单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27967 篇文献，本页显示第 7941 - 7960 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 7941 | 2024-10-16 |
Efficient and accurate mixed model association tool for single-cell eQTL analysis
2024-May-16, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2024.05.15.24307317
PMID:38798318
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研究论文 | 本文提出了一种高效且准确的混合模型关联工具SAIGE-QTL，用于单细胞eQTL分析 | SAIGE-QTL可以直接使用单细胞数据进行eQTL映射，无需聚合到伪批量水平，并且支持通过基于集合的测试来检测稀有遗传变异的影响 | NA | 研究基因表达的遗传基础，以帮助理解人类性状和疾病的分子机制 | 单细胞eQTL映射 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | 混合模型 | 单细胞数据 | NA |
| 7942 | 2024-10-16 |
Expression of SOX4 Significantly Predicts the Risk of Lymph Node Metastasis for Patients With Early-Stage Esophageal Squamous Cell Carcinoma
2024-05, Laboratory investigation; a journal of technical methods and pathology
DOI:10.1016/j.labinv.2024.102042
PMID:38431117
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研究论文 | 研究探讨了SOX4基因表达与早期食管鳞状细胞癌患者淋巴结转移风险的关系 | 首次通过单细胞RNA测序发现SOX4基因与侵袭性转移高度相关，并进一步验证了其在预测淋巴结转移中的独立作用 | 样本量相对较小，可能影响结果的普适性 | 研究SOX4基因在早期食管鳞状细胞癌患者淋巴结转移中的预测作用 | SOX4基因表达与食管鳞状细胞癌患者的淋巴结转移风险 | 数字病理学 | 食管癌 | 免疫组化染色 | NA | 组织样本 | 124个组织样本，来自106名患者（106个肿瘤样本和18个淋巴结样本） |
| 7943 | 2024-10-16 |
NSUN2-Mediated m5C Methylation Impairs Endometrial Receptivity
2024-04, Laboratory investigation; a journal of technical methods and pathology
DOI:10.1016/j.labinv.2024.100327
PMID:38237738
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研究论文 | 研究NSUN2介导的m5C甲基化对子宫内膜容受性的影响 | 揭示了NSUN2介导的m5C甲基化与反复植入失败之间的复杂调控机制，并提出了潜在的治疗策略 | NA | 探讨NSUN2介导的m5C甲基化在反复植入失败中的作用机制 | NSUN2在子宫内膜中的表达及其对细胞增殖、自噬和胚胎附着的影响 | NA | NA | mC-BS-seq, dot blot assay, BrdU assay, western blotting, real-time reverse-transcription PCR, Cut&Tag, coimmunoprecipitation | NA | RNA, 蛋白质 | 15个人类子宫内膜样本 |
| 7944 | 2024-10-16 |
Multiomic single-cell sequencing defines tissue-specific responses in Stevens-Johnson Syndrome and Toxic epidermal necrolysis
2024-Feb-18, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.11.26.568771
PMID:38405793
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研究论文 | 本研究通过多组学单细胞测序技术，分析了Stevens-Johnson综合征和中毒性表皮坏死松解症（SJS/TEN）患者的皮肤和水肿液中的细胞反应 | 首次通过单细胞转录组、表面蛋白质组和TCR测序技术，全面分析了SJS/TEN患者的不同组织中的细胞反应 | 研究样本仅限于17名患者，可能影响结果的普适性 | 探讨SJS/TEN的细胞免疫发病机制 | SJS/TEN患者的未受影响皮肤、受影响皮肤和水肿液中的细胞 | 数字病理学 | 皮肤疾病 | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据、蛋白质表达数据 | 17名SJS/TEN患者，共119,784个细胞 |
| 7945 | 2024-10-16 |
Multi-omics Data Integration Analysis Identified Therapeutic Targets and Potential Reuse Drugs for Osteoporosis
2024, Current medicinal chemistry
IF:3.5Q2
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研究论文 | 本研究通过多组学数据整合分析，识别了骨质疏松症的治疗靶点和潜在的再利用药物 | 本研究提供了一种新的基于网络的药物再利用框架，并首次识别了针对CD74的骨质疏松症治疗药物 | NA | 促进骨质疏松症治疗药物的发现和开发 | 骨髓间充质干细胞（BM-MSCs）在骨质疏松症和骨关节炎患者中的主要分子及其潜在再利用药物 | 数字病理学 | 骨质疏松症 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | GSE147287数据集中的BM-MSCs样本，GSE35959数据集中的骨质疏松症样本和对照样本，GSE13850数据集中的差异表达基因 |
| 7946 | 2024-10-16 |
Hepatocyte-specific Smad4 deficiency inhibits hepatocarcinogenesis by promoting CXCL10/CXCR3-dependent CD8+- T cell-mediated anti-tumor immunity
2024, Theranostics
IF:12.4Q1
DOI:10.7150/thno.97276
PMID:39346534
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研究论文 | 研究探讨了肝细胞特异性Smad4缺乏对肝细胞癌发生的影响及其机制 | 首次揭示了肝细胞特异性Smad4缺乏通过促进CXCL10/CXCR3依赖的CD8+ T细胞介导的抗肿瘤免疫抑制肝细胞癌的发生 | 研究主要基于小鼠模型，需要进一步在人类样本中验证 | 探讨Smad4在肝细胞中的特异性作用及其对肝细胞癌发生的影响 | 肝细胞特异性Smad4缺乏的小鼠模型及肝细胞癌患者 | 数字病理学 | 肝癌 | 免疫荧光、流式细胞术、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠模型及肝细胞癌患者样本 |
| 7947 | 2024-10-16 |
A CD8+ T cell related immune score predicts survival and refines the risk assessment in acute myeloid leukemia
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1408109
PMID:39346926
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研究论文 | 研究开发了一种与CD8+ T细胞相关的免疫风险评分，用于预测急性髓系白血病患者的生存和细化风险评估 | 构建了一个包含15个基因的预测模型CTCG15，该模型在不同平台的数据集中得到了验证，并能独立于已有的预后标志物，提高预后预测的准确性 | NA | 开发一种新的免疫风险评分，以提高急性髓系白血病患者的预后预测和风险分层 | 急性髓系白血病患者及其骨髓中的CD8+ T细胞 | 数字病理学 | 血液系统疾病 | RNA测序 | LASSO回归 | 基因表达数据 | 涉及六个不同平台的数据集 |
| 7948 | 2024-10-16 |
Construction and validation of immune-associated lncRNA model for predicting immune status and therapeutic reactions of triple-negative breast cancer
2024, American journal of translational research
IF:1.7Q4
DOI:10.62347/VIXN9362
PMID:39398616
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研究论文 | 构建并验证了一个与免疫相关的lncRNA模型，用于预测三阴性乳腺癌的免疫状态和治疗反应 | 首次构建了一个基于lncRNA的模型，用于区分三阴性乳腺癌的免疫沙漠和免疫炎症亚型，并评估其对肿瘤药物的敏感性 | 研究主要基于TCGA和GEO数据库的数据，缺乏临床试验验证 | 探索与三阴性乳腺癌免疫状态相关的关键lncRNA，并构建预测模型 | 三阴性乳腺癌患者的免疫状态和治疗反应 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞测序、基因集富集分析、非负矩阵分解、加权基因共表达网络分析 | lncRNA模型 | RNA测序数据、临床信息 | 来自TCGA和GEO数据库的三阴性乳腺癌样本 |
| 7949 | 2024-10-16 |
Marine Invertebrates One Cell at A Time: Insights from Single-Cell Analysis
2023-Dec-12, Integrative and comparative biology
IF:2.2Q1
DOI:10.1093/icb/icad034
PMID:37188638
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在海洋无脊椎动物研究中的应用和进展 | 本文总结了scRNA-seq在海洋无脊椎动物中的关键发现，包括细胞类型组成的描述性研究、细胞在动态过程中的反应以及新细胞类型的进化 | 本文讨论了在进行实验间或不同物种数据集间比较时的重要考虑因素，并指出了未来的挑战 | 本文旨在综合当前关于海洋无脊椎动物scRNA-seq的文献，并展望未来单细胞分析在该领域的应用 | 本文主要研究对象是海洋无脊椎动物的单细胞RNA测序数据 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | 涉及多种海洋无脊椎动物物种的单细胞样本 |
| 7950 | 2024-10-16 |
Acute ischemia induces spatially and transcriptionally distinct microglial subclusters
2023-12-11, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-023-01257-5
PMID:38082331
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研究论文 | 研究急性缺血诱导的微胶质亚群及其转录特征 | 发现了与中风相关的微胶质亚群，并定义了它们的空间分布和功能特征 | NA | 探讨中风后微胶质细胞的异质性及其机制 | 中风后小鼠大脑中的微胶质细胞 | 数字病理学 | 中风 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学（ST）、RNAscope、免疫荧光、基因集变异分析（GSVA）、上游调控分析（IPA）、RT-qPCR、shRNA介导的敲低、靶向代谢组学 | NA | 转录组数据 | MCAO小鼠的三个时间点样本 |
| 7951 | 2024-10-16 |
Dynamic profiling of immune microenvironment during anti-PD-1 immunotherapy for head and neck squamous cell carcinoma: the IPRICE study
2023-Dec-08, BMC cancer
IF:3.4Q2
DOI:10.1186/s12885-023-11672-x
PMID:38066522
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研究论文 | 研究旨在通过动态分析免疫微环境，识别预测头颈部鳞状细胞癌患者对PD-1免疫疗法反应的因素 | 采用多学科方法，包括空间转录组学和单细胞RNA测序，以深入了解免疫疗法的抗性和反应机制 | 研究为单中心、前瞻性、非随机、开放标签的干预性临床试验，样本量有限 | 识别预测头颈部鳞状细胞癌患者对PD-1免疫疗法反应的因素 | 54名接受PD-1免疫疗法的头颈部鳞状细胞癌患者 | 数字病理学 | 头颈部鳞状细胞癌 | 空间转录组学、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据、临床数据、医学影像 | 54名复发/转移性头颈部鳞状细胞癌患者 |
| 7952 | 2024-10-16 |
Quartets enable statistically consistent estimation of cell lineage trees under an unbiased error and missingness model
2023-Dec-01, Algorithms for molecular biology : AMB
IF:1.5Q3
DOI:10.1186/s13015-023-00248-w
PMID:38041123
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研究论文 | 研究了在肿瘤细胞进化历史重建中，基于四元组（quartets）的方法在面对无偏误差和缺失数据模型时的统计一致性 | 提出了基于四元组的方法，证明了其在高度未解析的模型树和定义为假阴性分支数量的误差情况下的统计一致性 | 文章主要集中在理论分析，未详细讨论实际应用中的具体实施和效果 | 研究肿瘤进化历史的重建方法，特别是在面对单细胞测序数据中的稀疏性和错误时的有效性 | 肿瘤细胞的进化树重建 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序 | 四元组（quartets） | 分子序列 | 四细胞 |
| 7953 | 2024-10-16 |
Single-Cell Profiling of Premature Neonate Airways Reveals a Continuum of Myeloid Differentiation
2023-12, American journal of respiratory cell and molecular biology
IF:5.9Q1
DOI:10.1165/rcmb.2022-0293OC
PMID:37643399
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研究论文 | 研究利用单细胞RNA测序技术分析极早产新生儿气道中的细胞类型，揭示了髓系分化的连续性 | 首次在极早产新生儿气道中进行单细胞RNA测序，识别出髓系细胞的不同分化轨迹 | 研究样本量较小，仅限于极早产新生儿，且依赖于临床干预的采样方法 | 探索单细胞RNA测序在极早产新生儿气道细胞类型分析中的应用 | 极早产新生儿气道中的细胞类型及其髓系分化 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 10名极早产新生儿 |
| 7954 | 2024-10-16 |
A SELECTIVE REVIEW OF RECENT DEVELOPMENTS IN SPATIALLY VARIABLE GENE DETECTION FOR SPATIAL TRANSCRIPTOMICS
2023-Nov-23, ArXiv
PMID:38045476
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综述 | 本文综述了近年来在空间转录组学中检测空间变异基因（SVG）的最新进展 | 本文总结了多种新方法和创新概念，用于检测空间变异基因 | NA | 探讨空间转录组学数据分析中空间变异基因检测的重要性 | 空间变异基因（SVG） | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学技术 | NA | 转录组数据 | NA |
| 7955 | 2024-10-16 |
Latent feature extraction with a prior-based self-attention framework for spatial transcriptomics
2023-10, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.277891.123
PMID:37903634
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研究论文 | 本文提出了一种基于先验的自注意力框架PAST，用于空间转录组学中的潜在特征提取 | PAST是首个集成参考数据分析空间转录组数据的方法，通过贝叶斯神经网络整合先验信息，自注意力机制捕捉空间模式，并采用涟漪行走采样策略实现可扩展应用 | NA | 开发一种有效的方法来表征空间转录组数据中的空间域，以促进下游分析和生物学解释 | 空间转录组数据中的空间域 | 空间转录组学 | NA | 贝叶斯神经网络 | 变分图卷积自编码器 | 转录组数据 | 多个技术生成的数据集 |
| 7956 | 2024-10-16 |
Mapping oto-pharyngeal development in a human inner ear organoid model
2023-10-01, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.201871
PMID:37796037
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研究论文 | 研究使用人类内耳类器官模型绘制耳咽发育的时间线 | 开发了一种使用多能干细胞的三维培养模型，用于研究人类内耳发育，并建立了内耳类器官发育图谱（IODA） | 研究中仍有许多细胞类型未被定义，且类器官模型与体内发育存在潜在差异 | 旨在绘制内耳类器官的体外发育时间线，以理解其发育机制 | 人类内耳类器官的发育过程及其细胞类型 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 在分化过程的前36天内，对10个阶段的样本进行了单细胞RNA测序 |
| 7957 | 2024-10-16 |
Transcript accumulation rates in the early Caenorhabditis elegans embryo
2023-08-25, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adi1270
PMID:37611097
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研究论文 | 本文研究了早期秀丽隐杆线虫胚胎中转录积累速率 | 首次在全基因组范围内测量了早期胚胎中单细胞分辨率的转录积累速率，并识别了与高转录速率相关的核心启动子元件 | 研究仅限于早期胚胎阶段，且未涵盖所有发育基因 | 估计早期胚胎中合子mRNA的积累速率，并理解转录动力学如何驱动发育决策 | 早期秀丽隐杆线虫胚胎中的转录积累速率 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序和单分子转录成像 | NA | RNA序列数据 | 早期秀丽隐杆线虫胚胎的单细胞样本 |
| 7958 | 2024-10-16 |
Impaired PPARγ activation by cadmium exacerbates infection-induced lung injury
2023-05-08, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.166608
PMID:36928191
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研究论文 | 研究揭示了镉暴露和感染对肺部巨噬细胞中PPARγ激活的抑制作用，加剧了感染诱导的肺损伤 | 首次通过单细胞RNA测序揭示了镉暴露和感染对肺部巨噬细胞中PPARγ基因表达的影响，并发现ERK激活介导的PPARγ降解加剧了肺损伤 | 研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证 | 探讨环境重金属暴露与肺部疾病之间的关系，特别是感染诱导的肺损伤 | 肺部巨噬细胞、PPARγ基因、ERK激活 | 数字病理学 | 肺部疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠模型和人类样本 |
| 7959 | 2024-10-16 |
Bacterial droplet-based single-cell RNA-seq reveals antibiotic-associated heterogeneous cellular states
2023-02-16, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2023.01.002
PMID:36708705
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研究论文 | 介绍了一种名为BacDrop的高可扩展性细菌单细胞RNA测序技术，用于研究抗生素压力下的细胞异质性 | BacDrop技术克服了细菌单细胞RNA测序的许多挑战，能够处理数千到数百万个细胞，并揭示了抗生素压力下的细胞异质性 | NA | 研究细菌在抗生素压力下的细胞异质性 | 肺炎克雷伯菌临床分离株及其对抗生素压力的异质性反应 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 数千到数百万个细菌细胞 |
| 7960 | 2024-10-16 |
Graph-based autoencoder integrates spatial transcriptomics with chromatin images and identifies joint biomarkers for Alzheimer's disease
2022-12-03, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-022-35233-1
PMID:36463283
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研究论文 | 本文提出了一种基于图的自编码器框架，用于整合空间转录组数据与染色质图像数据，并应用于阿尔茨海默病的研究 | 本文创新性地提出了STACI框架，能够整合多种空间数据模态，并实现对未见组织切片的空间转录组数据的预测 | NA | 研究目的是开发一种能够整合空间转录组数据与染色质图像数据的计算框架，并应用于阿尔茨海默病的研究 | 研究对象是阿尔茨海默病的空间转录组数据和染色质图像数据 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | 空间转录组技术 | 图自编码器 | 图像和基因表达数据 | NA |