单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
61	2025-06-01	Fitness and transcriptional plasticity of human breast cancer single-cell-derived clones 2025-May-12, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115699 PMID:40359107	研究论文	通过单细胞RNA测序和细胞条形码技术，研究人类乳腺癌单细胞衍生克隆的适应性和转录可塑性	首次将单细胞转录组与体内克隆生长直接关联，揭示了罕见传播克隆的高度保守模型特异性分化程序	研究仅基于5个模型的数据，样本量相对有限	探究乳腺癌克隆适应性和可塑性对癌症异质性的影响	人类乳腺癌单细胞衍生克隆	癌症生物学	乳腺癌	单细胞RNA测序, 细胞条形码技术	NA	单细胞转录组数据	来自26个患者来源的乳腺癌异种移植模型的110个异种移植体中的20,000多个单细胞衍生克隆，以及5个模型中的167,375个单细胞RNA图谱
62	2025-06-01	Molecular and Biophysical Perspectives on Dormancy Breaking: Lessons from Yeast Spore 2025-May-11, Biomolecules IF:4.8Q1 DOI:10.3390/biom15050701 PMID:40427594	综述	本文综述了当前关于细胞休眠分子机制的知识，特别关注两种主要的酵母模型	利用单细胞RNA测序、蛋白质组分析和活细胞成像等多方面方法揭示了基因表达、蛋白质组组成和活力的动态变化，以及对细胞质生物物理特性的新认识	主要聚焦于酵母模型，可能无法完全代表其他生物的休眠机制	阐明休眠和休眠解除的分子和生物物理原理	酵母细胞	分子生物学	NA	单细胞RNA-seq, 蛋白质组分析, 活细胞成像	NA	基因表达数据, 蛋白质组数据, 图像数据	NA
63	2025-06-01	NetLnc: A Network-Based Computational Framework to Identify Immune Checkpoint-Related lncRNAs for Immunotherapy Response in Melanoma 2025-May-09, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26104557 PMID:40429702	research paper	开发了一个基于网络的计算框架NetLnc，用于识别与免疫检查点相关的长链非编码RNA（lncRNA），以预测黑色素瘤的免疫治疗反应	利用基于交互网络的分析方法，首次开发了一个多步骤计算框架NetLnc，用于识别癌症和免疫背景下与免疫检查点相关的lncRNA	仅针对黑色素瘤进行研究，未在其他癌症类型中验证	识别与免疫检查点相关的lncRNA，以预测免疫治疗反应	长链非编码RNA（lncRNA）和黑色素瘤	computational biology	melanoma	bulk and single-cell RNA sequencing	machine learning algorithms	RNA sequencing data	独立数据集中的黑色素瘤样本
64	2025-06-01	Long Non-Coding RNAs and RNA-Binding Proteins in Pancreatic Cancer Development and Progression 2025-May-08, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers17101601 PMID:40427100	review	本文综述了长链非编码RNA（lncRNAs）和RNA结合蛋白（RBPs）在胰腺导管腺癌（PDAC）发展和进展中的作用	探讨了lncRNAs和RBPs作为非基因组生物标志物和替代分子靶点在PDAC临床管理中的潜力	未提及具体lncRNAs和RBPs的临床应用效果或试验数据	探索lncRNAs和RBPs在PDAC发展、进展及药物反应中的作用，以推动个性化治疗策略的发展	胰腺导管腺癌（PDAC）	分子生物学	胰腺癌	基因表达分析、单细胞转录组分析	NA	转录组数据	NA
65	2025-06-01	The Key Role and Mechanism of Oxidative Stress in Hypertrophic Cardiomyopathy: A Systematic Exploration Based on Multi-Omics Analysis and Experimental Validation 2025-May-07, Antioxidants (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/antiox14050557 PMID:40427439	研究论文	本研究基于多组学分析和实验验证，系统探索了氧化应激在肥厚型心肌病中的关键作用及机制	通过整合转录组学数据、机器学习算法和单细胞RNA测序，识别了四个与氧化应激相关的特征基因，并验证了它们在HCM中的功能意义	NA	阐明氧化应激在肥厚型心肌病发病机制中的作用并探索潜在治疗靶点	肥厚型心肌病(HCM)患者样本	生物医学	心血管疾病	多组学分析、单细胞RNA测序、分子对接	LASSO回归、SVM-RFE、Random Forest	转录组数据	NA
66	2025-06-01	TissueViewer: a web-based multiplexed image viewer 2025-May-06, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf246 PMID:40279289	research paper	介绍了一个名为TissueViewer的基于网络的多重图像查看器，旨在解决空间生物学技术生成的大型数据集查看和共享的难题	开发了一个易于设置和使用的基于网络的查看器，能够在低带宽需求下高速传输高分辨率图像	上传数据大小限制为50 GB，可能不适合处理超大规模数据集	解决空间生物学技术生成的大型数据集的查看和共享问题	由多重免疫荧光染色或空间转录组学分析产生的组织学切片数据集	digital pathology	NA	multiplex immunofluorescence staining, spatial transcriptomics profiling	NA	image	NA
67	2025-06-01	scACCorDiON: a clustering approach for explainable patient level cell-cell communication graph analysis 2025-May-06, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf288 PMID:40327499	research paper	提出了一种名为scACCorDiON的聚类方法，用于分析患者级别的细胞间通信图，以解释疾病状态	使用最优传输算法探索马尔可夫链上的节点距离，作为有向加权图之间的基础度量，优于使用无向图的竞争方法	未明确提及具体限制，但可能涉及大规模患者队列中单细胞RNAseq数据集的高变异性	开发一种能够分析样本特异性细胞间通信事件的计算方法	患者特异性单细胞RNAseq数据集中的细胞间通信事件	digital pathology	pancreas adenocarcinoma	single-cell sequencing, ligand-receptor (LR) analysis	optimal transport algorithm	single-cell RNAseq data	NA
68	2025-06-01	Leveraging Spatial Transcriptomics to Decode Craniofacial Development 2025-May-03, Genes IF:2.8Q2 DOI:10.3390/genes16050557 PMID:40428379	review	本文综述了空间转录组学在解码颅面发育中的应用，特别关注了腭和牙齿发育的细胞和分子事件	利用空间转录组学技术，能够在原位评估大量基因的表达，为理解正常和异常条件下的颅面发育提供了前所未有的深度和广度	文章指出这是一项进行中的工作，仍需进一步研究以更深入地理解基因表达的时空动态	揭示颅面发育中独特的生物系统复杂性，为正常发育的细胞和分子事件提供有意义的生物学见解	腭和牙齿的发育过程	空间转录组学	腭裂和牙齿缺失	空间转录组学	NA	基因表达数据	NA
69	2025-06-01	Spatially Aware Domain Adaptation Enables Cell Type Deconvolution from Multi-Modal Spatially Resolved Transcriptomics 2025-05, Small methods IF:10.7Q1 DOI:10.1002/smtd.202401163 PMID:39623794	研究论文	本文提出了一种名为SpaDA的空间感知域适应方法，用于从多模态空间分辨转录组学数据中准确估计细胞类型的空间分布	SpaDA是首个同时建模多模态特征的空间感知域适应方法，通过自表达变分自编码器和深度空间分布对齐技术，整合转录组学、组织学图像和空间位置数据	NA	解决空间分辨转录组学中细胞类型解卷积的问题，提高细胞类型组成预测的准确性	多模态空间分辨转录组学数据和单细胞RNA测序数据	数字病理学	NA	空间分辨转录组学(SRT)、单细胞RNA测序(scRNA-seq)	自表达变分自编码器	转录组学数据、组织学图像、空间位置数据	高分辨率小鼠小脑SRT数据
70	2025-06-01	Spatial Transcriptomics: Biotechnologies, Computational Tools, and Neuroscience Applications 2025-05, Small methods IF:10.7Q1 DOI:10.1002/smtd.202401107 PMID:39760243	review	本文综述了空间转录组学技术的发展、计算工具及其在神经科学中的关键应用	空间转录组学技术提供了前所未有的基因表达空间组织信息，推动了神经科学领域对大脑复杂性的理解	仍需改进测序技术和开发更强大的计算工具	探讨空间转录组学技术在神经科学中的应用及其潜力	空间转录组学技术、计算工具及其在神经科学中的应用	分子生物学	神经退行性疾病（如阿尔茨海默病）、神经精神疾病（如精神分裂症）	空间转录组学（ST）	NA	基因表达数据	NA
71	2025-06-01	Learning Phenotype Associated Signature in Spatial Transcriptomics with PASSAGE 2025-05, Small methods IF:10.7Q1 DOI:10.1002/smtd.202401451 PMID:39905872	research paper	介绍了一种名为PASSAGE的深度学习框架，用于在空间转录组学中识别与表型相关的特征	PASSAGE是一种基于图嵌入的深度学习框架，能够有效表征多个异质性空间切片中的表型相关特征，且其独特能力在多个实际案例中得到验证	未明确提及方法的局限性	开发一种计算工具，用于在空间转录组学数据中识别与表型相关的空间特征	空间转录组学数据	digital pathology	NA	spatially resolved transcriptomics (SRT)	deep learning, graph-based embedding	spatial transcriptomics data	NA
72	2025-06-01	CDK16+ Luminal Progenitor Cell-Like Tumor Cells Interacted with POSTN+ Cancer-Associated Fibroblasts Associate with Chemo-Resistance In Breast Cancer 2025-05, Small methods IF:10.7Q1 DOI:10.1002/smtd.202401192 PMID:39930931	研究论文	该研究通过单细胞转录组学等方法，揭示了CDK16+ luminal progenitor cell-like肿瘤细胞与POSTN+癌症相关成纤维细胞的相互作用在乳腺癌化疗耐药中的关键作用	首次系统性地描述了CDK16+ LPC-like肿瘤细胞与POSTN+ CAFs的相互作用网络及其在化疗耐药中的作用机制	研究样本量相对有限，且主要基于转录组数据，需要进一步实验验证	探索乳腺癌化疗耐药的细胞机制并寻找新的治疗靶点	乳腺癌患者的肿瘤细胞和肿瘤微环境	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)，空间转录组学	NA	转录组数据	175,825个单细胞(来自接受新辅助化疗的乳腺癌患者的治疗前后活检样本)
73	2025-06-01	Transcriptome Landscape of Cancer-Associated Fibroblasts in Human PDAC 2025-May, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202415196 PMID:40019403	研究论文	通过单细胞RNA测序分析全面绘制人类胰腺导管腺癌(PDAC)肿瘤微环境中癌症相关成纤维细胞(CAFs)的转录组图谱	鉴定了包括新发现的CDCP1FTL CAFs、过渡性CAFs(tCAFs)、干扰素模拟基因(ISG)肌纤维母细胞性CAFs(myCAFs)和增殖性CAFs(pCAFs)在内的9种不同CAF亚型，揭示了CAF亚型的分化可塑性及其与不良临床结果的关联	NA	探索PDAC肿瘤微环境中CAFs的异质性及其在癌症进展中的作用	人类胰腺导管腺癌(PDAC)中的癌症相关成纤维细胞(CAFs)	肿瘤微环境研究	胰腺癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
74	2025-06-01	Robust Spatial Cell-Type Deconvolution with Qualitative Reference for Spatial Transcriptomics 2025-05, Small methods IF:10.7Q1 DOI:10.1002/smtd.202401145 PMID:40059456	research paper	本文提出了一种基于定性参考的空间转录组学细胞类型反卷积方法QR-SIDE，用于处理多细胞空间转录组数据	QR-SIDE方法通过自适应调整每个标记基因的贡献，提供了单个标记基因的空间异质性详细图谱，并统一了细胞类型反卷积与空间聚类	在缺乏可靠参考数据集或存在异质性批次效应的情况下，现有方法可能引入偏差	开发一种鲁棒的空间细胞类型反卷积方法，以提高空间转录组数据的分析准确性	多细胞空间转录组数据	digital pathology	NA	spatial transcriptomics, scRNA-seq	Potts model	spatial transcriptomic data	模拟数据和三个真实空间转录组数据集（来自10x Visium和ST平台）
75	2025-06-01	General and individualized changes in T cell immunity during aging 2025-May-01, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950) DOI:10.1093/jimmun/vkae033 PMID:40073079	research paper	本文探讨了T细胞免疫在衰老过程中的普遍和个体化变化	利用单细胞测序技术识别了T细胞的新亚群，并分析了T细胞转录组和TCR克隆型随年龄的变化	未提及具体样本量或实验设计的局限性	研究衰老过程中T细胞免疫系统的变化	T细胞亚群、转录组和TCR库	免疫学	衰老相关疾病	单细胞测序	NA	测序数据	NA
76	2025-06-01	EZH2 coordinates memory B-cell programming and recall responses 2025-May-01, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950) DOI:10.1093/jimmun/vkaf004 PMID:40073167	research paper	该研究探讨了组蛋白甲基转移酶EZH2在记忆B细胞（MBC）形成和功能中的作用	揭示了EZH2在MBC分化和功能中的关键作用，特别是在流感感染模型中	EZH2敲除不完全，可能影响结果解释	研究EZH2在记忆B细胞编程和回忆反应中的作用	小鼠记忆B细胞	免疫学	流感	单细胞RNA测序	基因敲除小鼠模型	基因表达数据	NA
77	2025-06-01	PPY-Induced iCAFs Cultivate an Immunosuppressive Microenvironment in Pancreatic Cancer 2025-May, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202413432 PMID:40162859	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析筛选与iCAF诱导相关的癌细胞分泌蛋白，验证了PPY作为一种强效诱导剂，并通过多种实验验证了PPY在iCAF诱导中的关键作用	发现PPY作为一种胃肠道激素，主要通过激活非经典NF-κB通路诱导iCAFs，为改善PDAC免疫治疗提供了新策略	研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未在人类患者中进行验证	探索胰腺导管腺癌(PDAC)中iCAFs的诱导机制及其对免疫微环境的影响	胰腺导管腺癌(PDAC)中的炎症相关癌症相关成纤维细胞(iCAFs)	肿瘤微环境研究	胰腺癌	单细胞RNA测序、多重免疫组化(mIHC)、免疫沉淀-质谱联用、分子对接	KPC (Kras; Trp53; Pdx1-Cre)小鼠模型	RNA测序数据、免疫组化图像、质谱数据	人类PDAC组织微阵列、小鼠同种异体移植模型
78	2025-06-01	CD47-amyloid-β-CD74 signaling triggers adaptive immunosuppression in sepsis 2025-May, EMBO reports IF:6.5Q1 DOI:10.1038/s44319-025-00442-4 PMID:40185975	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和常规RNA测序分析脓毒症的免疫景观，发现适应性免疫受到急性且强烈的抑制	发现CD47通过诱导淀粉样蛋白β（Aβ）的产生，与B细胞上的CD74相互作用，导致B细胞抑制和随后的适应性免疫抑制，揭示了脓毒症中免疫抑制的新机制	研究主要基于小鼠模型，临床应用的转化仍需进一步验证	阐明脓毒症中宿主反应失调的机制	脓毒症患者的免疫细胞和小鼠模型	免疫学	脓毒症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和常规RNA-seq	NA	RNA测序数据	NA
79	2025-06-01	From Invaginating Site to Deep Lesion: Spatial Transcriptomics Unravels Ectopic Endometrial Penetration Features in Adenomyosis 2025-May, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202411752 PMID:40190183	research paper	该研究利用空间转录组学和单细胞RNA测序技术，绘制了具有明显内陷结构的子宫腺肌症从子宫内膜内陷部位到异位病变的空间转录图谱	首次揭示了子宫腺肌症内陷部位、侵袭过程和深部病变中的关键分子机制，并建立了首个子宫腺肌症转录组学网络资源	研究样本可能有限，且体外实验结果需要在更大人群中验证	阐明子宫腺肌症内陷结构的分子机制	子宫腺肌症患者的子宫内膜内陷部位和异位病变	digital pathology	子宫腺肌症	空间转录组学, 单细胞RNA测序, bulk RNA测序反卷积, 组织学技术	NA	转录组数据, 组织学图像	NA
80	2025-06-01	Malignant Hepatoblast-Like Cells Sustain Stemness via IGF2-Dependent Cholesterol Accumulation in Hepatoblastoma 2025-May, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202407671 PMID:40271711	研究论文	通过单细胞转录组学分析，识别出一种独特的恶性肝母细胞样细胞亚群，作为低分化肝母细胞瘤的可能起源，并探讨了IGF2依赖的胆固醇积累在维持其干细胞特性中的作用	首次在单细胞水平上识别出与肝母细胞瘤不良预后相关的恶性肝母细胞样细胞亚群，并揭示了IGF2通过SREBF2促进胆固醇积累维持干细胞特性的新机制	研究主要基于单细胞转录组学分析，需要进一步的体内外实验验证这些发现	探索肝母细胞瘤的发病机制，特别是低分化晚期肿瘤的细胞起源和恶性维持机制	肝母细胞瘤患者样本中的恶性肝母细胞样细胞亚群	肿瘤生物学	肝母细胞瘤	单细胞转录组学分析	NA	单细胞RNA测序数据	未明确说明样本数量，但使用了肝母细胞瘤患者的单细胞数据