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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 61 | 2025-11-18 |
Single-cell sequencing insights into the transcriptional landscape of cerebral cavernous malformations
2025-Sep-30, Angiogenesis
IF:9.2Q1
DOI:10.1007/s10456-025-10011-x
PMID:41028361
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序技术在脑 cavernous 血管畸形研究中的应用进展 | 首次系统总结单细胞测序在CCM疾病中揭示不同细胞类型转录景观的研究进展 | NA | 探索单细胞测序技术在脑 cavernous 血管畸形研究中的应用价值 | 脑 cavernous 血管畸形中的内皮细胞、壁细胞、成纤维细胞、星形胶质细胞和免疫细胞 | 单细胞生物学 | 脑血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 62 | 2025-11-18 |
Dynamic modulation of claudin18.2 expression and remodeling of the tumor microenvironment in gastric cancer during chemo-immunotherapy
2025-Sep-29, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2025-012683
PMID:41027671
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研究论文 | 本研究探讨了胃癌化疗免疫治疗期间Claudin18.2表达的动态变化及其与肿瘤微环境重塑的关系 | 首次系统揭示了CLDN18.2在化疗免疫治疗过程中的动态表达规律及其与免疫抑制性、纤维化肿瘤微环境的关联 | 单臂二期临床试验设计,样本量有限(57例患者),生存结果在CLDN182阳性和阴性组间无显著差异 | 阐明CLDN18.2在胃癌化疗免疫治疗中的动态表达模式及其对肿瘤微环境的影响 | 晚期胃癌患者肿瘤组织样本 | 数字病理学 | 胃癌 | 免疫组织化学, 全转录组测序, 全外显子测序, 单细胞RNA测序 | NA | 组织图像, 基因组数据, 转录组数据 | 57例晚期胃癌患者系列肿瘤活检样本 | NA | 单细胞RNA测序, 全转录组测序, 全外显子测序 | NA | NA |
| 63 | 2025-11-18 |
KC1036, a multi-kinase inhibitor with anti-angiogenic activity, can effectively suppress the tumor growth of Ewing sarcoma
2025-Sep-18, Angiogenesis
IF:9.2Q1
DOI:10.1007/s10456-025-10008-6
PMID:40965696
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析尤文肉瘤肿瘤微环境中的细胞间通讯网络,并验证新型多激酶抑制剂KC1036在临床前模型中的抗肿瘤效果 | 首次绘制尤文肉瘤的细胞间通讯图谱,并发现新型多激酶抑制剂KC1036相比现有药物具有更优的抗肿瘤效果 | 研究仅限于临床前模型,尚未进行人体临床试验 | 开发尤文肉瘤的替代治疗策略 | 尤文肉瘤细胞系、细胞系来源异种移植模型和患者来源异种移植模型 | 单细胞测序分析 | 尤文肉瘤 | 单细胞RNA测序 | CDX模型、PDX模型 | 单细胞RNA测序数据 | 未明确样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 64 | 2025-11-18 |
Single-vessel transcriptome map pathological landscapes and reveal NR2F2-mediated smooth muscle cell phenotype acquisition in capillary malformations
2025-Sep-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.09.02.673874
PMID:40950147
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研究论文 | 本研究通过空间转录组学分析揭示了毛细血管畸形中血管病理景观及NR2F2介导的平滑肌细胞表型获得机制 | 首次在单血管水平构建毛细血管畸形的空间转录组图谱,发现NR2F2在调控平滑肌细胞表型获得中的核心作用 | 研究样本量有限,主要基于体外iPSC模型验证,需要更多临床样本验证 | 探究毛细血管畸形的血管发病机制及病理重塑过程 | 毛细血管畸形病变组织及iPSC分化的血管细胞 | 空间转录组学 | 血管畸形 | 空间全转录组分析,单细胞RNA测序,磷酸化蛋白质组学,免疫荧光染色 | iPSC分化模型,Tet-on系统基因调控 | 空间转录组数据,单细胞RNA测序数据,磷酸化蛋白质组数据,免疫荧光图像 | 未明确样本数量 | NA | 空间转录组学,单细胞RNA测序,磷酸化蛋白质组学 | GeoMx | 空间全转录组分析平台 |
| 65 | 2025-11-18 |
Development of an electroconductive Heart-on-a-chip model to investigate cellular and molecular response of human cardiac tissue to gold nanomaterials
2025-Sep, Biomaterials
IF:12.8Q1
|
研究论文 | 开发了一种导电心脏芯片模型,用于研究人类心脏组织对金纳米材料的细胞和分子响应 | 首次将导电水凝胶支架与微流控芯片系统结合,创建了具有改进电导特性的3D心脏芯片模型 | 模型仍需进一步验证其在长期培养和更复杂病理条件下的适用性 | 研究人类心脏组织在导电环境中的发育机制和对纳米材料的响应 | 人类诱导多能干细胞衍生的心肌细胞和心脏成纤维细胞 | 组织工程 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序,微流控技术,导电水凝胶支架 | 3D心脏芯片模型 | 基因表达数据,功能测试数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 66 | 2025-11-18 |
Single-Cell RNA Sequencing of Ewing Sarcoma Tumors Demonstrates Transcriptional Heterogeneity and Clonal Evolution
2025-May-15, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-2040
PMID:40029262
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析尤文肉瘤肿瘤的转录异质性和克隆进化 | 首次在尤文肉瘤中应用单细胞RNA测序揭示肿瘤转录异质性、克隆进化及免疫抑制微环境,并发现TSPAN8作为潜在治疗靶点 | 样本量较小(7名未治疗患者),循环肿瘤细胞验证使用独立队列 | 探究尤文肉瘤肿瘤异质性及其对治疗的意义 | 尤文肉瘤患者肿瘤组织、肿瘤微环境和循环肿瘤细胞 | 单细胞测序分析 | 尤文肉瘤 | 单细胞RNA测序,免疫荧光 | NA | 单细胞转录组数据,图像数据 | 7名未治疗尤文肉瘤患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 67 | 2025-11-18 |
Piscis: a novel loss estimator of the F1 score enables accurate spot detection in fluorescence microscopy images via deep learning
2025-Jan-15, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.01.31.578123
PMID:38352551
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研究论文 | 提出了一种名为Piscis的新型深度学习算法,使用创新的SmoothF1损失函数实现荧光显微镜图像中RNA转录本斑点的自动检测 | 开发了SmoothF1损失函数,能够近似F1分数来直接惩罚假阳性和假阴性,同时保持可微性以便深度学习训练 | NA | 开发无需手动参数调优的自动斑点检测算法,用于空间转录组学图像分析 | 荧光显微镜图像中的RNA转录本斑点 | 计算机视觉 | NA | RNA荧光原位杂交,空间转录组学 | 深度学习 | 图像 | 358张手动标注的实验RNA FISH图像和240张合成图像 | NA | 空间转录组学,单分子RNA荧光原位杂交 | NA | NA |
| 68 | 2025-11-18 |
Single Cell Profiling in the Sox10Dom Hirschsprung Mouse Implicates Hox Genes in Enteric Neuron Trajectory Allocation
2025, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101590
PMID:40701368
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析Sox10Dom突变小鼠肠神经系统发育,揭示了Hox基因在肠神经元轨迹分配中的作用 | 首次将Hox基因表达变化(特别是Hoxa6)与肠神经元轨迹改变相关联 | 研究仅限于小鼠模型,样本量相对较小 | 探究Sox10缺陷如何改变肠神经元比例及其在肠神经系统早期发育中的作用机制 | Sox10+/+和Sox10Dom/+同窝小鼠的肠神经系统祖细胞、发育中神经元和肠胶质细胞 | 单细胞组学 | 先天性巨结肠症 | 单细胞RNA测序, 免疫组织化学, 杂交链式反应 | NA | 单细胞转录组数据, 图像数据 | Sox10+/+和Sox10Dom/+同窝小鼠的肠神经系统细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 69 | 2025-11-18 |
CREB Drives Acinar to Ductal Cells Reprogramming and Promotes Pancreatic Cancer Progression in Preclinical Models of Alcoholic Pancreatitis
2025, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101606
PMID:40812683
|
研究论文 | 本研究揭示了CREB在酒精性胰腺炎模型中驱动腺泡细胞向导管细胞重编程并促进胰腺癌进展的机制 | 首次阐明CREB与致癌Kras在慢性炎症环境下协同促进胰腺癌进展的分子机制,发现CREB持续激活可导致不可逆的腺泡-导管化生 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床相关性需要进一步验证 | 探究CREB在酒精性胰腺炎背景下促进胰腺癌进展的分子机制 | 遗传修饰小鼠模型(Ptf1aCreERTM/+;LSL-KrasG12D/+等)的胰腺组织 | 癌症生物学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序,谱系追踪,Western blotting,磷酸化激酶阵列,定量PCR | NA | 基因表达数据,组织学图像,蛋白质印迹数据 | 多种遗传修饰小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 70 | 2025-11-18 |
Targeting Ferroptosis Restores the Antiviral Activity of CD8+ T Cells During Chronic Hepatitis B Virus Infection
2025, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101612
PMID:40803501
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研究论文 | 本研究揭示铁死亡是慢性乙型肝炎病毒感染中CD8+ T细胞功能失调的关键机制,并证明靶向铁死亡可恢复其抗病毒活性 | 首次发现HBV特异性CD8+ T细胞在慢性感染中发生铁死亡,并阐明棕榈酸和TGF-β1通过调控CD36和GPX4协同促进该过程的机制 | NA | 探究慢性HBV感染中CD8+ T细胞功能失调的机制及干预策略 | 慢性乙型肝炎患者的CD8+ T细胞,特别是HBV特异性CD8+ T细胞 | 免疫学 | 乙型肝炎 | 流式细胞术, 电子显微镜, 单细胞RNA测序, MHC I四聚体技术 | NA | 单细胞RNA测序数据, 流式细胞数据, 电子显微镜图像 | 慢性乙型肝炎患者的CD8+ T细胞样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 71 | 2025-11-18 |
<italic>PDIA5</italic> and <italic>ARFIP1</italic> as Immunogenetic Biomarkers and Therapeutic Targets in Pancreatic Neuroendocrine Neoplasms: A Multi-Omics Study Integrating MR, Gene Expression Microarray, and Single-Cell Transcriptomics
2025, Neuroendocrinology
IF:3.2Q2
DOI:10.1159/000548070
PMID:41129479
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研究论文 | 本研究通过整合多组学方法鉴定PDIA5和ARFIP1作为胰腺神经内分泌肿瘤的免疫遗传生物标志物和治疗靶点 | 首次采用孟德尔随机化、基因表达微阵列和单细胞转录组学相结合的多组学方法系统鉴定PanNENs的生物标志物 | 需要进一步的验证和临床探索 | 识别胰腺神经内分泌肿瘤的可操作分子靶点和生物标志物以改善患者预后 | 胰腺神经内分泌肿瘤(PanNENs) | 生物信息学 | 胰腺神经内分泌肿瘤 | 孟德尔随机化,基因表达微阵列,单细胞RNA测序,免疫组织化学 | 加权基因共表达网络分析(WGCNA),CIBERSORT | 蛋白质组数据,基因表达数据,单细胞转录组数据 | 多个公共数据集(GSE73338,GSE43795,GSE256136,TCGA,GTEx,eQTLGen) | NA | 单细胞RNA-seq,基因表达微阵列 | NA | NA |
| 72 | 2025-11-18 |
Interleukin-1β Drives Disease Progression in Arrhythmogenic Cardiomyopathy
2024-Dec-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.12.11.628020
PMID:39763850
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研究论文 | 本研究通过单核RNA测序和空间转录组学分析,发现白细胞介素-1β在致心律失常性心肌病进展中的关键驱动作用 | 首次在ACM中鉴定出炎症-纤维化空间生态位,并证明抗IL-1β治疗可改善疾病表型 | 研究样本量有限,主要基于动物模型验证 | 探索致心律失常性心肌病的发病机制并寻找潜在治疗靶点 | ACM患者心肌样本和Desmoglein-2突变小鼠模型 | 空间转录组学 | 心血管疾病 | 单核RNA测序, 空间转录组学 | NA | RNA测序数据, 空间转录组数据 | ACM患者和对照供者心肌样本 | NA | 单核RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 73 | 2025-11-18 |
Improved characterization of single-cell RNA-seq libraries with paired-end avidity sequencing
2024-Jul-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.07.10.602909
PMID:39026715
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研究论文 | 评估Element Biosciences的亲和测序技术在单细胞RNA-seq中准确测序通过同聚物引物区域的能力及其对多聚腺苷酸化位点分析的影响 | 首次系统评估亲和测序技术对单细胞RNA-seq中同聚物引物区域的测序准确性,并开发了改进的接头修剪和比对流程 | 与单端比对相比,双端比对并未持续提高读段映射率,且未排除其他新兴平台可能具有类似性能的可能性 | 改进单细胞RNA-seq文库的表征方法,特别是多聚腺苷酸化位点的精确量化 | 单细胞RNA-seq文库 | 单细胞测序 | NA | 单细胞RNA-seq, 亲和测序 | NA | 测序数据 | NA | Element Biosciences, Illumina | 单细胞RNA-seq | Element Aviti, Illumina测序平台 | Element Aviti亲和测序系统,标准单细胞RNA-seq协议 |
| 74 | 2025-11-18 |
Spatial transcriptomics reveals influence of microenvironment on intrinsic fates in melanoma therapy resistance
2024-Jul-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.06.30.601416
PMID:39005406
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研究论文 | 本研究通过空间转录组学和单细胞RNA测序揭示了黑色素瘤治疗耐药性中细胞内在状态与肿瘤微环境的共同影响 | 首次在单细胞分辨率上证明耐药命运同时受细胞内在状态和肿瘤微环境共同塑造,并发现不同耐药程序在个体肿瘤中共存 | 研究主要基于异种移植模型,人类患者样本验证仍需进一步扩展 | 探索黑色素瘤治疗耐药性中细胞内在因素与微环境因素的相互作用机制 | 黑色素瘤细胞系、患者肿瘤样本和异种移植模型 | 空间转录组学 | 黑色素瘤 | 空间转录组学, 单细胞RNA测序 | 共识非负矩阵分解 | 空间转录组数据, 单细胞RNA测序数据 | 多个细胞系和患者样本(具体数量未明确说明) | NA | 空间转录组学, 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 75 | 2025-11-18 |
Multiomic analysis of cervical squamous cell carcinoma identifies cellular ecosystems with biological and clinical relevance
2023-12, Nature genetics
IF:31.7Q1
DOI:10.1038/s41588-023-01570-0
PMID:37985817
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研究论文 | 通过多组学分析揭示宫颈鳞状细胞癌的肿瘤细胞状态多样性及其与免疫微环境的相互作用 | 首次在宫颈鳞癌中系统绘制高分辨率空间转录组图谱,发现三种肿瘤状态及其特异性免疫微环境,揭示FABP5介导的免疫排斥机制 | 临床样本分析尚属初步,需要更大规模验证 | 解析宫颈鳞癌肿瘤异质性及其对免疫治疗响应的机制 | 宫颈鳞状细胞癌组织样本 | 数字病理学 | 宫颈癌 | 单细胞RNA测序,空间转录组学,空间蛋白质组学,遗传扰动,药理学扰动 | NA | 单细胞转录组数据,空间转录组数据,蛋白质组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学,空间蛋白质组学 | NA | NA |
| 76 | 2025-11-18 |
East Asian-specific and cross-ancestry genome-wide meta-analyses provide mechanistic insights into peptic ulcer disease
2023-12, Nature genetics
IF:31.7Q1
DOI:10.1038/s41588-023-01569-7
PMID:38036781
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研究论文 | 通过跨祖先基因组荟萃分析揭示消化性溃疡疾病的遗传机制 | 首次进行大规模跨祖先(东亚和欧洲)消化性溃疡疾病基因组荟萃分析,发现25个新位点并揭示胃溃疡和十二指肠溃疡的遗传结构差异 | NA | 探索消化性溃疡疾病的遗传基础和发病机制 | 消化性溃疡疾病患者(52,032例)和对照人群(905,344例) | 基因组学 | 消化性溃疡 | 全基因组关联研究(GWAS)、转录组分析 | NA | 基因组数据、转录组数据 | 52,032病例和905,344对照 | NA | 单细胞RNA-seq、bulk RNA-seq | NA | NA |
| 77 | 2025-11-18 |
Single-cell RNAseq analysis of spinal locomotor circuitry in larval zebrafish
2023-11-17, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.89338
PMID:37975797
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析斑马鱼幼体脊髓运动神经元的分子特征及其在游泳行为中的功能差异 | 首次在斑马鱼脊髓运动神经元中发现特定电压依赖性离子通道和突触蛋白组合形成的功能'盒',并揭示其与高速游泳行为的关系 | 研究主要聚焦于斑马鱼模型,结果向其他物种的普适性需要进一步验证 | 探究脊髓运动神经元在游泳行为中的功能差异的分子基础 | 斑马鱼幼体脊髓神经元 | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 斑马鱼幼体脊髓神经元单细胞样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 78 | 2025-11-18 |
A single-cell atlas depicting the cellular and molecular features in human anterior cruciate ligamental degeneration: A single cell combined spatial transcriptomics study
2023-11-16, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.85700
PMID:37970848
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学构建了人类前交叉韧带退变的细胞图谱 | 首次在单细胞和空间水平揭示了韧带退变过程中新的成纤维细胞亚群及其动态轨迹 | 样本量相对有限,需要进一步验证关键发现 | 系统识别人类韧带细胞类型,研究韧带退变过程中的细胞身份、功能和相互作用 | 人类前交叉韧带健康与退变组织 | 空间转录组学 | 韧带退行性疾病 | 单细胞RNA测序,空间RNA测序,免疫组织化学染色,免疫荧光染色 | 计算分析 | 单细胞转录组数据,空间转录组数据 | 约49,356个细胞 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 79 | 2025-11-18 |
Ruxolitinib improves hematopoietic regeneration by restoring mesenchymal stromal cell function in acute graft-versus-host disease
2023-08-01, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI162201
PMID:37338986
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序发现芦可替尼可通过JAK2/STAT1通路直接修复骨髓间充质基质细胞功能,从而改善急性移植物抗宿主病相关的造血功能障碍 | 首次揭示急性移植物抗宿主病中骨髓微环境损伤的具体机制,并发现芦可替尼对骨髓间充质基质细胞的直接保护作用 | 研究主要基于小鼠模型,虽在患者样本中得到验证但样本量有限 | 探究急性移植物抗宿主病中骨髓微环境损伤机制及芦可替尼的治疗作用 | 小鼠模型和患者样本中的骨髓非造血细胞,特别是骨髓间充质基质细胞 | 单细胞测序分析 | 急性移植物抗宿主病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 单倍体MHC匹配移植急性移植物抗宿主病小鼠模型及患者样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 80 | 2025-11-18 |
Combined lineage tracing and scRNA-seq reveals unexpected first heart field predominance of human iPSC differentiation
2023-06-07, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.80075
PMID:37284748
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研究论文 | 开发结合谱系追踪和单细胞RNA测序的系统,揭示人iPSC分化过程中第一心区祖细胞占主导地位 | 首次建立TBX5/MYL2谱系追踪报告系统,结合单细胞RNA测序全面分析hiPSC心脏分化过程 | 研究基于体外iPSC分化模型,不能完全模拟体内胚胎发育环境 | 研究人诱导多能干细胞向心脏细胞分化的发育轨迹和细胞谱系 | 人诱导多能干细胞(hiPSCs)及其分化产生的心脏祖细胞和心肌细胞 | 发育生物学 | 心血管疾病 | 谱系追踪,单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 2个独立iPSC细胞系,12个时间点 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | 基于寡核苷酸样本多重分析的scRNA-seq技术 |