单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
7861	2024-10-15	Somatic mitochondrial DNA mutations are a source of heterogeneity among primary leukemic cells 2024-Sep-27, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2024.09.26.24314381 PMID:39398996	研究论文	本研究探讨了体细胞线粒体DNA（mtDNA）突变在儿童白血病中的异质性来源及其生物学意义	通过整合单细胞测序（SCS）与数学建模和网络系统生物学方法，揭示了肿瘤富集的mtDNA突变与细胞状态变化之间的关联	研究主要基于两个儿童癌症患者队列的批量全基因组测序数据，样本量有限	探讨体细胞线粒体DNA突变在白血病细胞中的异质性及其生物学意义	儿童白血病患者的肿瘤和正常样本	数字病理学	白血病	单细胞测序（SCS）	数学建模	基因组数据	两个儿童癌症患者队列的匹配肿瘤和正常样本
7862	2024-10-15	Bioinformatics-based diagnosis and evaluation of several pivotal genes and pathways associated with immune infiltration at different time points in spinal cord injury 2024-Apr, Biotechnology & genetic engineering reviews DOI:10.1080/02648725.2023.2178970 PMID:36841940	研究论文	本研究利用生物信息学方法分析脊髓损伤后不同时间点的关键基因和信号通路，评估免疫浸润情况	首次通过基因表达数据和功能富集分析方法，揭示了脊髓损伤后不同时间点的免疫相关基因和信号通路	研究仅基于两个基因表达数据集，样本量有限，可能影响结果的普适性	探讨脊髓损伤后不同时间点的免疫相关基因和信号通路，为干预策略提供理论基础	脊髓损伤后的关键基因和信号通路	生物信息学	神经系统疾病	基因表达分析	NA	基因表达数据	两个基因表达数据集（GSE464和GSE45006），分别包含370个和111个共享基因
7863	2024-10-15	Aggressive high-grade NF2 mutant meningiomas downregulate oncogenic YAP signaling via the upregulation of VGLL4 and FAT3/4 2024 Jan-Dec, Neuro-oncology advances IF:3.7Q2 DOI:10.1093/noajnl/vdae148 PMID:39380691	研究论文	研究了NF2突变型脑膜瘤中YAP信号通路的调控机制	发现了高级别NF2突变型脑膜瘤通过上调VGLL4和FAT3/4来下调YAP信号通路	研究仅限于体外细胞实验和RNA测序数据分析	探讨不同级别NF2突变型脑膜瘤中YAP信号通路的依赖性	NF2突变型脑膜瘤	数字病理学	脑膜瘤	RNA测序	NA	基因表达数据	大量人类脑膜瘤样本
7864	2024-10-15	STmut: a framework for visualizing somatic alterations in spatial transcriptomics data of cancer 2023-11-30, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-023-03121-6 PMID:38037084	研究论文	本文介绍了一种名为STmut的新软件，用于在Visium空间转录组数据中可视化体细胞点突变、等位基因不平衡和拷贝数变异	STmut软件的创新之处在于它能够在空间转录组数据中可视化体细胞突变和拷贝数变异	FFPE平台的化学性质不允许分析单核苷酸变异	本文旨在为空间转录组数据添加遗传维度，并描述不同数据类型的局限性	本文研究了新鲜冷冻Visium数据、福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）Visium数据以及有无匹配DNA测序数据的肿瘤	数字病理学	NA	空间转录组技术	NA	基因表达数据	涉及新鲜冷冻Visium数据、FFPE Visium数据以及有无匹配DNA测序数据的肿瘤样本
7865	2024-10-15	Lobular Carcinoma of the Breast: A Comprehensive Review with Translational Insights 2023-Nov-20, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers15225491 PMID:38001750	综述	本文综述了乳腺浸润性小叶癌的多个病理方面及其转化特征	探讨了空间转录组学和其他高复杂度技术在肿瘤微环境特征和最新研究成果中的应用	NA	深入理解乳腺浸润性小叶癌的独特实体及其在个性化治疗时代的新治疗选择	乳腺浸润性小叶癌的病理特征、遗传途径、生物学特性及治疗策略	数字病理学	乳腺癌	空间转录组学	NA	转录组数据	NA
7866	2024-10-15	Integrated multi-omics single cell atlas of the human retina 2023-Nov-17, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-3471275/v1 PMID:38014002	研究论文	本文构建了一个综合的多模态人类视网膜单细胞图谱	本文首次整合了人类视网膜的转录组和染色质可及性数据，揭示了超过110种细胞类型，并细化了细胞本体论，识别了特异性标记基因和基因调控网络	NA	构建一个综合的多模态人类视网膜单细胞图谱，以促进对视网膜功能和病理的理解	人类视网膜的单细胞转录组和染色质可及性	数字病理学	NA	单细胞测序	NA	转录组数据和染色质可及性数据	来自55名捐赠者的约240万细胞，其中包括140万未发表的数据点
7867	2024-10-15	What Links Chronic Kidney Disease and Ischemic Cardiomyopathy? A Comprehensive Bioinformatic Analysis Utilizing Bulk and Single-Cell RNA Sequencing Data with Machine Learning 2023-Nov-16, Life (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/life13112215 PMID:38004354	研究论文	本研究通过整合公开的bulk和单细胞RNA测序数据，利用机器学习算法揭示慢性肾病与缺血性心肌病之间的分子机制	本研究首次整合bulk和单细胞RNA测序数据，利用机器学习算法识别出13个候选基因，并构建了诊断模型用于CKD相关ICM的诊断	本研究主要依赖公开数据，未涉及体内实验验证候选基因的功能	揭示慢性肾病与缺血性心肌病之间的分子机制	慢性肾病和缺血性心肌病	生物信息学	心血管疾病	RNA测序	高斯朴素贝叶斯模型	RNA测序数据	两个ICM心脏组织数据集和一个CKD外周血单核细胞数据集
7868	2024-10-15	Human brain single nucleus cell type enrichments in neurodegenerative diseases 2023-Nov-15, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-3390225/v1 PMID:38014237	研究论文	本文研究了神经退行性疾病中人脑单核细胞类型的富集情况	利用全基因组关联研究、单细胞测序数据和批量表达研究，识别了神经退行性疾病中重要的细胞类型和基因	NA	识别神经退行性疾病中重要的细胞类型和基因，以促进治疗靶点的开发	阿尔茨海默病、肌萎缩侧索硬化症和帕金森病的脑组织	数字病理学	神经退行性疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	涉及多个脑区组织的多样本
7869	2024-10-15	Identification of Cellular Compositions in Different Microenvironments and Their Potential Impacts on Hematopoietic Stem Cells HSCs Using Single-Cell RNA Sequencing with Systematical Confirmation 2023-Nov-02, Life (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/life13112157 PMID:38004297	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，系统地确认了不同微环境中细胞组成的识别及其对造血干细胞（HSCs）的潜在影响	首次系统地研究了不同微环境中细胞组成对HSCs的影响，并结合多种技术验证了研究结果	研究主要集中在小鼠模型上，结果的普适性可能有限	探讨不同微环境中细胞组成对造血干细胞的影响及其调控机制	造血干细胞（HSCs）及其微环境中的单核细胞（MNCs）	数字病理学	血液疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	包括小鼠胎儿肝脏单核细胞（FL-MNCs）、骨髓单核细胞（BM-MNCs）和培养的胎儿肝脏基质细胞
7870	2024-10-15	The heterocellular heart: identities, interactions, and implications for cardiology 2023-07-26, Basic research in cardiology IF:7.5Q1 DOI:10.1007/s00395-023-01000-6 PMID:37495826	综述	本文综述了心脏的异质细胞特性，包括主要的心脏细胞类型及其在稳态中的作用，并讨论了这些细胞间相互作用对心脏病学基础研究和治疗干预的潜在影响	利用单细胞测序技术识别心脏细胞的细微差异，并重新探讨了细胞身份的定义	NA	探讨心脏异质细胞特性及其对心脏病学的影响	心脏中的主要细胞类型及其相互作用	NA	心血管疾病	单细胞测序	NA	NA	NA
7871	2024-10-14	Prognostic risk model of LIHC T-cells based on scRNA-seq and RNA-seq and the regulation of the tumor immune microenvironment 2024-Oct-10, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-024-01424-z PMID:39388011	研究论文	本研究基于单细胞RNA测序和RNA测序数据，构建了LIHC患者的T细胞标记基因的预后风险模型，并探讨了该模型对肿瘤免疫微环境的影响	首次基于T细胞标记基因构建了LIHC患者的预后风险模型，并验证了其在独立数据集中的有效性	研究仅限于TCGA和GEO数据库的数据，未涵盖所有可能的临床样本	开发一种基于T细胞标记基因的预后风险模型，用于预测LIHC患者的生存结果和免疫治疗效果	LIHC患者的T细胞标记基因及其在肿瘤免疫微环境中的作用	数字病理学	肝细胞癌	单细胞RNA测序和RNA测序	风险模型	基因数据	860个T细胞标记基因，TCGA-LIHC数据集和独立GEO数据集
7872	2024-10-14	Discovery of prognostic lncRNAs in colorectal cancer using spatial transcriptomics 2024-Oct-10, NPJ precision oncology IF:6.8Q1 DOI:10.1038/s41698-024-00728-1 PMID:39390212	研究论文	研究利用空间转录组学技术在结直肠癌中发现与预后相关的长链非编码RNA（lncRNA）	首次利用空间转录组学技术研究结直肠癌中的lncRNA，提供更精确的细胞类型特异性表达数据	研究仅限于结直肠癌，且样本量较小，需要进一步验证和扩大样本量	发现结直肠癌中与转移相关的lncRNA，作为早期风险评估的潜在生物标志物	结直肠癌中的lncRNA及其在肿瘤转移中的作用	数字病理学	结直肠癌	空间转录组学	NA	RNA	301个与恶性结直肠癌区域相关的lncRNA
7873	2024-10-14	Rewriting cellular fate: epigenetic interventions in obesity and cellular programming 2024-Oct-10, Molecular medicine (Cambridge, Mass.) DOI:10.1186/s10020-024-00944-2 PMID:39390356	研究论文	本文讨论了表观遗传干预在肥胖和细胞编程中的机制	本文详细分析了表观遗传调控在肥胖中的作用，并介绍了多种用于揭示这些调控的方法	NA	探讨表观遗传干预如何影响肥胖，并分析相关的方法	肥胖和细胞编程	表观遗传学	肥胖	DNA甲基化、组蛋白修饰、非编码RNA、单细胞RNA测序、染色质免疫沉淀、体细胞核移植、细胞融合	NA	基因表达数据、表观遗传标记数据	NA
7874	2024-10-14	Key platelet genes play important roles in predicting the prognosis of sepsis 2024-10-09, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-74052-w PMID:39384856	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量RNA测序（RNA-seq）数据，结合多种算法分析，构建了一个稳定的脓毒症预后模型	首次通过scRNA-seq技术识别脓毒症患者中的关键细胞，并结合批量RNA-seq数据和多种算法构建预后模型	研究样本量较小，且仅基于GEO数据库的数据，可能影响模型的普适性	通过scRNA-seq和批量RNA-seq数据，结合多种算法分析，构建一个稳定的脓毒症预后模型	脓毒症患者的预后预测	数字病理学	脓毒症	单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序（RNA-seq），定量实时PCR（qRT-PCR）	Cox回归模型	RNA测序数据	9个样本的scRNA-seq数据，批量RNA-seq数据来自GEO数据库，qRT-PCR在CLP诱导的脓毒症小鼠模型中进行
7875	2024-10-14	Single-cell sequencing analysis reveals the dynamic tumour ecosystems of primary and metastatic lymph nodes in nasopharyngeal carcinoma 2024-Oct, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70137 PMID:39392128	研究论文	研究分析了鼻咽癌原发和转移淋巴结的单细胞转录组，揭示了肿瘤生态系统的动态变化	首次系统地描述了鼻咽癌原发和转移淋巴结肿瘤的生态系统，揭示了免疫微环境和细胞间通讯的复杂性	样本量相对较小，可能影响结果的普适性	揭示鼻咽癌淋巴结转移的肿瘤生态系统，为治疗策略提供依据	鼻咽癌原发和转移淋巴结的单细胞转录组	数字病理学	鼻咽癌	单细胞测序	NA	转录组数据	47,618个单细胞，来自8个样本
7876	2024-10-14	Single-cell transcriptome and chromatin accessibility mapping of upper lip and primary palate fusion 2024-Oct, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70128 PMID:39392189	研究论文	研究使用单细胞转录组和染色质可及性测序技术，分析了小鼠胚胎在关键发育阶段的唇腭融合过程	首次结合单细胞RNA测序和染色质可及性测序技术，揭示了唇腭融合过程中不同细胞亚群的转录特征和染色质可及性变化	研究仅限于C57BL/6J小鼠模型，结果的普适性有待进一步验证	揭示唇腭融合的分子机制	小鼠胚胎的唇腭融合过程	数字病理学	先天性畸形	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和染色质可及性测序（scATAC-seq）	NA	基因表达数据和染色质可及性数据	C57BL/6J小鼠胚胎在10.5、11.5和12.5胚胎日的样本
7877	2024-10-14	Self-regulating CAR-T cells modulate cytokine release syndrome in adoptive T-cell therapy 2024-Jun-03, The Journal of experimental medicine IF:12.6Q1 DOI:10.1084/jem.20221988 PMID:38607370	研究论文	本文报道了一种自我调节的CAR-T细胞，通过分泌与CRS相关的细胞因子抑制剂来减轻细胞因子释放综合征的严重程度	开发了一种自我调节的CAR-T细胞，通过分泌tocilizumab衍生的单链可变片段（Toci）来减少CRS相关毒性，并显示出比传统CAR-T细胞更好的体内抗肿瘤疗效	NA	研究如何通过工程化T细胞来自我调节炎症细胞因子的产生，以同时增强CAR-T细胞疗法的安全性和疗效	自我调节的CAR-T细胞及其在减轻细胞因子释放综合征和提高抗肿瘤疗效中的作用	生物医学工程	癌症	scRNA-seq	NA	基因表达数据	使用人源化NSG-SGM3小鼠模型进行研究
7878	2024-10-14	Utilization of an Artery-on-a-Chip to Unravel Novel Regulators and Therapeutic Targets in Vascular Diseases 2024-03, Advanced healthcare materials IF:10.0Q1 DOI:10.1002/adhm.202302907 PMID:37797407	研究论文	本研究利用器官芯片技术开发了一种体外中大型动脉模型，旨在重现动脉壁结构和影响管腔细胞的血液动力学力	首次使用动脉芯片模型来揭示剪切应力调节的新基因，并将其应用于药物测试	NA	揭示血管疾病中的新调节因子和治疗靶点	中大型动脉的结构和功能	生物医学工程	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	包括患病和非患病（内部对照）血管区域的患者样本
7879	2024-10-14	Hidden syndinian and perkinsid infections in dinoflagellate hosts revealed by single-cell transcriptomics 2024-Jan-08, The ISME journal DOI:10.1093/ismejo/wrae188 PMID:39325969	研究论文	通过单细胞转录组学揭示了寄生在甲藻宿主中的隐秘的syndinian和perkinsid感染	首次通过单细胞转录组测序揭示了这些难以直接观察或培养的寄生虫的感染情况，并构建了基于192个基因的系统发育树	研究仅限于14个感染宿主细胞，且仅通过光显微镜在收集时识别出5个含有寄生虫的细胞	揭示隐秘的单细胞寄生虫的进化历史及其与宿主的关系	自由生活的甲藻及其寄生虫	NA	NA	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	14个感染宿主细胞
7880	2024-10-14	Single-cell transcriptomic atlas of distinct early immune responses induced by SARS-CoV-2 Proto or its variants in rhesus monkey 2023-Dec, MedComm IF:10.7Q1 DOI:10.1002/mco2.432 PMID:38020713	研究论文	研究了SARS-CoV-2原型及其变种在恒河猴模型中诱导的早期免疫反应的单细胞转录组图谱	首次在非人灵长类动物模型中系统分析了SARS-CoV-2原型及其变种诱导的早期免疫反应的动态变化	研究仅限于恒河猴模型，结果可能不完全适用于人类	揭示SARS-CoV-2及其变种在感染早期诱导的免疫反应动态变化	SARS-CoV-2原型及其Alpha、Beta和Delta变种在恒河猴中的免疫反应	数字病理学	COVID-19	单细胞测序	NA	基因表达数据	恒河猴模型中的外周血单核细胞