单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
61	2025-10-03	Identification of prognostic biomarkers associated with T and melanoma cell subpopulations in melanoma through integrating machine learning and multiomics 2025-Sep-29, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03701-x PMID:41021162	研究论文	本研究通过整合机器学习和多组学数据，识别了与黑色素瘤预后相关的T细胞和黑色素瘤细胞亚群，并构建了新的预后风险评分模型	首次识别出与黑色素瘤预后相关的MITF+T细胞和M2细胞亚群，并采用72种机器学习算法组合开发了共识预后模型	NA	识别黑色素瘤预后相关的细胞亚群并构建预后预测模型	黑色素瘤患者	机器学习	黑色素瘤	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	多种机器学习算法组合	基因表达数据	来自GEO数据库(GSE200218、GSE215121、GSE65904)和TCGA-SKCM数据库的样本
62	2025-10-03	Cell division cycle 25 C (CDC25C) mediates cell-cycle progression and immune evasion in glioma 2025-Sep-29, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03596-8 PMID:41021167	研究论文	本研究探讨CDC25C在胶质瘤细胞周期进展和免疫逃逸中的关键作用	首次系统揭示CDC25C通过调控CDK1-Cyclin B1轴促进胶质瘤增殖并驱动免疫抑制微环境形成的双重机制	研究主要基于细胞系模型，临床样本验证仍需扩展	阐明CDC25C在胶质瘤进展和肿瘤免疫中的功能机制	胶质瘤组织和U87MG胶质瘤细胞系	肿瘤生物学	胶质瘤	RNA测序、单细胞RNA测序、流式细胞术、Western blot	NA	转录组数据、单细胞数据、实验数据	TCGA、CGGA、GEO数据库的批量转录组数据集和单细胞RNA测序数据，以及U87MG细胞系实验
63	2025-10-03	Deciphering key chemotherapeutic drug targets within tyrosine metabolism for breast cancer and advancing a wide-ranging diagnostic strategy 2025-Sep-29, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03577-x PMID:41021173	研究论文	本研究通过整合分析乳腺癌转录组数据，探索酪氨酸代谢在乳腺癌中的作用及其与化疗反应的关系	开发了酪氨酸代谢共表达预后模型，其性能优于传统临床指标；识别出MAOA和MAOB两个关键基因及其互作网络；建立了基于机器学习算法的早期诊断模型	NA	探索酪氨酸代谢在乳腺癌早期诊断和治疗中的作用机制	乳腺癌患者转录组数据	生物信息学	乳腺癌	转录组分析、差异表达分析、富集分析、免疫浸润分析、单细胞RNA测序分析、hdWGCNA分析、分子对接、机器学习算法	Extra Trees (BO)	转录组数据	来自TCGA和GEO数据库的乳腺癌样本数据
64	2025-10-03	GM-CSF-dependent CD301b+ mouse lung dendritic cells confer tolerance to inhaled allergens 2025-Sep-29, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-63547-3 PMID:41022687	研究论文	本研究识别了小鼠肺脏中具有Treg诱导活性的CD301b+ cDC2s亚群，并揭示GM-CSF通过维持该亚群数量来促进吸入性过敏原的免疫耐受	首次发现肺脏驻留型CD301b+ cDC2s亚群具有强大的Treg诱导能力，并阐明其在过敏致敏过程中向促Th2分化的CD200+ cDC2s逐步转化的动态过程	研究主要基于小鼠模型，人类肺脏中是否存在相同机制尚需验证	探究特定cDCs亚群在调节过敏性哮喘Treg/Th2细胞平衡中的作用机制	小鼠肺脏树突状细胞亚群、Treg细胞、Th2细胞	免疫学	过敏性哮喘	单细胞RNA测序、过继转移实验	NA	基因表达数据、细胞表型数据	NA
65	2025-10-03	Brain-cervical lymph node crosstalk contributes to brain injury induced by subarachnoid hemorrhage in mice 2025-Sep-29, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-63544-6 PMID:41022690	研究论文	本研究揭示颈淋巴结通过淋巴内皮细胞吞噬外渗红细胞并分泌组织蛋白酶S加剧蛛网膜下腔出血后脑损伤的新机制	首次发现颈淋巴结中淋巴内皮细胞通过吞噬红细胞并上调组织蛋白酶S表达促进神经炎症的机制	研究仅限于小鼠模型，临床相关性尚需验证	探究颈淋巴结在蛛网膜下腔出血所致脑损伤中的具体作用机制	小鼠蛛网膜下腔出血模型	神经科学	脑血管疾病	单细胞RNA测序、转基因小鼠模型	动物疾病模型	基因表达数据、行为学数据	小鼠模型（具体数量未明确说明）
66	2025-10-03	mcRigor: a statistical method to enhance the rigor of metacell partitioning in single-cell data analysis 2025-Sep-29, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-63626-5 PMID:41022768	研究论文	提出一种名为mcRigor的统计方法，用于提高单细胞数据分析中元细胞分区的严谨性	开发了基于特征相关性的统计量来测量元细胞异质性，并采用双重置换方案推导其零分布，首次提供对元细胞分区方法同质性假设的统计检验	NA	提高单细胞数据分析中元细胞分区的可靠性，避免异质性细胞错误聚合导致的偏差	单细胞RNA-seq和多组学(RNA+ATAC)数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序，多组学分析	统计方法	单细胞测序数据	NA
67	2025-10-03	The pericardium forms as a distinct structure during heart formation 2025-Sep-29, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-63599-5 PMID:41022776	研究论文	本研究揭示了心包膜在心脏形成过程中作为独立结构的发育起源	发现心包膜起源于侧板中胚层中特化的间皮祖细胞，这一过程独立于经典心区且受Wnt/β-catenin信号调控	研究主要基于斑马鱼模型，在哺乳动物中的验证仍需进一步深入	探究心包膜的发育起源及其在心脏形态发生中的作用机制	斑马鱼胚胎、新生大鼠	发育生物学	小儿扩张型心肌病	单细胞转录组测序、光片成像、机器学习细胞追踪	机器学习	图像、转录组数据	NA
68	2025-10-03	Dynamic cell fate plasticity and tissue reintegration drive functional adult synovial joint regeneration after complete resection 2025-Sep-29, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-63596-8 PMID:41022785	研究论文	本研究通过建立成年斑马鱼全关节切除模型，揭示了成年哺乳动物滑膜关节的功能性再生机制	首次发现成年脊椎动物具备完全再生功能性滑膜关节的能力，并鉴定出神经嵴来源的多能细胞群体作为再生细胞来源	研究基于斑马鱼模型，在哺乳动物中的适用性需要进一步验证	探索刺激天然滑膜关节组织再生的分子和细胞机制	成年斑马鱼的滑膜关节组织	再生医学	关节疾病	microCT、组织学分析、活体成像、单细胞RNA测序(scRNAseq)、克隆谱系追踪	NA	影像数据、基因表达数据、组织学数据	成年斑马鱼全关节切除模型
69	2025-10-03	Neuron-reactive KIR+CD8+ T cells display an encephalitogenic transcriptional program in autoimmune encephalitis 2025-Sep-29, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-63573-1 PMID:41022795	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术鉴定出自体免疫性脑炎中靶向神经元的KIR+CD8+ T细胞，并揭示其致病性转录特征	首次在抗Ri脑炎患者中鉴定出神经元反应性KIR+CD8+ T细胞，并发现其具有脑炎致病性转录程序	样本量较小（7名患者和3名对照），且仅在一名患者脑部病灶中验证了TOX表达	探究自体免疫性脑炎中神经元反应性CD8 T细胞的特性及其在疾病发病机制中的作用	抗Ri脑炎患者和健康对照者的CD8 T细胞	免疫学	自体免疫性脑炎	单细胞RNA测序、人类诱导多能干细胞分化的神经元	NA	基因表达数据	7名抗Ri脑炎患者和3名年龄匹配的对照，另包括6名健康供体
70	2025-10-03	Contractile fibroblasts form a transient niche for the branching mammary epithelium 2025-Sep-29, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-63612-x PMID:41022819	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和功能实验揭示了青春期小鼠乳腺中特化的收缩性成纤维细胞亚群在乳腺上皮分支形态发生中的关键作用	首次发现并表征了青春期小鼠乳腺中特化的收缩性成纤维细胞亚群，这些细胞专门定位在生长中的乳腺上皮尖端周围，形成瞬时生态位，并揭示了它们来源于周围脂肪垫基质中的前脂肪细胞	研究主要聚焦于小鼠青春期乳腺发育阶段，对人类或其他发育阶段的适用性尚需验证	探索乳腺中成纤维细胞亚型的功能特性和谱系关系，阐明其在器官发育中的作用机制	青春期小鼠乳腺成纤维细胞	发育生物学	NA	单细胞RNA测序、空间定位、功能实验、体内谱系追踪、类器官-成纤维细胞共培养	NA	基因表达数据、空间定位数据、功能实验数据	青春期小鼠乳腺组织样本
71	2025-10-03	BLVRA promotes glioblastoma progression by regulating fatty acid metabolism 2025-Sep-29, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-19026-2 PMID:41023045	研究论文	本研究首次确立BLVRA作为胶质母细胞瘤脂肪酸代谢的关键调控因子，揭示其在维持代谢稳态和支持肿瘤生长中的双重作用	首次发现BLVRA通过调控脂肪酸代谢驱动胶质母细胞瘤进展，并开发了脂肪酸代谢相关基因预后指数	NA	探究胶质母细胞瘤中脂肪酸代谢的调控机制及其与肿瘤进展的关系	胶质母细胞瘤组织和细胞系	生物医学研究	胶质母细胞瘤	RNA测序（包括bulk和单细胞）、机器学习算法、体外功能验证	机器学习算法（10种）	基因表达数据	NA
72	2025-10-03	Integrated multi omics and machine learning reveal mitochondrial immunometabolic networks in sepsis associated encephalopathy 2025-Sep-29, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-18650-2 PMID:41023055	研究论文	通过整合多组学数据和机器学习方法揭示脓毒症相关脑病中线粒体免疫代谢网络的作用机制	首次整合多转录组和单细胞测序数据系统分析SAE脑组织中线粒体相关差异表达基因，并利用机器学习识别核心生物标志物	NA	探究脓毒症相关脑病的发病机制，特别关注线粒体损伤和mtDNA释放的作用	脓毒症相关脑病患者脑组织	生物信息学	脓毒症相关脑病	多组学分析、单细胞测序、机器学习算法	机器学习	转录组数据、单细胞测序数据	NA
73	2025-10-03	Identification of biomarkers and mechanisms associated with palmitoylation in acute kidney injury using transcriptome and single cell data 2025-Sep-29, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-19191-4 PMID:41023305	研究论文	通过转录组和单细胞数据分析鉴定与急性肾损伤中棕榈酰化相关的生物标志物及其作用机制	首次结合棕榈酰化相关基因、机器学习方法和单细胞测序技术系统研究AKI生物标志物，发现LIMD1和MBD2作为新标志物并阐明肾小管细胞的关键作用	研究基于公共数据集，需要进一步实验验证；样本来源和数量可能存在限制	鉴定急性肾损伤中与棕榈酰化相关的生物标志物并探索其生物学机制	急性肾损伤患者样本和相关的基因表达数据	生物信息学	急性肾损伤	转录组测序、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、RT-qPCR、Western blotting、机器学习、PPI分析、WGCNA	机器学习模型、诺莫图(nomogram)	基因表达数据、单细胞数据	三个数据集(GSE139061、GSE30718、GSE174220)的样本
74	2025-10-03	Benchmarking multi-slice integration and downstream applications in spatial transcriptomics data analysis 2025-Sep-29, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03796-z PMID:41024097	研究论文	提出一个用于评估空间转录组学多切片整合方法的综合基准测试框架	首次系统性地评估12种多切片整合方法在四个关键任务上的性能，涵盖从上游到下游的完整分析流程	方法性能高度依赖于应用场景、数据集大小和技术平台，存在数据依赖性差异	评估空间转录组学中多切片整合方法的性能及其对下游分析的影响	12种多切片整合方法和19个多样化数据集	空间转录组学	NA	空间转录组学技术	NA	空间转录组数据	19个多样化数据集
75	2025-10-03	Microglia networks within the tapestry of alzheimer's disease through spatial transcriptomics 2025-Sep-29, Molecular neurodegeneration IF:14.9Q1 DOI:10.1186/s13024-025-00897-y PMID:41024223	综述	本文通过空间转录组学技术探讨小胶质细胞在阿尔茨海默病中的网络作用	整合成像和测序为基础的空间转录组学方法，揭示小胶质细胞在淀粉样斑块微环境中的区域异质性和功能多样性	作为综述文章，未涉及原始实验数据收集	理解阿尔茨海默病发病机制中的细胞间相互作用	小胶质细胞、星形胶质细胞、神经元、少突胶质细胞在阿尔茨海默病中的动态相互作用	空间转录组学	阿尔茨海默病	空间转录组学（成像和测序方法）	NA	基因表达数据、脑组织空间信息	AD小鼠模型和生理特征明确的人类脑组织
76	2025-10-03	FGL1-mediated lymph node metastasis in stage T1 non-small cell lung cancer: therapeutic targeting 2025-Sep-29, Experimental hematology & oncology IF:9.4Q1 DOI:10.1186/s40164-025-00709-5 PMID:41024301	研究论文	本研究揭示了FGL1在T1期非小细胞肺癌纵隔淋巴结转移中的关键作用机制	首次发现表达FGL1的CCNE1(+)细胞亚群介导T1期NSCLC的N2淋巴结转移，并验证了靶向FGL1的新型基因治疗方法	NA	探究T1期非小细胞肺癌纵隔淋巴结转移的分子机制并开发靶向治疗方案	T1期非小细胞肺癌患者样本及相关细胞模型	肿瘤分子机制研究	肺癌	单细胞测序、转录组测序、代谢组测序、质谱分析	NA	基因组数据、转录组数据、代谢组数据	NA
77	2025-10-03	Activation and spatial redistribution of RNA splicing factors trigger hepatic regeneration 2025-Sep-29, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101654 PMID:41033443	研究论文	本研究通过时空测序和单细胞RNA测序揭示了RNA剪接因子在肝脏再生中的关键作用及其空间分布特征	首次发现RNA剪接因子的空间重分布驱动肝脏再生起始波，并鉴定Hnrnpu为关键剪接因子	研究主要基于小鼠模型和肝细胞类器官，人类临床验证仍需进一步研究	探究肝脏再生启动的精确空间和分子机制	再生肝脏组织、肝细胞类器官(Hep-Orgs)、基因敲除小鼠模型	分子生物学	肝脏疾病	时空测序、高通量单细胞RNA测序、基因敲除	NA	基因表达数据、空间转录组数据	基因敲除小鼠模型和肝细胞类器官样本
78	2025-10-03	Macrophages mediate acute kidney allograft rejection via a toll-like receptor 4-dependent mechanism 2025-Sep-29, Kidney international IF:14.8Q1 DOI:10.1016/j.kint.2025.09.014 PMID:41033459	研究论文	本研究揭示了巨噬细胞通过TLR4/HIF1α依赖机制介导急性肾移植排斥反应	首次证明髓系细胞特异性TLR4缺失可显著抑制急性肾移植排斥，并发现HIF1α是TLR4的关键下游靶点	研究基于小鼠模型，需要在人类患者中进一步验证	探究巨噬细胞在急性肾移植排斥反应中的作用机制	髓系细胞特异性TLR4基因敲除小鼠	免疫学	肾移植排斥反应	单细胞RNA测序(scRNA-seq)，药理学HIF1α抑制，免疫分型	NA	基因表达数据，免疫细胞分型数据	使用髓系细胞特异性TLR4基因敲除小鼠模型
79	2025-10-03	An Integrated Single-Cell Atlas of the Mouse Ileum Links Nutrient Metabolism with Epithelial and Immune Crosstalk 2025-Sep-29, The Journal of nutrition IF:3.7Q2 DOI:10.1016/j.tjnut.2025.09.034 PMID:41033583	研究论文	本研究构建了首个整合的小鼠回肠单细胞图谱，揭示了上皮细胞分化和免疫细胞互作与营养代谢的关联	首次提供小鼠回肠的整合单细胞图谱，发现肠上皮细胞亚群具有不同的营养代谢功能，并识别出浆细胞样树突状细胞是免疫-上皮互作的核心调控者	研究仅使用8周龄雄性C57BL/6J小鼠，样本来源相对单一	绘制回肠细胞异质性图谱，定义上皮细胞分化、营养代谢程序以及上皮-免疫互作	小鼠回肠细胞	单细胞生物学	肠道疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	Seurat聚类分析，伪时间轨迹分析，细胞-细胞通讯分析	基因表达数据	32,076个回肠细胞，来自C57BL/6J小鼠
80	2025-10-03	Integrative single-cell RNA-seq and ATAC-seq identifies transcriptional and epigenetic blueprint guiding osteoclastogenic trajectory 2025-Sep-28, Journal of bone and mineral research : the official journal of the American Society for Bone and Mineral Research IF:5.1Q1 DOI:10.1093/jbmr/zjaf084 PMID:40577680	研究论文	通过整合单细胞RNA-seq和ATAC-seq分析，揭示破骨细胞生成过程中的转录和表观遗传调控机制	首次在单细胞分辨率上整合多组学数据解析破骨细胞生成轨迹，发现IRF8作为破骨细胞生成的主要负调控因子	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证尚需进一步研究	阐明破骨细胞生成过程中的转录和表观遗传调控机制	野生型和IRF8条件性敲除小鼠的造血干细胞、祖细胞和单核细胞	生物信息学	骨溶解性疾病	单细胞RNA-seq、单细胞ATAC-seq、bulk RNA-seq、ChIP-seq	NA	基因组学数据、表观遗传学数据	小鼠模型样本（具体数量未明确说明）