单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
61	2025-09-23	Inhibition of bone morphogenetic protein 4 alleviates angiotensin II-induced abdominal aortic aneurysm by reducing inflammation and endothelial-mesenchymal transition 2025-04, Atherosclerosis IF:4.9Q1 DOI:10.1016/j.atherosclerosis.2025.119134 PMID:40081251	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示BMP4在血管紧张素II诱导的腹主动脉瘤中通过调控内皮-间质转化和炎症促进疾病进展的机制	首次发现BMP4在AAA进展中的关键作用，通过单细胞测序识别三种内皮细胞亚型及其动态变化	研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性需进一步验证	探究腹主动脉瘤的发病机制及BMP4在其中的调控作用	血管紧张素II诱导的腹主动脉瘤小鼠模型和小鼠主动脉内皮细胞	血管生物学	心血管疾病	单细胞RNA测序(10x)、伪时间轨迹分析、蛋白质相互作用分析、免疫共沉淀	NA	单细胞转录组数据、蛋白质相互作用数据	血管紧张素II诱导的AAA小鼠模型及体外细胞实验
62	2025-09-23	Integrative analysis of single-cell transcriptomics and genetic associations identify cell states associated with vascular disease 2025-04, Atherosclerosis IF:4.9Q1 DOI:10.1016/j.atherosclerosis.2025.119108 PMID:40120433	研究论文	通过整合单细胞转录组学和遗传关联数据，识别与血管疾病相关的细胞状态	开发新计算方法整合单核RNA测序数据与GWAS数据，首次揭示血管平滑肌细胞表型连续体与血管疾病的关联	样本量有限（正常n=7，动脉瘤n=9，动脉粥样硬化n=2），仅关注胸主动脉组织	鉴定导致早期血管功能障碍的特定血管亚群和中间细胞状态	人类升主动脉组织中的内皮细胞、血管平滑肌细胞和成纤维细胞	生物信息学	心血管疾病	单核RNA测序（snRNA-seq）、全基因组关联研究（GWAS）、RNA轨迹分析	NA	单细胞转录组数据、遗传关联数据	18例人类主动脉样本（7例正常，9例动脉瘤，2例动脉粥样硬化）
63	2025-09-23	FLT3L combined with GM-CSF induced dendritic cells drive broad tumor-specific CD8+ T cell responses and remodel the tumor microenvironment to enhance anti-tumor efficacy 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1649891 PMID:40977690	研究论文	本研究比较了FLT3L/GM-CSF诱导的树突状细胞与传统GM-CSF/IL-4诱导的树突状细胞在抗肿瘤免疫应答中的功能差异	首次系统比较FL/GM-DCs与常规GM/IL4-DCs的功能差异，发现FL/GM-DCs具有独特的亚群分布和更强的交叉抗原呈递能力，能诱导更广泛的肿瘤特异性CD8+ T细胞应答	研究主要基于小鼠模型，临床转化效果需进一步验证	开发更有效的树突状细胞免疫疗法用于癌症治疗	小鼠骨髓来源的树突状细胞和肿瘤微环境	免疫治疗	癌症	流式细胞术、单细胞RNA测序、单细胞TCR测序	动物肿瘤模型	细胞实验数据、基因表达数据	小鼠骨髓细胞培养9天，具体样本数量未明确说明
64	2025-09-23	The interplay between mesenchymal stem cells and the immune microenvironment in rotator cuff tendon-to-bone healing: current progress and future directions 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1661340 PMID:40977708	综述	本文综述了间充质干细胞与免疫微环境在肩袖肌腱-骨愈合中的相互作用机制及治疗前景	聚焦于MSCs与免疫细胞的双向调控机制，并提出整合单细胞转录组等AI预测工具的个性化治疗新方向	存在MSCs异质性、患者免疫反应差异及临床转化障碍等挑战	探讨MSCs通过免疫调节促进肩袖肌腱-骨愈合的机制与治疗策略	间充质干细胞、免疫细胞（巨噬细胞、T细胞、NK细胞）及肌腱-骨愈合微环境	再生医学	运动系统损伤	单细胞转录组测序、细胞因子特征分析	AI算法	文本综述	NA
65	2025-09-23	Opportunities, challenges, and future perspectives of oncolytic virus therapy for malignant melanoma 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1653683 PMID:40977706	综述	本文综述溶瘤病毒疗法在恶性黑色素瘤治疗中的机遇、挑战和未来前景	系统阐述溶瘤病毒通过cGAS-STING通路将'冷'肿瘤转化为'热'肿瘤的新机制，并提出结合单细胞测序、CRISPR/Cas系统及人工智能的个性化治疗新策略	面临肿瘤异质性、核心机制限制、病毒脱落风险和监管障碍等挑战	探讨溶瘤病毒疗法在恶性黑色素瘤治疗中的发展路径	恶性黑色素瘤患者及肿瘤微环境	肿瘤免疫治疗	恶性黑色素瘤	单细胞RNA测序、CRISPR/Cas系统、人工智能	NA	临床研究数据	NA
66	2025-09-23	Single-cell and bulk transcriptomic analyses reveal PANoptosis-associated immune dysregulation of fibroblasts in periodontitis 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1671919 PMID:40977731	研究论文	通过单细胞和批量转录组分析揭示牙周炎中成纤维细胞的PANoptosis相关免疫失调机制	首次在牙周炎中系统研究PANoptosis的作用机制，整合单细胞/空间转录组与机器学习算法鉴定关键基因	研究样本量有限，机制验证主要依赖动物模型和体外实验	探究PANoptosis在牙周炎发病机制中的作用及免疫调控功能	人牙龈成纤维细胞(HGFs)、牙周炎患者牙龈组织、PD模型小鼠	生物信息学	牙周炎	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、批量RNA测序、免疫荧光染色、qPCR、空间转录组分析	113种机器学习模型集成分析	转录组数据、空间转录组数据、免疫组化数据	牙周炎患者与健康个体的牙龈组织样本、PD模型小鼠组织
67	2025-09-23	Myeloid-specific S100A8/A9 deficiency attenuates atrial fibrillation through prevention of TLR4/NF-kB-mediated immune cell recruitment and inflammation 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1623486 PMID:40977740	研究论文	本研究通过基因敲除模型揭示髓系来源的S100A8/A9通过TLR4/NF-κB轴促进心房颤动发生的新机制	首次阐明髓系特异性S100A8/A9缺失通过抑制TLR4/NF-κB信号通路减轻心房颤动的分子机制	研究主要基于小鼠模型，临床转化价值需进一步验证	探究髓系来源S100A8/A9在心房颤动发病机制中的作用及治疗潜力	心房颤动患者样本和单核细胞/巨噬细胞特异性S100A9条件性敲除小鼠	心血管疾病机制研究	心血管疾病	转录组测序、单细胞RNA测序、基因敲除技术	条件性基因敲除小鼠模型	基因表达数据、电生理数据、组织病理数据	AF患者组织样本和S100A9 CKO小鼠模型
68	2025-09-23	ANXA1 and ARG2 drive T cell proliferation in ischemia-reperfusion injury: integrated bulk and single-cell transcriptomic analysis 2025, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2025.1673163 PMID:40977888	研究论文	通过整合批量与单细胞转录组分析，揭示ANXA1和ARG2基因在缺血再灌注损伤中驱动T细胞增殖的分子机制	首次在多器官模型中整合批量与单细胞转录组数据，系统性鉴定T细胞增殖关键调控基因ANXA1和ARG2	NA	探究缺血再灌注损伤中T细胞增殖的分子调控机制	T细胞及其增殖相关基因	生物信息学	缺血再灌注损伤	批量转录组测序、单细胞RNA测序、免疫浸润分析、分子动力学模拟	NA	转录组数据	多器官模型数据集（具体样本量未明确说明）
69	2025-09-23	Multi-transcriptomics analysis of ferroptosis related genes reveals CAFs exosomal COX4I2 as a novel therapeutic target in osteosarcoma 2025, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2025.1620648 PMID:40977891	研究论文	通过多组学分析揭示CAFs外泌体COX4I2作为骨肉瘤铁死亡治疗新靶点	首次发现CAFs通过外泌体传递COX4I2蛋白抑制骨肉瘤细胞铁死亡的新机制	NA	探索铁死亡相关基因在骨肉瘤中的预后价值及调控机制	骨肉瘤细胞系(143B)、癌症相关成纤维细胞(CAFs)、裸鼠模型	生物信息学	骨肉瘤	LASSO回归、机器学习算法(SVM/RF/XGBoost/BORUTA)、单细胞RNA测序、Western blot、共聚焦显微镜、透射电镜	预后风险模型	转录组数据、蛋白质数据	GEO数据集(GSE21257和GSE39055)及体内外实验验证
70	2025-09-23	scAGG: Sample-level embedding and classification of Alzheimer's disease from single-nucleus data 2025, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2025.08.009 PMID:40977903	研究论文	提出scAGG模型通过单细胞RNA测序数据进行样本级别的阿尔茨海默病分类	开发了样本级池化机制来聚合单细胞嵌入，并发现模型学习的潜在空间能反映疾病严重程度	基于注意力的模型可解释性有限	利用单细胞RNA测序数据实现阿尔茨海默病的样本级别分类	阿尔茨海默病患者和健康对照者的单细胞基因表达数据	生物信息学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序技术(scRNAseq)	scAGG（单细胞聚合模型）和基于注意力的模型	单细胞基因表达数据	NA
71	2025-09-23	The immune checkpoint TIM-3/HMGB-1 axis in myocardial infarction 2025, NPJ cardiovascular health DOI:10.1038/s44325-025-00061-x PMID:40978514	研究论文	本研究探讨了心肌梗死后TIM-3/HMGB-1免疫检查点轴在心脏炎症中的作用机制	首次在心血管疾病中系统研究TIM-3通路，通过多组学方法揭示TIM-3/HMGB-1轴在心肌梗死后的动态变化规律	样本量相对有限，需要更大规模研究验证	探究TIM-3免疫检查点通路在心肌梗死后的作用机制	人类血清、外周血单核细胞(PBMCs)和心脏组织	心血管疾病研究	心血管疾病	单细胞RNA测序、空间转录组学、单核RNA测序	NA	分子生物学数据、转录组数据、蛋白质数据	血清样本357例，PBMCs样本76例（38例心梗患者+38例对照），心脏组织样本未明确数量
72	2025-09-23	Single-Cell RNA Sequencing Reveals Cellular Heterogeneity and Microenvironmental Remodeling in Human Ureteral Scar Stricture Tissue 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S540340 PMID:40979497	研究论文	通过单细胞RNA测序构建人输尿管瘢痕狭窄组织的单细胞转录组图谱，揭示细胞异质性和微环境重塑	首次构建人输尿管瘢痕狭窄组织的高分辨率单细胞图谱，发现炎症性成纤维细胞和混合极化巨噬细胞等新型细胞亚群	样本量较小（3例正常对照+3例患者），需更大队列验证发现	解析输尿管瘢痕狭窄的细胞异质性和微环境重塑机制	人输尿管组织（正常对照与瘢痕狭窄患者）	单细胞组学	泌尿系统疾病	scRNA-seq, 多重免疫荧光, 免疫组化	Seurat, Harmony, Monocle2, CellChat	单细胞转录组数据	6例人输尿管组织（3正常+3病变）
73	2025-09-23	Integrative analysis of single-cell and microarray data reveals SPI1-centered macrophage regulatory signatures in ulcerative colitis 2025, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2025.1617834 PMID:40979590	研究论文	通过整合单细胞和微阵列数据揭示SPI1在溃疡性结肠炎巨噬细胞调控中的核心作用	首次结合单细胞RNA测序与微阵列数据构建基因调控网络，发现SPI1是巨噬细胞极化的关键转录因子	研究主要基于体外实验模型，需要进一步在体验证	探索溃疡性结肠炎中巨噬细胞极化的分子调控机制	溃疡性结肠炎患者的肠道组织巨噬细胞	生物信息学	溃疡性结肠炎	单细胞RNA测序、微阵列分析、Western blot、流式细胞术、ELISA	LASSO、随机森林、支持向量机	基因表达数据	未明确样本数量
74	2025-09-23	Single-cell RNA sequencing in studies of type 1 diabetes mellitus: modern state-of-the-art and technical peculiarities 2025, Frontiers in endocrinology IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fendo.2025.1663728 PMID:40979707	综述	本文综述单细胞RNA测序技术在1型糖尿病研究中的应用现状与技术特点	系统总结scRNA-seq在揭示T1DM发病机制中免疫细胞亚群相互作用和早期特异性基因表达的应用价值	NA	探讨scRNA-seq技术在1型糖尿病发病机制研究中的应用	胰腺细胞（内分泌/外分泌）、免疫细胞、PBMC及实验性T1DM模型动物	生物医学研究	1型糖尿病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	涉及多种人类组织细胞及模型动物研究（具体样本量未明确说明）
75	2025-09-23	Fate (or state) of CA2 neurons in a mineralocorticoid receptor knockout 2024-Nov-30, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.29.626110 PMID:39651204	研究论文	通过空间转录组学方法研究盐皮质激素受体敲除后海马CA2区神经元的分子表型变化	首次揭示MR缺失导致CA2神经元获得CA1样分子表型，证明MR控制CA2神经元发育状态	NA	探究盐皮质激素受体敲除对海马CA2区神经元命运/状态的影响	小鼠海马CA2区神经元	神经科学	NA	空间转录组学、条件性基因敲除	NA	基因表达数据	NA
76	2025-09-23	Deciphering the landscape of transcriptional heterogeneity across cancer 2023-09-11, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2023.07.008 PMID:37595585	研究论文	通过整合77项研究和24种癌症类型的单细胞RNA测序数据，揭示癌症转录异质性的重复性基因表达模式	首次大规模整合跨癌症类型的单细胞转录组数据，系统识别解释转录异质性的重复性模式	NA	解析癌症转录异质性景观并探索其功能意义	24种癌症类型的单细胞转录组数据	生物信息学	癌症	scRNA-seq	NA	单细胞基因表达数据	整合77项研究的多癌症数据集
77	2025-09-23	Deterministic evolution and stringent selection during preneoplasia 2023-06, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-023-06102-8 PMID:37258665	研究论文	通过人类胃类器官模型研究TP53双等位基因失活引发的癌前病变演化规律	建立首个模拟人类胃癌早期演化的实验模型，揭示癌前病变中存在确定性演化路径和严格选择压力	研究基于类器官模型，与体内真实肿瘤微环境存在差异	探索人类肿瘤发生最早期的演化规律和恶性转化机制	TP53缺陷型人类胃类器官	癌症生物学	胃癌	单细胞测序、高通量谱系追踪、细胞条形码技术	类器官模型	基因组测序数据、转录组数据	多个克隆来源的类器官培养物进行长达2年的实验演化
78	2025-09-23	Hallmarks of transcriptional intratumour heterogeneity across a thousand tumours 2023-06, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-023-06130-4 PMID:37258682	研究论文	通过整合77项研究的单细胞RNA测序数据，系统分析24种肿瘤类型中转录组瘤内异质性的共性模式	首次大规模整合跨肿瘤类型的单细胞转录组数据，识别出41个保守的元程序并归纳为11个瘤内异质性标志	回顾性研究，依赖于已有数据集的整合分析	系统揭示跨肿瘤类型的转录组瘤内异质性共性特征	1,163个肿瘤样本（涵盖24种肿瘤类型）的恶性细胞和非恶性细胞	癌症基因组学	泛癌研究	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	1,163个肿瘤样本（整合自77项研究）
79	2025-09-23	Systems vaccinology of the BNT162b2 mRNA vaccine in humans 2021-08, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-021-03791-x PMID:34252919	研究论文	采用系统疫苗学方法研究BNT162b2 mRNA疫苗在人体内诱导的先天和适应性免疫反应	首次系统描绘mRNA疫苗的免疫激活机制，发现加强免疫可显著增强先天免疫反应	样本量有限（56名健康志愿者），未涵盖特殊人群	解析mRNA疫苗的免疫作用机制	健康志愿者接种BNT162b2疫苗后的免疫反应	免疫学	COVID-19	系统疫苗学、单细胞转录组学	NA	免疫细胞数据、转录组数据	56名健康志愿者
80	2025-09-22	Repopulation of microglia and its implications for CNS disorders: Insights from the single-cell era 2025-Oct-15, Neurobiology of disease IF:5.1Q1 DOI:10.1016/j.nbd.2025.107066 PMID:40865648	综述	本文全面总结了小胶质细胞的起源、发育、再殖和异质性研究，并强调单细胞时代下小胶质细胞再殖对中枢神经系统疾病的治疗意义	结合单细胞测序技术揭示小胶质细胞在发育、稳态和病理状态下的细胞命运与异质性，并探讨再殖小胶质细胞的新型治疗价值	NA	增强对小胶质细胞再殖的理解并为新治疗策略提供见解	小胶质细胞	神经科学	中枢神经系统疾病	scRNA-seq	NA	单细胞测序数据	NA