单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
61	2025-05-11	Integrated single-cell transcriptome and comparative genome analysis reveals the origin of intermuscular bones in zebrafish 2025-May, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.142397 PMID:40127795	研究论文	通过整合单细胞转录组和比较基因组分析，揭示了斑马鱼肌间骨的起源	首次结合单细胞转录组和比较基因组分析，揭示了肌间骨发育的分子调控机制和进化过程	研究仅针对斑马鱼，未在其他鱼类中进行验证	探究肌间骨发育的分子调控机制和进化过程	斑马鱼肌间骨	基因组学	NA	单细胞转录组测序, 比较基因组分析	NA	基因组数据, 转录组数据	15种鱼类（4种有肌间骨，11种无肌间骨）
62	2025-05-11	Organoid-Guided Precision Medicine: From Bench to Bedside 2025-May, MedComm IF:10.7Q1 DOI:10.1002/mco2.70195 PMID:40321594	综述	本文系统综述了类器官技术在精准医学中的应用，从实验室研究到临床实践的转化过程	强调了类器官技术在个性化医疗中的多面应用，包括药物效力和毒性筛选、疾病发病机制研究以及患者定制诊断	存在标准化、血管化和伦理问题等挑战	推动精准医学的发展，从分子层面到患者特异性治疗	类器官技术及其在精准医学中的应用	生物技术	肿瘤	3D培养系统、CRISPR功能筛选	NA	NA	NA
63	2025-05-11	Systematic Ocular Phenotyping of Knockout Mouse Lines Identifies Genes Associated With Age-Related Corneal Dystrophies 2025-May-01, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1 DOI:10.1167/iovs.66.5.7 PMID:40323269	研究论文	本研究通过系统性地分析敲除小鼠品系的眼部表型，识别出与年龄相关性角膜营养不良相关的基因	发现了12个与角膜生物学相关的新基因，这些基因可能成为治疗人类角膜疾病的潜在靶点	研究结果基于小鼠模型，需要在人类中进行进一步验证	探究导致小鼠晚期角膜营养不良的基因，并评估其在人类角膜疾病中的潜在作用	8901个敲除小鼠品系的数据，重点关注49周龄以上的小鼠	遗传学	角膜营养不良	基因敲除、单细胞转录组学、蛋白互作分析、生物信息学分析	NA	基因表达数据、蛋白质互作数据	8901个敲除小鼠品系
64	2025-05-11	Hepatic immune environment differences among common mouse strains in models of MASH and liver cancer 2025-May, JHEP reports : innovation in hepatology IF:9.5Q1 DOI:10.1016/j.jhepr.2025.101380 PMID:40342632	研究论文	比较不同小鼠品系在代谢功能障碍相关脂肪性肝炎（MASH）和肝细胞癌（HCC）模型中的肝脏免疫环境差异	首次系统比较了C57BL/6、BALB/c和FVB/N小鼠品系在健康和疾病状态下的肝脏免疫差异，并进行了跨物种（小鼠-人类）免疫比较	样本量较小（每组n=4），且仅使用了三种常见小鼠品系	探究不同小鼠品系在MASH和HCC模型中的肝脏免疫环境差异及其与人类的相似性	C57BL/6、BALB/c和FVB/N小鼠的肝脏免疫细胞	免疫学	肝细胞癌、代谢功能障碍相关脂肪性肝炎	高维光谱流式细胞术、scRNA-seq	NA	流式细胞数据、scRNA-seq数据	每组4只小鼠（共三种品系，三种状态）
65	2025-05-11	Characterising Shared and Specific Cell-Cell Communication in Cardiomyopathy Subtypes From Single-Cell Transcriptomics Data 2025-May, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70554 PMID:40344498	research paper	通过单细胞转录组数据分析心肌病亚型中共享和特定的细胞间通讯特征	揭示了心肌病不同亚型中共享的炎症、自身免疫等通路以及各亚型特有的细胞间通讯模式	研究仅基于转录组数据，未考虑蛋白质水平等其他分子层面的相互作用	解析心肌病不同亚型的细胞间通讯特征以推进靶向治疗	心律失常性心肌病(ACM)、扩张型心肌病(DCM)、肥厚型心肌病(HCM)和缺血性心肌病(ICM)患者及健康供体的心室区单细胞	digital pathology	cardiovascular disease	single-cell RNA sequencing	NA	RNA-seq数据	ACM、DCM、HCM、ICM患者及健康供体的心室区单细胞样本
66	2025-05-11	Novel biomarkers related to mitochondrial permeability transition driven-necrosis in hypertrophic cardiomyopathy 2025-Apr-28, Journal of cardiology IF:2.5Q2 DOI:10.1016/j.jjcc.2025.04.008 PMID:40306461	研究论文	本研究结合转录组学和孟德尔随机化分析，探索线粒体通透性转换驱动的坏死相关基因（MPTDN-RGs）与肥厚型心肌病（HCM）的关联	首次通过结合转录组学和孟德尔随机化分析，识别出与HCM中MPTDN相关的新基因ITGB2和STAT3	研究依赖于公共数据库的数据，可能受限于样本量和数据质量	探索MPTDN-RGs在HCM中的作用及其潜在治疗靶点	肥厚型心肌病（HCM）患者及相关基因	生物信息学	心血管疾病	scRNA-seq, mRNA-seq, 孟德尔随机化分析	NA	基因表达数据	来自GEO数据库的多个数据集（GSE36961、GSE141910、GSE174691）
67	2025-05-11	Two types of regenerative cell populations appear in acute liver injury 2025-Apr-28, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2025.102503 PMID:40345206	研究论文	通过单细胞RNA测序分析对乙酰氨基酚处理小鼠的肝脏再生过程，发现两种不同的再生细胞群	发现两种截然不同的再生细胞群在同一再生过程中同时出现，并揭示了它们在细胞形态、分化、定位、增殖速率和信号响应方面的显著差异	研究仅基于公开数据，未进行实验验证，且仅使用小鼠模型，可能不完全适用于人类临床情况	探究急性肝损伤中肝脏再生的机制	乙酰氨基酚处理的小鼠肝脏再生过程	生物医学研究	肝损伤	单细胞RNA测序(RNA-seq)	NA	基因表达数据	公开数据集中的小鼠样本（具体数量未提及）
68	2025-05-11	A humanized mouse model system mimics prenatal Zika infection and reveals premature differentiation of neural stem cells 2025-Apr-16, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-6033583/v1 PMID:40321761	研究论文	开发了一种人源化小鼠模型系统，模拟产前寨卡病毒感染并揭示神经干细胞的过早分化	首次开发了一种人源化、免疫活性小鼠模型系统，能够模拟从轻度到重度的产前寨卡病毒感染引起的脑损伤	模型系统虽然模拟了人类表型谱，但仍需进一步验证其临床转化潜力	建立一个可靠且具有临床转化潜力的实验系统，模拟人类产前寨卡病毒感染	人源化小鼠模型和寨卡病毒感染后的脑损伤	传染病模型	寨卡病毒感染	单细胞RNA测序	人源化小鼠模型	基因表达数据	未明确提及具体样本数量
69	2025-05-11	TransST: Transfer Learning Embedded Spatial Factor Modeling of Spatial Transcriptomics Data 2025-Apr-15, ArXiv PMID:40321945	研究论文	提出了一种名为TransST的新型迁移学习框架，用于从空间转录组学数据中推断细胞水平的异质性	通过迁移学习框架TransST，自适应地利用外部来源的细胞标记信息，提高了空间转录组学数据分析的准确性和可靠性	技术本身的限制，如相对较低的分辨率和测序深度不足，可能影响数据的可靠性	提高空间转录组学数据分析的准确性，识别细胞亚群和驱动生物标志物	空间转录组学数据	生物医学研究	乳腺癌	空间转录组学	迁移学习框架TransST	RNA转录组数据	多个真实研究和模拟设置
70	2025-05-11	CD177+ neutrophils exacerbate septic lung injury via the NETs/AIM2 pathway: An experimental and bioinformatics study 2025-Apr-04, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.114292 PMID:40007380	研究论文	本研究通过实验和生物信息学方法，探讨了CD177+中性粒细胞通过NETs/AIM2途径加剧脓毒症肺损伤的机制	首次揭示了CD177+中性粒细胞在脓毒症肺损伤中的主导作用及其通过NETs/AIM2途径的机制，并发现褪黑激素的治疗潜力	研究主要基于小鼠模型，人类临床应用的转化需要进一步验证	阐明脓毒症诱导的急性肺损伤的免疫细胞异质性和关键机制	脓毒症诱导的急性肺损伤小鼠模型	免疫学与分子生物学	脓毒症与急性肺损伤	单细胞测序与分子生物学实验方法	Cecal Ligation and Puncture (CLP)小鼠模型	基因表达数据与实验数据	未明确提及样本数量，但使用了CLP小鼠模型
71	2025-05-11	Interferon-responsive intestinal BEST4/CA7+ cells are targets of bacterial diarrheal toxins 2025-Apr-03, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2025.02.003 PMID:40010349	研究论文	该研究通过建立人类肠道类器官中BEST4/CA7细胞的培养协议，揭示了这些细胞在电解质平衡和免疫反应中的作用，特别是在细菌感染引起的腹泻中的关键功能	首次在人类肠道类器官中培养出BEST4/CA7细胞，并揭示了其在细菌毒素引起的腹泻中的CFTR介导的液体分泌机制	由于BEST4/CA7细胞在小鼠中不存在，且缺乏人类体外模型，研究受到一定限制	探索BEST4/CA7细胞在电解质平衡和免疫反应中的功能	人类肠道中的BEST4/CA7细胞	细胞生物学	腹泻	单细胞RNA测序	人类肠道类器官	NA	NA
72	2025-05-11	Knowledge of the genetics of human pain gained over the last decade from next-generation sequencing 2025-Apr, Pharmacological research IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.phrs.2025.107667 PMID:39988004	review	本文回顾了过去十年中利用下一代测序（NGS）技术在人类疼痛遗传学领域取得的进展	揭示了SCN9A和NTRK1等基因的突变谱，开发了基于NGS的预测模型，并发现了非编码RNA的新治疗途径	面临复杂数据分析和罕见遗传变异功能未知的挑战	探索疼痛感知的分子和细胞基础，改善个性化疼痛管理	人类疼痛相关基因和遗传变异	遗传学	疼痛相关疾病（如遗传性感觉神经病变、骨关节炎、类风湿性关节炎）	NGS（下一代测序）、单细胞转录组学	NGS-based classifier	基因组数据、转录组数据	NA
73	2025-05-11	Single-cell RNA sequencing reveals ECM remodeling-tumor stiffness-FAK as a key driver of vestibular schwannoma progression 2025-Apr, Progress in neurobiology IF:6.7Q1 DOI:10.1016/j.pneurobio.2025.102730 PMID:39988022	research paper	该研究通过单细胞RNA测序揭示了细胞外基质重塑-肿瘤硬度-FAK在前庭神经鞘瘤进展中的关键作用	首次揭示了ECM重塑-肿瘤硬度-FAK信号通路在前庭神经鞘瘤进展中的机制，并验证了FAK作为潜在治疗靶点	研究主要基于体外实验，需要进一步体内验证	探究肿瘤硬度-FAK信号通路在前庭神经鞘瘤进展中的作用	前庭神经鞘瘤(VS)	肿瘤生物学	前庭神经鞘瘤	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据	未明确说明样本数量
74	2025-05-11	Network-based analysis of Alzheimer's Disease genes using multi-omics network integration with graph diffusion 2025-Apr, Journal of biomedical informatics IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.jbi.2025.104797 PMID:39993589	research paper	该研究通过整合多组学网络数据，分析阿尔茨海默病基因的网络特性，挑战了传统认为AD基因主要是网络中心节点的观点	利用多组学网络整合和图扩散方法构建高质量网络，发现AD基因并非总是高度中心化的节点，而是分布在不同的中心性四分位数中	研究仅关注已知AD基因的网络特性，可能忽略了其他潜在相关基因	探究阿尔茨海默病基因在生物网络中的特性	阿尔茨海默病相关基因	生物信息学	阿尔茨海默病	microarray, 单细胞RNA测序, 单核RNA测序	图扩散方法	基因表达数据	NA
75	2025-05-11	A novel coarsened graph learning method for scalable single-cell data analysis 2025-Apr, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.109873 PMID:39999493	研究论文	提出了一种名为FACH的新型图粗化学习方法，用于可扩展的单细胞数据分析	利用特征感知的图粗化哈希技术（FACH），结合局部敏感哈希，显著提高了单细胞数据处理的效率和适应性	未明确提及具体局限性	解决大规模单细胞数据图表示的计算挑战，提高分析效率和准确性	单细胞RNA测序和质谱流式细胞术数据	机器学习	NA	单细胞RNA测序, 质谱流式细胞术	图神经网络	单细胞数据	未明确提及具体样本量，但提到在Baron Human数据集上达到88.1%的分类准确率
76	2025-05-11	Enhanced single-cell RNA-seq embedding through gene expression and data-driven gene-gene interaction integration 2025-Apr, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.109880 PMID:39999494	研究论文	提出了一种新的单细胞RNA测序嵌入方法，整合基因表达谱和数据驱动的基因-基因相互作用	通过构建Cell-Leaf Graph和K-Nearest Neighbor Graph，结合图神经网络，更全面地表示细胞状态	未提及具体的技术实现细节或计算资源需求	提高单细胞RNA测序数据的嵌入质量，以更好地理解细胞异质性和功能	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	随机森林模型, 图神经网络	基因表达数据	多个数据集（未提及具体数量）
77	2025-05-11	Timing neural development and regeneration 2025-Apr, Current opinion in neurobiology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.conb.2025.102976 PMID:40010202	review	该综述讨论了哺乳动物神经祖细胞时间身份调控机制的最新进展及其在胶质细胞向神经元重编程策略中的潜在治疗应用	整合时间身份规范与促神经因子过表达以增强重编程效率并扩展从重编程哺乳动物胶质细胞生成的神经元亚型库	NA	探讨神经祖细胞时间身份调控机制及其在神经再生治疗中的应用	哺乳动物神经祖细胞	神经科学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
78	2025-05-11	Transfer learning of multicellular organization via single-cell and spatial transcriptomics 2025-Apr, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1012991 PMID:40258090	research paper	提出了一种名为iSORT的迁移学习方法，通过整合单细胞RNA测序和空间转录组数据来解析细胞的空间组织	iSORT能够以单细胞尺度发现空间模式，识别驱动模式的空间组织基因（SOGs），并利用SpaRNA速度概念推断伪生长轨迹	NA	解析生物组织中复杂的基因表达和多细胞模式	人类皮层、小鼠胚胎、小鼠大脑、果蝇胚胎和人类发育心脏等生物系统	生物信息学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学（ST）	神经网络	基因表达数据、空间位置数据	多种生物系统样本，包括正常和动脉粥样硬化动脉
79	2025-05-11	Endothelial PPARδ Ablation Exacerbates Vascular Hyperpermeability via STAT1/CXCL10 Signaling in Acute Lung Injury 2025-Mar-28, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.124.325855 PMID:39996324	research paper	研究PPARδ在急性肺损伤中通过STAT1/CXCL10信号通路调节血管高通透性的作用	揭示了PPARδ通过抑制CXCL10介导的血管高通透性在急性肺损伤中的新抗炎作用	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体中验证	探究PPARδ在维持血管内皮屏障完整性中的作用及其机制	内皮细胞选择性PPARδ敲除小鼠和同窝对照小鼠	分子生物学	急性肺损伤	单细胞RNA测序	小鼠模型	基因表达数据	PpardEC-KO和PpardEC-WT小鼠
80	2025-05-11	Positive Prognostic Overall Survival Impacts of Methylated TGFB2 and MGMT in Adult Glioblastoma Patients 2025-Mar-27, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers17071122 PMID:40338274	research paper	探讨了TGFB2和MGMT基因甲基化对成人胶质母细胞瘤患者总体生存期的积极影响	首次发现TGFB2和MGMT基因甲基化水平升高可预测胶质母细胞瘤患者总体生存期改善，尤其在年轻成年男性患者中效果显著	研究基于TCGA数据集，可能需要更多独立数据集验证	评估TGFB2和MGMT基因甲基化对胶质母细胞瘤患者预后的影响	成人胶质母细胞瘤患者	digital pathology	glioblastoma	甲基化分析，单细胞RNA-seq	Cox比例风险模型	基因表达数据	TCGA数据集中的胶质母细胞瘤患者样本