单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
61	2025-06-03	Evaluation of PANoptosis activation in irreversible pulpitis: An in vitro study based on human tissue samples 2025-May-26, Archives of oral biology IF:2.2Q2 DOI:10.1016/j.archoralbio.2025.106305 PMID:40451096	research paper	研究通过分析RNA-seq数据集和实验验证，探讨了PANoptosome在牙髓炎中的激活情况	首次在牙髓炎中研究了PANoptosis的激活，并分析了不同细胞类型中相关基因的表达	未检测到caspase-8和PYCARD在牙髓炎中的相互作用，且仅检测到凋亡和焦亡的激活	研究牙髓炎中PANoptosis的激活机制	健康和发炎的牙髓组织	生物医学研究	牙髓炎	RNA-seq, qRT-PCR, 免疫印迹, 共免疫沉淀, scRNA-seq	NA	RNA-seq数据, scRNA-seq数据	未明确提及样本数量，但使用了公共数据库GEO中的数据集
62	2025-06-03	Regulation of Collecting Lymphatic Vessel Contractile Function by TRPV4 Channels 2025-May-15, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.124.322100 PMID:40371469	research paper	本研究探讨了TRPV4通道在收集淋巴管收缩功能调控中的作用及其在淋巴系统疾病中的病理生理学意义	揭示了TRPV4表达髓系细胞与淋巴肌肉细胞或淋巴内皮细胞之间相互作用的新机制，以及TRPV4通道在炎症相关淋巴功能障碍中的潜在重要角色	研究主要基于小鼠模型，临床样本仅限于乳腺癌相关淋巴水肿患者，可能限制了结果的普遍性	探究TRPV4通道在淋巴管收缩功能调控中的作用及其与淋巴系统疾病的关联	小鼠收集淋巴管及周围组织，乳腺癌相关淋巴水肿患者的活检样本	分子生物学	淋巴水肿	单细胞RNA测序，Cre-loxP系统，共聚焦显微镜，功能性实验	Trpv4fx/fx小鼠模型	基因表达数据，图像数据，功能实验数据	小鼠收集淋巴管及周围组织的单细胞RNA测序数据集，乳腺癌相关淋巴水肿患者的活检样本
63	2025-06-03	AI-Assisted Hypothesis Generation to Address Challenges in Cardiotoxicity Research: Simulation Study Using ChatGPT With GPT-4o 2025-May-15, Journal of medical Internet research IF:5.8Q1 DOI:10.2196/66161 PMID:40373295	research paper	本研究探讨了ChatGPT与GPT-4o在生成创新性研究假设以解决心脏毒性研究中五大挑战的能力	利用ChatGPT与GPT-4o生成创新性研究假设，并通过专家评估其新颖性和可行性	实验设计常被认为过于雄心勃勃，需要更多实际考虑	探索人工智能在心脏毒性研究中生成创新假设的潜力	心脏毒性研究的五大挑战：机制复杂性、患者变异性、检测灵敏度不足、可靠生物标志物缺乏和动物模型局限性	machine learning	cardiovascular disease	single-cell RNA sequencing, multi-omics approaches, machine learning	GPT-4o	text	96个生成的假设，其中13个被评为高度新颖，62个为中等新颖
64	2025-06-03	Development of a machine learning-based predictive risk model combining fatty acid metabolism and ferroptosis for immunotherapy response and prognosis in prostate cancer 2025-May-13, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02484-5 PMID:40355680	research paper	本研究整合了批量RNA测序、单细胞RNA测序和空间转录组学数据，构建了一个基于铁死亡和脂肪酸代谢基因的前列腺癌预后模型	结合铁死亡和脂肪酸代谢基因构建机器学习预测模型，用于前列腺癌免疫治疗反应和预后评估	模型验证仅使用了TCGA-PRAD和DFKZ两个队列，需要更多独立队列验证	开发前列腺癌预后预测模型和个性化治疗策略	前列腺癌患者	digital pathology	prostate cancer	bulk RNA sequencing, scRNA-seq, spatial transcriptomics	Lasso + Random Survival Forest (RSF)	RNA sequencing data	TCGA-PRAD数据集和DFKZ队列
65	2025-06-03	Clofarabine Enhances the Transduction Efficiency of Recombinant AAV2 in the Retina 2025-May-01, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1 DOI:10.1167/iovs.66.5.42 PMID:40434346	研究论文	研究探讨了核糖核苷酸还原酶抑制剂氯法拉滨如何提高重组腺相关病毒血清型2（rAAV2）在小鼠视网膜中的转导效率及其机制	发现氯法拉滨能通过同步细胞周期和重编程转录景观，显著提高rAAV2在视网膜中的转导效率，且无毒性	研究主要基于小鼠模型和ARPE-19细胞，尚未在人类中进行验证	探索核糖核苷酸还原酶抑制剂在提高rAAV2视网膜转导效率中的应用	小鼠视网膜和ARPE-19细胞	基因治疗	眼科疾病	RNA-seq, 单细胞RNA-seq	NA	转录组数据	小鼠视网膜和ARPE-19细胞
66	2025-06-03	Recent Advances in Stem Cells of Corneal Epithelia 2025-May-01, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1 DOI:10.1167/iovs.66.5.45 PMID:40440164	综述	本文回顾了角膜上皮干细胞（CESCs）的最新研究进展，包括其位置、群体维持机制和异质性	通过角膜上皮谱系追踪、活体成像和单细胞RNA测序等新技术，揭示了CESCs的新特性	讨论了当前研究的局限性，并指出CESCs领域亟待解决的关键问题	阐明CESCs的基本特性及其在角膜疾病治疗中的潜在应用	角膜上皮干细胞（CESCs）	再生医学	角膜疾病	谱系追踪、活体成像、单细胞RNA测序	NA	NA	NA
67	2025-06-03	Candidate Biomarkers for Hard-to-Heal Wounds Revealed by Single-Cell RNA Sequencing of Wound Fluid in Murine Wound Models 2025 May-Jun, Wound repair and regeneration : official publication of the Wound Healing Society [and] the European Tissue Repair Society IF:3.8Q1 DOI:10.1111/wrr.70038 PMID:40444294	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析小鼠伤口模型中的伤口液细胞，揭示了难愈性伤口的潜在生物标志物	首次利用伤口液单细胞RNA测序技术探索多种病理延迟愈合伤口模型的共同生物标志物	研究仅限于小鼠模型，尚未在临床样本中验证	寻找适用于复杂难愈性伤口的通用生物标志物	小鼠伤口模型（老年、糖尿病和LPS诱导炎症模型）的伤口液细胞	生物医学研究	伤口愈合障碍	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	RNA测序数据	三种小鼠伤口模型（老年、糖尿病和炎症模型）与正常年轻小鼠的对比
68	2025-06-03	Single-cell sequencing reveals shared clonal signatures in nonmalignant B and tumor cells in T-prolymphocytic leukemia 2025-May, Blood neoplasia DOI:10.1016/j.bneo.2025.100076 PMID:40453149	研究论文	本研究通过单细胞测序揭示了T细胞前淋巴细胞白血病（T-PLL）中非恶性B细胞和肿瘤细胞共有的克隆特征	首次在单细胞水平上揭示了T-PLL中非恶性B细胞和肿瘤细胞共有的突变特征，并发现了潜在种系来源的致病突变	样本量较小（16例患者），且仅对19个基因进行了测序	阐明T-PLL的克隆起源和进化动态	T细胞前淋巴细胞白血病（T-PLL）患者	基因组学	白血病	NGS, 液滴数字PCR, 单细胞多组学分析	NA	基因组DNA数据	16例T-PLL患者的配对样本（其中9例有复发样本）
69	2025-06-03	Follicular cytotoxic T cells is dysfunctional in chronic hepatitis B patients with non-alcoholic fatty liver disease 2025-03, Biochimica et biophysica acta. Molecular basis of disease DOI:10.1016/j.bbadis.2024.167646 PMID:39743024	研究论文	探讨慢性乙型肝炎(CHB)合并非酒精性脂肪性肝病(NAFLD)患者中滤泡毒性T细胞(Tfc)的异质性及其功能失调	首次揭示了CHB合并NAFLD患者中Tfc细胞的记忆特性和功能受损，并提出通过维持氧化还原平衡增强Tfc效应记忆细胞特性的创新治疗策略	样本量相对较小(32名健康对照、36名CHB患者和19名CHB+NAFLD患者)，且为横断面研究	探索CHB合并NAFLD患者中Tfc细胞的异质性及其功能状态	慢性乙型肝炎患者、非酒精性脂肪性肝病患者及其Tfc细胞	免疫学	慢性乙型肝炎、非酒精性脂肪性肝病	多色流式细胞术、单细胞RNA测序	NA	流式细胞数据、单细胞RNA测序数据	87人(32名健康对照、36名CHB患者和19名CHB+NAFLD患者)
70	2025-06-03	Single-cell and spatial characterization of plasmablast-like lymphoma cells in primary central nervous system lymphoma 2025-Feb, Blood neoplasia DOI:10.1016/j.bneo.2024.100058 PMID:40454408	research paper	该研究通过单细胞和空间多组学分析，揭示了原发性中枢神经系统淋巴瘤（PCNSL）中浆母细胞样淋巴瘤细胞的细胞和空间异质性及其微环境	首次在PCNSL中鉴定出具有浆母细胞（PBL）特征的淋巴瘤亚群，并揭示了其与微环境的独特分子和空间相互作用	研究样本量有限，且PBL特征亚群在PCNSL患者中的普遍性仍需进一步验证	探究PCNSL中肿瘤细胞的异质性及其与微环境的相互作用	原发性中枢神经系统淋巴瘤（PCNSL）患者	digital pathology	lymphoma	single-cell sequencing, spatial multiomic analyses, BCR analysis, CD138 immunohistochemistry staining	NA	single-cell data, spatial data	部分PCNSL患者（约40%）
71	2025-06-03	Bulk integrated single-cell-spatial transcriptomics reveals the impact of preoperative chemotherapy on cancer-associated fibroblasts and tumor cells in colorectal cancer, and construction of related predictive models using machine learning 2025-01, Biochimica et biophysica acta. Molecular basis of disease DOI:10.1016/j.bbadis.2024.167535 PMID:39374811	research paper	本研究通过整合批量、单细胞和空间转录组数据，探究了术前化疗对结直肠癌中成纤维细胞和上皮细胞的影响，并利用机器学习构建了预测模型	识别了与术前化疗和结直肠癌预后相关的三个细胞亚群（NOTCH3+Fib、TNNT1+Epi和HSPA1A+Epi），并构建了独立的预后预测模型PCRSM	研究样本量相对较小（22个独立队列），且未进行大规模临床验证	探究术前化疗对结直肠癌中成纤维细胞和上皮细胞的影响，并构建预测模型	结直肠癌患者中的成纤维细胞和上皮细胞	digital pathology	colorectal cancer	bulk, single-cell, and spatial transcriptomic sequencing	machine learning	transcriptomics data	22个独立队列的结直肠癌样本
72	2025-06-03	A novel Tc17 population recruited by tumor cells promotes tumor progression in gastric cancer 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1592328 PMID:40452847	research paper	该研究揭示了Tc17细胞在胃癌中的免疫抑制作用及其通过CXCL16-CXCR6轴被肿瘤细胞招募并促进肿瘤进展的机制	首次发现Tc17细胞在胃癌微环境中的存在及其免疫抑制功能，揭示了其通过分泌IL-17A和IL-26促进肿瘤进展的新机制	研究主要基于体外实验和单细胞测序数据，缺乏体内实验验证	探究Tc17细胞在胃癌肿瘤微环境中的作用及其机制	胃癌组织中的Tc17细胞及其与肿瘤细胞的相互作用	肿瘤免疫学	胃癌	单细胞测序、空间转录组学、多色免疫组化染色、SCENIC分析、伪时间分析、细胞间相互作用分析	NA	单细胞测序数据、空间转录组数据	65例胃癌样本的296,879个细胞及10例胃癌样本的空间转录组数据
73	2025-06-03	Metabolic reprogramming signature predicts prognosis and immune landscape in small cell lung cancer: MOCS2 validation and implications for personalized therapy 2025, Frontiers in molecular biosciences IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fmolb.2025.1592888 PMID:40452920	研究论文	本研究通过多组学分析揭示了小细胞肺癌(SCLC)中代谢重编程的特征，并开发了一个基于梯度提升机的预后模型，验证了MOCS2基因在SCLC细胞生物学中的关键作用	首次建立了基于代谢重编程的SCLC预后模型，并验证了MOCS2基因在SCLC细胞增殖和迁移中的关键作用	研究主要基于公共数据集，需要进一步临床样本验证	探索代谢重编程在SCLC预后和治疗选择中的作用	小细胞肺癌(SCLC)患者和细胞系	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序，WGCNA，siRNA敲除实验	GBM(梯度提升机)	RNA测序数据	来自GSE60052和cBioportal队列的批量RNA测序数据，以及SCLC细胞系
74	2025-06-03	Single-Cell Analysis Reveals Aspirin Restores Intervertebral Disc Integrity via Ferroptosis Regulation 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S519218 PMID:40453974	research paper	该研究通过单细胞RNA测序技术揭示了阿司匹林通过调控铁死亡恢复椎间盘完整性的机制	首次利用单细胞RNA测序技术识别椎间盘退变中的细胞亚型，并发现阿司匹林通过靶向GPX4抑制铁死亡的新机制	研究仅基于四个独立单细胞测序数据集，样本量可能不足，且体外和体内实验的验证仍需进一步扩大	探究椎间盘退变的细胞机制及阿司匹林的潜在治疗作用	椎间盘髓核细胞（NPC）亚型	digital pathology	geriatric disease	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	Harmony算法	单细胞RNA测序数据	四个独立单细胞测序数据集
75	2025-06-03	To Explore the Key Subgroup and Their Immune Microenvironment During the Formation of Coronary Plaque With scRNA-seq 2025, Cardiology research and practice IF:1.8Q3 DOI:10.1155/crp/3221767 PMID:40454289	研究论文	利用单细胞RNA测序等技术研究NK细胞亚群在冠状动脉斑块形成中的关键作用及其免疫微环境	首次通过单细胞RNA测序技术深入研究了NK细胞亚群C1 RACK1+在冠状动脉斑块形成中的作用及其微环境	样本量较小（15例），可能影响结果的普遍性	探索冠状动脉斑块形成过程中的关键细胞亚群及其免疫微环境	NK细胞亚群C1 RACK1+	数字病理学	心血管疾病	scRNA-seq, CytoTRACE, monocle, slingshot, CellChat, SCENIC	NA	单细胞RNA测序数据	15例个体标本
76	2025-06-03	Binding profiles for 961 Drosophila and C. elegans transcription factors reveal tissue-specific regulatory relationships 2024-Dec-23, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.279037.124 PMID:39438113	研究论文	该研究通过modENCODE和modERN联盟的努力，系统地测定了果蝇和线虫中转录因子（TF）的结合事件，揭示了组织特异性的调控关系	发现了转录因子与染色质结合的'metapeaks'集群，并展示了这些集群的特性及其在基因表达调控中的作用	研究主要局限于两种模式生物（果蝇和线虫），可能无法完全代表其他生物的调控机制	解析转录因子在基因组中的结合位点及其调控关系	果蝇和线虫中的转录因子	基因组学	NA	ChIP-seq, 单细胞RNA-seq	机器学习模型	基因组数据, 转录组数据	605个果蝇TF和356个线虫TF，分别识别了3.6M和0.9M的结合位点
77	2025-06-03	Identification of conserved and tissue-restricted transcriptional profiles for lipid associated macrophages (LAMs) 2024-Sep-26, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.24.614807 PMID:39386558	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，在小鼠和人类中分析了多种组织和无菌炎症条件下的脂质相关巨噬细胞（LAMs）的转录组特征	首次系统地描绘了LAMs在不同组织和炎症条件下的保守性和组织特异性转录特征，并发现这些特征在人类慢性炎症环境中高度保守	研究主要基于小鼠模型，人类数据相对有限	探究LAMs在代谢性和慢性炎症性疾病中的作用及其治疗潜力	小鼠和人类的脂质相关巨噬细胞（LAMs）	生物信息学	代谢性疾病（包括动脉粥样硬化、肥胖和非酒精性脂肪肝病）	单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	基因表达数据	多种小鼠组织和人类样本（具体数量未提及）
78	2025-06-03	Epigenetic Alteration of Smooth Muscle Cells Regulates Endothelin-Dependent Blood Pressure and Hypertensive Arterial Remodeling 2024-Jul-10, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2024.07.09.24310178 PMID:39040193	研究论文	该研究探讨了平滑肌细胞（SMC）表观遗传学改变如何调节内皮素依赖性血压和高血压动脉重塑	通过筛选人类GWAS和孟德尔随机化研究，鉴定了影响SMC功能的SNPs，并利用新型SMC特异性Jmjd3缺陷小鼠模型揭示了JMJD3在高血压动脉重塑中的作用	研究主要基于小鼠模型和体外实验，人类样本验证相对有限	探索高血压相关基因变异对平滑肌细胞功能和动脉重塑的影响	平滑肌细胞（SMC）和高血压相关动脉重塑	表观遗传学	心血管疾病	GWAS、孟德尔随机化研究、scRNA-seq	SMC特异性Jmjd3缺陷小鼠模型	基因组数据、RNA测序数据	三个独立的人类GWAS研究数据和小鼠模型
79	2025-06-03	Deciphering the heterogeneity of differentiating hPSC-derived corneal limbal stem cells through single-cell RNA sequencing 2024-07-09, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2024.06.001 PMID:38942029	研究论文	通过单细胞RNA测序解析hPSC分化为角膜缘干细胞过程中的异质性	首次使用scRNA-seq技术揭示了hPSC向LSC分化过程中的九个细胞簇，其中五个为预期的LSC分化路径，四个为先前未描述的细胞状态	研究仅涉及三种hPSC细胞系，可能无法代表所有hPSC的分化特性	深入理解hPSC分化为角膜缘干细胞的分子机制，为hPSC-based治疗提供理论基础	人类多能干细胞(hPSC)及其分化的角膜缘干细胞(LSCs)	干细胞生物学	眼科疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 免疫荧光分析	NA	单细胞转录组数据	三种hPSC细胞系
80	2025-06-03	Deciphering the molecular landscape of human peripheral nerves: implications for diabetic peripheral neuropathy 2024-Jun-16, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.15.599167 PMID:38915676	研究论文	通过批量RNA测序和空间转录组学分析，研究糖尿病周围神经病变（DPN）的分子机制	首次在人类感觉轴突中发现mRNA的显著定位，揭示了感觉轴突mRNA运输在周围神经退行性变中的潜在作用	研究样本主要来自糖尿病患者的下肢截肢，可能限制了结果的普遍性	深入了解糖尿病周围神经病变的疾病过程	胫神经和腓肠神经	分子生物学	糖尿病周围神经病变	批量RNA测序, 空间转录组学	NA	RNA测序数据	主要来自糖尿病患者的下肢截肢神经样本