单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
61	2025-08-11	Elucidating brain transport pathways and cell type-dependent gene silencing of a durable lipid-siRNA conjugate administered into cerebrospinal fluid 2025-Jun-20, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkaf600 PMID:40598893	研究论文	本文研究了脂质-siRNA共轭物（L2-siRNA）在脑脊液中注射后在大脑中的运输途径及细胞类型依赖性基因沉默效果	开发了一种新型脂质-siRNA共轭物（L2-siRNA），能够在脑脊液中有效运输并在大脑中实现长期基因沉默，且无毒性	研究主要基于小鼠和大鼠模型，尚未在人类中进行验证	探索脂质-siRNA共轭物在大脑中的运输途径和基因沉默效果，为中枢神经系统疾病的治疗提供新方法	小鼠和大鼠的大脑组织	神经科学	中枢神经系统疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠和大鼠的大脑组织样本
62	2025-08-11	Neuroprotectin D1 and GPR37 protect against chemotherapy-induced peripheral neuropathy and the transition from acute to chronic pain 2025-Jun, Pharmacological research IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.phrs.2025.107746 PMID:40287118	research paper	研究神经保护素D1（NPD1）和GPR37在化疗引起的周围神经病变（CIPN）及急性疼痛向慢性疼痛转变中的保护作用	揭示了GPR37在感觉神经元和巨噬细胞中的表达及其在CIPN中的作用，以及NPD1通过GPR37依赖性机制保护感觉神经元免受化疗药物损伤	研究主要基于小鼠模型，人类DRG样本的数据有限，需要进一步验证	探究NPD1和GPR37在化疗引起的周围神经病变和疼痛慢性化中的作用	小鼠背根神经节（DRG）神经元和巨噬细胞，人类DRG样本	神经科学	化疗引起的周围神经病变（CIPN）	空间转录组学分析	Gpr37敲除小鼠模型	mRNA表达数据，行为学数据，组织学数据	小鼠DRG神经元和巨噬细胞，人类DRG样本
63	2025-08-11	Integrative spatial omics reveals distinct tumor-promoting multicellular niches and immunosuppressive mechanisms in Black American and White American patients with TNBC 2025-Mar-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.03.17.585428 PMID:38562769	研究论文	本研究通过整合空间组学技术，揭示了非裔美国人和白种美国人三阴性乳腺癌患者中不同的肿瘤促进多细胞生态位和免疫抑制机制	首次使用成像质谱流式和空间转录组学相结合的多组学方法，系统比较了不同种族TNBC患者的肿瘤微环境差异	样本量可能有限，且未探讨这些差异的具体分子机制	探究三阴性乳腺癌临床结果种族差异的生物学机制	自我认定为非裔美国人(BA)和白种美国人(WA)的三阴性乳腺癌患者	数字病理学	乳腺癌	成像质谱流式, 空间转录组学	NA	空间多组学数据	未明确说明具体样本数量(BA和WA TNBC患者)
64	2025-08-11	Immunotherapy enhances the risk of tumor oxidative stress and metastasis in lung cancer with radiation pneumonitis 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1629170 PMID:40777001	研究论文	本研究探讨了放射性肺炎（RP）对肺癌免疫治疗的影响及其生物学机制，发现免疫治疗在RP背景下增强了肺癌的肝转移，并揭示了RP与免疫治疗协同加剧脂质代谢失调和氧化应激的机制	揭示了RP不仅是毒性反应，而且是肿瘤-免疫-代谢景观的主动调节者，通过解析RP-ICB-代谢轴，阐明了免疫治疗耐药的新机制	研究主要基于小鼠模型和单中心临床数据，需要在更广泛的人群中进行验证	探讨放射性肺炎对肺癌免疫治疗的影响及其生物学机制	小鼠RP模型和原位肺癌模型，以及多中心肺腺癌队列的临床数据	肿瘤免疫学	肺癌	单细胞RNA测序	小鼠模型	基因表达数据和临床数据	多中心肺腺癌队列的临床数据和单细胞RNA测序数据
65	2025-08-11	Themis differentially regulates T follicular helper cell differentiation during early and late stages of chronic viral infection 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1638178 PMID:40777021	研究论文	本研究揭示了Themis在慢性病毒感染期间对T滤泡辅助细胞（TFH）分化的双阶段调控作用	发现Themis在慢性病毒感染早期促进TFH细胞分化，而在后期抑制其分化，揭示了其功能具有时间和上下文依赖性	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类系统中验证	阐明Themis在慢性抗原刺激下对外周CD4⁺ T细胞分化的调控机制	野生型和Themis条件性敲除小鼠中的CD4⁺ T细胞	免疫学	慢性病毒感染	流式细胞术、组织学分析、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	小鼠慢性淋巴细胞性脉络丛脑膜炎病毒（LCMV）感染模型	细胞表型数据、基因表达数据	野生型和Themis条件性敲除小鼠
66	2025-08-11	Revolutionizing cervical cancer treatment: single-cell sequencing of TSPAN1+ tumor EPCs and immune checkpoints to assess drug sensitivity and optimize therapy 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1574174 PMID:40777026	研究论文	本研究利用多组学和单细胞测序技术探索宫颈癌的免疫景观、细胞异质性和药物敏感性，重点关注肿瘤亚型及其与免疫细胞的相互作用，以理解治疗反应	通过单细胞测序鉴定出宫颈癌中不同的肿瘤上皮细胞亚型，并探索其在肿瘤进展、免疫逃逸和治疗反应中的作用，强调了肿瘤上皮细胞作为预后生物标志物和个性化治疗靶点的潜力	NA	理解宫颈癌肿瘤微环境的免疫景观和细胞异质性，以优化治疗策略	宫颈癌肿瘤微环境中的肿瘤上皮细胞和免疫细胞	数字病理学	宫颈癌	多组学和单细胞测序	NA	单细胞测序数据	NA
67	2025-08-11	Blood samples collected under anesthesia can be used as a source of non-diseased controls for immune-based assays 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1618080 PMID:40777034	研究论文	探讨在全身麻醉下采集的血液样本是否可作为健康儿童免疫检测的非疾病对照	首次评估吸入麻醉诱导对儿童免疫系统组成和转录谱的即时影响，并提出此类样本作为研究健康儿童免疫反应的可行来源	研究仅针对特定麻醉组合（一氧化二氮和七氟烷）的影响，未评估其他麻醉方案或长期免疫效应	解决健康儿童年龄匹配对照样本获取的伦理和实践难题	接受择期牙科手术的麻醉儿童血液样本	免疫学研究	NA	多参数流式细胞术、批量RNA测序、单细胞RNA测序（10x Genomics平台）	NA	血液免疫细胞组成数据、转录组数据	未明确提及具体样本量，研究对象为择期牙科手术儿童群体
68	2025-08-11	Single-cell sequencing combined with machine learning to identify glioma biomarkers and therapeutic targets 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1629102 PMID:40777122	研究论文	本研究结合单细胞测序和机器学习技术，探索胶质瘤异质性并识别与胶质母细胞瘤复发相关的关键生物标志物	首次结合单细胞测序和机器学习方法构建基于分化相关基因的预后模型，并发现泛素化在胶质母细胞瘤中的重要作用	研究样本量有限，且仅基于公共数据库数据，需要进一步实验验证	探索胶质瘤异质性并识别关键生物标志物和治疗靶点	胶质瘤组织和细胞	数字病理学	胶质母细胞瘤	单细胞测序，RNA-seq	LASSO，SVM-RFE	转录组数据	来自GEO（GSE159416、GSE159605和GSE186057）和TCGA数据库的数据
69	2025-08-11	Dual Roles of SIRT7 Inhibition by Oroxylin A Reprogram HSCs Fate: PRMT5 Succinylation-Driven Senescence and Ecto-Calreticulin-Dependent NK Cell Immune Clearance in Liver Fibrosis 2025, Research (Washington, D.C.) DOI:10.34133/research.0808 PMID:40777599	research paper	该研究揭示了Oroxylin A通过抑制SIRT7的双重作用，重编程肝星状细胞命运，从而在肝纤维化中发挥治疗作用	发现Oroxylin A通过抑制SIRT7的双重作用，触发PRMT5的琥珀酰化依赖性降解和ecto-CRT依赖的NK细胞免疫清除机制	研究中使用的酶失活突变体SIRT7 (H187Y) 仍能抑制OA促进的ecto-CRT表达，表明该机制不依赖于其去琥珀酰化活性	探究肝纤维化中肝星状细胞活化的分子机制及潜在治疗策略	肝星状细胞(HSCs)、自然杀伤细胞(NK cells)	分子生物学	肝纤维化	单细胞转录组测序、生物信息学分析、Western blotting、免疫荧光、共免疫沉淀	NA	分子生物学实验数据、单细胞转录组数据	人类样本、动物模型和原代培养细胞
70	2025-08-11	PCLDA: An interpretable cell annotation tool for single-cell RNA-sequencing data based on simple statistical methods 2025, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2025.07.019 PMID:40778314	research paper	提出了一种基于简单统计方法的可解释单细胞RNA测序数据注释工具PCLDA	PCLDA通过三个模块（基于t检验的基因筛选、PCA和LDA）结合简单统计方法，提高了注释的准确性和鲁棒性，并在跨数据集和跨平台条件下表现优异	模型保留了原始假设，可能在某些复杂情况下表现不如更复杂的机器学习方法	开发一种准确、可靠且可解释的单细胞RNA测序数据细胞类型注释工具	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	PCA, LDA	基因表达数据	22个公共scRNA-seq数据集和35个不同的评估场景
71	2025-08-11	Randomized Spatial PCA (RASP): a computationally efficient method for dimensionality reduction of high-resolution spatial transcriptomics data 2024-Dec-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.20.629785 PMID:39763720	研究论文	介绍了一种名为RASP的计算高效降维方法，用于高分辨率空间转录组学数据分析	RASP是一种新颖的空间感知降维方法，计算速度比现有技术快几个数量级，并能扩展到具有数十万个位置的空间转录组数据	NA	开发一种计算高效的降维方法，用于分析高分辨率空间转录组数据	空间转录组学数据	生物信息学	NA	随机化两阶段主成分分析(PCA)框架	PCA	空间转录组数据	四个公开可用的ST数据集(10x Visium, Stereo-Seq, MERFISH和10x Xenium)，涉及人类和小鼠组织
72	2025-08-11	Thrombopoietin mimetic reduces mouse lung inflammation and fibrosis after radiation by attenuating activated endothelial phenotypes 2024-Nov-08, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.181330 PMID:39513364	研究论文	研究血小板生成素模拟物（TPOm）在小鼠放射诱导的肺损伤（RILI）中的保护作用及机制	首次发现TPOm通过抑制内皮细胞活化减轻RILI，并改善肺血管结构和功能	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体中验证	探索TPOm在预防和治疗放射诱导的肺损伤中的效果及机制	小鼠模型和原代肺微血管内皮细胞	放射生物学	肺癌	单细胞RNA测序	小鼠全胸照射（WTI）模型	基因表达数据和组织学数据	未明确说明小鼠数量，但涉及多个时间点的分析
73	2025-08-11	Targeting immune-fibroblast cell communication in heart failure 2024-Nov, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-08008-5 PMID:39443792	研究论文	本研究探讨了人类心脏疾病中免疫-成纤维细胞通讯的分子机制，并提出了针对心脏纤维化的新治疗策略	首次揭示了人类心脏疾病中免疫-成纤维细胞通讯的分子机制，并验证了靶向IL-1β信号通路治疗心脏纤维化的潜力	研究样本量有限（45例），且需要进一步验证治疗策略的长期效果和安全性	探索心脏纤维化的分子机制并开发针对性治疗策略	健康供体、急性梗死和慢性心力衰竭的人类心脏组织	心血管疾病	心血管疾病	单细胞多组学基因表达分析、表位定位、染色质可及性分析、空间转录组学	NA	基因表达数据、表位数据、染色质可及性数据	45例人类心脏组织（包括健康供体、急性梗死和慢性心力衰竭病例）
74	2025-08-11	[Identification of prognostic genes in prostate cancer by single-cell sequencing combined with Mendelian randomization] 2024-Nov, Zhonghua nan ke xue = National journal of andrology PMID:40783865	研究论文	通过单细胞测序结合孟德尔随机化方法识别前列腺癌预后相关基因	结合单细胞测序和孟德尔随机化方法识别前列腺癌预后关键基因	样本量较小（仅4例PCa单细胞测序数据），需进一步验证	鉴定参与前列腺癌发展和预后的关键基因	前列腺癌患者（来自GSE156632、TCGA和GEO数据库）	生物信息学	前列腺癌	单细胞测序、孟德尔随机化、COX回归分析	NA	单细胞测序数据、SNP数据、基因表达数据	4例PCa单细胞数据（GSE156632）+ TCGA/GEO临床数据
75	2025-08-11	Single Cell Profiling in the Sox10 Dom/+ Hirschsprung Mouse Implicates Hoxa6 in Enteric Neuron Lineage Allocation 2024-Sep-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.18.613729 PMID:39345473	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，探讨了Sox10 Dom/+突变对肠神经系统神经元谱系分配的影响，特别是Hoxa6在神经元分化中的作用	首次报道了Hox基因在肠神经元谱系多样化中的作用，揭示了Sox10 Dom/+突变通过改变神经元轨迹影响神经元类型的新机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类样本中验证	探究Sox10缺陷如何改变肠神经元亚型的比例及其分子机制	Sox10 +/+和Sox10 Dom/+同窝小鼠的肠神经系统前体细胞、发育中的神经元和肠胶质细胞	发育生物学	先天性巨结肠症	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、杂交链式反应(HCR)	小鼠模型	单细胞转录组数据	Sox10 +/+和Sox10 Dom/+同窝小鼠的肠神经系统细胞
76	2025-08-11	Cellular dynamics in pig-to-human kidney xenotransplantation 2024-Aug-09, Med (New York, N.Y.) DOI:10.1016/j.medj.2024.05.003 PMID:38776915	研究论文	通过单细胞RNA测序和纵向RNA测序分析，研究猪到人肾脏异种移植中的细胞动态和免疫反应	首次使用单细胞RNA测序和纵向RNA测序技术，详细描述了猪到人肾脏异种移植过程中的细胞动态变化和免疫反应	研究仅基于两例异种移植案例，样本量较小	优化异种移植的基因编辑和免疫抑制方案，以解决器官捐赠短缺问题	猪肾脏和接受异种移植的人类患者的PBMCs	生物医学工程	器官移植	scRNA-seq, 纵向RNA-seq	NA	RNA测序数据	两例猪到人肾脏异种移植案例
77	2025-08-11	B cells expressing mutated IGHV1-69-encoded antigen receptors related to virus neutralization show lymphoma-like transcriptomes in patients with chronic HCV infection 2024-08-01, Hepatology communications IF:5.6Q1 DOI:10.1097/HC9.0000000000000503 PMID:39082968	研究论文	该研究探讨了慢性HCV感染中B细胞表达与病毒中和相关的突变抗原受体，并揭示了这些细胞在患者中表现出类似淋巴瘤的转录组特征	发现慢性HCV感染患者中携带特定突变的B细胞表现出类似淋巴瘤的转录组特征，并揭示了这些细胞在病毒清除后仍持续存在的机制	研究主要基于体外模型和转录组分析，未直接证明这些细胞在体内导致淋巴瘤的发生	探究慢性HCV感染与B细胞异常及淋巴瘤风险增加的机制	慢性HCV感染患者和病毒清除后患者的B细胞	免疫学	HCV感染	BCR测序、单细胞RNA测序	TKO模型	测序数据	慢性HCV感染患者和病毒清除后患者的样本
78	2025-08-10	Pan-cancer analysis of acetylcholinesterase (AChE) expression by a data-driven approach: future directions of AChE in cancer neuroscience 2025-Oct-08, Chemico-biological interactions IF:4.7Q1 DOI:10.1016/j.cbi.2025.111647 PMID:40651751	研究论文	通过数据驱动的方法对乙酰胆碱酯酶（AChE）在泛癌中的表达特征进行了全面的生物信息学分析	首次从泛癌角度揭示了AChE表达与癌症发展和预后的相关性，并预测了AChE在GBM进展中的潜在作用	研究结果基于生物信息学分析，需要进一步的实验验证	探究AChE表达与癌症发展和预后的关系	泛癌数据集和GBM患者的单细胞RNA测序数据	癌症神经科学	多种癌症（包括胰腺癌、胶质母细胞瘤等）	生物信息学分析、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	来自TCGA和GTEx数据库的泛癌数据集以及GBM患者的单细胞RNA测序数据
79	2025-08-10	The m5C reader Alyref regulates cardiac remodeling post-myocardial infarction by modulating extracellular matrix protein synthesis in cardiac fibroblasts 2025-Oct, Biochimica et biophysica acta. Molecular cell research DOI:10.1016/j.bbamcr.2025.120011 PMID:40562236	研究论文	本研究探讨了m5C阅读器Alyref在心肌梗死后心脏重塑中的作用，特别是通过调节心脏成纤维细胞中细胞外基质蛋白的合成	首次揭示了Alyref通过调节Fbln1/Loxl1通路影响心脏成纤维细胞的增殖和转分化，进而调控心脏重塑的新机制	研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验，尚未在人体中进行验证	探究m5C修饰与心肌梗死后心脏重塑的关系	心肌梗死小鼠模型和缺氧诱导的原代新生心脏成纤维细胞	心血管疾病研究	心血管疾病	生物信息学分析、免疫荧光、组织病理学、Western blot、AAV感染	小鼠心肌梗死模型	基因表达数据、蛋白质数据	未明确说明样本数量
80	2025-08-10	Current insight into HIV-1 persistence from single-cell transcriptome profiling in acutely treated cohorts of infection 2025-Sep-01, Current opinion in HIV and AIDS IF:4.5Q1 DOI:10.1097/COH.0000000000000962 PMID:40638066	review	本文综述了利用单细胞转录组学技术研究HIV-1急性感染治疗队列中病毒持久性机制的最新进展	利用scRNA-seq技术揭示HIV-1感染者体内细胞异质性，发现新的限制因子和潜伏因子，并鉴定病毒储存库细胞的标志物	主要基于急性感染治疗队列的研究结果，可能不适用于慢性感染情况	阐明HIV-1病毒储存库的形成和持久性机制	HIV-1感染者的单细胞	基因组学	HIV感染	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	转录组数据	急性HIV-1感染治疗队列中的数十万个单细胞