单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
61	2025-09-09	GatorST: A Versatile Contrastive Meta-Learning Framework for Spatial Transcriptomic Data Analysis 2025-Jul-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.07.01.662625 PMID:40672304	研究论文	提出了一种名为GatorST的空间转录组数据分析框架，结合图建模与对比元学习策略	首次将图神经网络、伪标签对比学习和元学习 episodic 训练策略整合到空间转录组分析中，同时捕捉局部和全局空间上下文	NA	开发一个通用框架以提升空间转录组数据的下游分析任务性能	空间转录组数据	生物信息学	NA	空间转录组技术	图神经网络，对比学习，元学习	基因表达空间数据	14个空间转录组数据集
62	2025-09-09	Motor learning drives region-specific transcriptomic remodeling in the motor cortex and dorsal striatum 2025-Jul-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.07.11.664268 PMID:40791319	研究论文	本研究通过结合活动依赖性遗传标记和单细胞RNA测序，揭示了运动学习过程中运动皮层和背侧纹状体的细胞类型特异性转录组重塑	首次创建了行为参与种群的无偏细胞类型分辨转录图谱，并发现Htr3a表达中间神经元在技能性抓取任务中的选择性招募	NA	阐明运动学习相关的分子机制和突触回路重塑	运动皮层(M1)和背侧纹状体(dSTR)的神经元和胶质细胞	神经科学	NA	TRAP（活动依赖性遗传标记）、单细胞RNA测序、双光子钙成像	NA	转录组数据、成像数据	NA
63	2025-09-09	Cellular basis for cortical network aging in primates 2025-Jul-12, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.07.08.663725 PMID:40672262	研究论文	通过整合皮层相似性网络和全脑空间转录组学，揭示灵长类动物大脑皮层网络老化的细胞基础	首次在灵长类动物生命周期队列中结合跨尺度数据，发现深层兴奋性神经元、少突胶质细胞和特定抑制性细胞类型与皮层网络老化的关联	研究基于猕猴模型，人类直接适用性需进一步验证；跨尺度数据整合存在方法学挑战	探究大脑皮层网络在老化和功能失调过程中的细胞水平变化机制	64只猕猴（年龄1-26岁）的大脑皮层组织和转录组数据	神经科学	老年疾病	空间转录组学、皮层相似性网络分析	NA	转录组数据、成像数据	64只猕猴
64	2025-09-09	Single-cell analysis unveils immune dysregulation and EBV-driven lymphoproliferative disorder in pediatric liver transplant recipients 2025-Jul, Human immunology IF:3.1Q3 DOI:10.1016/j.humimm.2025.111309 PMID:40263002	研究论文	本研究通过单细胞测序技术揭示了儿童肝移植受者中EBV驱动的移植后淋巴增殖性疾病（PTLD）的免疫微环境异常	首次在单细胞分辨率下系统描绘PTLD患者的免疫失调特征，特别是EBV感染对记忆B细胞和浆细胞的靶向作用	样本量有限，且仅关注了外周血单核细胞，未涉及组织微环境	阐明儿童肝移植后EBV相关淋巴增殖性疾病的免疫机制	儿童肝移植受者（包括PTLD患者、EBV阳性非PTLD患者、EBV阴性患者）和健康儿童	免疫学	移植后淋巴增殖性疾病	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	NA	单细胞转录组数据	四组研究对象：PTLD伴EBV感染组、EBV阳性非PTLD组、EBV阴性移植组和健康儿童组
65	2025-09-09	Single-cell RNA sequencing identifies accumulation of Fcgr2b+ virtual memory like CD8 T cells with cytotoxic and inflammatory potential in aged mouse white adipose tissue 2025-Jun-30, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.27.661935 PMID:40631318	研究论文	通过单细胞RNA测序鉴定老年小鼠白色脂肪组织中具有细胞毒性和炎症潜能的Fcgr2b+虚拟记忆样CD8 T细胞的积累	首次发现生理性衰老（而非高脂饮食诱导的肥胖）与特定表型的Fcgr2b+CD49d-虚拟记忆样CD8 T细胞在脂肪组织中的积累相关，并揭示这些细胞的细胞毒性和炎症潜能	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类组织中验证；样本规模相对较小	比较衰老和高脂饮食诱导的肥胖状态下脂肪组织炎症机制的差异，识别特异性调控靶点	年轻正常饮食小鼠、年轻高脂饮食小鼠和老年正常饮食小鼠的性腺白色脂肪组织（gWAT）基质血管组分	单细胞生物学	老年性疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq），流式细胞术	NA	单细胞转录组数据	多组小鼠（年轻正常饮食、年轻高脂饮食、老年正常饮食）的脂肪组织样本
66	2025-09-09	The Dual Molecular Identity of Vestibular Kinocilia: Bridging Structural and Functional Traits of Primary and Motile Cilia 2025-Jun-23, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.04.16.647417 PMID:40568142	研究论文	本研究揭示前庭毛细胞动纤毛具有独特的分子特征，兼具初级纤毛和运动纤毛的特性	首次通过单细胞RNA测序发现前庭动纤毛同时富集初级纤毛和运动纤毛相关基因，并证实其具有自发运动能力	NA	阐明前庭动纤毛的结构、分子组成和功能特性	前庭毛细胞和耳蜗毛细胞	分子生物学	NA	单细胞RNA测序、免疫染色、活体成像	NA	基因表达数据、图像数据	成年动物（包括牛蛙、小鼠、斑马鱼和人类）的前庭毛细胞
67	2025-09-09	QCatch: A framework for quality control assessment and analysis of single-cell sequencing data 2025-Jun-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.15.659779 PMID:40667252	研究论文	介绍了一个名为QCatch的Python框架，用于单细胞测序数据的质量控制和报告生成	开发了专门针对alevin-fry和simpleaf输出的标准化QC报告工具，提供交互式HTML报告和丰富的可视化功能	NA	为单细胞测序数据提供质量控制和标准化报告生成	单细胞测序数据的质量评估和分析	生物信息学	NA	单细胞测序	NA	测序数据	NA
68	2025-09-09	Towards interpretable molecular and spatial analysis of the tumor microenvironment from digital histopathology images with HistoTME-v2 2025-Jun-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.11.658673 PMID:40747415	研究论文	提出一种基于弱监督深度学习的框架HistoTME-v2，直接从H&E全玻片图像预测肿瘤微环境中细胞类型特异性转录组特征活性及空间分布	将HistoTME框架扩展到泛癌种分析（25种实体瘤），无需单细胞注释即可实现高精度转录组特征预测和空间分布解析	性能依赖于训练数据质量和规模，外部验证集相关系数（0.53）较内部验证（0.61）有所下降	开发低成本、高通量的肿瘤微环境分析工具，替代传统空间转录组/蛋白组技术	肿瘤微环境（TME）中的免疫和基质细胞类型	数字病理学	多癌种实体瘤（包括非小细胞肺癌等25种类型）	弱监督深度学习，空间转录组验证（CODEX, IHC, Visium）	深度学习框架（具体架构未明确说明）	H&E染色全玻片图像（WSI）	内部验证：7,586 WSIs（6,901患者，24癌种）；外部验证：5,657 WSIs（1,775患者，9癌种）；空间验证：259 WSIs（154患者，7癌种）
69	2025-09-09	Characterization of hyperoxia-induced senescent lung macrophages in neonatal mice 2025-May-10, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.09.652066 PMID:40654880	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析揭示了新生小鼠高氧诱导的衰老肺巨噬细胞的异质性及其代谢重编程特征	首次在高氧诱导的肺损伤模型中系统鉴定衰老巨噬细胞的亚群特征，发现其存在M1和肺泡巨噬细胞分化倾向及代谢通路转换	研究基于小鼠模型，结果向人类早产儿支气管肺发育不良的直接转化需进一步验证	探究高氧暴露下新生小鼠肺组织中衰老巨噬细胞的分子特征和功能异质性	新生小鼠肺组织中的巨噬细胞	数字病理学	支气管肺发育不良	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	NA	基因表达数据	基于数据集GSE207866（含高氧暴露组和空气对照组小鼠肺细胞）
70	2025-09-09	Polymorphic tandem repeats influence cell type-specific gene expression across the human immune landscape 2025-Apr-09, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.02.621562 PMID:40291654	研究论文	本研究通过全基因组和单细胞RNA测序分析，揭示了人类免疫细胞中多态性串联重复序列对细胞类型特异性基因表达的关键调控作用	首次在大规模单细胞水平系统鉴定超过6.2万个单细胞表达数量性状串联重复位点，发现16.6%具有细胞类型特异性，并精确定位4,283个候选因果驱动位点	研究仅基于血液来源细胞，未涵盖其他组织类型；串联重复序列的准确识别仍存在技术挑战	探究多态性串联重复序列对人类免疫细胞类型特异性基因表达的调控机制	1,925个个体的血液来源细胞，涵盖28种不同免疫细胞类型	基因组学	免疫相关疾病	全基因组测序、单细胞RNA测序	数量性状位点分析	基因组序列数据、单细胞转录组数据	超过540万个血液细胞，来自1,925个个体
71	2025-09-09	Astragalus polysaccharide reduces the severity of acute pancreatitis under a high-fat diet through enriching L. reuteri and propionate 2025-Apr, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.140021 PMID:39837455	研究论文	本研究探讨黄芪多糖通过富集罗伊氏乳杆菌和丙酸盐减轻高脂饮食下急性胰腺炎严重程度的机制	首次揭示黄芪多糖通过肠道菌群-胰腺轴调控机制缓解急性胰腺炎，并发现罗伊氏乳杆菌与丙酸盐的协同治疗作用	研究基于小鼠模型，人类临床应用效果仍需进一步验证	研究黄芪多糖对高脂饮食诱导的急性胰腺炎的保护作用及机制	小鼠模型	消化系统疾病研究	急性胰腺炎	单细胞RNA测序	动物疾病模型	基因表达数据、微生物组数据	小鼠实验样本
72	2025-09-09	Genome-wide prediction of dominant and recessive neurodevelopmental disorder-associated genes 2025-Mar-06, American journal of human genetics IF:8.1Q1 DOI:10.1016/j.ajhg.2025.02.001 PMID:40015282	研究论文	提出一种基于机器学习的计算方法，用于预测与神经发育障碍相关的显性和隐性遗传基因	整合单细胞RNA测序数据与300种正交特征，在半监督框架中训练遗传模式特异性模型，显著提升基因预测效能	NA	加速神经发育障碍风险基因的识别与发现	人类大脑皮层发育过程中的基因表达模式	机器学习	神经发育障碍	单细胞RNA测序, 机器学习	mantis-ml (半监督机器学习框架)	基因表达数据, 蛋白质相互作用数据, 遗传耐受性指标	NA
73	2025-09-09	A survey of biclustering and clustering methods in clustering different types of single-cell RNA sequencing data 2025-Jan-15, Briefings in functional genomics IF:2.5Q3 DOI:10.1093/bfgp/elaf010 PMID:40795763	综述	本文综述了双聚类和聚类方法在单细胞RNA测序数据分析中的应用与性能评估	系统比较了5种双聚类和21种聚类方法在10个真实scRNA-seq数据集上的表现，并从六个维度量化数据集特性以推荐最佳方法	NA	评估无监督方法在scRNA-seq数据中的细胞亚型识别能力，为未来研究提供方法选择指南	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	双聚类与聚类方法	基因表达数据	10个公开真实数据集
74	2025-09-09	A framework to mine laser microdissection-based omics data and uncover regulators of pancreatic cancer heterogeneity 2025-Jan-06, GigaScience IF:11.8Q1 DOI:10.1093/gigascience/giaf101 PMID:40910795	研究论文	提出并验证了一个用于挖掘激光显微切割组学数据的框架，以揭示胰腺癌异质性的调控因子	开发了优化的LMD-seq方法，在检测低表达基因方面优于单细胞RNA-seq，并能识别罕见肿瘤细胞群体和低表达转录程序	NA	阐明胰腺导管腺癌(PDAC)肿瘤内异质性的分子机制和调控网络	胰腺导管腺癌(PDAC)的空间分辨肿瘤区域	生物信息学	胰腺癌	RNA-seq, 激光显微切割测序(LMD-seq)	NA	组学数据	多个空间分辨的激光显微切割肿瘤区域
75	2025-09-09	Discovery of Multiple Effects of Reactive Oxygen Species on Lung Adenocarcinoma at the Single-cell and Bulk Tissue Levels 2025, Current medicinal chemistry IF:3.5Q2 DOI:10.2174/0109298673291009240219055808 PMID:38485675	研究论文	本研究通过单细胞和批量转录组数据分析活性氧（ROS）对肺腺癌的多重影响，并开发与ROS相关的基因特征用于预后评估	首次在单细胞和批量组织水平系统揭示ROS对肺腺癌的多重影响，并构建ROS相关基因特征	NA	探究ROS在肺腺癌发展和治疗中的作用机制	肺腺癌（LUAD）患者组织样本	生物信息学	肺癌	scRNA-seq, 转录组分析, LASSO回归, 多元回归分析	NA	RNA测序数据	NA
76	2025-09-09	Enhancing Single-Cell RNA-Seq Data Completeness With a Graph Learning Framework 2025 Jan-Feb, IEEE transactions on computational biology and bioinformatics DOI:10.1109/TCBB.2024.3492384 PMID:39504287	研究论文	提出基于变分图自编码器的单细胞RNA测序数据插补方法VAImpute，通过图学习框架提升数据完整性	利用细胞/基因间的copula相关性构建网络，通过变分图自编码器学习数据分布并预测dropout事件	NA	解决单细胞RNA测序中的dropout问题，提高数据完整性	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq, 图学习, 变分自编码器	变分图自编码器 (VGAE)	基因表达矩阵	模拟和真实scRNA-seq数据集
77	2025-09-09	RORα-activated mitophagy attenuating hypoxic-ischemic encephalopathy via suppression of microglial cGAS-STING axis 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1592737 PMID:40799648	研究论文	本研究揭示RORα通过激活线粒体自噬抑制小胶质细胞cGAS-STING轴，从而减轻缺氧缺血性脑病的神经炎症	首次发现RORα作为关键调控因子，通过增强线粒体自噬抑制mtDNA-cGAS-STING-NLRP3信号通路，为HIE治疗提供新靶点	研究主要基于大鼠模型，临床转化需进一步验证；使用抑制剂3-MA验证通路但可能存在脱靶效应	探究RORα如何通过调控线粒体自噬抑制小胶质细胞炎症反应，寻找HIE治疗新策略	老年小胶质细胞和HIE大鼠模型	神经免疫学	缺氧缺血性脑病	scRNA-seq, WGCNA, LASSO回归, RT-qPCR, Western Blot, ELISA	NA	基因组数据、行为学数据、分子表达数据	HIE大鼠模型（具体数量未明确说明）和体外细胞模型
78	2025-09-09	A drug response prediction method for single-cell tumors combining attention networks and transfer learning 2025, Frontiers in medicine IF:3.1Q1 DOI:10.3389/fmed.2025.1631898 PMID:40917838	研究论文	提出一种结合注意力网络和迁移学习的单细胞肿瘤药物反应预测方法	首次将迁移学习与多头注意力机制结合，利用批量细胞数据预训练后预测单细胞药物反应，并可视化细胞状态转变过程	NA	提高单细胞水平肿瘤药物反应预测准确性以支持个性化癌症治疗	肿瘤细胞系（小鼠急性髓系白血病细胞和人类口腔鳞状细胞癌细胞）	机器学习	癌症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	注意力网络（Attention Network）与迁移学习	基因表达数据	四个单细胞RNA测序数据集
79	2025-09-09	Integrative scRNA-seq and transcriptomic analysis initially reveals monocyte/macrophage activation drives EV-A71-induced immune dysregulation and neural injury in severe HFMD 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1620633 PMID:40918094	研究论文	通过整合单细胞RNA测序和转录组分析，揭示单核/巨噬细胞激活在EV-A71所致重症手足口病免疫失调和神经损伤中的作用	首次结合scRNA-seq和动态转录组分析揭示巨噬细胞早期激活是EV-A71引发重症HFMD的关键驱动因素，并识别出相关差异表达基因和信号通路	研究样本量较小（一名重症患者和一名健康对照），且体外实验可能无法完全模拟体内复杂环境	探究EV-A71感染导致重症手足口病的免疫机制，特别是巨噬细胞介导的免疫失调作用	外周血单核细胞（PBMCs）、巨噬细胞、神经细胞（SH-SY5Y）	生物信息学	手足口病	scRNA-seq, 转录组测序, GO注释, KEGG通路分析	NA	单细胞RNA测序数据, 转录组数据	一名EV-A71感染重症HFMD患者和一名健康对照的PBMCs样本
80	2025-09-09	Exploring research trends in cancer immunotherapy via single-cell technologies: a scientometric perspective 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1640224 PMID:40918118	综述	通过科学计量学方法分析单细胞技术在癌症免疫治疗领域的研究趋势	首次采用多工具联合对单细胞测序在癌症免疫治疗中的应用进行量化分析与可视化研究	数据仅来源于Web of Science核心合集，可能存在文献覆盖不全的局限性	探索单细胞技术在癌症免疫治疗中的研究热点与发展趋势	4856篇相关科学文献	生物信息学	癌症	单细胞测序、空间转录组学	NA	文献元数据	4856篇文献