本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']
”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!
除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
7921 | 2025-10-06 |
NiCo identifies extrinsic drivers of cell state modulation by niche covariation analysis
2024-12-05, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-54973-w
PMID:39639035
|
研究论文 | 提出NiCo计算框架,通过整合单细胞空间转录组和单细胞RNA测序数据来推断空间生态位对细胞状态的影响 | 开发了能够捕获同一生态位内不同细胞类型间相互作用驱动的细胞状态变化的计算方法 | 方法依赖于单细胞分辨率空间转录组数据的可用性 | 理解细胞状态在组织发育、稳态和疾病中的调控机制 | 小鼠胚胎发生、成年小肠和肝脏组织 | 空间转录组学 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | 计算框架 | 空间转录组数据,单细胞RNA测序数据 | 多个小鼠组织样本(胚胎、小肠、肝脏) | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | NA | NA |
7922 | 2025-10-06 |
Decoding the molecular, cellular, and functional heterogeneity of zebrafish intracardiac nervous system
2024-12-04, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-54830-w
PMID:39632839
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序、解剖学研究和电生理技术对斑马鱼心内神经系统进行全面分类和功能表征 | 首次系统揭示心内神经系统的细胞类型多样性,发现具有起搏器/节律生成特征的神经元亚群 | 研究仅限于斑马鱼模型,人类心内神经系统的直接相关性需要进一步验证 | 解析心内神经系统的分子、细胞和功能异质性 | 斑马鱼心内神经系统 | 单细胞生物学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, 解剖学研究, 电生理技术 | NA | 单细胞转录组数据, 解剖学数据, 电生理记录 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
7923 | 2025-10-06 |
Dual function of PHF16 in reinstating homeostasis of murine intestinal epithelium after crypt regeneration
2024-12-02, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2024.08.009
PMID:39232563
|
研究论文 | 本研究揭示了表观遗传调控因子PHF16通过双重机制恢复肠道上皮稳态 | 首次发现PHF16通过HBO1介导的H3K14乙酰化激活RAR/RXR靶基因,同时通过CDC73泛素化抑制YAP/TAZ活性的双重机制 | 研究主要基于小鼠模型和肠道类器官,人类临床相关性尚需验证 | 探究PHF16在肠道上皮稳态恢复中的分子机制 | 小鼠肠道干细胞、再生干细胞和肠道类器官 | 表观遗传学 | 肠道损伤修复 | 单细胞RNA测序, RNA测序, ATAC测序 | NA | 基因表达数据, 表观遗传数据 | Phf16基因敲除小鼠模型和肠道类器官 | NA | 单细胞RNA测序, RNA测序, ATAC测序 | NA | NA |
7924 | 2025-10-06 |
Augmenting antitumor efficacy of Th17-derived Th1 cells through IFN-γ-induced type I interferon response network via IRF7
2024-Nov-19, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2412120121
PMID:39541355
|
研究论文 | 本研究揭示了Th17来源的Th1细胞通过IFN-γ诱导的IRF7介导的I型干扰素反应网络增强抗肿瘤效能的机制 | 首次发现Th1细胞通过ECM1依赖性方式在肿瘤中更快迁移和积累,并阐明IFN-γ通过上调IRF7促进I型干扰素反应网络和ECM1表达的分子机制 | Th1细胞表现出早期耗竭表型,其分化机制和抗肿瘤反应尚未完全阐明 | 探索Th17来源的Th1细胞的分化机制及其在癌症免疫治疗中的抗肿瘤效能 | CD4 T细胞亚群,特别是共表达Th1和Th17标志物的T细胞 | 免疫学 | 实体恶性肿瘤 | 单细胞RNA测序,轨迹分析,转录组分析 | NA | 单细胞RNA测序数据,转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
7925 | 2025-10-06 |
DNA methylation memory of pancreatic acinar-ductal metaplasia transition state altering Kras-downstream PI3K and Rho GTPase signaling in the absence of Kras mutation
2024-Oct-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.10.26.620414
PMID:39553977
|
研究论文 | 本研究探讨胰腺腺泡-导管化生(ADM)过渡状态在无KRAS突变情况下通过DNA甲基化记忆影响下游信号通路的机制 | 首次发现在无致癌基因突变情况下,ADM过渡状态细胞能通过DNA甲基化记忆持续改变KRAS下游信号通路 | 研究主要关注DNA甲基化机制,未全面探讨其他表观遗传修饰的潜在作用 | 探究胰腺腺泡-导管化生过渡状态的表观遗传记忆机制及其在肿瘤发生中的作用 | 胰腺腺泡细胞、ADM过渡状态细胞、人类胰腺上皮内瘤变样本 | 表观遗传学 | 胰腺癌 | DNA甲基化分析、单细胞空间转录组学、基因表达分析 | NA | 表观遗传数据、基因表达数据、空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞空间转录组学 | NA | NA |
7926 | 2025-10-06 |
The small inhibitor WM-1119 effectively targets KAT6A-rearranged AML, but not KMT2A-rearranged AML, despite shared KAT6 genetic dependency
2024-10-08, Journal of hematology & oncology
IF:29.5Q1
DOI:10.1186/s13045-024-01610-0
PMID:39380002
|
研究论文 | 评估KAT6A抑制剂WM-1119对KAT6A重排和KMT2A重排急性髓系白血病的治疗效果差异 | 首次发现KAT6A催化活性抑制剂对KAT6A重排AML有效,但对KMT2A重排AML需靶向降解整个KAT6A蛋白 | 研究主要基于体外实验和动物模型,尚未进行临床试验验证 | 评估不同KAT6A靶向治疗策略对KAT6A和KMT2A重排AML的治疗潜力 | KAT6A重排和KMT2A重排急性髓系白血病细胞 | 血液肿瘤研究 | 急性髓系白血病 | 流式细胞术,集落形成实验,shRNA敲低,CRISPR敲除,单细胞RNA-seq,ChIP-seq | 遗传修饰小鼠模型 | 基因表达数据,表观遗传数据,细胞功能数据 | 人类AML细胞系和原代患者AML样本 | NA | 单细胞RNA-seq,ChIP-seq | NA | NA |
7927 | 2025-10-06 |
c-Myc alone is enough to reprogram fibroblasts into functional macrophages
2024-09-12, Journal of hematology & oncology
IF:29.5Q1
DOI:10.1186/s13045-024-01605-x
PMID:39267119
|
研究论文 | 本研究开发了一种通过c-Myc过表达将成纤维细胞重编程为功能性巨噬细胞的新方法 | 首次证明仅通过c-Myc单独过表达即可实现成纤维细胞向功能性巨噬细胞的重编程 | NA | 开发高效获取巨噬细胞的新方法以促进抗癌免疫治疗 | 成纤维细胞、巨噬细胞、白血病模型、乳腺癌模型、患者来源肿瘤异种移植模型 | 细胞重编程 | 白血病、乳腺癌 | 流式细胞术、单细胞RNA测序、ChIP-qPCR、双荧光素酶报告基因检测 | NA | 单细胞转录组数据、流式细胞数据、分子生物学数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
7928 | 2025-10-06 |
Spatial multi-omics: deciphering technological landscape of integration of multi-omics and its applications
2024-08-24, Journal of hematology & oncology
IF:29.5Q1
DOI:10.1186/s13045-024-01596-9
PMID:39182134
|
综述 | 本文全面回顾了空间多组学技术的发展历程及其在生物医学研究中的应用 | 系统梳理了空间多组学技术在过去十年中的演进与完善,重点关注通量、分辨率、模态整合和准确性的提升 | 作为综述文章,未涉及原始实验数据和研究方法的具体实施细节 | 探讨多组学整合的技术格局及其在生物医学领域的应用 | 基因组、转录组、蛋白质组、代谢组和表观基因组的整合分析 | 空间生物学 | 癌症 | 空间多组学技术 | NA | 多组学数据 | NA | NA | 空间多组学 | NA | NA |
7929 | 2025-10-06 |
A single-cell and spatially resolved atlas of human osteosarcomas
2024-08-20, Journal of hematology & oncology
IF:29.5Q1
DOI:10.1186/s13045-024-01598-7
PMID:39164791
|
研究论文 | 通过单细胞和空间转录组学分析构建人类骨肉瘤的细胞图谱 | 首次提供人类骨肉瘤的单细胞和空间分辨率转录组图谱,揭示化疗耐药相关空间生态位 | 未明确说明样本规模和临床随访数据 | 解析骨肉瘤的细胞组成和组织结构 | 人类骨肉瘤组织 | 数字病理学 | 骨肉瘤 | 单细胞转录组测序, 空间转录组学 | 细胞元图谱构建 | 单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
7930 | 2025-10-06 |
Type I interferons induce an epigenetically distinct memory B cell subset in chronic viral infection
2024-05-14, Immunity
IF:25.5Q1
DOI:10.1016/j.immuni.2024.03.016
PMID:38593796
|
研究论文 | 本研究通过单细胞测序技术揭示了慢性病毒感染中I型干扰素诱导形成表观遗传特征独特的记忆B细胞亚群 | 首次发现慢性病毒感染中存在富含干扰素刺激基因的独特记忆B细胞亚群,并证明早期干扰素受体阻断可改变其表观遗传特征 | 感染4周后记忆B细胞对干预措施产生抵抗,限制了治疗时间窗口 | 探究慢性病毒感染中记忆B细胞发育异常的机制及可逆性 | 急性和慢性淋巴细胞性脉络丛脑膜炎病毒感染模型中的记忆B细胞 | 免疫学 | 病毒感染 | 单细胞ATAC-seq, 单细胞RNA-seq | NA | 单细胞表观基因组数据, 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞ATAC-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
7931 | 2025-10-06 |
Protocol to analyze immune cells in the tumor microenvironment by transcriptome using machine learning
2024-03-15, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2023.102684
PMID:38219153
|
研究论文 | 提出一种基于机器学习的肿瘤微环境免疫细胞转录组分析方案 | 整合单细胞RNA测序与机器学习方法,系统分析肿瘤微环境中免疫细胞的表型变化、分化轨迹和浸润过程 | NA | 开发肿瘤微环境免疫细胞分析流程,识别潜在药物靶点 | 肿瘤微环境中的免疫细胞,特别是单核吞噬细胞 | 机器学习 | 癌症 | 单细胞RNA测序, 微阵列, 批量RNA测序 | 机器学习 | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
7932 | 2025-10-06 |
Transcription factor NFYa controls cardiomyocyte metabolism and proliferation during mouse fetal heart development
2023-12-18, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2023.10.012
PMID:37972593
|
研究论文 | 本研究揭示了转录因子NFYa在小鼠胎儿心脏发育过程中协调心肌细胞代谢与增殖的关键作用 | 首次发现NFYa通过与辅助因子SP2相互作用,在转录水平激活连接代谢与增殖的基因,揭示了一种先前未被认识的心脏代谢转录调控机制 | 研究仅限于小鼠胎儿心脏发育阶段,未涉及成年期心脏再生过程 | 探究转录因子NFYa在协调心肌细胞代谢与增殖过程中的分子机制 | 小鼠胎儿心脏发育过程中的心肌细胞 | 发育生物学 | 心脏发育缺陷 | 空间转录组分析,单细胞转录组分析 | 基因敲除小鼠模型 | 转录组数据 | 小鼠胎儿心脏组织 | NA | 空间转录组学,单细胞RNA-seq | NA | NA |
7933 | 2025-10-06 |
Protocol for isolation of signet ring cells from human gastric mucosa
2023-12-15, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2023.102695
PMID:37925632
|
研究论文 | 本文介绍了一种从人胃黏膜中分离印戒细胞的高活性悬浮方案 | 开发了专门针对胃黏膜印戒细胞的高活性分离方案,并支持多种下游应用 | NA | 建立标准化的印戒细胞分离技术流程 | 人胃黏膜组织中的印戒细胞 | 数字病理学 | 胃癌 | 组织解离、免疫组织化学染色、流式细胞术、单细胞测序 | NA | 组织样本 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
7934 | 2025-10-06 |
Protocol to combine brain sections from multiple mice into a single block for spatial transcriptomic analyses
2023-12-15, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2023.102617
PMID:37742175
|
研究论文 | 提出一种将多只小鼠脑组织切片整合到单个空间转录组学载玻片上的实验方案 | 开发了将不同小鼠海马体冷冻切片合并成单个冷冻块的方法,可在单个捕获区域分析多个样本 | NA | 提高空间转录组学分析的样本通量和成本效益 | 小鼠海马体脑组织切片 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | NA | 空间基因表达数据 | 多只小鼠脑组织切片 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
7935 | 2025-10-06 |
Single-cell isolation from full-thickness human intestinal tissue resections for single-cell RNA sequencing
2023-12-15, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2023.102686
PMID:37925636
|
研究论文 | 本文提出了一种从全层人肠道组织切除样本中分离单细胞的实验方案 | 开发了针对全层肠道组织的单细胞分离标准化流程,包括固有层和肌层的分离处理 | NA | 建立肠道组织单细胞分离的实验方法 | 人全层肠道组织切除样本 | 单细胞测序 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA | 10x Genomics | single-cell RNA-seq | 10x Chromium | 10x Chromium平台 |
7936 | 2025-10-06 |
Protocol for multispectral imaging on cryosections to map myeloid cell heterogeneity in its spatial context
2023-12-15, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2023.102601
PMID:37742177
|
研究论文 | 本文提出了一种用于在组织冰冻切片上进行多光谱成像以绘制髓系细胞异质性的实验方案 | 开发了在原位通过多光谱成像技术保留细胞空间背景来研究髓系细胞异质性的方法 | NA | 建立一种能够在空间背景下分析髓系细胞异质性的成像方案 | 组织冰冻切片中的髓系细胞 | 数字病理学 | NA | 多光谱成像 | NA | 图像 | NA | NA | 多光谱成像 | NA | NA |
7937 | 2025-10-06 |
Protocol for PPP1R15A-inhibited mouse model establishment with subcutaneous B16F1 tumor and single-cell analysis
2023-12-15, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2023.102616
PMID:37756156
|
研究论文 | 本文介绍了一种建立PPP1R15A抑制小鼠模型并利用单细胞技术分析B16F1皮下肿瘤抗肿瘤免疫反应的实验方案 | 开发了结合PPP1R15A抑制剂Sephin1处理与单细胞转录组和TCR测序的整合分析流程 | NA | 探索PPP1R15A抑制剂对小鼠B16F1皮下肿瘤抗肿瘤免疫的影响 | 小鼠B16F1皮下肿瘤模型 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序,TCR测序 | NA | 单细胞转录组数据,TCR数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
7938 | 2025-10-06 |
Protocol for isolating single cells from human pancreatic cancer tissues and analyzing major immune cell populations using flow cytometry
2023-12-15, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2023.102679
PMID:37910511
|
研究论文 | 介绍从人类胰腺癌组织中分离单细胞并通过流式细胞术分析主要免疫细胞群的实验方案 | 提供标准化的胰腺癌组织免疫细胞分离和分析流程 | NA | 建立胰腺癌组织免疫细胞分离和分析的实验方案 | 人类胰腺癌组织中的免疫细胞 | NA | 胰腺癌 | 流式细胞术 | NA | 细胞数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
7939 | 2025-10-06 |
TimiGP: An R package to depict the tumor microenvironment from bulk transcriptomics
2023-12-15, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2023.102742
PMID:38019649
|
研究论文 | 介绍TimiGP R软件包,用于从批量转录组数据推断肿瘤微环境中免疫细胞间的相互作用及其与患者预后的关联 | 开发基于基因对的肿瘤免疫微环境分析方法,能够从批量基因表达数据推断细胞间相互作用 | NA | 开发分析肿瘤微环境中免疫细胞相互作用及其临床意义的计算工具 | 肿瘤微环境中的免疫细胞 | 生物信息学 | 癌症 | 单细胞RNA测序,批量转录组测序 | NA | 基因表达数据,生存数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
7940 | 2025-10-06 |
Protocol for nuclear dissociation of the adult C. elegans for single-nucleus RNA sequencing and its application for mapping environmental responses
2023-12-15, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2023.102756
PMID:38043054
|
研究论文 | 本文介绍了一种适用于成年秀丽隐杆线虫的单核RNA测序实验方案 | 开发了针对成年秀丽隐杆线虫的单核RNA测序方案,克服了单细胞RNA测序在该模型生物中遇到的困难 | NA | 建立适用于秀丽隐杆线虫的单核RNA测序方法,用于研究环境刺激响应 | 成年秀丽隐杆线虫 | 单细胞测序 | NA | 单核RNA测序(snRNA-seq) | NA | RNA测序数据 | NA | NA | 单核RNA测序 | NA | NA |