单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27504 篇文献，本页显示第 7961 - 7980 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 7961 | 2024-09-28 |
Systemic comparison of molecular characteristics in different skin fibroblast senescent models
2024-Sep-27, Chinese medical journal
IF:7.5Q1
DOI:10.1097/CM9.0000000000003312
PMID:39329281
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研究论文 | 本研究比较了不同皮肤成纤维细胞衰老模型中的转录组特征 | 首次系统比较了儿童和老年人皮肤成纤维细胞与四种衰老模型之间的转录组特征差异 | 研究仅限于体外模型，未涉及体内实验 | 比较不同衰老模型中成纤维细胞的转录组特征 | 儿童和老年人皮肤成纤维细胞及四种衰老模型 | NA | NA | 流式细胞术、免疫荧光染色、实时定量聚合酶链反应、共培养免疫细胞、批量RNA测序 | NA | RNA | 儿童和老年人皮肤成纤维细胞及四种衰老模型样本 |
| 7962 | 2024-09-28 |
A Ctnnb1 enhancer transcriptionally regulates Wnt signaling dosage to balance homeostasis and tumorigenesis of intestinal epithelia
2024-Sep-25, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.98238
PMID:39320349
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研究论文 | 本文研究了Ctnnb1增强子对Wnt信号通量调控在肠道上皮稳态和肿瘤发生中的作用 | 发现了ieCtnnb1增强子在肠道稳态和肿瘤发生中的关键作用，揭示了增强子依赖的Wnt信号调控机制 | NA | 研究Wnt信号通量调控在肠道上皮稳态和肿瘤发生中的机制 | Ctnnb1增强子及其在肠道上皮中的功能 | NA | 结直肠癌 | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 7963 | 2024-09-27 |
Kidney fibrosis molecular mechanisms Spp1 influences fibroblast activity through transforming growth factor beta smad signaling
2024-Sep-20, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2024.109839
PMID:39323737
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序数据深入探讨了肾脏纤维化过程中纤维母细胞和肌纤维母细胞的关键作用，并揭示了Spp1基因通过TGF-β/Smad信号通路促进纤维母细胞向肌纤维母细胞分化的机制 | 首次揭示了Spp1基因在肾脏纤维化中的关键作用及其通过TGF-β/Smad信号通路促进纤维母细胞分化的机制 | NA | 探讨肾脏纤维化过程中的分子机制 | 肾脏纤维化过程中的纤维母细胞和肌纤维母细胞 | NA | 肾脏疾病 | 单细胞测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 7964 | 2024-09-28 |
Unraveling the impact of lysosomal dysfunction on myeloproliferative neoplasm
2024-Sep, Cancer medicine
IF:2.9Q2
DOI:10.1002/cam4.70238
PMID:39320136
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研究论文 | 研究溶酶体功能障碍对骨髓增殖性肿瘤的影响及其病理机制 | 首次探讨了溶酶体功能障碍在骨髓增殖性肿瘤中的作用，并揭示了其通过诱导异常炎症促进肿瘤发展的机制 | 样本量较小，尤其是单细胞RNA测序的样本数量有限 | 阐明溶酶体功能障碍在骨髓增殖性肿瘤发病机制中的作用 | 骨髓增殖性肿瘤患者和健康对照组 | NA | 血液肿瘤 | 全转录组测序、单细胞RNA测序 | NA | 基因型数据、转录组数据 | 190名骨髓增殖性肿瘤患者和461名健康对照组 |
| 7965 | 2024-09-28 |
Gene Misexpression in a Smoc2+ve/Sox2-Low Population in Juvenile Prop1-Mutant Pituitary Gland
2024-Aug-27, Journal of the Endocrine Society
IF:3.0Q2
DOI:10.1210/jendso/bvae146
PMID:39253355
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研究论文 | 研究了Prop1突变小鼠垂体中Smoc2阳性/Sox2低表达细胞群体的基因错误表达 | 发现了Prop1突变小鼠垂体中Smoc2阳性/Sox2低表达细胞群体的基因错误表达，并探讨了Smoc2和Sox2在垂体发育中的作用 | 研究仅限于Prop1突变小鼠，未探讨其他突变类型对垂体发育的影响 | 阐明Prop1突变小鼠垂体发育中Smoc2和Sox2的作用及其对垂体疾病的影响 | Prop1突变小鼠的垂体细胞 | NA | 垂体疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 野生型和Prop1突变P4雌性小鼠的垂体细胞 |
| 7966 | 2024-09-28 |
Benchmarking Algorithms for Gene Set Scoring of Single-cell ATAC-seq Data
2024-Jul-03, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1093/gpbjnl/qzae014
PMID:39049508
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研究论文 | 本文系统地评估了十种基因集评分（GSS）工具在单细胞ATAC-seq数据上的适用性和性能 | 首次系统地比较了多种GSS工具在单细胞ATAC-seq数据上的表现，并提供了实用的选择指南 | 研究主要集中在GSS工具的性能评估，未深入探讨其生物学意义 | 评估现有GSS工具在单细胞ATAC-seq数据上的适用性和性能 | 单细胞ATAC-seq数据和GSS工具 | 生物信息学 | NA | 单细胞ATAC-seq | NA | 基因集评分数据 | 多达十个单细胞ATAC-seq数据集 |
| 7967 | 2024-09-28 |
Opportunities and Challenges in Advancing Plant Research with Single-cell Omics
2024-Jul-03, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1093/gpbjnl/qzae026
PMID:38996445
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综述 | 本文综述了单细胞组学技术在植物研究中的应用及其面临的挑战 | 介绍了单细胞转录组学、表观组学、蛋白质组学、代谢组学和空间转录组学等技术在植物科学中的应用 | 单细胞技术在植物中的应用受到细胞结构的限制 | 探讨单细胞组学技术在植物系统中的进展、未来研究应用及其面临的挑战 | 植物细胞类型及其发育过程 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA | NA |
| 7968 | 2024-09-28 |
LYVE-1-expressing Macrophages Modulate the Hyaluronan-containing Extracellular Matrix in the Mammary Stroma and Contribute to Mammary Tumor Growth
2024-May-31, Cancer research communications
IF:2.0Q3
DOI:10.1158/2767-9764.CRC-24-0205
PMID:38717149
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研究论文 | 研究LYVE-1+巨噬细胞在乳腺基质中调节透明质酸基质外基质的作用及其对乳腺肿瘤生长的影响 | 首次揭示了LYVE-1+巨噬细胞在肿瘤微环境中促进肿瘤生长的机制，并展示了其在透明质酸重塑中的作用 | 研究主要基于遗传小鼠模型，可能无法完全反映人类乳腺肿瘤中的情况 | 探讨LYVE-1+巨噬细胞在乳腺基质中的功能及其对乳腺肿瘤生长的影响 | LYVE-1+巨噬细胞、透明质酸基质外基质、乳腺肿瘤 | NA | 乳腺肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 小鼠模型 |
| 7969 | 2024-09-28 |
HCCDB v2.0: Decompose Expression Variations by Single-cell RNA-seq and Spatial Transcriptomics in HCC
2024-05-09, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1093/gpbjnl/qzae011
PMID:38886186
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研究论文 | 本文介绍了HCCDB v2.0数据库，该数据库整合了肝细胞癌（HCC）临床样本的bulk、单细胞和空间转录组数据，提供了对HCC分子特征的深入理解 | 提出了sc-2D指标，用于总结细胞类型特异性和失调基因表达模式，并整合了最新的单细胞和空间转录组数据 | NA | 通过整合大规模转录组数据，深入理解肝细胞癌的分子特征 | 肝细胞癌（HCC）临床样本的bulk、单细胞和空间转录组数据 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 共整合了3917个bulk样本和1656个新样本，以及182,832个单细胞和69,352个空间位点 |
| 7970 | 2024-09-28 |
cnnImpute: missing value recovery for single cell RNA sequencing data
2024-02-16, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-53998-x
PMID:38365936
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研究论文 | 本文介绍了一种基于卷积神经网络（CNN）的方法cnnImpute，用于恢复单细胞RNA测序数据中的缺失值 | 提出了cnnImpute，一种新颖的基于卷积神经网络的方法，用于解决单细胞RNA测序数据中的缺失值问题 | 未提及 | 开发一种有效的方法来恢复单细胞RNA测序数据中的缺失值 | 单细胞RNA测序数据中的缺失值 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 卷积神经网络（CNN） | RNA测序数据 | 未提及 |
| 7971 | 2024-09-28 |
Crosstalk Between Cancer-associated Fibroblasts and Myeloid Cells Shapes the Heterogeneous Microenvironment of Gastric Cancer
2024, Current genomics
IF:1.8Q3
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研究论文 | 研究探讨了胃癌微环境中癌症相关成纤维细胞与骨髓细胞之间的相互作用及其对微环境异质性的影响 | 首次识别了两种癌症相关成纤维细胞亚型，并揭示了炎症性癌症相关成纤维细胞在EMT和脂质代谢中的作用，以及肿瘤浸润性骨髓细胞的功能多样性 | 研究主要基于生物信息学分析和单细胞RNA测序数据，实验验证部分有限 | 深入了解胃癌微环境的异质性，为精准治疗提供新思路 | 胃癌微环境中的癌症相关成纤维细胞和骨髓细胞 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 涉及八个细胞群体的单细胞图谱 |
| 7972 | 2024-09-28 |
Identify BCAT1 plays an oncogenic role and promotes EMT in KIRC via single cell RNA-seq and experiment
2024, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2024.1446324
PMID:39324007
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研究论文 | 本研究探讨了BCAT1在肾透明细胞癌（KIRC）中的致癌作用及其通过上皮间质转化（EMT）促进肿瘤侵袭和转移的机制 | 首次系统研究了BCAT1在KIRC中的致癌作用及其通过EMT促进肿瘤侵袭和转移的机制 | NA | 探讨BCAT1在肾透明细胞癌（KIRC）中的致癌作用及其机制 | BCAT1在KIRC中的功能和机制 | 数字病理学 | 肾癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 使用了GSE159115单细胞转录组数据，并进行了临床组织样本的Western Blotting和免疫组化染色 |
| 7973 | 2024-09-28 |
Single-cell RNA sequencing reveals the communications between tumor microenvironment components and tumor metastasis in osteosarcoma
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1445555
PMID:39324133
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术揭示了骨肉瘤中肿瘤微环境成分与肿瘤转移之间的通信机制 | 首次通过单细胞RNA测序技术揭示了骨肉瘤中肿瘤微环境成分与肿瘤转移之间的复杂通信机制 | 研究仅基于特定数据集，结果的普适性有待进一步验证 | 探索骨肉瘤的转移机制，为癌症治疗开辟新途径 | 骨肉瘤中的肿瘤微环境成分与肿瘤转移 | 数字病理学 | 骨癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 涉及GSE152048、GSE14359和GSE49003数据集中的样本 |
| 7974 | 2024-09-28 |
Elucidating dynamic cell lineages and gene networks in time-course single cell differentiation
2023-Dec, Artificial intelligence in the life sciences
DOI:10.1016/j.ailsci.2023.100068
PMID:37426065
|
研究论文 | 本文开发了一种名为Cell Smoothing Transformation (CellST)的机器学习框架，用于阐明细胞分化过程中的动态细胞谱系和基因网络 | CellST能够为每个单独细胞构建轨迹并跟踪其行为，不同于现有方法构建单一的细胞群轨迹，并且能够预测较少见的细胞类型的命运 | NA | 追踪细胞分化行为，重建细胞谱系并预测细胞命运 | 单细胞RNA测序数据中的细胞谱系和基因网络 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | 机器学习框架 | 单细胞RNA测序数据 | NA |
| 7975 | 2024-09-28 |
Machine learning applications on intratumoral heterogeneity in glioblastoma using single-cell RNA sequencing data
2023-11-10, Briefings in functional genomics
IF:2.5Q3
DOI:10.1093/bfgp/elad002
PMID:37119295
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研究论文 | 本文研究了使用单细胞RNA测序数据在胶质母细胞瘤中应用机器学习算法来分析肿瘤内异质性 | 本文提出了多种机器学习算法在胶质母细胞瘤单细胞RNA测序数据上的比较，以分类不同的细胞群，并展示了最佳模型的生物标志物候选 | 本文未详细讨论所使用算法的具体局限性或可能的改进方法 | 研究机器学习算法在胶质母细胞瘤单细胞RNA测序数据上的应用，以理解肿瘤内异质性并寻找有效的治疗方法 | 胶质母细胞瘤中的肿瘤核心、肿瘤边缘和正常边缘细胞群 | 机器学习 | 脑癌 | 单细胞RNA测序 | 多种机器学习算法 | 单细胞RNA测序数据 | 未明确提及具体样本数量 |
| 7976 | 2024-09-28 |
Multiscale integrative analyses unveil immune-related diagnostic signature for the progression of MASLD
2023-11-01, Hepatology communications
IF:5.6Q1
DOI:10.1097/HC9.0000000000000298
PMID:37851406
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研究论文 | 本研究通过多尺度综合分析揭示了与MASLD进展相关的免疫相关诊断标志物 | 本研究首次系统整合了66种免疫细胞类型，通过多种分析方法识别出C-X-C motif chemokine receptor 4和dedicator of cytokinesis 8作为MASLD进展的潜在诊断生物标志物，并揭示了其在单细胞水平上的细胞通讯机制 | 本研究主要基于bulk和单细胞RNA-Seq数据，未涉及其他类型的组学数据，可能限制了对MASLD进展机制的全面理解 | 研究MASLD进展的免疫相关诊断标志物及其分子机制 | MASLD进展中的免疫细胞类型和基因表达变化 | 数字病理学 | 肝病 | RNA-Seq | 机器学习算法 | RNA-Seq数据和临床数据 | 66种免疫细胞类型 |
| 7977 | 2024-09-28 |
An Integrated Map of Cell Type-Specific Gene Expression in Pancreatic Islets
2023-Nov-01, Diabetes
IF:6.2Q1
DOI:10.2337/db23-0130
PMID:37582230
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研究论文 | 本文介绍了一个综合的胰岛细胞类型特异性基因表达图谱 | 首次提供了一个易于研究人员查询和在生物信息学管道中使用的胰岛细胞类型特异性基因表达的参考 | NA | 研究胰岛细胞类型特异性基因表达及其在不同糖尿病状态下的差异 | 胰岛细胞类型及其在不同糖尿病状态下的基因表达 | 数字病理学 | 糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 192,203个细胞，来自65名捐赠者 |
| 7978 | 2024-09-28 |
Cultured Mesenchymal Cells from Nasal Turbinate as a Cellular Model of the Neurodevelopmental Component of Schizophrenia Etiology
2023-Oct-19, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms242015339
PMID:37895019
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研究论文 | 研究使用从鼻甲中培养的间充质细胞作为精神分裂症神经发育机制的细胞模型 | 首次使用从鼻甲中培养的间充质细胞（CNON）进行单细胞RNA测序，以研究精神分裂症的神经发育机制 | 样本量较小，仅包括两个精神分裂症患者和两个对照组的样本 | 研究精神分裂症的神经发育分子机制 | 从鼻甲中培养的间充质细胞（CNON）及其在精神分裂症中的基因表达 | 数字病理学 | 精神疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 4个样本，包括2个精神分裂症患者和2个对照组 |
| 7979 | 2024-09-28 |
Hematologic Neoplasms Associated with Down Syndrome: Cellular and Molecular Heterogeneity of the Diseases
2023-Oct-18, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms242015325
PMID:37895004
|
研究论文 | 本文探讨了唐氏综合症（DS）相关血液肿瘤的细胞和分子异质性 | 利用单细胞多组学技术，如单细胞RNA测序和数字空间分析，提供了对DS相关血液肿瘤细胞和分子异质性的新见解 | 唐氏综合症易患白血病的分子基础尚未完全理解 | 研究唐氏综合症相关血液肿瘤的分子基础和异质性 | 唐氏综合症相关髓系白血病（ML-DS）和急性淋巴细胞白血病（ALL-DS） | 数字病理学 | 血液肿瘤 | 单细胞RNA测序，数字空间分析 | NA | 单细胞RNA数据，空间数据 | NA |
| 7980 | 2024-09-28 |
Molecular signature incorporating the immune microenvironment enhances thyroid cancer outcome prediction
2023-Oct-11, Cell genomics
IF:11.1Q1
DOI:10.1016/j.xgen.2023.100409
PMID:37868034
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研究论文 | 本文通过大规模的DNA/RNA测序、空间转录组学和多重免疫荧光技术，识别出甲状腺恶性肿瘤的高风险突变和独特的分子特征，提出了一种新的分子评分系统（MAP评分），用于改善甲状腺癌的预后预测 | 本文提出了一个新的分子评分系统（MAP评分），该评分系统结合了基因突变、细胞分化和肿瘤微环境的信息，提供了比单独使用高风险突变更准确的预后预测 | 本文的研究样本仅来自两家三级医疗中心，样本量有限，可能影响结果的普适性 | 提高甲状腺癌的预后预测准确性，并探索潜在的免疫治疗靶点 | 甲状腺癌患者及其肿瘤样本 | 数字病理学 | 甲状腺癌 | DNA/RNA测序、空间转录组学、多重免疫荧光 | NA | 基因组数据、转录组数据、图像数据 | 251名患者，312个样本 |