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当前共找到 32150 篇文献，本页显示第 61 - 80 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 61 | 2025-11-05 |
Integrating single-cell RNA-seq datasets with substantial batch effects
2025-Oct-30, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-025-12126-3
PMID:41168710
|
研究论文 | 提出一种基于条件变分自编码器的新方法sysVI，用于整合具有显著批次效应的单细胞RNA测序数据集 | 采用VampPrior和循环一致性约束，解决了现有方法在整合跨系统数据集时过度去除生物信号的问题 | NA | 开发能够有效整合跨系统单细胞RNA测序数据集的计算方法 | 单细胞RNA测序数据集 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 条件变分自编码器(cVAE) | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 62 | 2025-11-05 |
In vivo differentiation of embryonic cells devoid of key reprogramming factors
2025-Oct-30, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.116498
PMID:41171758
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析斑马鱼NPS突变细胞在野生型胚胎中的命运，揭示了NPS在发育重编程和分化中的关键作用 | 发现部分细胞能够绕过短暂全能性阶段直接获得中间发育状态，揭示了NPS在协调核质重编程中的新机制 | 研究仅限于斑马鱼胚胎模型，未在其他物种中验证 | 探究NPS因子在发育重编程和细胞分化过程中的功能 | 斑马鱼胚胎中的NPS突变细胞 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 63 | 2025-11-05 |
Translational framework linking perfluoroheptanoic acid (PFHpA) exposure to metabolic dysfunction associated steatotic liver disease in adolescents
2025-Oct-29, Communications medicine
IF:5.4Q1
DOI:10.1038/s43856-025-01168-z
PMID:41162609
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研究论文 | 本研究建立了一个连接全氟庚酸暴露与青少年代谢功能障碍相关脂肪性肝病的转化研究框架 | 首次将人类队列数据与体外肝球体单细胞转录组学相结合，揭示短链未受监管的PFAS同系物PFHpA与MASLD的关联 | 样本量相对较小(n=136)，且研究对象仅限于接受减重手术的肥胖青少年 | 阐明全氟和多氟烷基物质(PFAS)在代谢功能障碍相关脂肪性肝病发展中的作用 | 青少年肥胖患者(平均年龄16.8岁)和体外培养的人肝球体 | 生物医学研究 | 代谢功能障碍相关脂肪性肝病 | 蛋白质组学、代谢组学、单细胞转录组学、肝脏活检 | LUCID模型 | 血浆样本、蛋白质组数据、代谢组数据、单细胞转录组数据 | 136名青少年 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 64 | 2025-11-05 |
Multi-omic profiling reveals age-related immune dynamics in healthy adults
2025-Oct-29, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-025-09686-5
PMID:41162704
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研究论文 | 通过多组学分析揭示健康成年人年龄相关的免疫动态变化 | 首次在300多名健康成年人中建立单细胞RNA测序数据集，揭示T细胞亚群中稳健的非线性转录重编程现象 | 样本主要来自健康成年人，未涵盖疾病状态或更广泛的年龄范围 | 理解年龄对免疫系统动态变化的影响 | 300多名25至90岁健康成年人的外周免疫细胞 | 免疫学 | NA | 单细胞RNA测序,蛋白质组学,流式细胞术 | NA | 单细胞RNA测序数据,蛋白质组数据,流式细胞数据 | 300多名健康成年人，其中96人进行为期2年的纵向追踪 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 65 | 2025-11-05 |
Cross-expression meta-analysis of mouse brain slices reveals coordinated gene expression across spatially adjacent cells
2025-Oct-29, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-025-03747-8
PMID:41163012
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研究论文 | 本研究通过跨表达分析探索空间相邻细胞间基因表达的协调机制 | 提出'跨表达'概念，避免使用人工注释数据库和细胞类型标签，同时控制细胞内在过程 | 仅依赖基因表达和细胞位置矩阵，可能忽略其他调控因素 | 研究空间相邻细胞间基因表达的协调机制 | 小鼠脑切片中的空间相邻细胞 | 空间转录组学 | 帕金森病 | 空间转录组学，跨表达分析 | 跨表达网络 | 基因表达数据，空间位置数据 | 约2500万个细胞，695个切片，52个大脑 | 多种技术平台 | 空间转录组学 | 8种不同技术 | 整合多个图谱级小鼠脑数据集 |
| 66 | 2025-11-05 |
GZMK+CD8+ T cells target a specific acinar cell type in Sjögren's disease
2025-Oct-28, Annals of the rheumatic diseases
IF:20.3Q1
DOI:10.1016/j.ard.2025.08.014
PMID:41162286
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研究论文 | 本研究通过单细胞和空间转录组学分析，揭示了干燥综合征中特定腺泡细胞选择性丢失和GZMK⁺CD8⁺ T细胞的作用机制 | 首次发现PRR4⁺CST3⁺WFDC2⁻浆黏液腺泡细胞在干燥综合征中的选择性丢失，并揭示了GZMK⁺CD8⁺ T细胞通过亚细胞溶解效应机制损害线粒体完整性和激活先天免疫信号的新途径 | 研究样本仅限于人类小唾液腺，需要进一步验证在其他外分泌腺中的普遍性 | 探索干燥综合征中不同细胞类型的复杂相互作用及其在疾病病理中的作用 | 人类小唾液腺组织、患者来源的原代上皮细胞和自体T细胞 | 数字病理学 | 干燥综合征 | 单细胞转录组学、空间转录组学、空间免疫表型分析、体外细胞实验 | NA | 转录组数据、蛋白质组数据、空间定位数据 | 人类小唾液腺样本（包括非干燥综合征和干燥综合征患者） | NA | 单细胞RNA-seq、空间转录组学 | NA | NA |
| 67 | 2025-11-05 |
Integrating bulk and single-cell transcriptome to identify novel gene markers for germinal center B cells (GCB) subtype of diffuse large B-cell lymphoma
2025-Oct-22, Annals of hematology
IF:3.0Q2
DOI:10.1007/s00277-025-06517-5
PMID:41120675
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研究论文 | 本研究开发了一个包含19个基因对的定性特征(19-GPS)，用于区分弥漫性大B细胞淋巴瘤的GCB亚型与非GCB亚型 | 基于基因相对表达顺序(REO)开发稳定的定性特征，克服批次效应和样本质量变异的影响 | NA | 识别GCB亚型DLBCL的新型基因标志物 | 弥漫性大B细胞淋巴瘤(GCB亚型) | 生物信息学 | 弥漫性大B细胞淋巴瘤 | 转录组分析 | NA | 基因表达数据 | 四个独立数据集 | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 68 | 2025-11-05 |
egal-1 and microtubules promote regeneration polarity in planarians
2025-Oct-15, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.204668
PMID:41099308
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了涡虫头部与尾部再生极性决定的新机制 | 首次发现Egal-1和微管系统共同调控涡虫纵向肌肉纤维中notum基因的不对称表达，从而决定再生极性 | 对纵向肌肉纤维内具体分子机制的理解仍不完整 | 探究涡虫头部与尾部再生极性决定的分子机制 | 涡虫（planarians）及其纵向肌肉细胞 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序，RNA干扰，药物处理 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 69 | 2025-11-05 |
Multi-omics integrative analysis of the mechanisms linking environmental pollutant exposure to bladder cancer pathogenesis
2025-Oct-15, Ecotoxicology and environmental safety
IF:6.2Q1
DOI:10.1016/j.ecoenv.2025.119251
PMID:41110307
|
研究论文 | 通过多组学整合分析揭示环境污染物暴露与膀胱癌发病机制之间的分子联系 | 首次通过整合多组学数据构建环境-基因相互作用网络，识别出3个因果枢纽基因并与34种高风险污染物建立关联 | NA | 探究环境污染物暴露与膀胱癌发生之间的分子机制 | 膀胱癌相关分子机制和环境污染物 | 生物信息学 | 膀胱癌 | 多组学整合分析, 转录组学, 单细胞RNA测序, 分子对接, 孟德尔随机化分析 | NA | 转录组数据, 单细胞RNA测序数据, 蛋白质表达数据 | 多个膀胱癌队列数据集 | NA | 单细胞RNA测序, 转录组测序 | NA | NA |
| 70 | 2025-11-05 |
Combined statistical-biophysical modeling links ion channel genes to physiology of cortical neuron types
2025-Oct-10, Patterns (New York, N.Y.)
DOI:10.1016/j.patter.2025.101323
PMID:41142913
|
研究论文 | 开发了一种结合统计和生物物理模型的混合方法，通过基因表达模式预测皮层神经元类型的电生理活动 | 首次将统计模型与基于Hodgkin-Huxley的机制模型相结合，通过可解释的线性稀疏回归模型将基因表达与生物物理模型参数联系起来 | 模型与数据之间存在不匹配问题，需要进一步优化 | 建立基因表达与神经元生理特性之间的联系 | 多种皮层细胞类型 | 计算神经科学 | NA | 单细胞转录组学，模拟推断，多模态Patch-seq数据 | Hodgkin-Huxley模型，线性稀疏回归模型 | 基因表达数据，电生理数据 | 多种皮层细胞类型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 71 | 2025-11-05 |
GreenCells: A comprehensive resource for single-cell analysis of plant lncRNAs
2025-Oct, The Journal of biological chemistry
IF:4.0Q2
DOI:10.1016/j.jbc.2025.110678
PMID:40912654
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研究论文 | 开发了专门用于植物单细胞水平lncRNA研究的综合数据库GreenCells | 首个专门针对植物lncRNA的单细胞分析数据库，填补了现有数据库主要关注蛋白质编码基因的空白 | NA | 研究植物长链非编码RNA在单细胞水平的表达和功能 | 8种植物物种的单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 包含2177个lncRNA标记基因和68,869个蛋白质编码标记基因 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 72 | 2025-11-05 |
PMEPA1-Mediated Treg Cell Impairment Promotes Endometrial Stromal Invasion via Excessive PI3K/AKT Signaling in Endometriosis
2025-Oct, Current medical science
IF:2.0Q3
DOI:10.1007/s11596-025-00125-0
PMID:41100035
|
研究论文 | 本研究揭示了PMEPA1通过过度激活PI3K/AKT信号通路损害调节性T细胞功能，从而促进子宫内膜异位症中子宫内膜基质细胞的侵袭能力 | 首次阐明PMEPA1在调节性T细胞中的具体作用机制及其通过PI3K/AKT信号通路影响子宫内膜异位症病理过程的分子机制 | 样本量较小（仅3例患者进行单细胞测序），需要更大规模研究验证 | 探究PMEPA1调控调节性T细胞功能及其在子宫内膜异位症发病机制中的作用 | 子宫内膜异位症患者的卵巢异位病灶和正常在位子宫内膜组织、外周血单核细胞来源的原代人调节性T细胞 | 单细胞生物学 | 子宫内膜异位症 | 单细胞RNA测序, 酶联免疫吸附试验, 细胞共培养 | NA | 单细胞转录组数据, 蛋白质表达数据 | 3例子宫内膜异位症患者的配对异位卵巢病灶和在位子宫内膜组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 73 | 2025-11-05 |
Publisher Correction: Investigation of the relationship between COVID-19 disease and semen parameters in idiopathic male infertility patients
2025-Oct, European review for medical and pharmacological sciences
DOI:10.26355/eurrev_202510_37463
PMID:41182310
|
更正 | 本文是对已发表文章中参考文献列表错误的更正说明 | NA | 由于排版最终化过程中的内部错误，导致最终PDF中无意插入了另一篇文章的错误参考文献 | 更正已发表文章中的参考文献错误 | NA | NA | COVID-19 | NA | NA | 文本 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 74 | 2025-11-05 |
Uncovering Cellular Interactome Drivers of Immune Checkpoint Inhibitor Response in Advanced Melanoma Patients
2025-Oct, Cellular and molecular bioengineering
IF:2.3Q3
DOI:10.1007/s12195-025-00857-y
PMID:41185627
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序数据构建细胞相互作用网络，识别与免疫检查点抑制剂治疗反应相关的网络模式 | 首次采用加权有向网络表示细胞间相互作用，并识别与治疗反应相关的网络模式及其动态变化 | 依赖于公开可用的单细胞RNA测序数据，样本量有限 | 识别与免疫检查点抑制剂治疗反应相关的细胞相互作用网络驱动因素 | 晚期黑色素瘤患者 | 生物信息学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序 | 多元统计学习方法 | 单细胞RNA测序数据，批量RNA测序数据 | 多个黑色素瘤患者队列 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 75 | 2025-11-05 |
PreDigs: A Database of Context-specific Cell Type Markers and Precise Cell Subtypes for Digestive Cell Annotation
2025-Sep-22, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1093/gpbjnl/qzaf066
PMID:40795159
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研究论文 | 开发了一个用于消化系统细胞注释的数据库PreDigs，包含124个单细胞RNA测序数据集和142种细胞类型的标记物 | 构建了首个针对消化系统的细胞标记物数据库，统一了细胞亚型识别和命名标准，并提供了三种不同应用场景的细胞类型标记物 | 数据库主要基于单细胞RNA测序数据，可能不包含其他组学数据；细胞注释的准确性依赖于原始数据的质量 | 建立标准化的消化系统细胞注释数据库，促进胃肠道肿瘤细胞异质性研究 | 消化系统细胞，特别是胃肠道肿瘤相关细胞 | 生物信息学 | 胃肠道肿瘤 | 单细胞RNA测序 | 无监督聚类 | 单细胞RNA测序数据 | 超过340万个细胞，来自124个数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 76 | 2025-11-05 |
STEAM: Spatial Transcriptomics Evaluation Algorithm and Metric for clustering performance
2025-Aug-31, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf570
PMID:41171708
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研究论文 | 提出了一种用于评估空间转录组学聚类性能的计算框架STEAM | 开发了首个专门针对空间转录组学数据的聚类评估算法和指标，通过机器学习分类方法评估聚类结果的一致性和可靠性 | 依赖于公开数据集进行基准测试，缺乏真实标签数据验证 | 解决空间转录组学聚类结果验证的挑战，提供无偏评估框架 | 空间转录组学和空间蛋白质组学数据 | 空间生物学 | NA | 空间转录组学，空间蛋白质组学，机器学习分类 | 机器学习分类模型 | 空间转录组数据，空间蛋白质组数据 | 多个公共数据集，涵盖多细胞到单细胞分辨率 | NA | 空间转录组学，空间蛋白质组学 | NA | NA |
| 77 | 2025-11-05 |
Cross-expression meta-analysis of 695 brain samples reveals coordinated gene expression across spatially adjacent cells
2025-May-18, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.17.613579
PMID:39345494
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研究论文 | 通过695个脑样本的跨表达元分析，揭示空间相邻细胞间基因表达的协调机制 | 提出跨表达分析新方法，避免基因列表筛选或细胞类型注释，直接从空间相邻细胞中发现协调表达的基因对 | NA | 研究空间相邻细胞间基因表达的协调机制 | 成年小鼠脑组织样本 | 空间转录组学 | 帕金森病 | 空间转录组学 | NA | 空间基因表达数据 | 约2500万个细胞，695个样本 | NA | 空间转录组学 | NA | 8种不同技术平台 |
| 78 | 2025-11-05 |
Inhibition of DKK-1 by WAY262611 Inhibits Osteosarcoma Metastasis
2025-May-02, Molecular cancer therapeutics
IF:5.3Q1
DOI:10.1158/1535-7163.MCT-24-0744
PMID:39781890
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研究论文 | 本研究验证小分子抑制剂WAY262611通过抑制DKK-1激活Wnt信号通路，从而抑制骨肉瘤转移 | 首次证明小分子DKK-1抑制剂在体内外均能抑制骨肉瘤转移并诱导成骨分化 | NA | 评估DKK-1抑制剂对骨肉瘤转移的抑制作用 | 骨肉瘤细胞系和患者来源的骨肉瘤异种移植模型 | NA | 骨肉瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 79 | 2025-11-05 |
Integrated Spheroid-to-Population Framework for Evaluating PFHpA-Associated Metabolic Dysfunction and Steatotic Liver Disease
2025-Mar-04, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-5960979/v1
PMID:40092438
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研究论文 | 本研究通过整合3D肝球体模型和人群队列数据，评估PFHpA暴露与代谢功能障碍相关脂肪性肝病的关系 | 开发了从球体到人群的整合框架，结合单细胞转录组学和多组学数据揭示PFHpA诱导MASLD的分子机制 | 研究主要基于肥胖青少年队列，结果可能不适用于其他人群 | 阐明短链PFAS同系物PFHpA在MASLD发病机制中的作用 | 肥胖青少年队列和3D人肝球体模型 | 生物医学研究 | 代谢功能障碍相关脂肪性肝病 | 单细胞转录组学, 多组学分析, 3D球体培养 | LUCID模型 | 转录组数据, 蛋白质组数据, 代谢组数据, 临床数据 | Teen-LABS队列中接受减肥手术的肥胖青少年 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 80 | 2025-11-05 |
STEAM: Spatial Transcriptomics Evaluation Algorithm and Metric for clustering performance
2025-Feb-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.17.636505
PMID:40027655
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研究论文 | 提出了一种用于评估空间转录组学数据聚类性能的计算框架STEAM | 开发了首个专门针对空间转录组学数据聚类性能评估的计算流程，结合机器学习分类和预测方法，支持多样本训练和跨重复样本的聚类一致性评估 | NA | 解决空间转录组学数据聚类结果验证困难的问题，提供标准化评估框架 | 空间转录组学数据的聚类算法性能 | 生物信息学 | NA | 空间转录组学，机器学习分类 | 机器学习分类算法 | 空间转录组学数据，空间蛋白质组学数据 | 多个公共数据集，涵盖多细胞到单细胞分辨率 | NA | 空间转录组学，空间蛋白质组学 | NA | NA |