单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
7961	2025-02-11	Integration of single-cell and bulk RNA-sequencing data to construct and validate a signature based on NK cell marker genes to predict immunotherapy response and prognosis in colorectal cancer 2025-Feb-07, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-01842-7 PMID:39920524	研究论文	本研究旨在构建基于NK细胞标记基因的签名，以预测结直肠癌患者的免疫治疗反应和预后	通过整合单细胞RNA测序数据和TCGA结直肠癌样本的WGCNA分析，识别出NK细胞相关的核心基因和特征基因，并构建了一个新的预后签名	研究依赖于公开数据集，可能受到数据质量和样本选择的限制	预测结直肠癌患者的免疫治疗反应和预后	结直肠癌患者	生物信息学	结直肠癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），加权基因共表达网络分析（WGCNA）	LASSO回归分析	RNA测序数据	587个TCGA结直肠癌样本，124和201个GEO验证样本
7962	2025-02-11	MiR-18a-LncRNA NONRATG-022419 pairs targeted PRG-1 regulates diabetic induced cognitive impairment by regulating NGF\BDNF-Trkb signaling pathway 2025-Feb-06, Proteome science IF:2.1Q3 DOI:10.1186/s12953-025-00239-2 PMID:39915794	研究论文	本研究探讨了糖尿病诱导的认知功能障碍（DCD）中PRG-1的分子机制和细胞异质性，以及其在突触可塑性调节中的作用	揭示了PRG-1通过NGF/BDNF-Trkb信号通路在DCD中的突触可塑性调节作用，并发现了miR-18a-LncRNA NONRATG-022419对PRG-1的靶向调控	研究主要基于体外高糖诱导的HT22细胞损伤模型，尚未在体内模型中验证	探讨糖尿病诱导的认知功能障碍（DCD）的分子机制和细胞异质性，以及PRG-1在该过程中的功能作用	海马细胞、HT22细胞	分子生物学	糖尿病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、RNA转录组分析	NA	RNA测序数据	NA
7963	2025-02-11	Retinoic acid antagonizes estrogen signaling to maintain adult uterine cell fate 2025-Feb-04, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2416089122 PMID:39874292	研究论文	本研究通过遗传学证据揭示了视黄酸（RA）和雌激素信号在维持成年小鼠子宫上皮细胞命运中的拮抗作用	首次提供了RA和雌激素信号在维持成年子宫上皮细胞命运中拮抗作用的遗传学证据，并揭示了RA信号缺失导致的细胞命运转变和免疫细胞浸润	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探讨RA和雌激素信号在维持成年子宫上皮细胞命运中的作用	小鼠子宫上皮细胞	分子生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	三种相关小鼠遗传模型
7964	2024-08-07	Single-cell RNA sequencing of human blood eosinophils reveals plasticity and absence of canonical cell subsets 2025-Feb, Allergy IF:12.6Q1 DOI:10.1111/all.16213 PMID:38934897	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
7965	2025-02-10	Single-cell Sequencing Traces Mitochondrial Transfers 2025-Jan-15, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1093/gpbjnl/qzae092 PMID:39724171	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
7966	2025-02-11	Single-cell transcriptomes of dissecting the intra-tumoral heterogeneity of breast cancer microenvironment 2024-Dec-26, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-024-06015-7 PMID:39724260	研究论文	本文通过单细胞转录组分析，探讨了乳腺癌微环境中的肿瘤内异质性机制	识别了恶性上皮细胞的六种常见表达程序和六种亚型特异性表达程序，揭示了乳腺癌中髓系细胞谱系的深刻细胞异质性	样本量较小，仅包括4名恶性和4名非恶性患者的样本	研究乳腺癌异质性发展的机制及其在单细胞转录组中的作用	乳腺癌患者的单细胞转录组数据	数字病理学	乳腺癌	单细胞转录组测序	非负矩阵分解（NMF）	单细胞转录组数据	54,055个高质量细胞，来自4名恶性和4名非恶性患者的临床样本
7967	2025-02-11	Integrated analysis reveals prognostic correlation and immune characteristics of a tumor-associated macrophage-based risk signature in triple-negative breast cancer 2024-Oct-31, Translational cancer research IF:1.5Q4 DOI:10.21037/tcr-24-1037 PMID:39525038	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序数据识别了三阴性乳腺癌中的肿瘤相关巨噬细胞簇，构建了与预后相关的风险特征，并验证了其与免疫特征的关系	首次基于单细胞RNA测序数据识别了三阴性乳腺癌中的肿瘤相关巨噬细胞簇，并构建了一个8基因风险特征，验证了其作为独立预后因素的价值	研究主要基于单细胞RNA测序数据，样本量和数据来源可能限制了结果的普适性	探索三阴性乳腺癌中肿瘤相关巨噬细胞的特性，构建与预后相关的风险特征，并验证其与免疫特征的关系	三阴性乳腺癌患者	数字病理学	三阴性乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），逆转录聚合酶链反应（RT-PCR），蛋白质印迹（Western blot），免疫组织化学	LASSO回归	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量
7968	2025-02-11	The CD8+ T cell tolerance checkpoint triggers a distinct differentiation state defined by protein translation defects 2024-06-11, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2024.04.026 PMID:38776918	研究论文	本文研究了外周CD8+ T细胞耐受性检查点，揭示了其与自身免疫疾病和抗癌免疫的关系	通过流式细胞术、单细胞RNA测序和染色质可及性分析，发现耐受性触发了一种与耗竭、记忆和功能性效应细胞不同的分化状态	研究主要关注于小鼠模型，可能需要在人类样本中进一步验证	探讨外周CD8+ T细胞耐受性检查点的分子机制及其在自身免疫疾病和抗癌免疫中的作用	外周CD8+ T细胞	免疫学	自身免疫疾病, 癌症	流式细胞术, 单细胞RNA测序 (scRNA-seq), 染色质可及性分析	NA	RNA测序数据, 染色质可及性数据	NA
7969	2025-02-11	β-cell Jagged1 is sufficient but not necessary for islet Notch activity and insulin secretory defects in obese mice 2024-Mar, Molecular metabolism IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.molmet.2024.101894 PMID:38311286	研究论文	本文研究了肥胖小鼠和2型糖尿病患者胰岛中Jagged1的表达及其对Notch信号通路和胰岛素分泌缺陷的影响	研究发现Jagged1是肥胖小鼠和2型糖尿病患者胰岛中Notch活性增加的唯一配体，并通过中和抗体实验证明抑制Jagged1-Notch信号可能具有治疗益处	遗传功能丧失实验表明β细胞可能不是Jagged1信号的来源，这限制了Jagged1作为治疗靶点的潜力	研究Jagged1在肥胖小鼠和2型糖尿病患者胰岛中的表达及其对Notch信号通路和胰岛素分泌缺陷的影响	肥胖小鼠和2型糖尿病患者的胰岛	生物医学	2型糖尿病	单细胞RNA测序（scRNA-Seq），葡萄糖耐量测试，单克隆中和抗体	NA	基因表达数据，生理数据	高脂饮食喂养的小鼠和瘦素受体缺陷小鼠，以及有和无2型糖尿病患者的胰岛
7970	2025-02-11	Single-cell RNA-seq and single-cell bisulfite-sequencing reveal insights into yak preimplantation embryogenesis 2024-01, The Journal of biological chemistry IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.jbc.2023.105562 PMID:38097189	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和单细胞亚硫酸盐测序揭示了牦牛胚胎植入前发育过程中的基因表达和DNA甲基化变化	结合单细胞DNA甲基化和转录组分析，鉴定了43个可能与胚胎发育相关的候选甲基化驱动基因，并确定了与组蛋白去乙酰化酶HDAC1/2相关的表观遗传修饰对胚胎发育的重要性	研究主要聚焦于牦牛胚胎，可能限制了其在其他物种中的普适性	研究牦牛胚胎植入前发育过程中的表观遗传重编程及其对转录调控网络的影响	牦牛的卵母细胞和不同发育阶段的胚胎	表观遗传学	NA	单细胞RNA测序, 单细胞亚硫酸盐测序	NA	单细胞基因表达数据, 单细胞DNA甲基化数据	牦牛的卵母细胞和一系列不同发育阶段的胚胎
7971	2025-02-11	Human placental cells are resistant to SARS-CoV-2 infection and replication 2024, Wellcome open research DOI:10.12688/wellcomeopenres.20514.2 PMID:39640372	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和共聚焦显微镜技术，探讨了人类胎盘细胞对SARS-CoV-2感染的易感性及其支持病毒释放的能力	首次量化了胎盘细胞对SARS-CoV-2感染的易感性，并确定了其支持病毒释放的能力	研究主要依赖于体外实验，可能无法完全反映体内情况	探讨SARS-CoV-2在胎盘细胞中的感染和复制能力	人类胎盘细胞	生物医学	COVID-19	单细胞RNA测序（scRNAseq），共聚焦显微镜	NA	RNA测序数据，显微镜图像	包括早期妊娠和足月胎盘细胞，以及JEG-3、JAR和HUVEC细胞系
7972	2025-02-11	Here and there a trophoblast, a transcriptional evaluation of trophoblast cell models 2022-Nov-08, Cellular and molecular life sciences : CMLS IF:6.2Q1 DOI:10.1007/s00018-022-04589-4 PMID:36346530	综述	本文综述了人类滋养层细胞和干细胞（hTSCs）模型的转录组数据，评估了这些模型的实用性和适用性	整合了单细胞RNA测序数据集，以识别这些模型如何重现早期滋养层发育	NA	评估人类滋养层细胞和干细胞模型的转录组数据，以确定其在实际应用中的价值	人类滋养层细胞和干细胞模型	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
7973	2025-02-11	CD34+ cell atlas of main organs implicates its impact on fibrosis 2022-Oct-31, Cellular and molecular life sciences : CMLS IF:6.2Q1 DOI:10.1007/s00018-022-04606-6 PMID:36315271	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析和遗传谱系追踪小鼠模型，研究了CD34+细胞在生理和病理条件下的异质性及其在血管生成和器官纤维化中的作用	揭示了CD34+细胞在血管生成和器官纤维化中的双重作用，特别是表达Pi16的CD34+细胞可能转化为肌成纤维细胞并参与器官纤维化	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探讨CD34+细胞在生理和病理条件下的身份和作用，特别是其在血管生成和器官纤维化中的角色	CD34+细胞	单细胞RNA测序	心血管疾病	单细胞RNA测序，遗传谱系追踪	遗传谱系追踪小鼠模型	单细胞RNA测序数据	NA
7974	2025-02-11	Integrative insights and clinical applications of single-cell sequencing in cancer immunotherapy 2022-Oct-31, Cellular and molecular life sciences : CMLS IF:6.2Q1 DOI:10.1007/s00018-022-04608-4 PMID:36316529	综述	本文综述了单细胞测序在癌症免疫治疗中的进展和应用	单细胞测序提供了单细胞水平的多维度细胞特征，揭示了肿瘤微环境的复杂性、肿瘤异质性的普遍性、细胞组成和细胞间相互作用、细胞谱系追踪以及肿瘤耐药机制	单细胞技术的临床转化尚未深入，特别是在免疫治疗中的应用	提高免疫治疗疗效，推动精准医学发展	癌症患者	数字病理	癌症	单细胞测序	NA	基因组、转录组、表观基因组、蛋白质组和多组学数据	NA
7975	2025-02-10	Hypoxia regulates small extracellular vesicle biogenesis and cargo sorting through HIF-1α/HRS signaling pathway in head and neck squamous cell carcinoma 2025-Mar, Cellular signalling IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.cellsig.2024.111546 PMID:39631619	研究论文	本研究探讨了缺氧条件下头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）细胞中小细胞外囊泡（sEVs）的生物生成和货物分选的机制	揭示了缺氧通过HIF-1α/HRS信号通路调控sEVs生物生成和货物分选的新机制	研究主要集中于HNSCC细胞，未涉及其他类型癌症细胞	研究缺氧对头颈部鳞状细胞癌中小细胞外囊泡生物生成和货物分选的影响	头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）细胞	细胞生物学	头颈部鳞状细胞癌	空间转录组学和免疫组织化学	NA	细胞实验数据	NA
7976	2025-02-10	Identification of potential immunologic resilience in the healing process of diabetic foot ulcers 2024-Mar, International wound journal IF:2.6Q1 DOI:10.1111/iwj.14465 PMID:37926487	研究论文	本研究通过生物信息学工具和单细胞RNA测序技术，分析了糖尿病足溃疡（DFU）患者的基因表达数据，揭示了CD8 T细胞在DFU愈合过程中的重要作用	首次通过单细胞RNA测序技术识别了DFU中不同细胞群体的分布，并验证了CD8 T细胞及其相关关键基因在DFU愈合过程中的作用	研究主要依赖于公共数据库的基因表达数据，样本来源和数量可能有限	探讨糖尿病足溃疡的发病机制及治疗新视角	糖尿病足溃疡患者	生物信息学	糖尿病	单细胞RNA测序, RT-qPCR, 流式细胞术	NA	基因表达数据	NA
7977	2025-02-09	Immune mechanisms in multiple sclerosis: CD3 levels on CD28+ CD4+ T cells link antibody responses to human herpesvirus 6 2025-Mar, Cytokine IF:3.7Q2 DOI:10.1016/j.cyto.2025.156866 PMID:39884183	研究论文	本研究通过孟德尔随机化分析探讨了抗体介导的免疫反应与多发性硬化症（MS）之间的联系，并揭示了CD28+ CD4+ T细胞上CD3水平通过改变人类疱疹病毒6（HHV-6）的比例对MS进展的影响	揭示了CD28+ CD4+ T细胞上CD3水平通过改变HHV-6比例对MS进展的影响，为HHV-6介导的MS生物学机制提供了新的见解	抗体介导的免疫反应与MS之间的确切因果关系仍不明确	探讨抗体介导的免疫反应与多发性硬化症（MS）之间的关联，并识别可能参与MS发病和进展的特定感染病原体	多发性硬化症（MS）患者和对照组	免疫学	多发性硬化症	单细胞测序，孟德尔随机化分析	NA	基因表达数据	MS患者和对照组
7978	2025-02-09	Massively parallel flow-cytometry-based screening of hematopoietic lineage cell populations from up to 25 donors simultaneously 2025-Feb, Methods (San Diego, Calif.) DOI:10.1016/j.ymeth.2024.11.014 PMID:39608688	研究论文	本研究旨在开发一种方法，允许对造血来源细胞表面标记进行高维度和技术统一的筛选	该方法能够在技术上统一的方式下筛选数百万细胞上的数百个标记，从而识别和表征稀有细胞群体的变化	虽然该方法能够处理大量细胞，但对于极低丰度的细胞群体，仍可能遗漏某些调控异常	开发一种高维度且技术统一的细胞表面标记筛选方法，以识别和表征稀有细胞群体的变化	造血来源的细胞群体	生物信息学	NA	流式细胞术、单细胞RNA测序（RNAseq）	机器学习算法	细胞表面标记数据	25个供体的细胞样本
7979	2025-02-09	MetaLigand: A database for predicting non-peptide ligand mediated cell-cell communication 2025-Jan-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.14.633094 PMID:39868215	研究论文	本文介绍了MetaLigand，一个基于R语言和网络访问的工具，用于预测非肽配体介导的细胞间通讯	MetaLigand通过整合自动管道和手动整理的数据，提高了预测非肽配体丰度的准确性，并支持单细胞RNA测序和空间转录组数据	NA	研究非肽配体在细胞间通讯中的作用，并开发工具预测其生产和受体相互作用	非肽配体（NPLs）及其受体	生物信息学	年龄相关性黄斑变性	RNA-seq, scRNA-seq, 空间转录组学	NA	转录组数据	233种非肽配体
7980	2025-02-09	Case study of a neuroendocrine tumor of uncertain origin: single-cell transcriptomics unravels potential primary location 2024-Dec-31, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-024-06071-z PMID:39738894	研究论文	本研究通过单细胞转录组学和全外显子测序技术，探索了一例来源不明的神经内分泌肿瘤的原发部位	利用单细胞RNA测序和全外显子测序技术，结合公开的转录组数据集，开发并验证了用于组织来源识别的分子基因特征	研究仅针对一例病例，样本量较小，结果可能不具有广泛代表性	确定非器官局限性神经内分泌肿瘤的原发部位，以进行准确的诊断和管理	一例位于十二指肠和胰头之间的腹膜后非功能性神经内分泌肿瘤	数字病理学	神经内分泌肿瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq），全外显子测序（WES）	NA	转录组数据	一例病例