单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新，已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价10元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 27478 篇文献，本页显示第 7961 - 7980 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 7961 | 2024-09-28 |
Single-cell RNA sequencing analysis reveals transcriptional heterogeneity of multiple primary lung cancer
2023-10, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.1453
PMID:37846760
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析揭示了多发性原发性肺癌的转录异质性 | 首次全面揭示了多发性原发性肺癌的细胞特征和细胞间连接 | 研究样本量有限，仅包括六名患者 | 全面揭示多发性原发性肺癌的细胞特征和细胞间连接 | 多发性原发性肺癌患者的肿瘤和邻近组织 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 23个样本，来自6名患者 |
| 7962 | 2024-09-28 |
Modeling idiopathic autism in forebrain organoids reveals an imbalance of excitatory cortical neuron subtypes during early neurogenesis
2023-09, Nature neuroscience
IF:21.2Q1
DOI:10.1038/s41593-023-01399-0
PMID:37563294
|
研究论文 | 使用皮质类器官和单细胞转录组学研究自闭症谱系障碍（ASD）患者前脑发育的改变 | 首次通过皮质类器官和单细胞转录组学研究自闭症谱系障碍患者前脑发育的改变，揭示了兴奋性皮质神经元亚型在早期神经发生中的不平衡 | 未发现基因组变异解释观察到的转录组改变 | 研究自闭症谱系障碍患者前脑发育的改变及其潜在机制 | 自闭症谱系障碍患者及其未受影响的父亲的前脑发育 | 神经科学 | 自闭症谱系障碍 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 13个家庭的自闭症谱系障碍男孩及其未受影响的父亲 |
| 7963 | 2024-09-28 |
Best practices for single-cell analysis across modalities
2023-08, Nature reviews. Genetics
DOI:10.1038/s41576-023-00586-w
PMID:37002403
|
review | 本文总结了单细胞分析在多模态数据中的最佳实践流程 | 本文通过独立基准测试研究，总结了单细胞分析在多模态数据中的最佳实践流程，并为新手和高级用户提供了指导 | NA | 总结单细胞分析在多模态数据中的最佳实践流程 | 单细胞转录组学、染色质可及性、表面蛋白表达、适应性免疫受体谱分析和空间信息等多模态数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞技术 | NA | 多模态数据 | NA |
| 7964 | 2024-09-28 |
Transcriptomics for Clinical and Experimental Biology Research: Hang on a Seq
2023-Jun, Advanced genetics (Hoboken, N.J.)
DOI:10.1002/ggn2.202200024
PMID:37288167
|
研究论文 | 本文比较了RNA测序和微阵列技术在转录组研究中的优缺点 | 提出重新评估和广泛使用现代高密度微阵列数据，以修订现有的解剖RNA参考图谱并更准确地研究长非编码RNA | RNA测序技术在常表达基因的异质性覆盖方面存在局限，影响通路分析的有效性和可重复性 | 探讨RNA测序和微阵列技术在转录组研究中的应用和局限性 | RNA测序和微阵列技术在转录组研究中的性能和适用性 | 基因组学 | NA | RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 7965 | 2024-09-28 |
SARS CoV-2 spike protein variants exploit DC-SIGN/DC-SIGNR receptor for evolution and severity: an in-silico insight
2023-May-24, Virusdisease
DOI:10.1007/s13337-023-00820-3
PMID:37363363
|
研究论文 | 本文通过计算分析研究了SARS-CoV-2刺突蛋白变异体如何利用DC-SIGN/DC-SIGNR受体进行进化和加重病情 | 首次详细分析了SARS-CoV-2刺突蛋白在DC-SIGN相互作用区域的变异及其对免疫逃避的影响 | 主要基于计算模拟分析，缺乏实验验证 | 探讨SARS-CoV-2刺突蛋白变异体与DC-SIGN/DC-SIGNR受体的相互作用及其对病毒进化和病情严重性的影响 | SARS-CoV-2刺突蛋白变异体及其与DC-SIGN/DC-SIGNR受体的相互作用 | 生物信息学 | COVID-19 | 计算模拟 | NA | 基因组数据 | 使用了GISAID数据库中的SARS-CoV-2刺突蛋白数据，样本量未明确提及 |
| 7966 | 2024-09-28 |
Expression pattern analysis of m6A regulators reveals IGF2BP3 as a key modulator in osteoarthritis synovial macrophages
2023-05-22, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-023-04173-9
PMID:37217897
|
研究论文 | 研究探讨了m6A调节因子在骨关节炎滑膜细胞簇中的表达模式，并识别出IGF2BP3作为关键调节因子在滑膜巨噬细胞中的作用 | 首次揭示了m6A调节因子在骨关节炎滑膜炎中的作用，并识别出IGF2BP3作为关键调节因子 | 研究主要基于RNA-seq数据和体外实验，缺乏体内实验验证 | 探索m6A调节因子在骨关节炎滑膜细胞簇中的表达模式，并识别关键调节因子 | m6A调节因子在骨关节炎滑膜细胞簇中的表达模式及IGF2BP3的作用 | 数字病理学 | 骨关节炎 | RNA-seq | LASSO-Cox回归预测模型 | RNA | 大量和单细胞RNA-seq数据 |
| 7967 | 2024-08-05 |
scTIE: data integration and inference of gene regulation using single-cell temporal multimodal data
2023-May-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.05.18.541381
PMID:37292801
|
研究论文 | 本文介绍了一种统一的方法scTIE，用于整合时间多模态数据并推断基因调控关系 | scTIE通过迭代最优传输将单细胞时间点嵌入到共同空间，提取可解释信息以预测细胞轨迹，优于现有方法，特别是在批次效应和噪声存在时 | 本文未提及具体的局限性 | 本研究旨在提升基因调控机制的解析能力，特别是在时间动态的背景下 | 使用合成和真实的时间多模态数据集进行分析 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞ATAC测序（scATAC-seq） | 自动编码器 | 时间序列数据 | 使用多种合成和真实的时间多模态数据集 |
| 7968 | 2024-09-28 |
The potential crosstalk between tumor and plasma cells and its association with clinical outcome and immunotherapy response in bladder cancer
2023-05-03, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-023-04151-1
PMID:37138324
|
研究论文 | 研究膀胱癌中肿瘤细胞与浆细胞之间的潜在交叉对话及其与临床结果和免疫治疗反应的关联 | 首次探讨了浆细胞与膀胱癌肿瘤细胞之间的异质性和潜在交叉对话模式，并构建了基于配体/受体的风险模型来预测患者生存和免疫治疗反应 | 研究样本量较小，可能影响结果的普适性 | 探索浆细胞与膀胱癌肿瘤细胞之间的交叉对话模式及其对临床结果和免疫治疗反应的影响 | 膀胱癌患者中的浆细胞和肿瘤细胞 | 数字病理学 | 膀胱癌 | RNA测序 | 风险模型 | RNA数据 | 728个批量RNA测序样本和8个单细胞RNA测序样本（共41,894个过滤细胞） |
| 7969 | 2024-09-28 |
TissUUmaps 3: Improvements in interactive visualization, exploration, and quality assessment of large-scale spatial omics data
2023-May, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2023.e15306
PMID:37131430
|
研究论文 | 本文介绍了TissUUmaps 3在交互式可视化、探索和大规模空间组学数据质量评估方面的改进 | TissUUmaps 3通过优化减少了交互数据探索的时间和成本，显著提高了对大规模多重数据集的处理能力 | NA | 改进大规模空间组学数据的交互式可视化和探索工具 | 空间转录组学数据 | 生物信息学 | NA | 空间转录组学 | NA | 图像 | NA |
| 7970 | 2024-09-28 |
Comparison of transformations for single-cell RNA-seq data
2023-05, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-023-01814-1
PMID:37037999
|
研究论文 | 本文比较了四种用于单细胞RNA测序数据转换的方法，并评估了它们在模拟和真实数据上的表现 | 本文提出了四种基于不同理论基础的数据转换方法，并发现简单的对数变换结合伪计数和主成分分析在实际应用中表现最佳 | 目前的理论分析在实际性能基准测试中存在局限性 | 比较不同数据转换方法在单细胞RNA测序数据分析中的效果 | 单细胞RNA测序数据的转换方法 | 生物信息学 | NA | RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 模拟数据和真实世界数据 |
| 7971 | 2024-09-28 |
Pan-cancer classification of single cells in the tumour microenvironment
2023-03-23, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-37353-8
PMID:36959212
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为scATOMIC的模块化注释工具，用于恶性与非恶性细胞的分类，并展示了其在肿瘤微环境中的应用 | scATOMIC通过训练超过30万细胞的数据，定义了19种常见癌症的泛癌参考，采用分层方法，优于当前的分类方法 | NA | 开发一种高精度的细胞分类工具，以深入理解肿瘤微环境中的细胞机制 | 恶性与非恶性细胞的分类 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 超过30万癌症、免疫和基质细胞，以及225个肿瘤活检样本，包含超过35万癌症和多种肿瘤微环境细胞 |
| 7972 | 2024-09-28 |
Location, location, location: mapping the lymphoma tumor microenvironment using spatial transcriptomics
2023, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2023.1258245
PMID:37869076
|
研究论文 | 本文总结了当前空间转录组技术及其在淋巴瘤研究中的应用，以揭示淋巴瘤肿瘤微环境中的复杂细胞相互作用 | 空间转录组技术提供了基因表达的全面分析，弥补了单细胞RNA测序缺乏空间信息的局限 | 目前研究主要集中在技术总结和初步应用，尚未深入探讨具体的治疗策略 | 深入理解淋巴瘤肿瘤微环境，识别关键的淋巴瘤与免疫细胞相互作用，为个性化治疗提供基础 | 淋巴瘤肿瘤微环境中的免疫与非免疫细胞及其相互作用 | 数字病理学 | 淋巴瘤 | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 具体样本数量未在摘要中提及 |
| 7973 | 2024-09-28 |
Vancomycin-induced gut microbial dysbiosis alters enteric neuron-macrophage interactions during a critical period of postnatal development
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1268909
PMID:37901245
|
研究论文 | 研究万古霉素引起的肠道微生物失调如何影响新生期关键阶段的肠神经-巨噬细胞相互作用 | 首次揭示了新生期万古霉素暴露通过影响巨噬细胞数量和表型，进而改变肠神经系统发育的机制 | 研究仅在鼠模型中进行，尚未在人类中验证 | 探讨万古霉素引起的肠道微生物失调对新生期肠神经-巨噬细胞相互作用的影响 | 新生期小鼠的肠神经系统和巨噬细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 新生期小鼠 |
| 7974 | 2024-09-28 |
Using combined single-cell gene expression, TCR sequencing and cell surface protein barcoding to characterize and track CD4+ T cell clones from murine tissues
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1241283
PMID:37901204
|
研究论文 | 本文描述了从鼠类组织中分离scRNA/TCR-seq兼容的CD4 T细胞的方法，并详细介绍了细胞处理、质量控制、样本多路复用和测序策略，以及从测序数据生成的生物信息学分析流程 | 本文结合了单细胞基因表达、TCR测序和细胞表面蛋白条形码技术，以无偏的方式研究细胞转录程序及其异质性 | NA | 开发和优化从鼠类组织中分离和分析CD4 T细胞克隆的方法 | 鼠类组织中的CD4 T细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、TCR测序 | NA | 基因表达数据 | 鼠类皮肤、脾脏和淋巴结中的CD4 T细胞 |
| 7975 | 2024-09-28 |
Single-cell profiling reveals immune disturbances landscape and HLA-F-mediated immune tolerance at the maternal-fetal interface in preeclampsia
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1234577
PMID:37854606
|
研究论文 | 研究揭示了子痫前期中母胎界面免疫紊乱的图谱以及HLA-F介导的免疫耐受 | 首次通过单细胞RNA测序揭示了子痫前期中母胎界面免疫紊乱的图谱，并探讨了HLA-F在母胎免疫耐受中的作用 | 研究主要集中在细胞水平，未涉及更广泛的临床数据或动物模型 | 探讨子痫前期中母胎界面免疫紊乱的机制及HLA-F的作用 | 子痫前期的母胎界面免疫状态及HLA-F的功能 | 数字病理学 | 妊娠相关疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 101,250个细胞样本 |
| 7976 | 2024-09-28 |
Integrating Single-Cell Transcriptome and Network Analysis to Characterize the Therapeutic Response of Chronic Myeloid Leukemia
2022-Nov-18, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms232214335
PMID:36430822
|
研究论文 | 本文通过整合单细胞转录组和网络分析，研究了慢性髓性白血病（CML）对酪氨酸激酶抑制剂（TKI）治疗的反应机制 | 本文首次结合单细胞RNA测序和转录调控网络分析，揭示了CML干细胞对TKI治疗的不同反应机制，并识别了新的治疗反应基因标记 | 本文主要集中在CML干细胞的研究，未涵盖其他类型的白血病细胞 | 研究CML患者对TKI治疗的反应机制，识别新的治疗反应基因标记 | CML干细胞及其对TKI治疗的反应 | 数字病理学 | 白血病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | CML患者的干细胞样本 |
| 7977 | 2024-09-28 |
A strategy to quantify myofibroblast activation on a continuous spectrum
2022-07-18, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-022-16158-7
PMID:35851602
|
研究论文 | 本文开发了一种基于显微成像和机器学习方法的策略，用于在体外连续量化肌成纤维细胞的激活状态 | 本文首次提出了一种基于显微成像和机器学习的方法，用于在连续谱上量化肌成纤维细胞的激活状态 | 本文的研究仅限于体外实验，尚未在体内验证该方法的有效性 | 开发一种方法来量化肌成纤维细胞在连续谱上的激活状态 | 肌成纤维细胞的激活状态 | 数字病理学 | NA | 显微成像、机器学习、单细胞RNA测序 | 自监督机器学习 | 图像、转录组数据 | 超过1000个心肌成纤维细胞 |
| 7978 | 2024-09-28 |
Deconvolution of the hematopoietic stem cell microenvironment reveals a high degree of specialization and conservation
2022-May-20, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2022.104225
PMID:35494238
|
研究论文 | 本文开发了一种定制的生物信息学管道，整合了公共和专有的单细胞RNA测序数据，以揭示造血干细胞微环境的复杂性和特异性 | 首次鉴定了14种中间细胞状态和11个分化阶段，提供了迄今为止最全面的鼠类造血干细胞调节微环境描述，并推测了人类和鼠类之间微环境调节的保守特征 | NA | 理解正常和恶性人类造血的调控机制 | 造血干细胞的调节微环境 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 7979 | 2024-09-28 |
Integrated analysis of single-cell and bulk RNA sequencing data reveals a pan-cancer stemness signature predicting immunotherapy response
2022-04-29, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-022-01050-w
PMID:35488273
|
研究论文 | 本文通过整合单细胞和批量RNA测序数据，揭示了一个泛癌症干细胞特征，该特征能够预测免疫治疗反应 | 开发了一种新的干细胞特征（Stem.Sig），并在多个癌症数据集中验证了其预测免疫治疗反应的能力，相较于其他特征表现出更好的预测性能 | NA | 揭示癌症干细胞与免疫治疗抵抗之间的关系，并开发一种新的特征用于预测免疫治疗反应 | 癌症干细胞特征与免疫治疗反应之间的关系 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-Seq） | 机器学习模型 | RNA测序数据 | 包括34个单细胞RNA测序数据集、TCGA泛癌症队列和10个免疫治疗转录组队列 |
| 7980 | 2024-09-28 |
Multi-Modal Single-Cell Sequencing Identifies Cellular Immunophenotypes Associated With Juvenile Dermatomyositis Disease Activity
2022, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2022.902232
PMID:35799782
|
研究论文 | 研究使用多模态单细胞测序技术，分析了与青少年皮肌炎疾病活动相关的细胞免疫表型 | 首次通过多模态单细胞测序技术，揭示了青少年皮肌炎患者中不同细胞类型的免疫表型和基因表达特征，为该疾病的研究提供了新的资源 | 研究样本量较小，仅包括4名未治疗患者和4名治疗后疾病不活跃的患者 | 探讨青少年皮肌炎疾病活动相关的免疫表型和细胞特异性基因 | 未治疗和治疗后疾病不活跃的青少年皮肌炎患者的PBMCs | 数字病理学 | 自身免疫性疾病 | 单细胞RNA测序和蛋白质测序 | NA | 单细胞RNA和蛋白质数据 | 4名未治疗患者和4名治疗后疾病不活跃的患者，共分析了55,564个细胞 |