单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
7921	2024-10-09	RNA-seq and bulk RNA-seq data analysis of cancer-related fibroblasts (CAF) in LUAD to construct a CAF-based risk signature 2024-10-06, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-74336-1 PMID:39369095	研究论文	研究通过分析LUAD中的CAF相关RNA-seq数据，构建了一个基于CAF的风险特征，用于预测LUAD患者的预后	构建了一个新的基于CAF的风险特征，并验证了其在预测LUAD预后和免疫治疗反应中的有效性	NA	开发一种基于CAF的风险特征，用于预测LUAD患者的预后和免疫治疗反应	LUAD中的CAF及其相关基因表达数据	数字病理学	肺癌	RNA-seq	Lasso回归	RNA-seq数据	2811个差异表达基因，其中1002个与CAF簇显著相关
7922	2024-10-09	Lumican promotes calcific aortic valve disease through H3 histone lactylation 2024-Oct-05, European heart journal IF:37.6Q1 DOI:10.1093/eurheartj/ehae407 PMID:38976370	研究论文	研究揭示了lumican在钙化性主动脉瓣疾病（CAVD）中的关键调节作用，特别是通过H3组蛋白乳酸化促进钙化过程	首次发现lumican通过介导H3组蛋白乳酸化促进主动脉瓣钙化	NA	探讨lumican在钙化性主动脉瓣疾病中的作用机制	主动脉瓣间质细胞（VICs）及其在钙化过程中的转变	NA	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	9个人类主动脉瓣
7923	2024-10-09	Imputing spatial transcriptomics through gene network constructed from protein language model 2024-Oct-05, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-06964-2 PMID:39369061	研究论文	本文介绍了一种基于蛋白质语言模型构建基因网络的空间转录组学插补方法stImpute	stImpute利用蛋白质语言模型ESM-2构建基因网络，通过图神经网络进行基因表达插补，显著提高了插补和聚类的准确性	NA	开发一种新的计算方法来克服空间转录组学中基因数量有限的挑战	空间转录组学数据和单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	空间转录组学	图神经网络	基因表达数据	多个数据集
7924	2024-10-09	Spatial multi-omics in whole skeletal muscle reveals complex tissue architecture 2024-Oct-05, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-06949-1 PMID:39369093	研究论文	本文通过结合RNA断层扫描和质谱成像技术，揭示了小鼠胫骨前肌的完整组织结构	首次在全组织水平上展示了基因表达、代谢差异和肌纤维类型比例的区域化特征	NA	阐明骨骼肌的完整组织结构	小鼠胫骨前肌的基因表达、代谢和脂质组织	数字病理学	NA	RNA断层扫描和质谱成像	NA	空间转录组学、空间代谢组学和空间脂质组学数据	小鼠胫骨前肌、趾长伸肌和比目鱼肌
7925	2024-10-09	C-ziptf: stable tensor factorization for zero-inflated multi-dimensional genomics data 2024-Oct-05, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-024-05886-4 PMID:39369208	研究论文	本文介绍了一种新的零膨胀多维基因组数据分解方法，名为零膨胀泊松张量分解（ZIPTF），并提出了共识ZIPTF（C-ZIPTF）以解决随机性问题	提出了ZIPTF和C-ZIPTF方法，能够有效处理零膨胀的多维基因组数据，并在重建精度和一致性方面优于传统方法	NA	开发一种能够有效处理零膨胀多维基因组数据的稳定张量分解方法	零膨胀的多维基因组数据，特别是单细胞RNA测序数据	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	张量分解（TF）	基因组数据	涉及合成数据、模拟scRNA-seq数据和真实的多样本多条件scRNA-seq数据
7926	2024-10-09	The G4 resolvase Dhx36 modulates cardiomyocyte differentiation and ventricular conduction system development 2024-Oct-04, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-52809-1 PMID:39366945	研究论文	研究揭示了G4解旋酶Dhx36在心肌细胞分化和心室传导系统发育中的调节作用	首次揭示了Dhx36在心脏传导系统发育和心肌细胞分化中的关键作用，并识别了调控心室传导系统和浦肯野纤维网络发育和功能的关键基因和通路	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中验证	探讨Dhx36在心肌细胞分化和心室传导系统发育中的作用机制	Dhx36基因缺失的小鼠心脏	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞ATAC测序（scATAC-seq）	NA	基因表达数据	Dhx36基因缺失的小鼠胚胎和新生心脏样本
7927	2024-10-09	Distinctive CD39+CD9+ lung interstitial macrophages suppress IL-23/Th17-mediated neutrophilic asthma by inhibiting NETosis 2024-Oct-04, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-53038-2 PMID:39366998	研究论文	研究发现了CD39+CD9+肺间质巨噬细胞通过抑制NETosis来抑制IL-23/Th17介导的嗜中性哮喘	首次揭示了CD39+CD9+肺间质巨噬细胞在抑制IL-23/Th17介导的嗜中性哮喘中的作用	研究主要基于模型和患者数据，缺乏临床试验验证	探索抑制嗜中性哮喘的新途径	CD39+CD9+肺间质巨噬细胞和IL-23/Th17轴	NA	哮喘	单细胞RNA测序	NA	RNA	涉及哮喘患者的转录组数据
7928	2024-10-09	A versatile tissue-rolling technique for spatial-omics analyses of the entire murine gastrointestinal tract 2024-Oct, Nature protocols IF:13.1Q1 DOI:10.1038/s41596-024-01001-2 PMID:38906985	研究论文	本文介绍了一种用于小鼠整个胃肠道空间组学分析的多功能组织滚动技术	开发了一种简单的固定技术，可以最大化分析的组织面积，涵盖小鼠整个胃肠道，并结合了先进的转录组学和蛋白质组学方法	整个过程需要2-3天，对于空间转录组学和蛋白质组学分析分别需要额外2天和3-4天	全面表征和理解组织内生物过程背后的细胞电路	小鼠整个胃肠道	数字病理学	NA	组织滚动技术、Visium空间转录组学、ChipCytometry和CODEX-PhenoCycler蛋白质组学	NA	基因和蛋白质表达数据	小鼠整个胃肠道
7929	2024-10-09	Antagonistic effects of the cytotoxic molecules granzyme B and TRAIL in the immunopathogenesis of sclerosing cholangitis 2024-10-01, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000000830 PMID:38441998	研究论文	研究了细胞毒性分子GzmB和TRAIL在硬化性胆管炎免疫发病机制中的拮抗作用	首次揭示了GzmB和TRAIL在硬化性胆管炎中的不同作用机制，GzmB促进细胞凋亡和纤维化，而TRAIL则调节炎症和细胞毒性免疫反应，减少肝损伤和纤维化	研究主要基于Mdr2-/-小鼠模型和患者样本，可能不完全适用于所有硬化性胆管炎病例	探讨GzmB和TRAIL在硬化性胆管炎中的作用及其对疾病进展的影响	硬化性胆管炎患者样本和Mdr2-/-小鼠	NA	肝病	单细胞RNA测序、多参数流式细胞术	NA	基因表达数据	患者样本和Mdr2-/-小鼠
7930	2024-10-09	Single cell RNA sequencing of human eosinophils from nasal polyps reveals eosinophil heterogeneity in chronic rhinosinusitis tissue 2024-Oct, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2024.05.014 PMID:38797240	研究论文	研究通过单细胞RNA测序分析鼻息肉组织中的嗜酸性粒细胞，揭示其在慢性鼻窦炎中的异质性和作用	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了鼻息肉组织中嗜酸性粒细胞的异质性及其在慢性鼻窦炎中的潜在病理作用	研究样本量较小，且仅限于鼻息肉和对照鼻窦组织，可能影响结果的普遍性	揭示嗜酸性粒细胞在鼻息肉组织中的作用及其异质性	鼻息肉组织中的嗜酸性粒细胞	数字病理学	鼻窦炎	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	5名对照患者和5名慢性鼻窦炎伴鼻息肉患者的鼻息肉组织和外周血样本
7931	2024-10-09	Single-cell RNA-sequencing of human eosinophils in allergic inflammation in the esophagus 2024-Oct, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2024.05.029 PMID:38871184	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术研究了过敏性炎症中食管嗜酸性粒细胞的转录组特征	首次全面描述了食管嗜酸性粒细胞在过敏性炎症中的转录组特征和生物学功能	样本量较小，仅包括6名患者和6名对照个体	全面表征过敏性炎症中食管嗜酸性粒细胞的转录组和生物学功能	过敏性炎症中食管嗜酸性粒细胞	数字病理学	过敏性疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	586个嗜酸性粒细胞（血液中188个，食管中398个）
7932	2024-10-09	All-optical voltage imaging-guided postsynaptic single-cell transcriptome profiling with Voltage-Seq 2024-Oct, Nature protocols IF:13.1Q1 DOI:10.1038/s41596-024-01005-y PMID:38834919	研究论文	本文介绍了一种名为Voltage-Seq的新技术，结合光学电压成像和单细胞转录组测序，用于研究神经元突触后反应类型	开发了Voltage-Seq技术，结合遗传编码电压指示剂Voltron和单细胞RNA测序，实现了基于特定突触后反应类型的高通量光学成像和单细胞转录组分析	技术需要基本实验室技能、显微操作技能以及分子生物学和生物信息学经验	克服传统低通量电生理方法的限制，实现基于特定突触后反应类型的高通量单细胞RNA测序	神经元突触后反应类型及其与基因表达的关系	神经科学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	来自小鼠急性脑切片的多个动物的连接组数据
7933	2024-10-09	ProBac-seq, a bacterial single-cell RNA sequencing methodology using droplet microfluidics and large oligonucleotide probe sets 2024-Oct, Nature protocols IF:13.1Q1 DOI:10.1038/s41596-024-01002-1 PMID:38769144	研究论文	介绍了一种名为ProBac-seq的细菌单细胞RNA测序方法，该方法利用液滴微流控技术和大型寡核苷酸探针集	ProBac-seq克服了现有技术在细菌样本中的技术难题，提供了高质量的单细胞基因表达数据	从探针扩增到文库制备需要约7天时间	开发一种适用于细菌单细胞RNA测序的新方法	细菌单细胞的基因表达数据	基因组学	NA	RNA测序	NA	RNA	数千个细菌细胞
7934	2024-10-09	Integration of scHi-C and scRNA-seq data defines distinct 3D-regulated and biological-context dependent cell subpopulations 2024-Sep-27, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-52440-0 PMID:39333113	研究论文	开发了一种多组学数据整合算法（MUDI），结合单细胞Hi-C和单细胞RNA测序数据，定义了3D调控和生物学背景依赖的细胞亚群	首次展示了在单细胞分辨率下整合3D染色质结构和基因表达数据，并定义了拓扑结构整合的亚群（TISPs）	NA	研究3D染色质结构和基因表达在单细胞分辨率下的整合，并定义生物学背景依赖的细胞亚群	乳腺癌细胞模型系统中的3D染色质结构和基因表达	生物信息学	乳腺癌	单细胞Hi-C和单细胞RNA测序	多组学数据整合算法（MUDI）	基因表达数据	公开数据和新产生的单细胞Hi-C和单细胞RNA测序数据
7935	2024-10-09	COFFEE: consensus single cell-type specific inference for gene regulatory networks 2024-Sep-23, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae457 PMID:39311699	研究论文	本文介绍了一种基于Borda投票的共识算法COFFEE，用于从单细胞RNA测序数据中推断基因调控网络	COFFEE算法通过整合10种已建立的基因调控网络推断方法，提高了在合成、精选和实验数据集上的性能	COFFEE算法目前仅在10种算法上进行了基准测试，未来可能需要扩展到更多算法	开发一种适用于单细胞RNA测序数据的共识基因调控网络推断方法	单细胞RNA测序数据中的基因调控网络	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	共识算法	基因调控网络	NA
7936	2024-10-09	Scalable and unsupervised discovery from raw sequencing reads using SPLASH2 2024-Sep-23, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-024-02381-2 PMID:39313645	研究论文	介绍了一种基于高效k-mer计数方法的SPLASH2实现，用于大规模数据集中调控序列变异的检测	提出了SPLASH2，这是一种快速、可扩展的SPLASH实现，适用于多种测序技术和生物背景	NA	开发一种可扩展且无监督的方法，用于从原始测序读取中发现序列变异	单细胞RNA测序数据和来自癌症细胞系百科全书的bulk RNA-seq数据	生物信息学	NA	RNA-seq	NA	序列数据	包括单细胞RNA测序数据和bulk RNA-seq数据
7937	2024-10-09	Application of Unsupervised Multi-Omic Factor Analysis to Uncover Patterns of Variation and Molecular Processes Linked to Cardiovascular Disease 2024-Sep-20, Journal of visualized experiments : JoVE DOI:10.3791/66659 PMID:39373483	研究论文	本文展示了一种无监督的多组学因子分析方法，用于揭示与心血管疾病相关的变异模式和分子过程	本文提出了多组学因子分析（MOFA）方法，用于无监督地分析复杂的多组学数据集，揭示主要的变异轴和相关的分子特征	本文主要集中在心血管疾病的急性冠状动脉综合征和慢性冠状动脉综合征，未涵盖其他疾病类型	研究目的是通过多组学数据分析，揭示与心血管疾病相关的分子过程和变异模式	研究对象包括急性冠状动脉综合征和慢性冠状动脉综合征患者的血液样本	生物信息学	心血管疾病	多组学因子分析（MOFA）	NA	多组学数据	多个患者的血液样本，包括不同时间点的测量数据
7938	2024-10-09	The aminophospholipid transporter, ATP8B3, as a potential biomarker and target for enhancing the therapeutic effect of PD-L1 blockade in colon adenocarcinoma 2024-Sep, Genomics IF:3.4Q2 DOI:10.1016/j.ygeno.2024.110907 PMID:39074670	研究论文	研究探讨了ATP8B3作为结肠腺癌潜在生物标志物和靶点，以增强PD-L1阻断疗法的疗效	发现ATP8B3在MSI-H结肠腺癌患者中与PD-L1表达相关，抑制ATP8B3可增加PD-L1疗法的敏感性	研究主要集中在MSI-H亚型，MSS亚型的结果有限	探索ATP8B3在结肠腺癌中的作用，评估其作为生物标志物和治疗靶点的潜力	结肠腺癌患者及其肿瘤微环境	数字病理学	结肠腺癌	单细胞RNA测序、bulk RNA测序、siRNA、shRNA、western blot分析、流式细胞术	NA	RNA	使用TCGA和GEO数据库中的数据，具体样本数量未明确提及
7939	2024-10-09	Exploring public cancer gene expression signatures across bulk, single-cell and spatial transcriptomics data with signifinder Bioconductor package 2024-Sep, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqae138 PMID:39363890	研究论文	本文介绍了一个名为signifinder的R Bioconductor包，用于在批量、单细胞和空间转录组数据中探索和使用公共癌症基因表达特征	开发了signifinder包，整合了批量、单细胞和空间转录组数据中的癌症基因表达特征，提供了一个全面的框架来解释高分辨率数据并解决肿瘤复杂性	NA	探索癌症机制、定义亚型、预测预后和评估治疗效果	癌症基因表达特征在批量、单细胞和空间转录组数据中的应用	生物信息学	癌症	单细胞RNA测序、空间转录组学	NA	基因表达数据	NA
7940	2024-10-09	A Bioinformatics-Based Study on Methylation Alterations of the FBLN1 Gene in Hippocampal Tissue of Alzheimer's Disease Model DKO and DTG Mice 2024-Aug-20, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms25169036 PMID:39201719	研究论文	本研究探讨了阿尔茨海默病模型DKO和DTG小鼠海马组织中FBLN1基因的甲基化变化	首次通过单细胞测序和实验方法验证了FBLN1基因在阿尔茨海默病中的异常甲基化状态及其与疾病的相关性	样本量较小，仅限于DKO和DTG小鼠模型	研究阿尔茨海默病中海马组织FBLN1基因的甲基化变化及其与疾病的关系	DKO和DTG小鼠海马组织中的FBLN1基因	数字病理学	阿尔茨海默病	单细胞测序、RT-PCR、Western blotting、Reduced Representation Bisulfite Sequencing	NA	基因组DNA、mRNA、蛋白质	DKO、DTG和CBAC57小鼠