单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
61	2025-06-09	Characterizing resistant cellular states in nasopharyngeal carcinoma during EBV lytic induction 2025-Jun, Oncogene IF:6.9Q1 DOI:10.1038/s41388-025-03341-z PMID:40133476	研究论文	本研究通过单细胞转录组学分析EBV阳性鼻咽癌细胞对裂解诱导的多样化反应，揭示了一种非响应性细胞状态	发现了一种对EBV裂解诱导不敏感的细胞状态，其特征是SOX2和NTRK2的高表达，并验证了这些基因在表现癌症干细胞样表型中的作用	研究仅使用了NPC43细胞系作为体外模型，可能无法完全反映体内肿瘤的复杂性	探究鼻咽癌细胞对EBV裂解诱导治疗的异质性反应	EBV阳性鼻咽癌细胞系NPC43	肿瘤生物学	鼻咽癌	单细胞转录组学	体外细胞模型	转录组数据	NPC43细胞系
62	2025-06-09	sEV-mediated intercellular transformation from MGAT4AHigh to MGAT4ALow tumor cells via the HOTAIRM1/miR-196b-5p axis promotes apoptosis resistance in CTCL 2025-Jun, Oncogene IF:6.9Q1 DOI:10.1038/s41388-025-03356-6 PMID:40155530	研究论文	本研究探讨了sEVs中封装的ncRNAs在CTCL中介导的细胞间转化及其对凋亡抗性的影响	发现了HOTAIRM1/miR-196b-5p/MGAT4A轴在CTCL中的调控机制，并展示了工程化sEVs的靶向治疗潜力	研究主要基于体外和动物模型，临床转化效果尚需进一步验证	探究CTCL中凋亡抗性的分子机制及潜在治疗方法	CTCL肿瘤细胞和良性CD4+T细胞	肿瘤生物学	皮肤T细胞淋巴瘤(CTCL)	全转录组测序、scRNA-Seq	NA	基因表达数据	未明确提及具体样本数量
63	2025-06-09	Injury and obesity differentially and synergistically induce dysregulation of synovial immune cells in osteoarthritis 2025-Jun, Annals of the rheumatic diseases IF:20.3Q1 DOI:10.1016/j.ard.2025.03.001 PMID:40188009	研究论文	研究探讨了损伤和肥胖如何差异性和协同性地影响骨关节炎（OA）中滑膜免疫细胞的失调	揭示了损伤和肥胖独立及协同作用对滑膜免疫细胞景观失调的影响，为OA发病机制提供了新见解	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性有待验证	探究损伤和肥胖对骨关节炎滑膜免疫细胞的影响	小鼠膝关节囊中的免疫细胞	免疫学	骨关节炎	单细胞转录组学、免疫分析、转基因小鼠模型、遗传命运图谱方法	转基因小鼠模型	转录组数据、免疫分析数据	未明确提及具体样本数量，但使用了对照组和肥胖组小鼠
64	2025-05-10	Insights and perspectives on the role of APOC1 inhibition in modulating immunotherapy outcomes in HCC: Commentary on Inhibition of APOC1 promotes the transformation of M2 into M1 macrophages via the ferroptosis pathway and enhances anti-PD1 immunotherapy in hepatocellular carcinoma based on single-cell RNA sequencing 2025-Jun, Redox biology IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.redox.2025.103564 PMID:40339430	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
65	2025-06-09	Identification of MAGE-A10 specific T cell receptor promising in immunotherapy of hepatocellular carcinoma 2025-Jun, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.144243 PMID:40379175	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和TCR测序技术，鉴定了针对肝细胞癌（HCC）中MAGE-A10抗原的特异性T细胞受体（TCR），为HCC的TCR-T免疫治疗提供了新策略	首次鉴定了针对HCC中MAGE-A10抗原的特异性TCR，并通过功能验证证实了其识别和杀伤HCC细胞的能力	研究样本量有限，且未进行体内实验验证TCR-T的治疗效果	探索肝细胞癌的新型免疫治疗方法	肝细胞癌患者样本中的T细胞受体	免疫治疗	肝细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、TCR测序（scTCR-seq）、NetMHCpan、DLpTCR	NA	单细胞转录组数据、TCR序列数据	肝细胞癌患者样本（具体数量未说明）
66	2025-06-09	Spatial Transcriptomics Shows a Distinctive Tumour Microenvironment in the Invasive Versus Premalignant Portion of Early Cutaneous Squamous Cell Carcinoma 2025-Jun, Experimental dermatology IF:3.5Q1 DOI:10.1111/exd.70125 PMID:40462294	研究论文	通过空间转录组学技术研究早期皮肤鳞状细胞癌（SCC）侵袭部分与前恶性部分肿瘤微环境的基因表达差异	首次在早期皮肤SCC中比较侵袭部分与前恶性部分的肿瘤微环境基因表达差异，并识别出多个与癌症相关成纤维细胞相关的差异表达基因	研究样本量较小（17例患者），且为回顾性研究	探究皮肤鳞状细胞癌从前期病变（光化性角化病）向恶性转化过程中肿瘤微环境的基因表达变化	早期皮肤鳞状细胞癌组织样本（包含侵袭部分和前恶性部分）	数字病理学	皮肤鳞状细胞癌	空间转录组学（NanoString GeoMx Digital Spatial Profiler）	NA	基因表达数据	17例患者的早期皮肤SCC组织样本
67	2025-06-09	DDR2-mediated autophagy inhibition contributes to angiotensin II-induced adventitial remodeling 2025-Jun, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70361 PMID:40468620	研究论文	本研究探讨了DDR2在血管紧张素II诱导的外膜重塑中通过抑制自噬促进成纤维细胞转化的机制	揭示了DDR2通过PI3K/Akt/mTOR通路抑制自噬进而促进成纤维细胞表型转换的新机制	研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性尚需进一步验证	探究DDR2在高血压外膜重塑中的作用机制	血管外膜成纤维细胞(AFs)	心血管疾病	心血管疾病	单细胞RNA测序	小鼠模型	基因表达数据	未明确说明样本数量，使用野生型小鼠和条件性敲除小鼠
68	2025-06-09	RNA binding proteins PCBP1 and PCBP2 regulate pancreatic β cell translation 2025-May-30, Molecular metabolism IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.molmet.2025.102175 PMID:40451383	研究论文	研究RNA结合蛋白PCBP1和PCBP2在胰腺β细胞翻译调控中的作用	揭示了PCBP1和PCBP2在维持β细胞mRNA翻译全局速率中的关键作用，及其对葡萄糖稳态的调控机制	研究主要基于小鼠模型，人类β细胞中的具体机制尚需进一步验证	探究PCBP1和PCBP2在β细胞稳态和翻译调控中的关系及作用机制	胰腺β细胞	分子生物学	糖尿病	单细胞RNA测序、RNA免疫沉淀、CRISPR-Cas9基因敲除、shRNA基因沉默、嘌呤霉素标记	基因敲除小鼠模型	RNA测序数据、蛋白质印迹数据	基因修饰小鼠的β细胞
69	2025-06-09	Spatial and genomic profiling of residual breast cancer after neoadjuvant chemotherapy unveil divergent fates for each breast cancer subtype 2025-May-30, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2025.102164 PMID:40482645	研究论文	通过单细胞空间转录组学和基因组分析，研究乳腺癌新辅助化疗后残留癌症的基因组和微环境特征及其对不同亚型乳腺癌预后的影响	揭示了不同亚型乳腺癌在新辅助化疗后残留癌症的基因组和微环境特征如何影响其预后，特别是发现了TNBC和非TNBC中不同的免疫细胞相互作用和肿瘤内在特征	研究样本可能有限，且未涉及所有乳腺癌亚型	探索乳腺癌新辅助化疗后残留癌症的基因组和微环境特征及其与预后的关系	乳腺癌患者在新辅助化疗后的残留癌症组织	数字病理学	乳腺癌	单细胞空间转录组学、基因组分析	NA	基因组数据、转录组数据	未明确提及具体样本数量
70	2025-06-09	SpaLinker identifies phenotype-associated spatial tumor microenvironment features by integrating bulk and spatial sequencing data 2025-May-29, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2025.100893 PMID:40480216	研究论文	介绍SpaLinker，一种创新的集成框架，利用空间转录组学数据在分子、细胞和组织结构水平上解析空间分辨的肿瘤微环境，并通过整合大量RNA测序数据评估空间定义特征的预后意义	开发了SpaLinker框架，首次实现了空间转录组学数据与临床表型的定量关联，显著提升了空间测序技术的临床应用价值	空间测序样本的临床注释稀缺可能影响分析结果的可靠性	建立空间分辨的肿瘤微环境特征与临床表型之间的关联	肿瘤微环境	数字病理学	泛癌	空间转录组学(ST), bulk RNA-seq	NA	空间转录组数据, bulk RNA-seq数据	多种肿瘤ST数据集
71	2025-06-09	Cardiac Fibroblasts regulate myocardium and coronary vasculature development via the collagen signaling pathway 2025-May-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.11.612512 PMID:39314489	研究论文	本研究揭示了心脏成纤维细胞通过胶原信号通路调控心肌和冠状血管发育的功能	首次系统研究了心脏成纤维细胞与心肌细胞、血管内皮细胞在发育过程中的相互作用关系，并确定了胶原蛋白作为关键信号分子的作用机制	研究主要基于小鼠模型，在人类心脏发育中的适用性需要进一步验证	探究心脏成纤维细胞在心肌和冠状血管发育过程中的调控作用	小鼠心脏成纤维细胞、心肌细胞和血管内皮细胞	发育生物学	心血管疾病	单细胞mRNA测序(scRNA-seq)、RNA染色、Pdgfra-CreER控制的DTA系统	小鼠基因敲除模型	基因表达数据	未明确说明具体样本数量，但涉及多个发育阶段的小鼠心脏组织
72	2025-06-09	HMG Box-containing Protein 1 (HBP1) Protects Against Pancreatic Injury in Acute Pancreatitis but Promotes Neoplastic Progression 2025-May-20, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101536 PMID:40404099	research paper	该研究探讨了HMG盒包含蛋白1（HBP1）在急性胰腺炎（AP）和胰腺导管腺癌（PDAC）中的作用	首次揭示了HBP1在急性胰腺炎中的保护作用及其在致癌KRAS存在下促进胰腺上皮内瘤变（PanIN）进展的双重功能	研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验，人类样本验证有限	阐明HBP1在胰腺炎和胰腺癌早期进展中的功能角色	人类胰腺炎样本、cerulein诱导的AP小鼠模型、胰腺特异性条件性HBP1敲除小鼠	分子病理学	胰腺癌	空间转录组学、多重蛋白检测、组织学分析、免疫染色	条件性基因敲除小鼠模型	基因表达数据、蛋白质数据、组织学图像	人类慢性胰腺炎样本、小鼠模型、诱导性HBP1过表达的人胰腺导管上皮细胞
73	2025-06-09	Selective GSK3α Inhibition Promotes Self-Renewal Across Different Stem Cell States 2025-May-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.16.653860 PMID:40463072	研究论文	本文探讨了选择性抑制GSK3α如何促进不同干细胞状态的自我更新	发现选择性抑制GSK3α（而非泛GSK3α/β抑制）能独立于β-catenin信号通路促进多种干细胞的长期自我更新，并开发了一种支持多种多能干细胞状态稳定共培养的BRD0705/IWR1组合培养系统	未明确提及研究的局限性	探究GSK3α选择性抑制对干细胞自我更新的调控作用	小鼠胚胎干细胞（ESCs）、外胚层干细胞（EpiSCs）和神经干细胞（NSCs）	干细胞生物学	NA	单细胞转录组学、表观基因组分析、功能实验	NA	转录组数据、表观遗传数据	未明确提及具体样本数量，涉及多种干细胞类型
74	2025-06-09	Single-cell meta-analysis of T cells reveals clonal dynamics of response to checkpoint immunotherapy 2025-May-14, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2025.100842 PMID:40187353	研究论文	通过单细胞元分析揭示T细胞克隆在检查点免疫治疗响应中的动态变化	首次在六种癌症类型中分析了大量T细胞的单细胞RNA测序/T细胞受体测序数据，揭示了响应与非响应患者之间克隆扩增的显著差异	研究仅基于六种癌症类型，可能无法推广到所有癌症类型	探究T细胞克隆在免疫检查点抑制剂治疗响应中的作用机制	767,606个T细胞和460个样本	生物信息学	癌症	单细胞RNA测序/T细胞受体测序	NA	单细胞测序数据	460个样本（涵盖6种癌症类型）和767,606个T细胞
75	2025-06-09	Enhanced interpretation of immune cell phenotype and function through a rhesus macaque single-cell atlas 2025-May-14, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2025.100849 PMID:40233746	research paper	该研究通过构建猕猴单细胞多组织图谱（RIRA），对比转录组与免疫谱系，揭示了单细胞RNA测序在免疫细胞分类中的差异与限制	首次构建了以免疫为重点的猕猴单细胞多组织图谱（RIRA），并识别了具有高判别/诊断价值的基因程序	无监督聚类在T细胞和自然杀伤（NK）细胞中可能导致功能不同但表达程序相似的亚群混杂	准确解读单细胞RNA测序数据在免疫细胞表型和功能研究中的应用	猕猴免疫细胞	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	单细胞转录组数据	多组织样本（具体数量未提及）
76	2025-06-09	Single-cell RNA sequencing reveals distinct senotypes and a quiescence-senescence continuum at the transcriptome level following chemotherapy 2025-May-14, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.13.653730 PMID:40463227	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示了化疗后转录组水平上不同的衰老类型和静止-衰老连续体	结合时间推移成像和单细胞RNA测序技术，区分了静止和衰老状态，并发现了两种不同的衰老途径	研究中仅使用了依托泊苷处理后的细胞，可能不适用于其他化疗药物	区分化疗后细胞静止和衰老状态，并研究其转录组特征	化疗处理后的细胞	单细胞测序	癌症	单细胞RNA测序(single-cell RNA-sequencing), 时间推移成像(time-lapse imaging)	伪时间轨迹分析(pseudotime trajectory analysis)	转录组数据	NA
77	2025-06-09	Competing dynamic gene regulatory networks involved in fibroblast reprogramming to hematopoietic progenitor cells 2025-05-13, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2025.102473 PMID:40185089	research paper	该研究开发了一个诱导系统，通过异位表达转录因子SCL和LMO2，将成纤维细胞重编程为造血祖细胞，并研究了重编程过程中的基因调控网络	揭示了成纤维细胞重编程为造血祖细胞过程中基因调控网络的动态竞争，并发现抑制与神经元命运相关的信号通路可以提高重编程效率	研究仅关注了SCL和LMO2两个转录因子的作用，可能忽略了其他潜在的重要调控因子	研究成纤维细胞重编程为造血祖细胞的基因调控机制，以提高重编程效率	成纤维细胞和造血祖细胞	基因调控网络	NA	转录组和表观基因组分析、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据、表观遗传数据	NA
78	2025-06-09	Influenza A virus dissemination and infection leads to tissue resident cell injury and dysfunction in viral sepsis 2025-May-13, EBioMedicine IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.ebiom.2025.105738 PMID:40367638	research paper	该研究通过建立小鼠模型，探讨了H1N1流感病毒在病毒性脓毒症中如何通过血液传播并感染肺外器官，导致细胞死亡和器官功能障碍	首次揭示了H1N1流感病毒通过血液传播感染肺外器官的机制，并比较了病毒性脓毒症与细菌性脓毒症在细胞死亡和器官功能障碍上的差异	研究仅使用了小鼠模型，未涉及人类样本，可能与人体的实际情况存在差异	探究H1N1流感病毒在病毒性脓毒症中如何导致肺外器官损伤和功能障碍	C57BL/6J雄性小鼠	病毒学	病毒性脓毒症	单细胞测序	小鼠模型	基因表达数据	未明确说明小鼠数量，但涉及三个实验组
79	2025-06-09	Identification of maize genes that condition early systemic infection of sugarcane mosaic virus through single-cell transcriptomics 2025-May-12, Plant communications IF:9.4Q1 DOI:10.1016/j.xplc.2025.101297 PMID:40045576	研究论文	通过单细胞转录组学鉴定玉米中影响甘蔗花叶病毒早期系统性感染的基因	首次利用单细胞RNA测序技术研究甘蔗花叶病毒在玉米早期系统性感染中的基因表达变化，并识别出与病毒积累相关的细胞类型和基因	研究仅关注早期系统性感染阶段，未涉及症状表现后的感染过程	探究甘蔗花叶病毒早期系统性感染期间病毒积累与宿主基因表达变化的共变模式	玉米叶片细胞和甘蔗花叶病毒	植物病理学	植物病毒感染	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	RNA测序数据	未明确说明样本数量，但涉及五种玉米细胞类型
80	2025-06-09	Protocol for the imputation of stimulus-induced single-cell gene expression trajectories from time-series scRNA-seq data 2025-May-07, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2025.103811 PMID:40343799	研究论文	提出了一种从时间序列单细胞RNA测序数据中推算单细胞基因表达轨迹的方法	通过降维、转移概率矩阵计算、样条插值和解卷积四个主要计算步骤，推算单细胞基因表达轨迹	未提及具体的数据验证或实验验证结果	研究单细胞基因表达轨迹的推算方法	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	NA