squamous cell carcinoma 2025-Jul-05, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-10456-6 PMID:40617965	研究论文	本研究通过识别与乳酸相关的枢纽基因，预测食管鳞状细胞癌（ESCC）的预后和免疫特征	首次在ESCC中识别出六个乳酸相关枢纽基因，并揭示了这些基因与免疫细胞亚群之间的关联	研究仅基于生物信息学分析，需要进一步的实验验证	探索乳酸相关基因在ESCC中的作用及其对预后和免疫特征的影响	食管鳞状细胞癌（ESCC）患者样本和正常样本	癌症研究	食管鳞状细胞癌	scRNA-seq, CellChat分析	NA	基因表达数据	ESCC和正常样本，具体数量未明确说明
77	2025-07-07	Modulation of mitochondrial dysfunction: Mechanisms and strategies for the use of natural products to treat stroke 2025-Jul-05, Neural regeneration research IF:5.9Q1 DOI:10.4103/NRR.NRR-D-25-00016 PMID:40618255	research paper	本文探讨了线粒体功能障碍的调节机制及天然产物在治疗中风中的应用	提出了天然产物通过多靶点调节线粒体功能障碍来治疗中风的新策略	天然产物的临床转化面临成分复杂难以标准化、跨区域临床数据不足以及缺乏长期安全性评估等挑战	研究中风治疗中线粒体功能障碍的调节机制及天然产物的应用	线粒体功能障碍及天然产物	NA	心血管疾病	单细胞测序、类器官模型	NA	NA	NA
78	2025-07-07	Brain macrophages and pial fibroblasts promote inflammation in a hypomyelination model 2025-Jul-04, Acta neuropathologica communications IF:6.2Q1 DOI:10.1186/s40478-025-02063-3 PMID:40615895	research paper	该研究探讨了脑巨噬细胞和软脑膜成纤维细胞在低髓鞘化模型中对炎症的促进作用	揭示了脑巨噬细胞和软脑膜成纤维细胞在慢性炎症和神经功能缺损中的关键作用，并提出了潜在的治疗靶点	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类疾病中验证	了解难治性神经系统疾病中慢性进行性神经功能缺损的机制	Pdgfra条件性敲除小鼠的脑皮质	神经科学	神经系统疾病	单细胞RNA测序，组织学分析	小鼠模型	RNA测序数据，组织学图像	NA
79	2025-07-07	The reprogramming impact of SMAC-mimetic on glioblastoma stem cells and the immune tumor microenvironment evolution 2025-Jul-04, Journal of experimental & clinical cancer research : CR IF:11.4Q1 DOI:10.1186/s13046-025-03452-1 PMID:40616096	研究论文	本研究探讨了SMAC模拟物Xevinapant对胶质母细胞瘤干细胞（GSCs）和肿瘤免疫微环境（TME）的重编程影响	首次在单细胞水平评估Xevinapant对GBM的抗肿瘤和免疫调节作用，并发现其能激活抗肿瘤效应免疫反应	研究主要基于体外和动物模型，临床转化效果尚需进一步验证	开发针对胶质母细胞瘤干细胞同时重编程肿瘤微环境的新型治疗策略	人类和小鼠的胶质母细胞瘤干细胞及肿瘤微环境	肿瘤免疫学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、体外存活实验、原位移植模型	NA	基因表达数据、生存数据	人类和小鼠GSCs模型（具体数量未明确说明）
80	2025-07-07	The impact of T cells on immune-related liver diseases: an overview 2025-Jul-04, Inflammation and regeneration IF:5.0Q1 DOI:10.1186/s41232-025-00387-0 PMID:40616144	综述	本文综述了T细胞在免疫相关肝病中的作用及其生物学特性	利用单细胞RNA测序和空间转录组学等组学技术，阐明了T细胞在肝纤维化进展和恢复中的作用	免疫相关肝病领域仍存在大量未满足的需求	探讨T细胞在非病毒性肝病中的作用及其治疗策略	自身免疫性肝炎（AIH）、原发性硬化性胆管炎（PSC）、原发性胆汁性胆管炎（PBC）和代谢相关脂肪性肝炎（MASH）	免疫学	肝病	单细胞RNA测序、空间转录组学	NA	NA	NA